Name: Un flux de travail de métaprotéomique clinique mis en œuvre au sein de la plateforme bioinformatique Galaxy pour analyser les interactions hôte-microbiome sous-jacentes aux maladies humaines (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-10T14:45:00.000+00:00
Duration: 9 min 52 s
Description: Découvrez un flux de travail de métaprotéomique clinique utilisant Galaxy pour analyser les protéines microbiennes par spectrométrie de masse. Cette méthode permet d'étudier les interactions hôte-microbiome dans des maladies comme la mucoviscidose et le COVID-19.

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<meta charset="utf8"></head><body>Métaprotéomique activée par Galaxy : aperçu de l’interaction hôte-microbiome

<table><tbody><tr><td>Réduire la collection</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 5.1.1</td><td>Combine une collection de listes de jeux de données en un seul fichier (dans l’ordre de la liste)</td></tr><tr><td>Concaténer les ensembles de données</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 0.1.1</td><td>Concaténer les fichiers</td></tr><tr><td>Couper</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.0.2</td><td>Couper (sélectionner) les colonnes spécifiées d’un fichier</td></tr><tr><td>FASTA Fusionner les fichiers et filtrer les</td> <td>séquences uniquesGalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.2.0</td><td>Concaténer les fichiers de base de données FASTA</td></tr><tr><td>FastaCLI</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 4.0.41+galaxy1</td><td>Ajoute des séquences leurres aux fichiers FASTA</td></tr><tr><td>FASTA-to-Tablular</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.1.0</td><td>Convertir des séquences au format FASTA au format délimité par des tabulations</td></tr><tr><td>Filtre</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.1.1</td><td>Filtrer les colonnes à l’aide d’expressions simples</td></tr><tr><td>Filtre tabulaire</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 3.3.0</td><td>Filtrer un fichier tabulaire via des filtres de ligne</td></tr><tr><td>Serveur Galaxy Europe (EU) GalaxyP</td><td>https://usegalaxy.eu/</td> Group <td>GalaxyP</td><td></td></tr> <tr><td></td><td></td><td>Galaxy Version 2.1.4</td><td>Grouper un fichier par une colonne particulière et exécuter des fonctions d’agrégation</td></tr><tr><td>Paramètres d’identification</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 4.0.41+galaxy1</td><td>Définir les paramètres d’identification pour SearchGUI/PeptideShaker</td></tr><tr><td>Parcours d’apprentissage : flux de travail cliniques de métaprotéomique dans Galaxy</td><td>GalaxyP</td><td></td><td>https://training.galaxyproject.org/training-material/learning-pathways/clinical-metaproteomics.html</td></tr><tr><td>MaxQuant</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 2.0.3.0+galaxy0 (module Discovery) ; Galaxy Version 1.6.17.0+galaxy4 (module de quantification)</td><td>Progiciel de protéomique quantitative pour l’analyse de grands fichiers de données de spectrométrie de masse</td></tr><tr><td>MetaNovo</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.9.4+galaxy4</td><td>Recherchez des données MS/MS dans une base de données FASTA (de protéines connues) pour produire une base de données ciblée (de protéines appariées) pour l’analyse par spectrométrie de masse</td></tr><tr><td>msconvert</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 3.0.20287.2</td><td>Convertir et/ou filtrer les fichiers de spectrométrie de masse</td></tr><tr><td>MSstatsTMT</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 2.0.0+galaxy1</td><td>Package basé sur R pour la détection de protéines différentiellement abondantes dans des expériences protéomiques basées sur la spectrométrie de masse shotgun à l’aide de l’étiquetage de masse en tandem (TMT)</td></tr><tr><td>PepQuery2</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 2.0.2+galaxy0</td><td>Moteur de recherche centré sur les peptides pour l’identification et/ou la validation des peptides d’intérêt connus et nouveaux</td></tr><tr><td>PeptideShaker</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 2.0.33+galaxy1</td><td>Interpréter les résultats de SearchGUI pour l’identification des protéines</td></tr><tr><td>Base de données de protéines Downloader</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 0.3.4</td><td>Télécharger les séquences de protéines spécifiées sous forme de fichier FASTA</td></tr><tr><td>Interroger GalaxyP</td><td></td><td>Galaxy Version 3.3.0</td><td>Charger des fichiers tabulaires dansa&nbsp ; Base de données SQLite</td></tr><tr>Supprimer le <td>GalaxyP</td><td>Galaxy version 1.0.0</td><td>de début</td><td>Supprimer le nombre spécifié de lignes (d’en-tête) d’un fichier</td></tr><tr><td>SearchGUI</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 4.0.41+galaxy1</td><td>Exécuter les moteurs de recherche sur les listes de pics MGF et préparer les résultats pour les saisir dans Peptide</td></tr><tr><td>Shaker Sélectionner</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 1.0.4</td><td>Sélectionner les lignes qui correspondent à une expression</td></tr><tr><td>Unipept</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 4.5.1</td><td>Récupérez les entrées UniProt et les informations taxonomiques pour les peptides tryptiques</td></tr><tr><td>UniProt</td><td>GalaxyP</td><td>Galaxy Version 2.3.0</td><td>Téléchargez le protéome sous forme de fichier XML (UniProtXML) ou FASTA à partir d’UniProtKB</td></tr></tbody></table>

un flux de travail de métaprotéomique clinique mis en œuvre au sein de la plateforme bioinformatique galaxy pour analyser les interactions hôte-microbiome sous-jacentes aux maladies humaines

A Clinical Metaproteomics Workflow Implemented within Galaxy Bioinformatics Platform to Analyze Host-Microbiome Interactions Underlying Human Disease

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Un flux de travail de métaprotéomique clinique mis en œuvre au sein de la plateforme bioinformatique Galaxy pour analyser les interactions hôte-microbiome sous-jacentes aux maladies humaines

Clinical metaproteomics reveals host-microbiome interactions underlying diseases. However, challenges to this approach exist. In particular, the ...

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JoVE Journal

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