מאמר שיטה

FFPE Tumor Tissue Macrodissection: טכניקה להשגת רקמת גידול ספציפית מדגימות לא מוכתמות

30 באפריל 2023

במאמר זה

תקציר

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מקור: Sugimoto, K. et al. ניתוח גנומי של מתילציה של DNA בסרטן מערכת העיכול. J. Vis. Exp. (2020)

סרטון וידאו זה מתאר שיטה לניתוח ידני של רקמת סרטן מדגימות רקמה לא מוכתמת כדי להשיג רקמה סרטנית ספציפית. ניתן לעבד את מקטע הרקמה עוד יותר כדי להשיג DNA למחקרים ברחבי הגנום על סרטן מערכת העיכול.

פרוטוקול

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. גירוד השקופיות

  1. הכינו חיץ עיכול/ליזה עם 650 מ"ל של מים מטופלים בדיאתילפירוקרבונט (DEPC), 100 מ"ל של חומצה אתילאנדיאמיןטטראצטית (EDTA), 50 מ"ל של טריס הידרוכלוריד (Tris-HCL) 2 M pH 8.8, ו-200 מ"ל של 10% נתרן דודציל סולפט (SDS) (ראו טבלת חומרים).
  2. מלא צינור פוליפרופילן חד-פעמי בנפח 1.5 מ"ל בחיץ עיכול/ליזה בנפח 80 מ"ל (ראה טבלת חומרים).
  3. הכניסו קצה פיפטה נקי לתוך החיץ.
  4. זיהוי רקמות סרטניות של אזור הגידול המתאים ביותר למקרודיסקציה בהתאם לחלק המוכתם H&E המתאים.
  5. רקמת סרטן מקרודיסקט מבוססת על החלק המסומן המוכתם ב- H&E.
    1. קח סכין גילוח נקי וגרד בעדינות את הרקמה הסרטנית מהמגלשה, מנסה לשמור אותה בחתיכה אחת, כך שיהיה קל יותר לעבוד איתה.
    2. הוציאו את קצה הפיפטה מצינור פוליפרופילן חד-פעמי המכיל חיץ והשתמשו בו כדי להעביר את הרקמה המרוטשת לבקבוקון החיץ (ראו טבלת חומרים).
      הערה: הקצה הרטוב אמור למשוך את הרקמה, מה שמקל על ההעברה.
  6. חזור על שלב 1.5 עם שאר השקופיות.
  7. לאחר שהרקמה נמצאת בצינור הפוליפרופילן החד-פעמי, השתמש בקצה כדי לוודא שהרקמה שקועה במלואה ואינה דבוקה לדופן הצינור.
  8. הוסיפו 20 μL של פרוטאז סרין הקשור לסובטיליסין לבקבוקון והעבירו בעדינות לערבוב (ראו טבלת חומרים).
  9. הניחו את הבקבוקון בבלוק חום של 55 מעלות צלזיוס למשך 4 שעות לפחות או למשך הלילה. הקפידו להסתחרר מעט לאחר שעתיים.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
לא הוכרז על ניגוד עניינים.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
10% נתרן דודציל סולפט (SDS) איכות ביולוגית351-032-721 EA
מים שטופלו ב-DEPC איכות ביולוגית351-068-131
חומצה אתילאנדיאמיןטטראצטית (EDTA) קורנינג46-034-CL
טריס הידרוכלוריד (Tris-HCL) 2 M pH 8.8 איכות ביולוגית351-092-101
פרוטאינאז K מעבדות ביולוגיות של ניו אינגלנד P8107S
צינור פוליפרופילן חד-פעמי (Eppendorf)אפנדורף24533495

הדפסות חוזרות והרשאות

בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה

בקש הרשאה

תגיות

FFPEH EDNA

מאמרים קשורים