Name: Identification des Sites de facteur de Transcription Olig2 génomique fixation aiguë purifiée cellules PDGFRα + par immunoprécipitation de la chromatine Low-cellule analyse de séquençage (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-04-16T14:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 29 s
Description: Découvrez l'analyse ChIP-seq à faible nombre de cellules pour étudier la liaison génomique du facteur de transcription Olig2 dans les cellules précurseuses d'oligodendrocytes purifiées. Cette méthode bioinformatique révèle les mécanismes épigénétiques de la différenciation cellulaire.

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JQW, XD, DEDC et YY appuyés par les subventions accordées par les instituts nationaux de santé R01 NS088353 ; 01-NIH grant 1R21AR071583 ; la Fondation Hermann de Staman Ogilvie fonds-Memorial ; l’Initiative de cerveau de UTHealth et le CSTC UL1 TR000371 ; et une subvention de l’Université du Texas système Neuroscience et Institut de neurotechnologie (Grant #362469).

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<li>Jain, D., Baldi, S., Zabel, A., Straub, T., Becker, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Active+promoters+give+rise+to+false+positive+%27Phantom+Peaks%27+in+ChIP-seq+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Active promoters give rise to false positive 'Phantom Peaks' in ChIP-seq experiments.</a> Nucleic Acids Res. 43 (14), 6959-6968 (2015).</li>
<li>Gerstein, M. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Architecture+of+the+human+regulatory+network+derived+from+ENCODE+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Architecture of the human regulatory network derived from ENCODE data.</a> Nature. 489 (7414), 91-100 (2012).</li>
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Les auteurs déclarent qu’ils n’ont aucun intérêt financier concurrentes.

Réseaux de règlement de gène mammifère sont très complexes. ChIP-seq est une méthode puissante pour étudier les interactions ADN-protéines de génome. Ce protocole comprend comment faire Olig2 ChIP-seq en utilisant un nombre faible de l’OPCs purifiées de cerveaux de souris (aussi bas que 20 mille cellules par réaction). La première étape clée pour que ce protocole est la purification de l’OPCs de cerveaux de souris par immunopanning avec anticorps PDGFRα. Pour la sélection positive de l’OPCs avec plaques PDGFRα enduit, OP...

Il est important d’étudier les protéines (ou complexe protéique) liaisons de l’ADN et les marques épigénétiques pour construire des réseaux de régulation transcriptionnelles impliqués dans divers processus biologiques. En particulier, les liaisons des facteurs de transcription de l’ADN génomique peuvent jouer un rôle important dans la régulation des gènes, la différenciation cellulaire et le développement des tissus. Un outil puissant pour l’étude de la régulation transcriptionnelle et mécanismes épigénétiques est immunoprécipitation de la chromatine (ChIP). En raison des progrès rapides dans la prochaine génération de technologies de séquençage, puces couplé avec le séquençage haut-débit (ChIP-seq) est utilisé pour les analyses des liaisons protéine-ADN et les marques épigénétiques1. Toutefois, un protocole standard de ChIP-seq nécessite environ 20 millions de cellules par réaction, ce qui rend l’application de cette technique difficile lorsque le nombre de cellules est limité, tels que l’isolement de cellules primaires et populations cellulaires rares.
Oligodendrocytes lignée, y compris les cellules de précurseurs d’oligodendrocytes (OPC) et des oligodendrocytes sont largement distribués dans tout le cerveau et sont essentiels pour le développement et le fonctionnement du cerveau. Comme un type de cellules précurseurs, OPCs sont capables d’auto-renouvellement et de différenciation. OPC non seulement service de progéniteurs d’oligodendrocytes, mais joue également un rôle important dans la propagation de la signalisation neuronale en communiquant avec d’autres types de cellules de cerveau2. Des études antérieures ont suggéré que le développement des oligodendrocytes est régulée par des facteurs de transcription spécifiques lignée telles que Olig2 et Sox103,4. Ces facteurs de transcription ont été trouvés pour lier aux régions promoteur ou exhausteur de certains gènes cruciaux pour influencer leur expression au cours de la spécification de l’oligodendrocyte et la différenciation. Toutefois, il est difficile d’identifier la liaison ADN des protéines (ou complexe protéique) présentant un intérêt en aiguë purifiées OPCs primaires avec un nombre très limité de cellules.
Ce protocole décrit comment examiner systématiquement l’immunoprécipitée ADN génomique par Olig2 en OPCs purifié de la souris à l’échelle du génome en utilisant la technique de ChIP-seq. OPCs de cerveaux de souris ont été intensément purifiées par immunopanning et utilisés dans une expérience de puce sans prolifération in vitro. Un nombre limité de l’OPCs peut être obtenu par immunopanning et est insuffisant pour des expériences de ChIP-seq standards. Dans les présentes, un protocole de ChIP-seq basse-cellule avec aussi peu que 20 mille cellules par réaction de la puce pour les facteurs de transcription est décrit. En bref, réticulé de cellules ont été lysées et sonication par un dispositif de sonication pour cisailler la chromatine. La chromatine cisaillée est incubée avec Olig2 anticorps, mais aussi des protéines A recouvert de perles pour précipiter l’ADN génomique anticorps lié Olig2. Après élution de billes de protéine A revêtu et réticulation inverse, précipitée par les anticorps Olig2 de l’ADN génomique a été purifiée par extraction au phénol-chloroforme. Le produit obtenu a été quantifié et T-tailing, apprêt recuit changement de modèle et de l’extension, l’ajout d’adaptateurs et amplification, sélection de la taille de bibliothèque et de purification les étapes pour la construction de bibliothèque de ChIP-seq.
Après le séquençage, la qualité des lectures brutes de l’échantillon préparé avec de l’anticorps de Olig2 transcription factor et l’échantillon de contrôle a été analysée. Paires de bases de faible qualité et adaptateur contenant lire des fragments ont été taillés. Ensuite, parés de lectures étaient alignés sur le génome de référence de souris. Les régions génomiques qui ont considérablement enrichies pour les lectures de puce, par rapport au témoin, ont été détectés comme des pics. Des pics importants, représentant de potentiels sites de fixation de facteurs de transcription, ont été filtrés et visualisés dans un navigateur de génome.
Notamment, la méthode décrite dans le présent protocole peut être largement utilisée pour ChIP-seq, d’autres facteurs de transcription avec n’importe quel type de cellule d’un nombre limité.

<table><tbody><tr><td><fort>réactif/équipement</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Banderiaea simplicifolia lectine 1</td><td>Vector Laboratories</td><td># L-1100</td><td></td></tr><tr><td>Anticorps anti-PDGFRa pour rat</td><td>BD Bioscience</td><td># 558774</td><td></td></tr><tr><td>Kit de dissociation du tissu neural (P)</td><td>MACS Miltenyi Biotec</td><td># 130-092-628</td><td></td></tr><tr><td>Accutase</td><td>Technologies STEMCELL</td><td># 07920</td><td></td></tr><tr><td>TRIzol</td><td>Thermo Fisher</td><td># 15596026</td><td></td></tr><tr><td>Anti-NG2 Chondroïtine Sulfate Protéoglycane</td><td>Anticorps Millipore</td><td># AB5320</td><td></td></tr><tr><td>Bioruptor Pico sonication dispositif</td><td>Diagenode</td><td># B01060001</td><td></td></tr><tr><td>True MicroChIP kit</td><td>Diagenode</td><td># C01010130</td><td></td></tr><tr><td>Phénol :Chloroforme :Alcool isoamylique (25:24:1, v/v)</td><td>Thermo Fisher</td><td># 15593031</td><td></td></tr><tr><td>NucleoSpin Gel et kit de nettoyage PCR</td><td>MACHEREY-NAGEL</td><td># 740609</td><td></td></tr><tr><td>Quant-iT PicoGreen dsDNA Assay</td><td>Kit Thermo Fisher</td><td># P11496</td><td></td></tr><tr><td>DNA SMART ChIP-Seq</td><td>kit Clontech Laboratories</td><td># 634865</td><td></td></tr><tr><td>Agencourt AMPure XP</td><td>Beckman Voulter</td><td># A63880</td><td></td></tr><tr><td>GlycoBlue</td><td>Thermo Fisher</td><td># AM9516</td><td></td></tr><tr><td>pico-green</td><td>Thermo Fisher</td><td># P11496</td><td></td></tr><tr><td>D-PBS</td><td>Thermo Fisher</td><td># 14190-144</td><td></td></tr><tr><td>SYBR Green master mix</td><td>Bio-Rad Laboratories</td><td># 1725124</td><td></td></tr><tr><td>DMEM/F12</td><td>Fisher Scientific</td><td># 11-320-033</td><td></td></tr><tr><td>Pénicilline-Streptomycine (P/S)</td><td>Fisher Scientific</td><td># 15140122</td><td></td></tr><tr><td>N-2 Supplément</td><td>Fisher Scientific</td><td># 17502048</td><td></td></tr><tr><td>B-27 Supplément</td><td>Fisher Scientific</td><td># 17504044</td><td></td></tr><tr><td>insuline</td><td>Sigma</td><td># I6634</td><td>Préparez une solution d’insuline à 0,5 mg/ml en dissolvant 5 mg d’insuline dans 10 ml d’eau et 50 &mu ; l de 1 N HCl.</td></tr><tr><td>Albumine sérique bovine, adaptée à la culture cellulaire (BSA)</td><td>Sigma</td><td># A4161</td><td>Préparez une solution de BSA à 4 % en dissolvant 4 g de BSA dans 100 ml de D-PBS et ajustez le pH à 7,4</td></tr><tr><td>Fibroblast Growth Factor basic Protein, Human recombinant (bFGF)</td><td>EMD Millipore</td><td># GF003</td><td></td></tr><tr><td>HUMAN PDGF-AA</td><td>VWR</td><td># 102061-188</td><td></td></tr><tr><td>poly-D-lysine</td><td>VWR</td><td># IC15017510</td><td>Préparez une solution de poly-D-lysine à 1 mg/ml en dissolvant 10 mg de poly-D-lysine dans 10 ml d’eau et diluez 100 fois lors de l’utilisation.</td></tr><tr><td>Boîtes de Pétri jetables Falcon, Stérile, Corning, 100x15mm</td><td>VWR</td><td># 25373-100</td><td></td></tr><tr><td>Boîtes de Pétri jetables Falcon, Stérile, Corning, 150x15mm</td><td>VWR</td><td># 25373-187</td><td></td></tr><tr><td>HBSS, 10X, sans calcium, sans magnésium, sans rouge de phénol</td><td>Fisher Scientific</td><td># 14185-052</td><td></td></tr><tr><td>Trypan Blue</td><td>Stemcell Technologies</td><td># 07050</td><td></td></tr><tr><td>cocktail d’inhibiteur de protéase</td><td>Sigma</td><td># 11697498001</td><td></td></tr><tr><td>Software</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>FastQC</td><td>[10] http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/</td><td></td> <td>Obtention de métriques de contrôle qualité des lectures brutes et tronquées</td></tr><tr><td>Trimmomatic 0.33</td><td>[11] http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic</td><td></td><td>Tronquage et filtrage des lectures brutes</td></tr><tr><td>GENCODE mm10</td><td>ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_mouse/release_M15/GRCm38.primary_assembly.genome.fa.gz</td><td></td><td>Génome de référence de souris</td></tr><tr><td>Bowtie2 2.2.4</td><td>[12] http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml</td><td></td><td>Alignement des lectures sur un génome de référence</td></tr><tr><td>SAMTools 1.5</td><td>[13] http://samtools.sourceforge.net/</td><td></td> <td>Conversion d’un fichier SAM au format BAM</td></tr><tr><td>HOMER 4.9.1</td><td>[14] http://homer.ucsd.edu/homer/</td><td></td> <td>Création d’un répertoire de balises et annotation de régions génomiques enrichies avec des symboles de gènes</td></tr><tr><td>R 3.2.2</td><td>[15] https://www.R-project.org/</td><td></td> <td>Programmation de scripts et exécution de fonctions</td></tr><tr><td>SPP 1.13</td><td>[16] https://github.com/hms-dbmi/spp</td><td></td><td>Création d’un tracé de corrélation croisée</td></tr><tr><td>de brins MACS2 2.2.4</td><td>[17] https://github.com/taoliu/MACS</td><td></td><td>Recherche de régions d’enrichissement ChIP par rapport</td></tr><tr><td>au contrôle BEDTools 2.25</td><td>[18] http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/</td><td></td> <td>Arithmétique du génome</td></tr><tr><td>bedGraphToBigWig</td><td>http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/</td><td></td> <td>Conversion d’un fichier bedGraph en</td></tr><tr><td>navigateur IGV bigwig 2.3.58</td><td>[19] http://software.broadinstitute.org/software/igv/</td><td></td> <td>Visualisation et navigation de pics significatifs ChIP-seq</td></tr> Microsoft <tr><td>Excel</td><td></td><td></td><td>Spreasheet programme</td></tr><tr><td>Liste noire d’ENCODE</td><td>https://sites.google.com/site/anshulkundaje/projects/blacklists</td><td></td><td>Filtrage pics</td></tr><tr><td>mm10.chrom.sizes</td><td>http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/mm10.chrom.sizes.</td><td></td><td>Conversion du fichier bedGraph en</td></tr><tr><td>base de données de motifs d’ENCODE</td><td>[25] http://compbio.mit.edu/encode-motifs/</td><td></td> <td>Base de données complète de motifs requise pour l’enrichissement des motifs</td></tr><tr><td>MEME-ChIP</td><td>[20] http://meme-suite.org/index.html</td><td></td><td>Analyse de l’enrichissement des motifs et découverte de</td></tr> <tr><td>motifsPrimer names used for qPCR</td><td></td><td></td><td>Séquences d’amorces utilisées pour la qPCR</td></tr><tr><td>Mbp-F :</td><td></td><td></td><td>CTATAAATCGGCTCACAAGG</td></tr><tr><td>Mbp-R :</td><td></td><td></td><td>AGGCGGTTATATTAAGAAGC</td></tr><tr><td>Iba1-F :</td><td></td><td></td><td>ACTGCCAGCCTAAGACAACC</td></tr><tr><td>Iba1-R :</td><td></td><td></td><td>GCTTTTCCTCCCTGCAAATCC</td></tr><tr><td>Mog-F :</td><td></td><td></td><td>GGCTTCTTGGAGGAAGGGAC</td></tr><tr><td>Mog-R :</td><td></td><td></td><td>TGAATTGTCCTGCATAGCTGC</td></tr><tr><td>GAPDH-F</td><td></td><td></td><td>ATGACATCAAGAAGGTGGTG</td></tr><tr><td>GAPDH-R</td><td></td><td></td><td>CATACCAGGAAATGAGCTTG</td></tr><tr><td>Tuj1-F</td><td></td><td></td><td>TTTTCGTCTCTAGCCGCGTG</td></tr><tr><td>Tuj1-R</td><td></td><td></td><td>GATGACCTCCCAGAACTTGGC</td></tr><tr><td>PDGFR&alpha ;-F</td><td></td><td></td><td>AGAGTTACACGTTTGAGCTGTC</td></tr><tr><td>PDGFR&alpha ;-R</td><td></td><td></td><td>GTCCCTCCACGGTACTCCT</td></tr></tbody></table>

identification des sites de facteur de transcription olig2 génomique fixation aiguë purifiée cellules pdgfrα + par immunoprécipitation de la chromatine low-cellule analyse de séquençage

Identifying Transcription Factor Olig2 Genomic Binding Sites in Acutely Purified PDGFR&#945;+ Cells by Low-cell Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Analysis

Dans les cellules de mammifères, transcription génique est régie d’une manière spécifique de type cellulaire par les interactions des facteurs transcriptionnels avec l’ADN génomique. Sont considérés comme des facteurs de transcription spécifiques lignage jouent un rôle essentiel dans la spécification des cellules et la différenciation au cours du développement. Puce, couplé avec le séquençage haut-débit (ChIP-seq) est largement utilisé pour analyser le génome accepteurs de facteurs de transcription (ou son complexe associé) d’ADN génomique. Toutefois, un grand nombre de cellules est nécessaire pour une réaction de puce standard, ce qui rend difficile d’étudier le nombre limité de cellules isolées de primaire ou de populations cellulaires rares. Afin de comprendre le mécanisme de régulation de transcription de lignée spécifique oligodendrocyte facteur Olig2 chez la souris parfaitement purifiée OPCs, une méthode détaillée à l’aide de ChIP-seq pour identifier les sites de liaison pangénomique du Olig2 (ou Olig2 complexe) est montré. Tout d’abord, le protocole explique comment purifier l’alpha du récepteur de facteur de croissance dérivé des plaquettes (PDGFRα) positifs OPCs de cerveaux de souris. Ensuite, Olig2 anticorps médiée par puce et construction de la bibliothèque sont effectuées. La dernière partie décrit le logiciel bioinformatique et les méthodes utilisées pour l’analyse Olig2 ChIP-seq. En résumé, cet article présente une méthode pour analyser les liaisons pangénomique du facteur de transcription Olig2 cerveau parfaitement purifiée OPCs.

Basse-cellule ChIP-seq a été réalisée et des analyses bioinformatiques ont été effectuées pour étudier les interactions potentielles de facteur de transcription Olig2 avec l’ADN génomique purifié aiguë cerveau OPCs. La figure 1 montre un flux de travail général d’expérimental et la procédure d’analyse de données. Dans ce protocole, les cerveaux de souris postnatal est dissociés en une suspension de cellules individuelles. Après dissociation tissulaire, immuno...

Nous présentons ici un protocole qui vise à analyser la liaison pangénomique du facteur de transcription oligodendrocyte 2 (Olig2) dans cerveau parfaitement purifiée précurseur oligodendrocytes (OPCs) en effectuant l’immunoprécipitation de la chromatine basse-cellule (ChIP) , préparation de bibliothèque, séquençage haut-débit et des analyses de données bioinformatiques.

Identification des Sites de facteur de Transcription Olig2 génomique fixation aiguë purifiée cellules PDGFRα + par immunoprécipitation de la chromatine Low-cellule analyse de séquençage

In mammalian cells, gene transcription is regulated in a cell type specific manner by the interactions of transcriptional factors with genomic DNA. ...

L’objectif global de cette expérience est d’analyser la liaison à l’échelle du génome du facteur de transcription des oligodendrocytes deux dans des cellules précurseurs d’oligodendrocytes du cerveau purifiées de manière aiguë en effectuant un immunopanning, une immunoprécipitation de la chromatine à faible cellule, un séquençage à haut débit et une analyse des données bioinformatiques. Cette méthode est un outil puissant pour étudier la régulation transcriptionnelle à l’échelle du génome et les mécanismes épigénétiques, qui jouent un rôle important dans la différenciation et le développement cellulaires. Le principal avantage de cette technique est qu’elle est largement applicable dans le ChIP-seq d’autres facteurs de transcription avec n’importe quel type de cellule en nombre limité, y compris les cellules primaires purifiées de manière aiguë sans prolifération in vitro.La démonstration de la procédure sera assurée par Yanan You, un post-doctorant de mon laboratoire. Elle est co-auteure de cet article. Pour sélectionner les cellules PDGFR-alpha-positives, préparez une plaque pour l’immunopanoramique.Préparez deux autres plaques pour la déplétion des cellules endothéliales et de l

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Ici, nous présentons une immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) procédure pour analyse de la localisation du génome entier d'isoformes de protéines qui diffèrent dans un domaine histone-contraignant. Nous sommes en l'appliquant à ChIP-Seq analyse pour identifier les cibles de la déméthylase KDM5A/JARID1A/RBP2 histones.

Analyse du génome entier en utilisant ChIP d&#39;identifier les gènes cibles spécifiques Isoform

CHIRP est une nouvelle technique et rapide à la carte génomique des sites de liaison de l'ARN non codantes de longues (lncRNAs). La méthode tire parti de la spécificité des oligonucléotides carrelage anti-sens pour permettre le dénombrement des sites génomiques lncRNA assortis.

Isolement de la chromatine par purification d&#39;ARN (CHIRP)

Cette vidéo décrit le protocole de dosage par immunoprécipitation de la chromatine (ChIP), qui est une technique classique pour démontrer les interactions protéine-ADN. Cette technique est utilisée pour identifier les gènes cibles dans les cellules de leucémie lymphoïde chronique humaine.

Dosage de l’immunoprécipitation de la chromatine : une technique pour étudier les interactions protéine-ADN dans les cellules

Dans cette vidéo, nous démontrons la technique d’immunoprécipitation de la chromatine pour identifier les sites de liaison aux protéines sur des régions spécifiques de l’ADN génomique des cellules précurseurs d’oligodendrocytes via l’immunoprécipitation sélective de fragments de chromatine liés aux protéines. Cette méthode permet d’étudier l’interaction de plusieurs protéines régulatrices, y compris les facteurs de transcription impliqués dans la régulation des gènes.

Immunoprécipitation de la chromatine pour identifier les sites de liaison aux protéines cibles sur l’ADN génomique

Nous décrivons une méthode robuste pour immunoprécipitation de la chromatine en utilisant des cellules T primaires. La méthode est fondée sur des approches standard, mais utilise un ensemble spécifique de conditions et de réactifs qui améliorent l'efficacité pour une quantité limitée de cellules. Surtout, une description détaillée de la phase d'analyse des données est présentée.

Immunoprécipitation de la chromatine efficace en utilisant des quantités limitées de biomasse

La combinaison de l'immunoprécipitation de la chromatine et le séquençage ultra-haut débit (chip-seq) permet d'identifier et de cartographier les interactions protéine-ADN dans une lignée de tissu ou de cellule donné. Décrit est de savoir comment générer un modèle de puce de haute qualité pour le séquençage ultérieur, en utilisant l'expérience avec le facteur de transcription TCF7L2 comme un exemple.

Génération de haute qualité Immunoprécipitation de la chromatine Patron de l&#39;ADN pour le séquençage à haut débit (ChIP-seq)

Dans ce travail, nous fournissons un flux de travail expérimental sur la façon dont les amplificateurs actifs peuvent être identifiés et validés expérimentalement.

Prédiction et validation des éléments de réglementation gène activé Pendant l&#39;acide rétinoïque induit la différenciation des cellules souches embryonnaires

Ce protocole décrit l’utilisation de combinatoire de ChIP-seq, 4sU-seq, total RNA-seq et ribosomes profilage de lignées cellulaires et les cellules primaires. Il permet aux changements suivi de transcription-facteur contraignant, novo de transcription, l’ARN traitement, chiffre d’affaires et traduction au fil du temps et d’afficher le cours général des événements dans les cellules activées ou évolues rapidement.

Analyse en temps réel du facteur de Transcription Binding, Transcription, traduction et chiffre d’affaires pour afficher des événements mondiaux au cours de l’Activation cellulaire

Leucémie lymphoïde chronique (LLC) est la leucémie la plus courante dans le monde occidental. Facteurs de transcription NFAT sont des régulateurs importants de développement et l’activation de nombreux types de cellules. Nous présentons ici un protocole pour l’utilisation de l’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) dans les cellules humaines de CLL pour identifier les gènes de la nouvelle cible de NFAT2.

Une analyse d’immunoprécipitation de la chromatine pour identifier les gènes cibles de nouveaux NFAT2 dans la leucémie lymphoïde chronique

L'immunoprécipitation de chromatine couplée au séquençage de prochaine génération (ChIP-seq) est une méthode employée pour établir des interactions entre des facteurs de transcription et les séquences génomiques qu'ils contrôlent. Ce protocole décrit les techniques d'exécution du ChIP-seq avec des biofilms bactériens, en utilisant Salmonella enterica serovar Typhimurium biofilm bactérien à titre d'exemple.

Découverte des cibles réglementaires de csgD dans le biofilm de Salmonella utilisant l'immunoprécipitation de chromatine et le séquençage à haut débit (ChIP-seq)

Nous rapportons l’application de la capture quantitative de conformation de chromosome suivie du séquençage à haut débit dans les corps embryonnaires générés par les cellules souches embryonnaires. Cette technique permet d’identifier et de quantifier les contacts entre les exhausteurs putatifs et les régions promoteurs d’un gène donné lors de la différenciation des cellules souches embryonnaires.

Identification des contacts Enhancer-Promoteur dans les corps embryonnaires par capture quantitative de conformation des chromosomes (4C)

Découvrez l'analyse ChIP-seq à faible nombre de cellules pour étudier la liaison génomique du facteur de transcription Olig2 dans les cellules précurseuses d'oligodendrocytes purifiées. Cette méthode bioinformatique révèle les mécanismes épigénétiques de la différenciation cellulaire.

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