Name: Identification des Sites de facteur de Transcription Olig2 génomique fixation aiguë purifiée cellules PDGFRα + par immunoprécipitation de la chromatine Low-cellule analyse de séquençage (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-04-16T14:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 29 s
Description: Découvrez l'analyse ChIP-seq à faible nombre de cellules pour étudier la liaison génomique du facteur de transcription Olig2 dans les cellules précurseuses d'oligodendrocytes purifiées. Cette méthode bioinformatique révèle les mécanismes épigénétiques de la différenciation cellulaire.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

JQW, XD, DEDC et YY appuyés par les subventions accordées par les instituts nationaux de santé R01 NS088353 ; 01-NIH grant 1R21AR071583 ; la Fondation Hermann de Staman Ogilvie fonds-Memorial ; l’Initiative de cerveau de UTHealth et le CSTC UL1 TR000371 ; et une subvention de l’Université du Texas système Neuroscience et Institut de neurotechnologie (Grant #362469).

<ol><li>Wu, J. Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tcf7+is+an+important+regulator+of+the+switch+of+self-renewal+and+differentiation+in+a+multipotential+hematopoietic+cell+line%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">Tcf7 is an important regulator of the switch of self-renewal and differentiation in a multipotential hematopoietic cell line.</a> PLoS Genet. 8 (3), e1002565(2012).</li>
<li>Zuchero, J. B., Barres, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intrinsic+and+extrinsic+control+of+oligodendrocyte+development%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Neurobiol%22%5BJournal%5D)">Intrinsic and extrinsic control of oligodendrocyte development.</a> Curr Opin Neurobiol. 23 (6), 914-920 (2013).</li>
<li>Liu, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Induction+of+oligodendrocyte+differentiation+by+Olig2+and+Sox10%3A+evidence+for+reciprocal+interactions+and+dosage-dependent+mechanisms%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Induction of oligodendrocyte differentiation by Olig2 and Sox10: evidence for reciprocal interactions and dosage-dependent mechanisms.</a> Dev Biol. 302 (2), 683-693 (2007).</li>
<li>Dong, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+Identification+of+Long+Non-coding+RNAs+in+Purified+Cell+Types+from+the+Brain+Reveals+Functional+LncRNA+in+OPC+Fate+Determination%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">Comprehensive Identification of Long Non-coding RNAs in Purified Cell Types from the Brain Reveals Functional LncRNA in OPC Fate Determination.</a> PLoS Genet. 11 (12), e1005669(2015).</li>
<li>Hilgenberg, L. G., Smith, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparation+of+dissociated+mouse+cortical+neuron+cultures%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Preparation of dissociated mouse cortical neuron cultures.</a> J Vis Exp. (10), e562(2007).</li>
<li>Emery, B., Dugas, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Purification+of+oligodendrocyte+lineage+cells+from+mouse+cortices+by+immunopanning%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harb+Protoc%22%5BJournal%5D)">Purification of oligodendrocyte lineage cells from mouse cortices by immunopanning.</a> Cold Spring Harb Protoc. 2013 (9), 854-868 (2013).</li>
<li>Cahoy, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+transcriptome+database+for+astrocytes%2C+neurons%2C+and+oligodendrocytes%3A+a+new+resource+for+understanding+brain+development+and+function%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">A transcriptome database for astrocytes, neurons, and oligodendrocytes: a new resource for understanding brain development and function.</a> J Neurosci. 28 (1), 264-278 (2008).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+RNA-sequencing+transcriptome+and+splicing+database+of+glia%2C+neurons%2C+and+vascular+cells+of+the+cerebral+cortex%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">An RNA-sequencing transcriptome and splicing database of glia, neurons, and vascular cells of the cerebral cortex.</a> J Neurosci. 34 (36), 11929-11947 (2014).</li>
<li>Cheng, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bone+morphogenetic+protein+signaling+and+olig1%2F2+interact+to+regulate+the+differentiation+and+maturation+of+adult+oligodendrocyte+precursor+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Stem+Cells%22%5BJournal%5D)">Bone morphogenetic protein signaling and olig1/2 interact to regulate the differentiation and maturation of adult oligodendrocyte precursor cells.</a> Stem Cells. 25 (12), 3204-3214 (2007).</li>
<li>Andrews, S. FastQC: A quality control tool for high throughput sequencing data. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/">http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/</a> (2018).</li>
<li>Bolger, A. M., Lohse, M., Usadel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Trimmomatic%3A+a+flexible+trimmer+for+Illumina+sequence+data%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.</a> Bioinformatics. 30 (15), 2114-2120 (2014).</li>
<li>Langmead, B., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fast+gapped-read+alignment+with+Bowtie+2%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fast gapped-read alignment with Bowtie 2.</a> Nat Methods. 9 (4), 357-359 (2012).</li>
<li>Li, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Sequence+Alignment%2FMap+format+and+SAMtools%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">The Sequence Alignment/Map format and SAMtools.</a> Bioinformatics. 25 (16), 2078-2079 (2009).</li>
<li>Heinz, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Simple+combinations+of+lineage-determining+transcription+factors+prime+cis-regulatory+elements+required+for+macrophage+and+B+cell+identities%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Simple combinations of lineage-determining transcription factors prime cis-regulatory elements required for macrophage and B cell identities.</a> Mol Cell. 38 (4), 576-589 (2010).</li>
<li>Team, R. C. <a target="_blank" href="https://www.gbif.org/tool/81287/r-a-language-and-environment-for-statistical-computing">A language and environment for statistical computing.</a> R Foundation for Statistical Computing. , (2015).</li>
<li>Kharchenko, P. V., Tolstorukov, M. Y., Park, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+analysis+of+ChIP-seq+experiments+for+DNA-binding+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Design and analysis of ChIP-seq experiments for DNA-binding proteins.</a> Nat Biotechnol. 26 (12), 1351-1359 (2008).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/gb-2008-9-9-r137">Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS).</a> Genome Biol. 9 (9), R137(2008).</li>
<li>Quinlan, A. R., Hall, I. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BEDTools%3A+a+flexible+suite+of+utilities+for+comparing+genomic+features%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features.</a> Bioinformatics. 26 (6), 841-842 (2010).</li>
<li>Robinson, J. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+genomics+viewer%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Integrative genomics viewer.</a> Nat Biotechnol. 29 (1), 24-26 (2011).</li>
<li>Bailey, T. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MEME+SUITE%3A+tools+for+motif+discovery+and+searching%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">MEME SUITE: tools for motif discovery and searching.</a> Nucleic Acids Res. 37 (Web Server issue), W202-W208 (2009).</li>
<li>Sims, D., Sudbery, I., Ilott, N. E., Heger, A., Ponting, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sequencing+depth+and+coverage%3A+key+considerations+in+genomic+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses.</a> Nat Rev Genet. 15 (2), 121-132 (2014).</li>
<li>Landt, S. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ChIP-seq+guidelines+and+practices+of+the+ENCODE+and+modENCODE+consortia%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia.</a> Genome Res. 22 (9), 1813-1831 (2012).</li>
<li>Consortium, E. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+integrated+encyclopedia+of+DNA+elements+in+the+human+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome.</a> Nature. 489 (7414), 57-74 (2012).</li>
<li>Mazzoni, E. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Embryonic+stem+cell-based+mapping+of+developmental+transcriptional+programs%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Embryonic stem cell-based mapping of developmental transcriptional programs.</a> Nat Methods. 8 (12), 1056-1058 (2011).</li>
<li>Kheradpour, P., Kellis, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+discovery+and+characterization+of+regulatory+motifs+in+ENCODE+TF+binding+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Systematic discovery and characterization of regulatory motifs in ENCODE TF binding experiments.</a> Nucleic Acids Res. 42 (5), 2976-2987 (2014).</li>
<li>Dugas, J. C., Tai, Y. C., Speed, T. P., Ngai, J., Barres, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+genomic+analysis+of+oligodendrocyte+differentiation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Functional genomic analysis of oligodendrocyte differentiation.</a> J Neurosci. 26 (43), 10967-10983 (2006).</li>
<li>Gilfillan, G. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Limitations+and+possibilities+of+low+cell+number+ChIP-seq%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Limitations and possibilities of low cell number ChIP-seq.</a> BMC Genomics. 13, 645(2012).</li>
<li>Raskatov, J. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modulation+of+NF-kappaB-dependent+gene+transcription+using+programmable+DNA+minor+groove+binders%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Modulation of NF-kappaB-dependent gene transcription using programmable DNA minor groove binders.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 109 (4), 1023-1028 (2012).</li>
<li>Cheneby, J., Gheorghe, M., Artufel, M., Mathelier, A., Ballester, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ReMap+2018%3A+an+updated+atlas+of+regulatory+regions+from+an+integrative+analysis+of+DNA-binding+ChIP-seq+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">ReMap 2018: an updated atlas of regulatory regions from an integrative analysis of DNA-binding ChIP-seq experiments.</a> Nucleic Acids Res. , (2017).</li>
<li>Yevshin, I., Sharipov, R., Valeev, T., Kel, A., Kolpakov, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GTRD%3A+a+database+of+transcription+factor+binding+sites+identified+by+ChIP-seq+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">GTRD: a database of transcription factor binding sites identified by ChIP-seq experiments.</a> Nucleic Acids Res. 45 (D1), D61-D67 (2017).</li>
<li>Kulakovskiy, I. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HOCOMOCO%3A+a+comprehensive+collection+of+human+transcription+factor+binding+sites+models%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">HOCOMOCO: a comprehensive collection of human transcription factor binding sites models.</a> Nucleic Acids Res. 41 (Database issue), D195-D202 (2013).</li>
<li>Jain, D., Baldi, S., Zabel, A., Straub, T., Becker, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Active+promoters+give+rise+to+false+positive+%27Phantom+Peaks%27+in+ChIP-seq+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Active promoters give rise to false positive 'Phantom Peaks' in ChIP-seq experiments.</a> Nucleic Acids Res. 43 (14), 6959-6968 (2015).</li>
<li>Gerstein, M. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Architecture+of+the+human+regulatory+network+derived+from+ENCODE+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Architecture of the human regulatory network derived from ENCODE data.</a> Nature. 489 (7414), 91-100 (2012).</li>
</ol>

Les auteurs déclarent qu’ils n’ont aucun intérêt financier concurrentes.

Réseaux de règlement de gène mammifère sont très complexes. ChIP-seq est une méthode puissante pour étudier les interactions ADN-protéines de génome. Ce protocole comprend comment faire Olig2 ChIP-seq en utilisant un nombre faible de l’OPCs purifiées de cerveaux de souris (aussi bas que 20 mille cellules par réaction). La première étape clée pour que ce protocole est la purification de l’OPCs de cerveaux de souris par immunopanning avec anticorps PDGFRα. Pour la sélection positive de l’OPCs avec plaques PDGFRα enduit, OP...

Il est important d’étudier les protéines (ou complexe protéique) liaisons de l’ADN et les marques épigénétiques pour construire des réseaux de régulation transcriptionnelles impliqués dans divers processus biologiques. En particulier, les liaisons des facteurs de transcription de l’ADN génomique peuvent jouer un rôle important dans la régulation des gènes, la différenciation cellulaire et le développement des tissus. Un outil puissant pour l’étude de la régulation transcriptionnelle et mécanismes épigénétiques est immunoprécipitation de la chromatine (ChIP). En raison des progrès rapides dans la prochaine génération de technologies de séquençage, puces couplé avec le séquençage haut-débit (ChIP-seq) est utilisé pour les analyses des liaisons protéine-ADN et les marques épigénétiques1. Toutefois, un protocole standard de ChIP-seq nécessite environ 20 millions de cellules par réaction, ce qui rend l’application de cette technique difficile lorsque le nombre de cellules est limité, tels que l’isolement de cellules primaires et populations cellulaires rares.
Oligodendrocytes lignée, y compris les cellules de précurseurs d’oligodendrocytes (OPC) et des oligodendrocytes sont largement distribués dans tout le cerveau et sont essentiels pour le développement et le fonctionnement du cerveau. Comme un type de cellules précurseurs, OPCs sont capables d’auto-renouvellement et de différenciation. OPC non seulement service de progéniteurs d’oligodendrocytes, mais joue également un rôle important dans la propagation de la signalisation neuronale en communiquant avec d’autres types de cellules de cerveau2. Des études antérieures ont suggéré que le développement des oligodendrocytes est régulée par des facteurs de transcription spécifiques lignée telles que Olig2 et Sox103,4. Ces facteurs de transcription ont été trouvés pour lier aux régions promoteur ou exhausteur de certains gènes cruciaux pour influencer leur expression au cours de la spécification de l’oligodendrocyte et la différenciation. Toutefois, il est difficile d’identifier la liaison ADN des protéines (ou complexe protéique) présentant un intérêt en aiguë purifiées OPCs primaires avec un nombre très limité de cellules.
Ce protocole décrit comment examiner systématiquement l’immunoprécipitée ADN génomique par Olig2 en OPCs purifié de la souris à l’échelle du génome en utilisant la technique de ChIP-seq. OPCs de cerveaux de souris ont été intensément purifiées par immunopanning et utilisés dans une expérience de puce sans prolifération in vitro. Un nombre limité de l’OPCs peut être obtenu par immunopanning et est insuffisant pour des expériences de ChIP-seq standards. Dans les présentes, un protocole de ChIP-seq basse-cellule avec aussi peu que 20 mille cellules par réaction de la puce pour les facteurs de transcription est décrit. En bref, réticulé de cellules ont été lysées et sonication par un dispositif de sonication pour cisailler la chromatine. La chromatine cisaillée est incubée avec Olig2 anticorps, mais aussi des protéines A recouvert de perles pour précipiter l’ADN génomique anticorps lié Olig2. Après élution de billes de protéine A revêtu et réticulation inverse, précipitée par les anticorps Olig2 de l’ADN génomique a été purifiée par extraction au phénol-chloroforme. Le produit obtenu a été quantifié et T-tailing, apprêt recuit changement de modèle et de l’extension, l’ajout d’adaptateurs et amplification, sélection de la taille de bibliothèque et de purification les étapes pour la construction de bibliothèque de ChIP-seq.
Après le séquençage, la qualité des lectures brutes de l’échantillon préparé avec de l’anticorps de Olig2 transcription factor et l’échantillon de contrôle a été analysée. Paires de bases de faible qualité et adaptateur contenant lire des fragments ont été taillés. Ensuite, parés de lectures étaient alignés sur le génome de référence de souris. Les régions génomiques qui ont considérablement enrichies pour les lectures de puce, par rapport au témoin, ont été détectés comme des pics. Des pics importants, représentant de potentiels sites de fixation de facteurs de transcription, ont été filtrés et visualisés dans un navigateur de génome.
Notamment, la méthode décrite dans le présent protocole peut être largement utilisée pour ChIP-seq, d’autres facteurs de transcription avec n’importe quel type de cellule d’un nombre limité.

<table><tbody><tr><td><fort>réactif/équipement</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Banderiaea simplicifolia lectine 1</td><td>Vector Laboratories</td><td># L-1100</td><td></td></tr><tr><td>Anticorps anti-PDGFRa pour rat</td><td>BD Bioscience</td><td># 558774</td><td></td></tr><tr><td>Kit de dissociation du tissu neural (P)</td><td>MACS Miltenyi Biotec</td><td># 130-092-628</td><td></td></tr><tr><td>Accutase</td><td>Technologies STEMCELL</td><td># 07920</td><td></td></tr><tr><td>TRIzol</td><td>Thermo Fisher</td><td># 15596026</td><td></td></tr><tr><td>Anti-NG2 Chondroïtine Sulfate Protéoglycane</td><td>Anticorps Millipore</td><td># AB5320</td><td></td></tr><tr><td>Bioruptor Pico sonication dispositif</td><td>Diagenode</td><td># B01060001</td><td></td></tr><tr><td>True MicroChIP kit</td><td>Diagenode</td><td># C01010130</td><td></td></tr><tr><td>Phénol :Chloroforme :Alcool isoamylique (25:24:1, v/v)</td><td>Thermo Fisher</td><td># 15593031</td><td></td></tr><tr><td>NucleoSpin Gel et kit de nettoyage PCR</td><td>MACHEREY-NAGEL</td><td># 740609</td><td></td></tr><tr><td>Quant-iT PicoGreen dsDNA Assay</td><td>Kit Thermo Fisher</td><td># P11496</td><td></td></tr><tr><td>DNA SMART ChIP-Seq</td><td>kit Clontech Laboratories</td><td># 634865</td><td></td></tr><tr><td>Agencourt AMPure XP</td><td>Beckman Voulter</td><td># A63880</td><td></td></tr><tr><td>GlycoBlue</td><td>Thermo Fisher</td><td># AM9516</td><td></td></tr><tr><td>pico-green</td><td>Thermo Fisher</td><td># P11496</td><td></td></tr><tr><td>D-PBS</td><td>Thermo Fisher</td><td># 14190-144</td><td></td></tr><tr><td>SYBR Green master mix</td><td>Bio-Rad Laboratories</td><td># 1725124</td><td></td></tr><tr><td>DMEM/F12</td><td>Fisher Scientific</td><td># 11-320-033</td><td></td></tr><tr><td>Pénicilline-Streptomycine (P/S)</td><td>Fisher Scientific</td><td># 15140122</td><td></td></tr><tr><td>N-2 Supplément</td><td>Fisher Scientific</td><td># 17502048</td><td></td></tr><tr><td>B-27 Supplément</td><td>Fisher Scientific</td><td># 17504044</td><td></td></tr><tr><td>insuline</td><td>Sigma</td><td># I6634</td><td>Préparez une solution d’insuline à 0,5 mg/ml en dissolvant 5 mg d’insuline dans 10 ml d’eau et 50 &mu ; l de 1 N HCl.</td></tr><tr><td>Albumine sérique bovine, adaptée à la culture cellulaire (BSA)</td><td>Sigma</td><td># A4161</td><td>Préparez une solution de BSA à 4 % en dissolvant 4 g de BSA dans 100 ml de D-PBS et ajustez le pH à 7,4</td></tr><tr><td>Fibroblast Growth Factor basic Protein, Human recombinant (bFGF)</td><td>EMD Millipore</td><td># GF003</td><td></td></tr><tr><td>HUMAN PDGF-AA</td><td>VWR</td><td># 102061-188</td><td></td></tr><tr><td>poly-D-lysine</td><td>VWR</td><td># IC15017510</td><td>Préparez une solution de poly-D-lysine à 1 mg/ml en dissolvant 10 mg de poly-D-lysine dans 10 ml d’eau et diluez 100 fois lors de l’utilisation.</td></tr><tr><td>Boîtes de Pétri jetables Falcon, Stérile, Corning, 100x15mm</td><td>VWR</td><td># 25373-100</td><td></td></tr><tr><td>Boîtes de Pétri jetables Falcon, Stérile, Corning, 150x15mm</td><td>VWR</td><td># 25373-187</td><td></td></tr><tr><td>HBSS, 10X, sans calcium, sans magnésium, sans rouge de phénol</td><td>Fisher Scientific</td><td># 14185-052</td><td></td></tr><tr><td>Trypan Blue</td><td>Stemcell Technologies</td><td># 07050</td><td></td></tr><tr><td>cocktail d’inhibiteur de protéase</td><td>Sigma</td><td># 11697498001</td><td></td></tr><tr><td>Software</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>FastQC</td><td>[10] http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/</td><td></td> <td>Obtention de métriques de contrôle qualité des lectures brutes et tronquées</td></tr><tr><td>Trimmomatic 0.33</td><td>[11] http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic</td><td></td><td>Tronquage et filtrage des lectures brutes</td></tr><tr><td>GENCODE mm10</td><td>ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_mouse/release_M15/GRCm38.primary_assembly.genome.fa.gz</td><td></td><td>Génome de référence de souris</td></tr><tr><td>Bowtie2 2.2.4</td><td>[12] http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml</td><td></td><td>Alignement des lectures sur un génome de référence</td></tr><tr><td>SAMTools 1.5</td><td>[13] http://samtools.sourceforge.net/</td><td></td> <td>Conversion d’un fichier SAM au format BAM</td></tr><tr><td>HOMER 4.9.1</td><td>[14] http://homer.ucsd.edu/homer/</td><td></td> <td>Création d’un répertoire de balises et annotation de régions génomiques enrichies avec des symboles de gènes</td></tr><tr><td>R 3.2.2</td><td>[15] https://www.R-project.org/</td><td></td> <td>Programmation de scripts et exécution de fonctions</td></tr><tr><td>SPP 1.13</td><td>[16] https://github.com/hms-dbmi/spp</td><td></td><td>Création d’un tracé de corrélation croisée</td></tr><tr><td>de brins MACS2 2.2.4</td><td>[17] https://github.com/taoliu/MACS</td><td></td><td>Recherche de régions d’enrichissement ChIP par rapport</td></tr><tr><td>au contrôle BEDTools 2.25</td><td>[18] http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/</td><td></td> <td>Arithmétique du génome</td></tr><tr><td>bedGraphToBigWig</td><td>http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/</td><td></td> <td>Conversion d’un fichier bedGraph en</td></tr><tr><td>navigateur IGV bigwig 2.3.58</td><td>[19] http://software.broadinstitute.org/software/igv/</td><td></td> <td>Visualisation et navigation de pics significatifs ChIP-seq</td></tr> Microsoft <tr><td>Excel</td><td></td><td></td><td>Spreasheet programme</td></tr><tr><td>Liste noire d’ENCODE</td><td>https://sites.google.com/site/anshulkundaje/projects/blacklists</td><td></td><td>Filtrage pics</td></tr><tr><td>mm10.chrom.sizes</td><td>http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/mm10.chrom.sizes.</td><td></td><td>Conversion du fichier bedGraph en</td></tr><tr><td>base de données de motifs d’ENCODE</td><td>[25] http://compbio.mit.edu/encode-motifs/</td><td></td> <td>Base de données complète de motifs requise pour l’enrichissement des motifs</td></tr><tr><td>MEME-ChIP</td><td>[20] http://meme-suite.org/index.html</td><td></td><td>Analyse de l’enrichissement des motifs et découverte de</td></tr> <tr><td>motifsPrimer names used for qPCR</td><td></td><td></td><td>Séquences d’amorces utilisées pour la qPCR</td></tr><tr><td>Mbp-F :</td><td></td><td></td><td>CTATAAATCGGCTCACAAGG</td></tr><tr><td>Mbp-R :</td><td></td><td></td><td>AGGCGGTTATATTAAGAAGC</td></tr><tr><td>Iba1-F :</td><td></td><td></td><td>ACTGCCAGCCTAAGACAACC</td></tr><tr><td>Iba1-R :</td><td></td><td></td><td>GCTTTTCCTCCCTGCAAATCC</td></tr><tr><td>Mog-F :</td><td></td><td></td><td>GGCTTCTTGGAGGAAGGGAC</td></tr><tr><td>Mog-R :</td><td></td><td></td><td>TGAATTGTCCTGCATAGCTGC</td></tr><tr><td>GAPDH-F</td><td></td><td></td><td>ATGACATCAAGAAGGTGGTG</td></tr><tr><td>GAPDH-R</td><td></td><td></td><td>CATACCAGGAAATGAGCTTG</td></tr><tr><td>Tuj1-F</td><td></td><td></td><td>TTTTCGTCTCTAGCCGCGTG</td></tr><tr><td>Tuj1-R</td><td></td><td></td><td>GATGACCTCCCAGAACTTGGC</td></tr><tr><td>PDGFR&alpha ;-F</td><td></td><td></td><td>AGAGTTACACGTTTGAGCTGTC</td></tr><tr><td>PDGFR&alpha ;-R</td><td></td><td></td><td>GTCCCTCCACGGTACTCCT</td></tr></tbody></table>

identification des sites de facteur de transcription olig2 génomique fixation aiguë purifiée cellules pdgfrα + par immunoprécipitation de la chromatine low-cellule analyse de séquençage

Identifying Transcription Factor Olig2 Genomic Binding Sites in Acutely Purified PDGFR&#945;+ Cells by Low-cell Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Analysis

Dans les cellules de mammifères, transcription génique est régie d’une manière spécifique de type cellulaire par les interactions des facteurs transcriptionnels avec l’ADN génomique. Sont considérés comme des facteurs de transcription spécifiques lignage jouent un rôle essentiel dans la spécification des cellules et la différenciation au cours du développement. Puce, couplé avec le séquençage haut-débit (ChIP-seq) est largement utilisé pour analyser le génome accepteurs de facteurs de transcription (ou son complexe associé) d’ADN génomique. Toutefois, un grand nombre de cellules est nécessaire pour une réaction de puce standard, ce qui rend difficile d’étudier le nombre limité de cellules isolées de primaire ou de populations cellulaires rares. Afin de comprendre le mécanisme de régulation de transcription de lignée spécifique oligodendrocyte facteur Olig2 chez la souris parfaitement purifiée OPCs, une méthode détaillée à l’aide de ChIP-seq pour identifier les sites de liaison pangénomique du Olig2 (ou Olig2 complexe) est montré. Tout d’abord, le protocole explique comment purifier l’alpha du récepteur de facteur de croissance dérivé des plaquettes (PDGFRα) positifs OPCs de cerveaux de souris. Ensuite, Olig2 anticorps médiée par puce et construction de la bibliothèque sont effectuées. La dernière partie décrit le logiciel bioinformatique et les méthodes utilisées pour l’analyse Olig2 ChIP-seq. En résumé, cet article présente une méthode pour analyser les liaisons pangénomique du facteur de transcription Olig2 cerveau parfaitement purifiée OPCs.

Basse-cellule ChIP-seq a été réalisée et des analyses bioinformatiques ont été effectuées pour étudier les interactions potentielles de facteur de transcription Olig2 avec l’ADN génomique purifié aiguë cerveau OPCs. La figure 1 montre un flux de travail général d’expérimental et la procédure d’analyse de données. Dans ce protocole, les cerveaux de souris postnatal est dissociés en une suspension de cellules individuelles. Après dissociation tissulaire, immuno...

Nous présentons ici un protocole qui vise à analyser la liaison pangénomique du facteur de transcription oligodendrocyte 2 (Olig2) dans cerveau parfaitement purifiée précurseur oligodendrocytes (OPCs) en effectuant l’immunoprécipitation de la chromatine basse-cellule (ChIP) , préparation de bibliothèque, séquençage haut-débit et des analyses de données bioinformatiques.

Identification des Sites de facteur de Transcription Olig2 génomique fixation aiguë purifiée cellules PDGFRα + par immunoprécipitation de la chromatine Low-cellule analyse de séquençage

In mammalian cells, gene transcription is regulated in a cell type specific manner by the interactions of transcriptional factors with genomic DNA. ...

L’objectif global de cette expérience est d’analyser la liaison à l’échelle du génome du facteur de transcription des oligodendrocytes deux dans des cellules précurseurs d’oligodendrocytes du cerveau purifiées de manière aiguë en effectuant un immunopanning, une immunoprécipitation de la chromatine à faible cellule, un séquençage à haut débit et une analyse des données bioinformatiques. Cette méthode est un outil puissant pour étudier la régulation transcriptionnelle à l’échelle du génome et les mécanismes épigénétiques, qui jouent un rôle important dans la différenciation et le développement cellulaires. Le principal avantage de cette technique est qu’elle est largement applicable dans le ChIP-seq d’autres facteurs de transcription avec n’importe quel type de cellule en nombre limité, y compris les cellules primaires purifiées de manière aiguë sans prolifération in vitro.La démonstration de la procédure sera assurée par Yanan You, un post-doctorant de mon laboratoire. Elle est co-auteure de cet article. Pour sélectionner les cellules PDGFR-alpha-positives, préparez une plaque pour l’immunopanoramique.Préparez deux autres plaques pour la déplétion des cellules endothéliales et de la microglie. Ensuite, enduisez une boîte de Pétri de 10 centimètres avec 30 microlitres d’immunoglobuline anti-rat de chèvre. Ensuite, agitez la plaque afin de vous assurer que toute la surface de la plaque est uniformément recouverte de la solution de revêtement.Laissez la boîte de Pétri toute la nuit à quatre degrés Celsius. Ensuite, diluez 40 microlitres d’anticorps anti-PDGFR-alpha de rat avec 12 millilitres de DPBS contenant 0,2 % d’albumine sérique bovine. Ensuite, lavez la plaque d’immunoglobuline G avec 10 millilitres de 1X DPBS pendant trois fois consécutives.Ensuite, incubez la plaque d’immunoglobuline G avec une solution d’anticorps PDGFR-alpha à température ambiante pendant quatre heures. Après quatre heures, ajoutez soigneusement le DPBS le long de la paroi latérale de la plaque pour laver trois fois la plaque recouverte d’anticorps anti-PDGFR-alpha pour rat. Ne dérangez pas la surface revêtue de la plaque.Ensuite, utilisez 20 millilitres de DPBS avec 2,3 microgrammes par millilitre de BSL-1 pour enduire deux plaques de Petri de 15 centimètres pendant deux heures. Après l’incubation, ajoutez soigneusement 20 millilitres de DPBS le long de la paroi latérale de la plaque pour laver la plaque BSL-1 trois fois. Ne dérangez pas la surface revêtue.Après le lavage, centrifugez la suspension unicellulaire à 300 fois g pendant 10 minutes à température ambiante. Après la centrifugation, ajoutez 15 millilitres de tampon d’immunopanning à la pastille cellulaire. Ensuite, incubez les suspensions unicellulaires de deux cerveaux de souris de manière séquentielle sur deux boîtes de Pétri recouvertes de BSL-1.Ensuite, laissez les plaques pendant 15 minutes à température ambiante. Agitez la plaque toutes les cinq minutes pendant l’incubation. Ensuite, faites tourner doucement la plaque pour recueillir toutes les cellules non adhérentes de la suspension cellulaire.Ensuite, ensemencez les cellules sur la plaque recouverte d’anticorps PDGFR-alpha de rat. Incuber la plaque pendant 45 minutes à température ambiante. Au bout de 45 minutes, remuez à nouveau l’assiette.Ensuite, jetez la suspension cellulaire. Ensuite, rincez la plaque avec du DPBS huit fois pour éliminer les cellules non adhérentes. Examinez la plaque au microscope.Ensuite, ajoutez la solution de détachement cellulaire sur la plaque recouverte d’anticorps PDGFR-alpha de rat. Ensuite, incubez l’assiette à 37 degrés Celsius pendant 10 minutes. Pendant ce temps, secouez la plaque pour déloger les cellules adhérentes et examinez-la au microscope.Ensuite, centrifugez les cellules à 300 fois g à température ambiante. Après la centrifugation, remettre en suspension la pastille cellulaire avec un millilitre de milieu de culture cellulaire OPC. Ensuite, comptez les cellules à l’aide de la méthode d’exclusion du bleu de trypan dans un hémocytomètre.Après avoir compté dans un hémocytomètre, ajoutez 20 000 OPC purifiés dans un millilitre de milieu de culture cellulaire OPC pour la réaction ChIP. Ensuite, ajoutez 27 microlitres de 36,5 % de formaldéhyde à température ambiante pendant 10 minutes. Cela fixera les cellules.Après 10 minutes, ajoutez 50 microlitres de glycine à 2,5 molaires sur les cellules fixes pendant cinq minutes à température ambiante. L’ajout de glycine arrêtera la réticulation ADN-protéine. Ensuite, lavez les cellules réticulées avec un millilitre de tampon HBSS avec un cocktail d’inhibiteurs de protéase.Ensuite, centrifugez les cellules dans une centrifugeuse pré-refroidie à 300 fois g à quatre degrés Celsius. Après la réticulation des OPC purifiés, les cellules réticulées doivent être lavées à l’aide d’une solution HBSS glacée, et les étapes restantes de ChIP doivent être effectuées à quatre degrés, sinon l’anticorps ne peut pas précipiter correctement l’ADN génomique. Ensuite, ajoutez 25 microlitres de tampon de lyse complet à la pastille cellulaire et laissez sur la glace pendant cinq minutes.Ensuite, pipetez 75 microlitres de tampon HBSS glacé avec un cocktail d’inhibiteurs de protéase. Ensuite, cisaillez la chromatine du lysat cellulaire dans un système de sonication pré-refroidi avec cinq cycles de 30 secondes de marche et 30 secondes de programme d’arrêt. Une fois la chromatine cisaillée, centrifugez le lysat cellulaire à 14 000 fois g pendant 10 minutes à quatre degrés Celsius.À la fin de la centrifugation, récupérez le surnageant. Ensuite, diluez 100 microlitres de chromatine cisaillée avec un volume égal de tampon ChIP glacé avec inhibiteur de protéase. Ensuite, ajoutez un microlitre d’anticorps anti-Olig2 de lapin à 180 microlitres de chromatine cisaillée diluée.Incuber les tubes sur une roue rotative pendant 16 heures à quatre degrés Celsius à 40 tours par minute. Ensuite, ajoutez 10 microlitres de billes de protéine A prélavées dans le tube de réaction ChIP dans une chambre froide. Encore une fois, incubez les tubes ChIP à quatre degrés Celsius pendant encore deux heures sur la roue rotative.Au bout de deux heures, laissez le tube de réaction ChIP sur la grille magnétique pendant une minute. Ensuite, lavez la pastille de perle avec 100 microlitres de quatre tampons de lavage chacun pendant quatre minutes sur une roue rotative à quatre degrés Celsius. Ensuite, ajoutez 200 microlitres de tampon d’élution à la pastille de bille.Incuber le tube de réaction à 65 degrés Celsius pendant quatre heures. Une fois que l’ADN double brin est dénaturé, déphosphorylez l’extrémité trois premiers de l’ADN simple brin en ajoutant de la phosphatase alcaline de crevette. Ensuite, ajoutez une queue poly-T à l’ADN simple brin en utilisant la désoxynucléotidyltransférase terminale.Ensuite, recuit l’amorce poly-dA de l’ADN sur la matrice d’ADN simple brin. Ensuite, amplifiez la bibliothèque de séquences ChIP à l’aide d’amorces directes et inverses pour l’indexation. Le nombre de cycles de PCR pour la préparation de la banque dépend de la quantité d’ADN de départ.Une bonne préparation de banque nécessite une quantification précise de la quantité d’ADN d’entrée. Trop ou trop peu de cycles de PCR peuvent influencer la concentration de la bibliothèque, ainsi que la complexité, conduisant à des artefacts de PCR. À l’aide de billes paramagnétiques, sélectionnez les fragments allant de 250 à 500 paires de bases dans la bibliothèque de séquences ChIP amplifiées par PCR.Utilisez un dispositif d’électrophorèse capillaire à puce microfluidique pour examiner la qualité de la bibliothèque de séquences ChIP sélectionnée. Pour évaluer la pureté des OPC immunopanés, des études d’immunomarquage sont effectuées. En utilisant l’anticorps NG2, marqueur de la lignée OPC, il montre que la majorité des cellules immunopanées de l’anticorps PDGFR-alpha sont NG2 positives.Ensuite, une PCR quantitative est effectuée pour vérifier l’enrichissement en PDGFR-alpha. Le graphique obtenu montre une faible expression de Tuj1, un marqueur neuronal indiquant un enrichissement significatif en PDGFR-alpha par rapport aux cellules cérébrales dissociées. Des résultats similaires sont obtenus montrant une faible expression de tous les autres marqueurs, tels que GFAP, Mog et Mbp, indiquant un enrichissement en PDGFR-alpha.Ensuite, la qualité de la bibliothèque de séquences ChIP est analysée. L’électrophérogramme représente un pic clair pour le facteur de transcription Olig2 allant de 250 à 500 paires de bases après sélection de la taille du produit PCR de la bibliothèque. Ici, l’histogramme montre la clonalité de la balise, pour vérifier les métriques de contrôle qualité obtenues avant l’appel de pointe.La barre indique que plus de 90 % des lectures sont mappées à un seul emplacement génomique. Ensuite, on obtient un graphique de corrélation des brins, qui représente un pic enrichi correspondant à la longueur prédominante du fragment. Dans le graphique, les lignes rouges représentent la longueur de lecture à 50 paires de bases et la longueur du fragment à 130 paires de bases, respectivement, indiquant ainsi des données de haute qualité.Une fois maîtrisée, cette technique peut être réalisée en trois jours si elle est correctement exécutée. Après son développement, cette technique a ouvert la voie aux chercheurs pour explorer le site de liaison à l’ADN à l’échelle du génome des facteurs de transcription et d’autres protéines dans les cellules primaires ou les cellules rares. Après avoir regardé cette vidéo, vous devriez avoir une bonne compréhension de la façon de purifier les OPC primaires du cerveau de la souris par immunopanning et comment effectuer l’expérience ChIP-seq en utilisant un faible nombre de cellules.

identifying-transcription-factor-olig2-genomic-binding-sites-acutely

Research

Recherche

JoVE Journal

Neuroscience

Neurosciences

Ici, nous présentons une immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) procédure pour analyse de la localisation du génome entier d'isoformes de protéines qui diffèrent dans un domaine histone-contraignant. Nous sommes en l'appliquant à ChIP-Seq analyse pour identifier les cibles de la déméthylase KDM5A/JARID1A/RBP2 histones.

Analyse du génome entier en utilisant ChIP d&#39;identifier les gènes cibles spécifiques Isoform

CHIRP est une nouvelle technique et rapide à la carte génomique des sites de liaison de l'ARN non codantes de longues (lncRNAs). La méthode tire parti de la spécificité des oligonucléotides carrelage anti-sens pour permettre le dénombrement des sites génomiques lncRNA assortis.

Isolement de la chromatine par purification d&#39;ARN (CHIRP)

Cette vidéo décrit le protocole de dosage par immunoprécipitation de la chromatine (ChIP), qui est une technique classique pour démontrer les interactions protéine-ADN. Cette technique est utilisée pour identifier les gènes cibles dans les cellules de leucémie lymphoïde chronique humaine.

Dosage de l’immunoprécipitation de la chromatine : une technique pour étudier les interactions protéine-ADN dans les cellules

Dans cette vidéo, nous démontrons la technique d’immunoprécipitation de la chromatine pour identifier les sites de liaison aux protéines sur des régions spécifiques de l’ADN génomique des cellules précurseurs d’oligodendrocytes via l’immunoprécipitation sélective de fragments de chromatine liés aux protéines. Cette méthode permet d’étudier l’interaction de plusieurs protéines régulatrices, y compris les facteurs de transcription impliqués dans la régulation des gènes.

Immunoprécipitation de la chromatine pour identifier les sites de liaison aux protéines cibles sur l’ADN génomique

Nous décrivons une méthode robuste pour immunoprécipitation de la chromatine en utilisant des cellules T primaires. La méthode est fondée sur des approches standard, mais utilise un ensemble spécifique de conditions et de réactifs qui améliorent l'efficacité pour une quantité limitée de cellules. Surtout, une description détaillée de la phase d'analyse des données est présentée.

Immunoprécipitation de la chromatine efficace en utilisant des quantités limitées de biomasse

La combinaison de l'immunoprécipitation de la chromatine et le séquençage ultra-haut débit (chip-seq) permet d'identifier et de cartographier les interactions protéine-ADN dans une lignée de tissu ou de cellule donné. Décrit est de savoir comment générer un modèle de puce de haute qualité pour le séquençage ultérieur, en utilisant l'expérience avec le facteur de transcription TCF7L2 comme un exemple.

Génération de haute qualité Immunoprécipitation de la chromatine Patron de l&#39;ADN pour le séquençage à haut débit (ChIP-seq)

Dans ce travail, nous fournissons un flux de travail expérimental sur la façon dont les amplificateurs actifs peuvent être identifiés et validés expérimentalement.

Prédiction et validation des éléments de réglementation gène activé Pendant l&#39;acide rétinoïque induit la différenciation des cellules souches embryonnaires

Ce protocole décrit l’utilisation de combinatoire de ChIP-seq, 4sU-seq, total RNA-seq et ribosomes profilage de lignées cellulaires et les cellules primaires. Il permet aux changements suivi de transcription-facteur contraignant, novo de transcription, l’ARN traitement, chiffre d’affaires et traduction au fil du temps et d’afficher le cours général des événements dans les cellules activées ou évolues rapidement.

Analyse en temps réel du facteur de Transcription Binding, Transcription, traduction et chiffre d’affaires pour afficher des événements mondiaux au cours de l’Activation cellulaire

Leucémie lymphoïde chronique (LLC) est la leucémie la plus courante dans le monde occidental. Facteurs de transcription NFAT sont des régulateurs importants de développement et l’activation de nombreux types de cellules. Nous présentons ici un protocole pour l’utilisation de l’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) dans les cellules humaines de CLL pour identifier les gènes de la nouvelle cible de NFAT2.

Une analyse d’immunoprécipitation de la chromatine pour identifier les gènes cibles de nouveaux NFAT2 dans la leucémie lymphoïde chronique

Nous rapportons l’application de la capture quantitative de conformation de chromosome suivie du séquençage à haut débit dans les corps embryonnaires générés par les cellules souches embryonnaires. Cette technique permet d’identifier et de quantifier les contacts entre les exhausteurs putatifs et les régions promoteurs d’un gène donné lors de la différenciation des cellules souches embryonnaires.

Identification des contacts Enhancer-Promoteur dans les corps embryonnaires par capture quantitative de conformation des chromosomes (4C)

Les domaines intrinsèquement désordonnés sont importants pour la fonction du facteur de transcription de fusion oncogène. Pour cibler thérapeutiquement ces protéines, une compréhension plus détaillée des mécanismes de régulation employés par ces domaines est nécessaire. Ici, nous utilisons la transcriptomique pour cartographier les caractéristiques structurelles importantes du domaine EWS intrinsèquement désordonné dans le sarcome d’Ewing.

Cartographie des relations structure-fonction des facteurs de transcription oncogènes désordonnés à l’aide de l’analyse transcriptomique

Découvrez l'analyse ChIP-seq à faible nombre de cellules pour étudier la liaison génomique du facteur de transcription Olig2 dans les cellules précurseuses d'oligodendrocytes purifiées. Cette méthode bioinformatique révèle les mécanismes épigénétiques de la différenciation cellulaire.

Identification des Sites de facteur de Transcription Olig2 génomique fixation aiguë purifiée cellules PDGFRα + par immunoprécipitation de la chromatine Low-cellule analyse de séquençage (Vidéo) | JoVE Journal

Identification des Sites de facteur de Transcription Olig2 génomique fixation aiguë purifiée cellules PDGFRα + par immunoprécipitation de la chromatine Low-cellule analyse de séquençage

Explorer plus de vidéos