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Analyse informatique des données de séquence d’écrans de 2-hybride de levure lot
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JoVE Journal Genetics
Informatic Analysis of Sequence Data from Batch Yeast 2-Hybrid Screens

Analyse informatique des données de séquence d’écrans de 2-hybride de levure lot

Full Text
7,536 Views
09:14 min
June 28, 2018

DOI: 10.3791/57802-v

Venkatramanan Krishnamani1, Tabitha A. Peterson1, Robert C. Piper1, Mark A. Stamnes1

1Molecular Physiology and Biophysics,University of Iowa

AI Banner

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Séquençage en profondeur des populations de levures sélectionnées pour les interactions 2-hybride de levure positive potentiellement donne une mine de renseignements sur les protéines qui interagissent de partenaire. Nous décrivons ici l’exploitation d’outils bioinformatiques précis et à jour de logiciels sur mesure pour analyser les données de séquençage de ces écrans.

Cette méthode peut aider à répondre à des questions clés sur la nature des interactomes protéiques. Le principal avantage de cette technique est que tout le traitement bioinformatique est opéré par une interface facile à utiliser. Ce logiciel utilise une interface utilisateur graphique conviviale que les biologistes moléculaires, les biologistes cellulaires et les biochimistes qui n’ont pas beaucoup d’expertise en bioinformatique peuvent utiliser pour effectuer facilement leur analyse.

En général, les personnes qui débutent dans le traitement des données de séquence ont des difficultés parce que les programmes informatiques sont déroutants et lourds. Nous avons pensé que rendre l’informatique facile rendrait l’ensemble de la technique beaucoup plus accessible et utile. La première étape de cette procédure consiste à télécharger et à installer le logiciel MAPster comme décrit dans le protocole texte.

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