פרוטוקול זה מתאר שיטה באמצעות העכבר splenocytes לגלות דפוסי מולקולריים הקשורים הפתוגן שמשנות ביטוי גנים שעון מולקולרי.
מאמר שיטה
פרוטוקול זה מתאר שיטה באמצעות העכבר splenocytes לגלות דפוסי מולקולריים הקשורים הפתוגן שמשנות ביטוי גנים שעון מולקולרי.
מהתנהגות על ביטוי גנים, השעון הביולוגי לווסת כמעט בכל ההיבטים של פיזיולוגיה. כאן, אנו מציגים מתודולוגיה אתגר splenocytes עכבר עם ליפופוליסכריד פתוגן-הקשורים דפוסי מולקולרית (PAMPs) (LPS), ODN1826, חום-נהרג ליסטריה ולבחון את השפעתם על מולקולרית היממה שעון. בעבר, מחקרים התמקדו בחינת השפעתה של LPS על השעון המולקולרי באמצעות מגוון של גישות ויוו ו- ex-vivo מבחר דגמים (למשל, עכבר, חולדה, האדם). פרוטוקול זה מתאר את הבידוד ואת האתגר של splenocytes, כמו גם את המתודולוגיה כדי להעריך את השעון ג'ין ביטוי האתגר שלאחר באמצעות PCR כמותי. גישה זו ניתן להעריך לא רק את ההשפעה של רכיבים חיידקים על השעון המולקולרי אבל מולקולות אחרות כמו גם זה עשוי לשנות את הביטוי של השעון. גישה זו יכול להיות מנוצל כדי לקנטר לגזרים את המנגנון המולקולרי של כיצד משפיע על האינטראקציה קולטן PAMP-אגרה-כמו שעון הביטוי.
שעון אב ביונקים, אשר האחראית תנודות 24 שעות ביממה עבור כמעט כל ההיבטים של פיזיולוגיה והתנהגות, הינו ממוקם במרחק העל-תצלובתי (SCN) של ההיפותלמוס1,2. בנוסף, ויסות תהליכים ביולוגיים ברמת organismal מסנכרנת שעון אב היקפיים שעונים הסלולר ברחבי הגוף3,4,5. בעוד המנגנון שעון מולקולרי מורכבת לפחות 3 לולאות משוב תעתיק translational שלובים, הליבה מורכבת של התקופה (Per1-3), קריפטוכרום (Cry1-2), Bmal1, ואת השעון גנים6,7. מלבד שמירה על התזמון מדויק של השעון המולקולרי הליבה, כמה מוצרים ג'ין שעון נלווים (למשל, Rev-erbα , Dbp) גם לווסת את הביטוי של גנים שאינם שעון, קרי, שעון מבוקר גנים (CCGs)6 , 7.
הפונקציונליים שעונים מולקולרית תוארו שונים ברקמות מערכת החיסון (למשל, הטחול ובלוטות הלימפה)8 , תאים (למשל, B תאים, תאים דנדריטים, מקרופאגים)8,9. תאים אלה לזהות ולהגיב פתוגן-הקשורים מולקולרית דפוסים (PAMPs), שנשמרת הרכיבים מיקרוביאלי, באמצעות קולטנים זיהוי מערכת החיסון מולדים כגון אגרה דמוי קולטנים (TLRs)10. עד כה, 13 TLRs תפקודית תוארו, אשר מזהה את המרכיבים חיידקים כגון רכיבי הקיר תא החיידק, השוטוניים חלבון מיקרוביאלי חומצות גרעין10. PAMP, ליפופוליסכריד (LPS), מרכיב דופן התא של חיידקים גראם שליליים מזוהה על-ידי TLR4, הוכח לשנות מקצבים השעון הביולוגי ברמות organismal והן מולקולרית. לדוגמה, ויוו האתגר של LPS מושרה עיכובים photic כמו שלב כפי שנמדד על-ידי פעילות עכברים11 והוביל לביטוי גנים שעון מופחת ב SCN ו הכבד כפי שנקבע על ידי הכלאה בחיי עיר ו- PCR כמותי, בהתאמה, בעוד עכברושים12. לאחר ויוו אתגר עם התקליטים, ניתוח של דם היקפיים אנושי לויקוציטים13 ו רקמת השומן התת עורית14 גילה ביטוי שונה של מספר גנים השעון כפי שנמדדה באמצעות qPCR. לבסוף, שמחוץ LPS באתגרים של מקרופאגים האנושי מקרופאגים הצפק העכבר, הוביל גם שינו שעון ביטוי כפי שהיא נמדדת qPCR14.
כאן, אנו מתארים את פרוטוקול כדי להעריך את השפעת התקליטים PAMPs, ODN1826 (oligonucleotides סינטטי המכיל unmethylated מוטיבים CpG), וחום-נהרג ליסטריה (HKLM), מזוהה על-ידי TLR4, TLR9 ו- TLR2, בהתאמה, על שעון מולקולרי ביטוי גנים ב העכבר splenocytes. הפרוטוקול כולל העכבר ספלנקטומיה, בידוד splenocyte, אתגר, RNA החילוץ, סינתזה cDNA qPCR להעריך ביטוי של מספר גנים שעון. פרוטוקול זה מאפשר רכישת מספר גדול של תאים חיסוניים עם מעט מאוד חיים בזמן או מניפולציה הסלולר, אז מה שיכול להיות מאותגרת שמחוץ עם PAMPs שונים. השעון המולקולרי הוכח לווסת את ההיבטים השונים של ה8,15,של התגובה החיסונית16, לכן, שיבוש של השעון המולקולרי סביר לפגום את הווריאציה תלויי-זמן נאות של התגובה החיסונית. בנוסף, מאז שיבושים של השעון הביולוגי יכול להוביל מבעיות17,18,19,20, זה עשוי להיות עניין לחוקרים לאתגר את splenocytes עם מגוון רחב של מולקולות ולהעריך את השפעתם על השעון.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
במהלך המחקר, טיפול בבעלי חיים וטיפול תאמו מדיניות מכוני הבריאות הלאומיים, היו על פי הנחיות מוסדיים, אושרו על ידי אוניברסיטת הרטפורד טיפול בבעלי חיים מוסדיים בעלי חיים ועל שימוש הוועדה.
1. entrainment של בעלי חיים
הערה: עשרים בת שבוע זכר B6129SF2/J עכברים משמשים במחקר.
2. הכנת כלי נגינה תרבות בינוני, בינוני אתגר
3. Splenocyte בידוד ואתגר
4. RNA בידוד ו- cDNA סינתזה
5. כמותיים תגובת שרשרת פולימראזית (qPCR)
6. ניתוח סטטיסטי
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
עכברים הוקרבו ב ZT13, splenocytes היו מבודדים והזמנו שמחוץ עם PAMPs LPS, ODN1826, או HKLM. לאחר 3 שעות, RNA היה מבודד, qPCR שימש להערכת רמות הביטוי היחסי של הגנים שעון מולקולרי השעון, Per2, Dbp, ו- Rev-erbα לעומת תאים שליטה לאתגר. לאחר PAMP אתגר, רמות הביטוי השעון לא היו שונים באופן משמעותי מאשר הביטוי בתאים שליטה (איור 1א'). רמות הביטוי Per2 היו גבוהות משמעותית בתאים הם אתגר LPS ...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
בתוך פרוטוקול זה, ספקטרופוטומטרים microvolume יכול לשמש כדי לכמת ולהעריך את טוהר הרנ א בשימוש בקביעת ביטוי גנים. חומצות גרעין לספוג אולטרא סגול-260 ננומטר, חלבונים בדרך כלל סופגים אור-280 ננומטר, ואילו אחרים מזהמים פוטנציאליים בשימוש במהלך שגרת החילוץ RNA (למשל, פנול) לזיהוי ב- 230 ננומטר. לכן, על-ידי הערכת את ספיגת יחס (א)-260/280 ננומטר (RNA לחלבון) ו- 260/230 nm (RNA לחלבון מזהמים) איכות הרנ א יכול להיות מוערך. RNA באיכות גבוהה יש יחס A260/280 בין 1.8 – 2.1, כמו יחסי נמוך יותר להצביע על זיהום חלבון. דוגמה RNA...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
המחבר אין לחשוף.
עבודה זו נתמכה על ידי סגל המחקר מעניק מתפקידה המכללה לאמנויות ודין מדעי באוניברסיטת הארטפורד.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| מגלשות חלביות | פישר | 12-550-343 | |
| מסננות תאים | פישר | 22363547 | |
| ליפופוליסכריד | InvivoGen | ltrl-eklps | |
| ODN1826 | InvivoGen | Tlrl-1826-1 | |
| HKLM | InvivoGen | Tlrl-hklm | |
| RPMI 1640 | Gibco | 11875-093 | |
| PBS | Gibco | 20012-043 | |
| RNeasy Mini Kit | Qiagen | 74104 או 74106 | |
| RNase Free DNase Set | Qiagen | 79254 | |
| צלחת תרבית תאים 6 בארות | דנוויל | T1006 | |
| צינורות 50 מ"ל | קורנינג | 352070 | |
| צינורות 15 מ"ל | קורנינג | 352097 | |
| ערכת שעתוק הפוך cDNA בקיבולת גבוהה | ThermoFisher | 4368814 | |
| TaqMan מבחני ביטוי גנים b-actin | ThermoFisher | Mm00607939_s1 | |
| מבחני ביטוי גנים של TaqMan Per2 | ThermoFisher | Mm00478113_m1 | |
| TaqMan מבחני ביטוי גנים Rev-erba | ThermoFisher | Mm00520708_m1 | |
| TaqMan מבחני ביטוי גנים Bmal1 | ThermoFisher | Mm00500226_m1 | |
| TaqMan מבחני ביטוי גנים Dbp | ThermoFisher | Mm00497539_m1 | |
| מכונת qPCR StepOnePlus | ThermoFisher | ||
| TaqMan Gene Expression Master Mix | ThermoFisher | 4369016 | |
| MicroAmp צלחת תגובה מהירה 96 בארות (0.1 מ"ל) | ThermoFisher | 4346907 | |
| תוכנת ניתוח סטטיסטי | פריזמה 7.0a |
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה
בקש הרשאה