Name: Cartographie génomique des modifications des histones et des sites de liaison des facteurs de transcription dans les lignées cellulaires neuroendocrines de petits cancers du poumon grâce à CUT and RUN (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-03T12:30:00.000+00:00
Duration: 11 min 50 s
Description: Découvrez le protocole CUT&RUN-seq pour cartographier les modifications d'histones H3K4me3, H3K4me1 et les sites de liaison du facteur E2F7 dans les lignées cellulaires neuroendocrines de cancer du poumon. Cette méthode à faible entrée révèle des éléments régulateurs spécifiques et des cibles thérapeutiques potentielles.

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<ol><li>Kimura, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+modifications+for+human+epigenome+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Hum+Genet%22%5BJournal%5D)">Histone modifications for human epigenome analysis.</a> J Hum Genet. 58 (7), 439-445 (2013).</li>
<li>Millan-Zambrano, G., Burton, A., Bannister, A. J., Schneider, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+post-translational+modifications-cause+and+consequence+of+genome+function%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Histone post-translational modifications-cause and consequence of genome function.</a> Nat Rev Genet. 23 (9), 563-580 (2022).</li>
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<li>Zhao, Z., Shilatifard, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetic+modifications+of+histones+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Epigenetic modifications of histones in cancer.</a> Genome Biol. 20 (1), 245(2019).</li>
<li>Takumida, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+epigenome+and+transcriptome+analyses+reveal+transcriptional+programs+differentially+regulated+by+ASCL1+and+NEUROD1+in+small+cell+lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Integrative epigenome and transcriptome analyses reveal transcriptional programs differentially regulated by ASCL1 and NEUROD1 in small cell lung cancer.</a> Oncogene. 44 (34), 3113-3125 (2025).</li>
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<li>Rhee, H. S., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+genome-wide+protein-DNA+interactions+detected+at+single-nucleotide+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Comprehensive genome-wide protein-DNA interactions detected at single-nucleotide resolution.</a> Cell. 147 (6), 1408-1419 (2011).</li>
<li>Teytelman, L., Thurtle, D. M., Rine, J., van Oudenaarden, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+expressed+loci+are+vulnerable+to+misleading+ChIP+localization+of+multiple+unrelated+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Highly expressed loci are vulnerable to misleading ChIP localization of multiple unrelated proteins.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (46), 18602-18607 (2013).</li>
<li>Skene, P. J., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+efficient+targeted+nuclease+strategy+for+high-resolution+mapping+of+DNA+binding+sites%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">An efficient targeted nuclease strategy for high-resolution mapping of DNA binding sites.</a> Elife. 6, e21856(2017).</li>
<li>Skene, P. J., Henikoff, J. G., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeted+in+situ+genome-wide+profiling+with+high+efficiency+for+low+cell+numbers%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Targeted in situ genome-wide profiling with high efficiency for low cell numbers.</a> Nat Protoc. 13 (5), 1006-1019 (2018).</li>
<li>Meers, M. P., Bryson, T. D., Henikoff, J. G., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+CUT%26RUN+chromatin+profiling+tools%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Improved CUT&RUN chromatin profiling tools.</a> Elife. 8, e46314(2019).</li>
<li>Custers, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cleavage+under+targets+%26+release+using+nuclease+%28CUT%26RUN%29+protocols+for+the+study+of+genetic+and+epigenetic+regulation+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Cleavage under targets & release using nuclease (CUT&RUN) protocols for the study of genetic and epigenetic regulation in cancer.</a> Methods Mol Biol. 2944, 207-225 (2025).</li>
<li>Hainer, S. J., Boskovic, A., McCannell, K. N., Rando, O. J., Fazzio, T. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Profiling+of+pluripotency+factors+in+single+cells+and+early+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Profiling of pluripotency factors in single cells and early embryos.</a> Cell. 177 (5), 1319-1329.e11 (2019).</li>
<li>Marroquin-Rivera, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immune-related+transcriptomic+and+epigenetic+reconfiguration+in+BV2+cells+after+lipopolysaccharide+exposure%3A+An+in+vitro+omics+integrative+study%5BTitle%5D)+AND+%22Inflamm+Res%22%5BJournal%5D)">Immune-related transcriptomic and epigenetic reconfiguration in BV2 cells after lipopolysaccharide exposure: An in vitro omics integrative study.</a> Inflamm Res. 73 (2), 211-225 (2024).</li>
<li>Huang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deciphering+the+role+of+histone+modifications+in+memory+and+exhausted+CD8+T+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Deciphering the role of histone modifications in memory and exhausted CD8 T cells.</a> Sci Rep. 15 (1), 17359(2025).</li>
<li>De Sarkar, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nucleosome+patterns+in+circulating+tumor+DNA+reveal+transcriptional+regulation+of+advanced+prostate+cancer+phenotypes%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">Nucleosome patterns in circulating tumor DNA reveal transcriptional regulation of advanced prostate cancer phenotypes.</a> Cancer Discov. 13 (3), 632-653 (2023).</li>
<li>Roberti, A., Fraga, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenomic+profiling+of+histone+posttranslational+modifications+in+frozen+cancer+tissue+using+CUT%26RUN%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Epigenomic profiling of histone posttranslational modifications in frozen cancer tissue using CUT&RUN.</a> Methods Mol Biol. 2930, 229-243 (2025).</li>
<li>Black, J. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Master+regulators+and+cofactors+of+human+neuronal+cell+fate+specification+identified+by+CRISPR+gene+activation+screens%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Master regulators and cofactors of human neuronal cell fate specification identified by CRISPR gene activation screens.</a> Cell Rep. 33 (9), 108460(2020).</li>
<li>Augert, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Small+cell+lung+cancer+exhibits+frequent+inactivating+mutations+in+the+histone+methyltransferase+KMT2D%2FMLL2%3A+CALGB+151111+%28Alliance%29%5BTitle%5D)+AND+%22J+Thorac+Oncol%22%5BJournal%5D)">Small cell lung cancer exhibits frequent inactivating mutations in the histone methyltransferase KMT2D/MLL2: CALGB 151111 (Alliance).</a> J Thorac Oncol. 12 (4), 704-713 (2017).</li>
<li>Kaya-Okur, H. S., Janssens, D. H., Henikoff, J. G., Ahmad, K., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+low-cost+chromatin+profiling+with+CUT%26Tag%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Efficient low-cost chromatin profiling with CUT&Tag.</a> Nat Protoc. 15 (10), 3264-3283 (2020).</li>
<li>Yang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((H3K9me3+involved+in+FOXL2+regulation+of+SerpinE2+expression+to+affect+steroid+hormone+synthesis+in+follicular+granulosa+cells%5BTitle%5D)+AND+%22FASEB+J%22%5BJournal%5D)">H3K9me3 involved in FOXL2 regulation of SerpinE2 expression to affect steroid hormone synthesis in follicular granulosa cells.</a> FASEB J. 39 (12), e70730(2025).</li>
<li>Panday, A., Elango, R., Willis, N. A., Scully, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+modified+CUT%26RUN-seq+technique+for+qPCR+analysis+of+chromatin-protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">A modified CUT&RUN-seq technique for qPCR analysis of chromatin-protein interactions.</a> STAR Protoc. 3 (3), 101529(2022).</li>
<li>Lardo, S. M., Hainer, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+factor+localization+on+chromatin+using+ultra-low+input+cleavage+under+targets+and+release+using+nuclease%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Single-cell factor localization on chromatin using ultra-low input cleavage under targets and release using nuclease.</a> J Vis Exp. (180), e63536(2022).</li>
<li>Hsieh, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Resolving+the+3D+landscape+of+transcription-linked+mammalian+chromatin+folding%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Resolving the 3D landscape of transcription-linked mammalian chromatin folding.</a> Mol Cell. 78 (3), 539-553.e8 (2020).</li>
<li>Mumbach, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HiChIP%3A+Efficient+and+sensitive+analysis+of+protein-directed+genome+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">HiChIP: Efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture.</a> Nat Methods. 13 (11), 919-922 (2016).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td><fort>Réactif</fort></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>RPMI-1640 média&nbsp ;</td><td>Gibco ThermoFisher Scientific</td><td>11875093</td><td>Milieu de culture cellulaire</td></tr><tr><td>Sérum fœtal bovin (FBS)</td><td>Névromiques</td><td>FBS002-HI</td><td>Composant du milieu de culture cellulaire</td></tr><tr><td>1 % de pénicilline-sstreptomycine &nbsp ;</td><td>Gibco ThermoFisher Scientific</td><td>15140122</td><td>Antibiotiques, pour prévenir la contamination bactérienne des cultures cellulaires</td></tr><tr><td>Solution Trypan Blue, 0,4 %</td><td>Gibco ThermoFisher Scientific</td><td>15250061</td><td>La coloration bleue de Trypan a été utilisée pour évaluer la perméabilité avec un compteur cellulaire automatisé.</td></tr><tr><td>Roche cOmplete, cocktail inhibiteur de Proease sans EDTA</td><td>Roche</td><td>11873580001</td><td>Inhibiteur de protéase. Composants du tampon de lavage</td></tr><tr><td>5 % Digitonin&nbsp ;</td><td>EpiCypher</td><td>21-1004</td><td>Composants tampons &nbsp ; et la recette tampon se trouve dans la feuille tampon</td></tr><tr><td>Tampon d’activation des billes</td><td>EpiCypher</td><td>21-1001</td><td>Composants tampons &nbsp ; et la recette tampon se trouve dans la feuille tampon</td></tr><tr><td>Perles de concanavaline A (ConA)</td><td>EpiCypher</td><td>21-1401</td><td>Les microspheres paramagnétiques conjuguées à ConA sont des billes magnétiques recouvertes de lectines qui permettent la liaison des membranes lipidiques</td></tr><tr><td>CUT & RUN Kit&nbsp ;</td><td>CUTANA ChIC EpiCypher</td><td>14-1048</td><td>Réactifs pour CUT & Génération d’ADN RUN</td></tr><tr><td>Kit de purification de l’ADN</td><td>CUTANA&nbsp ; EpiCypher</td><td>14-0050</td><td>Extraire l’ADN des fragments d’ADN ciblés libérés dans le supernantant de la réaction</td></tr><tr><td>CUT & Kit de préparation à la bibliothèque RUN</td><td>CUTANA EpiCypher</td><td>14-001</td><td>Générez le CUT & EXÉCUTEZ les bibliothèques de séquençage de nouvelle génération (NGS)</td></tr><tr><td>&nbsp ; Purification de l’ADN Billes magnétiques</td><td>Agencourt AMPure XP Beckman Coulter</td><td>A63880</td><td>Nettoyage PCR du produit et sélection de la taille (c’est-à-dire retirage du dimer et amorce de l’adaptateur)</td></tr><tr><td>ADN spike-in d’E. coli</td><td>EpiCypher</td><td>18-1401</td><td>Utilisé comme un spike-in exogène pour calibrer les lectures de séquençage sur une série d’échantillons &mdash ; par exemple, conditions traitées versus non traitées</td></tr><tr><td>pAG-MNase</td><td>EpiCypher</td><td>&nbsp ; 15-1016</td><td>En se liant à l’anticorps primaire, l’enzyme coupe le fragment d’ADN ciblé de chaque côté de la protéine liée lorsqu’elle est activée par le calcium</td></tr><tr><td>PBS PH7.4 1x</td><td>Gibco (Thermo Fisher Scientific)</td><td>10010-049</td><td>Cellules de lavage</td></tr><tr><td>Tampon pré-lavage</td><td>EpiCypher</td><td>21-1002</td><td>Composants tampons &nbsp ; et la recette tampon se trouve dans la feuille tampon</td></tr><tr><td>dsDNA Haute Sensibilité &nbsp ; Kit d’analyse</td><td>QubitTM Thermo Fisher Scientific</td><td>Q32854</td><td>CUT & Quantification de l’ADN RUN</td></tr><tr><td>Tampon d’arrêt</td><td>EpiCypher</td><td>21-1003</td><td>Composants tampons &nbsp ; et la recette tampon se trouve dans la feuille tampon</td></tr><tr><td>Kit d’ADN à haute sensibilité &nbsp ;</td><td>Technolies Agilent</td><td>5067-4626</td><td>CUT & Analyse de la quantification des bibliothèques ADN et NGS de RUN et de la distribution de la taille des fragments</td></tr><tr><td>< fort>Matériel</fort ></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tubes PCR 8 bandes de 0,2 mL</td><td>EpiCypher</td><td>10-0009k</td><td>Tubes pour CUT & Réactions RUN, compatibles avec les tubes de 0,2 ml Magnetic Separation Rack</td></tr><tr><td>Lames LUNA à 8 canaux</td><td>Logos BioSystems INC</td><td>L72001</td><td>Diapositives pour le comptage des cellules, &nbsp ; Vérification de la viabilité et de l’intégrité des cellules</td></tr><tr><td>Réservoir de réactif multicanal</td><td>Fisher Scientific</td><td>14-387-072</td><td>Récipient tampon de lavage</td></tr><tr><td>DynaMagTM-2 (Rack de séparation magnétique), tubes de 1,5 mL</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>12321D</td><td>Les billes de ConA étaient isolées de leur tampon de stockage par une crémaillère de séparation magnétique, puis activées par resuspension dans un tampon d’activation dans un tube microcentrifuge de 1,5 mL.</td></tr><tr><td>Rack de séparation magnétique, tubes de 0,2 mL</td><td>EpiCypher</td><td>10-0008</td><td>Tenez-vous à séparer&nbsp ; billes de cellules liantes, anticorps, pAG/MNase issues des tampons de réaction et de lavage</td></tr><tr><td>Eppendor Research plus la pipette à 8 canaux, 0,5-10 uL&nbsp ;</td><td>Eppendorf</td><td>3125000010</td><td>Échantillons des tubes à 8 bandes à aspiration &nbsp ; Pour accélérer le flux de travail, un pipettor multi-canal comparable</td></tr><tr><td>Pipette Eppendorf Refrence 2 à 8 canaux, 30-300 uL</td><td>Eppendorf</td><td>4926000050</td><td>Étapes d’aspiration et de lavage pour accélérer le flux de travail, pipettor multicanal comparable</td></tr><tr><td><Fort>Équipement</Solide></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Mélangeur Vortex-Genie 2 de Scientific Industries, vitesse variable, 120V</td><td>Fisher Scientific</td><td>50-728-002</td><td>Min-centrifuge et spin</td></tr><tr><td>Compteur automatique de cellules LUNA FX7</td><td>Logos BioSystems INC</td><td>L70001</td><td>Compteur de cellules</td></tr><tr><td>Mélangeur de nutation</td><td>VWR</td><td>82007-202</td><td>Étapes d’incubation des billes (incubation nocturne des anticorps, réaction de digestion de la pAG-MNase).</td></tr><tr><td>Eppendorf 6331 Nexus Gradient MasterCycler Thermal Cycler</td><td>Eppendorf</td><td>6331</td><td>CUT & Construction de bibliothèque de nouvelle génération RUN</td></tr><tr><td>Fluoromètre Qubit 4</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Q33226</td><td>Quantification de l’ADN.</td></tr><tr><td>Bioanalyseur Agilent 2100</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2939A</td><td>Taille du fragment, analyse de concentration pour CUT & FAIRE TOURNER DE L’ADN ET CUT& RUNEZ LES BIBLIOTHÈQUES, &NBSP ; instrument d’électrophorèse capillaire comparable (par exemple Agilent TapeStation)</td></tr><tr><td>Agilent TapeStation</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2992AA</td><td>Taille du fragment, analyse de concentration pour CUT & FAIRE TOURNER DE L’ADN ET CUT& Bibliothèques RUN</td></tr><tr><td>Système Illumina NovaSeq 6000</td><td>&nbsp ; Illumina, San Diego, CA, États-Unis</td><td></td><td>Séquençage du CUT & Pool RUN, BIBLIOTHÈQUES & NBSP ;</td></tr></tbody></table>

cartographie génomique des modifications des histones et des sites de liaison des facteurs de transcription dans les lignées cellulaires neuroendocrines de petits cancers du poumon grâce à cut&amp;run

Genome-Wide Mapping of Histone Modifications and Transcription Factor Binding Sites in Neuroendocrine Small Cell Lung Cancer Cell Lines Using CUT&amp;RUN

Cartographie génomique des modifications des histones et des sites de liaison des facteurs de transcription dans les lignées cellulaires neuroendocrines de petits cancers du poumon grâce à CUT&amp;RUN

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Nous présentons ici un protocole pour enquêter sur génome large méthylation de l'ADN dans les études de patients cliniques à grande échelle de dépistage en utilisant le séquençage de l'ADN méthyl-Binding Capture (MBDCap-seq ou MBD-seq) la technologie et de la bioinformatique ultérieures analyse pipeline.

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Contrairement aux données de séquençage d’ADN, épigénomique données facilement ne subissent pas de recherches basées sur du texte. Présentées ici sont les procédures à utiliser une version améliorée de Gilbert, un outil web-basé de bioinformatique, de mener des recherches axées sur le modèle des similarités dans épigénomique données comparant les bases de données en ligne disponibles y compris Encyclopedia of DNA Elements avec données de l’utilisateur.

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Nous décrivons ici un protocole de puce-séquençage haut débit optimisé et pipeline analyses calcul pour la détermination de modèles État pangénomique chromatine de lignées de cellules et tissus tumoraux congelés.

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Des mécanismes épigénétiques sont fréquemment altérées dans les gliomes. Immunoprécipitation de la chromatine pourrait servir à étudier les conséquences des altérations génétiques dans les gliomes qui résultent de l’évolution des modifications d’histone qui régulent la transcription de gène et de la structure de la chromatine. Ce protocole décrit l’immunoprécipitation de la chromatine native sur neurospheres de tumeur de cerveau murin.

Immunoprécipitation de la chromatine native à l’aide de Neurospheres de tumeur de cerveau murin

Les domaines intrinsèquement désordonnés sont importants pour la fonction du facteur de transcription de fusion oncogène. Pour cibler thérapeutiquement ces protéines, une compréhension plus détaillée des mécanismes de régulation employés par ces domaines est nécessaire. Ici, nous utilisons la transcriptomique pour cartographier les caractéristiques structurelles importantes du domaine EWS intrinsèquement désordonné dans le sarcome d’Ewing.

Cartographie des relations structure-fonction des facteurs de transcription oncogènes désordonnés à l’aide de l’analyse transcriptomique

Cet article décrit un protocole ChIP-Seq semi-automatisé et micro-mis à l’échelle des régions d’ADN associées à une modification spécifique des histones (H3K27ac) à l’aide d’une plate-forme de manipulation de liquide ChIP, suivi d’une préparation de bibliothèque à l’aide de la marquage. La procédure comprend une évaluation du contrôle à des fins de qualité et de quantité et peut être adoptée pour d’autres modifications d’histones ou facteurs de transcription.

Une procédure ChIP-Seq semi-automatisée pour les études épigénétiques à grande échelle

Ici, les auteurs démontrent l’utilité de MULTI-seq pour le phénotypage et les scRNA-seq et scATAC-seq appariés ultérieurs dans la caractérisation des profils d’accessibilité transcriptomique et chromatine dans la rétine.

Analyse multiplexée de l’expression génique rétinienne et de l’accessibilité de la chromatine à l’aide de scRNA-Seq et scATAC-Seq

CUT&amp;RUN et ses variantes peuvent être utilisés pour déterminer l’occupation des protéines sur la chromatine. Ce protocole décrit comment déterminer la localisation des protéines sur la chromatine à l’aide d’uliCUT&amp;RUN unicellulaire.

Localisation du facteur unicellulaire sur la chromatine à l’aide d’un clivage d’entrée ultra-faible sous les cibles et libération à l’aide de la nucléase

L’augmentation du nombre de biomarqueurs moléculaires à tester pour la prise en charge du cancer du poumon non à petites cellules non épidermoïde (NS-NSCLC) a entraîné la mise au point de méthodes de détection moléculaire rapides et fiables. Nous décrivons un flux de travail pour l’évaluation de l’altération génomique chez les patients atteints de NS-CPNPC à l’aide d’une approche de séquençage ultra-rapide de nouvelle génération (NGS).

Séquençage ultra-rapide de nouvelle génération basé sur l’amplicon dans le cancer du poumon non épidermoïde non à petites cellules

Les chercheurs novices dans le domaine de l’épigénétique trouveront que CUT&amp;Tag est une alternative beaucoup plus facile aux tests ChIP. CUT&amp;Tag a énormément bénéficié aux études épigénétiques sur des populations de cellules rares et primaires, générant des données de haute qualité à partir de très peu de cellules. Ce protocole décrit la réalisation de dosages H3K4me1 CUT&amp;Tag sur des myoblastes de souris isolés des muscles des membres postérieurs de souris.

Utilisation du clivage sous cibles et du test de marquage (CUT &#38; Tag) dans la recherche sur le myoblaste chez la souris

Cette étude présente un protocole multiome spatial Trekker–CUT&amp;Tag combinant le codage à barres spatial direct d’une section tissulaire avec l’analyse multiome unicellulaire. Cette approche permet simultanément un profilage spatial de l’expression génique par une seule cellule et la modification de l’histone H3K27ac, offrant des perspectives mécanistes sur la régulation génique dans le contexte de la microanatomie tissulaire.

Profilage multiomique spatialement résolu et intégré à cellules uniques du transcriptome et des cibles épigénomiques dans les sections de tissu gelé

Découvrez le protocole CUT&RUN-seq pour cartographier les modifications d'histones H3K4me3, H3K4me1 et les sites de liaison du facteur E2F7 dans les lignées cellulaires neuroendocrines de cancer du poumon. Cette méthode à faible entrée révèle des éléments régulateurs spécifiques et des cibles thérapeutiques potentielles.

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Cartographie génomique des modifications des histones et des sites de liaison des facteurs de transcription dans les lignées cellulaires neuroendocrines de petits cancers du poumon grâce à CUT&RUN

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