Name: Préparation et traitement des artères calcifiées avec morphologie et ARN préservés pour le profilage spatial numérique (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-01-23T14:40:00.000+00:00
Duration: 9 min 12 s
Description: Découvrez une méthode complète de décalcification préservant l'ARN et la morphologie des artères calcifiées pour l'analyse spatiale par Nanostring GeoMx DSP. Ce protocole optimise le profilage transcriptomique vasculaire.

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<ol><li>Rao, A., Barkley, D., França, G. S., Yanai, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+tissue+architecture+using+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Exploring tissue architecture using spatial transcriptomics.</a> Nature. 596 (7871), 211-220 (2021).</li>
<li>Dries, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+spatial+transcriptomic+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Advances in spatial transcriptomic data analysis.</a> Genome Res. 31 (10), 1706-1718 (2021).</li>
<li>Schmitd, L. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+and+transcriptomic+analysis+of+perineural+invasion+in+oral+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Spatial and transcriptomic analysis of perineural invasion in oral cancer.</a> Clin Cancer Res. 28 (16), 3557-3572 (2022).</li>
<li>Bassiouni, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomic+analysis+of+a+diverse+patient+cohort+reveals+a+conserved+architecture+in+triple-negative+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomic analysis of a diverse patient cohort reveals a conserved architecture in triple-negative breast cancer.</a> Cancer Res. 83 (1), 34-48 (2023).</li>
<li>Hirz, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dissecting+the+immune+suppressive+human+prostate+tumor+microenvironment+via+integrated+single-cell+and+spatial+transcriptomic+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Dissecting the immune suppressive human prostate tumor microenvironment via integrated single-cell and spatial transcriptomic analyses.</a> Nat Commun. 14 (1), 663(2023).</li>
<li>Wang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+and+spatial+transcriptome+analysis+reveals+the+cellular+heterogeneity+of+liver+metastatic+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Single-cell and spatial transcriptome analysis reveals the cellular heterogeneity of liver metastatic colorectal cancer.</a> Sci Adv. 9 (24), eadf5464(2023).</li>
<li>Eyers, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Digital+spatial+profiling+of+the+microenvironment+of+muscle+invasive+bladder+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Digital spatial profiling of the microenvironment of muscle invasive bladder cancer.</a> Commun Biol. 7 (1), 737(2024).</li>
<li>Del Rossi, N., Chen, J. G., Yuan, G. C., Dries, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analyzing+spatial+transcriptomics+data+using+giotto%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc%22%5BJournal%5D)">Analyzing spatial transcriptomics data using giotto.</a> Curr Protoc. 2 (4), e405(2022).</li>
<li>Sona, S., Bradley, M., Ting, A. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocols+for+single-cell+RNA-seq+and+spatial+gene+expression+integration+and+interactive+visualization%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocols for single-cell RNA-seq and spatial gene expression integration and interactive visualization.</a> STAR Protoc. 4 (1), 102047(2023).</li>
<li>Ibarra-Lopez, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+profiling+of+protein+and+rna+expression+in+tissue%3A+An+approach+to+fine-tune+virtual+microdissection%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Spatial profiling of protein and rna expression in tissue: An approach to fine-tune virtual microdissection.</a> J Vis Exp. (185), e62651(2022).</li>
<li>Mancinelli, L., Schoedel, K. E., Weiss, K. R., Intini, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methods+to+enable+spatial+transcriptomics+of+bone+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Methods to enable spatial transcriptomics of bone tissues.</a> J Vis Exp. (207), e66850(2024).</li>
<li>Sun, P., Li, M., Ye, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+to+decipher+complex+spatial+transcriptomics+data+using+stminer%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol to decipher complex spatial transcriptomics data using stminer.</a> STAR Protoc. 6 (2), 103838(2025).</li>
<li>Luo, Z., Schmitz, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+preparing+fresh+frozen+soybean+tissues+for+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol for preparing fresh frozen soybean tissues for spatial transcriptomics.</a> STAR Protoc. 6 (2), 103790(2025).</li>
<li>Li, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+gene+expression+of+human+coronary+arteries+revealed+the+molecular+features+of+diffuse+intimal+thickening+in+explanted+hearts%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Spatial gene expression of human coronary arteries revealed the molecular features of diffuse intimal thickening in explanted hearts.</a> Int J Mol Sci. 26 (5), 1949(2025).</li>
<li>Pelisek, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Swiss+vascular+biobank%3A+Evaluation+of+optimal+extraction+method+and+admission+solution+for+preserving+RNA+from+human+vascular+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22J+Clin+Med%22%5BJournal%5D)">Swiss vascular biobank: Evaluation of optimal extraction method and admission solution for preserving RNA from human vascular tissue.</a> J Clin Med. 12 (15), 5109(2023).</li>
<li>Nam, S. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+fixation+and+storage+of+human+tissue+samples+on+nucleic+acid+preservation%5BTitle%5D)+AND+%22Korean+J+Pathol%22%5BJournal%5D)">Effects of fixation and storage of human tissue samples on nucleic acid preservation.</a> Korean J Pathol. 48 (1), 36(2014).</li>
<li>Juwayria,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microarray+integrated+spatial+transcriptomics+%28MIST%29+for+affordable+and+robust+digital+pathology%5BTitle%5D)+AND+%22NPJ+Syst+Biol+Appl%22%5BJournal%5D)">Microarray integrated spatial transcriptomics (MIST) for affordable and robust digital pathology.</a> NPJ Syst Biol Appl. 10 (1), 142(2024).</li>
<li>Wang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+benchmarking+of+imaging+spatial+transcriptomics+platforms+in+ffpe+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in ffpe tissues.</a> bioRxiv. , (2023).</li>
<li>Smith, K. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rigor+and+reproducibility+of+spatial+transcriptomics+performed+on+clinically+sourced+human+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Invest%22%5BJournal%5D)">Rigor and reproducibility of spatial transcriptomics performed on clinically sourced human tissues.</a> Lab Invest. 104190, (2025).</li>
<li>Amancherla, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+responses+to+rejection+in+the+transplanted+human+heart+revealed+through+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Dynamic responses to rejection in the transplanted human heart revealed through spatial transcriptomics.</a> bioRxiv. , (2025).</li>
<li>Bolen, M., Xue, Q. -S., Tansey, M. G. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBolen%2C+M+%22Ffpe+tissue+microarray+protocol%22">Ffpe tissue microarray protocol</a>. , (2024).</li>
<li>Wisner, L., Larsen, B., Maguire, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Manual+construction+of+a+tissue+microarray+using+the+tape+method+and+a+handheld+microarrayer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Manual construction of a tissue microarray using the tape method and a handheld microarrayer.</a> J Vis Exp. (184), e63086(2022).</li>
<li>Zhao, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+reveals+a+critical+role+of+novel+pro-inflammatory+endothelial+cells+in+mediating+adverse+remodeling+in+coronary+artery-on-a-chip%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq reveals a critical role of novel pro-inflammatory endothelial cells in mediating adverse remodeling in coronary artery-on-a-chip.</a> Sci Adv. 7 (34), eabg1694(2021).</li>
<li>Fu, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA+sequencing+of+coronary+perivascular+adipose+tissue+from+end-stage+heart+failure+patients+identifies+SPP1%2B+macrophage+subpopulation+as+a+target+for+alleviating+fibrosis%5BTitle%5D)+AND+%22Arterioscler+Thromb+Vasc+Biol%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA sequencing of coronary perivascular adipose tissue from end-stage heart failure patients identifies SPP1+ macrophage subpopulation as a target for alleviating fibrosis.</a> Arterioscler Thromb Vasc Biol. 43 (11), 2143-2164 (2023).</li>
<li>Mao, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+reveals+coronary+heterogeneity+and+identifies+CD133%2B+TRPV4high+endothelial+subpopulation+in+regulating+flow-induced+vascular+tone+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Arterioscler+Thromb+Vasc+Biol%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq reveals coronary heterogeneity and identifies CD133+ TRPV4high endothelial subpopulation in regulating flow-induced vascular tone in mice.</a> Arterioscler Thromb Vasc Biol. 44 (3), 653-665 (2024).</li>
<li>Li, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA+sequencing+of+the+carotid+artery+and+femoral+artery+of+rats+exposed+to+hindlimb+unloading%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Mol+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA sequencing of the carotid artery and femoral artery of rats exposed to hindlimb unloading.</a> Cell Mol Life Sci. 82 (1), 50(2025).</li>
<li>Deroo, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+vein+wall+cell+atlas+of+murine+venous+thrombosis+determined+by+single-cell+RNA+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">A vein wall cell atlas of murine venous thrombosis determined by single-cell RNA sequencing.</a> Commun Biol. 6 (1), 130(2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Médium d’Eagle modifié (DMEM) de Dulbecco, glycémie élevée, pyruvate&nbsp ;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11995065</td><td></td></tr><tr><td>Solution tampon d’acide tampon 4-(2-hydroxyéthyle)-1-piperazine, éthanassulfonique (HEPES), 1 M</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15630080</td><td></td></tr><tr><td>Pénicilline-Streptomycine (P/S), 10 000 U/mL</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15140122</td><td></td></tr><tr><td>Formol tamponné neutre à 10 % (NBF)</td><td>Millipore Sigma</td><td>65346-M</td><td></td></tr><tr><td>Acide éthylène-diamine-tétraacétique (EDTA)</td><td>Millipore Sigma</td><td>3620</td><td></td></tr><tr><td>Solution de stabilisation ARNlater</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM7024</td><td>Solution de stabilisation ARN (RSS)</td></tr><tr><td>Peroxyde d’hydrogène (H2O2)</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>322335</td><td></td></tr><tr><td>Solution de récupération de cibles</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>322001</td><td></td></tr><tr><td>Protéase Plus</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>322331</td><td>Supplément d’enzymes digestives</td></tr><tr><td>DapB (contrôle négatif)</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>310043</td><td></td></tr><tr><td>Tampon de lavage RNAscope (kit de test RNAscope 2.5 HD Red ISH)</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>320058</td><td></td></tr><tr><td>AMP1</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324511</td><td></td></tr><tr><td>AMP2</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324512</td><td></td></tr><tr><td>AMP3</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324513</td><td></td></tr><tr><td>AMP4</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324514</td><td></td></tr><tr><td>AMP5 Rouge</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324515</td><td></td></tr><tr><td>AMP6 Rouge</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324516</td><td></td></tr><tr><td>Fast Red A</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>324517</td><td></td></tr><tr><td>Ppib humain</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>313901</td><td></td></tr><tr><td>Gill' s hématoxyline</td><td>Millipore Sigma</td><td>GHS132</td><td></td></tr><tr><td>Ponction d’antigène, Tris/EDTA pH 9</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>00-4956-58</td><td></td></tr><tr><td>Protéinase K</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM2546</td><td></td></tr><tr><td>Solution d’hybridation - Hs WTA</td><td>Nanocorde</td><td>121401102</td><td></td></tr><tr><td>Hybrislip</td><td></td><td></td><td>Glissade d’hybridation</td></tr><tr><td>Solution d’hybridation - tampon R</td><td>Nanocorde</td><td>121300313</td><td></td></tr><tr><td>Rabbit anti-CD45&nbsp ;</td><td>Signalisation cellulaire</td><td>1317</td><td></td></tr><tr><td>Tampon W</td><td>Nanocorde</td><td>121300313</td><td></td></tr><tr><td>Anti-Lapin IgG-AF647 pour chèvres</td><td>Jackson Immunoresearch</td><td>111-605-144</td><td></td></tr><tr><td>Souris anti-SMA-AF488&nbsp ;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>53-9760</td><td></td></tr><tr><td>Syto83&nbsp ;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>S11364</td><td></td></tr><tr><td>Lame chirurgicale</td><td>BD Biosciences</td><td>371110</td><td></td></tr><tr><td>Superfrost & nbsp ; Lames de microscope plus</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>1255015</td><td></td></tr><tr><td>Stylo ImmEdge</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Lames microtomes</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>22-500-125</td><td></td></tr><tr><td>RNase AWAY</td><td></td><td></td><td>Solution inactivant la RNase</td></tr><tr><td><Fort>Équipement</Solide></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Four d’hybridation HybEZ &nbsp ;</td><td>Advanced Cell Diagnostics, Inc</td><td>321710</td><td></td></tr><tr><td>Profileur spatial numérique GeoMx</td><td>Nanostring&nbsp ;</td><td>Modèle : GeoMx DSP Plateforme d’accès aux données : GeoMx DSP Control Center (Version 3.1.2.12)</td><td>Réglage du balayage du canal : pour le FITC, le temps d’explosion est de 300 ms, et le fluorophore est AlexaFluro 488 ; pour le canal Cy3, le temps d’exposition est de 50 ms, et le fluorophore est Syto83 ; et pour le canal Cy5, le temps d’exposition est de 300 ms, et le fluorophore est AlexaFluor 647.</td></tr></tbody></table>

préparation et traitement des artères calcifiées avec morphologie et arn préservés pour le profilage spatial numérique

Calcified Artery Preparation and Processing with Preserved Morphology and RNA for Digital Spatial Profiling

Préparation et traitement des artères calcifiées avec morphologie et ARN préservés pour le profilage spatial numérique

Spatial transcriptomics maps whole-transcriptome profiles directly onto tissue sections, correlating between cellular neighborhoods and gene expression ...

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