Extraction d’ADN basée sur la matrice pour un séquençage ciblé de nouvelle génération sur des échantillons d’expectorations décontaminés

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6 juin 2025

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Jennifer Williams^*¹ , Janré Steyn^*¹ , Emilyn Costa Conceição^*¹ , Felicia Bernita Wells¹ , Melanie Grobbelaar¹ , Nabila Ismail¹ , Yonas Ghebrekristos¹^,² , Christoffel Johannes Opperman¹^,²^,³^,⁴ , Sarishna Singh¹^,² , Jason Limberis⁵ , Fahd Naufal⁵ , Brendon Coenrad Mann¹ , Rebecca E. Colman⁶^,⁷ , Timothy Rodwell^*⁶^,⁷ , Robin Mark Warren^*¹ , John Z. Metcalfe^*⁵

¹Division of Molecular Biology and Human Genetics, SAMRC Centre for TB Research, DSI-NRF Centre of Excellence for Biomedical TB Research, Department of Biomedical Sciences, Faculty of Medicine and Health Sciences, Stellenbosch University, ²National Health Laboratory Service, Green Point Tuberculosis Laboratory, ³Division of Medical Microbiology, Department of Pathology, University of Cape Town, ⁴Division of Medical Microbiology, Department of Pathology, University of Cape Town, ⁵Division of Pulmonary and Critical Care Medicine, Zuckerberg San Francisco General Hospital and Trauma Centre, University of California, San Francisco, ⁶Department of Medicine, University of California, San Diego, School of Medicine, ⁷Foundation for Innovative New Diagnostics (FIND), Campus Biotech

^* These authors contributed equally

Nous présentons une méthode optimisée pour l’extraction de l’ADN à partir d’expectorations décontaminées à l’aide d’une méthode d’extraction matricielle combinée à une purification par billes magnétiques pour le séquençage ciblé de nouvelle génération de Mycobacterium tuberculosis en aval.