Name: Visualisation de la dynamique microbienne du cycle du méthane dans les zones humides côtières (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-31T14:30:00.000+00:00
Duration: 7 min 26 s
Description: Découvrez la visualisation de la dynamique microbienne du méthane dans les zones humides côtières du Texas. Cette méthode combine PCR optimisée et SIG pour cartographier la distribution spatiale et saisonnière des gènes mmoX et mcrA.

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<table><tbody><tr><td>Tubes PCR 0,2 mL</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AB0620</td><td>https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/AB0620?SID=srch-srp-AB0620</td></tr><tr><td>Tubes PCR 0,5 mL</td><td>Promega</td><td>E4941</td><td>https://www.promega.com/products/biochemicals-and-labware/tips-and-accessories/0_5ml-pcr-tubes/?catNum=E4941</td></tr><tr><td>10 &mu ; Embouts L</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-187</td><td>Fisherbrand SureGrip Pointe de pipette Racked or Reload System Tips Natural ; 10&mu ; L ; | Fisher Scientific</td></tr><tr><td>Tube à centrifuger 15 mL</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>14-959-53A</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/falcon-15ml-conical-centrifuge-tubes-5/p-193301</td></tr><tr><td>200 &mu ; Embouts L</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>05-408-190</td><td>Fisherbrand SureGrip Pointe de pipette Racked or Reload System Tips Natural ; 200&mu ; L ; | Fisher Scientific</td></tr><tr><td>1000 &mu ; Embouts L</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>02-707-402</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/sureone-micropoint-pipette-tips-specific-standard-fit/02707402?gclid=Cj0KCQiAp NW6BhD5ARIsACmEb kUsQ9Lu0YIq5i4vWege 17qPdtxIYZyvmJH1cDo ARuwereO1V4GLz9UaA lDREALw_wcB& ef_id=C j0KCQiApNW6BhD5ARI sACmEbkUsQ9Lu0YIq5i 4vWege17qPdtxIYZyvmJ H1cDoARuwereO1V4GLz 9UaAlDREALw_wcB :G :s & ppc_id=PLA_goog_2175 7693617_171052169911_02 707402__715434303113_1555 377385658230343& ev_chn=sh op& s_kwcid=AL !4428!3!71543430 3113 !! 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g !23 66517300713 !& gad_source=1</td></tr><tr><td>mélange maître PCR&nbsp ;</td><td>Promega</td><td>M7502</td><td>https://www.promega.com/products/pcr/taq-polymerase/master-mix-pcr/?catNum=M7502</td></tr><tr><td>Quantiflour ONE système dsDNAc&nbsp ;</td><td>Promega</td><td>E4871</td><td>https://www.promega.com/products/rna-analysis/dna-and-rna-quantitation/quantifluor-one-dsdna-system/?gad_source=1&gbraid=0AAAAAD _rg189yJTY3cxeVqMdu8RPx10 Ma& gclid=CjwKCAjwxNW2BhAk EiwA24Cm9FUgViPNyWq7UfZL VeeoroLAZ5JIP6w07RGK_4D0w oZgAqf-G1XTmxoCxm8QAvD_B wE& Fluorimètre Quantus catNum=E4871</td></tr><tr><td>&nbsp ;</td><td>Promega</td><td>E6150</td><td>https://www.promega.com/products/microplate-readers-fluorometers-luminometers/fluorometers/quantus-fluorometer/?catNum=E6150</td></tr><tr><td>YSI Pro 2030</td><td>YSI une marque xylem</td><td>603174</td><td>https://www.ysi.com/product/id-p2030/pro2030-kits</td></tr></tbody></table>

visualisation de la dynamique microbienne du cycle du méthane dans les zones humides côtières

Visualizing Methane-Cycling Microbial Dynamics in Coastal Wetlands

Pour comprendre la distribution et l’abondance des gènes liés au cycle CH4 (mcrA, pmoA1, pmoA2 et mmoX) dans les zones humides côtières du sud du Texas, l’ADNe extrait de chaque échantillon a été analysé par cPCR et qPCR. Des amorces universelles pour chaque biomarqueur ont été sélectionnées pour exécuter la cPCR à partir d’études antérieures (Tableau 1)22,34,35,36,37, et des modifications ont été apportées pour optimiser les températures et les concentratio...

Visualisation de la dynamique microbienne du cycle du méthane dans les zones humides côtières

Coastal wetlands are the largest biotic source of methane, where methanogens convert organic matter into methane and methanotrophs oxidize methane, thus ...

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Research

Recherche

JoVE Journal

Environment

Environnement

Analyse en cytométrie en flux s’est avérée précieuse pour enquêter sur des cultures pures et le contrôle dynamique des communautés microbiennes. Nous présentons trois flux de travail complet, de prélèvement d’échantillons pour l’analyse des données, des cultures pures et communautés complexes dans un milieu claire ainsi que dans des matrices difficiles, respectivement.

CARACTERISATION Microbiome dynamique – écoulement Cytometry basé dans les Workflows de Cultures pures des communautés naturelles

Ce protocole décrit un débit unique pour les techniques analytiques et omiques complémentaires aboutissant à une caractérisation entièrement appariés de la matière organique naturelle et de la protéomique microbienne dans les écosystèmes différents. Cette approche permet des comparaisons robustes pour l’identification des voies métaboliques et les transformations importantes pour décrire la production de gaz à effet de serre et de prédire les réponses aux changements environnementaux.

Single-débit haute résolution analytique des Techniques complémentaires pour caractériser les mélanges complexes de matière organique naturelle

Un protocole pour la génération de paysages chimiques dynamiques par photolyse dans des configurations microfluidiques et millifluidiques est présenté. Cette méthodologie est appropriée pour étudier divers processus biologiques, y compris le comportement motile, l'absorption des nutriments, ou l'adaptation aux produits chimiques des micro-organismes, à la fois au niveau de la cellule unique et au niveau de la population.

Générer des paysages chimiques contrôlés et dynamiques pour étudier le comportement microbien

Ici, nous visons à visualiser la zonation de la productivité biologique dans la baie de Narragansett, Rhode Island, sur la base du modèle de bilan massique d’azote. Les résultats éclaireront la gestion des éléments nutritifs dans les régions côtières afin de réduire l’hypoxie et l’eutrophisation.

Visualisation des zones de productivité basées sur un modèle de bilan massique d’azote dans la baie de Narragansett, Rhode Island

Cette étude met en évidence une approche permettant de mesurer les concentrations de méthane dans des échantillons aqueux à l’aide d’analyseurs optiques portables couplés à une chambre d’injection en boucle fermée. Les résultats sont similaires à ceux de la chromatographie en phase gazeuse conventionnelle, ce qui constitue une alternative pratique et peu coûteuse, particulièrement adaptée aux études sur le terrain à distance.

Mesure du méthane dissous dans les écosystèmes aquatiques à l’aide d’un analyseur de gaz par spectroscopie optique

Un protocole est décrit pour la préparation d’un écosystème modèle simple qui recrée le gradient de compteur méthane-oxygène trouvé dans l’habitat naturel des bactéries oxydantes de méthane aérobies, permettant l’étude de leur physiologie dans un contexte spatialement résolu. Les modifications apportées aux essais biochimiques courants pour l’utilisation avec l’écosystème modèle à base d’agarose sont également décrites.

Écosystème modèle à base d’agarose pour la culture de méthanotrophes dans un contre-gradient méthane-oxygène

Nous présentons ici un protocole décrivant comment échantillonner des échantillons de bois pour l’évaluation globale de leurs structures de croissance. Les techniques de préparation et de visualisation macroscopiques et microscopiques nécessaires pour générer des données anatomiques et dendroécologiques du bois bien répliquées et hautement résolues sont décrites.

Un point de vue technique dans Modern Arbre torique de recherche - Comment surmonter dendroécologique et bois anatomiques défis

Ce manuscrit décrit une approche automatisée de sélection de la taille du gel pour purifier les fragments d’ADN pour le séquençage de nouvelle génération. La technologie Ranger permet une automatisation complète de l’ensemble du processus de chargement de gel d’agarose, d’analyse électrophorétique et de récupération de fragments d’ADN ciblés, ce qui permet d’obtenir des bibliothèques de séquençage de nouvelle génération à haut débit et de haute qualité.

Sélection de la taille Gel automatisé pour améliorer la qualité des bibliothèques de séquençage de prochaine génération Préparé à partir d&#39;échantillons d&#39;eau de l&#39;environnement

Un protocole permettant de quantifier les gènes et les transcrits de l’ARNr bactérien 16S des sédiments côtiers par PCR en temps réel est fourni. La méthodologie comprend la co-extraction de l’ADN et de l’ARN ; préparation d’ARN libre d’ADN ; et la quantification du gène et du transcrit de l’ARNr 16S par RT-q-PCR, y compris la construction de la courbe standard.

ARN-ADN Extraction simultanée de sédiments côtiers et Quantification de 16S ARNr et Transcriptions par PCR en temps réel

les acides gras phospholipides fournissent des informations sur la structure des communautés microbiennes du sol. Nous présentons des procédés pour l'extraction d'échantillons de sol avec un mélange à une seule phase de chloroforme, le fractionnement des lipides extraits en utilisant des colonnes d'extraction en phase solide et méthanolyse pour produire des esters méthyliques d'acides gras, qui sont analysées par chromatographie en phase gazeuse capillaire.

Extraction et analyse des acides gras des phospholipides microbiens dans les sols

Découvrez la visualisation de la dynamique microbienne du méthane dans les zones humides côtières du Texas. Cette méthode combine PCR optimisée et SIG pour cartographier la distribution spatiale et saisonnière des gènes mmoX et mcrA.

Visualisation de la dynamique microbienne du cycle du méthane dans les zones humides côtières

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