Name: Mesure de la structure, de la composition et de l’évolution des environnements sous-marins à l’aide de l’imagerie de grande surface (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-18T13:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 19 s
Description: Découvrez un protocole d'imagerie en quatre étapes pour analyser la complexité structurelle, la composition et la démographie des récifs coralliens. Cette méthode améliore le suivi des changements écologiques marins.

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<table><tbody><tr><td>1 » x 4 1/4 » x 3 1/4 » usiné sur mesure acétal</td><td>N/A</td><td>N/D</td><td>1.1 Préparation des engrenages ; Pour la construction de glissières et de supports de caméra</td></tr><tr><td>1/2" en polyéthylène haute densité de qualité marine</td><td>King Tribord</td><td>N/A</td><td>1.1 Préparation de l’engrenage ; Pour la construction du cadre extérieur de la caméra et des panneaux de montage de la caméra</td></tr><tr><td>, 18-8 Vis à tête plate Phillips en acier inoxydable, filetage 3/8 »-16, 1-1/2 » Long</td><td>McMaster-Carr</td><td>91771A628</td><td>1.1 Préparation des engrenages ; Pour l’assemblage du cadre de l’appareil photo</td></tr><tr><td>Vis à tête creuse en acier inoxydable 18-8, filetage 10-24, 1-1/8" de long</td><td>McMaster-Carr</td><td>92196A248</td><td>1.1 Préparation de l’engrenage ; Utilisé pour fixer la plaque de montage aux poignées de</td></tr><tr><td>poids de plongée de 1 lb House</td><td>of Scuba</td><td>WBELT24 1LB</td><td>1.2 Configuration de l’intrigue ; Utilisé pour les flotteurs de référence</td></tr><tr><td>200DL Boîtier sous-marin pour appareil photo reflex numérique Nikon D780</td><td>Ikelite</td><td>71019</td><td>1.1 Préparation de l’engrenage ; Boîtier sous-marin pour appareil photo numérique</td></tr><tr><td>24mm objectif fixe (AF-S NIKKOR 24mm f/1.8G ED)</td><td>Nikkor</td><td>20057</td><td>1.1 Préparation de l’engrenage ; Objectif grand angle pour un plus grand chevauchement d’image</td></tr><tr><td>250 # gris longline poly soft</td><td>Continental Western</td><td>503086</td><td>1.2 Configuration du tracé ; Pour créer des barres d’échelle. Marqueurs de contrôle au sol pour déterminer le modèle à l’échelle</td></tr><tr><td>3 lb marteau de forage</td><td>Estwing</td><td>B3-3LB</td><td>1.2 Configuration du terrain ; Utilisé pour installer des piquets en acier inoxydable sur le site d’arpentage</td></tr><tr><td>3/8-16 X 18" THRD ROD W/60 DEGREE POINT 316 S/S</td><td>Ababa Bolt</td><td>37C1800ROD6/60DEG</td><td>1.2 Configuration du terrain ; Pour une installation permanente pour marquer le site d’arpentage</td></tr><tr><td>316 Contre-écrou à insert en nylon en acier inoxydable super résistant à la corrosion, filetage 1/4"-20 Taille</td><td>McMaster-Carr</td><td>90715a125</td><td>1.2 Configuration du parcelle ; Pour l’assemblage de barres d’échelle et de cadres.</td></tr><tr><td>Contre-écrou à insert en nylon en acier inoxydable 316 super résistant à la corrosion, filetage 3/8"-16 taille</td><td>McMaster-Carr</td><td>90715A145</td><td>1.2 Configuration du tracé ; Fixé au piquet gauche en acier inoxydable pour l’orientation de la parcelle</td></tr><tr><td>316 Vis à tête plate Phillips en acier inoxydable, filetage 10-32, 3/8" de long</td><td>McMaster-Carr</td><td>91500a827</td><td>1.1 Préparation de l’engrenage ; Pour l’assemblage du cadre de l’appareil photo</td></tr><tr><td>4"x4 » Marqueur Agisoft imprimé sur du papier imperméable</td><td>Agisoft</td><td>N/A</td><td>1.2 Plot Setup ; Pour construire des carreaux d’angle. Marqueurs de contrôle au sol pour déterminer l’orientation du modèle</td></tr><tr><td>4"x4"x1/4 » Tuile en acier inoxydable</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.2 Configuration du terrain ; Pour construire des carreaux d’angle. Marqueurs de contrôle au sol pour déterminer l’orientation du modèle</td></tr><tr><td>4 « x4 » x3/4 » marqueur agisoft en plastique imprimé personnalisé noyau de couleur en polyéthylène haute densité</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.2 Configuration du tracé ; Pour créer des barres d’échelle. Marqueurs de contrôle au sol pour déterminer l’échelle du modèle</td></tr><tr><td>512 GB Extreme PRO SDXC UHS-I Carte - C10, U3, V30, 4K UHD, SD</td><td>Carte SanDisk</td><td>SDSDXXY-512G-GN4IN</td><td>1.1 Préparation de l’engrenage ; Carte de stockage haute vitesse et grande capacité. Jusqu’à 2 utilisés par appareil photo pour le stockage d’images</td></tr><tr><td>Elements 5 To Disque dur externe portable, disque dur USB, 3.0</td><td>Western Digital</td><td>WDBU6Y0050BBK-WESN</td><td>1.3 Capture d’image ; Disque dur externe grand volume pour le stockage et la sauvegarde d’images Objectif</td></tr><tr><td>fixe 60 mm (AF-S Micro NIKKOR 60mm F2.8G ED)</td><td>Nikkor</td><td>2177</td><td>1.1 Gear Preparation ; Objectif zoom macro, en option pour une configuration à deux caméras</td></tr><tr><td>Acétal usiné et taraudé pour 1"x12 » 3/8 » 16 entretoises de support de filetage</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.1 Préparation de l’engrenage ; Colonnes de support de cadre de caméra</td></tr><tr><td>AquaMend Epoxy Putty Stick</td><td>JD Industrial Supply</td><td>470550</td><td>1.2 Configuration de l’intrigue ; Utilisé pour installer des piquets en acier inoxydable sur le site d’arpentage</td></tr><tr><td>Architectural 6063 Profilé en U en aluminium, épaisseur de paroi de 1/8 », 1/2 » de haut x 3/4 » de large à l’extérieur</td><td>McMaster-Carr</td><td>9001k46</td><td>1.2 Configuration du terrain ; Pour créer des barres d’échelle. Marqueurs de contrôle au sol pour déterminer l’échelle du modèle</td></tr><tr><td>Black-Oxide 18-8 Vis cruciformes à tête cylindrique en acier inoxydable, filetage 1/4 »-20, 1/2 » de long</td><td>McMaster-Carr</td><td>91249a537</td><td>1.1 Préparation de l’engrenage ; Pour fixer la poignée ikelite au boîtier</td></tr><tr><td>Vis cruciformes à tête cylindrique en acier inoxydable Black-Oxide 18-8, filetage 1/4 »-20, 5/8 » de long</td><td>McMaster-Carr</td><td>91249A539</td><td>1.2 Configuration du tracé ; Pour créer des barres d’échelle. Marqueurs de contrôle au sol pour déterminer l’échelle du modèle</td></tr><tr><td>Blue Steel Rope</td><td>Continental Western</td><td>402020</td><td>1.2 Configuration du terrain ; Utilisé pour fixer le flotteur de plongée au benthos pendant les relevés</td></tr><tr><td>D780 corps de l’appareil photo</td><td>Nikon</td><td>1618</td><td>1.1 Préparation de l’équipement ; Modèle de corps d’appareil photo</td></tr><tr><td>DGX Tech Compass w/Bungee Mount and Cord</td><td>Dive Gear Express</td><td>DX-9050x</td><td>1.2 Plot Setup ; Pour la collecte de relèvements de parcelle et en tant qu’ajout au cadre de l’appareil photo en tant qu’aide à la navigation</td></tr><tr><td>Ordinateur de plongée - Suunto Zoop Novo</td><td>Suunto&nbsp ;</td><td>N/A</td><td>1.2 Configuration de l’intrigue ; Pour enregistrer la profondeur des tuiles de référence</td></tr><tr><td>Ardoise de plongée</td><td>TexWipe</td><td>TX5835</td><td>1.2 Configuration du tracé ; Utilisé pour enregistrer les métadonnées du tracé telles que la profondeur des tuiles et les numéros cibles codés</td></tr><tr><td>DL 8 pouces Dome Port</td><td>Ikelite</td><td>75340</td><td>1.1 Préparation de l’engrenage ; Port dôme pour boîtier</td></tr><tr><td>sous-marin FLOAT, ÉPONGE PVC, 5-3/4 » DIA. PAR 3/4 », ROUILLE</td><td>Memphis Net & Ficelle</td><td>SB1</td><td>1.2 Configuration de l’intrigue ; Utilisé comme référence visuelle pour déterminer les limites de la parcelle et la hauteur de nage du caméraman</td></tr><tr><td>Garmin 78s GPS</td><td>Garmin</td><td>010-00864-01</td><td>1.2 Configuration de la parcelle ; Utilisé pour enregistrer l’emplacement du site d’arpentage</td></tr><tr><td>Ordinateur haute performance</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>2.0 Construction du modèle ; Pour le traitement de nuages de points denses en 3D, les spécifications recommandées incluent un processeur haute vitesse à 10+ cœurs, 128 Go de RAM (64 Go minimum), un disque SSD de 1 To et un GPU NVIDIA ou AMD dédié.</td></tr><tr><td>Flotteur de plongée de surface gonflable</td><td>Omer</td><td>Atol 6246</td><td>1.2 Plot Setup ; Bouée de marquage de surface à double usage et&nbsp ;</td></tr><tr><td>JOHNSON Cross Check Niveau : Non magnétique, 2 1/4 po x 1 7/16 po x 3/16 po, plastique, trou de suspension, 1mm/m</td><td>Grainger</td><td>6C225</td><td>1.1 Préparation de l’engrenage ; Ajout facultatif au cadre de la caméra comme aide à la navigation</td></tr><tr><td>Long ruban à mesurer, 1/2 po x 30 m, Pumpkin</td><td>Grainger</td><td>3LJW9</td><td>1.2 Configuration du tracé ; Utilisé pour configurer la zone de parcelle</td></tr><tr><td>Manta reel SR. Reel</td><td>Manta Industries</td><td>N/A</td><td>1.2 Configuration de la parcelle ; Attaché au flotteur de plongée pour une utilisation lors des relevés</td></tr><tr><td>Metashape Professional License</td><td>Agisoft</td><td>N/A</td><td>2.0 Model Construction ; Logiciel pour le traitement des nuages de points denses</td></tr><tr><td>Acrylique transparent non éblouissant</td><td>N/A</td> N<td>/A</td><td>1.2 Configuration du tracé ; Pour construire des carreaux d’angle. Marqueurs de contrôle au sol pour déterminer l’orientation du modèle</td></tr><tr><td>Joint torique 0132.45 pour système de port DL, Boîtiers ULTRAcompact</td><td>Ikelite</td><td>132.45</td><td>1.1 Préparation des engrenages ; Joint torique pour boîtier étanche</td></tr><tr><td>O-Ring 0132.59 pour reflex numérique et Boîtiers sans miroir (Type 1)</td><td>Ikelite</td><td>132.59</td><td>1.1 Préparation des engrenages ; Joint torique pour boîtier étanche</td></tr><tr><td>Paracorde ou Dacron Line</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.2 Configuration du plot ; Utilisé pour fixer des flotteurs d’arbitrage à des poids de plongée</td></tr><tr><td>Vis à tête plate Phillips en acier inoxydable 18-8 passivée, fraise à 82 degrés, filetage 1/4 »-20, 1 » de long</td><td>McMaster-Carr</td><td>91771a542</td><td>1.1 Préparation de l’engrenage ; Panneau coulissant de cadre</td></tr><tr><td>Passivé 18-8 Vis à tête plate Phillips en acier inoxydable, fraise à 82 degrés, filetage 1/4 »-20, 1-3/4 » de long</td><td>McMaster-Carr</td><td>91771a548</td><td>1.1 Préparation de l’engrenage ; Panneau coulissant de cadre</td></tr><tr><td>Passivé Vis à tête plate Phillips en acier inoxydable 18-8, fraise à 82 degrés, filetage 10-32, 3/8" de long</td><td>McMaster-Carr</td><td>91771A827</td><td>1.2 Configuration du tracé ; Pour construire des carreaux d’angle. Marqueurs de contrôle au sol pour déterminer l’orientation du modèle</td></tr><tr><td>Pelican 1060 micro case</td><td>Pelican</td><td>1060-025-100</td><td>1.2 Configuration du tracé ; Boîtier pour unité GPS qui est fixé au flotteur de plongée gonflable</td></tr><tr><td>Vis à oreilles à tête en plastique 1/4 »-20 x 2"</td><td>McMaster-Carr</td><td>91185A819</td><td>1.1 Préparation de l’équipement ; Utiliser pour fixer le boîtier de l’appareil photo au cadre</td></tr><tr><td>Poignée à dégagement rapide de la main droite avec extension</td><td>Ikelite</td><td>4077.02</td><td>1.1 Préparation de l’engrenage ; Poignée pour caisson sous-marin</td></tr><tr><td>R</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>3.0 Analyse écologique ; Logiciel pour l’exécution de scripts de complexité structurelle</td></tr><tr><td>Taglab</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>3.0 Analyse écologique ; Logiciel d’analyse de segmentation</td></tr><tr><td>Extension de déclenchement v2 pour obturateur ou bouton de retour Mise au point</td><td>Ikelite</td><td>4077.95</td><td>1.1 Préparation des engrenages ; Extension de la gâchette pour le boîtier sous-marin Commande du bouton de l’obturateur</td></tr><tr><td>Pompe à vide avec jauge</td><td>Ikelite</td><td>47011</td><td>1.1 Préparation de l’engrenage ; Pour tester l’intégrité des joints toriques des boîtiers de caméras sous-marines</td></tr><tr><td>Viscore</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>2.0 Construction du modèle ; 3.0 Analyse écologique ; Logiciel d’analyse écologique</td></tr></tbody></table>

mesure de la structure, de la composition et de l’évolution des environnements sous-marins à l’aide de l’imagerie de grande surface

Measuring the Structure, Composition, and Change of Underwater Environments with Large-area Imaging

La collecte réussie d’images de grande surface sur le terrain devrait aboutir à la création d’une reconstruction dense du nuage de points avec une couverture descendante complète de la zone de levé, tandis qu’une redondance inadéquate de la couverture peut entraîner des lacunes ou une dégradation complète du nuage de points (Figure 4). Pour un ensemble de 43 relevés d’images à grande surface menés dans l’archipel hawaïen en 2016, une moyenne de 99,6 % des images ont été alignées par ensemble de données, et 66 % des ensembles d’images ont été alignés avec succès. Les images recueillies à partir de l’appareil photo à objectif grand-angle avaient une GSD moyenne de 0,52 mm px-1 , tandis que les images de l’appareil photo à zoom avaient une GSD moyenne de 0,18 mm px-1. Ces relevés ont généré des nuages de points denses d’une taille moyenne de 557,7 millions de points (15 Go).
Les flux de travail écologiques décrits ici ont été conçus pour générer des données comparables aux méthodologies existantes pour la surveillance des récifs coralliens78. Les données écologiques extraites des levés LAI à Hawaï montrent, à part quelques valeurs aberrantes, que les mesures de la rugosité linéaire résultant du flux de travail de la complexité structurelle s’alignent bien avec les valeurs relatives par rapport aux mesures in situ de la complexité sur l’ensemble des sites81 (figure 5A,B). D’autres analyses de la composition des communautés à partir de l’indice foliaire local visant à mesurer le pourcentage de couverture des principaux groupes fonctionnels benthiques montrent un alignement similaire par rapport aux relevés photoquadrats traditionnels82 (figures 5C et D). L’échantillonnage par quadrat a été utilisé pour mesurer la densité des invertébrés sessiles, les plus courants étant les oursins, qui ont été résumés comme des mesures catégoriques de l’abondance relative. Les méthodes d’imagerie locale ont régulièrement enregistré des niveaux d’abondance plus élevés par rapport aux méthodes in situ 81 (figures 5E, F), ce qui peut être dû à la capacité de rechercher et d’étudier de manière exhaustive tous les individus dans une zone donnée par rapport à un recensement visuel rapide. La segmentation des colonies de coraux à l’aide de l’orthoprojection 2D a également révélé des distributions de taille des taxons coralliens communs similaires à celles des méthodes in situ 83 (Figure 5G,H).
L’un des principaux avantages des levés LAI est la possibilité d’archiver et de suivre les changements dans les zones récifales au fil du temps grâce à la coregistration du nuage de points dense. Les récifs coralliens sont des substrats vivants, ce qui, pour les études LAI, signifie qu’il peut être difficile d’identifier des surfaces permanentes, naturelles ou installées, qui peuvent être utilisées pour co-enregistrer de manière fiable des nuages de points denses à partir de différents points temporels. L’exemple de l’atoll du millénaire (figure 6) montre un exemple de forte croissance et de perte structurelle où le flux de travail de coregistration assisté a été utilisé pour la coregistration de nuages de points denses malgré une stabilité faible ou nulle de la surface du récif dans le temps.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig01.jpg"> 
Figure 1 : Schéma des cadres de caméra assemblés. Exemples de vues des configurations d’image de caméra double (A, B) et (C, D) simple. Les boîtiers de caméra Ikelite sont fixés au cadre sur le panneau de montage de la caméra à l’aide d’une plaque coulissante fixée aux poignées du boîtier. Des instruments optionnels pour aider à la navigation, tels qu’un niveau, une boussole et un ordinateur de plongée, peuvent être fixés au cadre comme indiqué en B. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig01large.jpg" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig02.jpg"> 
Figure 2 : Schéma d’un tracé d’image de grande surface de 100 m2. Schéma d’un tracé d’image de grande surface entièrement mis en place de 100 m2 de surface. Les marqueurs de tracé temporaires comprennent six marqueurs de tuiles de délimitation, quatre barres d’échelle et quatre flotteurs de référence. Les marqueurs de parcelle permanents comprennent deux piquets en acier inoxydable avec le piquet gauche, lorsque vous regardez à terre, y compris un contre-écrou. La référence GPS de la parcelle doit être prise au-dessus de la tuile ou du piquet au centre gauche. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig02large.jpg" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig03.jpg"> 
Figure 3 : Modèle de collecte des plongeurs. Exemple de (A) trajectoire de nage du plongeur pour assurer une couverture suffisante et un chevauchement de la zone de la parcelle avec une zone tampon incluse et (B) disposition du plongeur avec le système de caméra avec les flotteurs de référence fournissant un guide pour la hauteur de nage. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig03large.jpg" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig04.jpg"> 
Figure 4 : Réduction du chevauchement des images. La dégradation du nuage de points dense à mesure que le nombre d’images qui se chevauchent est réduite par échantillonnage aléatoire. Chaque panneau montre le nuage de points dense généré à partir de (A) toutes les images, (B) 1/2, (C) 1/3, (D) 1/5 et (E) 1/10 des images originales. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig04large.jpg" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig5v2.jpg"> 
Figure 5 : Extraction de données écologiques. Les données candidates extraites de l’imagerie de grande surface pour chacun des flux de travail écologiques sont présentées en comparaison avec les méthodes de collecte de données in situ établies. Cela comprend (A,B) la complexité structurelle, (C,D) la composition de la communauté (les barres d’erreur indiquent l’erreur-type), (E,F) la densité des invertébrés et (G,H) la démographie de la structure de la taille. Abréviation : LAI = imagerie de grande surface. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig5v2large.jpg" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig06.jpg"> 
Figure 6 : Co-enregistrement de nuages de points denses. Un exemple de comparaison visuelle de deux nuages de points denses coenregistrés temporellement. Les zones de perte structurelle, probablement dues à des dommages causés par la houle, sont codées visuellement en rouge, comme l’indique la flèche magenta. Les zones d’ajout structurel, généralement attribuées à la croissance des colonies de coraux, sont codées visuellement en bleu, comme l’indique la flèche jaune. Le flux de travail de co-enregistrement décrit ici peut toujours être utilisé pour des zones de récifs aussi dynamiques que celles illustrées ici, où les points de contrôle au sol (GCP) installés en permanence ne seraient pas fiables en raison d’une prolifération ou d’un délogement. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig06large.jpg" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Fonction de l’appareil photo</td>
			<td>Réglage recommandé</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Foyer</td>
			<td>Auto</td>
		</tr>
		<tr>
			<td rowspan="2">Mode de prise de vue</td>
			<td>P (Auto programmé) pour l’objectif grand-angle</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>A (priorité à l’ouverture automatique), réglé sur une ouverture de F8 pour l’objectif macro</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mode de relâchement</td>
			<td>S (Auto à priorité vitesse)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Paramètres de mise au point automatique</td>
			<td>Autofocus central (AF-C), point central unique (S)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Contrôle automatique de la sensibilité ISO</td>
			<td>SUR</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sensibilité ISO maximale</td>
			<td>3200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vitesse d’obturation minimale</td>
			<td>1/320</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qualité d’image</td>
			<td>RAW + JPEG</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Minuterie d’intervalle</td>
			<td>1 s</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Balance des blancs</td>
			<td>Coutume</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tableau 1 : paramètres recommandés de l’appareil photo Vous trouverez ci-dessous une liste des principaux paramètres de l’appareil photo utilisés pour optimiser la qualité de l’image. Ces paramètres donnent la priorité à la capture d’images nettes capturées par un opérateur en mouvement dans des conditions d’éclairage sous-marin.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td colspan="2">Aligner les photos</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Exactitude</td>
			<td>Haut</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Présélection générique</td>
			<td>Non</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Limite de points clés</td>
			<td>5000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Limite de points de rattachement</td>
			<td>0</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Correspondance d’images guidée</td>
			<td>Non</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ajustement du modèle de caméra adaptative</td>
			<td>Oui</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Créez un cloud dense</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qualité</td>
			<td>Haut</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filtrage en profondeur</td>
			<td>Douleur légère</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calculer Couleurs de points</td>
			<td>Oui</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calculer Confiance en points</td>
			<td>Oui</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Exporter des points</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Type de fichier</td>
			<td>Stanford PLY</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Système de coordonnées</td>
			<td>Coordonnées locales (m)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Données sources</td>
			<td>Nuage dense</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Enregistrer les couleurs des points</td>
			<td>Oui</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Point de sauvegarde normal</td>
			<td>Oui</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Confiance des points d’économie</td>
			<td>Oui</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Enregistrer des classes de points</td>
			<td>Non</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Convertir les couleurs en RVB 8 bits</td>
			<td>Oui</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Encodage binaire</td>
			<td>Oui</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tableau 2 : Paramètres de construction des nuages de points denses 3D. Une liste des paramètres utilisés dans Agisoft Metashape pour créer et exporter une reconstruction de nuage de points dense de haute qualité.
Dossier supplémentaire 1 : Feuille de route. Exemple d’image orthomosaïque marquée avec les caractéristiques et les profondeurs du tracé pour aider à trouver la zone du tracé pour un nouveau levé. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%201%20Roadmap.pdf" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.</a>
Dossier supplémentaire 2 : Extract_meta.py. Script exécuté dans Agisoft Metashape pour exporter la pose de la caméra et les informations du répertoire de fichiers à utiliser dans Viscore pour interroger les images originales. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%202%20extract_meta.py" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.</a>
Dossier supplémentaire 3 : Guide de Viscore. Guide logiciel pour Viscore, qui comprend des flux de travail pour la visualisation de modèles, le co-enregistrement et les analyses écologiques. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental_3_Guide_to_Viscore_Final.pdf" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.</a>
Dossier supplémentaire 4 : Rugosity_Functions.Rmd. Script utilisé dans R contenant des fonctions pour traiter les données de rugosité extraites de Viscore. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%204%20Rugosity_Functions.Rmd" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.</a>
Dossier supplémentaire 5 : Rugosity_Analysis.Rmd. Script utilisé dans R pour calculer les métriques de rugosité. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%205%20Rugosity_Analysis.Rmd" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.</a>
Dossier supplémentaire 6 : Quadrat_sampling.rpl.json. Script utilisé dans Viscore pour le flux de travail d’analyse de la densité des quadrats. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%206%20Quadrat_sampling.repl.json" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.</a>
Dossier supplémentaire 7 : Density_taxo_lookup.json. Bouton de recherche de fichier pour exécuter un script d’échantillonnage de quadrat afin d’agréger les données d’échantillonnage de quadrat par groupe taxonomique. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%207%20Density_taxo_lookup.json" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.</a>
Dossier supplémentaire n° 8 : Density_Analysis.R Script utilisé dans R pour agréger les données d’échantillonnage par quadrat qui calcule la densité par groupe taxonomique au niveau de l’enquête. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%208%20Density_Analysis.R" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.</a>
Dossier supplémentaire 9 : README.txt Exemple de fichier texte à inclure avec l’imagerie d’origine pour l’archivage des données qui décrit la méthodologie de capture d’image. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%209%20README.txt" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.</a>
Dossier supplémentaire 10 : METADATA_KAH_2016-07_03.txt Exemple de fichier texte à inclure avec l’imagerie d’origine pour l’archivage des données contenant des champs de métadonnées pour l’enquête LAI. Cela inclut des champs pour les données d’échelle et de profondeur de l’enquête pour le référencement, ainsi que les métadonnées globales du site pour le contexte géographique. Abréviation : LAI = imagerie de grande surface. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%2010%20METADATA_KAH_2016-07_03.txt" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour télécharger ce fichier.</a>

Mesure de la structure, de la composition et de l’évolution des environnements sous-marins à l’aide de l’imagerie de grande surface

Digital imaging and processing technology have evolved to facilitate the expansion of large-area imaging surveys, which increase our capacity to study the ...

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Ce protocole fournit des instructions sur la façon d'utiliser un appareil autonome vélocimétrie sous-marine (SCUVA), qui est conçu pour la quantification in situ des animaux a généré des flux. En outre, ce protocole aborde les défis posés par les conditions du terrain, et comprend le mouvement opérateur, la position prédire des animaux, et l'orientation de SCUVA.

Mesurer quantitativement In situ Flux aide d&#39;un appareil autonome à la vélocimétrie subaquatique (SCUVA)

Une suite intégrée de techniques d'imagerie a été appliquée pour déterminer polype morphologie et la structure des tissus dans le coraux des Caraïbes Montastraea annularis et M. faveolata. Fluorescence, le visage de bloc série, et à deux photons laser microscopie confocale à balayage ont identifié la structure lobée, murs de polype, et chromatophores estimée et la densité de zooxanthelles et des distributions.

Multimodales méthodes optiques Microscopie Reveal Polyp tissus Morphologie et structure dans Caribbean Reef construction Coraux

Nous décrivons une nouvelle méthode de comptage des poissons et estimer l’abondance relative (MaxN) et la densité des poissons à l’aide de rotation des systèmes de caméras stéréo-vidéo. Nous montrons également comment utiliser la distance de la caméra (distance Z) pour estimer la détectabilité propres à chaque espèce.

Développement de nouvelles méthodes de quantification de la densité des poissons à l’aide d’outils de stéréo-vidéo sous-marine

Arpentage de l’image en fonction est une méthode de plus en plus pratique, non invasif pour échantillonner l’environnement marin. Nous présentons le protocole d’une étude de caméra de chute qui permet d’estimer l’abondance et la distribution de l’Atlantique pétoncle (Placopecten magellanicus). Nous discutons comment ce protocole peut être généralisé pour application aux autres macroinvertébrés benthiques.

Méthodes d’enquêtes axées sur l’Image de macroinvertébrés benthiques et de leur Habitat témoigne de l’enquête sur la caméra Drop pour le pétoncle Atlantique

Nous fournissons un protocole détaillé pour la réalisation d’études de photogrammétrie sous-marine de structure à partir du mouvement afin de générer des modèles 3D et des orthomosaïques.

Introduction au terrain pour la surveillance des écosystèmes benthiques à l’aide de la photogrammétrie de la structure à partir du mouvement

Voici un protocole de collecte et de traitement des données de photogrammétrie sous-marine, y compris un pipeline de traitement d’images considérablement simplifié et entièrement automatisé, ce qui permet d’obtenir des sorties géoréférencées et alignées sur des séries chronologiques, prêtes pour l’extraction, l’analyse et l’application de données écologiques.

Reefshape : un système pour la collecte efficace et le traitement automatisé de données de photogrammétrie sous-marine de séries chronologiques pour la surveillance de l’habitat benthique

Procédé pour la détermination de la teneur en acides gras et de la composition en micro-algues sur la base de la rupture mécanique des cellules, le solvant d'extraction à base de lipide, de transestérification, et la quantification et l'identification des acides gras par chromatographie en phase gazeuse est décrit. Un étalon interne tripentadecanoin est utilisé pour compenser les pertes possibles lors de l'extraction et de transestérification incomplète.

Analyse de la teneur en acide gras et de la composition en microalgues

Plus de la moitié des protéines sont de petites protéines (masse moléculaire &lt;200 kDa) qui sont difficiles pour les deux électrons imagerie de microscope et des reconstructions tridimensionnelles. Coloration négative optimisé est un protocole robuste et à haut débit pour obtenir un contraste élevé et des images de petites protéines ou des complexes asymétriques dans différentes conditions physiologiques résolution relativement élevée (~ 1 nm).

Optimisé coloration négative: un protocole à haut débit pour examen petites et asymétrique structure des protéines par microscopie électronique

In planta, la mesure des flux de nutriments et de toxiques est essentielle à l’étude de la nutrition et de la toxicité des plantes. Ici, nous couvrons les protocoles de radiotraceurs pour la détermination de l’afflux et de l’efflux dans les racines intactes des plantes, en utilisant les flux de potassium (K+) et d’ammoniac/ammonium (NH3/NH4+) comme exemples. Les avantages et les limites de ces techniques sont discutés.

Mesurer les flux d&#39;éléments nutritifs et des substances toxiques minéraux dans les usines avec Traceurs radioactifs

Aquafaba est un jus visqueux de pois chiche en conserve qui, lorsque agité vigoureusement, produit une mousse blanche relativement stable ou en mousse. L’objectif principal de recherche est d’identifier les composantes d’aquafaba qui contribuent viscosifying/épaississement propriétés à l’aide de la résonance magnétique nucléaire (RMN), ultrafiltration, électrophorèse et peptide masse prise d’empreintes.

Composition et caractéristiques des Aquafaba : l’eau extraite des pois chiches commercialement en conserve

Découvrez un protocole d'imagerie en quatre étapes pour analyser la complexité structurelle, la composition et la démographie des récifs coralliens. Cette méthode améliore le suivi des changements écologiques marins.

Mesure de la structure, de la composition et de l’évolution des environnements sous-marins à l’aide de l’imagerie de grande surface (Vidéo) | JoVE Journal

Mesure de la structure, de la composition et de l’évolution des environnements sous-marins à l’aide de l’imagerie de grande surface

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