Name: Un flux de travail pour l’évaluation quantitative des microbiomes bactériens endophytes et épiphytes de l’écorce de Populus trichocarpa (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-27T14:20:00.000+00:00
Duration: 12 min 5 s
Description: Découvrez un protocole complet pour évaluer les microbiomes bactériens endophytes et épiphytes de l'écorce de Populus trichocarpa par séquençage nouvelle génération. Cette méthode fournit un cadre robuste pour l'étude des communautés microbiennes des espèces forestières.

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<ol><li>Aguirre-Von-Wobeser, E., Alonso-Sanchez, A., Mendez-Bravo, A., Villanueva Espino, L. A., Reverchon, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Barks+from+avocado+trees+of+different+geographic+locations+have+consistent+microbial+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Archs+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Barks from avocado trees of different geographic locations have consistent microbial communities.</a> Archs Microbiol. 203 (7), 4593-4607 (2021).</li>
<li>Konopka, B., Pajtik, J., Seben, V., Merganicova, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modeling+bark+thickness+and+bark+biomass+on+stems+of+four+broadleaved+tree+species%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Modeling bark thickness and bark biomass on stems of four broadleaved tree species.</a> Plants (Basel). 11 (9), 1148(2022).</li>
<li>Rosell, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bark+in+woody+plants%3A+Understanding+the+diversity+of+a+multifunctional+structure%5BTitle%5D)+AND+%22Integr+Comp+Biol%22%5BJournal%5D)">Bark in woody plants: Understanding the diversity of a multifunctional structure.</a> Integr Comp Biol. 59 (3), 535-547 (2019).</li>
<li>Kobayashi, K., Aoyagi, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+community+structure+analysis+inacer+palmatumbark+and+isolation+of+novel+bacteria+IAD-21+of+the+candidate+division+FBP%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Microbial community structure analysis inacer palmatumbark and isolation of novel bacteria IAD-21 of the candidate division FBP.</a> PeerJ. 7, e7876(2019).</li>
<li>Pellitier, P. T., Zak, D. R., Salley, S. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+filtering+structures+fungal+endophyte+communities+in+tree+bark%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Environmental filtering structures fungal endophyte communities in tree bark.</a> Mol Ecol. 28 (23), 5188-5198 (2019).</li>
<li>Dreyling, L., Schmitt, I., Dal Grande, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tree+size+drives+diversity+and+community+structure+of+microbial+communities+on+the+bark+of+beech+%28fagus+sylvatica%29%5BTitle%5D)+AND+%22Front+For+Glob+Change%22%5BJournal%5D)">Tree size drives diversity and community structure of microbial communities on the bark of beech (fagus sylvatica).</a> Front For Glob Change. 5, 858382(2022).</li>
<li>Jo, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+in+microbial+community+structure+in+response+to+gummosis+in+peach+tree+bark%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Changes in microbial community structure in response to gummosis in peach tree bark.</a> Plants (Basel). 11 (21), 2834(2022).</li>
<li>Dong, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((core+microbiota%2C+and+function+of+the+rhizosphere+soil+and+bark+microbiota+in+Eucommia+ulmoides%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">core microbiota, and function of the rhizosphere soil and bark microbiota in Eucommia ulmoides.</a> Front Microbiol. 13, 855317(2022).</li>
<li>Bodenhausen, N., Bortfeld-Miller, M., Ackermann, M., Vorholt, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+synthetic+community+approach+reveals+plant+genotypes+affecting+the+phyllosphere+microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Genet%22%5BJournal%5D)">A synthetic community approach reveals plant genotypes affecting the phyllosphere microbiota.</a> PLoS Genet. 10 (4), e1004283(2014).</li>
<li>Bodenhausen, N., Horton, M. W., Bergelson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+communities+associated+with+the+leaves+and+the+roots+of+Arabidopsis+thaliana%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Bacterial communities associated with the leaves and the roots of Arabidopsis thaliana.</a> PLoS One. 8 (2), e52369(2013).</li>
<li>Stone, B. W. G., Weingarten, E. A., Jackson, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Role+of+the+phyllosphere+microbiome+in+plant+health+and+function%5BTitle%5D)+AND+%22Annual+plant+reviews%22%5BJournal%5D)">The Role of the phyllosphere microbiome in plant health and function.</a> Annual plant reviews. 1, 1-24 (2018).</li>
<li>Lambais, M. R., Lucheta, A. R., Crowley, D. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+community+assemblages+associated+with+the+phyllosphere%2C+dermosphere%2C+and+rhizosphere+of+tree+species+of+the+atlantic+forest+are+host+taxon+dependent%5BTitle%5D)+AND+%22Microb.+Ecol%22%5BJournal%5D)">Bacterial community assemblages associated with the phyllosphere, dermosphere, and rhizosphere of tree species of the atlantic forest are host taxon dependent.</a> Microb. Ecol. 68 (3), 567-574 (2014).</li>
<li>Arrigoni, E., Antonielli, L., Pindo, M., Pertot, I., Perazzolli, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tissue+age+and+plant+genotype+affect+the+microbiota+of+apple+and+pear+bark%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Res%22%5BJournal%5D)">Tissue age and plant genotype affect the microbiota of apple and pear bark.</a> Microbiol Res. 211, 57-68 (2018).</li>
<li>Germain, H., Séguin, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Innate+immunity%3A+Has+poplar+made+its+bed%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">Innate immunity: Has poplar made its bed.</a> New Phytol. 189 (3), 678-687 (2011).</li>
<li>Varnagirytė-Kabašinskienė, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+shoot+collection+timing+and+hormonal+treatment+on+seedling+rooting+and+growth+in+four+poplar+genomic+groups%5BTitle%5D)+AND+%22Forests%22%5BJournal%5D)">Evaluation of shoot collection timing and hormonal treatment on seedling rooting and growth in four poplar genomic groups.</a> Forests. 15 (9), (2024).</li>
<li>Lu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ptr-mir397a+is+a+negative+regulator+of+laccase+genes+affecting+lignin+content+in+Populus+trichocarpa%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Ptr-mir397a is a negative regulator of laccase genes affecting lignin content in Populus trichocarpa.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 110 (26), 10848-10853 (2013).</li>
<li>Krabel, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Early+root+and+aboveground+biomass+development+of+hybrid+poplars+%28populus+spp.%29+under+drought+conditions%5BTitle%5D)+AND+%22Can+J+For+Res%22%5BJournal%5D)">Early root and aboveground biomass development of hybrid poplars (populus spp.) under drought conditions.</a> Can J For Res. 45 (10), 1289-1298 (2015).</li>
<li>Vitulo, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bark+and+grape+microbiome+of+vitis+vinifera%3A+Influence+of+geographic+patterns+and+agronomic+management+on+bacterial+diversity%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Bark and grape microbiome of vitis vinifera: Influence of geographic patterns and agronomic management on bacterial diversity.</a> Front Microbiol. 9, 3203(2018).</li>
<li>Aschenbrenner, I. A., Cernava, T., Erlacher, A., Berg, G., Grube, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+sharing+and+distinct+co-occurrence+networks+among+spatially+close+bacterial+microbiota+of+bark%2C+mosses+and+lichens%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Differential sharing and distinct co-occurrence networks among spatially close bacterial microbiota of bark, mosses and lichens.</a> Mol Ecol. 26 (10), 2826-2838 (2017).</li>
<li>Liang, X., Wan, D., Tan, L., Liu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+changes+of+endophytic+bacteria+in+the+bark+and+leaves+of+medicinal+plant+eucommia+ulmoides+in+different+seasons%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Res%22%5BJournal%5D)">Dynamic changes of endophytic bacteria in the bark and leaves of medicinal plant eucommia ulmoides in different seasons.</a> Microbiol Res. 280, 127567(2024).</li>
<li>De Muinck, E. J., Trosvik, P., Gilfillan, G. D., Hov, J. R., Sundaram, A. Y. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+ultra+high-throughput+16s+rRNA+gene+amplicon+sequencing+library+preparation+method+for+the+illumina+Hiseq+platform%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">A novel ultra high-throughput 16s rRNA gene amplicon sequencing library preparation method for the illumina Hiseq platform.</a> Microbiome. 5 (1), 68(2017).</li>
<li>Anguita-Maeso, M., Haro, C., Navas-Cortes, J. A., Landa, B. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Primer+choice+and+xylem-microbiome-extraction+method+are+important+determinants+in+assessing+xylem+bacterial+community+in+olive+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Primer choice and xylem-microbiome-extraction method are important determinants in assessing xylem bacterial community in olive trees.</a> Plants (Basel). 11 (10), 1320(2022).</li>
<li>Wang, C., Liu, D. W., Bai, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Decreasing+soil+microbial+diversity+is+associated+with+decreasing+microbial+biomass+under+nitrogen+addition%5BTitle%5D)+AND+%22Soil+Biol+Biochem%22%5BJournal%5D)">Decreasing soil microbial diversity is associated with decreasing microbial biomass under nitrogen addition.</a> Soil Biol Biochem. 120, 126-133 (2018).</li>
<li>Almeida, A., Mitchell, A. L., Tarkowska, A., Finn, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Benchmarking+taxonomic+assignments+based+on+16s+rRNA+gene+profiling+of+the+microbiota+from+commonly+sampled+environments%5BTitle%5D)+AND+%22GigaScience%22%5BJournal%5D)">Benchmarking taxonomic assignments based on 16s rRNA gene profiling of the microbiota from commonly sampled environments.</a> GigaScience. 7 (5), giy54(2018).</li>
<li>Liland, K. H., Vinje, H., Snipen, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microclass%3A+An+R-package+for+16s+taxonomy+classification%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinform%22%5BJournal%5D)">Microclass: An R-package for 16s taxonomy classification.</a> BMC Bioinform. 18 (1), 172(2017).</li>
<li>Li, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+AREb1+transcription+factor+influences+histone+acetylation+to+regulate+drought+responses+and+tolerance+in+Populus+trichocarpa%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The AREb1 transcription factor influences histone acetylation to regulate drought responses and tolerance in Populus trichocarpa.</a> Plant Cell. 31 (3), 663-686 (2019).</li>
<li>Cregger, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Populus+holobiont%3A+Dissecting+the+effects+of+plant+niches+and+genotype+on+the+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">The Populus holobiont: Dissecting the effects of plant niches and genotype on the microbiome.</a> Microbiome. 6 (1), 31(2018).</li>
<li>Maria Rodríguez, J. O., Ziani, K., Maté, J. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Combined+effect+of+plasticizers+and+surfactants+on+the+physical+properties+of+starch+based+edible+films%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Res+Int%22%5BJournal%5D)">Combined effect of plasticizers and surfactants on the physical properties of starch based edible films.</a> Food Res Int. 39 (8), 840-846 (2006).</li>
<li>Beckers, B., De Beeck, M. O., Weyens, N., Boerjan, W., Vangronsveld, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+variability+and+niche+differentiation+in+the+rhizosphere+and+endosphere+bacterial+microbiome+of+field-grown+poplar+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Structural variability and niche differentiation in the rhizosphere and endosphere bacterial microbiome of field-grown poplar trees.</a> Microbiome. 5 (1), 25(2017).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+patterns+of+16s+rrna+diversity+at+a+depth+of+millions+of+sequences+per+sample%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Global patterns of 16s rrna diversity at a depth of millions of sequences per sample.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 108, 4516-4522 (2011).</li>
<li>Mcpherson, M. R., Wang, P., Marsh, E. L., Mitchell, R. B., Schachtman, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+analysis+of+microbial+communities+in+soil%2C+rhizosphere%2C+and+roots+in+perennial+grass+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Isolation and analysis of microbial communities in soil, rhizosphere, and roots in perennial grass experiments.</a> J Vis Exp. 24 (137), e57932(2018).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QIIME+allows+analysis+of+high-throughput+community+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data.</a> Nat Methods. 7 (5), 335-336 (2010).</li>
<li>Callahan, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dada2%3A+High-resolution+sample+inference+from+illumina+amplicon+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Dada2: High-resolution sample inference from illumina amplicon data.</a> Nat Methods. 13 (7), 581-583 (2016).</li>
<li>Pruesse, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+comprehensive+online+resource+for+quality+checked+and+aligned+ribosomal+RNA+sequence+data+compatible+with+ARB%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">A comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data compatible with ARB.</a> Nucleic Acids Res. 35 (21), 7188-7196 (2007).</li>
<li>Ginestet, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ggplot2%3A+Elegant+graphics+for+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+R+Stat+Soc+Ser+A+Stat+Soc%22%5BJournal%5D)">Ggplot2: Elegant graphics for data analysis.</a> J R Stat Soc Ser A Stat Soc. 174, 245-245 (2011).</li>
<li>Parks, D. H., Tyson, G. W., Hugenholtz, P., Beiko, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stamp%3A+Statistical+analysis+of+taxonomic+and+functional+profiles%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinform%22%5BJournal%5D)">Stamp: Statistical analysis of taxonomic and functional profiles.</a> Bioinform. 30 (21), 3123-3124 (2014).</li>
<li>Holmes, S. P., McMurdie, P. J., Callahan, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exact+sequence+variants+should+replace+operational+taxonomic+units+in+marker-gene+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">Exact sequence variants should replace operational taxonomic units in marker-gene data analysis.</a> ISME J. 11, 2639-2643 (2017).</li>
<li>Chernov, T. I., Tkhakakhova, A. K., Kutovaya, O. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessment+of+diversity+indices+for+the+characterization+of+the+soil+prokaryotic+community+by+metagenomic+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Eurasian+Soil+Sci%22%5BJournal%5D)">Assessment of diversity indices for the characterization of the soil prokaryotic community by metagenomic analysis.</a> Eurasian Soil Sci. 48 (4), 410-415 (2015).</li>
<li>Li Yu, X., Hu, X. Y., Wang, X. X., Zhang, X. Y., Du, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+protocol+specialized+for+microbial+DNA+extraction+from+living+poplar+wood%5BTitle%5D)+AND+%22Not+Bot+Horti+Agrobot+Cluj+Napoca%22%5BJournal%5D)">A protocol specialized for microbial DNA extraction from living poplar wood.</a> Not Bot Horti Agrobot Cluj Napoca. 50 (4), (2022).</li>
<li>Jeffrey, L. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bark-dwelling+methanotrophic+bacteria+decrease+methane+emissions+from+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Bark-dwelling methanotrophic bacteria decrease methane emissions from trees.</a> Nat Commun. 12 (1), 2127(2021).</li>
<li>Chelius, M. K., Triplett, E. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+diversity+of+archaea+and+bacteria+in+association+with+the+roots+of+zea+mays+l%5BTitle%5D)+AND+%22Microb+Ecol%22%5BJournal%5D)">The diversity of archaea and bacteria in association with the roots of zea mays l.</a> Microb Ecol. 41 (3), 252-263 (2001).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Équipement :</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Batteur</td><td>de billes DHS Life Science</td><td>401265</td><td></td></tr><tr><td>Centrifugeuse pour tubes de 1,5 mL</td><td>Thermo Scientific</td><td>75002440</td><td></td></tr><tr><td>Centrifugeuse pour tubes</td><td></td><td></td><td></td>PCR</tr><tr><td>Lecteur de microplaques</td><td>BioTek</td><td>8040528</td><td></td></tr><tr><td>Nanodrop</td><td>DHS Life Science & Technology Co., Ltd.</td><td>2010/2020&nbsp ;</td><td>spectrophotomètre à microvolume</td></tr><tr><td>Fluorimètre Qubit 3.0&nbsp ;</td><td>fluorimètre invitrogen</td><td>Q33216</td><td>&nbsp ;</td></tr><tr><td>Réfrigérateur(-80)</td><td>Panasonic Healthcare Co., Ltd</td><td>17060107</td><td></td></tr><tr><td>T100 Thermocycleur</td><td>Bio-Rad</td><td>1861096</td><td>Thermocycleur</td></tr><tr><td>Tanon EPS-600&nbsp ;</td><td>Tanon</td><td>A-179047-2313</td><td>Pour l’électrophorèse</td></tr><tr><td>LabChip GX Touch HT</td><td>PerkinBibliothèque CLS138625 Elmer</td><td></td><td>Détection de la distribution des fragments d’ADN, analyse du contrôle de la qualité des acides nucléiques</td></tr><tr><td>Applied Biosystems QuantStudio 12K</td><td>Applied Biosystems</td><td>4485694</td><td>Bibliothèque de quantification</td></tr><tr><td>Illumina Novaseq6000</td><td>Illumina&nbsp ;</td><td></td><td>Séquençage de la bibliothèque</td></tr><tr><td>Matériaux :</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Gants</td><td>N’importe quel</td><td></td> embout de barrière anti-aérosol NA <td></td></tr><tr><td>10 &mu ; L</td><td>Axygen</td><td>TF-300-R-S</td><td></td></tr><tr><td>embout barrière aérosol 20&mu ; L</td><td>Axygen</td><td>TF-20-R-S</td><td></td></tr><tr><td>embout barrière anti-aérosol 200&mu ; L</td><td>Axygen</td><td>TF-200-R-S</td><td></td></tr><tr><td>bombe anti-aérosol tipr 1000&mu ; L</td><td>Axygen</td><td>TF-1000-R-S</td><td></td></tr><tr><td>tube à centrifuger 1,5 ml</td><td>Axygen</td><td>MCT-150-C</td><td></td></tr><tr><td>Corning 96 puits Noir/Transparent Microplaque à fond plat</td><td>Corning</td><td>3631</td><td></td></tr><tr><td>bâton de coton</td><td>ZHENDE MEDICAL</td><td>76606</td><td></td></tr><tr><td>DNeasy PowerSoil Kit</td><td>QIAGEN&nbsp ;</td><td>12888-100</td><td>Pour l’extraction de l’ADN</td></tr><tr><td>tube à centrifuger sans enzyme 1,5 ml</td><td>USA SCIENTIFIC</td><td>1415-2600</td><td></td></tr><tr><td>éthanol</td><td>Tianjin Yongda Chemical Reagent Company Limited</td><td>64-17-5</td><td></td></tr><tr><td>tubes durs(5 ml)</td><td>DHS Life Science</td><td>0401261-17</td><td></td></tr><tr><td>Hot Master Mix&nbsp ;</td><td>Quanta Bio</td><td>2200400</td><td></td></tr><tr><td>microcentrifugeuse tube 2.0 ml</td><td>Axygen</td><td>MCT-200-C-S</td><td></td></tr><tr><td>PCR Eau</td><td>QIAGEN&nbsp ;</td><td>17000-10</td><td></td></tr><tr><td>QIAquick Kit d’extraction de gel&nbsp ;</td><td>QIAGEN</td><td>28704</td><td>Pour l’extraction de gel</td></tr><tr><td>Quant-iT dsDNA Kits de dosage, Large gamme</td><td>Invitrogen</td><td>Q33130</td><td>Pour la détermination de la concentration des produits amplifiés et des bibliothèques d’amplicons purifiés</td></tr><tr><td>Boîte de Pétri carrée</td><td>Changde Bkman Biotechnology Co., Ltd</td><td>110301014</td><td></td></tr><tr><td>billes d’acier</td><td>Shangyu Yixin Ball Industry Co., Ltd.</td><td></td><td></td></tr><tr><td>YXB36985 solution d’hypochlorite de sodium</td><td>Tianjin Beilian Fine Chemicals Development Co., Ltd&nbsp ;</td><td>7681-52-9</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Nachuan Biotechnology Studio</td><td>9005-64-5</td><td></td></tr><tr><td>Kit de réactifs d’ADN haute sensibilité à double protocole</td><td>PerkinElmer</td><td>CLS760672</td><td>Détection de la bibliothèque d’ADN</td></tr><tr><td>VAHTS Kit de quantification pour Illumina</td><td>Vazyme Biotech Co., Ltd</td><td>NQ104</td><td>Bibliothèque de quantification</td></tr></tbody></table>

un flux de travail pour l’évaluation quantitative des microbiomes bactériens endophytes et épiphytes de l’écorce de populus trichocarpa

A Workflow for the Quantitative Assessment of the Endophytic and Epiphytic Bacterial Microbiomes of the Bark of Populus trichocarpa

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Un flux de travail pour l’évaluation quantitative des microbiomes bactériens endophytes et épiphytes de l’écorce de Populus trichocarpa

Microorganisms colonizing plant surfaces and internal tissues may possess beneficial functions in promoting plant growth and health. However, information ...

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Nous proposons une technique pour préserver intact le phloème des arbres et le préparer à l’observation.  Nous créons un appareil appelé sandwich de phloème qui permet l’introduction et l’observation d’arthropodes, de microbes et d’autres organismes qui habitent les tissus du phloème.

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Toute une analyse de biorapporteur cellulaire avec Burkholderia sartisoli RP037-MCHE a été développé pour détecter fractions d'un contaminant organique (par exemple, le fluorène) disponible pour la dégradation bactérienne après le transport actif par mycéliums de pontage des pores remplis d'air dans un système de modèle insaturé de l'eau.

Une approche Cell biorapporteur entières pour évaluer transport et la biodisponibilité des contaminants organiques dans les systèmes insaturés eau

Nous décrivons ici un protocole pour obtenir des données de séquence amplicon du sol, la rhizosphère et racine endosphère microbiomes. Cette information peut être utilisée pour étudier la composition et la diversité des communautés microbiennes associées aux plantes et est adaptée pour l’utilisation avec un large éventail d’espèces végétales.

Explorant le Microbiome racine : extraire les données de la communauté bactérienne du sol, rhizosphère et racine endosphère

Excavation des racines des plantes sur le terrain, ainsi que traitement d’échantillons dans la rhizosphère, endosphère et le sol sont décrites en détail, y compris les méthodes d’analyse de données et extraction de l’ADN. Cet article est conçu pour permettre aux autres laboratoires d’utiliser ces techniques pour l’étude du sol, endosphère et rhizosphère microbiomes.

Isolement et analyse des communautés microbiennes dans le sol, rhizosphère et racines dans des expériences de graminée vivace

Ici, nous décrivons un analyse de croissance des plantes hydroponiques pour quantifier la présence des espèces et visualiser la répartition spatiale des bactéries lors de la colonisation initiale des racines des plantes et après leur transfert dans différents environnements de croissance.

Surveillance de la colonisation bactérienne et de l'entretien des racines d'Arabidopsis thaliana dans un système hydroponique flottant

Nous décrivons comment quantifier les arthropodes d'habitation de feuille en scellant les feuilles et l'extrémité des branches dans un sac, coupant et congelant le matériel ensaché, et en rinçant le matériel précédemment congelé dans l'eau pour séparer des arthropodes du substrat pour la quantification.

Une méthode pour quantifier les arthropodes foliage-dwelling

Nous décrivons une approche semi-quantitative de mesurer des caractéristiques des communautés d'arthropodes de corticolous (écorce-habitant). Nous avons placé des pièges collants fabriqués commercialement sur des boulons d'arbres pour estimer l'abondance, la longueur totale (un substitut à la biomasse), la richesse et la diversité de Shannon pour la comparaison entre les espèces d'arbres.

Quantifier les arthropodes corticolous à l'aide de pièges collants

Les produits à base de glyphosate (GBP) sont les herbicides à large spectre les plus courants dans le monde. Dans cet article, nous présentons des lignes directrices générales pour quantifier l’effet de la GBP sur les microbiomes, des expériences sur le terrain aux analyses bioinformatiques.

Quantification de l’impact potentiel des produits à base de glyphosate sur les microbiomes

Le protocole décrit ici les méthodes d’évaluation des modèles et de la stratégie de colonisation mycorhizienne arbusculaire dans les racines de deux espèces: Zea mays et Festuca rubra. L’utilisation de la méthode MycoPatt permet le calcul de paramètres, la conversion de structures mycorhiziennes en données numériques et la cartographie de leur position réelle dans les racines.

Les cartes mycorhiziennes comme outil pour explorer les modèles de colonisation et les stratégies fongiques dans les racines de Festuca rubra et Zea mays

Nous proposons un protocole optimisé de microscopie électronique à balayage pour visualiser des échantillons hautement hétérogènes et délicats contenant de la biomasse végétale et fongique, ainsi que du microbiote et du biofilm. Ce protocole permet de décrire les dimensions spatiales de l’organisation du microbiote.

Microbiote des jardins de fourmis attines : visualisation d’un paysage microbien par microscopie électronique à balayage

Ce protocole propose un flux de travail modulaire BSL-2 combinant des tests de biomasse cristalline-violet, des cinétiques à contraste de phase en accéléré, une cartographie confocale 3D/matricielle, une ultrastructure SEM, et un module d’infection à hamster in vivo pour cultiver, quantifier, caractériser et étudier le rôle fonctionnel du biofilm Leptospira , permettant une évaluation standardisée des mutants et des interventions anti-biofilm à travers les laboratoires.

Un flux de travail modulaire pour l’analyse quantitative, structurelle et fonctionnelle des biofilms de Leptospira

Découvrez un protocole complet pour évaluer les microbiomes bactériens endophytes et épiphytes de l'écorce de Populus trichocarpa par séquençage nouvelle génération. Cette méthode fournit un cadre robuste pour l'étude des communautés microbiennes des espèces forestières.

Un flux de travail pour l’évaluation quantitative des microbiomes bactériens endophytes et épiphytes de l’écorce de Populus trichocarpa (Vidéo) | JoVE Journal

Un flux de travail pour l’évaluation quantitative des microbiomes bactériens endophytes et épiphytes de l’écorce de Populus trichocarpa

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