Name: Analyse multiomique de TMEM200A en tant que biomarqueur pancancéreux (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2023-09-15T14:10:00.000+00:00
Duration: 7 min 47 s
Description: Découvrez une approche bioinformatique pour identifier TMEM200A comme biomarqueur pancancéreux dans le cancer gastrique. Cette méthode combine prédiction in silico et validation expérimentale pour révéler de nouvelles cibles thérapeutiques.

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Ces travaux ont été soutenus par la Fondation nationale des sciences naturelles de Chine (82160550).

TMEM200A : Un nouvel oncogène régulant l’EMT et le PI3K/AKT dans le cancer gastrique

<ol><li>Torre, L. A., Siegel, R. L., Ward, E. M., Jemal, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+cancer+incidence+and+mortality+rates+and+trends--an+update%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Epidemiol+Biomarkers+Prev%22%5BJournal%5D)">Global cancer incidence and mortality rates and trends--an update.</a> Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 25 (1), 16-27 (2016).</li>
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<li>Gromiha, M. M., Ou, Y. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bioinformatics+approaches+for+functional+annotation+of+membrane+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Brief+Bioinform%22%5BJournal%5D)">Bioinformatics approaches for functional annotation of membrane proteins.</a> Brief Bioinform. 15 (2), 155-168 (2014).</li>
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<li>Fu, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Overexpression+of+transmembrane+protein+168+in+the+mouse+nucleus+accumbens+induces+anxiety+and+sensorimotor+gating+deficit%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Overexpression of transmembrane protein 168 in the mouse nucleus accumbens induces anxiety and sensorimotor gating deficit.</a> PLoS One. 12 (12), e0189006(2017).</li>
<li>Cuajungco, M. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Abnormal+accumulation+of+human+transmembrane+%28TMEM%29-176A+and+176B+proteins+is+associated+with+cancer+pathology%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Histochem%22%5BJournal%5D)">Abnormal accumulation of human transmembrane (TMEM)-176A and 176B proteins is associated with cancer pathology.</a> Acta Histochem. 114 (7), 705-712 (2012).</li>
<li>Zhang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TMEM116+is+required+for+lung+cancer+cell+motility+and+metastasis+through+PDK1+signaling+pathway%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Death+Dis%22%5BJournal%5D)">TMEM116 is required for lung cancer cell motility and metastasis through PDK1 signaling pathway.</a> Cell Death Dis. 12 (12), 1086(2021).</li>
<li>Zhang, N., Pan, H., Liang, X., Xie, J., Han, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+roles+of+transmembrane+family+proteins+in+the+regulation+of+store-operated+Ca%282%2B%29+entry%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Mol+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">The roles of transmembrane family proteins in the regulation of store-operated Ca(2+) entry.</a> Cell Mol Life Sci. 79 (2), 118(2022).</li>
<li>Zhang, X., Zheng, P., Li, Z., Gao, S., Liu, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+somatic+mutation+landscape+and+RNA+prognostic+markers+in+stomach+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Onco+Targets+Ther%22%5BJournal%5D)">The somatic mutation landscape and RNA prognostic markers in stomach adenocarcinoma.</a> Onco Targets Ther. 13, 7735-7746 (2020).</li>
<li>Jia, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mining+TCGA+database+for+genes+of+prognostic+value+in+glioblastoma+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Aging+%28Albany+NY%29%22%5BJournal%5D)">Mining TCGA database for genes of prognostic value in glioblastoma microenvironment.</a> Aging (Albany NY). 10 (4), 592-605 (2018).</li>
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<li>Li, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TIMER2.0+for+analysis+of+tumor-infiltrating+immune+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">TIMER2.0 for analysis of tumor-infiltrating immune cells.</a> Nucleic Acids Res. 48 (W1), W509-W514 (2020).</li>
<li>Thul, P. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+subcellular+map+of+the+human+proteome%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A subcellular map of the human proteome.</a> Science. 356 (6340), eaal3321(2017).</li>
<li>Li, Y., Ge, D., Lu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+SMART+App%3A+an+interactive+web+application+for+comprehensive+DNA+methylation+analysis+and+visualization%5BTitle%5D)+AND+%22Epigenetics+Chromatin%22%5BJournal%5D)">The SMART App: an interactive web application for comprehensive DNA methylation analysis and visualization.</a> Epigenetics Chromatin. 12 (1), 71(2019).</li>
<li>Chandrashekar, D. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((UALCAN%3A+An+update+to+the+integrated+cancer+data+analysis+platform%5BTitle%5D)+AND+%22Neoplasia%22%5BJournal%5D)">UALCAN: An update to the integrated cancer data analysis platform.</a> Neoplasia. 25, 18-27 (2022).</li>
<li>Tate, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((COSMIC%3A+the+Catalogue+Of+Somatic+Mutations+In+Cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">COSMIC: the Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer.</a> Nucleic Acids Res. 47 (D1), D941-D947 (2019).</li>
<li>Gao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+analysis+of+complex+cancer+genomics+and+clinical+profiles+using+the+cBioPortal%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Signal%22%5BJournal%5D)">Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal.</a> Sci Signal. 6 (269), pl1(2013).</li>
<li>Shen, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sangerbox%3A+A+comprehensive%2C+interaction-friendly+clinical+bioinformatics+analysis+platform%5BTitle%5D)+AND+%22iMeta%22%5BJournal%5D)">Sangerbox: A comprehensive, interaction-friendly clinical bioinformatics analysis platform.</a> iMeta. 1 (3), e36(2022).</li>
<li>Ru, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TISIDB%3A+an+integrated+repository+portal+for+tumor-immune+system+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">TISIDB: an integrated repository portal for tumor-immune system interactions.</a> Bioinformatics. 35 (20), 4200-4202 (2019).</li>
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<li>Poulogiannis, G., Frayling, I. M., Arends, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+mismatch+repair+deficiency+in+sporadic+colorectal+cancer+and+Lynch+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22Histopathology%22%5BJournal%5D)">DNA mismatch repair deficiency in sporadic colorectal cancer and Lynch syndrome.</a> Histopathology. 56 (2), 167-179 (2010).</li>
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<li>Stemmler, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cadherins+in+development+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biosyst%22%5BJournal%5D)">Cadherins in development and cancer.</a> Mol Biosyst. 4 (8), 835-850 (2008).</li>
<li>Bill, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ANO1%2FTMEM16A+interacts+with+EGFR+and+correlates+with+sensitivity+to+EGFR-targeting+therapy+in+head+and+neck+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Oncotarget%22%5BJournal%5D)">ANO1/TMEM16A interacts with EGFR and correlates with sensitivity to EGFR-targeting therapy in head and neck cancer.</a> Oncotarget. 6 (11), 9173-9188 (2015).</li>
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<li>Tian, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SERPINH1+regulates+EMT+and+gastric+cancer+metastasis+via+the+Wnt%2F%CE%B2-catenin+signaling+pathway%5BTitle%5D)+AND+%22Aging+%28Albany+NY%29%22%5BJournal%5D)">SERPINH1 regulates EMT and gastric cancer metastasis via the Wnt/β-catenin signaling pathway.</a> Aging (Albany NY). 12 (4), 3574-3593 (2020).</li>
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Les auteurs déclarent qu’il n’y a pas de conflits d’intérêts.

TMEM200A appartient à une famille de TMEM qui est essentielle à la prolifération des cellules cancéreuses38. L’expression variable de la TMEM200A dans les différentes tumeurs malignes a reçu moins d’attention, et une enquête approfondie sur le cancer fait défaut. Cependant, les preuves continuent de s’accumuler, montrant que la famille des protéines transmembranaires TMEM peut être importante dans le maintien de la malignité des cellules cancéreuses grâce à des interactions avec ...

Le cancer est devenu un problème de santé publique persistant mettant en danger la santé humaine dans le monde1en raison de ses taux élevés de morbidité et de mortalité dans le monde, ce qui représente un lourd fardeau financier et médical pour la société2. Des progrès significatifs dans le traitement du cancer ont été réalisés ces dernières années grâce à la découverte de marqueurs du cancer3, et les chercheurs ont mis au point de nouvelles méthodes de diagnostic et de nouveaux médicaments pour traiter le cancer. Cependant, certains patients atteints de cancer ont encore un mauvais pronostic en raison de facteurs tels que la résistance aux médicaments, les effets secondaires des médicaments et la sensibilité chimique4. Par conséquent, il est urgent d’identifier de nouveaux biomarqueurs pour le dépistage et le traitement des cancers à un stade précoce5.
Les protéines membranaires sont des protéines qui peuvent se lier et s’intégrer dans les cellules et les membranes des organites6. Celles-ci peuvent être regroupées en trois catégories en fonction de la force de liaison à la membrane et de leur emplacement : les protéines ancrées dans les lipides, les protéines intégrales et les protéines membranaires périphériques 7,8. Une protéine transmembranaire (TMEM) est une protéine membranaire intégrale constituée d’au moins un segment transmembranaire9, qui traverse complètement ou partiellement la membrane biologique.
Bien que les mécanismes d’action des protéines appartenant à la famille des TMEM ne soient pas bien compris, ces protéines sont connues pour être impliquées dans plusieurs types de cancers10. Plusieurs protéines TMEM sont associées à des phénotypes migratoires, prolifératifs et invasifs, et leur expression est souvent associée au pronostic11 du patient. Par conséquent, les membres de la famille TMEM sont devenus la cible de la recherche. Un examen complet des rapports existants sur le TMEM a révélé qu’ils sont principalement associés à la signalisation inter- et intracellulaire12, aux maladies liées au système immunitaire et à la tumorigenèse10. De nombreux TMEM possèdent également des fonctions physiologiques importantes, par exemple, les canaux ioniques dans la membrane plasmique, l’activation des voies de transduction du signal, ainsi que la médiation de la chimiotaxie cellulaire, de l’adhésion, de l’apoptose et de l’autophagie10. Par conséquent, nous avons émis l’hypothèse que les protéines TMEM pourraient être des marqueurs pronostiques importants dans la détection et le traitement des tumeurs.
TMEM200A expression est significativement élevée dans le cancer gastrique (GC). L’expression plus élevée de TMEM200A13, qui a huit exons et une longueur totale de 77,536 kb sur le chromosome 6q23.1, a été liée à un mauvais pronostic de survie globale (SG) dans les cas de GC. Pourtant, les changements dans son expression ont rarement été rapportés dans les études en oncologie. Cet article compare et analyse l’utilité de l’TMEM200A en tant que cible thérapeutique et marqueur diagnostique de tumeur dans diverses études sur le cancer à l’aide de différents ensembles de données accessibles au public. Nous avons évalué l’efficacité de TMEM200A en tant que biomarqueur diagnostique et pronostique pancancéreux ainsi que ses niveaux d’expression dans divers types de cancer humain à l’aide de données de séquençage de l’ARN provenant des bases de données UCSC Xena et TCGA, ainsi que par réaction en chaîne par polymérase quantitative en temps réel (qRT-PCR) et Western blot. 
L’effet des niveaux d’expression de TMEM200A sur les taux de mutation, les processus de régulation, le diagnostic et le pronostic tumoral, l’infiltration immunitaire et l’immunothérapie a été étudié plus en détail à l’aide d’un mélange d’outils informatiques et de sites Web de données. Les bases de données CBioPortal et COSMIC (Catalog of Somatic Mutations in Cancer Cells) ont été utilisées pour examiner les mutations dans TMEM200A. Les sites Web Sangerbox et TISIDB ont été utilisés pour comprendre comment TMEM200A influence l’infiltration immunitaire. L’outil en ligne TISCH (Tumor Immune Single Cell Center) et la base de données CancerSEA ont été utilisés pour étudier la fonction de TMEM200A. Enfin, pour évaluer l’impact de la TMEM200A sur le comportement malin et la fonction de développement tumoral des cellules GC, une expérience de perte de fonction a été menée dans un essai in vitro . De plus, un transfert Western a été effectué pour évaluer comment TMEM200A knockdown affectait la voie de signalisation PI3K/AKT et la transition épithélio-mésenchymateuse (EMT) dans la GC.

<table><tbody><tr><td>Anticorps anti-AKT</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>60203-2-Ig</td><td></td></tr><tr><td>Anticorps anti-E-cadhérine</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>20874-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>Anticorps anti-glycéraldéhyde 3-phosphate déshydrogénase (GAPDH)</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>10494-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>Anticorps anti-N-cadhérine</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>22018-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>Anticorps anti-P-AKT</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>66444-1-Ig</td><td></td></tr><tr><td>Anticorps anti-escargot</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>13099-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>Anticorps anti-vimentine</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>10366-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>AxyPrepMultisourceTotalRNAMini- kit de préparation</td><td>Suzhou Youyi Landi Biotechnology Co., Ltd</td><td>UEL-UE-MN-MS-RNA-50G</td><td></td></tr><tr><td>Kit de dosage des protéines BCA</td><td>Epizyme Biotech</td><td>ZJ101L</td><td></td></tr><tr><td>CCK-8 réactif</td><td>MedChemExpress</td><td>HY-K0301-500T</td><td></td></tr><tr><td>Sérum fœtal bovin (FBS)</td><td>CYAGEN BIOSCIENCES (GUANGZHOU) INC</td><td>FBSSR-01021</td><td></td></tr><tr><td>GAPDH primer</td><td>Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd.</td><td></td><td>Amorce avant (5'-3') : TGACATCAAGAAGGTG GTGAAGCAG ; Amorce inverse (5'-3') : GTGTCGCTGTTGAAG TCAGAGGAG</td></tr><tr><td>HighGene plus Réactif de transfection</td><td>ABclonal</td><td>RM09014P</td><td></td></tr><tr><td>Affinipure Goat conjugué HRP Anti-Mouse lgG (H+L)</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>SA00001-1</td><td></td></tr><tr><td>HRP Affinipure Goat Anti-Rabbit lgG (H+L)</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>SA00001-2</td><td></td></tr><tr><td>Épithélium de la muqueuse gastrique humaine <cellules fortes>GES-1</fortes></td><td>Guangzhou Cellcook Biotech Co.,Ltd.</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Cellules humaines STAD HGC-27</td><td>Procell Life Science& Technology Co., Ltd</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Cellules humaines STAD SGC-7901</td><td>Procell Life Science& Technology Co.,Ltd</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MonAmp SYBR Green qPCR Mix (Aucun ROX)</td><td>Mona (Suzhou) Biotechnology Co., Ltd</td><td>MQ10101S</td><td></td></tr><tr><td>MonScript RTIII Mélange tout-en-un avec dsDNase&nbsp ; &nbsp ;</td><td>Mona (Suzhou) Biotechnology Co., Ltd</td><td>MR05101M</td><td></td></tr><tr><td>Omni-ECL Femto Light Chemiluminescence</td><td>Kit Epizyme Biotech</td><td>SQ201</td><td></td></tr><tr><td>PAGE Gel Fast Preparationb Kit&nbsp ;</td><td>Epizyme Biotech</td><td>PG111</td><td></td></tr><tr><td>Pénicilline-streptomycine (Pen-Streptocoque)</td><td>Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd</td><td>P1400-100</td><td></td></tr><tr><td>Membrane de difluorure de polyvinylidène (PVDF)</td><td>Merck KGaA</td><td>IPVH00010-1</td><td></td></tr><tr><td>Tampon de blocage rapide sans protéines</td><td>Epizyme Biotech</td><td>PS108P</td><td></td></tr><tr><td>RIPA solution de lyse</td><td>Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd</td><td>R0010</td><td></td></tr><tr><td>RPMI 1640 milieu complet</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>C11875500BT</td><td></td></tr><tr><td>Lait écrémé</td><td>Campina : Elk</td><td></td><td></td></tr><tr><td>TBST solution tampon</td><td>Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd</td><td>T1082</td><td></td></tr><tr><td>Le tampon de charge protéique</td><td>Epizyme Biotech</td><td>LT101S</td><td></td></tr><tr><td>TMEM200A plasmide</td><td>knockdown Plasmid</td><td></td><td></td></tr><tr><td>TMEM200A primer</td><td>Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd.</td><td></td><td>Amorce avant (5'-3') : AAGGCGGTGTGGTGGTGTTCG ; Amorce inverse (5'-3') : GATTTTGGTCTTTGTCACGGTT</td></tr><tr><td>TMEM200A SiRNA1</td><td>MiaoLing Plasmid</td><td></td><td>Amorce directe (5'-3') : ACAACTGATGATAAGACCAG ; Amorce inverse (5'-3') : TGTTGACTACTATTCTGGTC</td></tr><tr><td>TMEM200A SiRNA2</td><td>MiaoLing Plasmid</td><td></td><td>Amorce directe (5'-3') : CGTGTGAATGTCAATGACTG ; Amorce inverse (5'-3') : GCACACTTACAGTTACTGAC</td></tr><tr><td>TMEM200A SiRNA3</td><td>MiaoLing Plasmid</td><td></td><td>Amorce directe (5'-3') : ACAACCACAACATCTGCCCG ; Amorce inverse (5'-3') : TGTTGGTGTTGTAGACGGGC</td></tr><tr><td>Protéine transmembranaire 200A Anticorps</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>48081-1</td><td></td></tr><tr><td>Equipment</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CO2 incubateur de culture cellulaire</td><td>Haier Group</td><td>PYXE-80IR</td><td></td></tr><tr><td>Instrument d’électrophorèse</td><td>Bio-RAD</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Instrument de PCR quantitative à fluorescence</td><td>Bio-RAD</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Étiqueteur enzymatique multifonctionnel</td><td>Berthold</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

analyse multiomique de tmem200a en tant que biomarqueur pancancéreux

Multiomics Analysis of TMEM200A as a Pan-Cancer Biomarker

La protéine transmembranaire, TMEM200A, est connue pour être associée aux cancers humains et à l’infiltration immunitaire. Ici, nous avons évalué la fonction de TMEM200A dans les cancers courants par analyse multiomique et utilisé des cultures cellulaires in vitro de cellules gastriques pour vérifier les résultats. L’expression de TMEM200A dans plusieurs types de cancer humain a été évaluée à l’aide des données de séquençage de l’ARN de la base de données Xena de l’UCSC. L’analyse bioinformatique a révélé un rôle potentiel de TMEM200A en tant que biomarqueur diagnostique et pronostique. 
Des cultures de lignées cellulaires gastriques et cancéreuses normales ont été cultivées et TMEM200A a été abattue. Les niveaux d’expression de TMEM200A ont été mesurés à l’aide d’une réaction en chaîne par polymérase quantitative en temps réel et d’un transfert Western. Des études in vitro de perte de fonction ont ensuite été utilisées pour déterminer les rôles de la TMEM200A dans le comportement malin et la formation tumorale des cellules cancéreuses gastriques (GC). Des Western blots ont été utilisés pour évaluer l’effet de l’inhibition sur la transition épithélio-mésenchymateuse (EMT) et la voie de signalisation PI3K/AKT dans la GC. L’analyse bioinformatique a montré que TMEM200A était exprimée à des niveaux élevés dans la GC. 
La prolifération des cellules GC a été inhibée par TMEM200A knockdown, qui a également diminué la vimentine, la N-cadhérine et les protéines Snai, et a inhibé la phosphorylation de l’AKT. La voie de signalisation PI3K/AKT semble également être impliquée dans la régulation médiée par TMEM200A du développement de la GC. Les résultats présentés ici suggèrent que TMEM200A régule le microenvironnement tumoral en affectant l’EMT. TMEM200A peut également affecter l’EMT par le biais de la signalisation PI3K/AKT, influençant ainsi le microenvironnement tumoral. Par conséquent, dans les pan-cancers, en particulier la GC, TMEM200A peut être un biomarqueur et un oncogène potentiel.

Expression de TMEM200A dans divers cancers Comme l’illustre la figure 1, nous avons d’abord analysé les niveaux d’expression différentiels de TMEM200A dans divers cancers à l’aide de différentes bases de données. TMEM200A expression était élevée dans le cholangiocarcinome (CHOL), le carcinome épidermoïde de la tête et du cou (HNSC), le carcinome rénal à cellules claires (KIRC), le carcinome papillaire rénal (KIRP), le carcinome ...

Ici, un protocole est présenté dans lequel de multiples outils bioinformatiques sont combinés pour étudier les fonctions biologiques de TMEM200A dans le cancer. De plus, nous validons également expérimentalement les prédictions bioinformatiques.

Analyse multiomique de TMEM200A en tant que biomarqueur pancancéreux

The transmembrane protein, TMEM200A, is known to be associated with human cancers and immune infiltration. Here, we assessed the function of TMEM200A in ...

Des progrès significatifs ont été réalisés dans l’étude des biomarqueurs du cancer. Néanmoins, la fonction d’extraction des matières tumorales associées à la famille des protéines transmembranaires reste non identifiée. Par conséquent, nos recherches sur les TMEM200A dans le cancer gastrique ont généré de nouvelles orientations de recherche pour les cellules apparentées.Dans cette étude, nous avons utilisé la combinaison de la prédiction de la base de données en ligne et de la validation de la technique expérimentale, ce qui simplifie les étapes de recherche et le coût de l’expérience sur les cellules souches dans un domaine connexe. À l’avenir, notre laboratoire se concentrera sur l’exploration du mécanisme spécifique de la tumeur dans le cancer gastrique, la recherche de l’association entre la modification de la glycosylation et l’enregistrement métabolique, et l’identification de nouvelles cibles pour le traitement du cancer gastrique.

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Les souris porteuses du carcinome du côlon 26 (C26) représentent un modèle classique de cachexie cancéreuse. La fonte musculaire progressive se produit en association avec la croissance tumorale, la surexpression des ubiquitine ligases spécifiques aux muscles et la réduction de la section transversale musculaire. Une perte de graisse est également observée. La cachexie est étudiée de manière dépendante du temps avec une sévérité croissante de l’émaciation.

Le Colon-26 Carcinome portant une tumeur de la souris comme modèle pour l&#39;étude du cancer cachexie

Obtention de l’ADN génomique de haute qualité provenant de tissus de la tumeur est une première étape essentielle pour l’analyse des altérations génétiques à l’aide de séquençage de la génération suivant. Dans cet article, nous présentons une méthode simple et rapide pour enrichir les cellules tumorales et obtenir des ADN intact de toucher les échantillons de cytologie mentions légales.

Méthode simple et rapide d’obtenir qualité tumeur ADN provenant d’échantillons cliniques pathologiques à l’aide de la cytologie mentions légales contact

Les algorithmes existants génèrent une seule solution pour un dataset de détection des biomarqueurs. Ce protocole ne démontre l’existence de plusieurs solutions de même efficaces et présente un logiciel convivial pour aider les chercheurs biomédicaux à enquêter sur leurs ensembles de données pour le défi proposé. Informaticiens peuvent également fournir cette fonctionnalité dans leur biomarqueur des algorithmes de détection.

Sélection de plusieurs sous-ensembles de biomarqueur de même Classification binaire efficace performances

Est présenté ici, un protocole d’analyse moyen - à haut-débit des événements de phosphorylation de la protéine au niveau cellulaire. Phospho cytométrie en flux est une approche puissante pour caractériser des aberrations signalisation, identifier et valider des biomarqueurs et évaluer pharmacodynamique.

Cytométrie en flux phospho avec cellule fluorescente code-barres pour seule cellule signalisation d’analyse et découverte de Biomarker

Présenté ici sont quatre protocoles pour construire et exploiter la levure Saccharomyces cerevisiae reporter souches pour étudier le potentiel humain de transactivation P53, les impacts de ses diverses mutations associées au cancer, co-exprimé protéines d'interaction, et les effets de petites molécules spécifiques.

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Ici, nous présentons un protocole pour explorer le biomarqueur et le prédicteur de survie du cancer du sein sur la base de l’analyse exhaustive des ensembles de données cliniques regroupées provenant d’une variété de bases de donnees accessibles au public, en utilisant la stratégie d’expression, de corrélation et l’analyse de survie pas à pas.

L’exploration de données et l’analyse intégrative du biomarqueur dans le cancer du sein à l’aide de plusieurs bases de données accessibles au public

L'objectif de ce protocole est d'établir un modèle in vitro 3D pour étudier la différenciation des fibroblastes associés au cancer (CAF) dans un environnement en vrac tumoral, qui peut être abordé dans différents systèmes d'analyse, tels que l'immunofluorescence, la transcription l'analyse et l'imagerie des cellules de vie.

Un modèle sphéroïde 3D comme un système plus physiologique pour les fibroblastes associés au cancer différenciation et l'invasion des études in vitro

L’injection intraveineuse de cellules cancéreuses est souvent utilisée dans la recherche sur les métastases, mais la charge tumorale métastatique peut être difficile à analyser. Ici, nous démontrons un modèle d’injection de métastases dans la veine de la queue et incluons une nouvelle approche pour analyser la charge tumorale pulmonaire métastatique qui en résulte.

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Ici, des méthodes sont présentées pour comprendre les effets anticancéreux du surnageant sans cellules de Lactobacillus (LCFS). Les lignées cellulaires du cancer colorectal montrent des décès cellulaires lorsqu’elles sont traitées avec LCFS dans des cultures 3D. Le processus de génération de sphéroïdes peut être optimisé en fonction de l’échafaudage et les méthodes d’analyse présentées sont utiles pour évaluer les voies de signalisation impliquées.

Évaluation de la mort cellulaire à l’aide d’un surnageant sans cellules de probiotiques dans des cultures sphéroïdes tridimensionnelles de cellules cancéreuses colorectales

Les organoïdes dérivés du patient (AOP) sont un outil puissant dans la recherche translationnelle sur le cancer, reflétant à la fois l’hétérogénéité génétique et phénotypique de la maladie et la réponse aux thérapies anticancéreuses personnalisées. Ici, un protocole consolidé pour générer des AOP pour le cancer primaire de la vessie humaine en préparation de l’évaluation des analyses phénotypiques et des réponses médicamenteuses est détaillé.

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Découvrez une approche bioinformatique pour identifier TMEM200A comme biomarqueur pancancéreux dans le cancer gastrique. Cette méthode combine prédiction in silico et validation expérimentale pour révéler de nouvelles cibles thérapeutiques.

Analyse multiomique de TMEM200A en tant que biomarqueur pancancéreux

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