Name: Logiciel de cartographie des paramètres microgliales (MMPS) : un outil open source et convivial pour l’analyse quantitative de la morphologie de la microglie (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-07-24T12:55:00.000+00:00
Duration: 8 min 35 s
Description: Découvrez MMPS, un logiciel open source Python pour l'analyse quantitative semi-automatisée de la morphologie microgliale à partir d'images en immunofluorescence. Validé sur un modèle rongeur de neuroinflammation induite par LPS.

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<table><tbody><tr><td>12-well plate</td><td>Fisher Scientific</td><td>07-200-82</td><td>Plaque utilisée pour l'incubation et le lavage des sections de tissus.</td></tr><tr><td>Aluminum foil</td><td>Fisher Scientific</td><td>01-213-101</td><td>Utilisé pour protéger les échantillons fluorescents de l'exposition à la lumière.</td></tr><tr><td>Antigen Retrieval Buffer (10×)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>00-4955-58</td><td>Utilisé pour améliorer l'accessibilité aux antigènes lors de la coloration immunofluorescence.</td></tr><tr><td>Anti-Iba1 primary antibody</td><td>FUJIFILM Wako Pure Chemical Corporation</td><td>019-19741</td><td>Anticorps primaire utilisé pour le marquage immunofluorescent de la microglie.</td></tr><tr><td>Cryostat</td><td>Fisher Scientific</td><td>95-710-0L</td><td>Instrument utilisé pour découper le tissu cérébral congelé à des épaisseurs définies.</td></tr><tr><td>Donkey anti-Rabbit IgG, Alexa Fluor 555</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>A-21428</td><td>Anticorps secondaire fluorescent utilisé pour la visualisation des anticorps primaires de lapin.</td></tr><tr><td>Donkey Serum</td><td>Fisher Scientific</td><td>50-413-115</td><td>Réactif de blocage utilisé pour réduire la liaison non spécifique des anticorps.</td></tr><tr><td>EVOS FL Auto 2 Imaging System</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AMAFD2000</td><td>Microscope à fluorescence utilisé pour l'acquisition d'images.</td></tr><tr><td>Fiji (ImageJ) 2.16.0</td><td>NIH</td><td>fiji.sc</td><td>Plateforme de traitement d'images utilisée pour les analyses morphologiques en aval et les plugins.</td></tr><tr><td>Fluoromount-G</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>00-4959-52</td><td>Médium de montage utilisé pour préserver la fluorescence et fixer les lamelles.</td></tr><tr><td>Isoflurane</td><td>EntirelyPets Pharmacy</td><td>MWI502017</td><td>Anesthésique par inhalation utilisé pendant les procédures animales.</td></tr><tr><td>Lipopolysaccharide</td><td>Millipore Sigma</td><td>L2630</td><td>Utilisé pour induire une neuroinflammation systémique et une activation microgliale chez les rongeurs.</td></tr><tr><td>Matplotlib</td><td>https://pypi.org/project/matplotlib/</td><td></td><td>Bibliothèque de tracé Python utilisée pour la visualisation des données et la génération de figures.</td></tr><tr><td>MMPS (Mapping Microglial Parameters Software) v1.00</td><td>This work</td><td>https://github.com/NeurodegenerativePharmaceuticalLab/Mapping-Microglia-Parameters-Software/releases/tag/v1.00</td><td>Plateforme logicielle open-source développée pour l'analyse de la morphologie microgliale.</td></tr><tr><td>Net wells</td><td>Millipore Sigma</td><td>CLS3477</td><td>Inserts utilisés pour maintenir les sections de tissus en suspension libre pendant les procédures de coloration.</td></tr><tr><td>Numpy</td><td>https://pypi.org/project/numpy/</td><td></td><td>Bibliothèque Python utilisée pour les calculs numériques au sein de MMPS.</td></tr><tr><td>Objective lens (4×)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AMEP4922</td><td>Objectif à faible grossissement utilisé pour l'orientation anatomique et l'identification des régions.</td></tr><tr><td>Objective lens (40×)</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>AMEP4625</td><td>Objectif à fort grossissement utilisé pour l'imagerie de la morphologie microgliale.</td></tr><tr><td>opencv-python</td><td>https://pypi.org/project/opencv-python/</td><td></td><td>Bibliothèque de vision par ordinateur utilisée pour les fonctions de traitement d'image au sein de MMPS.</td></tr><tr><td>Paraformaldehyde</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>169650025</td><td>Fixatif utilisé pour la perfusion et la préservation des tissus avant le découpage.</td></tr><tr><td>Permount</td><td>Fisher Scientific</td><td>SP15-100</td><td>Médium de montage permanent utilisé pour la préservation des lames.</td></tr><tr><td>Phosphate-buffered saline</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP3991</td><td>Solution tampon utilisée pour le lavage des tissus et la préparation des réactifs.</td></tr><tr><td>Pillow</td><td>https://pypi.org/project/Pillow/</td><td></td><td>Bibliothèque d'imagerie Python utilisée pour les opérations de traitement d'image.</td></tr><tr><td>PyQt5</td><td>https://pypi.org/project/PyQt5/</td><td></td><td>Cadre GUI Python utilisé pour générer l'interface utilisateur graphique de MMPS.</td></tr><tr><td>Python 3.11</td><td>Python Software Foundation</td><td>python.org</td><td>Environnement de langage de programmation utilisé pour développer et exécuter MMPS.</td></tr><tr><td>R 4.3.2</td><td>R Foundation for Statistical Computing</td><td>r-project.org</td><td>Logiciel statistique utilisé pour l'analyse des données et la génération de graphiques.</td></tr><tr><td>Scikit-image</td><td>https://pypi.org/project/scikit-image/</td><td></td><td>Bibliothèque d'analyse d'image Python utilisée pour le traitement d'image et la segmentation.</td></tr><tr><td>Scipy</td><td>https://pypi.org/project/scipy/</td><td></td><td>Package de calcul scientifique Python utilisé pour le filtrage et les opérations de traitement d'image.</td></tr><tr><td>Sprague-Dawley Rats</td><td>Evingo</td><td>002</td><td>Animaux expérimentaux utilisés pour la validation du modèle de neuroinflammation.</td></tr><tr><td>Sucrose</td><td>Fisher Scientific</td><td>S5-3</td><td>Cryoprotecteur utilisé avant la congélation du tissu cérébral.</td></tr><tr><td>Tifffile</td><td>https://pypi.org/project/tifffile/</td><td></td><td>Package Python utilisé pour la lecture et l'écriture de fichiers d'images TIFF.</td></tr><tr><td>Tissue-Tek O.C.T. Compound</td><td>Sakura Finetek</td><td>4583</td><td>Médium d'incorporation utilisé pour la cryosection des échantillons de tissus congelés.</td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP151-100</td><td>Détergent utilisé pour la perméabilisation membranaire pendant l'immunofluorescence.</td></tr></tbody></table>

logiciel de cartographie des paramètres microgliales (mmps) : un outil open source et convivial pour l’analyse quantitative de la morphologie de la microglie

Mapping Microglial Parameters Software (MMPS): An Open-Source, User-Friendly Tool for Quantitative Microglia Morphology Analysis

Logiciel de cartographie des paramètres microgliales (MMPS) : un outil open source et convivial pour l’analyse quantitative de la morphologie de la microglie

Microglia are myeloid-derived immune cells of the central nervous system that mediate tissue degradation and remodeling following neurological injury and ...

mapping-microglial-parameters-software-mmps-an-open-source-user

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Source : Etienne, F. et al. Imagerie à deux photons de l’attraction des processus microgliaux vers l’ATP ou la sérotonine dans les tranches de cerveau aiguës. J. Vis. Exp. (2019)Cette vidéo démontre l’utilisation de la microscopie à deux photons pour étudier l’attraction des processus microgliaux vers un composé injecté dans des tranches de cerveau. Il donne un aperçu de la préparation de coupes de cerveau de souris, de l’injection d’un composé d’essai de chimioattractant et de l’imagerie de...

Microscopie à deux photons pour l’étude de l’attraction du processus microglial vers un composé dans une tranche de cerveau de souris

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Isolation des corticale microglie avec immunophénotype préservée et fonctionnalité De murins nouveau-nés

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Un enlisement test: Un protocole pour évaluer les interactions entre les neurones du système nerveux central et les phagocytes

activation de cellules microgliales et microgliose sont des réponses clés à la neurodégénérescence chronique. Ici, nous présentons les méthodes pour in vivo, la visualisation à long terme de la rétine CX3CR1-GFP + cellules microgliales par ophtalmoscopie confocale, et pour le seuil et analyses morphométriques d'identifier et de quantifier leur activation. Nous surveillons changements microgliales durant les premiers stades de glaucome liée à l'âge.

En Vivo Dynamique de la rétine microglial activation cours neurodégénérescence: confocale ophtalmoscopique Imaging and Cell Morphometry dans Souris glaucome

Ce protocole fournit une analyse des sous-populations de macrophages dans le système nerveux central de souris par cytométrie de flux et est utile pour l'étude de marqueurs multiples exprimés par ces cellules.

Analyse de la microglie et des macrophages dérivés de monocytes du système nerveux central par cytométrie de flux

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Quantifier les cellules microgliales morphologie de microphotographies d’immunohistochimie préparé des tissus à l’aide de ImageJ

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Cellule d'immunofluorescence utilisant IBA1 et TMEM119 pour la densité microgliale, la morphologie et l'analyse périphérique d'infiltration de cellules myéloïdes dans le cerveau de souris

Ici, nous décrivons un protocole combinant l’injection de virus adéno-associés avec l’implantation de fenêtres crâniennes pour l’imagerie simultanée de la dynamique microgliale et de l’activité neuronale chez la souris éveillée.

Imagerie simultanée de la dynamique microgliale et de l’activité neuronale chez des souris éveillées

Nous présentons ici deux protocoles pour quantifier l’engloutissement microglial des synapses vGLUT1-positives et des synaptosomes bruts marqués en rouge pHRodo à l’aide de la cytométrie en flux.

Quantification de l’engloutissement microglial du matériel synaptique à l’aide de la cytométrie en flux

Cet article démontre une méthode pour visualiser et quantifier la motilité et le contact de la microglie avec les points postsynaptiques de la rétine à l’aide de la microscopie confocale à disque tournant.

Imagerie en direct et caractérisation de la dynamique de la microglie et des interactions avec les synapses dans la rétine murine malade

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Cytométrie en flux et analyse de cellules uniques pour caractériser l’activation de la microglie dans le développement postnatal précoce du cerveau de souris

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