Name: Application du code-barres ADN pour identifier les plantes médicinales (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-11-01T13:20:00.000+00:00
Duration: 8 min 55 s
Description: Apprenez l'identification des plantes médicinales par code-barres ADN avec Angelica sinensis comme étude de cas. Cette méthode améliore la précision et fournit des lignes directrices pour la recherche future.

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<meta charset="utf8"></head><body>Codage à barres de l’ADN des plantes médicinales : identification et analyse phylogénétique

<ol><li>Chen, S. L., et al. Conservation and sustainable use of medicinal plants: Problems, progress, and prospects. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aChen%2C+SL+%22Chin+Med%22">Chin Med</a>. 11, 37(2016).</li>
<li>Han, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+authenticity+survey+of+herbal+medicines+from+markets+in+China+using+DNA+barcoding%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">An authenticity survey of herbal medicines from markets in China using DNA barcoding.</a> Sci Rep. 6, 18723(2016).</li>
<li>Zhang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integration+of+high-throughput+omics+technologies+in+medicinal+plant+research%3A+The+new+era+of+natural+drug+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Integration of high-throughput omics technologies in medicinal plant research: The new era of natural drug discovery.</a> Front Plant Sci. 14, 1073848(2023).</li>
<li>Ji, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+the+authenticity+and+origin+of+panax+notoginseng%3A+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22J+AOAC+Int%22%5BJournal%5D)">Determination of the authenticity and origin of panax notoginseng: A review.</a> J AOAC Int. 105 (6), 1708-1718 (2022).</li>
<li>Parveen, I., Techen, N., Khan, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+species+in+the+aromatic+spice+family+apiaceae+using+DNA+mini-barcodes%5BTitle%5D)+AND+%22Planta+Med%22%5BJournal%5D)">Identification of species in the aromatic spice family apiaceae using DNA mini-barcodes.</a> Planta Med. 85 (2), 139-144 (2019).</li>
<li>Techen, N., Parveen, I., Pan, Z., Khan, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding+of+medicinal+plant+material+for+identification%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding of medicinal plant material for identification.</a> Curr Opin Biotechnol. 25, 103-110 (2014).</li>
<li>Xiong, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Market+access+for+Chinese+herbal+medicinal+products+in+Europe-a+ten-year+review+of+relevant+products%2C+policies%2C+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22Phytomedicine%22%5BJournal%5D)">Market access for Chinese herbal medicinal products in Europe-a ten-year review of relevant products, policies, and challenges.</a> Phytomedicine. 103, 154237(2022).</li>
<li>Virk, J. K., Gupta, V., Kumar, S., Singh, R., Bansal, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ashtawarga+plants+-+suffering+a+triple+standardization+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22J+Tradit+Complement+Med%22%5BJournal%5D)">Ashtawarga plants - suffering a triple standardization syndrome.</a> J Tradit Complement Med. 7 (4), 392-399 (2017).</li>
<li>An, Y. L., Wei, W. L., Guo, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+analytical+technologies+in+the+discrimination+and+authentication+of+herbs+from+fritillaria%3A+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22Crit+Rev+Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Application of analytical technologies in the discrimination and authentication of herbs from fritillaria: A review.</a> Crit Rev Anal Chem. 54 (6), 1775-1796 (2024).</li>
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<li>Khan, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Herbal+spices+as+food+and+medicine%3A+Microscopic+authentication+of+commercial+herbal+spices%5BTitle%5D)+AND+%22Plants+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Herbal spices as food and medicine: Microscopic authentication of commercial herbal spices.</a> Plants (Basel). 13 (8), 1067(2024).</li>
<li>Techen, N., Crockett, S. L., Khan, I. A., Scheffler, B. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Authentication+of+medicinal+plants+using+molecular+biology+techniques+to+compliment+conventional+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">Authentication of medicinal plants using molecular biology techniques to compliment conventional methods.</a> Curr Med Chem. 11 (11), 1391-1401 (2004).</li>
<li>Sasidharan, S., Chen, Y., Saravanan, D., Sundram, K. M., Yoga Latha, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraction%2C+isolation+and+characterization+of+bioactive+compounds+from+plants%27+extracts%5BTitle%5D)+AND+%22Afr+J+Tradit+Complement+Altern+Med%22%5BJournal%5D)">Extraction, isolation and characterization of bioactive compounds from plants' extracts.</a> Afr J Tradit Complement Altern Med. 8 (1), 1-10 (2011).</li>
<li>Wei, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+techniques+and+detection+methods+of+edible+fungi+species%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Chem%22%5BJournal%5D)">Identification techniques and detection methods of edible fungi species.</a> Food Chem. 374, 131803(2022).</li>
<li>Mehle, N., Trdan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Traditional+and+modern+methods+for+the+identification+of+thrips+%28thysanoptera%29+species%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pest+Sci%22%5BJournal%5D)">Traditional and modern methods for the identification of thrips (thysanoptera) species.</a> J Pest Sci. 85 (2), 179-190 (2012).</li>
<li>Hebert, P. D., Cywinska, A., Ball, S. L., Dewaard, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biological+identifications+through+DNA+barcodes%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">Biological identifications through DNA barcodes.</a> Proc Biol Sci. 270 (1512), 313-321 (2003).</li>
<li>Chen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Validation+of+the+its2+region+as+a+novel+DNA+barcode+for+identifying+medicinal+plant+species%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Validation of the its2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species.</a> PLoS One. 5 (1), e8613(2010).</li>
<li>Li, D. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+analysis+of+a+large+dataset+indicates+that+internal+transcribed+spacer+%28its%29+should+be+incorporated+into+the+core+barcode+for+seed+plants%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Comparative analysis of a large dataset indicates that internal transcribed spacer (its) should be incorporated into the core barcode for seed plants.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 108 (49), 19641-19646 (2011).</li>
<li>Raskoti, B. B., Ale, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding+of+medicinal+orchids+in+asia%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding of medicinal orchids in asia.</a> Sci Rep. 11 (1), 23651(2021).</li>
<li>Chen, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding+in+herbal+medicine%3A+Retrospective+and+prospective%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pharm+Anal%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding in herbal medicine: Retrospective and prospective.</a> J Pharm Anal. 13 (5), 431-441 (2023).</li>
<li>Pei, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole-genome+sequencing+in+medicinal+plants%3A+Current+progress+and+prospect%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+China+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">Whole-genome sequencing in medicinal plants: Current progress and prospect.</a> Sci China Life Sci. 67 (2), 258-273 (2024).</li>
<li>Zhu, S., Liu, Q., Qiu, S., Dai, J., Gao, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding%3A+An+efficient+technology+to+authenticate+plant+species+of+traditional+chinese+medicine+and+recent+advances%5BTitle%5D)+AND+%22Chin+Med%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding: An efficient technology to authenticate plant species of traditional chinese medicine and recent advances.</a> Chin Med. 17 (1), 112(2022).</li>
<li>Pang, X., Shi, L., Song, J., Chen, X., Chen, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+the+potential+DNA+barcode+its2+to+identify+herbal+materials%5BTitle%5D)+AND+%22J+Nat+Med%22%5BJournal%5D)">Use of the potential DNA barcode its2 to identify herbal materials.</a> J Nat Med. 67 (3), 571-575 (2013).</li>
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<li>Yuan, Q. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+species+and+materia+medica+within+Angelica+l.+%28umbelliferae%29+based+on+phylogeny+inferred+from+DNA+barcodes%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol+Resour%22%5BJournal%5D)">Identification of species and materia medica within Angelica l. (umbelliferae) based on phylogeny inferred from DNA barcodes.</a> Mol Ecol Resour. 15 (2), 358-371 (2015).</li>
<li>Xie, P. J., Ke, Y. T., Kuo, L. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modified+ctab+protocols+for+high-molecular-weight+DNA+extractions+from+ferns%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">Modified ctab protocols for high-molecular-weight DNA extractions from ferns.</a> Appl Plant Sci. 11 (3), e11526(2023).</li>
<li>Stefanova, P., Taseva, M., Georgieva, T., Gotcheva, V., Angelov, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+modified+ctab+method+for+DNA+extraction+from+soybean+and+meat+products%5BTitle%5D)+AND+%22Biotech+Biotechnol+Equipment%22%5BJournal%5D)">A modified ctab method for DNA extraction from soybean and meat products.</a> Biotech Biotechnol Equipment. 27 (3), 3803-3810 (2013).</li>
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<li>Hou, D. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+identification+of+corni+fructus+and+its+adulterants+by+ITS%2FITS2+sequences%5BTitle%5D)+AND+%22Chin+J+Nat+Med%22%5BJournal%5D)">Molecular identification of corni fructus and its adulterants by ITS/ITS2 sequences.</a> Chin J Nat Med. 11 (2), 121-127 (2013).</li>
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<li>Trujillo-Argueta, S., Del Castillo, R. F., Velasco-Murguía, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Testing+the+effectiveness+of+rbcla+DNA-barcoding+for+species+discrimination+in+tropical+montane+cloud+forest+vascular+plants+%28oaxaca%2C+mexico%29+using+blast%2C+genetic+distance%2C+and+tree-based+methods%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Testing the effectiveness of rbcla DNA-barcoding for species discrimination in tropical montane cloud forest vascular plants (oaxaca, mexico) using blast, genetic distance, and tree-based methods.</a> PeerJ. 10, e13771(2022).</li>
<li>Marizzi, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+barcoding+brooklyn+%28new+york%29%3A+A+first+assessment+of+biodiversity+in+marine+park+by+citizen+scientists%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">DNA barcoding brooklyn (new york): A first assessment of biodiversity in marine park by citizen scientists.</a> PLoS One. 13 (7), e0199015(2018).</li>
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<li>Pang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Utility+of+the+trnh-psba+intergenic+spacer+region+and+its+combinations+as+plant+DNA+barcodes%3A+A+meta-analysis%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Utility of the trnh-psba intergenic spacer region and its combinations as plant DNA barcodes: A meta-analysis.</a> PLoS One. 7 (11), e48833(2012).</li>
<li>Tripathi, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+internal+transcribed+spacer+%28its%29+region+and+trnh-psba+%5Bcorrected%5D+are+suitable+candidate+loci+for+DNA+barcoding+of+tropical+tree+species+of+India%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">The internal transcribed spacer (its) region and trnh-psba [corrected] are suitable candidate loci for DNA barcoding of tropical tree species of India.</a> PLoS One. 8 (2), e57934(2013).</li>
<li>Zheng, X. S., An, W. L., Yao, H., Xu, J., Chen, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+authentication+of+the+poisonous+plant+Gelsemium+elegans+by+combining+filter-paper-based+DNA+extraction+and+rpa-lfd+detection%5BTitle%5D)+AND+%22Engineering%22%5BJournal%5D)">Rapid authentication of the poisonous plant Gelsemium elegans by combining filter-paper-based DNA extraction and rpa-lfd detection.</a> Engineering. 7 (1), 14-16 (2021).</li>
<li>Jiang, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Barcoding+melting+curve+analysis+for+rapid%2C+sensitive%2C+and+discriminating+authentication+of+saffron+%28Crocus+sativus+l.%29+from+its+adulterants%5BTitle%5D)+AND+%22Biomed+Res+Int%22%5BJournal%5D)">Barcoding melting curve analysis for rapid, sensitive, and discriminating authentication of saffron (Crocus sativus l.) from its adulterants.</a> Biomed Res Int. 2014, 809037(2014).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>CTAB Kit d’extraction rapide d’ADN génomique végétal</td><td>Shanghai Huiling Biotechnology Co.</td><td>NG411M</td><td>Convient pour l’extraction rapide d’ADN génomique de haute qualité à partir de différents tissus d’une large gamme de plantes</td></tr><tr><td>DL5000 Marqueur</td><td>d’ADN Nanjing vazyme Bio-technology Co.</td><td>MD102-02</td><td>Produit prêt à l’emploi, prélever une quantité appropriée de ce produit directement pour l’électrophorèse lors de l’application du gel.</td></tr><tr><td>Électrophorèse</td><td>Beijing Liuyi Biotechnology Co.</td><td>DYY-6C</td><td>Adoptez la conception de l’écran tactile, peut afficher la tension définie, le courant défini en même temps, la sortie parallèle</td></tr><tr><td>Acide éthylènediaminetétraacétique</td><td>BeijingpsaitongBiotechnologyCo., Ltd</td><td>E70015-100G</td><td>réactifs de formulation de tampon d’isolation nucléaire.</td></tr><tr><td>Coloration au gel d’acide nucléique Goldview (10 000&fois ;)</td><td>Yisheng Biotechnology (Shanghai) Co., Ltd</td><td>10201ES03</td><td>Lors de l’utilisation de l’électrophorèse sur gel d’agarose pour détecter l’ADN, celui-ci se lie à l’ADN et produit un fort signal fluorescent.</td></tr><tr><td>Centrifugeuse de table à grande vitesse</td><td>Changsha Zone de développement industriel de haute technologie Xiangyi Centrifuge Instrument Co.</td><td>H1650</td><td>Pour une séparation rapide et efficace des échantillons, cette centrifugeuse compacte et légère offre une sécurité fiable</td></tr><tr><td>Broyeur de tissus à haut débit</td><td>Shanghai Jingxin Industrial Development Co.</td><td>Tiss-48</td><td>Un instrument de vibration à haute fréquence pour le broyage</td></tr><tr><td>d’échantillons http://www.gpgenome.com/</td> <td>Institut de matière médicale chinoise, Académie chinoise des sciences médicales chinoises-HerbLa</td><td></td> <td>base de données comprend des séquences génomiques, des ensembles de gènes, des génomes d’organites, des données génomiques à faible couverture et des séquences de codes-barres d’ADN.</td></tr><tr><td>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/</td> <td>Bibliothèque nationale de médecine des États-Unis</td> <td>-</td> <td>Le National Center for Biotechnology Information fait progresser la science et la santé en fournissant un accès à des informations biomédicales et génomiques.</td></tr><tr><td>Kylin-Bell</td><td>Haimen Qilinbel Instrument Manufacturing Co.</td><td>VORTEX-5</td><td>Mélange rapide sous la forme d’un vortex à grande vitesse, vitesse de mélange, uniformité, minutie</td></tr><tr><td>LifeTouch</td><td>Hangzhou BORI Technology Co.</td><td>TC-96/G/H(b)B</td><td>Adoption de la technologie de réfrigération thermoélectrique avancée et de la technologie TAS nouvellement créée pour améliorer ses performances globales</td></tr><tr><td>Système d’analyse d’images de gel multifonctionnel</td><td>Centre d’opérations du sud-ouest de Shanghai Tianneng Life Science Co.</td><td>Tanon-Mini Space 2000</td><td>Effectue des expériences rapides d’amplification génique avec une fonction de gradient pour cartographier les conditions d’amplification et une plage de température de gradient allant jusqu’à 30&deg ; C</td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Beijing Solarbio Science& Technology Co., Ltd.</td><td>S8210-100</td><td>Réactifs de formulation de tampon d’isolement nucléaire.</td></tr><tr><td>Nanodrop One</td><td>Genes Ltd.</td><td>Quantifiez</td><td>des échantillons d’ADN, d’ARN et de protéines en quelques secondes avec seulement 1-2 & micro ; L de l’échantillon Polyvinyle</td></tr><tr><td>pyrrolidone</td><td>Shanghai yuanye Bio-Technology Co., Ltd</td><td>S30268-500g</td><td>réactifs de formulation de tampon d’isolement nucléaire.</td></tr><tr><td>Machine à glaçons en flocon de neige</td><td>Shanghai Zhixin Experimental Instrument Technology Co.</td><td>ZX-60X</td><td>Adoption de la méthode de fabrication de glace par extrusion rotative, vitesse de fabrication de glace rapide et haute efficacité de la production de glace</td></tr><tr><td>Perles en acier inoxydable pour homogénéisateur de tissus</td><td>Beyotime Biotechnology.&nbsp ;</td><td>F6623</td><td>Équipement pour le broyage et le mélange de tissus et d’autres échantillons par vibration</td></tr><tr><td>Tampon Tris Acétate-EDTA</td><td>Beyotime Biotech Inc</td><td>ST716</td><td>TAE est un tampon couramment utilisé pour l’électrophorèse de l’ADN, fréquemment utilisé dans l’électrophorèse sur gel d’agarose.</td></tr><tr><td>Tris-HCl</td><td>Beijing Solarbio Science& Technology Co., Ltd.</td><td>T8230</td><td>Réactifs de formulation de tampon d’isolement nucléaire.</td></tr><tr><td>Bouilloire à bain d’eau</td><td>Shanghai Senxin Experimental Instrument Co.</td><td>DK-8D</td><td>Thermostat précis et régulation de la température, contrôle précis et fiable de la température</td></tr><tr><td>&beta ;-mercaptoethanol</td><td>Shanghai Eon Chemical Technology Co.</td><td>R054186-100ml&nbsp ; &nbsp ;</td><td>Réactifs de formulation de tampon d’isolement nucléaire.</td></tr></tbody></table>

application du code-barres adn pour identifier les plantes médicinales

Application of DNA Barcoding to Identify Medicinal Plants

Qualité de l’ADN de l’échantillon
La plage des rapports d’absorbance OD260/OD280 était de 1,80 à 1,84. La quantité d’ADN mesurée par spectrophotomètre pour chaque échantillon était supérieure à 100 ng/μL (tableau 3), ce qui indique une bonne qualité d’extraction de l’ADN de l’échantillon. Cela indique que les échantillons n’ont pas été contaminés par des protéines, de l’ARN ou des réactifs pendant le processus d’extraction et qu’ils étaient de bonne qualité et adaptés à l’amplification par PCR en aval.
Analyse PCR
Une électrophorèse sur gel a été réalisée sur le produit PCR des trois échantillons expérimentaux parallèles. La configuration était la suivante : marqueur, échantillons 1-3 (AS-1, AS-2, AS-3) et témoin négatif (0), comme le montre la figure 3. Les tailles de AS-1, AS-2 et AS-3 sont toutes comprises entre 500 pb avec des bandes simples, brillantes et claires, et il n’y a pas de bandes dans le 0, indiquant que l’ADN extrait a été amplifié à 500 pb à l’aide des amorces ITS2.
Comparaison des résultats de séquençage dans les bases de données
Les résultats du séquençage ont permis d’identifier A. sinensis avec une similitude de séquence de 100 % en combinant les résultats d’identification BLAST de la base de données NCBI, qui sont les mêmes que les résultats d’identification des espèces de la base de données GPGD (tableau 4). Le résultat BLAST a été déterminé à l’aide du score d’identité en pourcentage le plus élevé et de la valeur e la plus faible. L’identification d’une espèce a été considérée comme réussie lorsque le pourcentage maximal d’identité le plus élevé incluait une seule espèce et que la note était de &gt;99 %. Si un score est ≤ 99 %, vérifiez la qualité du fichier de séquençage ou si le produit PCR n’est pas contaminé.
Analyse phylogénétique basée sur l’arbre de l’identification des espèces
Les résultats ont montré que dans l’arbre phylogénétique construit du New Jersey, les quatre espèces étaient regroupées dans des clades distincts, et que le P. praeruptorum en tant qu’exogroupe était séparé des clades Angelica . Les séquences d’épissage ont été regroupées avec le clade A . sinensis OR879715.1, et la valeur de support du clade (bootstrap) était de 100, puis les deux autres espèces, A. dahurica et A. cartilaginomarginata ont été regroupées dans un clade distinct, prouvant ainsi que les séquences d’épissage étaient A. sinensis (Figure 4).
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66925/66925fig01.jpg"> Figure 1 : Organigramme d’identification des espèces de plantes médicinales. (A) Usine de traitement, extraction de l’ADN et séquençage des plantes médicinales, (B) comparaison des séquences d’espèces à l’aide de bases de données, et (C) utilisation d’arbres phylogénétiques pour la validation taxonomique afin de confirmer les relations phylogénétiques entre les espèces. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66925/66925fig01large.jpg" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66925/66925fig02.jpg"> Figure 2 : Flux de travail d’extraction de l’ADN des plantes médicinales. (A) Au total, 6 étapes sont impliquées dans l’extraction de l’ADN des plantes médicinales. (B) Amplification de l’instrument PCR et processus de cyclage PCR. (C) Électrophorèse. (D) Le séquençage de Sanger et le chromatogramme de séquençage. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66925/66925fig02large.jpg" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66925/66925fig03.jpg"> Figure 3 : Électrophorèse sur gel d’Angelica sinensis (Oliv.) Diels. En utilisant le marqueur d’ADN DL5000 comme marqueur moléculaire, AS-1, AS-2 et AS-3 sont utilisés comme échantillons, et 0 comme groupe témoin. Une électrophorèse sur gel a été réalisée et les résultats ont montré que les échantillons AS-1, AS-2 et AS-3 avaient tous des bandes à 500 pb, tandis que le témoin n’en présentait aucune. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66925/66925fig03large.jpg" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66925/66925fig04.jpg"> Figure 4 : Arbre phylogénétique Neighbor-Joining créé à partir de 13 séquences. Au total, 10 séquences de quatre espèces végétales ont été téléchargées à partir de la base de données du NCBI, et les séquences d’épissage ont été comparées pour analyser et comparer la variation des séquences intraspécifiques et interspécifiques et pour construire des arbres phylogénétiques reliant les voisins. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66925/66925fig04large.jpg" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Nom du matériau/de l’équipement</td>
			<td>dose</td>
		</tr><tr><td>Polyvinyle pyrrolidone</td>
			<td>10 grammes</td>
		</tr><tr><td>Tris-HCl</td>
			<td>1 M 50 mL</td>
		</tr><tr><td>Acide éthylènediaminetétraacétique</td>
			<td>0,5 M 20 mL</td>
		</tr><tr><td>NaCl</td>
			<td>20,45 grammes</td>
		</tr><tr><td>β-mercaptoéthanol</td>
			<td>10 ml</td>
		</tr><tr><td>Eau déminéralisée stérilisée</td>
			<td>500 ml</td>
		</tr></tbody></table>Tableau 1 : Réactifs de formulation du tampon d’isolement nucléaire.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Code-barres</td>
			<td>Amorce</td>
			<td colspan="2">Séquence d’amorçage (5'-3')</td>
			<td colspan="3">Séquençage par amplification PCR</td>
		</tr><tr><td rowspan="5">ITS2</td>
			<td rowspan="3">R :3R</td>
			<td colspan="2" rowspan="3">GACGCTTCTCCAGACTACAAT</td>
			<td>94°C</td>
			<td colspan="2">5 minutes</td>
		</tr><tr><td>94°C</td>
			<td>Années 30</td>
			<td rowspan="3">40cycles</td>
		</tr><tr><td>56°C</td>
			<td>Années 30</td>
		</tr><tr><td rowspan="2">F :2F</td>
			<td colspan="2" rowspan="2">ATGCGATACTTGGTGTGAAT</td>
			<td>72°C</td>
			<td>45 secondes</td>
		</tr><tr><td>72°C</td>
			<td colspan="2">10 minutes</td>
		</tr></tbody></table>Tableau 2 : Amorces de code-barres d’ADN et conditions de réaction PCR.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Échantillons</td>
			<td>Extraction de l’ADN (ng/μL)</td>
			<td>OD260/OD280</td>
		</tr><tr><td>AS-1</td>
			<td>124</td>
			<td>1.84</td>
		</tr><tr><td>AS-2</td>
			<td>184</td>
			<td>1.81</td>
		</tr><tr><td>AS-3</td>
			<td>164</td>
			<td>1.82</td>
		</tr></tbody></table>Tableau 3 : Angelica sinensis (Oliv.) Diels a extrait la qualité de l’ADN.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Échantillons</td>
			<td>Longueur de la séquence alignée (bp)</td>
			<td>Séquence d’épissage Longueur (bp)</td>
			<td>GC(%)</td>
			<td>NCBI :Pourcentage de BLAST(%)</td>
			<td>GPGD :Pourcentage d’identification des espèces (%)</td>
		</tr><tr><td>AS-1</td>
			<td>500 points de base</td>
			<td>229 points de base</td>
			<td>55.50%</td>
			<td>100%</td>
			<td>100%</td>
		</tr><tr><td>AS-2</td>
			<td>504 pb</td>
			<td>229 points de base</td>
			<td>55.50%</td>
			<td>100%</td>
			<td>100%</td>
		</tr><tr><td>AS-3</td>
			<td>499 points de base</td>
			<td>229 points de base</td>
			<td>55.50%</td>
			<td>100%</td>
			<td>100%</td>
		</tr></tbody></table>Tableau 4 : Comparaison des résultats de séquençage dans les bases de données.

Application du code-barres ADN pour identifier les plantes médicinales

Medicinal plants are valuable resources globally and are used worldwide to maintain health and treat disease; however, the presence of adulteration ...

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