Un pipeline informatique pour la quantification de l’ARN amplificateur intergénique/intragénique dans les cellules souches embryonnaires de souris

Notre groupe étudie l’épigénétique et l’épitranscriptomique des améliorateurs, en se concentrant sur le développement de méthodes précises pour quantifier les ARN des amplificateurs comme indicateurs de leur activation. Parce que les amplificateurs intragéniques étaient avec les transcripts hôtes, distinguer les signaux DER des amplificateurs et les quantifier précisément est difficile. Pour commencer, ouvrir le terminal et taper la commande pour préparer les fichiers et références nécessaires à l’identification de l’enhancer.

Tapez la commande dans le terminal pour entrer dans le répertoire de travail. Ensuite, exécutez la commande qui copie les scripts d’identification des améliorateurs dans le répertoire courant. Ensuite, exécutez la commande correspondante pour générer des fichiers BED pour les régions promotrices, les corps géniques et les gènes codant les protéines en utilisant l’annotation du code générique.