כל ההליכים הכוללים איסוף דגימות בוצעו בהתאם להנחיות ה-IRB של המכון.
- שיטת זכוכית כיסוי תאית להיווצרות ביופילם
- לגדל בידוד חיידקי מעניין בלילה במדיה רצויה בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס עם ניעור (200 סל"ד).
הערה: נעשה שימוש במספר חיידקים שונים, כולל מבודדים קליניים Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Burkholderia cepacia complex ו-Achromobacter xylosoxidans. בחירת המדיה תלויה בזנים ובתנאים הרלוונטיים, אך ניתן להשתמש במדיום LB (מרק לוריה) בניסויים ראשוניים. - מתרבית לילה, הניחו 40 מיקרול תרבית ב-4 מ"ל של מדיום טרי וגדלו במשך 3-4 שעות בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס עם ניעור (200 סל"ד) כדי לקבל תרבית עם צפיפות אופטית של 600 ננומטר (OD600) של כ-0.5-0.6.
- דילל את התרבית משלב 1.2 עד 1/5 במדיה הרצויה עם סינון ליחה של 10% או בלי סינון ליחה (כבקרה). ניתן לבדוק ריכוזים נוספים של סינון ליחה (כלומר, 50% או 100%).
- השתמשו ב-200 מיקרוליטר מדילול כדי לזרוע בארות בתאי שקופה.
- אפשרו לחיידקים להידבק במשך 4 שעות בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס ללא רעידה.
- אחרי 4 שעות, הסר את המדיה ושוטף בעדינות את הביופילם עם 1x חומר טרי. החלף במדיה טרייה של 200 מיקרוליטר.
הערה: כדי לחקור את השפעות הליחה על הביופילם, המדיה הטרייה צריכה להכיל סופרנטנט ליחה. - אפשר לביופילמים לגדול לזמן הרצוי בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס ללא רעידה, החלפת מדיה כל 12 שעות, ללא שטיפה עד לזמן המיקרוסקופיה.
הערה: כדי לחקור את השפעת סופרנטנטים של ליחה על רגישות לאנטיביוטיקה לביופילם, מתווספות אנטיביוטיקות למדיה לאחר 24 שעות של צמיחת ביופילם ונשמרות במדיה עד לצביעה והדמיה של ביופילמים.