Method Article

להקל על ניתוח נתונים החיסוני עם טכניקות Analytic חזותית

DOI:

10.3791/2397

⸱

January 2nd, 2011

 ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Paediatrics, Division of Infectious and Immunological Diseases, Child and Family Research Institute, University of British Columbia, 2Department of Computer Science, University of British Columbia, 3Department of Psychology, University of British Columbia

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ניתוח חזותי (VA) היא גישה חדשה לניתוח נתונים באופן אינטראקטיבי. בסרטון הזה, אנו דנים את הבעיה עומס הנתונים שהובאו על ידי תפוקה גבוהה ניסויים ביולוגיים, ולהציע VA כפתרון לבעיה כזו. הסרטון מדגים ניתוח בתוך ובין מערכי נתונים החיסונית באמצעות כלי VA נקרא המחזה.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ניתוח חזותי (VA) התפתחה בדרך חדשה לניתוח במערך גדול באמצעות תצוגה ויזואלית אינטראקטיבית. אנחנו הדגימו את התועלת ואת הגמישות של גישה VA בניתוח מערכי נתונים ביולוגיים. דוגמאות של מערכי נתונים אלה כוללים באימונולוגיה cytometry זרימה, נתונים Luminex ו genotyping (למשל, פולימורפיזם נוקלאוטיד בודד) הנתונים. בניגוד לגישה המסורתית מידע חזותי, VA משחזר את כוח ניתוח בידי האנליסט בכך שהוא מאפשר למטפל לעסוק בתהליך נתונים בזמן אמת חקירה. בחרנו את התוכנה VA נקרא המחזה לאחר הערכת הכלים VA ​​מספר. שני סוגים של משימות ניתוח ניתוח בתוך ובין מערכי נתונים היו הפגינו במצגת וידאו באמצעות גישה המכונה ניתוח לזווג. ניתוח מותאמים, כהגדרתו VA, היא גישה לניתוח שבו מומחה כלי VA עובד Side-by-הצד עם מומחה תחום במהלך הניתוח. מומחה תחום הוא זה שמבין את המשמעות של הנתונים, ושואלת את השאלות הנתונים שנאספו אולי הכתובת. מומחה כלי מכן יוצר חזותיים כדי לעזור למצוא דפוסים בנתונים שעשויים לענות על השאלות האלה. זמן קצר בפיגור בין הדור השערה ואת התצוגה החזותית מהירה של נתונים היא היתרון העיקרי של גישה VA.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. חקירה מבוסס על ניתוח בתמונה

  1. יש לך בסיס הנתונים ואתה רוצה לחקור את הקשרים השונים בין העמודות בתוך הנתונים.
    1. (איור 1) ייבא את בסיס הנתונים על ידי לחיצה על "התחבר נתונים". בחר את סוג נתוני המקור ובצע ההוראות כדי לייבא את בסיס הנתונים שלך.
    2. (איור 1) ודא מדף הממדים מכיל עמודות קטגורי בעוד מדף אמצעי מכיל עמודות המספרי של בסיס הנתונים שלך. לפעמים עמודה מימד כגון מזהה הנושא עשוי להיות רשום למדוד אם זה ממוספר.....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

הופעת הטכנולוגיה תפוקה גבוהה במחקר ביו המודרנית הובילה לפיצוץ של נתוני מחקר הדורש דרך יעילה יותר של ניתוח. ניתוח חזותי (VA) היא מדע חשיבה אנליטית בהנחייתם של ממשקים ויזואליים אינטראקטיביים (1). הגישה VA משחזר את כוח אנליטי בידי האנליסט אדם, בניגוד לגישה המסורתית כדי לזהות דפוסים על ידי מחשב. ניתוח חזותי הוחל במחקר בתחומים שונים, כגון הגנה המחקר (1) מגמות הוריקן (2). עד כה, יש רק כמה דוגמאות של יישומים VA ​​בביולוגיה (3). הראינו במאמר זה וידאו VA היא גישה שניתן להוסיף לארסנל של הבי.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
אין ניגודי אינטרסים הכריז.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ברצוננו להודות לחברי ונקובר המכון חזותית Analytics (VIVA) להנפקה הערות ועצות עבור הפרויקט. בפרט, אנו רוצים להודות ג'ון דיל, בריאן פישר, דוד Darvill. אנו רוצים גם להודות לחברי המעבדה קולמן על תמיכתם דיונים מועילים. עבודה זו נתמכה בחלקה על ידי המכון הלאומי לאלרגיה ומחלות זיהומיות, המכון הלאומי לבריאות גרנט N01 AI50023: NCE אלרגן מענקים 07-A1a ו 07-B2B, ואת מייקל סמית הקרן לחקר בריאות. TRK הוא נתמך בחלקו על ידי פרס קריירה בתחום המדע ביו מן המודעה קרן Wellcome בורוז על ידי מכוני קנדי ​​למענק מחקר בריאות הדרכה בתוכנית הקנדי לבריאות הילד המדען המטפל, בשיתוף עם ילדים חולים, קרן הילד והמשפחה מכון המחקר ( קולומביה הבריטית), נשים ברי....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Thomas, J., Cook, K. Illuminating the Path: The Research and Development Agenda for Visual Analytics. , IEEE CS Press. (2005).
  2. Steed, C., Swan, J., Jankun-Kelly, T., Fitzpatrick, P. Guided Analysis of Hurricane Trends Using Statistical Processes Integrated with Interactive Parallel Coordinates. IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology. , IEEE. Atlantic City. 19-26 (2009).
  3. Saraiya, P., North, C., Lam, V., Duca, K.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Visual AnalyticsFlow CytometryLuminex DataGenotyping DataPaired AnalysisTableau SoftwareData VisualizationHypothesis GenerationIntegrated Data SetsCytokine Response

Related Articles