Name: Guide par étapes pour l’isolement et l’analyse de la surface des feuilles et de l’ARN apoplasique à l’aide de rosettes d’Arabidopsis (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-08T13:50:00.000+00:00
Duration: 9 min 56 s
Description: Découvrez une méthode d'isolement de l'ARN extracellulaire à la surface foliaire et dans l'apoplasme d'Arabidopsis. Cette approche combine l'électrophorèse shell haute résolution et l'analyse Illumina pour étudier les ARN sous stress biotique.

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<ol><li>Vorholt, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+life+in+the+phyllosphere%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Microbial life in the phyllosphere.</a> Nat Rev Microbiol. 10 (12), 828-840 (2012).</li>
<li>Ritpitakphong, U., Falquet, L., Vimoltust, A., Berger, A., M'etraux, J., L'Haridon, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+microbiome+of+the+leaf+surface+of+Arabidopsis+protects+against+a+fungal+pathogen%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">The microbiome of the leaf surface of Arabidopsis protects against a fungal pathogen.</a> New Phytol. 210 (3), 1033-1043 (2016).</li>
<li>Chaudhry, V., Runge, P., Sengupta, P., Doehlemann, G., Parker, J. E., Kemen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shaping+the+leaf+microbiota%3A+plant-microbe-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Shaping the leaf microbiota: plant-microbe-microbe interactions.</a> J Exp Bot. 72 (1), 36-56 (2021).</li>
<li>Vacher, C., Hampe, A., Port'e, A. J., Sauer, U., Compant, S., Morris, C. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+phyllosphere%3A+microbial+jungle+at+the+plant-climate+interface%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Rev+Ecol+Evol+Syst%22%5BJournal%5D)">The phyllosphere: microbial jungle at the plant-climate interface.</a> Ann Rev Ecol Evol Syst. 47, 1-24 (2016).</li>
<li>Mahmoudi, M., Almario, J., Lutap, K., Nieselt, K., Kemen, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+communities+living+inside+plant+leaves+or+on+the+leaf+surface+are+differently+shaped+by+environmental+cues%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+Commun%22%5BJournal%5D)">Microbial communities living inside plant leaves or on the leaf surface are differently shaped by environmental cues.</a> ISME Commun. 4 (1), ycae103(2024).</li>
<li>Borniego, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diverse+plant+RNAs+coat+Arabidopsis+leaves+and+are+distinct+from+apoplastic+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Diverse plant RNAs coat Arabidopsis leaves and are distinct from apoplastic RNAs.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 122 (1), e2409090121(2025).</li>
<li>Ren, B., Wang, X., Duan, J., Ma, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rhizobial+tRNA-derived+small+RNAs+are+signal+molecules+regulating+plant+nodulation%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Rhizobial tRNA-derived small RNAs are signal molecules regulating plant nodulation.</a> Science. 365 (6456), 919-922 (2019).</li>
<li>Chery, M., Drouard, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+tRNA+functions+beyond+their+major+role+in+translation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Plant tRNA functions beyond their major role in translation.</a> J Exp Bot. 74 (7), 2352-2363 (2022).</li>
<li>Panstruga, R., Spanu, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transfer+RNA+and+ribosomal+RNA+fragments-Emerging+players+in+plant-microbe+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">Transfer RNA and ribosomal RNA fragments-Emerging players in plant-microbe interactions.</a> New Phytol. 241 (2), 567-577 (2024).</li>
<li>Baldrich, P., Rutter, B. D., Karimi, H. Z., Podicheti, R., Meyers, B. C., Innes, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Plant+extracellular+vesicles+contain+diverse+small+RNA+species+and+are+enriched+in+10-+to+17-nucleotide+%26%2334%3BTiny%26%2334%3B+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">Plant extracellular vesicles contain diverse small RNA species and are enriched in 10- to 17-nucleotide &#34;Tiny&#34; RNAs.</a> Plant Cell. 31 (2), 315-324 (2019).</li>
<li>Rutter, B. D., Rutter, K. L., Innes, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+and+quantification+of+plant+extracellular+vesicles%5BTitle%5D)+AND+%22Bio+Protoc%22%5BJournal%5D)">Isolation and quantification of plant extracellular vesicles.</a> Bio Protoc. 7 (17), e2533(2017).</li>
<li>Zhang, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((OsHSD1%2C+a+hydroxysteroid+dehydrogenase%2C+is+involved+in+cuticle+formation+and+lipid+homeostasis+in+rice%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Sci%22%5BJournal%5D)">OsHSD1, a hydroxysteroid dehydrogenase, is involved in cuticle formation and lipid homeostasis in rice.</a> Plant Sci. 249, 35-45 (2016).</li>
<li>Zhou, L., Ni, E., Yang, J., Zhou, H., Liang, H., Li, J., Jiang, D., Wang, Z., Liu, Z., Zhuang, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rice+OsGL1-6+is+involved+in+leaf+cuticular+wax+accumulation+and+drought+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Rice OsGL1-6 is involved in leaf cuticular wax accumulation and drought resistance.</a> PLoS One. 8 (5), e65139(2013).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>14-30 nt marqueur d’échelle ssRNA</td><td>Takara</td><td>3416</td><td></td></tr><tr><td>Tubes de microcentrifugation de 1,5 mL</td><td>VWR</td><td>20170-038</td><td></td></tr><tr><td>Seringue sans aiguille de 10 ml</td><td>BD</td><td>303347</td><td></td></tr><tr><td>Tubes Falcon de 15 mL</td><td>VWR</td><td>89039-668</td><td></td></tr><tr><td>15 % Mini-PROTEAN TBE-Urea Gel, 10 puits/12 puits, 30 & micro ; L/20 et micro ; L</td><td>Bio-Rad</td><td>4566053 / 4566055</td><td></td></tr><tr><td>Inserts de plateau à 36 cellules</td><td>Marché des vraies feuilles</td><td></td><td></td></tr><tr><td>solution d’acrylamide à 40 % et de bis-acrylamide, 37,5:1</td><td>Bio-Rad</td><td>1610148</td><td></td></tr><tr><td>Pots ronds de 4 pouces</td><td>Marché des vraies feuilles</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tubes Falcon de 50 mL</td><td>VWR</td><td>89039-656</td><td></td></tr><tr><td>Seringue sans aiguille de 50 ml</td><td>BD</td><td>309653</td><td></td></tr><tr><td>Plaque à 96 puits fond noir</td><td>Grenier</td><td>655090</td><td></td></tr><tr><td>Acrodisc 0,22 &mu ; Filtre à seringue M</td><td>Drap mortuaire</td><td>4192</td><td></td></tr><tr><td>Acrodisque 0,45 &mu ; Filtre à seringue M</td><td>Drap mortuaire</td><td>4454</td><td></td></tr><tr><td>Persulfate d’ammonium (APS)&nbsp ;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A3678</td><td></td></tr><tr><td>Chlorure de calcium&nbsp ;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Réf. C1016</td><td></td></tr><tr><td>Chloroforme (sans RNase)</td><td>Macron Chimie fine</td><td>MK444110</td><td></td></tr><tr><td>Dômes en plastique transparent</td><td>Hummert International</td><td>11 3348</td><td>N’importe quel dôme en plastique peut être utilisé pour couvrir les plantes et maintenir l’humidité</td></tr><tr><td>Bâton à embout de coton de qualité médicale</td><td>Uline</td><td>Réf. S-21102</td><td></td></tr><tr><td>Éthanol (sans Rnase)</td><td>Decon Laboratories, Inc.</td><td>2716GEA</td><td></td></tr><tr><td>Cafetière à piston, 24 fl oz</td><td>Pic de neige</td><td>Le CS-111</td><td></td></tr><tr><td>Plateau de culture sans trous 10 x 20</td><td>Marché des vraies feuilles</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Seau à glace&nbsp ;</td><td>Schuett-Biotech, Spongex</td><td>3-680 052</td><td></td></tr><tr><td>Isopropanol</td><td>Thermo Scientific</td><td>149320050</td><td></td></tr><tr><td>Rotor à angle fixe JA-14</td><td>Beckman Coulter ; modèle : JA-14</td><td>339247</td><td></td></tr><tr><td>Lingettes Kimwipes</td><td>KCWW, Kimberly-Clark</td><td>34120</td><td></td></tr><tr><td>Basse gamme ssRNA lader</td><td>ONÉ</td><td>N° N0364S</td><td></td></tr><tr><td>MES hydrater</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Référence M8250</td><td></td></tr><tr><td>Lecteur de microplaques</td><td>BioTek</td><td>&nbsp ; Synergie H1</td><td></td></tr><tr><td>Miracle-Gro</td><td>Miracle-Gro</td><td>24-8-16</td><td>C’est un aliment végétal tout usage. En fonction de la source de sol utilisée pour faire pousser les plantes, l’application peut être ajustée.</td></tr><tr><td>Flacon centifuge Nalgene 250 mL (sans bouchon)</td><td>Nalgene</td><td>3120</td><td></td></tr><tr><td>Essuie-tout</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>ParaFilm&nbsp ; M Lab Film</td><td>Parafilm</td><td>Réf. S-25929</td><td></td></tr><tr><td>Bécher en plastique (500 mL)</td><td>Uline</td><td>Réf. S-21658</td><td></td></tr><tr><td>Glycogène sans RNase (20 mg/mL)</td><td>Thermo Scientific</td><td>Réf. R0561</td><td></td></tr><tr><td>Fongicide biologique RootShield Plus WP</td><td>BioWorks</td><td>68539-9</td><td></td></tr><tr><td>Ciseaux</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Silwet L-77</td><td>Les labs Phytotech</td><td>S7777</td><td>N’importe quelle marque Silwet L-77 peut être utilisée. Cependant, Silwet perd de son efficacité au fil du temps. L’idéal est de le remplacer une fois par an.</td></tr><tr><td>Chlorure de sodium</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Réf. S7653</td><td></td></tr><tr><td>Pinceau en nylon doux pour cheveux</td><td>NOUS. Approvisionnement artistique</td><td>N° 6</td><td></td></tr><tr><td>Vaporisateur</td><td>Uline</td><td>Réf. S-7272</td><td>N’importe quel flacon pulvérisateur peut être utilisé, mais les réglages de jet doivent être sur la douche.</td></tr><tr><td>Mélange de culture Sungro Professional</td><td>Sungro</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Mélange de propagation Sungro</td><td>Sungro</td><td></td><td></td></tr><tr><td>SYBR Gold Nucleic Acid Gel Stain (concentré 10 000x dans DMSO)</td><td>Thermo Scientific</td><td>S11494</td><td></td></tr><tr><td>TEMED</td><td>Thermo Scientific</td><td>17919</td><td></td></tr><tr><td>Réactif TRIzol</td><td>Invitrogen</td><td>15596026</td><td></td></tr><tr><td>Eau ultrapure sans Dnase/Rnase</td><td>Invitrogen</td><td>10977015</td><td></td></tr><tr><td>Urée</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Référence U5378</td><td></td></tr><tr><td>Chambre à vide, 0,20 pi³</td><td>SP Scienceware - Produits Bel-Art - H-B Instrument</td><td>Référence F42031-0000</td><td></td></tr><tr><td>Pompe à vide, 3,5 CFM</td><td>Produits sous vide idéaux</td><td>P101532</td><td></td></tr><tr><td>Balance</td><td>Escali</td><td>WBB480535</td><td>Ce n’est qu’un exemple. N’importe quelle balance peut être utilisée.</td></tr></tbody></table>

guide par étapes pour l’isolement et l’analyse de la surface des feuilles et de l’arn apoplasique à l’aide de rosettes d’arabidopsis

A Stepwise Guide to the Isolation and Analysis of Leaf Surface and Apoplastic RNA Using Arabidopsis Rosettes

Guide par étapes pour l’isolement et l’analyse de la surface des feuilles et de l’ARN apoplasique à l’aide de rosettes d’Arabidopsis

The surface of plant leaves and intercellular space within leaves (the apoplast) serve as key interfaces for molecular exchange between plants and their ...

a-stepwise-guide-to-isolation-analysis-leaf-surface-apoplastic-rna

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Recherche

JoVE Journal

Immunology and Infection

Immunologie et infection

Cette vidéo montre une procédure permettant d'isoler des protoplastes intacts les tissus à partir de 14 jours d'âge des plants d'Arabidopsis. Étant donné que les protoplastes isolés restent intacts pendant au moins 96h et sont isolées de plants au lieu d'un mois, les plantes matures, cette procédure accélère les essais nécessitant protoplastes intacts.

Isolement de protoplastes à partir de tissus de 14 jours d&#39;âge des plantules Arabidopsis thaliana</em

Analyse cellulaire spécifique de<em&gt; Arabidopsis</em&gt; Feuilles en utilisant la fluorescence par tri cellulaire activé

Nous rapportons une méthode simple et efficace pour isoler les embryons aux premiers stades de développement...

Isolation efficace et rapide des embryons à un stade précoce de<em&gt; Arabidopsis thaliana</em&gt; Graines

Ce protocole décrit une méthode simple pour extraire et fractionner les transcrits des tissus végétaux sur la base du nombre de ribosomes liés. Il permet une estimation globale de l’activité de traduction et la détermination de l’état de traduction d’ARNm spécifiques.

Une méthode facile pour des plantes polysomes Profiling

Ici, nous présentons un protocole de capture interactif appliqué aux protoplastes de mésophylle de la feuille d' Arabidopsis thaliana . Cette méthode repose de manière critique sur la réticulation UV in vivo et permet l'isolement et l'identification des protéines de liaison de l'ARNm de la plante à partir d'un environnement physiologique.

Capture interactine d&#39;ARNm à partir de protoplastes végétaux

Nous présentons ici un protocole pour l’étude de comportement de croissance des végétaux et en particulier des phénotypes de façon reproductible. Nous montrons comment fournir variable et à des conditions d’éclairage temps stable même. Bon analyses dépendent nombre d’échantillon suffisant et évaluations statistiques valides.

Analyse des comportements de croissance Arabidopsis thaliana dans différentes qualités de lumière

Ici, nous présentons une méthode de criblage modifiée qui peut être employée intensivement pour examiner rapidement des suppresseurs de silençage d'ARN dans les agents pathogènes de plante.

Dépistage et identification des suppresseurs de silençage de l'ARN des agents d'effets sécrétés des pathogènes végétaux

La traduction de la purification de l’affinité ribosome (TRAP) offre la possibilité de disséquer les programmes de développement avec un traitement minimal des organes et des tissus. Le protocole donne de l’ARN de haute qualité à partir de cellules ciblées avec un sous-unité ribosomal étiquetée protéine fluorescente verte (GFP). Les outils d’analyse en aval, tels que qRT-PCR ou ARN-seq, révèlent des profils d’expression spécifiques aux tissus et aux cellules.

Traduire la purification de l’affinité ribosome (TRAP) pour étudier le développement de la racine d’Arabidopsis thaliana à une échelle spécifique au type cellulaire

La faisabilité et l’efficacité des méthodes de séquençage de l’ARNc à haut débit annoncent une ère unicellulaire dans la recherche sur les plantes. La présente ici est une procédure robuste et complète pour isoler des types spécifiques de cellules racinaires d’Arabidopsis thaliana et la construction et l’analyse ultérieures de la bibliothèque de transcriptomes.

Isolement et analyse transcriptome de types de cellules végétales

Ce protocole décrit une méthode optimisée pour isoler les vésicules extracellulaires (EV) des feuilles d’Arabidopsis thaliana afin de soutenir des analyses moléculaires et fonctionnelles en aval.

Isolement et purification des vésicules extracellulaires végétales provenant des feuilles d’Arabidopsis à l’aide d’une méthode optimisée de collecte par lavage apoplastique

Découvrez une méthode d'isolement de l'ARN extracellulaire à la surface foliaire et dans l'apoplasme d'Arabidopsis. Cette approche combine l'électrophorèse shell haute résolution et l'analyse Illumina pour étudier les ARN sous stress biotique.

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