Laboratoire Remote Management : Diagnostics Virus respiratoire

Une augmentation des épidémies récentes, telles que zika et virus Ebola, a mis en évidence la nécessité d’une réponse plus coordonnée et plus agile à l’échelle mondiale. Pour ce faire, nous avons conçu une unité de laboratoire innovante, évolutive et intramodale qui sera utilisée dans les zones à ressources limitées dans le monde entier lors de telles flambées. Nous présentons ici nos laboratoires intramodaux, extensibles et mobiles de conteneurs d’expédition.

Et dans l’article suivant, nous présentons notre approche BSL-2 et BSL-3 au diagnostic de virus de la grippe respiratoire. Diagnostic rapide du virus de la grippe par RCT-PCR. Avant de vous préparer à entrer dans l’unité de laboratoire installée, sachez que toutes les exigences de sécurité BSL-2 doivent être prises en compte.

Cela comprend s’habiller avec l’équipement de protection individuelle approprié, se laver les mains, porter des gants, et décontaminer tous les espaces de travail que vous prévoyez d’utiliser. Notez, si vous utilisez de l’eau de Javel pour décontaminer votre espace de travail et les fournitures, vous devez également utiliser 70% d’éthanol pour nettoyer toutes les zones exposées à l’eau de Javel, comme l’eau de Javel peut se mélanger avec d’autres produits chimiques dans l’espace de travail pour créer des vapeurs toxiques. Jetez tous les produits d’eau de Javel dans leur propre poubelle désignée.

Au fur et à mesure que des échantillons d’échantillons sont prélevés sur des patients, ils sont transportés au laboratoire depuis le terrain ou la clinique et transmis au technicien de laboratoire par la fenêtre de passage. Cette fenêtre ne peut pas être ouverte des deux côtés. Dans la fenêtre de passage BSL-2, la surface externe des tubes contenant des échantillons doit être complètement désinfectée avec de l’eau de Javel et laissée seule pour reposer pendant deux minutes.

Ouvrez la fenêtre de passage et recueillez les échantillons à enregistrer. Essuyez tous les échantillons qui ont des restes d’eau de Javel et essuyez l’intérieur de la fenêtre de passage avec de l’eau de Javel, suivi d’une solution à 70 % d’éthanol. Ajoutez des codes à barres à chaque tube d’échantillon, et vos quatre tubes vides désignés pour les aliquots.

Déplacez vos échantillons vers le capot de l’évent. Numérisez le code à barres sur chaque tube et assurez-vous que les informations d’identification de l’échantillon appropriées apparaissent sur le système basé sur la tablette ou l’écran de l’ordinateur portable. Terminez le processus d’inscription.

Échantillon aliquot. Une fois que les tubes à essai ont été étiquetés, utilisez une armoire de biosécurité certifiée et décontaminée de classe II pour prélever des aliquots d’échantillons. Lorsque vous prenez des aliquots, assurez-vous d’utiliser des pipettes stériles ou jetables fraîches pour chaque échantillon et de les jeter dans des contenants de déchets biodangereux afin d’éviter la contamination croisée.

Assurez-vous que chaque tube est hermétiquement scellé et fermé. Utilisez un aliquot par spécimen pour une extraction immédiate. Conservez les autres aliquots dans le congélateur pour une utilisation future.

Avant de passer au poste de travail, nettoyez toutes les surfaces et l’équipement de l’espace de travail avec de l’eau de Javel, suivi d’une solution à 70 % d’éthanol. Une fois que vos échantillons pcr codés à barres ont été aliquoted les déplacer à un poste de travail désigné pour l’extraction. Préparez votre tampon AVL transporteur mélange d’ARN pour l’étape de lyse.

L’échantillon et le mélange maître tampon de lyse doivent être conservés à température ambiante. Étiquetez un tube de centrifugeuse de 1,5 millilitre. Réglez la pointe pipette à 560 microlitres.

Appliquez une pointe de pipette propre. Ajouter un tampon de lyse à chaque tube. Jeter la pointe dans le conteneur à déchets.

Ensuite, prenez votre échantillon pcr aliquot. Placez-le dans le tube tampon de lyse préparé désigné pour aliquot un, et répétez ceci pour tous les échantillons additionnels. Jetez l’ancienne pointe pipette et appliquez une pointe de pipette propre.

Appliquez une pointe de pipette propre. Ajouter 140 microlitres d’un tampon au tube de commande. Fermez chaque tube en toute sécurité.

Vortex d’impulsion pendant 15 secondes. Répétez avec des aliquots ou des échantillons supplémentaires. Microcentrifugeuse chaque échantillon pendant cinq secondes.

Incuber à température ambiante pendant 10 minutes. Après 10 minutes, centrifugez brièvement vos tubes pour enlever les gouttes de l’intérieur du couvercle de chaque tube. Ajouter 560 microlitres d’éthanol l’échantillon un.

Changez votre pointe pipette. Répéter avec les échantillons restants ou supplémentaires. Fermez chaque tube d’échantillon en toute sécurité.

Pulse-vortex chaque échantillon pendant 15 secondes. Microcentrifuger les échantillons pendant cinq secondes. Obtenez un tube de collecte propre de deux millilitres.

Ajouter les colonnes de spin. Étiquetez-les pour correspondre à vos échantillons. Transférez 630 microlitres de l’échantillon pour correspondre à la colonne en conséquence.

Sécurisez vos casquettes. Passez à la centrifugeuse. Distribuez uniformément vos échantillons dans la centrifugeuse.

Centrifugeuse à 6000 g pendant une minute pour enlever le tampon de lyse. Retournez au poste de travail. Remplacez vos tubes de collection.

Ajouter le tampon de lyse restant et répéter l’étape de centrifugation. Jetez vos tubes d’échantillon aliquot d’origine, après quoi, éliminer l’allongement et laver la colonne de spin avec le tampon AW1. Répétez cette procédure avec chaque échantillon ou tout autre échantillon.

Fixer les bouchons sur chaque échantillon et la centrifugeuse à six g. Répéter avec le deuxième tampon de lavage AW2 à 20 g. Enfin, placez la colonne dans un tube propre de 1,5 millilitre.

Ouvrez la colonne et ajoutez 60 microlitres d’AVE tampon. Incubez à température ambiante pendant une minute et centrifugez à six g pendant une minute. L’échantillon est maintenant prêt pour l’analyse PCR.

Dans les conditions BSL-3 protocole expérimental restera le même, mais les mesures de sécurité prendra précédent au-dessus de toute autre chose. Avant d’entrer dans le laboratoire BSL-3 regarder par la fenêtre transparente pour être sûr que la pression négative a été établie dans l’unité boîte à gants. Il sera évident que la pression négative a été établie lorsque la balle dans le mur est visible.

Une fois que la pression négative a été établie, ouvrez la porte et entrez dans l’unité. Lavez-vous immédiatement les mains, puis passez à votre liste de contrôle PPE. Procéder à mettre sur le PPE dans l’ordre suivant: sous les gants, robe, couvre-chaussures, masque, écran facial, deuxième paire de gants.

Allumez la machine et laissez la pression dans la boîte à gants se stabiliser. Utilisez une solution de pulvérisation d’eau de Javel pour décontaminer toutes les zones et fournitures que vous prévoyez d’utiliser à l’intérieur et à l’extérieur de la boîte à gants. Jeter les déchets d’eau de Javel dans un contenant à eau de Javel seulement.

Utilisez la solution 70% éthanol pour nettoyer sur toutes les zones où l’eau de Javel est utilisée. Transférez vos échantillons par la fenêtre de passage. Les échantillons devraient avoir été pulvérisés avec une solution d’eau de Javel et laissés seuls pendant au moins une minute dans la passe avant de les recevoir à l’intérieur de l’unité BSL-3.

Ensuite, recevez vos échantillons à l’intérieur de l’unité BSL-3 et nettoyez-les soigneusement avant de passer à l’étape de l’enregistrement et de l’étiquetage. Une fois que les échantillons sont enregistrés et que les tubes ont été étiquetés, placez les échantillons dans la boîte à gants via le bac à sas. N’ouvrez pas les deux portes à la fois.

Ouvrez et fermez chaque porte en deux étapes différentes par mesure de sécurité. Une fois que les échantillons ont été déplacés en toute sécurité vers l’intérieur de la boîte à gants, suivez les mêmes étapes que précédemment décrites pour créer des aliquots d’échantillon dans la boîte à gants. Une fois que les échantillons sont aliquoted déplacer les échantillons dans le récipient hermétique.

Vaporiser la solution d’eau de Javel dans la boîte à gants pour décontaminer les tubes et toutes les autres surfaces. Attendez cinq minutes, puis appliquez une solution 70% éthanol pour laver l’eau de Javel. Après une décontamination approfondie déplacer seulement les échantillons nécessaires pour l’analyse PCR pour la lyse revenir dans la boîte à gants.

Dans la boîte à gants effectuer seulement l’étape de lyse de la procédure d’extraction. Une fois que les cellules ont été lysées, sceller hermétiquement les bouchons sur chaque échantillon et les placer dans le passage pressurisé du sas. Décontaminer à nouveau la boîte à gants avec de l’eau de Javel suivie d’une solution à 70 % d’éthanol.

Sortez les échantillons de la boîte à gants et transférez-les au poste de travail pour les étapes restantes de la procédure d’extraction. Après extraction transférer vos échantillons à la fenêtre de passage pour l’analyse PCR. Une fois les échantillons prélevés et transférés, décontaminez votre espace de travail de laboratoire à l’extérieur de la boîte à gants.

Avant de retirer votre EPI, attendez que la circulation d’air dans l’appareil ait atteint en toute sécurité un nombre approprié de cycles de filtrage avant de commencer à supprimer votre EPI. Immédiatement après l’enlèvement et l’élimination de tous les EPI dans le conteneur de déchets PPE, procédez à vous laver les mains dans l’évier du laboratoire avec du savon et de l’eau avant de sortir de l’unité. Amplification et détection pcr.

Retirez les échantillons d’ARN extraits de la fenêtre de passage. Préparez un mélange principal dans un tube de 1,5 millilitre avec les composants suivants pour chaque analyse ciblée : eau, amorce et sondes, mélange d’attaque et tampon 2X. Vortex et faire tourner votre mélange maître, après quoi, aliquot le mélange maître dans chacun des tubes de bande.

Remettre le kit PCR au stockage aux températures recommandées une fois que le mélange principal a été préparé. Ajouter les échantillons à chacun des tubes à bande à l’aide d’une pointe séparée entre chaque tube à bande. Faites tourner les échantillons à 1 500 tours pendant une minute, après quoi les échantillons sont prêts à être chargés sur l’unité PCR en temps réel.

Une fois que les échantillons sont chargés sur l’instrument PCR, il faut environ 90 minutes pour terminer une course. L’analyse PCR en temps réel est une méthode sensible pour la détection robuste du virus. Cela peut être vu dans le tableau étiqueté: PCR Résultats analysés.

Avant de recueillir vos résultats et de quitter le laboratoire, retirez l’EPI et décontaminez adéquatement chaque poste de travail en vue du prochain test diagnostique. Résultats représentatifs. Le flux de travail de laboratoire est représenté dans le diagramme qui met l’accent sur la protection personnelle.

Le test diagnostique rapide de la grippe se fait au moyen d’une analyse RT-PCR. La procédure se compose de quatre étapes principales et des espaces de travail individuels sont attribués pour chaque étape du protocole. L’objectif de ce projet est de valider une nouvelle installation modulaire de laboratoire rapidement déployable et nous l’avons fait avec succès, ainsi que d’élaborer des programmes de formation pour le personnel de laboratoire travaillant dans des environnements à faibles ressources pendant les épidémies et les épidémies.