Les villes comme interfaces de l’émergence des risques zoonotiques : développement du système de surveillance urbaine de la tique et de la faune de New York City

Nous étudions comment l’urbanisation et la faune génèrent des dangers transmis par les tiques afin de comprendre la dynamique de transmission des agents pathogènes et les risques pour la santé publique. Ce protocole comblera une lacune dans notre compréhension du rôle de la faune dans les maladies transmises par les tiques. Ces deux domaines ont des méthodologies standardisées très spécifiques, qui n’ont pas encore été reliées de manière à comprendre comment les communautés fauniques influencent les maladies transmises par les tiques en milieu urbain.

Après avoir sélectionné les sites de surveillance de la faune et des ticks urbains, organisez tout l’équipement nécessaire et assurez-vous qu’il y ait suffisamment de caméras de protection de la faune, cartes mémoire, serrures et boîtes à sécurité disponibles pour chaque déploiement. Préparez suffisamment de piles neuves, en veillant à ce que chaque caméra pour animaux sauvages soit équipée d’un ensemble complet de piles neuves. La plupart des caméras fauniques nécessitent six à huit piles AA.

Pour chaque prochaine installation de caméras fauniques, vérifiez que toutes les données de la saison précédente ont été téléchargées depuis les cartes mémoire et correctement sauvegardées. Créez une étiquette incluant une brève description du projet et des coordonnées, comme une adresse e-mail permanente du projet. Imprimez l’étiquette et fixez-la solidement sur le dessus de chaque boîte verrouillée pour caméra animalière à l’aide d’un ruban adhésif transparent.

Étiquetez chaque caméra animalier avec un numéro d’identification unique. Ensuite, identifiez une carte SD avec le même identifiant de caméra, idéalement en l’associant au nom du site. Fixez la date et l’heure exactes pour chaque piège photo animalier.

Ajustez les réglages de chaque appareil photo animalier pour utiliser le mode multi-prise avec trois photos, un délai de 30 secondes entre les captures, une période de fonctionnement de 24 heures et une résolution d’image minimale de 16 mégapixels. Lors de la visite du site, sélectionnez des arbres situés à moins de 50 mètres du point généré aléatoirement qui conviennent à la pose de caméras pour la faune. Après avoir choisi un arbre approprié pour le placement de la caméra, retirez les gros brins d’herbe, feuilles ou objets qui pourraient obstruer le champ de vision de la caméra et interférer avec ses capteurs, qui ont une distance de détection allant jusqu’à 80 pieds.

Cela réduit les faux déclencheurs causés par le mouvement du vent. Placez la caméra de la faune à hauteur des genoux, à environ 50 centimètres, dans un endroit caché des sentiers, et orientez la caméra loin des zones de circulation humaine, comme les sentiers ou les passerelles, afin de minimiser la détection humaine. Évitez de placer la caméra directement orientée vers l’est ou l’ouest pour éviter l’éblouissement du soleil.

Ensuite, vérifiez que la caméra de la faune est alignée parallèlement au sol. Déployez des caméras fauniques à chaque emplacement sélectionné pendant au moins 28 jours, en veillant à ce que les déploiements aient lieu en janvier, avril, juillet et octobre afin de capturer la variation saisonnière de l’utilisation et de l’occupation de l’habitat faunique. Préparez tous les matériaux nécessaires pour la procédure de tick drag.

En portant des gants de laboratoire jetables tels que des gants en latex ou nitro, remplissez deux à trois fioles par transect végétal avec un minimum de 500 microlitres soit à 85 % d’éthanol, soit d’ARN ADN. Ensuite, imprimez suffisamment de fiches techniques pour correspondre à chaque transect prévu. Placez tous les matériaux de collecte des tiques, y compris les pinces, les marqueurs permanents, les fioles préparées, le ruban plastique transparent pour collecter les larves abondantes, et un ustensile d’écriture pour prendre des notes, dans une banane pour usage sur le terrain.

Préparez un sac banane par collecteur de données de terrain. Estimez la longueur de pas de chaque collecteur de données de terrain en leur faisant parcourir un transect de 10 mètres trois fois, puis calculez la longueur moyenne du pas. Pour la sécurité personnelle Lors de la collecte des tiques, préparez des vêtements clairs à manches longues comme des combinaisons blanches pour améliorer la visibilité des tiques sur le personnel.

Au moins 24 heures avant la collecte des tiques de champ, traitez les vêtements et chaussures avec des produits insecticides contenant 0,5 % de perméthrine et laissez-les sécher. Avant d’arriver sur le site, rentrez un pantalon dans les chaussettes pour éviter l’entrée des tiques. Allouez entre 30 minutes et une heure pour compléter chaque transectus de 100 mètres, en ajustant le temps selon la densité des tiques.

Notez les détails, y compris l’heure de la journée et les conditions météorologiques telles que la température, le vent et l’humidité relative, à l’aide d’un compteur météorologique. Notez les coordonnées de latitude et de longitude au début du transect à l’aide d’un téléphone ou d’un dispositif GPS avec une précision d’au moins 10 mètres. Ensuite, étalez un tissu de traînage en velure côtelée ou flanelle blanche d’un mètre par mètre sur le sol, en veillant à ce qu’il soit complètement déplié et en contact maximal avec le sol ou la pelouse de la forêt.

Marchez lentement sur une distance de 10 mètres en traînant le tissu derrière vous, puis arrêtez-vous pour inspecter le tissu à la recherche de tiques. Examinez attentivement le tissu pour détecter des tiques en le plaçant sous une lumière, en scannant systématiquement de gauche à droite et de haut en bas et en observant tout mouvement. Utilisez des pinces pour collecter toutes les tiques visibles et placez-les dans des fioles de 1,5 millilitre pré-remplies avec un écran ADN à 85 % d’éthanol ou d’ARN.

Utilisez un flacon séparé pour chaque transect de 100 mètres et étiquetez-le avec un numéro de transect unique. Si des larves abondantes sont présentes sur le tissu, collectez-les à l’aide d’un ruban adhésif transparent. À chaque intervalle de 10 mètres le long du transect, notez le nombre de ticks collectés sur la fiche technique.

Notez le type de végétation dominant dans chaque segment de 10 mètres, comme la litière de feuilles, la végétation herbacée non entretenue ou l’herbe entretenue en entretien. Enfin, à la fin du transect de 100 mètres, inspectez à nouveau les deux côtés du tissu de traînée pour détecter des tics et notez l’heure de fin ainsi que les coordonnées GPS avant de passer au transect suivant. Identifier et enregistrer l’espèce et le stade de vie de toutes les tiques collectées en suivant les clés taxonomiques des tiques communes.

Le Transect du gradient d’urbanisation a été conçu pour couvrir trois comtés, de New York à Long Island dans l’État de New York. Tous les sites de collecte des caméras et des tiques pour la faune étaient placés dans des parcs publics, des terrains de golf, des cimetières, des réserves naturelles et des jardins publics. Sur le gradient d’urbanisation, les sites sélectionnés de caméras de la faune ont capturé la moyenne et la répartition de la couverture superficielle imperméable, de la densité des habitations et de la couverture de la canopée arborée dans un rayon de deux kilomètres.

La couverture de la canopée arborée à moins de 100 mètres des caméras de faune a montré des variations dans chaque segment de transect, indiquant une qualité locale similaire de l’habitat à travers le transect. La collecte de données sur le terrain sur deux années d’échantillonnage a permis de réaliser 4 928 jours de piégeage photographique de la faune et de capturer 3 421 tiques nymphales à pattes noires, 575 tiques nymphales Lonestar et 329 tiques nymphales à longues cornes. Des caméras de faune ont enregistré 34 espèces uniques, dont 16 mammifères et 16 oiseaux, avec sept mammifères méso-mammifères observés de manière constante sur les sites.

La connectivité fonctionnelle était le facteur le plus fort de la probabilité d’occupation du cerf de Virginie, montrant une forte augmentation de l’occupation prédite au-delà d’une valeur seuil. Une plus grande occupation des cerfs de Virginie a considérablement anticipé une plus grande abondance de tiques nymphales à pattes noires. Ce protocole permet aux chercheurs d’étudier simultanément les dangers transmis par les tiques et la dynamique des hôtes de la faune sur un gradient d’urbanisation.

Un défi clé à considérer avec notre protocole est l’effort important nécessaire pour maintenir le transect et la dépendance à l’engagement des partenaires. Après l’établissement du transect, d’autres facteurs tels que sociaux ou abiotiques peuvent être évalués afin d’évaluer l’influence sur les dangers transmis par les tiques et la faune.