Préparation d’une suspension unicellulaire à partir d’artères carotides de souris pour le séquençage unicellulaire
19 janvier 2024
Nous décrivons ici un protocole de digestion cellulaire en deux étapes pour la préparation d’une suspension unicellulaire des artères carotides de souris.
La faible solubilité et le débriefing cellulaire plus important sont les principales difficultés de la dissociation du tissu vasculaire. Notre méthode de digestion en deux étapes est très appropriée pour la dissociation du tissu carotidien et peut être utilisée pour préparer des suspicions unicellulaires pour d’autres vaisseaux avec des modifications mineures, ce qui la rend très utile dans la recherche cardiovasculaire. Ce protocole est adapté à l’obtention de plusieurs types de cellules dans l’artère carotide, et il peut être facilement répété sans équipement spécial.
À l’avenir, nous visons à utiliser les sous-classes cellulaires découvertes par séquençage d’ions unicellulaires pour le traitement ciblé des maladies cardiovasculaires.
Aperçu
Cette étude aborde les défis liés à la faible viabilité cellulaire et à la présence importante de débris cellulaires lors de la dissociation de tissus vasculaires, en présentant un protocole de digestion cellulaire en deux étapes spécifiquement conçu pour les artères carotides de souris. Ce protocole permet d'obtenir une suspension monocellulaire présentant une forte viabilité, adaptable à d'autres vaisseaux, et améliore ainsi les techniques utilisées en recherche cardiovasculaire.
Composantes clés de l'étude
Domaine de recherche
- Recherche cardiovasculaire
- Méthodes de dissociation cellulaire
- Analyse à la cellule unique
Contexte
- Les problèmes courants liés à la dissociation des tissus vasculaires incluent une faible viabilité cellulaire et la présence de gros débris.
- Des méthodes de dissociation efficaces sont essentielles pour l'étude des différents types cellulaires présents dans les vaisseaux sanguins.
- Les protocoles antérieurs peuvent manquer d'adaptabilité ou nécessiter un équipement spécialisé.
Méthodes utilisées
- Digestion enzymatique des cellules en deux étapes
- Artères carotides de souris
- Techniques de filtration et de centrifugation
Résultats principaux
- 176 000 cellules individuelles ont été correctement collectées à partir des artères carotides de souris.
- Le protocole a amélioré l'efficacité de la dissociation et la viabilité cellulaire.
- Un regroupement non supervisé a identifié quatre types cellulaires principaux dans les artères carotides.
Conclusions
- L'étude fournit un protocole efficace pour préparer des suspensions de cellules individuelles à partir des artères carotides.
- Cette méthodologie a des implications pour les thérapies ciblées dans les maladies cardiovasculaires.
Questions fréquemment posées
Pertinence professionnelle pour l'industrie
Des suspensions monocellulaires à haute viabilité provenant des artères carotides de souris permettent un profilage cellulaire précis, essentiel pour la validation des cibles cardiovasculaires et l'analyse mécanistique des risques. Ce protocole répond à un goulot d'étranglement majeur dans les flux de travail de séquençage unicellulaire vasculaire, renforçant la fiabilité prédictive en recherche fondamentale et translationnelle précoce. Sa reproductibilité et son adaptabilité en font une ressource réutilisable pour les pipelines en biologie vasculaire.
Applications stratégiques en recherche et développement en biopharmaceutique
Début de la découverte et validation de la cible
- Permet l'analyse de l'hétérogénéité cellulaire dans les tissus vasculaires pour la validation de cibles.
- Contribue à l'élimination des risques mécanistiques en offrant un accès à plusieurs types de cellules vasculaires.
- Facilite une confiance prédictive dans l'analyse des voies biologiques et la modélisation des maladies.
Développement de tests et criblage
- Prépare des suspensions monocellulaires à haute viabilité, adaptées aux tests de séquençage unicellulaire en aval.
- Standardise la dissociation et l'évaluation de la viabilité pour obtenir des résultats quantitatifs reproductibles.
- Permet une évaluation fiable des réponses spécifiques aux types cellulaires dans les plateformes de criblage.
Recherche translationnelle et préclinique
- S'aligne sur les systèmes pertinents pour la maladie en capturant des populations diverses de cellules vasculaires.
- Permet une continuité allant de la découverte à la validation préclinique dans la recherche cardiovasculaire.
- Offre une base pour l'identification de biomarqueurs translationnels dans les modèles de maladies vasculaires.
Intégration du pipeline et du flux de travail
Ce protocole s'intègre à la continuité découverte-préclinique en permettant une analyse robuste au niveau cellulaire unique des tissus vasculaires, soutenant à la fois la validation des cibles et la recherche translationnelle.
- Découverte en biologie : Facilite la vérification d'hypothèses et la clarification des voies cellulaires dans les systèmes vasculaires.
- Criblage : Produit des suspensions reproductibles et à haute viabilité pour des tests quantitatifs à cellule unique.
- Analytique : Fournit des mesures de viabilité et de concentration cellulaire afin de comparer différentes conditions de dissociation.
- Recherche translationnelle : Permet la détection de plusieurs types de cellules vasculaires pour l'alignement de biomarqueurs.
- Réutilisation en milieu professionnel : Protocole adaptable à d'autres tissus vasculaires avec de légères modifications.
Impact opérationnel et organisationnel
- Valeur scientifique : Accroît la confiance prédictive et réduit l'ambiguïté dans le profilage des cellules vasculaires.
- Valeur opérationnelle : Standardise la dissociation et l'évaluation de la viabilité pour des protocoles évolutifs.
- Valeur stratégique : Améliore les décisions d'aller/arrêt en permettant une caractérisation cellulaire robuste.
- Impact sur le portefeuille : Soutient la priorisation ajustée au risque dans les chaînes de recherche cardiovasculaire.
Considérations relatives à la mise en œuvre
- Nécessite une expertise en dissection des tissus et en techniques de dissociation enzymatique.
- Requiert un équipement de laboratoire standard pour la perfusion, la centrifugation et le comptage cellulaire.
- Exige une standardisation interéquipes des protocoles d'évaluation de la viabilité et de la concentration.
- Adaptable à d'autres tissus vasculaires moyennant une optimisation du protocole en fonction des propriétés spécifiques à chaque tissu.
- La viabilité cellulaire et la gestion des débris sont cruciales pour la réussite du séquençage à l'échelle de la cellule unique en aval.
