חקר פעילות מיקרוביאלית במעי האנושי על אקסופופוליסכרידים

תקציר

מקור: הו, י. et.al., ניתוח אינטראקציות בין אנדוביוטיקה למיקרוביום המעי האנושי באמצעות מערכות תסיסה במבחנה. J. Vis. Exp. (2019)

הסרטון הזה מדגים את ניתוח ייצור חומצות שומן קצרות שרשרת על ידי מיקרוביום המעי האנושי בתגובה לאקסופוליסכרידים. זה מדגיש את הפרדת וכימותי מוצרי התסיסה המיקרוביאליים באמצעות כרומטוגרפיית גז. התוצאות מגלות כי אקסופופוליסכרידים מווסתים את המטבוליטים המיקרוביאליים המשפיעים על דינמיקת הפתוגן של המארח במעי.

פרוטוקול

1. השפעות האקסופוליסכריד (EPS) על ייצור חומצות שומן קצרות שרשרת (SCFA) על ידי מיקרוביוטה במעי האנושי
   1. הוסיפו סופרנטנטים מותססים (1 מ"ל) שהוכנו בשלב 5.3 עד 2 מ"ל צינורות צנטריפוגה.
   2. הוסיפו 0.2 מ"ל של חומצה מטפוספורית של 25% (עם וולט) לכל דגימות וערבבו היטב את התמיסות על ידי וורטקס.
   3. צנטריפוגה את התערובות בעוצמה של 13,000 x גרם למשך 20 דקות והעבר את הסופרנטנטים לצינורות טריים.
   4. במקביל, יש להכין תמיסות של 120 מ"מ חומצות אצטיות, פרופיוניות, בוטיריות, איזובוטיריות, ולריות ואיזווולריות. לאחר מכן, הוסיפו 1 מ"ל מכל חומצה מוכנה ל-1.2 מ"ל של 25% חומצה מטפוספורית והשתמשו בו כקוקטיילים הסטנדרטיים.
   5. סנן את הדגימות באמצעות ממברנה של 0.22 מיקרומטר.
   6. זיהוי ריכוזי SCFA באמצעות כרומטוגרפיית גז בעלת ביצועים גבוהים.
      הערה: עמודת InertCap FFAP (0.25 mM x 30 m x 0.25 μM) משמשת לכרומטוגרפיית גז (GC). ריכוזי SCFA מדודים לאחר מכן על בסיס אזורי שיא באמצעות שיטת התקן הפנימי החד-נקודה בחבילת התוכנה GC Solution.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה

שם	חברה	מספר קטלוג	הערות
מסנני ממברנה של 0.22 מיקרון	מיליפור	SLGP033RB	שימוש לסינון דגימות
מסננת 0.4 מ"מ	תרמו פישר	308080-99-1	שימוש להכנת דגימות צואה של אדם
אצטי	סיגמא-אלדריץ'	71251	מדגם סטנדרטי עבור SCFA
בוטיריק	סיגמא-אלדריץ'	19215	מדגם סטנדרטי עבור SCFA
עמוד נימי	SHIMADZU-GL	InertCap FFAP (0.25 מ"מ × 30 מ' × 0.25 מיקרון)	שימוש בזיהוי SCFA
כרומטוגרפיה גזית	תאגיד שימאדזו	GC-2010 פלוס	שימוש בזיהוי SCFA
איזובוטיריק	סיגמא-אלדריץ'	46935-U	מדגם סטנדרטי עבור SCFA
חומצות איזווולריות	סיגמא-אלדריץ'	129542	מדגם סטנדרטי עבור SCFA
חומצה מטפוספורית	סיגמא-אלדריץ'	B7350	מדגם סטנדרטי עבור SCFA
NaOH	סיגמא-אלדריץ'	30620	הפתרון הבסיסי המשמש לכוונון ה-pH של המאגרים
פרופיוני	סיגמא-אלדריץ'	94425	מדגם סטנדרטי עבור SCFA
ולריק	סיגמא-אלדריץ'	75054	מדגם סטנדרטי עבור SCFA