Name: Une approche simplifiée pour la protéomique basée sur la spectrométrie de masse à l’aide de régions tissulaires sélectionnées (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-18T14:30:00.000+00:00
Duration: 9 min
Description: Découvrez une méthode simplifiée de protéomique par spectrométrie de masse pour analyser des régions tissulaires spécifiques sur échantillons FFPE. Cette approche optimise la préparation des échantillons et la digestion protéique pour améliorer la couverture et la fiabilité des analyses protéomiques spatiales.

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<ol><li>Van Maldegem, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+processing+delay%2C+formalin+fixation%2C+and+immunohistochemistry+on+RNA+recovery+from+formalin-fixed+paraffin-embedded+tissue+sections%5BTitle%5D)+AND+%22Diagn+Mol+Pathol%22%5BJournal%5D)">Effects of processing delay, formalin fixation, and immunohistochemistry on RNA recovery from formalin-fixed paraffin-embedded tissue sections.</a> Diagn Mol Pathol. 17 (1), 51-58 (2008).</li>
<li>Fox, C. H., Johnson, F. B., Whiting, J., Roller, P. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Formaldehyde+fixation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Histochem+Cytochem%22%5BJournal%5D)">Formaldehyde fixation.</a> J Histochem Cytochem. 33 (8), 845-853 (1985).</li>
<li>Fraenkel-Conrat, H., Olcott, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+reaction+of+formaldehyde+with+proteins%3B+cross-linking+between+amino+and+primary+amide+or+guanidyl+groups%5BTitle%5D)+AND+%22J+Am+Chem+Soc%22%5BJournal%5D)">The reaction of formaldehyde with proteins; cross-linking between amino and primary amide or guanidyl groups.</a> J Am Chem Soc. 70 (8), 2673-2684 (1948).</li>
<li>Basyuni, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Large-scale+analysis+of+whole+genome+sequencing+data+from+formalin-fixed+paraffin-embedded+cancer+specimens+demonstrates+preservation+of+clinical+utility%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Large-scale analysis of whole genome sequencing data from formalin-fixed paraffin-embedded cancer specimens demonstrates preservation of clinical utility.</a> Nat Commun. 15 (1), 7731(2024).</li>
<li>Gracia Villacampa, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+spatial+expression+profiling+in+formalin-fixed+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Genomics%22%5BJournal%5D)">Genome-wide spatial expression profiling in formalin-fixed tissues.</a> Cell Genomics. 1 (3), 100065(2021).</li>
<li>Zhang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+the+genomic+landscape+in+large-scale+Chinese+patients+with+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22EBioMedicine%22%5BJournal%5D)">Characterization of the genomic landscape in large-scale Chinese patients with pancreatic cancer.</a> EBioMedicine. 77, 103897(2022).</li>
<li>Ren, Z., Ordway, B., Lin, P. -H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Archival+FFPE+blocks%3A+the+gift+that+keeps+giving%5BTitle%5D)+AND+%22Innov%22%5BJournal%5D)">Archival FFPE blocks: the gift that keeps giving.</a> Innov. 5 (1), 100532(2024).</li>
<li>Magdeldin, S., Yamamoto, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+deciphering+proteomes+of+formalin-fixed+paraffin-embedded+%28FFPE%29+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Toward deciphering proteomes of formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues.</a> Proteomics. 12 (7), 1045-1058 (2012).</li>
<li>Soni, R. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+deep+proteomic+profiling+of+formalin-fixed+paraffin-embedded+specimens+using+a+spectral+library-free+approach%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol for deep proteomic profiling of formalin-fixed paraffin-embedded specimens using a spectral library-free approach.</a> STAR Protoc. 4 (3), 102381(2023).</li>
<li>Gustafsson, O. J. R., Arentz, G., Hoffmann, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+developments+in+the+analysis+of+formalin-fixed+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta+Proteins+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Proteomic developments in the analysis of formalin-fixed tissue.</a> Biochim Biophys Acta Proteins Proteomics. 1854 (6), 559-580 (2015).</li>
<li>O'Rourke, M. B., Padula, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+formalin-fixed%2C+paraffin-embedded+%28FFPE%29+tissue+via+proteomic+techniques+and+misconceptions+of+antigen+retrieval%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">Analysis of formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue via proteomic techniques and misconceptions of antigen retrieval.</a> Biotechniques. 60 (5), 229-238 (2016).</li>
<li>Ye, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrated+proteomics+sample+preparation+and+fractionation%3A+method+development+and+applications%5BTitle%5D)+AND+%22TrAC+Trends+Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Integrated proteomics sample preparation and fractionation: method development and applications.</a> TrAC Trends Anal Chem. 120, 115667(2019).</li>
<li>Nwosu, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In-depth+mass+spectrometry-based+proteomics+of+formalin-fixed%2C+paraffin-embedded+tissues+with+a+spatial+resolution+of+50-200+%C2%B5m%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">In-depth mass spectrometry-based proteomics of formalin-fixed, paraffin-embedded tissues with a spatial resolution of 50-200 µm.</a> J Proteome Res. 21 (9), 2237-2245 (2022).</li>
<li>Coscia, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+streamlined+mass+spectrometry-based+proteomics+workflow+for+large-scale+FFPE+tissue+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pathol%22%5BJournal%5D)">A streamlined mass spectrometry-based proteomics workflow for large-scale FFPE tissue analysis.</a> J Pathol. 251 (1), 100-112 (2020).</li>
<li>Makhmut, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+framework+for+ultra-low-input+spatial+tissue+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Syst%22%5BJournal%5D)">A framework for ultra-low-input spatial tissue proteomics.</a> Cell Syst. 14 (11), 1002-1014.e5 (2023).</li>
<li>Shin, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+TUBB2A+by+quantitative+proteomic+analysis+as+a+novel+biomarker+for+the+prediction+of+distant+metastatic+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Identification of TUBB2A by quantitative proteomic analysis as a novel biomarker for the prediction of distant metastatic breast cancer.</a> Clin Proteomics. 17 (1), 16(2020).</li>
<li>Lee, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dual+oxidase+2+%28DUOX2%29+as+a+proteomic+biomarker+for+predicting+treatment+response+to+chemoradiation+therapy+for+locally+advanced+rectal+cancer%3A+using+high-throughput+proteomic+analysis+and+machine+learning+algorithm%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Dual oxidase 2 (DUOX2) as a proteomic biomarker for predicting treatment response to chemoradiation therapy for locally advanced rectal cancer: using high-throughput proteomic analysis and machine learning algorithm.</a> Int J Mol Sci. 23 (21), 12923(2022).</li>
<li>Tüshaus, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Towards+routine+proteome+profiling+of+FFPE+tissue%3A+insights+from+a+1%2C220-case+pan-cancer+study%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D)">Towards routine proteome profiling of FFPE tissue: insights from a 1,220-case pan-cancer study.</a> EMBO J. 44 (1), 304-329 (2024).</li>
<li>Schweizer, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+multiorgan+proteomics+of+fatal+COVID-19+uncovers+tissue-specific+effects+beyond+inflammation%5BTitle%5D)+AND+%22EMBO+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">Quantitative multiorgan proteomics of fatal COVID-19 uncovers tissue-specific effects beyond inflammation.</a> EMBO Mol Med. 15 (9), e17459(2023).</li>
<li>Kobayashi, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+profiling+of+FFPE+specimens%3A+discovery+of+HNRNPA2%2FB1+and+STT3B+as+biomarkers+for+determining+formalin+fixation+durations%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Proteomic profiling of FFPE specimens: discovery of HNRNPA2/B1 and STT3B as biomarkers for determining formalin fixation durations.</a> J Proteomics. 301, 105196(2024).</li>
<li>Kawashima, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-shot+10k+proteome+approach%3A+over+10%2C000+protein+identifications+by+data-independent+acquisition-based+single-shot+proteomics+with+ion+mobility+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Single-shot 10k proteome approach: over 10,000 protein identifications by data-independent acquisition-based single-shot proteomics with ion mobility spectrometry.</a> J Proteome Res. 21 (6), 1418-1427 (2022).</li>
<li>Li, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+prognostic+analysis+of+biomarkers+to+predict+the+progression+of+pancreatic+cancer+patients%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Med%22%5BJournal%5D)">Identification and prognostic analysis of biomarkers to predict the progression of pancreatic cancer patients.</a> Mol Med. 28 (1), 43(2022).</li>
<li>Martinelli, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GATA6+regulates+EMT+and+tumour+dissemination%2C+and+is+a+marker+of+response+to+adjuvant+chemotherapy+in+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Gut%22%5BJournal%5D)">GATA6 regulates EMT and tumour dissemination, and is a marker of response to adjuvant chemotherapy in pancreatic cancer.</a> Gut. 66 (9), 1665-1676 (2017).</li>
<li>Racu, M. -L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Smad4+positive+pancreatic+ductal+adenocarcinomas+are+associated+with+better+outcomes+in+patients+receiving+FOLFIRINOX-based+neoadjuvant+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers%22%5BJournal%5D)">Smad4 positive pancreatic ductal adenocarcinomas are associated with better outcomes in patients receiving FOLFIRINOX-based neoadjuvant therapy.</a> Cancers. 15 (15), 3765(2023).</li>
<li>Roy, L. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MUC1+enhances+invasiveness+of+pancreatic+cancer+cells+by+inducing+epithelial+to+mesenchymal+transition%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">MUC1 enhances invasiveness of pancreatic cancer cells by inducing epithelial to mesenchymal transition.</a> Oncogene. 30 (12), 1449-1459 (2011).</li>
<li>Shi, H., Tsang, Y., Yang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+CEACAM5+as+a+stemness-related+inhibitory+immune+checkpoint+in+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Cancer%22%5BJournal%5D)">Identification of CEACAM5 as a stemness-related inhibitory immune checkpoint in pancreatic cancer.</a> BMC Cancer. 22 (1), 1291(2022).</li>
<li>Waters, A. M., Der, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((KRAS%3A+the+critical+driver+and+therapeutic+target+for+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cold+Spring+Harb+Perspect+Med%22%5BJournal%5D)">KRAS: the critical driver and therapeutic target for pancreatic cancer.</a> Cold Spring Harb Perspect Med. 8 (9), a031435(2018).</li>
<li>Yao, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glypican-3+and+KRT19+are+markers+associating+with+metastasis+and+poor+prognosis+of+pancreatic+ductal+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Biomark%22%5BJournal%5D)">Glypican-3 and KRT19 are markers associating with metastasis and poor prognosis of pancreatic ductal adenocarcinoma.</a> Cancer Biomark. 17 (4), 397-404 (2016).</li>
<li>Zhan, L., Chen, L., Chen, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Knockdown+of+FUT3+disrupts+the+proliferation%2C+migration%2C+tumorigenesis+and+TGF%CE%B2+induced+EMT+in+pancreatic+cancer+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Oncol+Lett%22%5BJournal%5D)">Knockdown of FUT3 disrupts the proliferation, migration, tumorigenesis and TGFβ induced EMT in pancreatic cancer cells.</a> Oncol Lett. 16 (1), 924-930 (2018).</li>
<li>Frohlich, K., Furrer, R., Schori, C., Handschin, C., Schmidt, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Robust%2C+precise%2C+and+deep+proteome+profiling+using+a+small+mass+range+and+narrow+window+data-independent-acquisition+scheme%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Robust, precise, and deep proteome profiling using a small mass range and narrow window data-independent-acquisition scheme.</a> J Proteome Res. 23 (3), 1028-1038 (2024).</li>
<li>Li, K. W., Gonzalez-Lozano, M. A., Koopmans, F., Smit, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+developments+in+data+independent+acquisition+%28DIA%29+mass+spectrometry%3A+application+of+quantitative+analysis+of+the+brain+proteome%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mol+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Recent developments in data independent acquisition (DIA) mass spectrometry: application of quantitative analysis of the brain proteome.</a> Front Mol Neurosci. 13, 564446(2020).</li>
<li>Searle, B. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatogram+libraries+improve+peptide+detection+and+quantification+by+data+independent+acquisition+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Chromatogram libraries improve peptide detection and quantification by data independent acquisition mass spectrometry.</a> Nat Commun. 9 (1), 5128(2018).</li>
<li>Prakash, J., Shaked, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+interplay+between+extracellular+matrix+remodeling+and+cancer+therapeutics%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">The interplay between extracellular matrix remodeling and cancer therapeutics.</a> Cancer Discov. 14 (8), 1375-1388 (2024).</li>
<li>Perez, V. M., Kearney, J. F., Yeh, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+PDAC+extracellular+matrix%3A+a+review+of+the+ECM+protein+composition%2C+tumor+cell+interaction%2C+and+therapeutic+strategies%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Oncol%22%5BJournal%5D)">The PDAC extracellular matrix: a review of the ECM protein composition, tumor cell interaction, and therapeutic strategies.</a> Front Oncol. 11, 751311(2021).</li>
<li>Ferrara, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+extracellular+matrix+in+pancreatic+cancer%3A+description+of+a+complex+network+and+promising+therapeutic+options%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers%22%5BJournal%5D)">The extracellular matrix in pancreatic cancer: description of a complex network and promising therapeutic options.</a> Cancers. 13 (17), 4442(2021).</li>
<li>Weniger, M., Honselmann, K. C., Liss, A. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+extracellular+matrix+and+pancreatic+cancer%3A+a+complex+relationship%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers%22%5BJournal%5D)">The extracellular matrix and pancreatic cancer: a complex relationship.</a> Cancers. 10 (9), 316(2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0,1 % d’AF dans l’ACN (grade LC-MS)</td><td>Fisher Chemical</td><td>LS120-212</td><td></td></tr><tr><td>0,1 % d’AF dans l’eau (grade LC-MS)</td><td>Fisher Chemical</td><td>LS118-4</td><td></td></tr><tr><td>0,5 M TCEP</td><td>Thermo Scientific</td><td>77720</td><td></td></tr><tr><td>10 % SDS</td><td>Invitrogen</td><td>2679093</td><td></td></tr><tr><td>1M TEAB (pH 8,5)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>102545001</td><td></td></tr><tr><td>1M Tris-cl (pH 8,5)</td><td>BIOSOLUTION</td><td>BTO21</td><td></td></tr><tr><td>A-14C</td><td>centrifugeuse Satorious</td><td>167709</td><td></td></tr><tr><td>Acétone (grade HPLC)</td><td>Fisher Scientific</td><td>A949-4</td><td></td></tr><tr><td>ACN (grade HPLC)</td><td>J.T.Baker</td><td>9017-88</td><td></td></tr><tr><td>CHCl3 (grade HPLC)</td><td>Thermo Scientific</td><td>022920.k2</td><td></td></tr><tr><td>CR papier</td><td>ADVANTEC</td><td>70406001</td><td></td></tr><tr><td>DIA-NN ver 1.9&nbsp ;</td><td>Open source&nbsp ;</td><td>https://github.com/vdemichev/DiaNN</td><td>Moteur de recherche de protéomique&nbsp ;</td></tr><tr><td>Lecteur de microplaques EPOCH2</td><td>Agilent&nbsp ;</td><td></td><td></td>2106208</tr><tr><td>Éthanol</td><td>MERCK</td><td>K50505283 836</td><td></td></tr><tr><td>FA (GRADE LC-MS)</td><td>Fisher Chemical</td><td>A117-50</td><td></td></tr><tr><td>Analyse de la voie de l’ingéniosité (IPA)</td><td>QIAGEN</td><td>830018</td><td>Outil bioinformatique</td></tr><tr><td>Lyophilisateur (SRF110R+piège à vapoteur)</td><td>Thermo Scientific</td><td>SRF-110-115</td><td></td></tr><tr><td>MeOH (grade HPLC)</td><td>MERCK</td><td>UN1230</td><td></td></tr><tr><td>Microplaque BCA protein Kit de dosage-Agent réducteur Compatible</td><td>Thermo Scientific</td><td>23252</td><td></td></tr><tr><td>MSConvert&nbsp ;</td><td>Open source&nbsp ;</td><td>http://proteowizard.sourceforge.net/tools.shtml</td><td>Logiciel de transformation de données MS</td></tr><tr><td>Orbitrap Exploris 480</td><td>Thermo Scientific</td><td>MA10813C</td><td>MS</td></tr><tr><td>PepMAP RSLC C18 colonne de séparation&nbsp ;</td><td>Thermo Scientific</td><td>ES903</td><td></td></tr><tr><td>Perseus</td><td>Open source</td><td>https://cox-labs.github.io/coxdocs/perseus_instructions.html</td><td>Outil statistique</td></tr><tr><td>PIERCE chloroacétamide No-Weigh Format</td><td>Thermo Scientific</td><td>A39270</td><td></td></tr><tr><td>PIERCE Peptide colorimétrique quantitatif Thermo</td><td>Scientific</td><td>23275</td><td></td></tr><tr><td>Agitateur de plaques&nbsp ;</td><td>Vert SSeriker</td><td>VS-202D</td><td></td></tr><tr><td>Sonde sonicateur</td><td>VibraCellTM</td><td>VCX750</td><td></td></tr><tr><td>Protein LoBind Tube 1,5 mL</td><td>Eppendorf</td><td>22431081</td><td></td></tr><tr><td>QSP 10 &micro ; L Pointe de pipette</td><td>Thermo Scientific</td><td>TLR102RS-Q</td><td></td></tr><tr><td>QSP 300 &micro ; L Pointe de pipette</td><td>Thermo Scientific</td><td>TLR106RS-Q</td><td></td></tr><tr><td>Scalpel</td><td>Bard-Parker</td><td>372615</td><td></td></tr><tr><td>S-Trap : Rapid Universal MS sample Prep</td><td>PROTIFI</td><td>CO2-mini-40</td><td></td></tr><tr><td>SureSTART Vial 0.2 mL</td><td>Thermo Scientific</td><td>6pk1655</td><td></td></tr><tr><td>TFA</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>102614284</td><td></td></tr><tr><td>ThermoMixer C</td><td>Eppendorf</td><td>5382</td><td></td></tr><tr><td>Trypsine/Lys-C (grade LC-MS)</td><td>Promega</td><td>V5073</td><td></td></tr><tr><td>Vanquish NEO</td><td>Thermo Scientific</td><td>8348249</td><td>LC</td></tr><tr><td>Water (grade HPLC)</td><td>Honeywell</td><td>AH365-4</td><td></td></tr><tr><td>Xcalibur ver 4.7</td><td>Thermo Scientific</td><td>30966</td><td>MS logiciel d’acquisition de données</td></tr><tr><td>Xylene</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>102033629</td><td></td></tr></tbody></table>

une approche simplifiée pour la protéomique basée sur la spectrométrie de masse à l’aide de régions tissulaires sélectionnées

A Streamlined Approach for Mass Spectrometry-Based Proteomics Using Selected Tissue Regions

La préparation d’échantillons protéomique basée sur un filtre de piégeage en suspension établie, combinée à une quantification sans marquage à l’aide d’une acquisition indépendante des données en une seule injection, a été appliquée à des tissus pancréatiques kystiques FFPE (Figure 1). Une isolation précise du retour sur investissement pendant le traitement des tissus FFPE a été obtenue sur différents tissus FFPE kystiques pancréatiques (Figure 2A), ce qui a per...

Une approche simplifiée pour la protéomique basée sur la spectrométrie de masse à l’aide de régions tissulaires sélectionnées

Mass spectrometry (MS)-based proteomics enables comprehensive proteome analysis across a wide range of biological samples, including cells, tissues, and ...

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Des analyses approfondies des protéomes de cellules cancéreuses facilitent l’identification de nouvelles cibles médicamenteuses et de biomarqueurs diagnostiques. Nous décrivons un flux de travail expérimental pour l’analyse quantitative des (phospho-)protéomes dans des sous-populations de cellules cancéreuses dérivées de tumeurs liquides et solides. Ceci est réalisé en combinant des stratégies d’enrichissement cellulaire avec la spectrométrie de masse quantitative basée sur Super-SILAC.

Spectrométrie de masse quantitative de profilage Protéomes Cancer-cellulaires dérivées de liquide et de tumeurs solides

Nous présentons un protocole visant à quantifier avec précision les protéines avec étiquetage isobare, vaste fractionnement, outils bioinformatiques et mesures de contrôle de la qualité en combinaison avec la chromatographie liquide couplée à un spectromètre de masse à haute résolution.

Profilage de Proteome profonde en étiquetage isobare, vaste chromatographie en phase liquide, spectrométrie de masse et Quantification assistée par logiciel

Nous présentons ici une électrophorèse bidimensionnelle (2DE) couplée à la spectrométrie de masse (MS) pour séparer et identifier le protéome de tissus Adénome hypophysaire humaine, qui présente un motif de 2DE bon et reproductible. Plusieurs protéines sont observées dans chaque endroit de 2DE lors de l’analyse complexe cancer proteome avec l’utilisation de MS de haute sensibilité.

Électrophorèse bidimensionnelle, couplée avec des méthodes de spectrométrie de masse pour l’analyse du protéome de tissus Adénome hypophysaire humaine

Nous présentons un protocole d’étiquetage optimisé de l’étiquette de masse en tandem (TMT) qui comprend des informations détaillées pour chacune des étapes suivantes : extraction de protéines, quantification, précipitations, digestion, étiquetage, soumission à une installation de protéomique et analyses de données.

Préparation de l’échantillon TMT pour la soumission des installations de protéomique et l’analyse subséquente des données

Le protocole décrit fournit une analyse protéomique quantitative optimisée des échantillons de tissus à l’aide de deux approches : la quantification basée sur l’étiquette et la quantification sans étiquette. Les approches basées sur l’étiquette ont l’avantage d’une quantification plus précise des protéines, tandis qu’une approche sans étiquette est plus rentable et utilisée pour analyser des centaines d’échantillons d’une cohorte.

Flux de travail complet de protéomique des échantillons de tissus basée sur la spectrométrie de masse

Le protocole vise à introduire l’utilisation d’un spectromètre de masse triple quadripolaire pour la surveillance des réactions multiples (MRM) des protéines provenant d’échantillons cliniques. Nous avons fourni un flux de travail systématique allant de la préparation des échantillons à l’analyse des données pour les échantillons cliniques avec toutes les précautions nécessaires à prendre.

Flux de travail protéomique quantitative utilisant la détection basée sur la surveillance des réactions multiples des protéines du tissu cérébral humain

La méthylation de l’arginine (R) est une modification post-traductionnelle généralisée régulant de multiples voies biologiques. La spectrométrie de masse est la meilleure technologie pour établir le profil global du R-méthyl-protéome, lorsqu’elle est couplée à des approches biochimiques pour l’enrichissement peptidique modifié. Le flux de travail conçu pour l’identification à haut niveau de confiance de la R-méthylation globale dans les cellules humaines est décrit ici.

Une approche protéomique basée sur la spectrométrie de masse pour l’analyse globale et à haut niveau de confiance de la R-méthylation des protéines

Les sphingolipides sont des métabolites bioactifs dont le rôle dans les maladies humaines est bien établi. La caractérisation des altérations dans les tissus par spectrométrie de masse peut révéler des rôles dans l’étiologie de la maladie ou identifier des cibles thérapeutiques. Cependant, le composé OCT utilisé pour la cryoconservation dans les dépôts biologiques interfère avec la spectrométrie de masse. Nous décrivons des méthodes pour analyser les sphingolipides dans les tissus humains...

Préparation de tissus humains incorporés dans un composé à température de coupe optimale pour analyse par spectrométrie de masse

Les données protéomiques basées sur la spectrométrie de masse sont disponibles dans des bases de données ouvertes et accessibles à l’aide d’outils gratuits. Compte tenu de la complexité des recherches et des descriptions dans les bases de données, de nombreux biologistes n’ont pas les connaissances nécessaires pour utiliser ces ensembles de données. Nous vous proposons ici un guide sur l’utilisation d’outils gratuits pour les recherches de données protéomiques de base.

Naviguer dans les données protéomiques basées sur la spectrométrie de masse à l’aide d’outils de calcul gratuits

flexibilité conformationnelle joue un rôle essentiel dans la fonction des protéines. Nous décrivons ici l'utilisation de la spectrométrie de masse à ionisation par électronébulisation couplée à l'échange hydrogène-deutérium résolue dans le temps pour sonder les changements structurels rapides qui favorisent la fonction des protéines ordonné et désordonné.

Résolue en temps d&#39;échange hydrogène Ionisation ElectroSpray-deuterium spectrométrie de masse pour l&#39;étude de la structure des protéines et dynamique

Découvrez une méthode simplifiée de protéomique par spectrométrie de masse pour analyser des régions tissulaires spécifiques sur échantillons FFPE. Cette approche optimise la préparation des échantillons et la digestion protéique pour améliorer la couverture et la fiabilité des analyses protéomiques spatiales.

Une approche simplifiée pour la protéomique basée sur la spectrométrie de masse à l’aide de régions tissulaires sélectionnées

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