EasyFiji : une interface graphique pour un traitement d’images à fluorescence convivial aux Fidji

Si vous utilisez Fiji, vous savez à quel point c’est puissant et à quelle vitesse vous pouvez vous perdre dans tous ces menus et réglages. EasyFiji enlève le stress du traitement d’image grâce à des boutons simples, des curseurs et des outils intelligents qui fonctionnent tout simplement. C’est Fidji mais amical.

La méthode recommandée pour installer EasyFiji est via le site de mise à jour Fiji. Il suffit de cliquer sur l’aide, mettre à jour, cliquer sur gérer le site et taper EasyFiji. N’oubliez pas de cliquer ici, de cliquer sur appliquer et fermer.

Appliquez des modifications, puis redémarrez EasyFiji. Les utilisateurs avancés pouvaient également choisir de télécharger les fichiers JAR depuis la page GitHub. Pour l’ajustement des canaux colorimétriques, nous pouvons ouvrir n’importe quelles images multi-canaux, et en utilisant l’onglet couleur des canaux, nous pouvons choisir différentes tables de recherche ici.

Nous pouvons choisir rouge, vert, bleu, extra, ou choisir le noir pour désactiver la chaîne spécifique. Nous pouvons utiliser tous les canaux pour afficher toutes les couleurs des chaînes, ou utiliser chaque canal pour afficher seulement un canal spécifique. Pour les curseurs de gain, on peut rendre les images plus lumineuses.

Si l’image est trop sombre, on peut la rendre plus lumineuse. Et pour le décalage, on peut régler l’intensité minimale sur l’image. Nous pouvons donc ajuster la couleur de toutes les chaînes ou seulement des canaux spécifiques.

Pour la vue en chaîne, ouvrez l’image d’intérêt. Celle-ci est une image multi-canaux. Ainsi, chaque canal individuel a des intensités et un lieu différents.

Pour le bouton de colocalisation, il créera les images RVB en utilisant deux canaux. Il met en évidence les régions où les deux canaux ont des intensités similaires en affichant ces pixels en jaune. Le bouton FFMerge combine également deux canaux dans un affichage RVB, mais de manière différente.

Ici, chaque canal reste également visible. Cela facilite l’interprétation des régions qui se chevauchent sans perdre l’équilibre des canaux. Le bouton FGMerge superpose un ou plusieurs canaux sur un canal vert à l’échelle.

C’est utile lorsqu’on combine avec des images à l’échelle verte comme DIC ou EM. Les canaux sont préservés par la taille du canal à l’échelle verte, le contraste global peut vous offrir une bien meilleure qualité d’image. Voici un autre exemple d’images utilisant FGMerge. Pour les vues de pile, le plugin EasyFiji offre des fonctions telles que la projection à intensité maximale, les vues en tranche orthogonales et le kymograph.

Onglet Traitement d’image. Ouvrez une image, cliquez sur le bouton enregistrer pour lancer la commande d’enregistrement. La fonction lisse appliquera un flou gaussienne, la fonction de réduction du bruit appliquera un filtre médian, le bouton d’aiguisage appliquera un masque de désaccentuation 2D, et le fond du sujet appliquera l’algorithme signal de la boule roulante et de la boule roulante pour supprimer l’arrière-plan.

Et la table de recherche appliquée changera, appliquera le gain et le décalage comme spécifié dans le panneau d’affichage. Ici, on pouvait voir, après avoir appliqué cette commande de traitement, la qualité de l’image s’améliorait beaucoup. Je vais ici montrer un exemple d’utilisation du bouton Correction locale pour appliquer un facteur de correction afin que l’intensité moyenne de chaque image devienne locale à la valeur de la courbe d’ajustement.

La correction locale et globale peut être appliquée séquentiellement au même ensemble de données. Ici, il est affiché le profil d’intensité avant et après la correction de la javel. Nous avons pu voir que le signal a été corrigé.

Ici, nous montrons différentes options d’économie. Le panneau de sauvegarde est orienté cas d’usage pour un non-expert dans la sélection du format de fichier approprié pour son usage. Nous pouvons enregistrer les images sous forme de jeu de données brutes.

Il contiendra toutes les informations de l’image. Nous pouvons enregistrer en JPEG pour la présentation, ou sauvegarder les images au format PNJ. Et nous pouvons aussi sauvegarder la pile d’images en tant que films.

Le panneau d’information sur les images, ce panneau affiche les métadonnées d’acquisition spécifiques au fournisseur de manière lisible pour les images ainsi acquises. Après cette vidéo, vous devriez bien comprendre comment utiliser ce plugin pour visualiser et traiter des images biomédicales. Notre objectif en développant EasyFiji est de rendre l’analyse d’images plus facile, plus rapide et plus accessible pour les spécialistes de la vie.

Que vous traciez le contraste, appliquiez des filtres ou exploriez les métadonnées d’images, EasyFiji est là pour rendre votre travail avec Fiji plus fluide et agréable.