1. עיבוד אורגנואידים להיסטולוגיה: שיטת הספין דאון של אגרוז
הערה: פרוטוקול זה מעובד מפרסום קודם של Vlachogiannis et al. הוספנו שלב של הטמעת אגרוז כדי להטמיע את כל אוכלוסיות האורגנואידים בהצלחה.
- הסר מדיה קיימת מהבאר. היזהרו שלא לשאוף את כיפות קרום המרתף.
- הוסף נפח שווה (שווה לנפח המדיה שהוסר משלב 1) של תמיסת שחזור התא ודגר במשך 60 דקות ב- 4 ° C.
- עקרו את כיפת קרום המרתף באמצעות פיפטה ומעכו את כיפת קרום המרתף באמצעות קצה פיפטה. אספו את תמיסת שחזור הכיפה והתאים המנותקים בצינור של 1.5 מ"ל.
- צנטריפוגה ב 300 x גרם ו 4 ° C במשך 5 דקות.
- הסר את supernatant (תמיסת שחזור תאים). שמור את כל supernatants בצינורות נפרדים עד הסוף, כאשר נוכחות של אורגנואידים מאושר בשלב הגלולה הסופית.
- מוסיפים את הנפח הרצוי (טבלה 1) של PBS קר ופיפטה בעדינות למעלה ולמטה כדי להפריע לגלולה באופן מכני.
- צנטריפוגה ב 300 x גרם ו 4 ° C במשך 5 דקות.
- הסר את supernatant (PBS).
- תקן את הגלולה בנפח תואם (למשל, 500 μL עבור גלולה אחת מתנאי תרבית צלחת 24 בארות, טבלה 1) של 4% PFA למשך 60 דקות בטמפרטורת החדר.
- לאחר הקיבוע, צנטריפוגה ב 300 x g ו 4 ° C במשך 5 דקות.
- הסר את supernatant (PFA).
- יש לשטוף בנפח תואם (למשל, 500 מיקרוליטר לגלולה אחת ממצב תרבית צלחת 24 בארות, טבלה 1) של PBS וצנטריפוגה בטמפרטורה של 300 x גרם ו-4 מעלות צלזיוס למשך 5 דקות.
- הכינו אגרוז חם (2% אגרוז ב-PBS).
הערה: כאן, כדורי תא עבור חלקים קפואים ניתן להשעות ישירות ב 200 μL של תרכובת OCT.
- להשעות מחדש את גלולת התא ב 200 μL של agarose (2% PBS).
- מיד לאחר הוספת אגרוז, נתק בעדינות את גלולת התא מדופן הצינור של 1.5 מ"ל באמצעות מחט 25 גרם המחוברת למזרק 1 מ"ל. כפי שניתן לראות באיור 1, אם כדורית התא אינה מנותקת פיזית מהדופן של צינור 1.5 מ"ל, קיים סיכון לאבד את כל או חלק מכדורית התא במהלך תהליך הטבעה של אגרוז.
- חכו עד שה-2% ב-PBS יתגבשו לחלוטין.
- נתק את גוש האגרוז המוצק מצינור 1.5 מ"ל באמצעות מחט 25 גרם המחוברת למזרק 1 מ"ל.
- מעבירים את גוש האגרוז המנותק המכיל את גלולת התא לצינור חדש של 1.5 מ"ל.
- מלאו את הצינורית ב-70% EtOH והמשיכו הלאה באמצעות הפרוטוקול הקונבנציונלי להתייבשות רקמות והטבעה של פרפין.
טבלה 1: צפיפות זריעה, נפח קרום מרתף ונפח בינוני הדרושים לכיפה אחת
| צלחת תרבות | צפיפות זריעה (תאים) | נפח קרום מרתף (μL) | בינוני (μL) |
| 48 באר | 25,000-50,000 | 20 | 250 |
| 24 באר | 50,000-250,000 | 40 | 500 |
| 6 באר | 50,000-250,000 | 40 | 2,000 |