Name: SCAnED - Une macro de segmentation cutanée open-source pour la détection semi-automatisée des cellules et des noyaux dans les compartiments cutanés épidermiques et dermiques (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-08T13:30:00.000+00:00
Duration: 6 min 34 s
Description: Découvrez la segmentation semi-automatisée des cellules cutanées avec SCAnED pour l'analyse d'images en immunologie et oncologie. Cette méthode améliore la précision de l'étude des pathologies cutanées sans nécessiter de programmation.

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<ol><li>Lichtenberger, B. M., Kasper, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellular+heterogeneity+and+microenvironmental+control+of+skin+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Intern+Med%22%5BJournal%5D)">Cellular heterogeneity and microenvironmental control of skin cancer.</a> J Intern Med. 289 (5), 614-628 (2021).</li>
<li>Watt, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mammalian+skin+cell+biology%3A+at+the+interface+between+laboratory+and+clinic%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Mammalian skin cell biology: at the interface between laboratory and clinic.</a> Science. 346 (6212), 937-940 (2014).</li>
<li>Bergstresser, P. R., Pariser, R. J., Taylor, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Counting+and+sizing+of+epidermal+cells+in+normal+human+skin%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Counting and sizing of epidermal cells in normal human skin.</a> J Invest Dermatol. 70 (5), 280-284 (1978).</li>
<li>Régnier, M., Patwardhan, A., Scheynius, A., Schmidt, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reconstructed+human+epidermis+composed+of+keratinocytes%2C+melanocytes+and+Langerhans+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Med+Biol+Eng+Comput%22%5BJournal%5D)">Reconstructed human epidermis composed of keratinocytes, melanocytes and Langerhans cells.</a> Med Biol Eng Comput. 36 (6), 821-824 (1998).</li>
<li>Régnier, M., Staquet, M. J., Schmitt, D., Schmidt, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integration+of+Langerhans+cells+into+a+pigmented+reconstructed+human+epidermis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Integration of Langerhans cells into a pigmented reconstructed human epidermis.</a> J Invest Dermatol. 109 (4), 510-512 (1997).</li>
<li>Bankhead, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QuPath%3A+Open+source+software+for+digital+pathology+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">QuPath: Open source software for digital pathology image analysis.</a> Sci Rep. 7 (1), 16878(2017).</li>
<li>McQuin, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CellProfiler+3.0%3A+Next-generation+image+processing+for+biology%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Biol%22%5BJournal%5D)">CellProfiler 3.0: Next-generation image processing for biology.</a> PLoS Biol. 16 (7), e2005970(2018).</li>
<li>Berg, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ilastik%3A+interactive+machine+learning+for+%28bio%29image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">ilastik: interactive machine learning for (bio)image analysis.</a> Nat Methods. 16 (12), 1226-1232 (2019).</li>
<li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>Schmidt, U., Weigert, M., Broaddus, C., Myers, G. Cell detection with star-convex polygons. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aSchmidt%2C+U+%22Medical+Image+Computing+and+Computer+Assisted+Intervention+-+MICCAI+2018%22">Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - MICCAI 2018</a>. Frangi, A., Schnabel, J., Davatzikos, C., Alberola-Lopez, C., Fichtinger, G. 11071, Springer. Cham. Lecture notes in Computer Science 265-273 (2018).</li>
<li>Google Colab. , Google. 
 <a target="_blank" href="https://colab.research.google.com/">https://colab.research.google.com/</a> (2025).</li>
<li>Balsini, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stiffness-dependent+lysyl+oxidase+regulation+through+hypoxia-inducing+factor+1+drives+extracellular+matrix+modifications+in+psoriasis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Stiffness-dependent lysyl oxidase regulation through hypoxia-inducing factor 1 drives extracellular matrix modifications in psoriasis.</a> J Invest Dermatol. 1145 (7), 1653-1669.e10 (2024).</li>
<li>Mahrle, G., Bolling, R., Osborn, M., Weber, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intermediate+filaments+of+the+vimentin+and+prekeratin+type+in+human+epidermis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Intermediate filaments of the vimentin and prekeratin type in human epidermis.</a> J Invest Dermatol. 81 (1), 46-48 (1983).</li>
<li>de Waal, R. M., Semeijn, J. T., Cornelissen, M. H., Ramaekers, F. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epidermal+Langerhans+cells+contain+intermediate-sized+filaments+of+the+vimentin+type%3A+an+immunocytologic+study%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Epidermal Langerhans cells contain intermediate-sized filaments of the vimentin type: an immunocytologic study.</a> J Invest Dermatol. 82 (6), 602-604 (1984).</li>
<li>Bata-Csorgo, Z., Hammerberg, C., Voorhees, J. J., Cooper, K. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Flow+cytometric+identification+of+proliferative+subpopulations+within+normal+human+epidermis+and+the+localization+of+the+primary+hyperproliferative+population+in+psoriasis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Med%22%5BJournal%5D)">Flow cytometric identification of proliferative subpopulations within normal human epidermis and the localization of the primary hyperproliferative population in psoriasis.</a> J Exp Med. 178 (4), 1271-1281 (1993).</li>
<li>Nakamura, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Expression+of+CD90+on+keratinocyte+stem%2Fprogenitor+cells%5BTitle%5D)+AND+%22British+Journal+of+Dermatology%22%5BJournal%5D)">Expression of CD90 on keratinocyte stem/progenitor cells.</a> British Journal of Dermatology. 154, 1062-1070 (2006).</li>
<li>Wetzel, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Increased+neutrophil+adherence+in+psoriasis%3A+role+of+the+human+endothelial+cell+receptor+Thy-1+%28CD90%29%5BTitle%5D)+AND+%22J+Invest+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Increased neutrophil adherence in psoriasis: role of the human endothelial cell receptor Thy-1 (CD90).</a> J Invest Dermatol. 126 (2), 441-452 (2006).</li>
<li>RRID:SCR_018350. , Indica Labs. 
 <a target="_blank" href="https://www.indicalab.com/halo/">https://www.indicalab.com/halo/</a> (2025).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>0,3 % Triton X&nbsp ;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T9284</td><td></td></tr><tr><td>BSA (albumine sérique bovine)</td><td>Sigma Aldrich</td><td></td><td></td></tr><tr><td>CD90</td><td>Signalisation cellulaire</td><td>D3V8A</td><td></td></tr><tr><td>DAPI&nbsp ;</td><td>Roche</td><td>10236276001</td><td></td></tr><tr><td>Désionisée</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>E-cadherine&nbsp ;</td><td>Abcam</td><td>ab1416</td><td></td></tr><tr><td>Milieu de montage à fluorescence &nbsp ;</td><td>Dako</td><td>S3023</td><td></td></tr><tr><td>Anticorps secondaire croisé IgG1 anti-souris chez la chèvre, Alexa Fluor 488&nbsp ; (AF 488 anti-souris)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A-21121</td><td></td></tr><tr><td>Anticorps secondaire anti-souris IgG2a adsorbé croisé, Alexa Fluor 647 (AF 647 anti-souris)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A-21241</td><td></td></tr><tr><td>Anticorps secondaire anti-lapin IgG (H+L) adsorbé croisé chez la chèvre, Alexa Fluor 568 (AF 568 anti-lapin)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A-11011</td><td></td></tr><tr><td>Sérum de chèvre &nbsp ;</td><td>Agilent Technologies & Ouml ; sterreich GmbH, Dako</td><td>X0907</td><td></td></tr><tr><td>PBS&nbsp ;</td><td>Gibco</td><td>14190-094</td><td></td></tr><tr><td>Vimentin&nbsp ;</td><td>Dako</td><td>M7020</td><td></td></tr><tr><td><Solide>Matériaux</Solide></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Boîte à chambre (boîte humide)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Coverslips&nbsp ;</td><td>Thermo Fisher</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Marqueur culisant répulsif aux liquides pour coloration (hydrophobe) & nbsp ;</td><td>Daido Sangyo</td><td>Z377821</td><td>24x50mm</td></tr><tr><td><fort>Solutions </fort></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tampon de perméabilisation (0,3 % Triton X dans PBS) & nbsp ;</td><td></td><td></td><td>Voir le tableau 2</td></tr><tr><td>Tampon de coloration (2 % BSA dans PBS) & nbsp ;</td><td></td><td></td><td>Voir le tableau 2</td></tr><tr><td>logiciel et jeux de données</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Microscope laser confocal & nbsp ;</td><td>Olympe</td><td>FV3000 basé sur l’IX83 inversé</td><td>équipé d’un objectif 10x (NA 0,4), 4 lignes laser (405 nm, 488 nm, 561 nm, 640 nm, cohérent)</td></tr><tr><td>Fidji (ImageJ)&nbsp ;</td><td></td><td>V1.54h</td><td></td></tr><tr><td>Google Colab</td><td>Google</td><td></td><td></td></tr><tr><td>GraphPad Prism&nbsp ;</td><td>GraphPad Software Inc.</td><td>Prisme 10</td><td>pour une analyse statistique plus approfondie</td></tr><tr><td>HALO</td><td>Indica Labs</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Programme Python</td><td></td><td>Python 3.11.12</td><td></td></tr><tr><td>QuPath</td><td>logiciel ouvert (Bankhead, P. et al., https://doi.org/10.1038/s41598-017-17204-5)</td><td>v0.5.1</td><td></td></tr><tr><td>StarDist</td><td></td><td></td><td>Installer la version CPU de TF1.15.0</td></tr></tbody></table>

scaned - une macro de segmentation cutanée open-source pour la détection semi-automatisée des cellules et des noyaux dans les compartiments cutanés épidermiques et dermiques

SCAnED - An Open-source Skin Segmentation Macro for Semi-automated Cell and Nuclei Detection in Epidermal and Dermal Skin Compartments

Dans une étude précédente, nous avons utilisé avec succès SCAnED pour détecter et quantifier les cellules et les niveaux d’expression de la lysyl oxydase (LOX), une protéine cytoplasmique, et du facteur de transcription facteur 1 inductible par l’hypoxie (HIF-1) dans les cellules du derme de la peau humaine12 , mettant en évidence l’applicabilité de cet outil pour la recherche sur la peau.
Pour évaluer davantage la précision de notre macro de segmentation cutanée dans l...

SCAnED - Une macro de segmentation cutanée open-source pour la détection semi-automatisée des cellules et des noyaux dans les compartiments cutanés épidermiques et dermiques

The spatial distribution of immune and non-immune cells within tissues and the expression of cell-specific markers provides essential information on cell ...

scaned-an-open-source-skin-segmentation-macro-for-semi-automated-cell

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Biologie

Xenopus embryonnaire épithéliums sont un système modèle idéal pour étudier les comportements cellulaires tels que le développement de polarité et changer de forme lors de la morphogenèse épithéliale. Histologie classique d'échantillons fixe est de plus en plus complétée par des cellules vivantes imagerie confocale. Ici nous démontrons méthodes pour isoler les tissus de grenouilles et de visualiser en direct les cellules épithéliales et de leur cytosquelette des cellules vivantes en utilisant la...

Imagerie des cellules vivantes et de l&#39;analyse quantitative des cellules embryonnaires épithéliales Xenopus laevis</em

Source : Hamid, H. S.,  et al. Imagerie et analyse tridimensionnelles des mitochondries dans les fibres nerveuses intraépidermiques humaines. J. Vis. exp. (2017) Cette vidéo montre la méthode de visualisation des mitochondries spécifiques aux nerfs à l’aide de l’imagerie tridimensionnelle. Il décrit le processus d’acquisition de scans séquentiels de fibres nerveuses intraépidermiques pré-marquées et de génération d’images de surface 3D pour isoler et afficher les mitochondries en relation avec...

Visualisation des mitochondries dans les fibres nerveuses intraépidermiques

Une stratégie d’analyse quantitative des données histologiques dans la moelle osseuse est présentée. La microscopie confocale de cellules marquées par fluorescence dans des coupes de tissus permet d’obtenir des images en 2 dimensions, qui sont automatiquement analysées. Les analyses de co-localisation de différents types de cellules sont comparées aux données d’images simulées, ce qui donne des informations quantitatives sur les interactions cellulaires.

Automated quantification des cellules hématopoïétiques - Interactions cellulaires stromales dans les images histologiques de décalcifiées os

Ce protocole utilise des techniques d’imagerie et d’analyse en trois dimensions (3D) de visualiser et de quantifier les mitochondries nerveuses spécifiques. Les techniques sont applicables à d’autres situations où un signal fluorescent est utilisé pour isoler un sous-ensemble des données d’un autre signal fluorescent.

Imagerie en trois dimensions et l’analyse des mitochondries dans les fibres nerveuses humaines intra-épidermiques

Nous décrivons ici un protocole pour la segmentation automatique des tissus fluorescent étiquetés sur les diapositives à l’aide d’un système d’analyse de haute teneur widefield (WHCAS). Ce protocole a de nombreuses applications dans n’importe quel domaine qui implique la quantification de marqueurs fluorescents dans les tissus biologiques, y compris les sciences biologiques, ingénierie médicale et sciences de la santé.

Balayage automatique pour lames et Segmentation en tissus fluorescent marqué à l’aide d’un système d’analyse Widefield haute teneur

La méthode présentée ici utilise le micromodèle avec l'imagerie quantitative pour révéler l'organisation spatiale au sein des cultures mammifères. La technique est facile à établir dans un laboratoire standard de biologie cellulaire et offre un système tractable pour étudier le modelage in vitro.

Cartographier l'organisation spatiale émergente des cellules mammifères à l'aide de micromodèles et d'imagerie quantitative

Nous présentons un flux de travail librement disponible construit pour l’exploration rapide et l’analyse précise des corps cellulaires dans des compartiments cellulaires spécifiques dans des images de microscopie de fluorescence. Ce flux de travail convivial est conçu sur le logiciel open-source Icy et utilise également les fonctionnalités ImageJ. Le pipeline est abordable sans connaissance dans l’analyse d’image.

Analyseur de sous-structure : Un flux de travail convivial pour l’exploration rapide et l’analyse précise des corps cellulaires dans les images de microscopie de fluorescence

Nous présentons une méthode qui utilise une approche d’analyse d’image généraliste basée sur des zones pour identifier le nombre de cellules. L’analyse de différentes populations cellulaires a exploité les différences significatives de hauteur et de structure cellulaires entre les différents types de cellules au sein d’un algorithme adaptatif.

Algorithme d’analyse d’image basé sur la zone pour la quantification des cocultures macrophages-fibroblastes

La combinaison de l’IBEX (Iterative-Bleaching-Extends-Multiplexity) et d’un test commercial de marquage nucléotidique (Click-iT EdU) permet la détection et la catégorisation de types de cellules en division dans des processus hautement dynamiques dans des coupes de tissus murins congelés fixes. De plus, un nouveau pipeline de traitement d’images open source permet l’acquisition et l’analyse d’images à haut débit.

Flux de travail d’imagerie et d’analyse à haut débit pour l’évaluation des phénotypes et des états de prolifération des cellules cutanées dans des échantillons de tissus

Ce protocole propose une méthode comparative pour évaluer les traits stomatiques et épidermiques de deux espèces distinctes à l’aide de peelings épidermiques, de techniques de dégagement et d’analyse d’images assistée par IA. L’objectif est de permettre une quantification à haut débit et reproductible des structures cellulaires sous-jacentes à la fonction stomatique pour des applications agricoles et la recherche végétale à grande échelle.

Caractérisation des traits stomatiques et épidermiques à l’aide de peelings, de dégagement et d’analyse d’images basée sur l’IA

Découvrez la segmentation semi-automatisée des cellules cutanées avec SCAnED pour l'analyse d'images en immunologie et oncologie. Cette méthode améliore la précision de l'étude des pathologies cutanées sans nécessiter de programmation.

SCAnED - Une macro de segmentation cutanée open-source pour la détection semi-automatisée des cellules et des noyaux dans les compartiments cutanés épidermiques et dermiques (Vidéo) | JoVE Journal

SCAnED - Une macro de segmentation cutanée open-source pour la détection semi-automatisée des cellules et des noyaux dans les compartiments cutanés épidermiques et dermiques

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