Name: Séquençage et assemblage de plasmides à longue lecture utilisant des flux de travail basés sur le séquençage nanopore (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-07-07T13:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 27 s
Description: Découvrez un protocole de séquençage nanopore pour maximiser le rendement et la précision du séquençage de plasmides chez Escherichia coli. Cette méthode tolère jusqu'à 72% de contamination chromosomique et permet le séquençage parallèle de 24 échantillons.

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<table><tbody><tr><td>1.5 mL Eppendorf DNA LoBind tube</td><td>Sigma Aldrich</td><td>EP022431081</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>1.5 mL tube racks</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>22-313630</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>15 mL conical tubes</td><td>FALCON</td><td>352096</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>15 mL tube racks</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>8850</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>2.0 mL microcentrifuge tubes</td><td>Fisherbrand</td><td>05-408-138</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>250 mL sterile flasks</td><td>PYREX</td><td>5320</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>Carbenicillin</td><td>GOLD BIOTECHNOLOGY</td><td>C-103-50</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>Centrifuge</td><td>Eppendorf</td><td>5424R-PR-R</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>Centrifuge</td><td>Eppendorf</td><td>5810R-P-R</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>Centrifuge bottles</td><td>Sigma Aldrich</td><td>B1283-4EA</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>Disposable Inoculating Loops: 1 µL</td><td>Fisherbrand</td><td>22-363-595</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>Electronic Digital Scale</td><td>Denver Instrument</td><td>APX-2001</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>Ethanol</td><td>Fisher Scientific</td><td>04-355-720</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>Ethanol-resistant markers</td><td>Sharpie</td><td>37001; 37002; 37003</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>Flow cell (R10.4.1)</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>FLO-MIN114</td><td></td></tr><tr><td>Flow Cell Wash Kit</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>EXP-WSH004</td><td></td></tr><tr><td>Gloves</td><td>X-GEN</td><td>44-100M</td><td>Toute marque de gants en nitrile fonctionne</td></tr><tr><td>Ice bucket</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>432128</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>Isopropanol</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP26184</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>MinION Sequencing Device</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>MIN-101B</td><td></td></tr><tr><td>Native Barcoding Kit 96 V14</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>SQK-NBD114.96</td><td></td></tr><tr><td>NucleoBond Xtra MIDI Plasmid DNA Extraction Kit</td><td>Takara</td><td>740410.5</td><td></td></tr><tr><td>PCR tube racks</td><td>AXYGEN</td><td>R96PCRFSP</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>PCR tubes: (0.2 mL)</td><td>AXYGEN</td><td>PCR-02-C</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>Program autocycler v0.5.2</td><td>Ryan Wick / University of Melbourne</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program bcftools v1.22</td><td>Wellcome Sanger Institute (HTSlib / Samtools team)</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program bwa v0.7.19</td><td>Heng Li, originally at the Broad Institute</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program canu v2.3</td><td>University of California, Davis & Pacific Biosciences collaborators</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program flye v2.9.6</td><td>University of California, San Diego (Pavel Pevzner lab)</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program medaka v2.1.1</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program metamdbg v1.2</td><td>INRIA</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program miniasm v0.3</td><td>Heng Li</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program minimap2 v2.28</td><td>Heng Li</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program minipolish v0.2.0</td><td>Ryan Wick / University of Melbourne</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program porechop v0.2.4</td><td>Ryan Wick / University of Melbourne</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program racon v1.5.0</td><td>Genome Institute of Singapore</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Program samtools v1.22.1</td><td>Wellcome Sanger Institute (HTSlib / Samtools project)</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Qubit® 4 Fluorometer</td><td>Invitrogen</td><td>Q33226</td><td></td></tr><tr><td>Qubit® Assay Tubes</td><td>Invitrogen</td><td>Q32856</td><td></td></tr><tr><td>Rapid Barcoding Kit 24 and 96 V14</td><td>Oxford Nanopore Technologies</td><td>SQK-RBK114.96</td><td></td></tr><tr><td>Set of micropipettes that dispense between 1 – 10 µL (P10), 2 – 20 µL (P20), 20 – 200 µL (P200) and 200 – 1000 µL (P1000)</td><td>RAININ</td><td>17008648; 17008650; 17008652; 17008653</td><td>Les micropipettes doivent être calibrées</td></tr><tr><td>Spectrophotometer</td><td>Thermo Scientific</td><td>335905P</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>Sterilized tips for 10 µL, 200 µL and 1000 µL</td><td>Eclipse</td><td>1011-260-000-9; 1018-260-000; 1019-260-000-9</td><td></td></tr><tr><td>Thermal cycler C1000 Touch</td><td>Bio-Rad</td><td>1851196</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr><tr><td>Water bath</td><td>Thermo Scientific</td><td>51221052</td><td>Il peut être remplacé par une autre marque</td></tr></tbody></table>

séquençage et assemblage de plasmides à longue lecture utilisant des flux de travail basés sur le séquençage nanopore

Long-Read Plasmid Sequencing and Assembly Using Nanopore Sequencing-Based Workflows

Séquençage et assemblage de plasmides à longue lecture utilisant des flux de travail basés sur le séquençage nanopore

The present study describes a workflow for nanopore sequencing designed to maximize plasmid DNA yield and sequencing accuracy. Researchers cover each step ...

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Nanopore technologie des biomolécules de séquençage a de vastes applications dans les sciences de la vie, y compris l’identification de pathogènes, surveillance de la sécurité alimentaire, analyse génomique, la surveillance de l’environnement métagénomiques et caractérisation des bactéries résistance aux antibiotique. Dans cet article, la procédure de séquençage de l’ADN du sol métagénomique pour identifier les espèces utilisant la technologie de séquençage nanopore est illustrée.

Séquençage de l’ADN pour l’analyse métagénomique sol NANOPORE

Long-lire des séquences facilitent considérablement l’assemblage des génomes complexes et caractérisation de variation structurale. Les auteurs décrivent une méthode pour générer des séquences ultra longues de plateformes de séquençage nanopore-basé. L’approche adopte une extraction d’ADN optimisée suivie de préparations de bibliothèque modifiée pour générer des centaines de kilobases se lit avec une couverture modérée à partir des cellules humaines.

Séquençage de l’ultra longue lecture pour l’analyse de l’ADN génomique ensemble

Le séquençage nanopore est une nouvelle technologie qui permet un séquençage rentable dans les emplacements distants et les paramètres pauvres en ressources. Ici, nous présentons un protocole pour le séquençage des mRNA de sang entier qui est compatible avec de telles conditions.

Séquençage de l’ARNm de sang total à l’aide du séquençage NANOPORE

Nous avons précédemment validé un protocole pour le séquençage du virus Usutu (USUV) à base d’amplicon sur une plate-forme de séquençage des nanopores. Ici, nous décrivons les méthodes utilisées plus en détail et déterminons le taux d’erreur de la cellule d’écoulement nanopore R10.

Valider le séquençage des nanopores du génome entier, en utilisant le virus Usutu comme exemple

Ce protocole détaille une approche globale pour la culture, le séquençage et l’assemblage hybride de novo du génome des bactéries urinaires. Il fournit une procédure reproductible pour la génération de séquences génomiques complètes et circulaires utiles pour étudier les éléments génétiques chromosomiques et extrachromosomiques contribuant à la colonisation urinaire, à la pathogenèse et à la dissémination de la résistance aux antimicrobiens.

Assemblage hybride du génome de novo pour la génération de génomes complets de bactéries urinaires à l’aide de technologies de séquençage à lecture courte et longue

Nous présentons ici un flux de travail rapide et rentable pour caractériser les génomes du virus de la rage (RABV) à l’aide de la technologie nanopore. Le flux de travail vise à soutenir la surveillance fondée sur la génomique à l’échelle locale, en fournissant des informations sur les lignées de RABV en circulation et leur placement dans les phylogénies régionales afin d’orienter les mesures de lutte contre la rage.

Séquençage du génome entier pour la caractérisation rapide du virus de la rage à l’aide de la technologie des nanopores

Ce protocole décrit un flux de travail allant des cultures cellulaires ex vivo ou in vitro au prétraitement des données transcriptomiques pour un criblage rentable de médicaments basés sur le transcriptome.

Dépistage de drogues basé sur la transcriptomique rentable

L’assemblage in vivo est une méthode de clonage indépendante de la ligature qui s’appuie sur des enzymes de réparation de l’ADN intrinsèques aux bactéries pour assembler des fragments d’ADN par recombinaison homologue. Ce protocole est à la fois rapide et économique, car peu de réactifs sont nécessaires et l’efficacité du clonage peut atteindre 99 %.

Utilisation de l’assemblage in vivo pour la construction de plasmides à haut rendement

Ce protocole a été optimisé pour le séquençage profond ciblé de 18 régions de résistance aux médicaments chez Mycobacterium tuberculosis à l’aide d’une plateforme de séquençage à lecture longue, suivi d’une analyse avec un pipeline bioinformatique spécifique à la tuberculose conçu pour les données à lecture longue.

Séquençage d’amplicon à l’aide des technologies de séquençage à lecture longue

séquençage cellulaire unique est un outil de plus en plus populaire et accessible pour aborder les changements génomiques à haute résolution. Nous fournissons un protocole qui utilise le séquençage d'une cellule unique pour identifier des altérations du nombre de copies dans des cellules individuelles.

Détection de Copy Number Transformations Utilisation unique cellule de séquençage

Découvrez un protocole de séquençage nanopore pour maximiser le rendement et la précision du séquençage de plasmides chez Escherichia coli. Cette méthode tolère jusqu'à 72% de contamination chromosomique et permet le séquençage parallèle de 24 échantillons.

Séquençage et assemblage de plasmides à longue lecture utilisant des flux de travail basés sur le séquençage nanopore

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