מאמר שיטה

Transcriptome Profiling של In-Vivo עוברי אדם שור הופק באמצעות פלטפורמת microarray שני צבעים

DOI:

10.3791/53754

⸱

30 בינואר 2017

 ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Agricultural, Food and Nutritional Science, University of Alberta, 2Livestock Research Branch, Alberta Agriculture and Forestry, 3Laboratory of Functional Genomics of Early Embryonic Development, Université Laval

* These authors contributed equally

במאמר זה

סיכום

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
טכנולוגיית

Microarray מאפשרת מדידה כמותית ופרופיל ביטוי גנים של תעתיקים על בסיס גנומי. לכן, פרוטוקול זה מספק הליך טכני אופטימלי במערך בקר בהתאמה אישית בשני צבעים תוך שימוש בעוברי בקר ביום 7 כדי להדגים את ההיתכנות של שימוש בכמות נמוכה של RNA כולל.

תקציר

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

אובדן עוברי מוקדם תורם רבות לאי פוריות בבקר. יתר על כן, בקר הופך למודל מעניין לחקר התפתחות עוברים אנושיים לפני השרשה בשל תהליך ההתפתחות הדומה שלהם. למרות שידוע שגורמים גנטיים משפיעים על התפתחות עוברית מוקדמת, גילוי גורמים כאלה היווה אתגר רציני. טכנולוגיית מיקרו-מערך מאפשרת מדידה כמותית ופרופיל ביטוי גנים של רמות תעתיק על בסיס גנומי רחב. אחת ההחלטות העיקריות שיש לקבל בעת תכנון ניסוי מיקרו-מערך היא האם להשתמש בגישה של צבע אחד או שניים. עיצוב דו-צבעוני מגביר את השכפול הטכני, ממזער את השונות, משפר את הרגישות והדיוק וכן מאפשר עיצובי לולאה, המגדירים את דגימות הייחוס הנפוצות. למרות שמיקרו-מערך הוא כלי ביולוגי רב עוצמה, ישנן מלכודות פוטנציאליות שיכולות להחליש את כוחו. לפיכך, במאמר טכני זה אנו מדגימים פרוטוקול אופטימלי למיצוי RNA, הגברה, תיוג, הכלאה של ה-RNA המוגבר המסומן למערך, סריקת מערך וניתוח נתונים באמצעות אסטרטגיית ניתוח שני צבעים.

מבוא

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

אובדן עוברי מוקדם בפרות חולבות גבוהות בהפקה הוא אחד האתגרים המרכזיים בתעשיית חלב 1, 2. שור הפך מודל מעניין ללמוד פיתוח עובר preimplantation אדם בשל תהליך התפתחותי הדומה שלהם 3, 4. עם זאת, מחקרים נוספים נדרשים להיות בעלי הבנה טובה יותר על גנים המעורבים בהתפתחות העוברית המוקדמת שור.

אחרי עשרים שנה מאז טכנולוגית microarray הראשונה שפותחה בשנת 1995 5, התפתחות שגיאות דפוס מופחת טכנולוגיית ייצור בדיקה מתוחכמות יותר ושונה של שבבי מערך בתוך ובין פלטפורמות microarray השונות 6. טכנולוגית microarray משופרת הביאה יישום נרחב של טכנולוגיה זו במחקר קליני 7 ולאחרונה, ב q עובר המוקדםuality הערכה 8.

הכמות הגדולה של חומר הנדרש עבור טכנולוגית microarray היא הסיבה העיקרית מדוע טכנולוגית microarray בתחילה נכשלה להזין מספר של תחומי מחקר כגון התפתחות עוברית מוקדמת. לאחרונה, שיטות הגברה RNA שופרו כדי להגביר באופן ליניארי RNA עד רמת מיקרוגרם מ-ננוגרם תת החל RNA חומר 9. ישנן מספר הגברת RNA המסחרית ערכות קיימות בשוק; עם זאת, הערכות המפותחות יותר הפופולריות קשורות Ribo-יחיד פריימר איזו תרמים הגברת 10 ו אמרגן T7 מונע 11 שיטות. הגברת RNA antisense הפופולרית ביותר משתמשת ב שעתוק במבחנה עם פריימר אוליגו dT קשר אמרגן T7 ב 5 'סוף 12. טכנולוגיה זו מאפשרת שמירה על רוב תמלילי אנטי תחושה נציג לאחר f הגברה ליניאריתאו מערכי הכלאה 13. שיטה זו הותאמה כדי להגביר רמת picogram של רנ"א הכל מופק שור עובר 8.

הצמדת יוניברסל מערכת (ULS) היא שיטת התיוג אשר ישירות משלבת את ה- DNA או RNA מוגבר עם צבע פלואורסצנטי צמוד פלטינה או Cyanine 547 או Cyanine 647, על ידי יצירת קשר קואורדינטיבית על מצבת N7 של גואנין 14. שיטה זו הותאמה במחקר עובר כדי ליצור יותר יציב מוגבר ארנה ללא שינוי לעומת aminoallyl שהשתנה ארנה שנוצרה על ידי שיטה אנזימטית 15. שני שיטות לצבוע וסימון שני צבעים יחידים הותאמו באמצעות מערכת הצמדת יוניברסל microarray. מחקר השוואות microarray גדול היה כי קיימת קורלציה טובה של איכות נתונים בין פלטפורמות מערך אחד ושני צבע 6.

לאחרונה, הוא כונן אמרגן T7n antisense RNA הגברה וסימון ULS שיטות פותחו כדי לספק פרוטוקול אמין יותר כדי לייצר כמות מספקת של איכות גבוהה שכותרתו חומרי ארנה כלת microarray 8, 16. לכן, מחקר זה מספק פרוטוקול להפגין חלק מן הצעדים החשובים של מיצוי RNA לניתוח נתונים מעורבים microarray שני צבעים באמצעות עוברי שור יום 7 כדוגמה.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

החלק החי של מחקר זה נערך על יחידת המחקר מטבולית מאוניברסיטת אלברטה, אדמונטון, קנדה, עם כל הפרוצדורות חיה אישרה (פרוטוקול # AUP00000131) על ידי אוניברסיטת טיפול בבעלי חיים אלברטה ועדת שימוש, וחיות טיפלה פי אל המועצה הקנדית של הנחיות טיפול בבעלי חיים (1993).

1. ייצור העובר, בידוד של רנ"א סך טיפול DNase

  1. עבור פרוטוקולי ניסוי בבעלי חיים ואיסוף עובר מתייחס בפרסומים הקודמים שלנו 17, 18.
  2. ברכה ולהצמיד להקפיא עובר בשלב דומה מכל פרא בחנקן נוזלי ולאחר מכן לשמור ב -80 ° C עד מיצוי RNA.
  3. חלץ סך RNA באמצעות ערכת חילוץ RNA מבוסס עמודה המאפשרת לחלץ RNA ממדגמים פיקו בקנה מידה (מידע ערכה זמין רשימת חומר).
    הערה: מומלץ הערכה מכילה: מיזוג הצפה, הפקת buffer, 70% אתנול, לשטוף הצפת 1, לשטוף הצפת 2, הצפת elution, עמודות טיהור RNA עם צינורות איסוף צינורות microcentrifuge.
  4. הוסף 10 μL הפקת הצפת עוברים המכילים צינור דגירה במשך 30 דקות ב 42 מעלות צלזיוס. צינור צנטריפוגה ב 800 XG למשך 2 דקות כדי לאסוף תאים לחלץ לתוך הצינור microcentrifuge.
  5. פיפטה 250 μL אויר חוצץ על הממברנה מסנן טור טיהור. דגירת עמודת טיהור RNA עם מיזוג הצפה במשך 5 דקות בטמפרטורת חדר. צנטריפוגה עמודת הטיהור בצינור האוסף ב XG 16,000 דקות 1.
  6. פיפטה 10 μL של אתנול 70% לתערובת של הצפת ועוברים הפקת RNA. מערבבים היטב על ידי pipetting למעלה ולמטה. תערובת פיפטה לתוך טור טיהור preconditioned.
  7. כדי לאגד RNA, צנטריפוגות העמודה טיהור 2 דקות ב 100 XG ומיד בצע על ידי צנטריפוגה ב XG 16,000 למשך 30 שניות כדי להסיר הזרימה דרך.
  8. פיפטה 10081; L של הצפה לשטוף 1 לתוך טור טיהור צנטריפוגות דקות 1 ב 8000 x ז.
    הערה: טיפול DNase מומלץ אם ביצוע שעתוק או הגברה הפוך לאחר בידוד RNA.
  9. לעכל הדנ"א הגנומי מיד אחרי צעד 1.8.
    הערה: ערכת DNase המומלצת זמינה רשימת חומר. ערכה מומלצת כוללת: פתרון מניות DNase אני הצפה.
  10. הכין תערובת דגירת DNase על ידי ערבוב 5 מניות פתרון μL DNase אני עם 35 μL הצפה. מערבבים על ידי היפוך בעדינות.
  11. פיפטה את תערובת דגירת μL DNase 40 ישירות לתוך קרום טור טיהור. דגירה בטמפרטורת החדר למשך 15 דקות.
  12. פיפטה 40 μL הצפת לשטוף 1 לתוך קרום טור טיהור ואז צנטריפוגות ב 8000 XG במשך 15 שניות.
  13. פיפטה 100 μL הציפו לשטוף 2 לתוך טור טיהור צנטריפוגות דקות 1 ב 8000 x ז.
  14. פיפטה עוד 100 לשטוף μL הצפת 2 לתוך הטור טיהור צנטריפוגותבמשך 2 דקות ב 16,000 x ז.
  15. מעבירים את העמודה טיהור לצינור 0.5 מ"ל microcentrifuge חדש. פיפטה 11 μL של הצפת elution ישירות על הממברנה של עמודת הטיהור. כדי להבטיח ספיגה מקסימלית של הצפת elution לתוך קרום, לגעת בעדינות את קצה פיפטה אל פני השטח של הממברנה תוך מחלק למאגר elution.
  16. דגירה עמודה עבור 1 דקות בטמפרטורת החדר. צנטריפוגה העמודה דקות 1 XG ב 1000 על חלוקת הצפת elution בעמודה, ואז ספין דקות 1 ב 16,000 XG כדי elute רנ"א.
  17. השתמש מכשיר bioanalyzer פי הוראות היצרן כדי להעריך את איכות RNA וכמות 19.
  18. חנות המדגם RNA ב -80 ° C עד השימוש.

2. RNA הגברה וסימון לניתוח microarray

הערה: עבור המשתמש בפעם הראשונה עובדים עם RNA הגברה ונהלים תיוג, השתמש חמש ng של ספייק-ב RNA along עם דגימות ארנה בפועל לפקח על המדידה ובקרת איכות של הגברת RNA כלאה. ספייק-בתמהיל RNA מכיל עשרה במבחנה מסונתז, תמלילי polyadenylated ביחסים שנקבעו מראש. כאשר ההליך מבוצע כראוי, את התמלילים שכותרתו במיוחד להכליא רק בדיקות בקרה משלים במערכים והנתונים ניתן לסרוק לעקוב אבטחת בקרת איכות עם עצמי מינימאלי או הכלאת צלב. תיאור פרטים נוספים לגבי עוצמות ממוסמר-ב מלאה הליך נורמליזציה לאחר סריקת ניתוח מערך והנתונים מתייחסים לפרסומים קודמים 20, 21. ההליך הבא ניתן משתמשי microarray השיגרתי.

  1. כן 100 pg מדגם RNA באיכות גבוהה (מספר Integrity RNA (רין ערך) לפחות> 7.0) בהיקף כולל של 10 - 11 μL.
  2. להגביר את הדגימות רנ"א עם ערכת הגברת יכולתלעבוד עם דגימות פיקו בקנה מידה (קטן כמו 100 pg).
    הערה: מידע ערכת הגברה מומלצת זמין חומר רשימה ועוקב אחר הוראות היצרן ללא כל שינוי.
  3. השתמש quantitation קרינה המבוסס להעריך את הפרופיל של מגוון הגודל של ארנה המוגבר.
  4. להשתמש במכשיר ספקטרופוטומטר (מבוסס על הספיגה ב ננומטר 260 ו -280) כדי למדוד את הריכוז של ארנה המוגבר.
  5. אחסן את ארנה מוגבר ב -80 ° C עד מוכן תיוג.
  6. השתמש 2 מיקרוגרם של רנ"א מוגבר עבור תיוג פלורסנט פי מדריך למשתמש ערכת תיוג ULS ארנה.
    הערה: מאז Cyanine 547 ו Cyanine 647 לצבוע רגישים שפלת תמונה לצבוע Cyanine 647 נפגע בקלות על ידי אוזון, הליך התיוג מתרחשת כמות מינימאלית של אור תחת סביבת אוזון חינם.
  7. הפעל את תיבת האוזון (איור 1 א) עד לרמה של אוזון הוא 0.001 ppm.
  8. האם התקנת התגובה בתוך קופסא האוזון (איור 1B) על ידי הוספת 2 μL של Cyanine 547 או Cyanine 647, 2 μL של חיץ תיוג, ולאחר מכן להתאים לנפח סופי של 20 μL עם מי RNase ללא תחת safelight. הוסףמסנן החושך אל מקור האור.
  9. מערבבים בעדינות דגירה צינורות ב thermocycler ב 85 מעלות צלזיוס למשך 15 דקות. דגימות מקום על קרח דק 1 לפחות. ספין למטה כדי לאסוף תוכן של צינורות לפני שתמשיך עם ערכת חילוץ RNA, למעט השלבים הקשורים טיפול DNase (מ 1.9 ל 1.11), לנקות את RNA מוגבר שכותרתו סיי-צבע.
  10. להשתמש במכשיר ספקטרופוטומטר למדוד ולקבוע את ריכוז RNA מוגבר שכותרתו ולשמור ארנה שכותרתו במקסימום -80 מעלות צלזיוס במשך 3 ימים לפני השימוש.

3. הכלאה microarray ו כביסה

הערה: השלבים החשובים הבאים מותאמים על פי שני צבעים מבוססים Microarray Gene Expression ניתוח פרוטוקול (גרסה6.5, מאי 2010).

  1. להוסיף כמות שווה של 825 ng מכל Cyanine 547- ו Cyanine 647 שכותרתו ארנה ומערבב עם 25x פיצול 10x מאגרי חסימה.
  2. מחמם את התערובת על 60 מעלות צלזיוס במשך 15 דקות ומצננים על קרח דקות 1.
  3. להוסיף כמות שווה של חיץ הכלאה 2x ומערבבים היטב.
  4. צנטריפוגה ב 13,000 סל"ד, ולאחר מכן את התערובת מוכנה הכלאה.
  5. טען 100 μL מהתערובת לשקופית המערך ולאטום את השקופית בתוך החדר הכלה.
  6. טען את התא התאסף לתוך תנור הכלאה במשך 17 שעות ב 65 מעלות צלזיוס מסתובב ב 10 סל"ד בתנור.
  7. שטוף את המערכים פי פרוטוקול טיפול גינת אוזון על ידי טבילה לתוך ייצוב וייבוש פתרון למשך 30 שניות.
  8. הסר את המערכים מהפתרון ולוודא שטח המערך הוא יבש ללא חלקיקי אבק

4. שקופיות microarray סריקה

  1. שמור על מערכים במקום חשוך ולהדליק scannאה עד שהוא מוכן לשימוש (זמן המתנה 15 דקות).
  2. טען את הברקוד מערך בצד שמאל, לתוך הסורק ולהתחיל סריקה. האם ניתוח הנקודה על פי המדריך למשתמש תוכנה ולשמור את הנתונים בפורמט קובץ (GPR).

5. ניתוח סטטיסטי

  1. הורד את תוכנת FlexArray http://genomequebec.mcgill.ca/FlexArray/license.php לחץ על "נתונים גולמיים לייבא" ו לטעון את קבצי GPR לתוך FlexArray.
  2. בצעו את הנורמליזציה וניתוח סטטיסטי במידת הצורך על ידי ביצוע ההוראות. הערה: חישוב הסף לבחירת נקודה חיובית במחקר זה כפי שתואר קודם לכן 22.
  3. בחר הנפתח ידני מצופת העלילה של FlexArray כדי להציג את כל מקומות הכלאת אותות רקע. הערה: תמונה דומה של ממוסמר בבקרה לאחר הכלאה אל microarray ניתן לראות במחקר הקודם 8.
  4. תבחרנורמליזציה הלס בתוך המערך הבאה על ידי בחמישון בין תהליך נורמליזציה מערכים מן FlexArray הנפתחת ידנית בהתאם.
  5. לייצא את כל הנתונים המנורמלים FlexArray לתוך קובץ Excel לשימוש נוסף.

6. ביואינפורמטיקה ניתוח

ההערה המקורית של הרצפים החלליים מתמלילים עובריים ספציפי שור (BESTv1) microarray תוארה בעבר 8. במחקר הנוכחי, 20,403 סמלים ג'ין ייחודי (GS) התקבלו ( מוסף File1 ) דרך מערכת ניהול מידע EmbryoGENE מעבדה (LIMS) ELMA (http://elma.embryo-gene.ca). רשימת 6765 גנים ייחודיים ( מוסף file2 ) נבחרה תואם את אותות חיוביים כל לאחר תהליך נורמליזציה microarray (שלב 5.5) מפרופיל ביטוי גנים העוברים יום 7 שור. סף איתות חיובי חושב על בסיס הפרסום חדיר 16 מעוצמת האות של ערך A.

  1. כדי לבצע אנליזה פונקציונלית עם פנתר (חלבון ניתוח באמצעות קשרים אבולוציונית) סיווג מערכת 23, 24, פתח את הקישור הבא (http://www.pantherdb.org/about.jsp).
  2. העלאת רשימת 6765 GS עובר ספציפי לזהות תהליך ביולוגי ספציפי במהלך ההתפתחות עוברית באמצעות בדיקה לייצוג יתר סטטיסטית ולהשתמש הגדרת ברירת מחדל של taurus Bos (כל הגנים במאגר) כרשימת התייחסות 25.
    הערה: פעולה זו מאפשרת זיהוי של תהליכים התפתחותיים הקשורים מתנאי GO כי הם סטטיסטית יתר או תת לידי ביטוי באמצעות מבחן הבינומי.
  3. P-ערך נקבע סף <0.05 כברירת מחדל תוכנה. ניתן להוריד נתונים ו Exported לתוך קובץ Excel לבחירה נוספת 16.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

תוצאת נציג של RNA סך ארנה מוגבר מעובר שור יום 7 מוצגת באיור 3 ו מסוכמת בטבלת 1.

ניתן להעריך יושרה פרופיל RNA לאחר מיצוי RNA. הערכת איכות של RNA יכול להיעשות על ידי מכשיר bioanalyzer (איור 3 א) ורק דגימות אלה עם ערך רין גבוה יותר מאשר 7.0 כשירים לשמש הגברה (טבלה 1).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

הבעיה הראשונה לבצע ניתוח microarray באמצעות עוברי שור יום 7 אינו מקבל כמות מספקת של RNA באיכות גבוהה ללימוד ביטוי גנים. מיצוי RNA פנול / כלורופורם מסורתי שיטת משקעי אתנול אינו מומלץ יום 7 עובר, וכתוצאה מכך תשואה נמוכה פנול שאריות האפשרית עיכוב תגובת הגברת RNA. במקום זאת, שיטה סטנדרטית מבוסס עמודה עדיפה לבודד רנ"א מכיל ואז elute רנ"א עם חיץ elution מינימום להגדיל את הריכוז. בממוצע 780 pg של רנ"א הכל לכל העובר מתקבל במחקר הנוכחי אשר ניתן להשוות עם דיווחים אחרים באמצעו...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

למחברים אין מה לחשוף.

תודות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מחקר הנתמך על ידי סוכנות בעלי החיים והבשר של אלברטה, אלברטה מחדשת - BioSolutions, אלברטה מילק, וענף מחקר בעלי חיים, אלברטה חקלאות ויערנות.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
ערכת בידוד RNA של PicoPureביוסיסטמס יישומיKIT0204
סט DNase ללא RNase (50)Qiagen79254
Agilent RNA 6000 Pico KitAgilent Technologies5067-1513
Arcturus RiboAmp HS PLUS KitApplied BiosystemsKIT0505
2100 Bioanalyzer InstrumentsAgilent TechnologiesG2940CA
קלטת מסך RNAAgilent Technologies5067-5576
ערכת תיוג פלואורסצנטי ULSKreatech DiagnosticsEA-021
מיקרו-מערכי ביטוי גנים מותאמים אישיתAgilent TechnologiesG2514F
מאגר שטיפת ביטוי גנים Agilent 1Agilent TechnologiesPart #5188-5325
מאגר שטיפת ביטוי גנים זריז 2AgilentTechnologies Part #5188-5326
2x Hi-RPM מאגר היברידיזציהAgilent Technologies  חלק #5190-0403
25x מאגר שבריםAgilentTechnologies חלק #5185-5974
10x GE Blocking AgentAgilent TechnologiesPart #5188-5281
פתרון ייצוב וייבושAgilent Technologies  חלק #5185-5979
שקופיות אטם מופעלות על ידי Agilent SureHyb techonolgyAgilent TechnologiesG2524-60012חבילה של 20 שקופיות אטם, 4 מיקרו-מערכים/שקופיות
ערכת ספייק אין RNA דו-צבעוניתAgilent Technologies  Cat# 5188-5279
GenePix 4000B סורק מערךהתקנים מולקולרייםGENEPIX 4000B-U
קופסה ללא אוזוןBioTrayOFB_100x200
קובץ GALAgilent Technologies-

מקורות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Royal, M. D., Smith, R. F., Friggens, N. C. Fertility in dairy cows: bridging the gaps. Animal. 2 (08), 1101-1103 (2008).
  2. Diskin, M. G., Murphy, J. J., Sreenan, J. M. Embryo survival in dairy cows managed under pastoral conditions. Anim. Reprod. Sci. 96 (3-4), 297-311 (2006).
  3. Wrenzycki, C., et al. Effects of culture system and protein supplementation on mRNA expression in pre-implantation bovine embryos. Hum. Reprod. 16 (5), 893-901 (2001).
  4. Menezo, Y. J., Herubel, F. Mouse and bovine models for human IVF. Reprod. Biomed. Online. 4 (2), 170-175 (2002).
  5. Schena, M., Shalon, D., Davis, R. W., Brown, P. O. Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray. Science. 270 (5235), 467-470 (1995).
  6. Patterson, T. A., et al. Performance comparison of one-color and two-color platforms within the MicroArray Quality Control (MAQC) project. Nat. Biotechnol. 24 (9), 1140-1150 (2006).
  7. Rhodes, D. R., Chinnaiyan, A. M. Integrative analysis of the cancer transcriptome. Nat. Genetics. 37, 31-37 (2005).
  8. Robert, C., et al. Combining resources to obtain a comprehensive survey of the bovine embryo transcriptome through deep sequencing and microarrays. Mol. Reprod. Dev. 78 (9), 651-664 (2011).
  9. Nygaard, V., Hovig, E. Options available for profiling small samples: a review of sample amplification technology when combined with microarray profiling. Nucleic Acids Res. 34 (3), 996-1014 (2006).
  10. Kurn, N., Chen, P., Heath, J. D., Kopf-Sill, A., Stephens, K. M., Wang, S. Novel isothermal, linear nucleic acid amplification systems for highly multiplexed applications. Clin Chem. 51 (10), 1973-1981 (2005).
  11. Van Gelder, R. N., von Zastrow, M. E., Yool, A., Dement, W. C., Barchas, J. D., Eberwine, J. H. Amplified RNA synthesized from limited quantities of heterogeneous cDNA. Proc. Natl. Acad. Sci. 87 (5), 1663-1667 (1990).
  12. Phillips, J., Eberwine, J. H. Antisense RNA Amplification: A linear amplification method for analyzing the mRNA population from single living cells. Methods. 10 (3), 283-288 (1996).
  13. Gilbert, I., Scantland, S., Dufort, I., Gordynska, O., Labbe, A., Sirard, M. A., Robert, C. Real-time monitoring of aRNA production during T7 amplification to prevent the loss of sample representation during microarray hybridization sample preparation. Nucleic Acids Res. 37 (8), 65(2009).
  14. Gijlswijk, R. P., Talman, E. G., Jansse, P. J., Snoeijers, S. S., Killian, J., Tanke, H. J., Heetebrij, R. J. Universal Linkage System: versatile nucleic acid labeling technique. Expert Re. Mol. Diagn. 1 (1), 81-91 (2001).
  15. Gilbert, I., Scantland, S., Sylvestre, E. L., Dufort, I., Sirard, M. A., Robert, C. Providing a stable methodological basis for comparing transcript abundance of developing embryos using microarrays. Mol. Hum. Reprod. 16 (8), 601-616 (2010).
  16. Tsoi, S., et al. Development of a porcine (Sus scofa) embryo-specific microarray: array annotation and validation. BMC Genomics. 13, 370(2012).
  17. Salehi, R., et al. Superovulatory response and embryo production in Holstein cows fed diets enriched in oleic, linoleic or α-linolenic acid. Reprod. Fertil. Dev. 26 (1), 218-218 (2013).
  18. Thangavelu, G., Colazo, M. G., Ambrose, D. J., Oba, M., Okine, E. K., Dyck, M. K. Diets enriched in unsaturated fatty acids enhance early embryonic development in lactating Holstein cows. Theriogenology. 68 (7), 949-957 (2007).
  19. Agilent 2100 Bioanalyzer User's Guide. , Available from: https://www.agilent.com/cs/library/usermanuals/Public/G2946-90004_Vespucci_UG_eBook_(NoSecPack).pdf (2016).
  20. Kerr, K. F. Extended analysis of benchmark datasets for Agilent two-color microarray. BMC Bioinformatics. 8, 371(2007).
  21. Zhu, Q., Miecznikowski, J. C., Halfon, M. S. A wholly defined Agilent microarray spike-in dataset. Bioinformatics. 27 (9), 1284-1289 (2011).
  22. Vallee, M., Gravel, C., Palin, M. F., Reghenas, H., Stothard, P., Wishart, D. S., Sirard, M. A. Identification of novel and known oocyte-specific genes using complementary DNA subtraction and microarray analysis in three different species. Biol. Reprod. 73 (1), 63-71 (2005).
  23. Thomas, P. D., et al. PANTHER: a library of protein families and subfamilies indexed by function. Genome Res. 13 (9), 2129-2141 (2003).
  24. Mi, H., et al. The PANTHER database of protein families, subfamilies, functions and pathways. Nucleic Acids Res. 33, 284-288 (2005).
  25. Mi, H., Muruganujan, A., Casagrande, J. T., Thomas, P. D. Large-scale gene function analysis with the PANTHER classification system. Nat. Protoc. 8, 1551-1566 (2013).
  26. Ross, P. J., Wang, K., Kocabas, A., Cibelli, J. B. Housekeeping gene transcript abundance in bovine fertilized and cloned embryos. Cell Reprogram. 12 (6), 709-717 (2010).
  27. Gilbert, I., et al. The dynamics of gene products fluctuation during bovine pre-hatching development. Mol. Reprod. Dev. 76, 762-772 (2009).
  28. Vallee, M., et al. Revealing the bovine embryo transcript profiles during early in vivo embryonic development. Reproduction. 138 (1), 95-105 (2009).
  29. Dafforn, A., et al. Linear mRNA amplification from as little as 5 ng total RNA for global gene expression analysis. Biotechniques. 37 (5), 854-857 (2004).
  30. Beaujean, N., Jammes, H., Jouneau, A. Nuclear Reprogramming. Studying Bovine Early Embryo Transcriptome by Microarray. Dufort, I., Rovert, C., Sirard, M. A. , Humana Press, Springer. NY. Chapter 15 (2015).
  31. Patterson, T. A., et al. Performance comparison of one-color and two-color platforms within the MicroArray Quality Control (MAQC) project. Nat. Biotechnol. 24 (9), 1140-1150 (2006).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה

בקש הרשאה

תגיות

RNA

מאמרים קשורים