Name: Isolement des micro-organismes du sol à l’aide de la technologie iChip (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-10T13:20:00.000+00:00
Duration: 5 min 33 s
Description: Découvrez l'isolation de micro-organismes du sol à l'aide de la technologie iChip pour la découverte de biopesticides. Cette méthode permet de cultiver des microbes auparavant incultivables et offre des alternatives durables aux fongicides synthétiques.

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<meta charset="utf8"></head><body>Avancement de la méthode iChip pour la culture de nouveaux micro-organismes

<ol><li>Newman, D. J., Cragg, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+products+as+sources+of+new+drugs+over+the+nearly+four+decades+from+01%2F1981+to+09%2F2019%5BTitle%5D)+AND+%22J+Nat+Prod%22%5BJournal%5D)">Natural products as sources of new drugs over the nearly four decades from 01/1981 to 09/2019.</a> J Nat Prod. 83 (3), 770-803 (2020).</li>
<li>Fouillaud, M., Dufosse, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+secondary+metabolism+and+biotechnology%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Microbial secondary metabolism and biotechnology.</a> Microorganisms. 10 (1), 123(2022).</li>
<li>Rizzetto, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+daptomycin+in+cutaneous+wound+healing%3A+A+narrative+review%5BTitle%5D)+AND+%22Antibiotics%22%5BJournal%5D)">Role of daptomycin in cutaneous wound healing: A narrative review.</a> Antibiotics. 11 (7), 944(2022).</li>
<li>Miethke, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+the+sustainable+discovery+and+development+of+new+antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Chem%22%5BJournal%5D)">Towards the sustainable discovery and development of new antibiotics.</a> Nat Rev Chem. 5 (10), 726-749 (2021).</li>
<li>Gunjal, V., Thakare, R., Chopra, S., Reddy, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Teixobactin%3A+A+paving+stone+toward+a+new+class+of+antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22J+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">Teixobactin: A paving stone toward a new class of antibiotics.</a> J Med Chem. 63, 12171-12195 (2020).</li>
<li>Atanasov, A. G., Zotchev, S. B., Dirsch, V. M., Supuran, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Natural+products+in+drug+discovery%3A+Advances+and+opportunities%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Natural products in drug discovery: Advances and opportunities.</a> Nat Rev Drug Discov. 20 (3), 200-216 (2021).</li>
<li>Epstein, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+phenomenon+of+microbial+uncultivability%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The phenomenon of microbial uncultivability.</a> Curr Opin Microbiol. 16 (5), 636-642 (2013).</li>
<li>Wright, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+irresistible+newcomer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An irresistible newcomer.</a> Nature. 517, 422-444 (2015).</li>
<li>Berdy, B., Spoering, A., Ling, L., Epstein, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+situ+cultivation+of+previously+uncultivable+microorganisms+using+the+ichip%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">In situ cultivation of previously uncultivable microorganisms using the ichip.</a> Nat Protoc. 12 (10), 2232-2242 (2017).</li>
<li>Jung, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Triggering+growth+via+growth+initiation+factors+in+nature%3A+A+putative+mechanism+for+in+situ+cultivation+of+previously+uncultivated+microorganisms%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Triggering growth via growth initiation factors in nature: A putative mechanism for in situ cultivation of previously uncultivated microorganisms.</a> Front Microbiol. 12, 537194(2021).</li>
<li>Nichols, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+ichip+for+high-throughput+in+situ+cultivation+of+%26%2334%3Buncultivable%26%2334%3B+microbial+species%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Use of ichip for high-throughput in situ cultivation of &#34;uncultivable&#34; microbial species.</a> Appl Environ Microbiol. 76 (8), 2445-2450 (2010).</li>
<li>Megaw, J., Kelly, S. A., Thompson, T. P., Skvortsov, T., Gilmore, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Profiling+the+microbial+community+of+a+triassic+halite+deposit+in+Northern+Ireland%3A+An+environment+with+significant+potential+for+biodiscovery%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Lett%22%5BJournal%5D)">Profiling the microbial community of a triassic halite deposit in Northern Ireland: An environment with significant potential for biodiscovery.</a> FEMS Microbiol Lett. 366 (22), fnz242(2019).</li>
<li>Vitorino, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+and+conventional+isolation+techniques+to+obtain+planctomycetes+from+marine+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Microorganisms%22%5BJournal%5D)">Novel and conventional isolation techniques to obtain planctomycetes from marine environments.</a> Microorganisms. 9 (10), 2078(2021).</li>
<li>Moote, P., Polo, R. O., Uwiera, R. R. E., Inglis, G. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+strategies+for+isolation+anaerobic+bacteria+from+the+porcine+intestine%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Comparison of strategies for isolation anaerobic bacteria from the porcine intestine.</a> Appl Environ Microbiol. 87 (9), e00088-e00121 (2021).</li>
<li>Vitorino, I. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rhodopirellula+aestuarii+sp.+Nov.%2C+a+novel+member+of+the+genus+rhodopirellula+isolated+from+brackish+sediments+collected+in+the+tagus+river+estuary%2C+Portugal%5BTitle%5D)+AND+%22Syst+Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Rhodopirellula aestuarii sp. Nov., a novel member of the genus rhodopirellula isolated from brackish sediments collected in the tagus river estuary, Portugal.</a> Syst Appl Microbiol. 45 (6), 126360(2022).</li>
<li>Ding, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hanstruepera+marina+sp.+Nov.+and+Hanstruepera+flava+sp.+Nov.%2C+two+novel+species+in+the+family+flavobacteriaceae+isolated+by+a+modified+in+situ+cultivation+technique+from+marine+sediment%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Hanstruepera marina sp. Nov. and Hanstruepera flava sp. Nov., two novel species in the family flavobacteriaceae isolated by a modified in situ cultivation technique from marine sediment.</a> Front Microbiol. 13, 957397(2022).</li>
<li>Ling, L. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+antibiotic+kills+pathogens+without+detectable+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A new antibiotic kills pathogens without detectable resistance.</a> Nature. 517 (7535), 455-459 (2015).</li>
<li>Qi, Y. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovery%2C+synthesis%2C+and+optimization+of+teixobactin%2C+a+novel+antibiotic+without+detectable+bacterial+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pept+Sci%22%5BJournal%5D)">Discovery, synthesis, and optimization of teixobactin, a novel antibiotic without detectable bacterial resistance.</a> J Pept Sci. 28 (11), e3428(2022).</li>
<li>Piddock, L. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Teixobactin%2C+the+first+of+a+new+class+of+antibiotics+discovered+by+ichip+technology%5BTitle%5D)+AND+%22J+of+Antimicrob+Chemother%22%5BJournal%5D)">Teixobactin, the first of a new class of antibiotics discovered by ichip technology.</a> J of Antimicrob Chemother. 70 (10), 2679-2680 (2015).</li>
<li>Gong, L., Wong, C. H., Idol, J., Ngan, C. Y., Wei, C. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultra-long+read+sequencing+for+whole+genomic+DNA+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Ultra-long read sequencing for whole genomic DNA analysis.</a> J Vis Exp. (145), e58954(2019).</li>
<li>Covington, B. C., Xu, F., Seyedsayamdost, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+natural+product+chemist%27s+guide+to+unlocking+silent+biosynthetic+gene+clusters%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Biochem%22%5BJournal%5D)">A natural product chemist's guide to unlocking silent biosynthetic gene clusters.</a> Annu Rev Biochem. 90, 763-788 (2021).</li>
<li>Lee, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mini+review%3A+Genome+mining+approaches+for+the+identification+of+secondary+metabolite+biosynthetic+gene+clusters+in+Streptomyces%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Mini review: Genome mining approaches for the identification of secondary metabolite biosynthetic gene clusters in Streptomyces.</a> Comput Mol Biol. 18, 1548-1556 (2020).</li>
<li>Kaeverlein, T., Lewis, K., Epstein, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolating+%26%2334%3Buncultivable%26%2334%3B+microorganisms+in+pure+culture+in+a+simulated+natural+environment%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Isolating &#34;uncultivable&#34; microorganisms in pure culture in a simulated natural environment.</a> Science. 296 (5570), 1127-1129 (2002).</li>
<li>Trcek, J., Mira, N. P., Jarboe, L. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Adaptation+and+tolerance+of+bacteria+against+acetic+acid%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Adaptation and tolerance of bacteria against acetic acid.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 99 (15), 6215-6229 (2015).</li>
<li>Kurm, V., Van Der Putten, W. H., Hol, W. H. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cultivation-success+of+rare+soil+bacteria+is+not+influenced+by+incubation+time+and+growth+medium%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+One%22%5BJournal%5D)">Cultivation-success of rare soil bacteria is not influenced by incubation time and growth medium.</a> PLOS One. 14 (1), e0210073(2019).</li>
<li>Buerger, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+scout+hypothesis+and+microbial+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbial scout hypothesis and microbial discovery.</a> Appl Environ Microbiol. 78 (9), 3229-3233 (2012).</li>
<li>Lodhi, A. F., Zhang, Y., Adil, M., Deng, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic+discovery%3A+Combining+isolation+chip+%28ichip%29+technology+and+co-culture+technique%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Antibiotic discovery: Combining isolation chip (ichip) technology and co-culture technique.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 102 (17), 7333-7341 (2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0,1 à 20 et micro ; Pointes de pipette L</td><td>VWR</td><td>76322-158</td><td>Paquet de 768</td></tr><tr><td>tubes PCR de 0,2 mL</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AB0337</td><td>Caisse de 1000</td></tr><tr><td>pipettes monocanaux de 0,5-5 mL</td><td>VWR</td><td>CA11020-004</td><td></td></tr><tr><td>Flacon en verre de 1 L</td><td>Millipore Sigma</td><td>CLS13951L</td><td>Doit être autoclavable.&nbsp ;</td></tr><tr><td>100 x 15 mm Plaques de Pétri</td><td>VWR</td><td>25384-342</td><td>Caisse de 500</td></tr><tr><td>Mastics 100 % silicone</td><td>Marineland</td><td>31003</td><td></td></tr><tr><td>1000 & micro ; L pointes de pipette multicanaux</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>9401113</td><td>Caisse de 960</td></tr><tr><td>100-1000 & micro ; Pointes de pipette L</td><td>VWR</td><td>76322-164</td><td>Paquet de 768</td></tr><tr><td>100-1000 & micro ; L pipette monocanal</td><td>VWR</td><td>76169-240</td><td></td></tr><tr><td>100-1200 & micro ; L multicanaux pippette</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>46300800</td><td>Must have 360 &micro ; L capacité de volume.&nbsp ;</td></tr><tr><td>1-10 et micro ; Pipette monocanal L</td><td>VWR</td><td>76169-232</td><td></td></tr><tr><td>1-5 mL pointes de pipette</td><td>VWR</td><td>CA11020-008</td><td>Paquet de 500</td></tr><tr><td>tubes à centrifuger stériles de 15 mL</td><td>VWR</td><td>CA21008-918</td><td>Caisse de 500</td></tr><tr><td>amorces 16s rRNA-F (AGAGTTTGATCCTGGCTCAG) &ndash ; 10mM</td><td>Integrated DNA Technologies</td><td>51-01-19-06</td><td>10 &micro ; g</td></tr><tr><td>16s amorce rRNA-R (ACGGCTACCTTGTTACGACTT) &ndash ; 10mM</td><td>Integrated DNA Technologies</td><td>51-01-19-07</td><td>10 &micro ; g</td></tr><tr><td>Perceur de liège de 4 mm</td><td>VWR</td><td>470121-860</td><td></td></tr><tr><td>Tubes à centrifuger stériles de 50 mL</td><td>VWR</td><td>CA21008-940</td><td>Caisse de 500</td></tr><tr><td>éthanol à 95 %</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A412-500</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>Plaque à 96 puits</td><td>VWR</td><td>10062-900</td><td>Caisse de 100</td></tr><tr><td>Autoclave</td><td>Cole-Parmer</td><td>UZ-01850-34</td><td>8 L, 115 VAC</td></tr><tr><td>Gélose bactériologique</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>443570010</td><td>1 kg</td></tr><tr><td>Bac</td><td>Thomas Scientific</td><td>1216H91</td><td>5 bacs par paquet</td></tr><tr><td>Acides aminés ThermoFisher</td><td>Scientific</td><td>223120</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Digest de caséine</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>211610</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Agarose de qualité électrofluorésis</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>J66501.30</td><td>250 g</td></tr><tr><td>Système d’imagerie iBright FL1500</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>A44115</td><td></td></tr><tr><td>Hotte à flux laminaire</td><td>CleanTech</td><td>1000-6-A</td><td></td></tr><tr><td>Minion Nanopore Sequencer&nbsp ;</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>MinIon Mk1C</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop One/One Microvolume Spectrophotomètre UV-Vis</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>ND-ONE-W</td><td></td></tr><tr><td>Nuclease Free</td><td>Water Thermo Fisher Scientific</td><td>AM9937</td><td>10 x 50 mL</td></tr><tr><td>Nucleobond HMW DNA kit</td><td>Takara</td><td>740160.2</td><td></td></tr><tr><td>Serviette en papier</td><td>VWR</td><td>89402-824</td><td></td></tr><tr><td>Phusion Green Hot Start II PCR haute fidélité Master Mix</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>F566L</td><td>500 Réactions</td></tr><tr><td>Fécule de pomme de terre</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>419690025</td><td>2,5 kg</td></tr><tr><td>QIAGEN CLC Genomics Workbench Software ou similaire</td><td>Qiagen</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Rapid Barcoding 24 Kit</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>SQK-RBK114.24</td><td></td></tr><tr><td>Thermocycleur SimpliAmp</td><td>Applied Biosystems</td><td>A24811</td><td></td></tr><tr><td>Stérile Boucles d’inoculation avec aiguille</td><td>VVWR</td><td>76534-512</td><td>Caisse de 1000</td></tr><tr><td>Lame chirurgicale stérile</td><td>VWR</td><td>76457-444</td><td></td></tr><tr><td>SYBR Sûre, ou similaire&nbsp ;</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>S33101</td><td></td></tr><tr><td>Agarose ultra-pure&nbsp ;</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>16500-500</td><td></td></tr><tr><td>Vortex</td><td>VWR</td><td>76549-928</td><td>Doit accueillir des tubes à centrifuger de 15 et 50 mL</td></tr><tr><td>VWR Stereo Zoom Microscope trinoculaire</td><td>VWR</td><td>89404-476</td><td></td></tr><tr><td>Whatman&nbsp ; Nuclépore&nbsp ; Membranes gravées sur chenilles</td><td>Millipore Sigma</td><td>WHA113502</td><td>L x l 8&nbsp ; dans. x 10&nbsp ; po, taille des pores 0,03&nbsp ; &mu ; L</td></tr></tbody></table>

isolement des micro-organismes du sol à l’aide de la technologie ichip

Isolation of Soil Microorganisms Using iChip Technology

La figure 1 présente une vue d’ensemble visuelle du protocole. Une expérience iChip modifiée réussie aboutit à ce qu’au moins une plaque contienne de la croissance dans moins de 25 % des puits, sans croissance dans les puits témoins. Ce nombre de puits avec croissance garantit généralement que les colonies individuelles sont isolées dans les puits. De plus, le nombre de colonies, ou le nombre de puits contenant des colonies, devrait être décuplé à chaque plaque suivante préparée à partir de la série de dilutions. Des résultats représentatifs sont présentés à la figure 2. où les plaques 7 et 8 sont des iChips réussies car elles contiennent de la croissance dans moins de 25 % des puits, et le pourcentage de puits contenant des colonies diminue avec chaque plaque, comme le montre le tableau 1. Si toutes les plaques d’un essai contiennent plus d’une colonie par puits ou aucune colonie dans un puits, cela constitue un résultat négatif.
<img alt="Flux de travail d’isolement microbien ; Plaques recouvertes de silicone, tubes à centrifuger, pipetage, culture." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig01.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 1"> 
Figure 1 : Vue d’ensemble schématique de l’utilisation d’une iChip modifiée pour la culture des microbes du sol. (A,B) Construction de la plaque (étape 2). (C) Préparation de l’inoculum (étape 3). (D,E) Configuration de l’iChip (étape 4). f) Incubation de l’iChip (étape 5). (G-I) Transfert des isolats dans un milieu conventionnel (étape 6). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig01large.jpg" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Ichip</td>
			<td>Concentration du sol en suspension de gélose</td>
			<td>Puits avec colonies</td>
			<td>Unités formant colonies</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>E</td>
			<td>5,0 x 10-6 g/mL</td>
			<td>Tout</td>
			<td>Trop nombreux pour être comptés</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>F</td>
			<td>5,0 x 10-7 g/mL</td>
			<td>Tout</td>
			<td>Trop nombreux pour être comptés</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>G</td>
			<td>5,0 x 10-8 g/mL</td>
			<td>22</td>
			<td>22</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>H</td>
			<td>5,0 x 10-9 g/mL</td>
			<td>6</td>
			<td>6</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tableau 1 : Données représentatives d’une expérience iChip réussie où le nombre de puits contenant des colonies diminue à chaque dilution en série.
<img alt="Diagrammes d’analyse de microplaques ; Plan expérimental pour l’analyse biochimique à l’aide de plaques multipuits." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig02.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 2"> 
Figure 2 : Résultats exemplaires de deux iChips modifiées réussies. Les iChips provenaient de la même expérience dans laquelle (A) la plaque préparée à partir du mélange cellule-gélose G contient 22 colonies, et (B) la plaque préparée à partir du mélange cellule-gélose H contient six colonies, ce qui correspond à la différence de dilution de 10 fois entre les mélanges. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig02large.jpg" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>
On peut visualiser les colonies à l’œil nu ou au microscope, comme le montre la figure 3A-G. Les colonies peuvent se développer à la surface de la gélose, comme on le voit sur la figure 3B, ou intégrées dans la gélose, comme la colonie de la figure 3F. Il peut y avoir des cas où il y a deux colonies dans le même puits dans une iChip modifiée réussie, comme dans la figure 3G. Dans certains cas, les colonies sont suffisamment éloignées les unes des autres pour qu’elles puissent être percées avec une aiguille séparément et sous-cultivées ; cependant, il est peu probable que ceux de la figure 3G puissent être facilement cultivés en tant que microorganismes axéniques. La figure 4 montre des exemples de colonies transférées de l’iChip sur des supports SMS conventionnels.
<img alt="Expérience de boîte de Pétri analysant la croissance bactérienne en culture ; image au microscope mettant en évidence les colonies." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig03.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 3"> 
Figure 3 : Vue microscopique représentative des colonies qui se développent dans une iChip après 6 semaines d’incubation. (A-F) Des colonies uniques sont observées, à partir desquelles elles doivent être sous-cultivées, et dans (G) deux colonies sont observées à proximité, qui sont difficiles à obtenir en tant que cultures axéniques. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig03large.jpg" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>
<img alt="Croissance de colonies bactériennes sur plaque de gélose, expérience de microbiologie, analyse de boîte de Pétri." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig04.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 4"> 
Figure 4 : Résultat représentatif d’une bactérie isolée de l’iChip modifiée une fois qu’elle s’est développée sur une plaque de gélose SMS. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig04large.jpg" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>
La capacité d’isoler les colonies de l’iChip modifiée sur des plaques de gélose conventionnelles détermine également le succès de l’expérience. Toutes les colonies qui poussent dans l’iChip modifiée ne survivront pas au transfert vers des plaques conventionnelles. Dans un iChip, les colonies sont exposées à des facteurs de croissance et à des nutriments du sol, ce qui augmente leur cultivabilité. Pour certains micro-organismes, une période de domestication n’est pas suffisante pour les rendre cultivables dans des conditions conventionnelles. Le taux de récupération des colonies d’une iChip aux plaques variera d’une expérience à l’autre, mais certaines devraient se développer dans des plaques car cette méthode permettra également de cultiver des micro-organismes facilement cultivables. Par exemple, les iChips modifiés de la figure 2 contenaient 28 colonies au total, et le nombre de colonies qui ont poussé sur des plaques de gélose après la sous-culture était de 16, tandis que 12 n’ont pas survécu au transfert. Les isolats peuvent être identifiés et utilisés pour une étude plus approfondie une fois cultivés sur des plaques de gélose de taille normale, comme le montre la figure 4.
Une expérience iChip modifiée réussie devrait permettre d’isoler des micro-organismes qui diffèrent des micro-organismes connus au niveau de l’espèce. Le degré de similitude de chaque isolat avec des micro-organismes connus est déterminé en comparant l’ADN isolé aux génomes de micro-organismes connus. Les scores tétra Z des micro-organismes les plus proches de chaque isolat décrivent le pourcentage de similitude. La figure 5 montre que sur les douze bactéries isolées, quatre étaient de nouvelles espèces ou d’une espèce supérieure, deux étaient probablement de nouvelles souches et six étaient des micro-organismes connus. Le rétablissement de plusieurs espèces ou souches nouvelles est conforme aux expériences iChip publiées précédemment, ce qui indique que cette construction modifiée de l’iChip n’entrave pas l’augmentation du rétablissement des espèces nouvelles11.
<img alt="Diagramme circulaire d’analyse de nouveauté taxonomique ; 6 espèces connues, 2 possibles, 4 nouvelles espèces à partir d’isolats d’Ichip." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67426/67426fig05.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 5"> 
Figure 5 : Le niveau de classification taxonomique des isolats récupérés dans une expérience iChip. Le pourcentage de similitude a été déterminé à partir des scores tétra Z, qui décrivent la similitude des isolats avec des bactéries connues, où &gt;99,9 % de similitude indique une correspondance d’espèce, 98,9 %-99,9 % de similitude indique une nouvelle espèce possible et &lt;98,9 % de similitude indique une nouvelle espèce ou plus. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67426/67426fig05large.jpg" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>

Isolement des micro-organismes du sol à l’aide de la technologie iChip

The iChip isolation technique uses an in-situ isolation device that increases the cultivability of previously unculturable microorganisms. Microorganisms ...

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Isotachophorèse (PTI) est une séparation solide électrocinétique et de la technique de préconcentration avec des applications allant de la détection de la toxine à la préparation des échantillons. Nous passons en revue les principes physiques de l'ITP et la méthodologie de l'application de cette technique à deux exemples d'applications spécifiques: la séparation et la détection de petites molécules et de purification des acides nucléiques à partir de lysat de culture cellulaire.

Sur la puce isotachophorèse pour la séparation des ions et purification des acides nucléiques

Les films plastiques étiquetés «biodégradable» sont disponibles dans le commerce à des fins agricoles comme paillis. Travail du sol représente une méthode d'élimination attrayant, mais la dégradation des conditions sur le terrain est mal comprise. Le but de cette étude était de développer des méthodes pour isoler les champignons du sol indigènes et les bactéries qui colonisent les films de paillage plastique après l'enterrement de terrain.

Isolement des microorganismes du sol autochtones ayant un potentiel de Breaking Down biodégradables paillis de plastique films utilisés dans l&#39;agriculture

Les bactéries produisent des composés sécrétés qui ont le potentiel d'affecter la physiologie de leurs voisins microbiennes. Nous décrivons ici un écran de co-culture qui permet la détection de ces médiation chimiquement interspécifiques interactions en mélangeant les microbes du sol avec des souches rapporteurs fluorescents transcription de Bacillus subtilis sur milieu solide.

Utilisation de co-culture pour détecter les interactions interspécifiques par voie chimique

Les colonies fongiques entomopathogènes sont isolées à partir d’échantillons de sol tropical à l’aide d’appâts Tenebrio , d’appâts Galleria , ainsi que de milieux artificiels sélectifs, c’est-à-dire de gélose de dextrose de pomme de terre enrichie en extrait de levure complété par du chloramphénicol, du thiabendazole et du cycloheximide (milieu CTC).

Comparaison des méthodes d’isolement des champignons entomopathogènes à partir d’échantillons de sol

Ce protocole est une méthode efficace et rapide de culture des levures et de la moisissure Aspergillus fumigatus à partir de grands ensembles d’échantillons de sol en aussi peu que 7 jours. Les méthodes peuvent être facilement modifiées pour s’adapter à une gamme de milieux d’incubation et de températures au besoin pour les expériences.

Isolement des levures et des moisissures cultivables des sols pour étudier la structure de la population fongique

Nous présentons ici un protocole de criblage de la biodiversité des sols afin de rechercher les souches fongiques impliquées dans la dégradation des matériaux récalcitrants. Tout d’abord, les souches fongiques capables de se développer sur les acides humiques ou la lignocellulose sont isolées. Leur activité est ensuite testée à la fois dans des essais enzymatiques et sur des polluants tels que les hydrocarbures et les plastiques.

Isolement et dépistage de la biodiversité du sol à la recherche de champignons impliqués dans la dégradation des matériaux récalcitrants

Ce protocole décrit la conception et l’utilisation d’une puce d’isolement (iChip) pour la culture in situ de microbes récalcitrants du sol dans leur milieu naturel. Il décrit également la culture in situ de bactéries du sol productrices d’antimicrobiens. Le protocole peut être adapté pour récupérer des bactéries de diverses niches avec d’autres propriétés souhaitables.

In situ Isolement et culture de bactéries récalcitrantes du sol à l’aide d’une puce d’isolement (iChip)

Ce manuscrit décrit une approche permettant d’isoler certains RNP apparentés formés dans des cellules eucaryotes via un enrichissement spécifique dirigé par des oligonucléotides. Nous démontrons l’applicabilité de cette approche en isolant un RNP apparenté lié à la région rétrovirale 5' non traduite qui est composée de DHX9/ARN hélicase A.

L&#39;isolement des Cognate complexes ARN-protéine à partir des cellules en utilisant une élution Oligonucleotide-directed

Comme les mitochondries sont seulement un petit pourcentage de la cellule végétale, ils doivent être purifiés pour une série d’études. Les mitochondries peuvent être isolés dans divers organes de la plante par homogénéisation, suivie par centrifugation en gradient de différentiel et densité afin d’obtenir une fraction mitochondriale hautement purifiée.

Isolement et mesures respiratoire des mitochondries d’Arabidopsis thaliana

Nous présentons ici un protocole afin d’obtenir des données de trois couleurs smFRET et son analyse avec un ensemble 3D modèle de Markov caché. Avec cette approche, les scientifiques peuvent extraire informations cinétiques systèmes complexe des protéines, y compris coopérativité ou interactions corrélées.

À l’aide de trois couleurs frette de molécules simples pour étudier la corrélation des Interactions de protéine

Découvrez l'isolation de micro-organismes du sol à l'aide de la technologie iChip pour la découverte de biopesticides. Cette méthode permet de cultiver des microbes auparavant incultivables et offre des alternatives durables aux fongicides synthétiques.

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