Name: Extraction d’histones à partir d’échantillons cliniques pour le profilage épigénétique par spectrométrie de masse (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-21T12:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 54 s
Description: Apprenez l'extraction d'histones à partir d'échantillons cliniques pour le profilage épigénétique par spectrométrie de masse. Cette méthode permet de quantifier jusqu'à 50 modifications post-traductionnelles à partir de seulement 1000 cellules.

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<table><tbody><tr><td><Fort>Chimiques</Fort></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Histolemon RS pour l’histologie</td><td>Carlo Erba</td><td>454912</td><td>2,5 L</td></tr><tr><td>Acétonitrule (ACN)</td><td>Carlo Erba</td><td>412341</td><td>1L</td></tr><tr><td>Bicarbonate d’ammonium (AmBasic)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A6141</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Persulfate d’ammonium (APS)</td><td>WDR</td><td>1.012.010.500</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Inhibiteur de la protéase à l’aprotinine</td><td>Sigma Aldrich & nbsp ;</td><td>A1153</td><td>5 mg</td></tr><tr><td>Nucléase benzonase</td><td>Merk</td><td>E1014</td><td>25 KU</td></tr><tr><td>Bisacrylamide 30 % 37,5 M</td><td>AppliChem</td><td>APA36261000</td><td>1 L</td></tr><tr><td>Tampon A 0,1 % d’acide formique dans ddH2O</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>10229884</td><td>500 mL&nbsp ;</td></tr><tr><td>Tampon B 0,1 % acide formique / 80 % acétonitrile dans ddH2O</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15431423</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>Résine C18</td><td>Merck</td><td>66883-U</td><td>Diamètre de 47 mm</td></tr><tr><td>Coomassie Instant Blue</td><td>Abcam</td><td>ab119211</td><td>1 L</td></tr><tr><td>Dithiotréitol (DTT)&nbsp ;</td><td>WDR</td><td>441496P</td><td>25 g</td></tr><tr><td>Éthanol</td><td>Carlo Erba</td><td>414608</td><td>2,5 L</td></tr><tr><td>Leupeptine&nbsp ; Inhibiteur de la protéase</td><td>Sigma-Aldrich & nbsp ;</td><td>L8511</td><td>5 mg</td></tr><tr><td>N,N,N&prime ;,N&prime ;-tétraméthylène éthylènediamine (TEMED)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>1.107.320100</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>Tampon d’échantillon LDS NuPAGE</td><td>Invitrogen</td><td>NP0007</td><td>4x</td></tr><tr><td>PBS - Solution séline tamponnée phosphate & nbsp ;</td><td>MicroGem</td><td>TL1006</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>Isocyanate de phénile (PIC)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>185353</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Inhibiteur de la protéase du phénylméthylsulfonylfluorure (PMSF)</td><td>Sigma Aldrich & nbsp ;</td><td>P7626</td><td>1 g</td></tr><tr><td>Anhydride propionique (PRO)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>240311</td><td>50 g</td></tr><tr><td>Histone recombinant H3.1 Humain</td><td>New England Biolabs</td><td>M2503</td><td>1 & micro ; g/& micro ; L</td></tr><tr><td>Trypsine de qualité séquençage</td><td>Promega</td><td>V5113</td><td>100 ug</td></tr><tr><td>Inhibiteur de la butyrate de sodium (NaBut) des histones déacétlyase</td><td>Merck</td><td>B5887</td><td>5 g</td></tr><tr><td>Dodécylsulfate de sodium (SDS)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>L3771</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Bicarbonate de triéthylammonium</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T7408</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>Acide trifluoroacétique (TFA)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>28904</td><td>1x10 mL</td></tr><tr><td>Tris-HCl</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T3253</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Détergent Triton X-100</td><td>Sigma-Aldrich & nbsp ;</td><td>X100RS</td><td>5 g</td></tr><tr><td><Fort>Kits / Équipement/Logiciel</Solide ></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Microplaques à 96 puits</td><td>Corning</td><td>PCR-96-FS-C</td><td>Non pyrogénique, sans Rnase/Dnase</td></tr><tr><td>Balance</td><td>Kern</td><td>19024</td><td></td></tr><tr><td>Centrifugeuse de laboratoire</td><td>Laboratoire de Biofuge Hareus</td><td>Pico, 23396</td><td></td></tr><tr><td>Dispositif de sonnation à biorupteur</td><td>Diagénode</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sonifier numérique Branson 250</td><td>Emerson</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Filtre cellulaire 100 & micro ; m</td><td>Faucon</td><td>352360</td><td></td></tr><tr><td>Concentrateur plus</td><td>Eppendorf</td><td>5305000509</td><td></td></tr><tr><td>Homogénéiseur de Dounce (par exemple & nbsp ; Dounce, Wheaton...)</td><td>Dounce, Wheaton</td><td></td><td>Broyeur de tissu de 1 mL</td></tr><tr><td>EASY-nLC 1200 Chromatographie liquide</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Colonne HPLC C18 EASY-Spray</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>ES902</td><td>2 & micro ; m, 100&nbsp ; &Aring ;, 75 &micro ; m x 25 cm</td></tr><tr><td>Script EpiProfile2.0</td><td>https://github.com/zfyuan/EpiProfile2.0_Family</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Logiciels fidjiens</td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MATLAB</td><td>https://www.mathworks.com</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Moteur de recherche MaxQuant</td><td>https://maxquant.net/maxquant/</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pestel A (en vrille)</td><td>Dounce, Wheaton</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pestel B (serré)</td><td>Dounce, Wheaton</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Q Exactive Plus Système LC-MS/MS Orbitrap</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Roue rotative</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11496548</td><td></td></tr><tr><td>Scalpel</td><td>Kiato</td><td>13010</td><td></td></tr><tr><td>Ciseaux</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15207266</td><td></td></tr><tr><td>Tapis d’étanchéité</td><td>Corning</td><td>AM-96-PCR-RD</td><td>Compatible avec l’automatisation</td></tr><tr><td>Centrifugeuse à rotor basculant</td><td>Beckman coulter</td><td>Allegra X-15R</td><td></td></tr><tr><td>Thermomélangeur compact</td><td>Eppendorf</td><td>5350</td><td></td></tr><tr><td>Tourbillon</td><td>PBI</td><td>Vibromix</td><td></td></tr><tr><td>Logiciel Xcalibur</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>OPTON-30965</td><td></td></tr></tbody></table>

extraction d’histones à partir d’échantillons cliniques pour le profilage épigénétique par spectrométrie de masse

Extraction of Histones from Clinical Specimens for Epigenetic Profiling by Mass Spectrometry

Extraction d’histones à partir d’échantillons cliniques pour le profilage épigénétique par spectrométrie de masse

Extensive experimental evidence supports the role of epigenetic mechanisms in cancer onset, progression, and recurrence. Among these, histone variants and ...

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En combinant natif et réticulation immunoprécipitation de la chromatine à haute résolution de spectrométrie de masse, l'approche ChroP permet de disséquer l'architecture protéomique composite de modifications des histones, des variantes et des protéines non-histoniques synergie au domaines de la chromatine fonctionnellement distinctes.

L&#39;approche ChroP Combine puce et la spectrométrie de masse à Disséquer protéomiques paysages Locus spécifiques de la chromatine

Ce protocole décrit un flux de travail entièrement intégrée pour caractériser histone modifications post-traductionnelles par spectrométrie de masse (MS). Le flux de travail comprend histone purification à partir de cultures de cellules ou de tissus, histone dérivatisation et la digestion, l'analyse de MS en utilisant la chromatographie et des instructions pour l'analyse des données de liquide nano-flux. Le protocole est conçu pour l'achèvement dans les 2 - 3 jours.

Flux de travail complet pour l&#39;analyse des histones modifications post-traductionnelles utilisant la spectrométrie de masse Bottom-up: De Histone Extraction à l&#39;analyse des données

Le but de cet article est de fournir un guide complet et systématique à l’épuration efficace des histones H3 et H4 et la quantification des résidus d’histones acétylées.

Purification de H3 et H4 histones et la Quantification des histones acétylées marques dans les cellules et les tissus cérébraux

Le protocole a été développé pour extraire efficacement les histones intactes des matériaux de feuilles de sorgho pour le profilage des modifications post-translationnelles de l’histone qui peuvent servir de marqueurs épigénétiques potentiels pour aider à l’ingénierie des cultures résistantes à la sécheresse.

Isolement de l’histone des tissus foliolaires de Sorgho pour le profilage de spectrométrie de masse top down des marqueurs épigénétiques potentiels

Ce protocole décrit comment un système de culture cellulaire tridimensionnel peut être utilisé pour modéliser, traiter et analyser les modifications de la chromatine dans un état quasi physiologique.

Quantification au niveau global des modifications post-traductionnelles des histones dans un modèle de culture cellulaire 3D de tissu hépatique

Un flux de travail analytique basé sur la chromatographie liquide, la spectrométrie de mobilité des ions piégés et la spectrométrie de masse à temps de vol (LC-TIMS-TOF MS/MS) pour une analyse ascendante hautement fiable et hautement reproductible des modifications et de l’identification des histones en fonction des principaux paramètres (temps de rétention [RT], section efficace de collision [CCS] et rapport masse/charge précis [m/z]).

Criblage de modification des histones par chromatographie liquide, spectrométrie de mobilité des ions piégés et spectrométrie de masse à temps de vol

Cette méthode décrit une stratégie simple et rapide pour la caractérisation et l’investigation des protéoformes d’histones.

Dévoilement des protéoformes d’histones à l’aide de l’électrophorèse sur gel 2D-TAU

Ici, nous présentons un protocole pour automatiser l’analyse post-traductionnelle des modifications des histones unicellulaires en utilisant une stratégie d’affichage isotopique à deux plexes et la digestion ArgC. Ce flux de travail permet un profilage quantitatif, reproductible et à haute sensibilité de l’hétérogénéité de la chromatine et des réponses épigénétiques à la résolution unicellulaire.

Préparation automatisée d’échantillons pour l’analyse multiplexée des modifications post-traductionnelles de histones unicellulaires (sc-hPTM2)

Nous présentons ici une électrophorèse bidimensionnelle (2DE) couplée à la spectrométrie de masse (MS) pour séparer et identifier le protéome de tissus Adénome hypophysaire humaine, qui présente un motif de 2DE bon et reproductible. Plusieurs protéines sont observées dans chaque endroit de 2DE lors de l’analyse complexe cancer proteome avec l’utilisation de MS de haute sensibilité.

Électrophorèse bidimensionnelle, couplée avec des méthodes de spectrométrie de masse pour l’analyse du protéome de tissus Adénome hypophysaire humaine

Obtention de l’ADN génomique de haute qualité provenant de tissus de la tumeur est une première étape essentielle pour l’analyse des altérations génétiques à l’aide de séquençage de la génération suivant. Dans cet article, nous présentons une méthode simple et rapide pour enrichir les cellules tumorales et obtenir des ADN intact de toucher les échantillons de cytologie mentions légales.

Méthode simple et rapide d’obtenir qualité tumeur ADN provenant d’échantillons cliniques pathologiques à l’aide de la cytologie mentions légales contact

Apprenez l'extraction d'histones à partir d'échantillons cliniques pour le profilage épigénétique par spectrométrie de masse. Cette méthode permet de quantifier jusqu'à 50 modifications post-traductionnelles à partir de seulement 1000 cellules.

Extraction d’histones à partir d’échantillons cliniques pour le profilage épigénétique par spectrométrie de masse

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