מאמר שיטה

אופטימיזציה של השימוש של רובוט טיפול נוזלי לנהל גבוהה תפוקה קדימה כימי גנטיקה מסך של תודרנית לבנה

DOI:

10.3791/57393

⸱

30 באפריל 2018

 ,  , 
1Department of Horticulture, University of Kentucky

במאמר זה

סיכום

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מסך תפוקה גבוהה של מולקולות קטנות סינתטי נערך על מודל צמח מינים, תודרנית לבנה. פרוטוקול זה, שפותח עבור רובוט טיפול בנוזלים, מגביר את המהירות של גנטיקה כימי קדמי מסכים, האצת גילוי הרומן מולקולות קטנות המשפיעים על פיזיולוגיה של הצמח.

תקציר

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

גנטיקה כימי יותר ויותר מתבצעים לפענח את תכונות בצמחים שעשויים להיות עקשניים על גנטיקה מסורתי הגן יתירות או הקטלניות. עם זאת, ההסתברות של מולקולה קטנה סינתטי להיות ביו היא נמוכה; לכן, אלפי מולקולות חייב להיבדק על מנת למצוא עניין. נוזלי טיפול רובוטיקה מערכות נועדו להתמודד עם מספר רב של דוגמאות, הגדלת המהירות שבה ספרייה כימיים יכולים להיות מוקרן בנוסף מזעור/סטנדרטיזציה של שגיאה. כדי להשיג מסך גנטיקה כימי קדימה תפוקה גבוהה של ספריה של 50,000 מולקולות קטנות על תודרנית לבנה (תודרנית), פרוטוקולים באמצעות נוזל רב-ערוצי ספסל-העליון טיפול רובוט פותחו הדורשים מינימלי טכנאי מעורבות. אותם פרוטוקולים, התגלו מולקולות קטנות 3,271 שגרם פנוטיפי שינויים הנראים לעין. תרכובות 1,563 המושרה שורשים קצרים, תרכובות 1,148 שינו צבע, תרכובות 383 גרם שורש השיער שינויים אחרים, שאינם-מחולק לקטגוריות, ואת תרכובות 177 עכבות נביטה.

מבוא

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ב- 20 השנים האחרונות החוקרים בתחום ביולוגית הצמח עשו צעדים גדולים באמצעות גישות גנטיקה כימי, ויוצאים, שיפור ההבנה שלנו של דופן התא ביוסינטזה, שלד התא, הורמון ביוסינטזה והאיתות, gravitropism, פתוגנזה, ביוסינטזה פורין ו endomembrane סחר1,2,3,4,5. העסקת גנטיקה כימי קדימה טכניקות מאפשר זיהוי פנוטיפים עניין ומאפשר לחוקרים להבין את היסודות genotypic של תהליכים מסוימים. לעומת זאת, גנטיקה כימית הפוכה מחפש כימיקלים המקיימים אינטראקציה עם היעד שנקבע מראש חלבון6. תודרנית כבר בחוד החנית של תגליות אלה בביולוגיה צמח כי הגנום שלו הוא קטן, מיפוי, מבואר. יש לו זמן דור קצר, ויש מספר שורות חשבונאי/כתב זמין להקל על הזיהוי של חריגה מכונות subcellular7.

ישנם שני צווארי בקבוק גדול כי להאט התקדמות קדימה מסכי גנטי כימי הראשונית סינון, קביעת היעד של המתחם של ריבית8. מכשיר מרכזי להגדיל את המהירות של מולקולה קטנה הבחירה הוא השימוש אוטומציה, ציוד אוטומטי9. טיפול בנוזלים רובוטים היה אינסטרומנטלי שנסע התקדמות מדעי הביולוגיה10הינם כלי מצוין לטיפול ספריות גדולות של מולקולות קטנות. פרוטוקול המובאת כאן נועד להקל על צוואר הבקבוק המשויך תהליך המיון, הפעלת הזיהוי של מולקולות קטנות ביואקטיביות בקצב מהיר. טכניקה זו מקטינה את נטל העבודה ואת זמן מטעם המפעיל תוך כדי גם הפחתת העלות הכלכלית לחוקר עקרון.

עד כה, ספריות כימי רוב ניתח להחזיק בין תרכובות 10,000 ו- 20,000, חלקם עם כמה שיותר 150,000 וחלק עם כמה כמו 709,11,12,13,14, 15 , 16. פרוטוקול הציג במסמך זה יושם על ספריה מולקולה קטנה של תרכובות 50,000 (ראה טבלה של חומרים), אחד של הגנטיקה כימי קדמי גדול יותר מסכי תודרנית מתנהל על תאריך. פרוטוקול זה מתאים עם המגמה הנוכחית לקראת התייעלות ומהירות לגבי גנטיקה כימי קדימה, במיוחד כאשר זה נוגע גם גילוי קוטל עשבים, חרקים גילוי, פטריות לגלות, סמים גילוי, וביולוגיה סרטן17 ,18,19,20,21. למרות מיושמת כאן עם תודרנית, פרוטוקול זה, יכול בקלות להיות מותאם תרביות תאים, נבגים וחרקים שעלולים אפילו בינוני נוזלי בתוך 96, 384- או צלחות 1536-. טוב. בגלל גודלו הקטן, תודרנית הוא נוטה הקרנה ב- 96 צלחות היטב. עם זאת, הפצת זרעים באופן שווה בין וולס הוא אתגר. יד זריעה מדויקת אבל עבודה אינטנסיבית, למרות קיימים התקנים שנועדו לוותר על זרעים לוחות 96-ובכן, הם יקרים לרכוש. כאן, אנו מראים איך שלב זה אוכל מצויין עם רק הפסד קטן ברמת הדיוק.

המטרה הכוללת של שיטה זו היתה ההקרנה ספריה גדולה כימי נגד תודרנית יותר לניהול, מבלי להתפשר על דיוק, באמצעות השימוש של רובוט טיפול בנוזלים. השימוש בשיטה זו משפרת את היעילות של החוקר על ידי הפחתת לוקחים את הזמן כדי להשלים את סדרת דילול ראשוני וניהול במסכים הבאים פנוטיפי, המאפשר ויזואליזציה מהירה של דגימות תחת מיקרוסקופ ויבתר, ומהירה זיהוי של הרומן ביואקטיביות מולקולות קטנות. איור 1 מציג התוצאות של פרוטוקול זה מפתח ב- 4 שלבים.

figure-introduction-1
איור 1: זרימת העבודה הכולל של המסך גנטיקה כימי קדימה. מבט כולל על פרוטוקול מכדי לתארו כמה פרטים עבור כל אחד השלבים המפתח 4. 1: קבלת הספרייה כימי, 2: ביצוע הספרייה דילול, 3: מכין את הצלחות הקרנת ו- 4: המקננת והצגה של הלוחות ההקרנה. אנא לחץ כאן כדי להציג גירסה גדולה יותר של הדמות הזאת.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. יצירת ספריה דילול

  1. תווית 625 דילול ספריית לוחות בכתב יד, ולהבטיח כי הם תואמים צלחת המקביל שלהם מהספריה כימי. בנוסף, להתחבר זרימה ולצאת צינורות זרימה רב-ערוצי עצה לשטוף כלים אוטומטיים מכשור מעבדתי Positioner (ALP) על ידי הכנסתם הכונן מסוף לטנק 5 המאגר (ראה טבלה של חומרים).
  2. גישה למחשב והפעל המשאבה שטיפת דרך החיבור של בקר התקן האלפ שטיפת עצה רב-ערוצי כדי לזרום מים. פעולה זו תבטל את באופן אוטומטי בסוף הפרוטוקול.
  3. עומס, בעבודת יד, ה-10 מערם המצורפת הקרוסלה מערם, לפי הסדר הבא במלונות A - D (איור 4, מערם); קופסא אחת של AP96 P20 פיפטה טיפים מקום 1, 4 V 96-ובכן-לוחות בחדרים 2-5 עם שתי צלחות העליון המכיל ריכוזים מניות מן הספרייה מסודרת והלוחיות התחתון שני ריק (איור 5, מערם). בנוסף, טען קופסא אחת של AP96 P20 פיפטה טיפים בחדר 6, וכן ארבעת V 96-ובכן-לוחות בחדרים 7-9 עם שתי צלחות העליון המכיל ריכוזים מניות של הספרייה מסודרת והלוחיות התחתון שני ריק (איור 5, מערם).
  4. הגדר, בכתב יד, הסיפון עם מאגר מים 300 מ ב- P3, אמבטיה EtOH 300 מ ל-70% P7, עצה מטעין ALP (TL1), ו ALP שטיפת עצה רב-ערוצי (TW1) (איור 4, הסיפון ו איור 5, הסיפון).
  5. שימוש בתוכנת ההפעלה, מתנה AP96 P20 פיפטה טיפים 10 מערם ולהעבירם האלפ מטעין עצה.
    הערה: 1.5 דרך 1.12 כל נעשים עם הנוזל טיפול תוכנת של הרובוט ההפעלה; ראה טבלה של חומרים.
  6. להציג את 2 חדר מלון א ולהפריד בין כל ארבעת 96-ובכן V-התחתון צלחות על הסיפון, הצבת התחתון 2 P4, P8 ו העליון שני על P5 ו- P9 (איור 4).
  7. לטעון AP96 P20 פיפטה טיפים עם מטעין עצה אלפ אל 200 96-ערוץ µL הראש. האחות µL 90 מן המאגר 300 מ ל מים, מדבקות/ברקודים לתוך המבקר 96-ובכן-צלחת דילול התחתון-P4. חזור על שלב זה עבור הלוחית P8.
  8. מערבבים על הלוחית ספריית כימי P5 שוב ושוב כ רפה בעברית, מחלק 15 µL שלוש פעמים. בנוסף, האחות µL 10 מ הלוחית ספריית כימי P5, לוותר על 10 µL המשקולת דילול ב P4.
  9. מערבבים הפתרונות של הצלחת על P4 שוב ושוב כ רפה בעברית, מחלק 50 µL בסך הכל שלוש פעמים. ברגע מעורב, לנקות הטיפים פיפטה P20 AP96 על ידי כ רפה בעברית dispensing µL 70 70% EtOH מ- P7, ואז מכבסת אותם ב- ALP שטיפת עצה רב-ערוצי על ידי כ רפה בעברית dispensing נפח 110% של המים ארבע פעמים.
  10. חזור על שלבים 1.8-1.9 עבור זוג צלחות על P8 ו- P9 השני. בעת יצירת המבקר 96-ובכן השני-צלחת דילול התחתון, מחסנית הלוחות לפי הסדר הבא מן התחתון אל העליון: P9, P5, P8 ו- P4. אז, במקום הערימה על אחד ריק ALP סטטי; P1, P2, P6, P10, P11, P12 או P13.
  11. חזור על שלבים 1.6-1.10 עד 5 חדר ב- Hotel מלון ריקה. חזור על שלב 1.5 להגיע 6 חדרים, חדשה AP96 P20 פיפטה טיפים לעבור האלפ מטעין עצה ועל הצבת העצות פיפטה P20 AP96 בשימוש על סלע סטטי ריק.
  12. חזור על שלבים 1.6-1.10 עד 9 חדרים של מלון A ריקה. עם זאת, על מנת להמשיך Hotel B, צלחות וטיפים על הסיפון חייב להיטען לתוך המלון א
  13. למלא מחדש, בכתב יד, מאגר המים 300 מ. שלב זה הוא קריטי, התוכנית המחשב ניתן לשלב עצירה המפרט את ההודעה, המחייב את המשתמש ללחוץ 'המשך', לפני ביצוע השלב הבא.
  14. חזור על הצעדים 1.5-1.13 למלונות הנותרים, הקפדה מלאה 300 מ ל מים עצמאים בכל פעם לפני שתמשיך למלון הבא.

2. להוסיף את תערובת מדיה-זרע כדי הקרנת לוחות

  1. להפוך את ½ Murashige Skoog (MS) מדיה עם 0.1% אגר על ידי התוספת של 4.3 g MS מלחי, 0.50 g MES, 1.0 g אגר L DI H 12או להתאים את ה-pH ל 5.7 למרות התוספת של 5 מ' אשלגן הידרוקסידי תוך מעקב אחר עם מכשיר בדיקה pH.
  2. לחטא זרעים ע י ניעור אותם בין 1% מלבין מרחביות בין 15 ל 30 דקות ולאחר מכן לשטוף 4 פעמים עם אמצעי אחסון שווה של מים על ידי צנטריפוגה. לאחר זרעים סטרילי, למקם אותם ב 4 ° C מ- 24 שעות עד 7 ימים עבור vernilization. מרכז המשאבים ביולוגית תודרנית מתאר שיטות נוספות של עיקור וסירוס, vernilization גידול22.
  3. להוסיף זרעים מדיה בעבודת יד-צפיפות של 0.1 גרם/100 mL. צפיפות זו התוצאה ממוצע של 3-10 זרעים לכל טוב של צלחת 96-ובכן.
  4. במקום, בעבודת יד, ארבעה שטוח 96-ובכן-לוחות חדרים 1 ו- 2 של המלון (איור 6, Hotel מלון). מקום קופסת AP96 P250 פיפטה עצות האלפ מטעין עצה, מאגר 300 מ"ל מלא עם התערובת מדיה-זרע שנוצרו בשלבים P3 על 2.1-2.3 ו 300 מ"ל מאגר מלא 70% EtOH-P7 (איור 4, הסיפון, איור 6 הסיפון).
    הערה: 2.5 עד 2.8 נעשים עם תוכנת הפעלה.
  5. להציג חדרים 1 ו- 2 Hotel מלון, ולהפריד בין ערמות של ארבעה לוחות. במקום לוח אחד על אחד של האלפים סטטי ריק (P4, P5, P6, P8, P9, P10, P11 ו P12). לטעון AP96 P250 פיפטה טיפים על 200 96-ערוץ µL הראש.
  6. האחות µL 90 מן המאגר מדיה-זרע 300 מ ב- P3, לוותר על לגור בדירה 96-ובכן הראשונה-צלחת התחתון. חזור על תהליך זה עד שמונה צלחות כל להכיל את התערובת מדיה-זרע.
  7. לנקות את הטיפים פיפטה P250 AP96 על ידי כ רפה בעברית dispensing 70 µL מן המאגר 300 מ"ל מלא 70% EtOH-P7. לשטוף את הטיפים ב רב-ערוצי עצה לשטוף ALP על ידי כ רפה בעברית dispensing נפח 110% של המים ארבע פעמים, לפרוק את הטיפים-TL1, לאסוף את הצלחות בעבודת יד.

3. הוספת את מולקולות קטנות כדי הקרנת לוחות

  1. עומס, ביד, קופסה של AP96 P250 פיפטה טיפים למלון. החדר 1 של A, שני V 96-ובכן-דילול לוחות ספריית לתוך החדרים 2, 4, 6 ו- 8, ו 96 שני טוב שטוח התחתונה הקרנת לוחות לחדרים 3, 5, 7 ו- 9 (איור 4 מערם ו- איור 7, Hotel מלון). בנוסף, לחבר את הצינורות את רב-ערוצי עצה שטיפת ALP לטנק 5 אגירה וממנה.
    הערה: 3.2 דרך 3.10 נעשים עם תוכנת הפעלה.
  2. קביעת תצורה של החפיסה כדי להכיל מאגר לשטוף EtOH של 70% 300 מ"ל-P7; מאגר מדיה-זרע יכול להישאר על הסיפון-P3 (איור 4, הסיפון, איור 7, הסיפון). בנוסף, להפעיל את הכונן מסוף דרך חיבור של בקר התקן לזרום מים דרך האלפ שטיפת עצה רב-ערוצי. פעולה זו תבטל את באופן אוטומטי בסוף הפרוטוקול.
  3. להציג AP96 P250 פיפטה עצה תיבת Hotel א והעברתו האלפ מטעין עצה.
  4. להציג את V 96-ובכן-ספריית דילול לוחות 2 חדר של מלון A הסיפון, במקום אחד על ALP סטטי P4 ואחד על P8. להציג את הדירה 96-ובכן-לוחות הקרנה של חדר 3 של מלון לסיפון ומניחים אחד ב- ALP סטטי P5 ואחד על P9.
  5. לטעון AP96 P250 פיפטה טיפים עם מטעין עצה אלפ אל 200 96-ערוץ µL הראש.
  6. לערבב את V 96-ובכן-צלחת דילול התחתון-P4 על ידי כ רפה בעברית dispensing 50 µL שלוש פעמים. בעקבות זאת, תשאף µL 10 מן הצלחת הזו, לוותר על תוך הדירה 96-ובכן-הצלחת התחתונה הקרנה על P5.
  7. מערבבים את הפתרונות בצלחת-P5 על ידי כ רפה בעברית dispensing 50 µL שלוש פעמים. לנקות את הטיפים פיפטה P250 AP96 עם אתנול כ רפה בעברית, מחלק µL 70 70% EtOH מן המאגר-P7 ולאחר מכן לשטוף הטיפים ב רב-ערוצי עצה שטיפת ALP על ידי כ רפה בעברית dispensing נפח 110% של מים ארבע פעמים.
  8. חזור על הצעדים 3.5 ו 3.6 V 96-ובכן השני-ספריית הצלחת התחתונה דילול (P8), 96-ובכן שטוח-צלחת ההקרנה התחתון (P9).
  9. מחסנית השניים 96-ובכן V-ספריית דילול לוחות יחד, שתי צלחות של ההקרנה התחתון שטוח 96-ובכן ביחד. להעביר את הצלחות סטטי האלפים P1, P2, P6, P10, P11, P12 או P13.
  10. חזור על השלבים 3.4-3.9 שלוש פעמים, הוספת כימיקלים מדולל הקרנת פלטות בסך הכל שמונה פעמים. לבסוף, בדוק את המספר של זרעים של כל טוב של הלוחות הקרנה באמצעות אישור חזותי, תוספת מאותן בארות עם פחות משלושה זרעים על ידי זרעים סטיריליים ו vernalized נוספים.

4. דגירה והדמיה של הקרנת לוחות

  1. דגירה הלוחות הקרנת 96-ובכן שטוח התחתונה במשך ארבעה ימים ב חדר סביבתי ב 22 ° C על מחזור 16/8/כהה במיכל הוכחה לייבוש. דמיינו את 96-ובכן שטוח התחתונה הקרנת פלטות תחת מיקרוסקופ ויבתר. לתעד את כל חריגה פנוטיפים לחקירה נוספת.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

היכולת בדייקנות וביעילות לאפיין פנוטיפים בהתבסס על התוספת של מולקולות קטנות-הקרנת ריכוזים תחת מיקרוסקופ ויבתר היא היעד הסופי של שיטת העברה כימית גנטיקה על תודרנית. הפנוטיפים נצפו כל התרכובות 50,000 היו הוקרנו מגוונים, יכול להיות שבור לתוך כמה כיתות נפרדות (איור 2). איור 3 א -F מציג דוגמאות של פנוטיפים אשר נצפו בהגדלה נמוכה תחת מיקרוסקופ ויבתר. כמה פנוטיפים סיפק תוצאות חד משמעיות (איו...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

פרוטוקול זה תוכנן כדי לסייע לחוקרים שישותו מסך קדמי גנטיקה כימי על תודרנית. אנו מספקים תוצאות נציג ממסך של תרכובות 50,000 (איור 2 , איור 3), באחד המסכים הקדמיים גנטיקה כימי הגדול ביותר לבצע תודרנית עד כה9,13,23. השימוש של רובוט טיפול בנוזלים מופעלת ספריית דילול יעיל יותר, הקרנת ספריית הדור, לשפר את המהירות והיעילות של זיהוי של תרכובות הרומן. הגדלת הקיבולת למסך בטבע תפוק...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

המחברים מצהירים כי יש להם אינטרסים כלכליים אין מתחרים.

תודות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

אנו מודים Jozsef החסידה, מיטשל ריצ'מונד, לג'רד Gollihue, אנדריאה סאנצ'ס לדיון ביקורתי ובונה. ד ר פרי Sharyn עבור הצילומים פנוטיפי. חומר זה מתבסס על עבודה הנתמכים על ידי הקרן הלאומית למדע תחת שיתופית הסכם מס 1355438.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
מקלדתספק מקומי/Aמשמש לתכנון פרוטוקול ותפעול הספק המקומי של Biomek FX
MouseN/Aמשמש לתכנון ותפעול הפרוטוקול Biomek
FXהספק המקומיN/Aמשמש לתכנון ותפעול הפרוטוקול Biomek FX
הספק המקומיהמשמש לתכנון ותפעול פרוטוקול ספריית הסינון המגוונת של Biomek FX
DIVERSetChemBridgeN/Aהספרייה הכימית
Biomekבקמן קולטרN/Aמפעילה ומתכננת את בקר ההתקן Biomek FX
בקמן קולטר719366מפעילה את משאבת המים/תחנת שטיפת הקצה
קרוסלת מערם תליוןבקמן קולטר148240הפעלה ידנית של Biomek קרוסלת מערם
ביומק קרוסלהבקמן קולטר148520יחידה סיבובית המאכלסת את כל מערם FX של FX Stacker 10
148522 בקמן קולטרהמאכלסת רכיבים למסך
FX Stacker 10בקמן קולטר148522יחידת מעלית המאכלסת רכיבים למסך
FX Stacker 10בקמן קולטר148522יחידת מעלית המאכלסת רכיבים למסך
FX Stacker 10Beckman Coulter148522יחידת מעלית המאכלסת רכיבים למסך
Biomek FXBeckman Coulterhttps://www.beckman.com/liquid-handlers Robot המבצע את הפעולות הרצויות
AccuframeArtisan Technology Group76853-4זרוע מסגרות להצבת רכיבים באופן מתאים
מתקן מסגורבקמן קולטר719415זרוע מרכזית ב-Accuframe
Multichannel Tip Wash ALPBeckman Coulter719662שוטף את הקצוות לאחר מעמיס הקצה של אמבט האתנול
ALPBeckman Coulter719356טוען באופן פנאומטי טיפים על הזרוע
מדחס אווירמקומיN/Aמספק אוויר לטעינת קצה פנאומטי
כונן קונסולת MasterFlexמשאבה Cole-Parmer77200-65המשמשת להפצת מים דרך צינור האוויר הרב-ערוצי של מכונת הכביסה הרב-ערוצית
ספק מקומיN/Aמספק אוויר ממדחס אוויר לצינור מים של מעמיס קצה
ספק מקומיN/Aמספק מים ממאגר 5 ליטר למכונת כביסה
סטטית של ALPבקמן קולטרמגיע עם ציוד תומך ב-Biomek FXלמסך
5 ליטר מילואיםספק מקומיN/Aממחזר את המים המלוכלכים מניקוי הקצוות
GrippersBeckman Coulterמגיע עם Biomek FXGrabs ומעביר את הציוד למקומות הנכונים
96-Channel 200 ומיקרו; L HeadBeckman Coulterמגיע עם Biomek FXמחזיק את 96 הטיפים המשמשים במסך
AP96 P200 טיפים לפיפטהבקמן קולטר717251משמש לייצור ספריית ההקרנה
96 צלחת תחתונה שטוחה היטבCostar9018מסייע בוויזוליזציה של המסך
96 Well V-Bottom PlateCostar3897מסייע באחסון ספריית דילול
AlumaSeal 96 סרט איטוםMedSciF-96-100אטמים לאחסון הן ספריית הכימיה והן ספריית הדילול
שקיות סנדוויץ' רוכסן מפלסטיקספק מקומיN/Aמשמש להבטחת סביבה לחה למסך
AP96 P20 טיפים לפיפטהבקמן קולטר717254משמש ביצירת ספריית הדילול
תא צמיחהPercivalAR36L3מנביט זרעים לפנוטיפ מרית ויזוליזציה
ספק מקומיN/Aמחזיק זרעים להוספה לבארות שבהן זרע נוזלי נכשל כראוי
קיסםמקומיספק N/Aדוחף זרעים ממרית לבארות
Murashige ו-Skoog תערובת מלח בזאליPhytoTechnology LaboratoriesM524הוסף לתערובת מדיה
MS חומצה חופשית MES מונוהידראטפישר מדעיICN19483580נוסף למדיה MS כדי להפחית את ה-pH
אבקת אגרAlfa Aesar9002-18-0מגדיל את עובי המדיה לתמיכה בתרחיף זרעים
5M KOHSigma-Aldrich484016מגביר את ה-pH לרמות נאותות
בקבוק אחסון מדיה 1 ליטרקורנינג1395-1Lמחזיק מספיק מדיה למסך
צינורות צנטריפוגה מפוליפרופילןקורנינג431470מעקר זרעים לפני ורניליזציה
בדיקת pHדייוויס אינסטרומנטסYX-58825-26משמש לייצור מדיה
ALPs (ממקמי מעבדה אוטומטיים) מדריך למשתמשבקמן קולטרPN987836 מסייע בהגדרת הציוד הנלווה לקרוסלת Biomek
FX Biomek 2000 Stacker Carousel מדריך למשתמשבקמן קולטר609862-AAמסייע בהגדרת קרוסלת
המערםBiomek FX ו-FXP מדריך למשתמש של תחנות עבודה לאוטומציה במעבדהBeckman CoulterPN 987834משמש למסגרת הפוד הרב-ערוצי
Biomek FXP אוטומציה של תחנת עבודה מדריך הפעלה ללקוחבקמן קולטרPN B32335ABמשמש לסיוע בהגדרת המדריך למשתמש של תוכנת Biomek FX
BiomekBeckman CoulterPN 987835משמש להגדרה והבנה של תוכנה
Nתוכנת יחידת מעלית

מקורות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Blackwell, H. E., Zhao, Y. Chemical genetic approaches to plant biology. Plant Physiol. 133 (2), 448-455 (2003).
  2. Dejonghe, W., Russinova, E. Plant chemical genetics: From phenotype-based screens to synthetic biology. Plant Physiol. 174 (1), 5-20 (2017).
  3. McCourt, P., Desveaux, D. Plant chemical genetics. New Phytol. 185 (1), 15-26 (2010).
  4. Lumba, S., Cutler, S., McCourt, P. Plant nuclear hormone receptors: A role for small molecules in protein-protein interactions. Annu Rev Cell Dev Biol. 26, 445-469 (2010).
  5. Hicks, G. R., Raikhel, N. Opportunities and challenges in plant chemical biology. Nat Chem Biol. 5 (5), 268-272 (2009).
  6. De Rybel, B., et al. A role for the root cap in root branching revealed by the non-auxin probe naxillin. Nat Chem Biol. 8 (9), 798-805 (2012).
  7. Koornneef, M., Meinke, D. The development of Arabidopsis as a model plant. Plant J. 61 (6), 909-921 (2010).
  8. Serrano, M., Kombrink, E., Meesters, C. Considerations for designing chemical screening strategies in plant biology. Front Plant Sci. 6, 131(2015).
  9. Yoshitani, N., et al. A structure-based strategy for discovery of small ligands binding to functionally unknown proteins: Combination of in silico screening and surface plasmon resonance measurements. Proteomics. 5 (6), 1472-1480 (2005).
  10. Macarron, R., et al. Impact of high-throughput screening in biomedical research. Nat Rev Drug Discov. 10 (3), 188-195 (2011).
  11. DeBolt, S., et al. Morlin, an inhibitor of cortical microtubule dynamics and cellulose synthase movement. Proc Natl Acad Sci U S A. 104 (14), 5854-5859 (2007).
  12. Christian, M., Hannah, W. B., Luthen, H., Jones, A. M. Identification of auxins by a chemical genomics approach. J Exp Bot. 59 (10), 2757-2767 (2008).
  13. Drakakaki, G., et al. Clusters of bioactive compounds target dynamic endomembrane networks in vivo. PNAS. 108 (43), 17850-17855 (2011).
  14. Armstrong, J. I., Yuan, S., Dale, J. M., Tanner, V. N., Theologis, A. Identification of inhibitors of auxin transcriptional activation by means of chemical genetics in Arabidopsis. Proc Natl Acad Sci U S A. 101 (41), 14978-14983 (2004).
  15. Brown, L. A., et al. A small molecule with differential effects on the PTS1 and PTS2 peroxisome matrix import pathways. Plant J. 65 (6), 980-990 (2011).
  16. De Rybel, B., et al. Chemical inhibition of a subset of Arabidopsis thaliana GSK3-like kinases activates brassinosteroid signaling. Chem Biol. 16 (6), 594-604 (2009).
  17. Arkin, M. R., Tang, Y., Wells, J. A. Small-molecule inhibitors of protein-protein interactions: progressing toward the reality. Chem Biol. 21 (9), 1102-1114 (2014).
  18. St Onge, R., Schlecht, U., Scharfe, C., Evangelista, M. Forward chemical genetics in yeast for discovery of chemical probes targeting metabolism. Molecules. 17 (11), 13098-13115 (2012).
  19. Vassilev, L. T., et al. In vivo activation of the p53 pathway by small-molecule antagonists of MDM2. Science. 303 (5659), 844-848 (2004).
  20. Zhao, Y., et al. Chemical genetic interrogation of natural variation uncovers a molecule that is glycoactivated. Nat Chem Biol. 3 (11), 716-721 (2007).
  21. Walsh, T. A. The emerging field of chemical genetics: Potential applications for pesticide discovery. Pest Manag Sci. 63 (12), 1165-1171 (2007).
  22. Center, A. B. R. Seed Handling. , The Ohio State University. Available from: https://abrc.osu.edu/seed-handling (2013).
  23. Knoth, C., Salus, M. S., Girke, T., Eulgem, T. The synthetic elicitor 3,5-dichloroanthranilic acid induces NPR1-dependent and NPR1-independent mechanisms of disease resistance in Arabidopsis. Plant Physiol. 150 (1), 333-347 (2009).
  24. Conway, M. K., et al. Scalable 96-well Plate based iPSC culture and production using a robotic liquid handling system. J Vis Exp. , (2015).
  25. Daniszewski, M., et al. Automated cell culture systems and their applications to human pluripotent stem cell studies. SLAS Technol. , (2017).
  26. Popa-Burke, I., Russell, J. Compound precipitation in high-concentration DMSO solutions. J Biomol Screen. 19 (9), 1302-1308 (2014).
  27. Partridge, F. A., et al. An automated high-throughput system for phenotypic screening of chemical libraries on C. elegans and parasitic nematodes. Cold Spring Harb Protoc. , (2017).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה

בקש הרשאה

תגיות

High Throughput Screening

מאמרים קשורים