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Analyseur de sous-structure : Un flux de travail convivial pour l’exploration rapide et l’analyse...
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Bioengineering
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JoVE Journal Bioengineering
Substructure Analyzer: A User-Friendly Workflow for Rapid Exploration and Accurate Analysis of Cellular Bodies in Fluorescence Microscopy Images

Analyseur de sous-structure : Un flux de travail convivial pour l’exploration rapide et l’analyse précise des corps cellulaires dans les images de microscopie de fluorescence

Full Text
8,407 Views
14:28 min
July 15, 2020

DOI: 10.3791/60990-v

Géraud Heckler1, Christelle Aigueperse1, Liza Hettal1, Quentin Thuillier1, Fabrice de Chaumont2, Stéphane Dallongeville2, Isabelle Behm-Ansmant1

1Université de Lorraine, CNRS, IMoPA F54000 Nancy France, 2Institut Pasteur, BioImage Analysis Unit, CNRS UMR 3691, Paris, France.

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Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Nous présentons un flux de travail librement disponible construit pour l’exploration rapide et l’analyse précise des corps cellulaires dans des compartiments cellulaires spécifiques dans des images de microscopie de fluorescence. Ce flux de travail convivial est conçu sur le logiciel open-source Icy et utilise également les fonctionnalités ImageJ. Le pipeline est abordable sans connaissance dans l’analyse d’image.

L’analyseur de sous-structure est un workflow convivial qui effectue l’analyse automatique de plusieurs mesures de microscopie de processus. Cela ne signifie pas zéro tonne de logiciels open source glacé et aussi en utilisant les fonctionnalités de la machine. Fait important, ce flux de travail est abordable resort produire des connaissances et l’analyse des images.

Les images multicanaux sont chargées dans le flux de travail et pré-traitées afin d’améliorer le rapport signal/bruit et d’éliminer l’imagerie ou les défauts. Ensuite, la segmentation de l’image isole les régions d’intérêt, également connues sous le nom d’IA de l’arrière-plan. Plusieurs méthodes de segmentation sont disponibles en fonction du niveau de regroupement et de la nature des objets d’intérêt.

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Bioingénierie Numéro 161 Microscopie de fluorescence Analyse de bio-image Segmentation cellulaire Comptage des focis Corps cellulaires Stress oxydatif Automatisation Analyse de translocation Analyseur de sous-structure Icy Image J

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