Name: Préparation d’échantillons pour les études métabolomiques par spectrométrie de masse sur cellule unique : lavage, trempe, séchage et stockage combinés des cellules (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-09-16T14:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 7 s
Description: Apprenez les protocoles de préservation des métabolites cellulaires pour la spectrométrie de masse sur cellule unique. Cette méthode optimise le lavage, la trempe à l'azote liquide et le stockage pour maintenir l'intégrité métabolique.

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<table><tbody><tr><td>-80 &deg ; Congélateur C</td><td>Eppendorf (Nouveau-Brunswick)</td><td>U700</td><td>Préparation des échantillons </td></tr><tr><td>Acétontrile</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>240744</td><td>Configuration de l’expérience SCMS</td></tr><tr><td>Formiate d’ammonium </td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>401152500</td><td>Préparation des échantillons </td></tr><tr><td>Lamelle 18 mm</td><td>Micro verre de protection VMR</td><td>48380046</td><td>Culture cellulaire </td></tr><tr><td>Stéréomicroscope numérique</td><td>Shenzhen D&amp; Cie F</td><td>Supereyes T004</td><td>Analyse</td></tr><tr><td>Tube en quartz à double alésage, 1.120"x0.005"x12 »</td><td>Friedrich & Dimmock, Inc.</td><td>MBT-005-020-2Q</td><td>Fabrication d’une sonde unique</td></tr><tr><td>Résine époxy</td><td>Devcon</td><td>Réf. 20945</td><td>Fabrication d’une sonde unique</td></tr><tr><td>Acide méthanoïque</td><td>La science de Ward </td><td>470301-120 500mL</td><td>Configuration de l’expérience SCMS</td></tr><tr><td>Capillaire en silice fondue, ID : 40 & micro ; m, OD : 100 et micro ; m</td><td>Polymicro Technologies</td><td>TSP040105</td><td>Fabrication d’une sonde unique</td></tr><tr><td>Capillaire en silice fondue, ID : 50 & micro ; m, OD : 150 & micro ; m</td><td>Polymicro Technologies</td><td>1068150015</td><td>Configuration de l’expérience SCMS</td></tr><tr><td>Lamelles en verre, 18 mm</td><td>VWR </td><td>48380046</td><td>Culture cellulaire</td></tr><tr><td>Sérum synthétique HyClone (FBS)</td><td>Hyclone</td><td>SH3006603</td><td>Culture cellulaire</td></tr><tr><td>Incubateur </td><td>HeraCell (Heraeus)</td><td></td><td>Culture cellulaire </td></tr><tr><td>Extracteur laser</td><td>Sutter Instrument Co.</td><td>Modèle P-2000</td><td>Fabrication d’une sonde unique</td></tr><tr><td>Lampe UV LED</td><td>Équipement dentaire Foshan Liang Ya</td><td>LY-C240</td><td>Fabrication d’une sonde unique</td></tr><tr><td>Le 5A de McCoy </td><td>Gibco </td><td>2537128</td><td>Culture cellulaire </td></tr><tr><td>Micro-union</td><td>IDEX Santé & Science LLC</td><td>M-539</td><td>Configuration de l’expérience SCMS</td></tr><tr><td>Interface FAIMS pro modifiée </td><td>Thermo Fisher </td><td>98100-20046</td><td>Analyse </td></tr><tr><td>Kit de détection de mycoplasmes MycoAlert PLUS</td><td>Lonza</td><td>Réf. LT07-703</td><td>Culture cellulaire</td></tr><tr><td>Carte optique </td><td>Thorlabs Inc., Newton</td><td></td><td>Analyse </td></tr><tr><td>Eau de qualité Optima LC/MS (Fisher Chemical, États-Unis)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>W6500</td><td>Préparation des échantillons </td></tr><tr><td>Spectromètre de masse Orbitrap Exploris 240 </td><td>ThermoFisher Scientific</td><td></td><td>Configuration de l’expérience SCMS</td></tr><tr><td>Pénicilline/streptomycine</td><td>Gibco</td><td>15140-122</td><td>Culture cellulaire</td></tr><tr><td>Saline tamponnée au phosphate (PBS)</td><td>VWR</td><td>0780-50L</td><td>Culture cellulaire</td></tr><tr><td>Concentrateur SpeedVac (Savant)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td> SPD111 V</td><td>Préparation des échantillons </td></tr><tr><td>Pousse-seringue (SKE10)</td><td>Chemyx Inc.</td><td>80561</td><td>Configuration de l’expérience SCMS</td></tr><tr><td>Seringue, 250 & micro ; L</td><td>Hamilton</td><td>1725LTN250UL</td><td>Configuration de l’expérience SCMS</td></tr><tr><td>Compteur de cellules automatisé TC20</td><td>Laboratoires Bio-Rad </td><td>1450102EDU</td><td>Numération cellulaire</td></tr><tr><td>Plat de culture tissulaire, 100 mm</td><td>Fisher scientifique </td><td>FB012924</td><td>Culture cellulaire </td></tr><tr><td>Trypsine-EDTA</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>25200-072</td><td>Culture cellulaire</td></tr><tr><td>Microscope numérique USB (Zoom « Scorpio » 500)</td><td>Chinavasion, Wholesale Ltd.</td><td></td><td>Analyse </td></tr><tr><td>Résine à durcissement UV</td><td>Prime Dental</td><td>N° d’article 006.030</td><td>Fabrication d’une sonde unique</td></tr><tr><td>Logiciel Xcalibur</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Étage XYZ (CONEX- MFACC)</td><td>Newport Corp.</td><td></td><td>Analyse </td></tr></tbody></table>

préparation d’échantillons pour les études métabolomiques par spectrométrie de masse sur cellule unique : lavage, trempe, séchage et stockage combinés des cellules

Sample Preparation for Single Cell Mass Spectrometry Metabolomics Studies: Combined Cell Washing, Quenching, Drying, and Storage

Ce rapport décrit une méthodologie qui intègre le lavage des cellules, la trempe rapide des cellules, le séchage sous vide et le stockage à -80 °C (Figure 1). Plus précisément, cette approche est conçue pour préserver l’état métabolomique des cellules avant l’analyse SCMS. L’efficacité de ce protocole a été testée en préparant des cellules dans deux conditions différentes : des cellules fraîchement trempées et séchées (groupe 1, servant de contrôle), et des cellules trempées, séchées et stockées à -80 °C (groupe 2). Chaque groupe a été analysé à l’aide de la méthode SCMS à sonde unique en modes ions positifs et négatifs. L’analyse en composantes principales (ACP) et la visualisation de la carte thermique ont été utilisées pour évaluer les différences dans les profils métabolomiques entre les groupes.
Les résultats de l’ACP en mode ionique positif (figure 2A) ont révélé que les groupes 1 et 2 avaient des profils globaux de métabolites similaires. Les profils presque identiques du groupe 1 et du groupe 2 montrent que le stockage à -80 °C pendant 48 h n’altère pas significativement le métabolome si les cellules sont correctement trempées avant le séchage. Dans le mode d’ions négatifs (figure 2B), un schéma comparable est observé, bien que le groupe 2 semble légèrement plus distinct, peut-être en raison de différences d’ionisation entre des classes de métabolites spécifiques, par exemple, les phosphatidylcholines sont mieux détectées en mode positif, tandis que les acides gras s’ionisent plus efficacement en mode négatif60. Malgré cette variation, le regroupement cohérent entre les groupes 1 et 2 dans les deux modes soutient la conclusion que le protocole intégré de trempe-séchage-stockage maintient l’intégrité métabolique.
L’analyse de la carte thermique a permis de valider les résultats de l’ACP en décrivant l’abondance relative des 100 principaux métabolites dans deux groupes. Comme le montre la figure 3, les 100 principaux métabolites présentent des profils d’abondance très cohérents entre le groupe 1 et le groupe 2 dans les deux modes ioniques. Aucun changement majeur ou regroupement spécifique à un groupe n’est observé, bien que des variations mineures dans quelques groupes de métabolites puissent refléter des différences dans l’efficacité de l’ionisation ou la stabilité des métabolites. Ces résultats démontrent collectivement que le flux de travail trempe-séchage-stockage préserve les profils métabolomiques cellulaires avec une grande fidélité, ce qui le rend bien adapté aux applications SCMS ambiantes.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/68995/68995fig1.jpg"> 
Figure 1 : Flux de travail général pour l’analyse par spectrométrie de masse à cellule unique (SCMS) portant sur la façon dont l’extinction du LN2 et le stockage de 48 heures à -80 °C affectent les profils de métabolites dans les cellules uniques. (A) Les cellules ont été ensemencées, incubées et rincées à l’aide d’une solution au format ammonium (AF). (B) Deux groupes de cellules ont été préparés : le groupe 1 : les cellules ont été lavées, trempées et lyophilisées pour des expériences SCMS immédiates sans stockage ; Groupe 2 : les cellules ont été lavées, trempées, lyophilisées et stockées à -80 °C. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/68995/68995fig1large.jpg" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/68995/68995fig2.jpg"> 
Figure 2 : Analyse en composantes principales (ACP) des données SCMS des cellules HCT-116 dans des groupes expérimentaux en (A) mode d’ions positifs et (B) en mode d’ions négatifs. Veuillez <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/68995/68995fig2large.jpg" target="_blank">cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/68995/68995fig3.jpg"> 
Figure 3 : Cartes thermiques montrant les niveaux relatifs des 100 principaux métabolites détectés dans des cellules HCT-116 individuelles préparées dans diverses conditions, présentées pour (A) le mode d’ions positifs et (B) le mode d’ions négatifs. Veuillez <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/68995/68995fig3large.jpg" target="_blank">cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>

Préparation d’échantillons pour les études métabolomiques par spectrométrie de masse sur cellule unique : lavage, trempe, séchage et stockage combinés des cellules

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Préparation d’échantillons pour les études métabolomiques par spectrométrie de masse sur cellule unique : lavage, trempe, séchage et stockage combinés des cellules (Vidéo) | JoVE Journal

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