Name: Analyse de l’expression oncogène avec altérations du pH dans une lignée cellulaire canalaire pancréatique (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-11T14:10:00.000+00:00
Duration: 6 min 24 s
Description: Découvrez l'analyse RNA-seq de l'expression oncogène dans les cellules canalaires pancréatiques soumises à un pH réduit. Cette méthode révèle les liens entre environnement acide et activation des oncogènes.

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<ol><li>Franck, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+pancreatic+ductal+adenocarcinoma%3A+Moving+forward%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Advanced pancreatic ductal adenocarcinoma: Moving forward.</a> Cancers (Basel). 12 (7), 1955(2020).</li>
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<li>Vakkila, J., Lotze, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+necrosis+promote+tumour+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Immunol%22%5BJournal%5D)">Inflammation and necrosis promote tumour growth.</a> Nat Rev Immunol. 4 (8), 641-648 (2004).</li>
<li>Zepecki, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+human+glioma+cell+migration%2C+tumor+growth%2C+and+stemness+gene+expression+using+a+Lck+targeted+inhibitor%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Regulation of human glioma cell migration, tumor growth, and stemness gene expression using a Lck targeted inhibitor.</a> Oncogene. 38 (10), 1734-1750 (2019).</li>
<li>Kim, R. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+lymphocyte-specific+protein+tyrosine+kinase+%28LCK%29+in+the+expansion+of+glioma-initiating+cells+by+fractionated+radiation%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+Biophys+Res+Commun%22%5BJournal%5D)">Role of lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK) in the expansion of glioma-initiating cells by fractionated radiation.</a> Biochem Biophys Res Commun. 402 (4), 631-636 (2010).</li>
<li>Hu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Requirement+of+Src+kinases+Lyn%2C+Hck+and+Fgr+for+BCR-ABL1-induced+B-lymphoblastic+leukemia+but+not+chronic+myeloid+leukemia%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Requirement of Src kinases Lyn, Hck and Fgr for BCR-ABL1-induced B-lymphoblastic leukemia but not chronic myeloid leukemia.</a> Nat Genet. 36 (5), 453-461 (2004).</li>
<li>Sharp, N. A., Luscombe, M. J., Clemens, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+c-fgr+proto-oncogene+expression+in+Burkitt%27s+lymphoma+cells%3A+effect+of+interferon+treatment+and+relationship+to+EBV+status+and+c-myc+mRNA+levels%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Regulation of c-fgr proto-oncogene expression in Burkitt's lymphoma cells: effect of interferon treatment and relationship to EBV status and c-myc mRNA levels.</a> Oncogene. 4 (8), 1043-1046 (1989).</li>
<li>Hui, A. B., Lo, K. W., Yin, X. L., Poon, W. S., Ng, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+multiple+gene+amplifications+in+glioblastoma+multiforme+using+array-based+comparative+genomic+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Invest%22%5BJournal%5D)">Detection of multiple gene amplifications in glioblastoma multiforme using array-based comparative genomic hybridization.</a> Lab Invest. 81 (5), 717-723 (2001).</li>
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<li>Okabe, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+development+and+differentiation+enhancing+factor-like+1+%28DDEFL1%29+as+a+drug+target+for+hepatocellular+carcinomas%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Oncol%22%5BJournal%5D)">Isolation of development and differentiation enhancing factor-like 1 (DDEFL1) as a drug target for hepatocellular carcinomas.</a> Int J Oncol. 24 (1), 43-48 (2004).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Tubes à centrifuger gradués de 15 mL (Falcon)</td><td>Tarsons&nbsp ;</td><td>500031</td><td>utilisé pour la préparation des échantillons&nbsp ;</td></tr><tr><td>Tubes à centrifuger gradués de 50 mL (Falcon)</td><td>Tarsons&nbsp ;</td><td>500041</td><td>utilisé pour la préparation des échantillons&nbsp ;</td></tr><tr><td>Agilent 2100 Bioanalyseur</td><td></td><td>Agilent Agilent G2938A</td><td>Instrment pour l’évaluation de la qualité de l’ARN&nbsp ;</td></tr><tr><td>Solution antibiotique antimycosique 100x liquide</td><td>Himedia</td><td>A002-100 mL</td><td>Utilisé pour prévenir la contamination&nbsp ;</td></tr><tr><td>Racleur cellulaire avec lame rotative</td><td>Himedia&nbsp ;</td><td>TCP223</td><td>Raclage et collecte des cellules</td></tr><tr><td>CO2 </sous>incubateur&nbsp ;</td><td>New Brunswick</td><td>Galaxy 170 S Utilisé</td><td>pour l’incubation de la culture&nbsp ;</td></tr><tr><td>Dulbecco’s Modified Eagle Medium (DMEM), teneur élevée en glucose.</td><td>Himedia</td><td>AL007S-500 mL</td><td>Milieu utilisé pour la culture des cellules</td></tr><tr><td>Solution saline tamponnée au phosphate de Dulbecco 1x</td><td>Himedia</td><td>TL1006-500mL</td><td>lavage cellulaire</td></tr><tr><td>Galaxy&nbsp ;</td><td>(https://usegalaxy.org)</td><td></td><td>Outil en ligne pour le traitement des données du NSG&nbsp ;</td></tr><tr><td>HI FBS (origine : Australie)</td><td>Gibco</td><td>10100-147</td><td>Utilisé pour la croissance des cellules&nbsp ;</td></tr><tr><td>Lignée cellulaire épithéliale canalaire pancréatique humaine (HPDEC/ H6C7)</td><td>Addex Bio</td><td>T0018001</td><td>Lignée cellulaire canalaire pancréatique</td></tr><tr><td>Ion Total RNA-Seq Kit v2</td><td>Thermo fisher scientific</td><td>4475936</td> Kit <td>de préparation d’échantillons d’ARN</td></tr><tr><td>Flux</td><td></td><td></td><td></td>d’air laminaire</tr><tr><td>Na2HPO4 Diabasic</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S3264-250G</td><td>Phosphate de sodium préparation du tampon&nbsp ;</td></tr><tr><td>NaH2PO4 Monobasique</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S3139-250G</td><td>Préparation de tampon de phosphate de sodium&nbsp ;</td></tr><tr><td>Séquenceur 3376672 NovaSeq 6000</td><td>Illumina</td><td></td><td>&nbsp ;</td></tr><tr><td>Nunclon Delta Surface (plaque à 6 puits)</td><td>Thermo Scientific</td><td>140675</td><td>Culture des cellules&nbsp ;</td></tr><tr><td>Centrifugeuse de paillasse réfrigérée</td><td>Thermo Scientific&nbsp ;</td><td>Sorvall ST 8R</td><td>Utilisé pour la centrifugation</td></tr><tr><td>RiboMinus Eukaryote System v2</td><td>Thermo fisher scientific</td><td>A15026</td><td>rRNA depletion kit&nbsp ;</td></tr><tr><td>Kit Rneasy Mini&nbsp ;</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td>Kit pour l’isolement de l’ARN total des cellules&nbsp ;</td></tr><tr><td>Thermocycleur</td><td>Eppendorf</td><td>E950040025</td><td>réaction PCR</td></tr><tr><td>Bain-marie&nbsp ;</td><td>Equitron</td> <td>#8406M</td><td>Décongélation de l’échantillon</td></tr></tbody></table>

analyse de l’expression oncogène avec altérations du ph dans une lignée cellulaire canalaire pancréatique

Oncogene Expression Analysis with Alterations in pH in a Pancreatic Ductal Cell Line

Changements morphologiques L’incubation de cellules canalaires pancréatiques humaines dans un milieu acide a modifié la morphologie des cellules. Un modèle cellulaire confluent et serré a entraîné la dispersion des cellules dans des conditions acides, et la mort cellulaire devient importante avec le temps. Par rapport aux cellules normales contenant du milieu, les cellules canalaires ont rétréci et diminué de taille. Un changement drastique du taux de mortalité a été observé après 6 h d’incubation. Ap...

Analyse de l’expression oncogène avec altérations du pH dans une lignée cellulaire canalaire pancréatique

The fourth leading cause of cancer-related death, pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC), has a 12% five-year survival rate. This disease has a poor ...

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Une meilleure compréhension de la biologie du cancer du pancréas est critique nécessaire pour permettre le développement de meilleures options thérapeutiques pour traiter le cancer du pancréas. Pour répondre à ce besoin, nous démontrons un modèle orthotopique de cancer du pancréas qui permet une surveillance non invasive de la progression du cancer à...

Modèle Orthotopique bioluminescente la progression du cancer du pancréas

Ici, nous décrivons un procédé pour l'isolement de cellules dans le microenvironnement du pancréas embryonnaire à partir du tissu, du nouveau-né et de l'adulte souris, en se concentrant sur l'isolement des cellules mésenchymateuses. Cette méthode permet le profilage de l'expression génique des cellules et la sécrétion de protéines afin d'élucider les signaux extrinsèques qui régulent le développement du pancréas, de la fonction, et la tumorigenèse.

Isoler et analyse des cellules du pancréas Mesenchyme par cytométrie de flux

Isolement des cellules acineuses primaire, modulation expression ou l’activité de protéines, la culture et des applications en aval sont abondamment utiles ex vivo étude de métaplasie acineux-à-canalaire (SMA), un événement précoce dans le développement du cancer du pancréas.

Imitant et manipuler une métaplasie acineux-à-canalaire pancréatique en Culture cellulaire 3D

Ce protocole utilise une réaction en chaîne de polymérase en temps réel (PCR) basée sur la sonde, un prédisme de sulforhodamine B (SRB), 3' régions non traduites (3' UTR) et un résultat de luciferase pour vérifier les gènes cibles d'un miRNA d'intérêt et pour comprendre les fonctions des miRNAs.

Un protocole in vitro pour évaluer les niveaux de microARN, les fonctions et les gènes cibles associés dans les cellules tumorales

Cet article décrit une méthode pour identifier des altérations clonales et subclonales parmi différents spécimens d'un patient donné. Bien que les expériences décrites ici se concentrent sur un type spécifique de tumeur, l'approche est largement applicable à d'autres tumeurs pleines.

Analyse comparative des lésions par une approche de séquençage ciblée

Ici, nous présentons un protocole pour tester l’efficacité des thérapies ciblées sélectionnées basées sur la composition génomique d’une tumeur. Le protocole décrit l’identification et la validation des réarrangements structurels d’ADN, l’engraftment des tumeurs des patients dans les souris et les réponses d’essai aux drogues correspondantes.

Test de thérapies ciblées dans le cancer à l’aide de l’analyse structurale de l’altération de l’ADN et des Xénogreffes dérivées du patient

Le suc pancréatique est une source précieuse de biomarqueurs du cancer du pancréas humain. Nous décrivons ici une méthode de procédure de collecte peropératoire. Pour surmonter le défi de l’adoption de cette procédure dans des modèles murins, nous suggérons un échantillon alternatif, le liquide interstitiel tumoral, et décrivons ici deux protocoles pour son isolement.

Isolement de liquides proximaux pour étudier le microenvironnement tumoral de l’adénocarcinome pancréatique

Les cellules métaplasiques pancréatiques sont des précurseurs de cellules malignes à l’origine des tumeurs pancréatiques. Cependant, il est difficile d’isoler des cellules pancréatiques viables intactes. Nous présentons ici une méthode efficace de dissociation du tissu pancréatique. Les cellules peuvent ensuite être utilisées pour le séquençage de l’ARN unicellulaire (scRNA-seq) ou pour la co-culture bidimensionnelle ou tridimensionnelle.

Dissection de tissu pancréatique pour isoler des cellules uniques viables

L’objectif de ce protocole est de déterminer les niveaux autophagiques dans le cancer du pancréas et les cellules acineuses pancréatiques par immunofluorescence CL3 et quantification des points CL3.

Évaluation des niveaux d’autophagie dans deux modèles de cellules pancréatiques différents à l’aide de l’immunofluorescence LC3

Le présent protocole décrit la reprogrammation de l’adénocarcinome canalaire pancréatique (PDAC) et des cellules épithéliales canalaires pancréatiques normales en cellules souches pluripotentes induites (CSPi). Nous fournissons une procédure optimisée et détaillée, étape par étape, de la préparation du lentivirus à l’établissement de lignées iPSC stables.

Reprogrammation de l’adénocarcinome canalaire pancréatique à la pluripotence

Le cancer du pancréas reste l’un des cancers les plus difficiles à traiter. Par conséquent, il est essentiel que les modèles précliniques évaluant l’efficacité du traitement soient reproductibles et cliniquement pertinents. Ce protocole décrit une procédure simple de co-culture pour générer des sphéroïdes desmoplastiques reproductibles et cliniquement pertinents.

Croissance de sphéroïdes tridimensionnels desmoplastiques du cancer du pancréas à partir de la co-culture

Découvrez l'analyse RNA-seq de l'expression oncogène dans les cellules canalaires pancréatiques soumises à un pH réduit. Cette méthode révèle les liens entre environnement acide et activation des oncogènes.

Analyse de l’expression oncogène avec altérations du pH dans une lignée cellulaire canalaire pancréatique

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