Name: Échantillonnage environnemental des microbes photosynthétiques et de leurs virus : du champ au laboratoire (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-07-03T14:30:00.000+00:00
Duration: 8 min 1 s
Description: Découvrez les méthodes d'échantillonnage environnemental pour isoler les cyanophages et leurs hôtes photosynthétiques en utilisant le séquençage à haut débit et la microscopie électronique. Ces techniques avancées permettent de caractériser les dynamiques virus-hôte et de développer des modèles prédictifs en écologie virale.

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<ol><li>Zhang, D., You, F., He, Y., Te, S. H., Gin, K. Y. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+characterization+of+the+first+freshwater+cyanophage+infecting+Pseudanabaena%5BTitle%5D)+AND+%22J+Virol%22%5BJournal%5D)">Isolation and characterization of the first freshwater cyanophage infecting Pseudanabaena.</a> J Virol. 94 (17), 10-1128 (2020).</li>
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<li>Hour, S., Pierce, A. J., Heng, S. Y., Plymale, R., Ceballos, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantifying+Resilience+in+Single-Host%2FSingle-Virus+Infections%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Quantifying Resilience in Single-Host/Single-Virus Infections.</a> Appl Microbiol. 5 (1), 18(2025).</li>
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<li>Rippka, R., Deruelles, J., Waterbury, J. B., Herdman, M., Stanier, R. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Generic+assignments%2C+strain+histories+and+properties+of+pure+cultures+of+cyanobacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology%22%5BJournal%5D)">Generic assignments, strain histories and properties of pure cultures of cyanobacteria.</a> Microbiology. 111 (1), 1-61 (1979).</li>
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<li>Noroozi, M., Amozegar, M. A., Rahimi, R., Shahzadeh Fazeli, S. A., Bakhshi Khaniki, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+isolation+and+preliminary+characterization+of+native+cyanobacterial+and+microalgal+strains+from+lagoons+contaminated+with+petroleum+oil+in+Khark+Island%5BTitle%5D)+AND+%22Biol+J+Microorg%22%5BJournal%5D)">The isolation and preliminary characterization of native cyanobacterial and microalgal strains from lagoons contaminated with petroleum oil in Khark Island.</a> Biol J Microorg. 5 (20), 33-41 (2017).</li>
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<li>Marei, E. M., Elbaz, R., Hammad, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Induction+of+temperate+cyanophages+using+heavy+metal-copper%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Microbiol+Res+Rev%22%5BJournal%5D)">Induction of temperate cyanophages using heavy metal-copper.</a> Int J Microbiol Res Rev. 5 (5), 472(2013).</li>
<li>Bratchkova, A., Kroumov, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microalgae+as+producers+of+biologically+active+compounds+with+antibacterial%2C+antiviral%2C+antifungal%2C+antialgal%2C+antiprotozoal%2C+antiparasitic+and+anticancer+activity%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Microbiol+Bulgarica%22%5BJournal%5D)">Microalgae as producers of biologically active compounds with antibacterial, antiviral, antifungal, antialgal, antiprotozoal, antiparasitic and anticancer activity.</a> Acta Microbiol Bulgarica. 36 (3), 79-89 (2020).</li>
<li>Storms, Z. J., Teel, M. R., Mercurio, K., Sauvageau, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+virulence+index%3A+a+metric+for+quantitative+analysis+of+phage+virulence%5BTitle%5D)+AND+%22Phage%22%5BJournal%5D)">The virulence index: a metric for quantitative analysis of phage virulence.</a> Phage. 1 (1), 27-36 (2020).</li>
<li>Omata, T., Murata, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+characterization+of+three+types+of+membranes+from+the+cyanobacterium+%28blue-green+alga%29+Synechocystis+PCC+6714%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Isolation and characterization of three types of membranes from the cyanobacterium (blue-green alga) Synechocystis PCC 6714.</a> Arch Microbiol. 139, 113-116 (1984).</li>
<li>Wilson, W. H., Joint, I. R., Carr, N. G., Mann, N. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+molecular+characterization+of+five+marine+cyanophages+propagated+on+Synechococcus+sp.+strain+WH7803%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Isolation and molecular characterization of five marine cyanophages propagated on Synechococcus sp. strain WH7803.</a> Appl Environ Microbiol. 59 (11), 3736-3743 (1993).</li>
<li>Grasso, C. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+review+of+cyanophage-host+relationships%3A+Highlighting+cyanophages+as+a+potential+cyanobacteria+control+strategy%5BTitle%5D)+AND+%22Toxins%22%5BJournal%5D)">A review of cyanophage-host relationships: Highlighting cyanophages as a potential cyanobacteria control strategy.</a> Toxins. 14 (6), 385(2022).</li>
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<li>Cai, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Abundant+and+cosmopolitan+lineage+of+cyanopodoviruses+lacking+a+DNA+polymerase+gene%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+J%22%5BJournal%5D)">Abundant and cosmopolitan lineage of cyanopodoviruses lacking a DNA polymerase gene.</a> ISME J. 17 (2), 252-262 (2023).</li>
<li>Komárek, J., Kaštovský, J., Mareš, J., Johansen, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Taxonomic+classification+of+cyanoprokaryotes+%28cyanobacterial+genera%29+2014%2C+using+a+polyphasic+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Preslia%22%5BJournal%5D)">Taxonomic classification of cyanoprokaryotes (cyanobacterial genera) 2014, using a polyphasic approach.</a> Preslia. 86 (4), 295-335 (2014).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Pompe de transfert en acier inoxydable 1 hp&nbsp ;</td><td>Utilitech, Charlotte, Caroline du Nord, États-Unis</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Tubes de 1,5 ml</td><td>www.eppendorf.com</td><td>30123611</td><td></td></tr><tr><td>Concentrateur de spin 10K NMWL Centricon Plus 70&nbsp ;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>UFC701008</td><td></td></tr><tr><td>250 mL de flacons Erlenmeyer à chicanes</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>CLS4450250</td><td></td></tr><tr><td>Générateur Inverter 3800 watts&nbsp ;</td><td>WEN Products, West Dundee, IL, États-Unis</td><td>WEN 56380i</td><td></td></tr><tr><td>3K NMWL Amicon 15 mL&nbsp ;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>UFC800308</td><td></td></tr><tr><td>Fioles Erlenmeyer à chicanes de 500 mL</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>CLS4450500</td><td></td></tr><tr><td>Carabines d’eau de 5 gallons&nbsp ;</td><td>www.homedepot.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>80 pieds de long, 0,5 po diamètre, nylon&nbsp ;</td><td>https://facomex.mx/producto/combo/</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Un Sailfish 2660 à console centrale en V de 26 pieds de profondeur avec deux moteurs hors-bord Yamaha de 150 ch.</td><td>https://yamahaoutboards.com/</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Acétate d’ammonium (CH3CO2NH4)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>631618</td><td></td></tr><tr><td>Acide borique (H3BO3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10043353</td><td></td></tr><tr><td>Chlorure de calcium dihydraté (CaCl2. 2H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10035048</td><td></td></tr><tr><td>Centrifugeuse 5920&nbsp ; R</td><td>www.eppendorf.com</td><td>5948000107</td><td></td></tr><tr><td>Acide citrique (C6H8O7)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>77929</td><td></td></tr><tr><td>Nitrate de cobalt(II) hexahydraté [Co(NO3)2.6H2O]</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10026229</td><td></td></tr><tr><td>Tuyau flexible en caoutchouc résistant à l’effondrement&nbsp ;</td><td>swanhose.com</td><td>CELTF58050</td><td></td></tr><tr><td>Sulfate de cuivre(II) pentahydraté (CuSO4.5H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7758998</td><td></td></tr><tr><td>Tubes à centrifuger Corning 50 mL</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>CLS430291</td><td></td></tr><tr><td>Phosphate dipotassique (K2HPO4)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7758114</td><td></td></tr><tr><td>Acide éthylènediaminetétraacétique disodique (Na2EDTA)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>6381926</td><td></td></tr><tr><td>DS-11 FX+_Microvolume et spectrophotomètre et floromètre</td><td>www.denovix.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Ruban adhésif&nbsp ;</td><td>www.homedepot.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Tubes Eppendorf</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>EP022364120</td><td></td></tr><tr><td>Éthanol</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>64175</td><td></td></tr><tr><td>Acide éthylènediaminetétraacétique (EDTA)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>60004</td><td></td></tr><tr><td>Citrate d’ammonium ferrique (C6H8O7&middot ; xFe3+&middot ; yNH3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>1185575</td><td></td></tr><tr><td>Tube en PVC bleu Flex-plus&nbsp ;</td><td>www.carlonsales.com</td><td>12008-750</td><td></td></tr><tr><td>Innova S44i - Agitateur d’incubateur empilable</td><td>www.eppendorf.com</td><td>2231001081</td><td></td></tr><tr><td>LVEM5 Microscope électronique Microscope_Transmission électronique (MET) de paillasse</td><td>delongamerica.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Sulfate de magnésium heptahydraté (MgSO4.7 H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10034998</td><td></td></tr><tr><td>Chlorure de manganèse(II) tétrahydraté (MnCl2.4H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>13446349</td><td></td></tr><tr><td>Mushroom Anchor noir enduit de vinyle / 30 lbs</td><td>www.homedepot.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Boîtes de Pétri en polystyrène</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>Réf. P5481</td><td></td></tr><tr><td>Coupelle filtrante à membrane en polyéthersulfone (PES) de 0,22 mm</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>Z358193-1CS</td><td></td></tr><tr><td>Coupelle filtrante à membrane en polyéthersulfone (PES) de 0,45 mm</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>Z370622-1CS</td><td></td></tr><tr><td>Xanthogénate d’éthyle de potassium (C2H5OCSSK)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>140896</td><td></td></tr><tr><td>Carbonate de sodium (Na2CO3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>497198</td><td></td></tr><tr><td>Dodécylsulfate de sodium [CH3(CH2)11OSO3Na]</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>151213</td><td></td></tr><tr><td>Molybdate de sodium dihydraté (Na2MoO4.2H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>10102406</td><td></td></tr><tr><td>Nitrate de sodium (NaNO3)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7631994</td><td></td></tr><tr><td>Tris(hydroxyméthyl)méthyl]-2-aminoéthanesulfonique aci (TES) (C6H15NO6S)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7365448</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100&nbsp ;</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>Réf. T8787</td><td></td></tr><tr><td>Chlorhydrate de Trizma (Tris-HCl)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>1185531</td><td></td></tr><tr><td>Pompe à vide/pression</td><td>Cole-Parmer ; Vernon Hills, IL, États-Unis</td><td>EW-79204-00</td><td></td></tr><tr><td>Tubes en vinyle&nbsp ;</td><td>www.homedepot.com</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Sulfate de zinc heptahydraté (ZnSO4.7H2O)</td><td>www.sigmaaldrich.com</td><td>7446200</td><td></td></tr></tbody></table>

Échantillonnage environnemental des microbes photosynthétiques et de leurs virus : du champ au laboratoire

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Un projet de science citoyenne a été conçu pour recruter des résidents de San Diego afin de recueillir des échantillons environnementaux pour le SARS-CoV-2. Une plate-forme Web multilingue a été créée pour la soumission de données à l’aide d’une interface conviviale pour les appareils mobiles. Un système de gestion de l’information de laboratoire a facilité la collecte de milliers d’échantillons géographiquement diversifiés grâce au suivi des résultats en temps réel.

Écouvillonner l’environnement urbain - Un pipeline pour l’échantillonnage et la détection du SARS-CoV-2 dans les réservoirs environnementaux

Cette publication décrit la conception de photobioréacteurs de laboratoire (PBR) avec des régimes lumineux personnalisables. La croissance des cyanobactéries ou des microalgues, utilisant le bicarbonate comme source de carbone, est surveillée en permanence en mesurant la production volumétrique d’oxygène. Ces PBR facilitent des comparaisons rapides et répliquées de la croissance en laboratoire avec peu d’intervention de l’utilisateur pendant les expériences.

Fonctionnement de photobioréacteurs de laboratoire avec mesures de croissance en ligne et régimes de lumière personnalisables

La concentration de virus à partir d’échantillons d’eau et d’eaux usées dans l’environnement est une tâche difficile, effectuée principalement pour l’identification et la quantification des virus. Bien que plusieurs méthodes de concentration virale aient été développées et testées, nous démontrons ici l’efficacité de l’ultrafiltration et de la floculation du lait écrémé pour les virus à ARN avec différents types d’échantillons.

Concentration de particules virales provenant d’échantillons d’eau et d’eaux usées prélevés dans l’environnement par floculation et ultrafiltration du lait écrémé

Des formes fiables et précises d’analyse ADN déployable sur le terrain sont cruciales pour de nombreux secteurs. Cet article propose deux méthodes d’analyse microbienne environnementale sur le terrain : 1) l’isolement de l’ADN microbien à partir d’échantillons environnementaux à l’aide d’un kit d’extraction biologique sur le terrain, et 2) l’analyse de l’ADN via l’unité qPCR de champ.

Analyse de l’ADN microbien sur le terrain à l’aide d’un kit d’extraction biologique et d’une unité qPCR de terrain

Cette vidéo illustre la technique d'extraction d'ADN à partir des espèces de microbes réside dans l'intestin postérieur des termites. La préparation d'une lame de montage humide, ce qui est utile pour visualiser la communauté microbienne intestinale est également illustré, et une tournée à travers les riches en espèces environnement intestinal est donné.

Extraction d&#39;ADN de l&#39;microbes de l&#39;intestin des termites (Zootermopsis Angusticollis) et Visualisation microbes de l&#39;intestin

Cette vidéo documente les méthodes de collecte des échantillons d'eau côtiers marins et à leur traitement pour diverses applications en aval y compris la concentration de la biomasse, la purification d'acides nucléiques, l'abondance des cellules, des nutriments et des analyses de gaz de trace.

L&#39;échantillonnage d&#39;eau de mer et de Collection

Découvrez les méthodes d'échantillonnage environnemental pour isoler les cyanophages et leurs hôtes photosynthétiques en utilisant le séquençage à haut débit et la microscopie électronique. Ces techniques avancées permettent de caractériser les dynamiques virus-hôte et de développer des modèles prédictifs en écologie virale.

Échantillonnage environnemental des microbes photosynthétiques et de leurs virus : du champ au laboratoire

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