כאן תוארה שיטה לאיתור חיידקים בתוך רקמות משובצות פרפין באמצעות בדיקות DNA מכוונות 16S rRNA המכוונות ל-DIG. ניתן ליישם פרוטוקול זה כדי לחקור את תפקידם של חיידקים במחלות שונות כגון דלקת חניכיים, סרטן ומחלות חיסון דלקתיות.
מאמר שיטה
כאן תוארה שיטה לאיתור חיידקים בתוך רקמות משובצות פרפין באמצעות בדיקות DNA מכוונות 16S rRNA המכוונות ל-DIG. ניתן ליישם פרוטוקול זה כדי לחקור את תפקידם של חיידקים במחלות שונות כגון דלקת חניכיים, סרטן ומחלות חיסון דלקתיות.
נוכחות חיידקים בתוך אפיתל הכיס ורקמת החיבור הבסיסית בביופסיות חניכיים מחולים עם דלקת חניכיים דווחה בשיטות שונות, כולל מיקרוסקופ אלקטרונים, אימונוהיסטוכימיה או אימונופלואורסצנציה באמצעות נוגדנים ספציפיים לחיידקים, והכלאה פלואורסצנטית באתרה (FISH) באמצעות בדיקה אוליגונוקלאוטידים עם תווית פלואורסצנטית. עם זאת, שיטות אלה אינן נמצאות בשימוש נרחב בגלל מגבלה טכנית או קשיים. כאן הוצגה שיטה לאיתור חיידקים בתוך רקמות משובצות פרפין באמצעות בדיקות DNA המסומנות ב-DIG. הרקמות המשובצות בפרפין הן הצורה הנפוצה ביותר של רקמות ביופסיה הזמינות בבנקים פתולוגיים. ניתן לזהות חיידקים באופן ספציפי למין או באופן אוניברסלי. אותות חיידקים מזוהים כצורות נפרדות (קוקוס, מוט, פוזיפורם וצורה שעירה) של חיידקים או צורות מפוזרות. הטכניקה מאפשרת לקבל מידע היסטולוגי אחר: האפיתליה, רקמת החיבור, ההסתננות הדלקתית וכלי הדם מובחנים היטב. ניתן להשתמש בשיטה זו כדי לחקור את תפקידם של חיידקים במחלות שונות, כגון דלקת חניכיים, סרטן ומחלות חיסון דלקתיות.
חיידקים לשחק תפקיד באטיולוגיה של מחלות פה שונות כגון חניכיים, דַלֶקֶת הַמוֹך, pericoronitis, צלוליטיס, ודלקת עצם. על מנת להבין את תפקידם של חיידקים בפתוגנזה של מחלה ולעקוב אחר ההשפעה של טיפולים, לוקליזציה של חיידקים בתוך הרקמה חשובה. הנוכחות של חיידקים בתוך רקמת חניכיים מחולים עם מחלת חניכיים הוכחה בשיטות שונות, כולל מיקרוסקופ אלקטרונים 1,2, אימונוהיסטוכימיה וimmunofluorescence באמצעות חיידקים ספציפיים נוגדנים 3-7, וניאון הכלאה באתר (דגים) 8 באמצעות fluorescence- הבדיקה oligonucleotide שכותרתו מיקוד rRNA 16S. עם זאת, שיטות אלה אינן בשימוש נרחב בשל מגבלה או קשיים טכניים. לעומת נוגדנים, בדיקות מיקוד rRNA 16S קלות לייצר ולהשיג מינים-סגוליות. FISH הוכיח להיות כלי מצוין להדמיה של התרהeria בסביבתם הטבעית כגון biofilm שלט. עם זאת, יישום של דגים לדגימות רקמה מוגבל בשל autofluorescence של רכיבי רקמות שונים. לדוגמא, autofluorescence החזק של תאי דם אדומים לעתים קרובות מעכב את היישום של טכנולוגית הקרינה לרקמות מודלקות כשהם כרוכים בדימום 9.
כדי למקם חיידקים בתוך רקמות החניכיים המודלקות, ולכן, באתר שיטת הכלאה באמצעות digoxigenin (DIG) הבדיקה DNA -labeled פותחה ומיושמת בהצלחה 10,11. כאן פרוטוקול מפורט ללוקליזציה של חיידקים בתוך רקמות מוטבעים פרפין באמצעות פ בדיקות eubacterial -specific והאוניברסליות gingivalis תוארו. הוא התמקד בעיקר בסטנדרטיזציה של השיטה כדי שניתן תהיה לשכפל תוצאות דומות במעבדות אחרות. פרוטוקול זה מאפשר לוקליזציה של חיידקים בתוך ההקשר היסטולוגית שלהם וresuLTS הם מאוד לשחזור. הפרוטוקול המתואר ניתן להשתמש כדי למקם חיידקים או באופן מינים ספציפיים או אוניוורסלי ברקמות שונות. הבדיקה האוניברסלית שימושית במיוחד כדי לזהות חיידקים במחלות polymicrobial וללמוד את תפקיד פוטנציאלי של חיידקים במחלות שבי התפקיד של חיידקים מסוימים אינו ידוע.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
1. בדיקה הכנה
2. הכלאה באתר
שים לב: כדי למנוע ייבוש של הדגימות וחומרים כימיים, לבצע את כל incubations בתא humidified המרופד במגבות נייר רטובות.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
מופעי איור 1 dot סופג של בדיקות שכותרת DIG לעומת הבדיקה הבקרה החיובית המסופקת בערכה כדי לקבוע את רגישותם. 343 נ"ב פ הבדיקה -specific gingivalis היא 25 פעמים יותר רגישה מבדיקת eubacterial 70 נ"ב. איור 2 מראה הכלאה באתר של רקמות חניכיים המתקבלות מחולים עם מחלת חניכיים כרוניות לגילוי של פ gingivalis וeubacteria. אותות החיידקים, מוצגים בסגול, התגלו בתוך epithelia, propria lamina, וbiofilm הממוקם מחוץ לרקמה. עם זאת, ...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
הנה פרוטוקול למקם חיידקים בתוך רקמות מוטבעים פרפין באמצעות בדיקה DNA שכותרת DIG תואר. הבדיקה מתמקדת במולקולות ה- DNA או RNA של גן 16S rRNA חיידקים, ויכולות להיות מתוכננות בדיקות 16S rRNA המיקוד כמו גם מינים ספציפיים או אוניוורסלי. הכלאה מסוימת של פ הבדיקה -specific gingivalis לפ gingivalis אבל לא לחיידקים אוראליים אחרים כבר הראה בעבר 10. לעומת זאת, הבדיקה eubacterial הכלאה לכל DNA החיידקים הגנומי שנבדק (17 מינים שונים), למרות שיעילות הכלאה מגוונת ...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
יש המחברים אין לחשוף.
מחקר זה נתמך על ידי מענק (2013R1A1A3005669) מקרן המחקר הלאומית של קוריאה ומענק (HI13C0016) של בריאות הטכנולוגיה מו"פ פרויקט, משרד הבריאות והרווחה הקוריאני.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| אצטי אנהידריד | סיגמא | 6404 | |
| 50% תמיסת דקסטרן סולפט | Millipore | S4030 | |
| 50X Denhardt' s פתרון | Sigma | D2532 | |
| DEPC | Sigma | P159220 | |
| DIG ערכת תיוג וזיהוי DNA | Roche | 11 093 657 910 | |
| Formamide | Sigma | F9037 | |
| ImmEdge™ Pen | Dako | H-400 | |
| Levamisole | Vector | SP-5000 | |
| מגנזיום כלוריד | Sigma | 246964 | |
| חומצה מאלית | Sigma | M0375 | |
| מתיל ירוק | Sigma | M6776 | |
| Paraformaldehyde | Sigma | P1648 | |
| Permount | Fisher | SP15-500 | |
| תמיסת DNA של זרע סלמון | Invitrogen | #15632-011 | |
| נתרן כלורי | Sigma | S9625 | |
| נתרן ציטראט | Duksan | D1420 | |
| נתרן דודציל סולפט | אמרסקו | 227 | |
| Triethanolamine-HCl | Sigma | 90279 | |
| Tris-HCl | Research אורגניים | 3098T |
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה
בקש הרשאה