מאמר שיטה

פלטפורמה Microfluidic הדמיה האורך ב Caenorhabditis elegans

DOI:

10.3791/57348

⸱

2 במאי 2018

 , 
1Department of Physics Education, Kongju National University, 2Department of Physics, Harvard University, 3FAS Center for Systems Biology, Harvard University

במאמר זה

סיכום

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

במאמר זה נדגים הדמיה חיה של תולעים בודדים העסקת התקן מותאם אישית microfluidic. את ההתקן, תולעים מרובים נכלאים בנפרד כדי להפריד בין תאי, ומאפשר מעקב מרובבת האורך של תהליכים ביולוגיים שונים.

תקציר

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

בעשור האחרון, microfluidic הוחלו ללמוד חיות קטנות, כולל את תולעים נימיות Caenorhabditis elegans, וטכניקות הוכיחו שימושי כמו פלטפורמה נוחה הדמיה חיה מתן יכולות לשליטה מדויקת של תנאים ניסיוני בזמן אמת. במאמר זה נדגים הדמיה חיה של תולעים בודדים העסקת WormSpa, מכשיר שפורסמו קודם לכן microfluidic מותאם אישית. את ההתקן, תולעים מרובים נכלאים בנפרד כדי להפריד בין תאי, ומאפשר מעקב מרובבת האורך של תהליכים ביולוגיים שונים. כדי להמחיש את היכולת, אנחנו ביצע ניסויים הוכחה של עקרון בו תולעים נדבקו את ההתקן עם חיידקים פתוגניים, וכל הדינמיקה של ביטוי גנים התגובה החיסונית ביצה הנחת נוטרו באופן רציף של הפרט בעלי חיים. פשוט העיצוב ואופן הפעולה של מכשיר זה הופכים אותו למתאים עבור משתמשים עם לא נסיון עם microfluidic מבוסס ניסויים. אנו מציעים כי גישה זו יהיה שימושי עבור חוקרים רבים מעוניינים תצפיות האורך של תהליכים ביולוגיים בתנאים מוגדרים היטב.

מבוא

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

השינויים בתנאי הסביבה עלולה להוביל ההפעלה של תוכניות גנטי בליווי אינדוקציה ודיכוי של הביטוי של גנים ספציפיים1,2. שינויים אלה קינטי עשוי להיות משתנה בין הרקמות החיות באותה, בין בעלי חיים שונים. מחקרים של תוכניות כאלה גנטי ולכן קוראים שיטות לאפשר הדמיה האורך של חיות בודדות ומספקים שליטה מדויקת דינמיות של תנאים סביבתיים.

בשנים האחרונות, microfabricated פלואידים שימשו ללמוד היבטים רבים של התגובה וההתנהגות חיות קטנות, כולל תולעים, זבובים, דובוני מים עוד3,4,5,6, 7. יישומים לכלול, לדוגמה, phenotyping עמוק, optogenetic הקלטה של פעילות. עצבית בתגובה לגירויים כימיים, ומעקב אחר של התנהגויות מוטוריות כגון גפיים ו-8,שאיבה9,10 , 11.

גישות Microfluidic להחזיק נכסים רבים יכול להועיל ארוכת טווח אורכי הדמיה של תגובה לאותות סביבתיים, לרבות שליטה מדויקת דינמיות של microenvironment המקומי, עיצוב גמיש המאפשר קיום חיות בודדות רבעים נפרדים, וכן תכונות חיוביות עבור הדמיה. אולם, שמירה על בעלי חיים בתוך תא microfluidic במשך זמן רב עם השפעה שלילית מינימלית על בני שלהם היטב הוא אתגר, המחייב טיפול מסוים בעיצוב של המכשיר microfluidic, כמו גם ביצוע הניסוי.

כאן אנחנו מדגימים את השימוש WormSpa, מכשיר microfluidic עבור הדמיה האורך של Caenorhabditis elegans. 5 תולעים בודדים מרותק צ'יימברס. שוטף נמוכה של השעיה נוזלי ובקטריאליות ערבויות כי תולעים הם מוזן היטב ופעיל מספיק כדי לשמור על בריאות טובה, להקל על הלחץ, המבנה של התאים מאפשר תולעים להטיל ביצים. הפשטות של העיצוב ואופן הפעולה של WormSpa צריך לאפשר חוקרים ללא נסיון ב מיקרופלואידיקה לשלב התקן זה תוכניות מחקר משלהם.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

להלן הפרוטוקול משתמשת WormSpa5, מכשיר microfluidic שתואר קודם לכן עבור הדמיה האורך של תולעים. פבריקציה נוספת של WormSpa (החל עם קבצי CAD שניתן להשיג מן המחברים על פי בקשה) היא פשוטה אך דורש מומחיות כלשהי. ברוב המקרים, פבריקציה נוספת יכול בקלות להיעשות באמצעות מתקן ליבה או באמצעות חברה מסחרית המספק שירותים כאלה. כאשר בדיית המכשיר, הקפד לציין הגובה של התכונות הם 50 מיקרומטר.

1. הגדרת הניסוי

  1. לטעון את המכשיר microfluidic על מיקרוסקופ פלורסצנטיות הפוך עם שלב ממונע.
  2. המקום של תפקודי לב / נשימה קרוב המיקרוסקופ, אך לוודא שהרטט מהמכשיר ניעור אינה משפיעה ישירות המיקרוסקופ. לדוגמה, לשים ניעור על מדף קבוע על הקיר שגורם שום קשר עם השולחן האופטי.
  3. במקום מזרק משאבה על ניעור מסלולית. קלטת את המשאבה על אהבת בשייקר כך זה לא מנענעת תוך טלטול.

2. הכנת הסביבה Microfluidic

הערה: במהלך הניסוי, מזרקים ארבעה מחוברים למכשיר microfluidic דרך צינורות מזרק, כמתואר באיור1. שלב זה מתאר את הכנת מזרקים אלה. אלא אם צוין אחרת, לשמור על הצינורות מזרק קצר ככל האפשר מבלי לבצע אותם מתוח.

  1. להכין מזרק עודפים של צינור מזרק. המזרק (S1 באיור1) מאוחר יותר להיות מחובר לשקע של המכשיר דרך הצינורית מזרק, המשמשים לאחסון זמני של נוזל יוצא המכשיר.
    1. להפוך את המחט מתאם על-ידי הסרת חלקי פלסטיק של קצה המזרק 20 G x 1/2 אינץ ', להשאיר רק את המחט (החלק מתכת). לעשות זאת באמצעות החזקת חלקי פלסטיק, מתכת עם צבת ומושך אותם בנפרד. שאריות פלסטיק הנותרים המחט יכול להיות נשרפו בעזרת מבער בונזן.
    2. לכופף את המחט לפי הצורה הגיאומטרית של ההתקנה ניסיוני תוך החזקת שני הקצוות שלה עם צבת. עיצוב המתוארים כאן, כיפוף המחט במרכזו בזווית של ° ~ 110 הוא הנוח ביותר.
    3. חבר את המחט מתאם בחצי הדרך ברכבת התחתית. החצי השני מאוחר יותר להיות פקוק לתוך המכשיר. הצינור מזרק צריך להיות תואם עם טיפ מזרק 20 גרם ללא דליפה (לדוגמה, אבובים עם הקוטר הפנימי של 0.86 מ מ, הקוטר החיצוני של 1.32 מ מ). אורך צינור המומלץ הוא ~ 50 ס מ.
    4. להתחבר מזרק זכוכית-lock 10 מ"ל (פתוח) בצד השני של הצינור מזרק דרך tip מזרק 20 G x 1/2 אינץ '.
  2. להכין מאגר-כניסת מזרקים, מזרק צינורות. אחד אלה מזרקים (S2 באיור1) משמש מאגר נוזל נכנס לתוך המכשיר, כדי לשלוט בזרימה הזרקה. המזרק אחרים (S3 באיור1) דרוש עבור מאגר exchange, כפי שהוסבר ב 3.2 שלב.
    1. חבר מזרק זכוכית-lock 10 מ"ל (S2) ישירות ל- 3-דרך שסתום וחבר אחר מזרק (S3) לשסתום באותה דרך צינור מזרק (איור 1): להתחבר S3 הצינור דרך tip מזרק, לחבר הצינור לשסתום באמצעות מזרק עצה נוספת.
      הערה: לא משנה הסדר שבו חומרים אלה מחוברים.
    2. חבר צינור מזרק ליציאת הנותרים של השסתום 3-way. להכין עוד מחט מתאם כמו שלב 2.1.2, ולחבר את המחט במחצית הדרך השני (פתוח) של הצינור מזרק.
    3. להגדיר את השסתום כך הצינור מזרק שלב 2.2.2, S2 מחוברים בזמן S3 סגורה (איור 1).
  3. להכין מזרק תולעת-כניסת צינור מזרק. המזרק (S4 באיור1) משמש עבור טעינת תולעים לתוך המכשיר.
    1. חבר צינור ארוך מזרק מזרק זכוכית-lock 10 מ"ל (S4). לקבוע את אורך הצינור הזה מאמצעי האחסון של נוזל ישמש עבור טעינה; לדוגמה, 100 ס מ של אבובים תומך מעל 2 מ ל נוזל (ראה גם שלב 4.2).
    2. להכין עוד מחט מתאם כמו שלב 2.1.2 וחבר אחד חצי של המחט לקצה השני (פתוח) של הצינור מזרק.
  4. לשטוף כל מזרקים, אבובים עם S-בינוני12 פעמיים. למלא את המזרקים, הצינורות S-בינוני, מקפיד להסיר את כל הבועות אוויר.
  5. לחבר את הצינור מזרק עודפים שקע המכשיר.
    1. חברו את המחט מתאם בסוף הצינור מזרק ליציאת ה-outlet.
    2. להזריק נפח קטן של S-בינוני עד ששקע כדי למלא את המכשיר, עד S קטן-בינוני יוצא לים מאגר והן לים תולעת.
  6. להתחבר הצינור מזרק מאגר-כניסת יציאת מאגר-כניסת של המכשיר, תוך חיבור לים-התולעת עם סיכה (סיכת פינים נירוסטה בקוטר 1/32 אינץ).
  7. מזריקים זרם קבוע של מאגר לתוך המכשיר. לטעון את המזרק מאגר-כניסת S2 אל משאבת מזרק13, והגדר את המשאבה כזה כי המדיום ב S2 ברציפות מוזרק לתוך המכשיר בקצב הזרימה של µL 3/min.

3. להעמיס את חיידקים לתוך המכשיר Microfluidic

  1. להכין OP50 Escherichia coli מושעה S-בינוני12.
    1. בעקבות פרוטוקול תקני, לחסן בקבוקון 250 מ ל 50 מ ל LB, שמושבה בודדת, דגירה בין לילה ב 37 º C.
    2. Centrifuge התרבות לילה ב- 4000 סל"ד למשך 10 דקות, resuspend בגדר ב30 מ"ל של S-בינוני.
    3. לסנן את המתלים דרך מסנן מזרק 5 מיקרומטר. למדוד את ריכוז חיידקים על ידי צפיפות אופטית שלה ב 600 nm (OD600), ולהתאים את ריכוז יתר600 של 3. צפיפות גבוהה זו נדרשת כדי לשמור את התולעים מוזן היטב.
  2. חילופי המאגר את ההתקן עם המתלה OP50.
    1. להכין מזרק נקי (S5) מלא את המתלים OP50. . תחזיק את המזרק אנכית, הקש על זה מספר פעמים כדי לאסוף את כל הבועות אוויר בחלק העליון.
    2. סובב את השסתום 3-way מזרקים מאגר-כניסת לסגור את החיבור להתקן, וחבר את שתי מזרקים, S2, S3. ולהיבלע S2 משאבת מזרק.
    3. נתק S2 השסתום וחבר S5 לשסתום. לדחוף את כל האוויר הנאסף בחלק העליון של S5 כדי S3 דרך השסתום עד קצת המאגר OP50 נכנס S3. בעשותו כן, ודא כי אין בועת האוויר נשאר S5 או את השסתום.
    4. להפוך את השסתום אסידו בחזרה למיקום המקורי כדי לסגור את חיבור בין S3 S5 ולהתחבר S5 המכשיר. העומס S5 לתוך למשאבה מזרק. הפעל את תפקודי לב / נשימה שמחזיק את המשאבה. הגדר את מהירות חזק כ 200 סל"ד.
    5. הגדר את קצב הזרימה כדי להיות µL 100/min. הזמן שהדרוש עבור מאגר חדש להגיע תולעים המכשיר תלויה אורך הצינור מזרק מאגר-כניסת (בסביבות 5 דקות עם הצנרת שתוארו לעיל). יכול להיות מועסק קצב זרימה גבוהה יותר אם נדרשת החלפת מאגר מהר יותר.
    6. ברגע המאגר OP50 מתפשטת על כל רחבי המתקן, להגדיר את קצב הזרימה לחזור µL 3/min.

4. להעמיס את התולעים לתוך המכשיר Microfluidic

  1. הכן צינור microcentrifuge קטן קשירה נמוכה (650 µL) ולמלא אותו µL 100 OP50 השעיה. העבר מסביב יאנג מסונכרן בגיל 20-30 תולעים בוגרות (46 שעות לאחר מעצר זחל L1 25 ° c) של צלחת אגר NGM (מדיום הגידול נמטודות) לשפופרת הזו על-ידי בחירת אותם אחד אחד עם תולעת לבחור. גיל-סנכרון יכול להיעשות בעקבות פרוטוקול סטנדרטי12.
  2. למלא את התולעת-הים מזרק, מזרק צינור (S4 באיור1) עם המתלה OP50. להזריק ~ 500 µL של הנוזל לתוך הצינור microcentrifuge עם תולעים. לצייר את הבולם עם תולעים לתוך מזרק תולעת-כניסת הצינור. ודא כי הצינור מזרק מספיק זמן (> 1 מ') מצויירות וורמס להישאר בצינור מזרק והוא לא להפוך כל הדרך אל המזרק S4.
  3. להתחבר S4 לים-התולעת. להזריק את כל התולעים בצינור מזרק תולעת-כניסה לתוך המכשיר microfluidic. נתק S4 ואת הצינור מזרק. חבר את התולעת-הים עם סיכה.
  4. . נתק את המזרק מאגר-כניסת S2 מהמשאבה מכני ( איור 1), לשלוט ידנית S1 ו- S2 לדחוף את כל התולעים לתוך ערוצים נפרדים. הקשה על S2 להעביר תולעים הערוצים, בזמן לחיצה על S1 יזיז אותם בכיוון ההפוך. פעם ערוץ נטען, התולעת בכל אחד מהערוצים יחסום את הכניסה של תולעים אחרים.
  5. תן תולעים להסתגל לסביבה חדשה עבור 2-3 שעות.

5. הגדרת פרוטוקול הדמיה

  1. למצוא את כל התולעים המצויות באופן מאובטח המכשיר וקבע עמדה הדמיה עבור כל אחד מהם בהתמונה רכישת התוכנה המפקחת שלך מיקרוסקופ. שימו לב כי במקרים מסוימים (למשל כאשר הגדלה גבוהה יותר היא הרצויה, או כאשר באמצעות מצלמות עם חיישן CCD קטן יותר) מספר עמדות הדמיה נדרשים לכל ערוץ.
    הערה: אמנם ניתן לבצע זאת באופן ידני, כמה חבילות תוכנה רכישה ניתן לטעון קובץ הטקסט המפרט את העמדות איפה צריך לקחת תמונות. מאז תפקידים אלה מסודרות באופן קבוע ב- WormSpa, משתמש יכול לכתוב סקריפט קטן (למשל, פיתון או תוכנה מסחרית) באופן אוטומטי יוצר רשימה כזו. התבנית המדויקת של קובץ script זה תלוי בתבנית הקובץ צפוי על ידי רכישת התוכנה (ראה למשל 1 חומר משלים).
  2. להגדיר את התדירות הנדרשת הדמיה בצילום מואץ. לדוגמה, נעשית הדמיה של ג'ין המערכת החיסונית בתגובה לזיהום בתדר של 10 דקות לכל מסגרת. ודא כי כל הערוצים הדרושים (למשל בהיר שדה, על ידי קרינה פלואורסצנטית GFP) נרכש בכל נקודת זמן.

6. מארח בתגובה Pseudomonas זיהום

הערה: שלב זה הוא ספציפי ללמוד אינטראקציות פתוגן-פונדקאי. לחלופין, אחד יכולים להכין מאגר המכיל רמזים סביבתיים אחרים עניין (ביוטיים, והאביוטיים לחצים, סמים, איתות מולקולות, וכו ').

  1. להכין PA14 Pseudomonas aeruginosa מושעה SK-בינוני14.
    1. לחסן בקבוקון 250 מ ל 50 מ ל LB, שמושבה בודדת, דגירה בין לילה ב 37 º C.
    2. לחסן את הבקבוק עוד 250 מ עם 50 מ של ליברות, על aliquot של התרבות, דגירה בין לילה ב 37 º C.
    3. Centrifuge התרבות לילה ב- 4000 סל"ד למשך 10 דקות, resuspend בגדר ב 10 מ ל SK-בינוני. למדוד את ריכוז חיידקי ולהתאים את ריכוז יתר600 = 4.
    4. להעביר את המתלים בקבוקון נקי, דגירה ב 37 מעלות צלזיוס למשך 24 שעות ו- 25 ° c לעוד 24 שעות תוך כדי טלטול. שלב זה מחקה את הצעד צלחת-הדגירה בתקן הורג assay14.
    5. לסנן את המתלים דרך מסנן מזרק 5 מיקרומטר. זה כדי למנוע אגרגטים חיידקי וסותם את המכשיר.
  2. להחליף את הבולם OP50 במכשיר המתלה PA14, באותו ההליך כמו 3.2 שלב. לשמור על הדמיה במשך 10 שעות.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

גיל-מסונכרנות צעיר תולעים בוגרות (46 שעות פוסט L1 מעצר זחל 25 ° c)12 היו הכניסו את המכשיר, כמפורט בפרוטוקול. . התולעים היו בנפרד ממוקם ערוצים נפרדים, המאפשרים מדידה האורך של התגובה של בעלי החיים לגורם המחלה. כאשר הניסוי המוצלח, מרבית התולעים נשארים ערוצי שלהם משך זמן הניסוי. במקרה זה, תמונות של תולעים בודדים נלקחים פשוט על-ידי הצבת את הערוץ שלהם בדרך הדמיה, ולהימנע מהצורך לאתר באופן פעיל את החיה. איור 2 A מציג את התמונ...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Microfluidic כלים מספקים יתרונות רבים בלימוד תולעים. התקן דימות in PDMS מציע איכות הדמיה גבוהה יותר לעומת צלחת אגר NGM סטנדרטי. ניתן לקחת תמונות מרובות של תולעת יחיד, לעומת שיטות מסורתיות שבו בעלי חיים הרים מהצלחת והוקמה בשקופית מיקרוסקופ עבור הדמיה. בנוסף, ניתן לשמור את microenvironment שבו שוכנים תולעים קבוע או מאופנן לפי הצורך, המתיר מדויק מיפוי בין ההרכב של הסביבה ואת התגובה של בעלי החיים.

כאן להדגים כיצד לבצע מדידה האורך של התגובה לארח זיהום חיידקי על ידי הדמיה התגובה של תולעים בודדים מרו...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

המחברים אין לחשוף.

תודות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מחקר זה נתמך על ידי הקרן הלאומית למדע באמצעות מענקים PHY-1205494 ו- MCB-1413134 (EL) ועל ידי 2017R1D1A1B03035671 המענק של קרן המחקר הלאומי של קוריאה (KSL).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
WormSpaN/A N/Aקובץ ה-CAD של WormSpa זמין במעבדת לוין.
מיקרוסקופ מורכבZeissAxioObserver Z1מיקרוסקופ פלואורסצנטי הפוך עם משאבת מזרק שלב ממונע
מערכות משאבותעידן חדש NE-501
צינורותSCI Scientific Commodities Inc.BB31695-PE/50.034 אינץ' (0.86 מ"מ) מזהה x 0.052 אינץ' (1.32 מ"מ)
קצה מזרקCMLsupply901-20-05020 מד x 1/2 אינץ' קצה קהה מסנן מזרק צינורית נירוסטה
PALL4650Acrodisc מסנן מזרק 32 מ"מ עם מזרק ממברנה 5 אום סופור
QosinaC330710 מ"ל מזרק מנעול לואר זכר שסתום
תלת כיווניColeParmerFF-30600-23בעל קדח גדול תלת כיווני, מנעול זכר, פקקים, 10/חבילה,
סיכת דיבלMcMaster-Carr90145A31718-8 סיכות דיבל נירוסטה (1/32 אינץ' קוטר x 1/2 אינץ' Lg)
צינור מיקרוצנטריפוגה מחייב נמוךקורנינגCL S32060.65 מ"ל צינור מיקרוצנטריפוגה כובע מחייב נמוך
OD לא סטרילית

מקורות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Lopez-Maury, L., Marguerat, S., Bahler, J. Tuning gene expression to changing environments: from rapid responses to evolutionary adaptation. Nat Rev Genet. 9 (8), 583-593 (2008).
  2. de Nadal, E., Ammerer, G., Posas, F. Controlling gene expression in response to stress. Nat Rev Genet. 12 (12), 833-845 (2011).
  3. Hulme, S. E., Shevkoplyas, S. S., Samuel, A. Microfluidics: Streamlining discovery in worm biology. Nat Methods. 5 (7), 589-590 (2008).
  4. San-Miguel, A., Lu, H. Microfluidics as a tool for C. elegans research. WormBook. , (2013).
  5. Kopito, R. B., Levine, E. Durable spatiotemporal surveillance of Caenorhabditis elegans response to environmental cues. Lab Chip. 14 (4), 764-770 (2014).
  6. Mishra, B., et al. Using microfluidics chips for live imaging and study of injury Responses in Drosophila larvae. J Vis Exp. (84), e50998(2014).
  7. Grisi, M., et al. NMR spectroscopy of single sub-nL ova with inductive ultra-compact single-chip probes. Sci Rep. 7, 44670(2017).
  8. Crane, M. M., Chung, K., Stirman, J., Lu, H. Microfluidics-enabled phenotyping, imaging, and screening of multicellular organisms. Lab Chip. 10 (12), 1509-1517 (2010).
  9. Leifer, A. M., Fang-Yen, C., Gershow, M., Alkema, M. J., Samuel, A. D. T. Optogenetic manipulation of neural activity in freely moving Caenorhabditis elegans. Nat Meth. 8 (2), 147-152 (2011).
  10. Lee, K. S., Lee, L. E., Levine, E. HandKAchip - Hands-free killing assay on a chip. Sci Rep. 6, 35862(2016).
  11. Lee, K. S., et al. Serotonin-dependent kinetics of feeding bursts underlie a graded response to food availability in C. elegans. Nat Commun. 8, 14221(2017).
  12. Stiernagle, T. Maintenance of C. elegans. WormBook. , (2006).
  13. NE-1000 Series of Programmable Syringe Pumps. , New Era Pump Systems Inc. (2017).
  14. Tan, M. W., Mahajan-Miklos, S., Ausubel, F. M. Killing of Caenorhabditis elegans by Pseudomonas aeruginosa used to model mammalian bacterial pathogenesis. Proc Natl Acad Sci U S A. 96 (2), 715-720 (1999).
  15. Kim, D. H., et al. A conserved p38 MAP kinase pathway in Caenorhabditis elegans innate immunity. Science. 297 (5581), 623-626 (2002).
  16. Troemel, E. R., et al. p38 MAPK regulates expression of immune response genes and contributes to longevity in C. elegans. PLoS Genet. 2 (11), 183(2006).
  17. Estes, K. A., Dunbar, T. L., Powell, J. R., Ausubel, F. M., Troemel, E. R. bZIP transcription factor zip-2 mediates an early response to Pseudomonas aeruginosa infection in Caenorhabditis elegans. Proc Natl Acad Sci U S A. 107 (5), 2153-2158 (2010).
  18. Byerly, L., Cassada, R. C., Russell, R. L. The life cycle of the nematode Caenorhabditis elegans: I. Wild-type growth and reproduction. Dev Biol. 51 (1), 23-33 (1976).
  19. Chalancon, G., et al. Interplay between gene expression noise and regulatory network architecture. Trends Genet. 28 (5), 221-232 (2012).
  20. Sanchez, A., Choubey, S., Kondev, J. Regulation of noise in gene expression. Annu Rev Biophys. 42, 469-491 (2013).
  21. Norman, T. M., Lord, N. D., Paulsson, J., Losick, R. Stochastic Switching of Cell Fate in Microbes. Annu Rev Microbiol. 69, 381-403 (2015).
  22. Gardner, T. S., di Bernardo, D., Lorenz, D., Collins, J. J. Inferring genetic networks and identifying compound mode of action via expression profiling. Science. 301 (5629), 102-105 (2003).
  23. Samuelson, A. V., Carr, C. E., Ruvkun, G. Gene activities that mediate increased life span of C. elegans insulin-like signaling mutants. Genes Dev. 21 (22), 2976-2994 (2007).
  24. Edwards, C. B., Copes, N., Brito, A. G., Canfield, J., Bradshaw, P. C. Malate and Fumarate Extend Lifespan in Caenorhabditis elegans. PLoS ONE. 8 (3), 58345(2013).
  25. Riddle, D. L., Blumenthal, T., Meyer, B. J., Priess, J. R. C. elegans II. Riddle, D. L., Blumenthal, T., Meyer, B. J., Priess, J. R. , (1997).
  26. Churgin, M. A., et al. Longitudinal imaging of Caenorhabditis elegans in a microfabricated device reveals variation in behavioral decline during aging. eLife. 6, 26652(2017).
  27. Scholz, M., Lynch, D. J., Lee, K. S., Levine, E., Biron, D. A scalable method for automatically measuring pharyngeal pumping in C. elegans. J Neurosci Methods. 274, 172-178 (2016).
  28. Scholz, M., Dinner, A. R., Levine, E., Biron, D. Stochastic feeding dynamics arise from the need for information and energy. Proc Natl Acad Sci U S A. 114 (35), 9261-9266 (2017).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה

בקש הרשאה

תגיות

WormSpa

מאמרים קשורים