Name: In situ Isolement et culture de bactéries récalcitrantes du sol à l’aide d’une puce d’isolement (iChip) (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-06T13:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 7 s
Description: Découvrez l'isolement et la culture in situ de bactéries récalcitrantes du sol à l'aide de la technologie iChip. Cette méthode permet de récupérer des micro-organismes producteurs d'antimicrobiens pour la biotechnologie.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Ekkers, D. M., Cretoiu, M. S., Kielak, A. M., Van Elsas, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+great+screen+anomaly-a+new+frontier+in+product+discovery+through+functional+metagenomics%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">The great screen anomaly-a new frontier in product discovery through functional metagenomics.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 93 (3), 1005-1020 (2012).</li>
<li>da Cunha, B. R., Fonseca, L. P., Calado, C. R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic+discovery%3A+Where+have+we+come+from%2C+where+do+we+go%5BTitle%5D)+AND+%22Antibiotics%22%5BJournal%5D)">Antibiotic discovery: Where have we come from, where do we go.</a> Antibiotics. 8 (2), 8020045(2019).</li>
<li>Rafiq, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Challenges+and+approaches+of+culturing+the+unculturable+archaea%5BTitle%5D)+AND+%22Biology%22%5BJournal%5D)">Challenges and approaches of culturing the unculturable archaea.</a> Biology. 12 (12), 1499(2023).</li>
<li>Miethke, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+the+sustainable+discovery+and+development+of+new+antibiotics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Chem%22%5BJournal%5D)">Towards the sustainable discovery and development of new antibiotics.</a> Nat Rev Chem. 5 (10), 726-749 (2021).</li>
<li>Liu, X., Wang, M., Nie, Y., Wu, X. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+chip+increases+culturable+bacterial+diversity+and+reduces+cultivation+bias%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Isolation chip increases culturable bacterial diversity and reduces cultivation bias.</a> Curr Microbiol. 78 (5), 2025-2032 (2021).</li>
<li>Bollmann, A., Lewis, K., Epstein, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Incubation+of+environmental+samples+in+a+diffusion+chamber+increases+the+diversity+of+recovered+isolates%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Incubation of environmental samples in a diffusion chamber increases the diversity of recovered isolates.</a> Appl Environ Microbiol. 73 (20), 6386-6390 (2007).</li>
<li>Nichols, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+iChip+for+high-throughput+in+situ+cultivation+of+%26%2334%3Buncultivable%26%2334%3B+microbial+species%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Use of iChip for high-throughput in situ cultivation of &#34;uncultivable&#34; microbial species.</a> Appl Environ Microbiol. 76 (8), 2445-2450 (2010).</li>
<li>Polrot, A., Kirby, J. R., Olorunniji, F. J., Birkett, J. W., Sharples, G. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((iChip+increases+the+success+of+cultivation+of+TBT-resistant+and+TBT-degrading+bacteria+from+estuarine+sediment%5BTitle%5D)+AND+%22World+J+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">iChip increases the success of cultivation of TBT-resistant and TBT-degrading bacteria from estuarine sediment.</a> World J Microbiol Biotechnol. 38 (10), (2022).</li>
<li>Jung, D., Liu, L., He, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+in+situ+cultivation+in+marine+microbial+resource+mining%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Life+Sci+Technol%22%5BJournal%5D)">Application of in situ cultivation in marine microbial resource mining.</a> Mar Life Sci Technol. 3 (2), 148-161 (2021).</li>
<li>Zhao, J., Shakir, Y., Deng, Y., Zhang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+modified+iChip+for+the+cultivation+of+thermo-tolerant+microorganisms+from+the+hot+spring%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Use of modified iChip for the cultivation of thermo-tolerant microorganisms from the hot spring.</a> BMC Microbiol. 23 (1), (2023).</li>
<li>Piddock, L. J. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Teixobactin%2C+the+first+of+a+new+class+of+antibiotics+discovered+by+ichip+technology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Antimicrob+Chemother%22%5BJournal%5D)">Teixobactin, the first of a new class of antibiotics discovered by ichip technology.</a> J Antimicrob Chemother. 70 (10), 2679-2680 (2015).</li>
<li>Lodhi, A. F., Zhang, Y., Adil, M., Deng, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic+discovery%3A+combining+isolation+chip+%28iChip%29+technology+and+co-culture+technique%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Antibiotic discovery: combining isolation chip (iChip) technology and co-culture technique.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 102 (17), 7333-7341 (2018).</li>
<li>Sessitsch, A., Gyamfi, S., Stralis-Pavese, N., Weilharter, A., Pfeifer, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA+isolation+from+soil+for+bacterial+community+and+functional+analysis%3A+evaluation+of+different+extraction+and+soil+conservation+protocols%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microbiol+Methods%22%5BJournal%5D)">RNA isolation from soil for bacterial community and functional analysis: evaluation of different extraction and soil conservation protocols.</a> J Microbiol Methods. 51 (2), 171-179 (2002).</li>
<li>Enright, D. J., Quaal, R., Verabeehu, A., Nguyen, A., Maddox, J., Glassman, S. I. Evaluating Best Practices for Isolating Pyrophilous Bacteria and Fungi from Burned Soil. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aEnright%2C+DJ+%22bioRxiv%22">bioRxiv</a>. , (2024).</li>
<li>Nkanga, E. J., Hagedorn, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+antibiotic-producing+Streptomyces+inhabiting+forest+soils%5BTitle%5D)+AND+%22Antimicrob+Agents+Chemother%22%5BJournal%5D)">Detection of antibiotic-producing Streptomyces inhabiting forest soils.</a> Antimicrob Agents Chemother. 14, 51-59 (1978).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Imprimante 3D</td><td>Protolabs, États-Unis</td><td>1631-833 Fournisseur de</td><td>services d’impression 3D</td></tr><tr><td>Agarose&nbsp ;</td><td>Himedia, Inde</td><td>MB002</td><td>Composant multimédia</td></tr><tr><td>Casamino Acids</td><td>Sisco, Inde</td><td>68806</td><td>Composant multimédia</td></tr><tr><td>Caséine Digest&nbsp ;</td><td>ASES, Inde</td><td>C5890</td><td>Composant multimédia</td></tr><tr><td>Membrane polycarbonate</td><td>Sterlitech, États-Unis</td><td>PCT00347100</td><td>Consommable</td></tr><tr><td>Fécule de pomme de terre</td><td>Himedia, Inde</td><td>GM403</td><td>Composant multimédia</td></tr><tr><td>PowerPoint</td><td>Microsoft, États-Unis n</td><td>/a</td><td>Utilisé pour la création des composants iChip conception préliminaire</td></tr><tr><td>PTC Creo</td><td>PTC, USA</td><td>N/A</td><td>Utilisé pour la 3D assistée par ordinateur modélisation des composants de l’iChip Bouillon de</td></tr><tr><td>soja tryptique</td><td>Himedia, Inde</td><td>M011</td><td>Support de laboratoire</td></tr><tr><td>What3Words</td><td>What3Words, Royaume-Uni</td><td>n/a</td><td>Utilisé pour l’enregistrement des coordonnées du lieu d’échantillonnage</td></tr></tbody></table>

in situ isolement et culture de bactéries récalcitrantes du sol à l’aide d’une puce d’isolement (ichip)

In Situ Isolation and Culturing of Recalcitrant Soil Bacteria using an Isolation Chip (iChip)

L’iChip utilisée dans ce protocole a été conçue, imprimée en 3D et assemblée comme le montre la figure 1. La figure 2 présente une vue d’ensemble du protocole décrit. L’échantillon de sol utilisé pour l’expérience a été prélevé sur le campus de l’IIT Jodhpur au Rajasthan, en Inde. L’adresse unique en trois mots de l’emplacement était « communiquer.superviser.récurrence ». L’emplacement choisi était une zone semi-aride avec une température de 40 °C le jour de l’é...

In situ Isolement et culture de bactéries récalcitrantes du sol à l’aide d’une puce d’isolement (iChip)

Ecosystems harbor millions of environmental microbes, some of them capable of producing biotechnologically relevant products such as enzymes, vitamins, ...

in-situ-isolation-culturing-recalcitrant-soil-bacteria-using-an

Research

Recherche

JoVE Journal

Biology

Biologie

Source : Petersen, C. et al., Isolement et caractérisation du microbiote naturel du nématode modèle Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2022)Cette vidéo montre l’isolement et la culture d’espèces bactériennes associées à Caenorhabditis elegans. Une lyse par billes de C. elegans, suivie d’une culture sélective, permet d’isoler diverses souches microbiennes pour une analyse ultérieure.

Isolement et culture de Caenorhabditis elegans - Bactéries associées

Les films plastiques étiquetés «biodégradable» sont disponibles dans le commerce à des fins agricoles comme paillis. Travail du sol représente une méthode d'élimination attrayant, mais la dégradation des conditions sur le terrain est mal comprise. Le but de cette étude était de développer des méthodes pour isoler les champignons du sol indigènes et les bactéries qui colonisent les films de paillage plastique après l'enterrement de terrain.

Isolement des microorganismes du sol autochtones ayant un potentiel de Breaking Down biodégradables paillis de plastique films utilisés dans l&#39;agriculture

Les bactéries produisent des composés sécrétés qui ont le potentiel d'affecter la physiologie de leurs voisins microbiennes. Nous décrivons ici un écran de co-culture qui permet la détection de ces médiation chimiquement interspécifiques interactions en mélangeant les microbes du sol avec des souches rapporteurs fluorescents transcription de Bacillus subtilis sur milieu solide.

Utilisation de co-culture pour détecter les interactions interspécifiques par voie chimique

Sur le site microbienne enrichissement ou in situ des techniques culturales peuvent faciliter l’isolement de difficile-à-culture microbiennes taxons, surtout des milieux de faible biomasse ou géochimique extrême. Nous décrivons ici un montage électrochimique sans utiliser de source d’alimentation externe pour enrichir des souches microbiennes capables de transport d’électrons extracellulaire (EET).

Autoportant montage électrochimique pour enrichir les bactéries Anode-respirants sur place

Les colonies fongiques entomopathogènes sont isolées à partir d’échantillons de sol tropical à l’aide d’appâts Tenebrio , d’appâts Galleria , ainsi que de milieux artificiels sélectifs, c’est-à-dire de gélose de dextrose de pomme de terre enrichie en extrait de levure complété par du chloramphénicol, du thiabendazole et du cycloheximide (milieu CTC).

Comparaison des méthodes d’isolement des champignons entomopathogènes à partir d’échantillons de sol

Ce protocole est une méthode efficace et rapide de culture des levures et de la moisissure Aspergillus fumigatus à partir de grands ensembles d’échantillons de sol en aussi peu que 7 jours. Les méthodes peuvent être facilement modifiées pour s’adapter à une gamme de milieux d’incubation et de températures au besoin pour les expériences.

Isolement des levures et des moisissures cultivables des sols pour étudier la structure de la population fongique

Nous présentons ici un protocole de criblage de la biodiversité des sols afin de rechercher les souches fongiques impliquées dans la dégradation des matériaux récalcitrants. Tout d’abord, les souches fongiques capables de se développer sur les acides humiques ou la lignocellulose sont isolées. Leur activité est ensuite testée à la fois dans des essais enzymatiques et sur des polluants tels que les hydrocarbures et les plastiques.

Isolement et dépistage de la biodiversité du sol à la recherche de champignons impliqués dans la dégradation des matériaux récalcitrants

Ce protocole présente un résumé détaillé des stratégies pour inoculer les racines des plantes avec des microbes transmis par le sol. Exemple pour les champignons Verticillium longisporum et Verticillium dahliae, trois systèmes d’infection racinaire différents sont décrits. Les applications potentielles et les analyses en aval possibles sont mises en évidence, et les avantages ou les inconvénients sont discutés pour chaque système.

Stratégies d’inoculation pour infecter les racines des plantes avec des micro-organismes transmis par le sol

L’objectif de cet article est de détailler les meilleures pratiques pour la fabrication de milieux pour les micro-organismes anaérobies exigeants acquis dans un environnement. Ces méthodes aident à gérer les cultures anaérobies et peuvent être appliquées pour soutenir la croissance de micro-organismes insaisissables non cultivés, la « matière noire microbienne ».

Ensemble de formats de milieux simulés in situ pour la culture de micro-organismes anaérobies acquis dans l’environnement

La technique iChip utilise un dispositif d’isolement in situ simple et peu coûteux qui augmente les taux de découverte de nouveaux micro-organismes dans le sol. De nouveaux micro-organismes peuvent être utilisés pour des études plus approfondies relatives au microbiome du sol ou à la découverte de produits naturels, entre autres applications.

Isolement des micro-organismes du sol à l’aide de la technologie iChip

Découvrez l'isolement et la culture in situ de bactéries récalcitrantes du sol à l'aide de la technologie iChip. Cette méthode permet de récupérer des micro-organismes producteurs d'antimicrobiens pour la biotechnologie.

In situ Isolement et culture de bactéries récalcitrantes du sol à l’aide d’une puce d’isolement (iChip)

Explorer plus de vidéos