אימונוגלובולין G (IgG) N-גליקן מאופיין באמצעות כרומטוגרפיה של אינטראקציה הידרופילית. בנוסף, המבנה של IgG N-גליקן מופרד בבירור. המוצג כאן הוא מבוא לשיטה ניסיונית זו, כך שניתן להשתמש בה באופן נרחב בהגדרות מחקר.
הרשמה ל-JoVE נדרשת לצפייה בתוכן זה. התחברו או התחילו בגרסת ניסיון בחינם.
מאמר שיטה
* These authors contributed equally
אימונוגלובולין G (IgG) N-גליקן מאופיין באמצעות כרומטוגרפיה של אינטראקציה הידרופילית. בנוסף, המבנה של IgG N-גליקן מופרד בבירור. המוצג כאן הוא מבוא לשיטה ניסיונית זו, כך שניתן להשתמש בה באופן נרחב בהגדרות מחקר.
גלילקומיקס הוא התמחות משנה חדשה ב-omics מחקר מערכת המציעה פוטנציאל משמעותי בגילוי בסמנים הדור הבא עבור הרגישות למחלות, גילוי התרופה היעד, ואת התרופה דיוק. אלטרנטיבי IgG N-גליקנים דווחו במספר מחלות כרוניות נפוצות, הציע פוטנציאל גדול ביישומים קליניים (כלומר, ביוארקרס לאבחון וחיזוי של מחלות). IgG N-גליקנים מאופיינים באופן נרחב באמצעות שיטה של אינטראקציה הידרופיפילית (hilic) כרומטוגרפית נוזלית במיוחד. היחידה היא טכנולוגיית גילוי יציבה עם שגיאות מידע ודיוק כמותי קרוב יחסית. בנוסף, המבנה של IgG N-גליקן מופרד בבירור, וניתן לאפיין את ההלחנה והשפע היחסי בפלזמה.
N-הגליקוזילציה של חלבונים אנושיים הוא שינוי שכיח וחיוני לאחר השינוי1 ועשוי לסייע לחזות את התרחשות ופיתוח של מחלות באופן יחסי יחסית. בשל המורכבות של המבנה שלה, הוא צפוי כי יש יותר מ 5,000 מבנים גליקן, מתן פוטנציאל גדול כמו ביואריטים אבחון חזוי עבור מחלות2. N-גליקנים המחוברים למערכת החיסונית (igg) הוכחו כחיוניים לתפקוד igg, ו-Igg N-הגליסילציה משתתפת באיזון בין המערכות הפרו-דלקתיות3. IgG N-גליסיציה דיפרנציאלית מעורבת בפיתוח מחלות והתקדמות, המייצגים הן מנגנון נטייה ופונקציונלי המעורבים בפתולוגיה של מחלות. התפקיד הדלקתי של IgG N-הגליסיציה נקשר עם הזדקנות, מחלות דלקתיות, מחלות אוטואימוניות, סרטן4.
עם פיתוח של טכנולוגיית האיתור, השיטות הבאות נמצאות בשימוש נרחב ביותר גליקומיס תפוקה גבוהה: הידרופיפילית אינטראקציה כרומטוגרפיה (HILIC) כרומטוגרפיה נוזלית מאוד ביצועים עם גילוי של קרינה פלואורסצנטית (הייטק-FLR), אלקטרופורזה במגה-קרן עם ג'ל לייזר לגילוי קרינה בלייזר (xCGE-אבל), מטריקס בסיוע לייזר בעזרת מטריצות של זמן הטיסה המסה ספקטרומטריה (מאלדי-תוף-MS), וכרומטוגרפיה נוזלית ממסת המסה (LC-ESI-MS) . שיטות אלה התגברו על חסרונות קודמים של שטף נמוך, תוצאות לא יציבות, ורגישות ירודה ספציפיות5,6.
האגודה משמשת רבות לחקר הקשר בין igg N-הגליקוציה ומחלות מסוימות (כלומר, הזדקנות7, השמנה8, דיסליפידמיה9, סוכרת type10, יתר לחץ דם11, איסכמי שבץ12, פרקינסון מחלה13). בהשוואה לשלושת השיטות הנ ל, היתרונות הבאים הם5,14. ראשית, הוא מספק שיטת ניתוח כמותי יחסי, וניתוח הנתונים הכרוך בנרמול השטח הכולל משפר את יכולת ההשוואה של כל דוגמה. שנית, עלות הציוד והמומחיות הנדרשת נמוכה יחסית, מה שמקל על היישום וטרנספורמציה של ביוגליציה ליישומים קליניים. המוצג כאן הוא מבוא ל-, כדי שניתן יהיה להשתמש בו באופן נרחב יותר.
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
כל הנושאים הכלולים בפרוטוקול אושרו על ידי ועדת האתיקה של האוניברסיטה הרפואית קפיטל, בייג, סין12. הסכמה מושכלת בכתב הושגה מכל נושא בתחילת המחקר.
1. בידוד IgG
2. גליקן לשחרר
3. גליקן מתייג ומאפשר טיהור
4. הידרופילי-כרומטוגרפיה וניתוח של גליקנים
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
כפי שמוצג באיור 1, מנתחים Igg N-גליקנים לתוך 24 הראשונים igg גליקן הפסגות (GPs) מבוסס על מיקום שיא וזמן השמירה. מבני N-גליקן זמינים דרך זיהוי ספקטרומטר המסה לפי מחקר קודם (שולחן 1)15. כדי להבטיח כי התוצאות היו דומות, החלה נורמליזציה בשטח כולל, שבה כמות הגליקנים בכל שיא ביטאו כאחוז מהשטח המשולב הכולל.
כדי להעריך את החזרה והיציבות של השיטה, הד...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
הוא משמש כשיטה לניתוח יחסי כמותי5,15. התוצאות מצביעות על כך שהוא טכנולוגיית גילוי יציבה עם השגות ודיוק כמותי יחסית. כמות הגליקנים בכל שיא מתבטאת כאחוז של השטח המשולב הכולל באמצעות ה-, המהווה את הערך היחסי. הקוונפיקציה היחסית משפרת את יכולת ההשוואה של דגימות הבדיקה. בנוסף, 96 באיכות חלבון G לוחיות משמשות כדי לטהר IgG עם 96 דגימות בבת אחת עבור זיהוי תפוקה גבוהה. היכולת של חלבון G לאגד igg היא גדולה מזו של חלבון A, כפי שמתואר במחקרים קודמים15...
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
. למחברים אין מה לגלות
עבודה זו נתמכת על ידי מענקים מן הלאומי המדע הטבעי הקרן של סין (81673247 & 81872682) ו אוסטרליה-סין מענק שיתופי (NH & MRC-APP1112767-NSFC 81561128020).
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| 2-aminobenzamide, 2-AB | Sigma, סין | ||
| 96-באר איסוף צלחת | AXYGEN | ||
| 96-באר צלחת סינון | Pol | 0.45 אום GHP | |
| 96-באר צלחת מונוליטית | BIA הפרדות | ||
| 96-באר צלחת | רוטור Eppendorf Co., Ltd, גרמניה | T_1087461900 | |
| חומצה אצטית | סיגמאסין | ||
| Acetonitrile | Huihai Keyi Technology Co., Ltd, סין | ||
| אמוניום ביקרבונט | Shenggong הנדסה ביולוגית ושות', בע"מ, סין | ||
| אמוניום פורמט | בייג'ינג Minruida Technology Co., Ltd. | ||
| חממת טלטול מתמדת / נדנדה | Zhicheng מכשיר אנליטי ייצור ושות', בע"מ, סין | ZWY-10313 | |
| Dextran כיול סולם / גליקופפטיד עמוד | וואטס טכנולוגיה ושות', בע"מ, סין | BEH עמוד | |
| דימתיל סולפוקסיד (DMSO) | סיגמא, סין | ||
| דיסודיום פוספט | Shenggong הנדסה ביולוגית ושות', בע"מ, סין | ||
| תנורים חשמליים | מכשירי בודק ושות', בע"מ | 202-2AB | |
| העצמה 3.0 | ווטרס טכנולוגיה ושות', בע"מ, אמריקה | ||
| אתנול | Huihai Keyi טכנולוגיה ושות', בע"מ, סין | ||
| חומצה פורמית | סיגמה, סין | ||
| GlycoProfile 2-AB ערכת תיוג | סיגמא, סין | ||
| HCl | Junrui Biotechnology Co., Ltd, סין | ||
| צנטריפוגה במהירות גבוהה | Eppendorf Co., Ltd, גרמניה | 5430 | |
| Igepal | Sigma, סין | ||
| צנטריפוגה בטמפרטורה נמוכה | Eppendorf Co., Ltd, גרמניה | ||
| מקרר בטמפרטורה נמוכה | צ'ינגדאו Haier ושות', בע"מ | ||
| סעפת 96-באר צלחת | טכנולוגיית וואטס ושות', בע"מ, סין | 186001831 | |
| מתנול | Huihai Keyi טכנולוגיה ושות', בע"מ, סין | ||
| Milli-Q מד מים טהורים | Millipore ושות', בע"מ, אמריקה | יתרון A10 | |
| NaOH | Shenggong הנדסה ביולוגית ושות', בע"מ, סין | ||
| בודק PH | Sartorius ושות', בע"מ, גרמניה | PB-10 | |
| פוספט חוצץ מלח, PBS | Shenggong הנדסה ביולוגית ושות', בע"מ, סין | ||
| Pipette | Eppendorf Co., Ltd, גרמניה | 4672100, 0.5-10μ l & 10-100μ l & 20-200μ l & 1000μ l | |
| PNGase F אנזים | סיגמא, סין | ||
| אשלגן דימימן פוספט | Shenggong הנדסה ביולוגית ושות', בע"מ, סין | ||
| פרופן-2-ol | Huihai Keyi טכנולוגיה ושות', בע"מ, סין | ||
| SDS | סיגמא, סין | ||
| נתרן כלוריד | Shenggong הנדסה ביולוגית ושות', בע"מ, סין | ||
| נתרן ציאנובורוהידריד (NaBH3CN) | סיגמא, סין | ||
| ספקטרופוטומטר | שנחאי Yuanxi מכשיר ושות', בע"מ | B-500 | |
| העברת אקדח נוזלי | Smer Fell מדע וטכנולוגיה ושות', בע"מ, סין | 4672100 | |
| Tris | Amresco, אמריקה | ||
| מקרר בטמפרטורה נמוכה במיוחד | Thermo Co., Ltd, אמריקה | MLT-1386-3-V; MDF-382E | |
| כרומטוגרפיה נוזלית אולטרה ביצועים | וואטס טכנולוגיה ושות', בע"מ, סין | Acquity MLtraPerformance LC | |
| משאבת ואקום | וואטס טכנולוגיה ושות', בע"מ, סין | 725000604 | |
| מכונת נידוף / מייבש | Eppendorf ושות', בע"מ, גרמניה | T_1087461900 | |
| מערבולת | צ'אנגג'ואו Enpei מכשיר ושות', בע"מ, סין | NP-30S | |
| מים-אמבטיית | בודק מכשירים ושות', בע"מ | DK-98-IIA | |
| איזון שקילה | שנחאי Jingke Scientific Instrument Co., Ltd. | MP200B |
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.