Segmentation et mesure linéaire pour l’analyse de la composition corporelle à l’aide de Slice-O-Matic et Horos

La dégénérescence de muscle de ruban sur un sarcopenia s’est avérée un facteur pronostique pour la survie de cancer et le succès de traitement. L’analyse de composition de la troisième région lombaire est d’intérêt car elle fournit la caractérisation quantitative du muscle squelettique et dans les balayages de CT fournit l’information qualitative du tissu adipeux. Les procédures suivantes fournissent le protocole et la verticale segmentée dans le logiciel sliceOmatic ainsi que vos protocoles de mesure pour l’analyse de la composition dans les images CT et MRI.

La sélection du protocole des vertèbres L3 est effectuée dans le cadre de la centricité GE. Sachez que si vous utilisez un logiciel différent, les outils peuvent varier. Ouvrez les images de TDM ou d’IRM du patient effectuées dans le délai d’intérêt.

Sélectionnez les régions du moniteur, vue de fenêtre 2V. Sélectionnez la vue coronale ou sagittale sur l’écran de gauche en accédant à la série, puis en sélectionnant les images coronales ou sagittales. Sélectionnez la vue axiale sur l’écran de droite en accédant à la série, puis en sélectionnant les images axiales.

Cliquez sur conn, référence croisée pour lier les deux images, puis faites défiler les images sur la vue coronale ou sagittale pour vous assurer que les vertèbres de la colonne vertébrale sont facilement visibles. Ensuite, faites défiler les images de la vue axiale pour trouver les vertèbres L1. La L1 est la première vertèbre à ne pas avoir de fixation des côtes.

Comptez de la L1 jusqu’aux vertèbres L3. Assurez-vous d’utiliser la vue sagittale ou coronale pour référence afin de localiser le centre des vertèbres L3. Exportez l’image L3 en accédant au menu de l’examen, sélectionnez exporter les images, les images sélectionnées.

Assurez-vous que le format est DICOM. Sélectionnez ensuite l’emplacement dans où l’image doit être enregistrée. Double-cliquez sur le fichier DICOM pour ouvrir sliceOmatic.

Une fois le programme chargé, faites glisser l’image DICOM n’importe où dans l’écran sliceOmatic. Accédez aux modes, à la croissance de la région pour commencer la segmentation. Sélectionnez outils, verrou de balise.

Cette fonctionnalité sera utilisée dans les étapes suivantes. Cliquez sur le rouge sous la région en croissance pour définir les limites H.U. pour le muscle. Cliquez ensuite sur le bouton off à côté de la limite inférieure.

Cela le mettra en place. Ajustez la limite avec le curseur pour qu’elle soit aussi proche que possible de moins 29. Ensuite, utilisez la molette de la souris pour la régler exactement sur moins 29.

Ensuite, cliquez sur le bouton off à côté de la limite supérieure pour le définir sur. Utilisez le curseur et la molette de la souris pour définir la limite H.U.sur positive 150 Ensuite, cliquez sur les deux verts pour définir les limites H.U. pour I.M.A.T. et définissez les limites inférieure et supérieure de la même manière, mais en définissant la limite inférieure à moins 190 et la limite supérieure à moins 30. Cliquez sur le cinq jaune pour définir les limites pour V.A.T.cette fois définies dans la limite inférieure à moins 150 et la limite supérieure à moins 50.

Enfin, cliquez sur le cyan seven pour définir les limites H.U. pour S.A.T. en définissant la limite inférieure à moins 190 et la limite supérieure à moins 30. Appuyez sur les touches plus et moins du clavier pour zoomer l’image si nécessaire. Ajustez le zoom selon vos besoins tout au long du processus de segmentation.

Sélectionnez le rouge et assurez-vous que l’option pinceau est définie sur peindre. Utilisez la taille de pinceau la plus efficace pour l’image et commencez à peindre en cliquant sur le tissu musculaire. Peignez sur les psoas, les groupes de muscle paraspinal, et les groupes obliques de muscle.

Prenez soin des bords du muscle qui sont proches de la colonne vertébrale, des organes internes ou des fluides, pour vous assurer que ceux-ci ne sont pas étiquetés comme musculaires. Si quelque chose est faussement balisé, sélectionnez aucun et effacez l’erreur. Une fois que tous les muscles ont été marqués, sélectionnez-en un dans le menu de verrouillage des balises.

Cela garantira qu’aucun muscle n’est accidentellement effacé ou re-étiqueté au fur et à mesure que la segmentation se poursuit. Sélectionnez les deux verts et peignez sur le tissu I.M.A.T. dans le fascia musculaire. Notez que la plupart des lacunes dans le muscle lui-même seront I.M.A.T.Note que les bords du fascia musculaire sont souvent plus légers en apparence que les tissus environnants.

Cela peut être un guide utile, en particulier dans les régions où les groupes musculaires obliques rencontrent les groupes musculaires paraspinaux et dans la région sous les spinae erector mais au-dessus de la ligne fasciale. Une fois que tout ce que I.M.A.T. a été étiqueté, sélectionnez les deux sous le menu de verrouillage des balises. Ensuite, sélectionnez les cinq jaunes dans le menu de croissance de la région pour commencer à segmenter V.A.T.One peut toujours utiliser l’option pinceau, mais pour de nombreuses images, il peut être plus facile et plus rapide d’utiliser l’option grandir en D à la place.

Si vous utilisez grow to D, assurez-vous de sélectionner la plus petite taille de pinceau, puis cliquez sur le tissu V.A.T. dans l’image pour l’étiqueter. Assurez-vous que les tissus ou les graisses à l’intérieur de la limite des intestins ou d’autres organes ne sont pas étiquetés comme V.A.T.Une fois que tous les V.A.T.is étiquetés, sélectionnez cinq dans le menu de verrouillage des étiquettes. Enfin, sélectionnez le cyan sept dans le menu de croissance de la région pour marquer le tissu S.A.T..

Encore une fois, selon l’image, S.A.T.tissue est souvent plus facile à étiqueter avec l’option grow to D. Une fois que le tissu S.A.T. est marqué, vérifiez sur les bords, en particulier autour de la peau, pour être sûr que seule la graisse sous-cutanée est marquée comme S.A.T.Une fois que tous les tissus ont été marqués, regardez l’image pour vous assurer qu’il n’y a pas d’erreurs ou de tissu mal marqué. Lorsque vous avez terminé, accédez aux outils, balisez le volume de surface.

Cliquez sur le bouton des valeurs de la fenêtre et enregistrez la surface de chaque tissu et les valeurs moyennes de l’U.H. Enfin, allez dans le fichier, enregistrez les fichiers de balises. Cela enregistrera un fichier de balises où se trouve l’image DICOM.

Pour commencer la segmentation IRM, allez aux modes, région en croissance. En regardant dans la fenêtre d’aperçu, nous pouvons voir un histogramme des valeurs H.U., où le premier pic est l’air, le suivant est le muscle squelettique, et si les pics suivants sont discernables, ils seront os suivis de tissu adipeux. Notez que lors de l’utilisation d’images IRM, seul le muscle squelettique peut généralement être segmenté en toute confiance en raison d’une mauvaise discrimination du tissu adipeux.

Sélectionnez le rouge et tournez la limite inférieure en le laissant défini sur zéro. Activez ensuite la limite supérieure et remplacez l’option de roulette de la souris par limite supérieure. Ensuite, sélectionnez peinture et une grande option de pinceau, puis déplacez le curseur sur le muscle psoas afin que la région du curseur comprenne à la fois le muscle et l’os.

Pour être sûr que l’os n’est pas étiqueté comme muscle, définissez la limite supérieure de manière conservatrice en déplaçant la molette de la souris jusqu’à ce que la limite supérieure n’inclue aucun des tissus osseux externes. Segmentez ensuite le tissu musculaire immédiatement adjacent à la colonne vertébrale. Ensuite, déplacez le curseur vers la linea alba ou n’importe où ailleurs sur le scan où le tissu adipeux et le muscle sont faciles à différencier.

Augmentez la limite supérieure aussi haut que possible sans inclure de tissu adipeux. De là, on peut procéder à la segmentation de tous les muscles squelettiques restants. Notez que pour certaines images, la limite supérieure peut devoir être continuellement ajustée.

Notez que, bien que la fixation de la limite supérieure avec cette procédure en deux étapes soit conservatrice, elle optimisera la quantité de muscle squelettique à marquer sans avoir à vous soucier d’un marquage erroné significatif de l’os ou du tissu adipeux. Lorsque vous avez terminé, accédez aux outils, balisez le volume de surface et sélectionnez les valeurs de fenêtre pour enregistrer la surface et les valeurs moyennes de l’U.H du muscle squelettique. La mesure linéaire de la région des vertèbres L3 a été montrée pour se corréler étroitement avec la masse musculaire totale.

L’avantage de la mesure linéaire est sa facilité et sa vitesse ainsi que le fait qu’elle peut être effectuée sur n’importe quel logiciel avec un outil de règle ou un outil de boîte. Ce protocole est démontré à l’aide de l’application Horace Medical Imaging. Si vous utilisez un logiciel différent, sachez que les outils spécifiques peuvent très.

Importez l’image dans la visionneuse en cliquant sur importer, puis en accédant à l’emplacement de l’image et en sélectionnant Ouvrir. Une fois importé, cliquez sur l’image ou le nom du patient pour afficher l’image en bas. Double-cliquez sur l’image pour la maximiser, ce qui ouvrira également les options de l’outil.

Identifier les groupes de psoas et de muscle paraspinal. Notez que le quadratus lumborum ne doit pas être pris en compte lors de la détermination des bords des groupes musculaires paraspinaux. Sélectionnez l’outil règle.

Tracez une ligne verticale des points les plus élevés du groupe musculaire jusqu’au bas du groupe musculaire. Ensuite, tracez une ligne horizontale du bord le plus large du groupe musculaire à l’autre bord le plus large du groupe musculaire. Répétez ce processus pour les psoas droit et gauche et les groupes paraspinal droit et gauche.

Notez que les lignes tracées doivent se croiser à 90 degrés. Notez que si les bords des lignes dessinées devaient être connectés, cette connexion devrait créer une boîte englobant l’intégralité du groupe musculaire. Dans horace Medical Viewer, il est difficile d’utiliser l’outil règle pour s’assurer que les lignes se croisent à 90 degrés.

Pour cette raison, l’outil de dessin de boîte doit être utilisé à la place. Sélectionnez l’outil rectangle. Dessinez une boîte autour de chaque groupe musculaire, en prenant maintenant note que les bords de la boîte touchent les parties les plus hautes et les plus basses du muscle ainsi que les parties les plus larges du muscle.

Tant que l’outil boîte affiche ses dimensions verticales et horizontales, il peut être préférable à l’outil règle, car il permet une visualisation facile des limites musculaires. Une image de CT ou d’IRM correctement segmentée ne devrait avoir aucun marquage musculaire au-delà des lignes fasciales, et pour les images de CT, il ne devrait y avoir aucun marquage adipeux dans le fascia de muscle ou sur la peau. Enregistrez la surface musculaire à côté de la taille du patient pour calculer l’indice du muscle squelettique.

Pour les tomodensitogrammes, les surfaces du tissu adipeux peuvent être enregistrées en fonction de la recherche spécifique ou des questions cliniques d’intérêt. En outre, les valeurs moyennes de h.u. peuvent être enregistrées pour le contrôle de la qualité L3 mesure linéaire devrait avoir la règle ou la boîte mesures englobant l’ensemble de chaque muscle. Notez les largeurs horizontales et les hauteurs verticales de chaque muscle ainsi que la taille du patient.

Multipliez les largeurs et les hauteurs pour chaque muscle, puis additionnez ces zones pour obtenir la surface musculaire totale. Calculez l’indice de mesure linéaire en divisant la surface totale par la taille du patient au carré. Le protocole démontré permet aux cliniciens et aux chercheurs d’utiliser la tomodensitométrie L3 ou l’IRM pour obtenir des informations quantitatives rapides et fiables pour l’évaluation de la sarcopénie.