שיקולי איסוף, עיבוד ואחסון למחקר סמנים ביולוגיים בשתן

Summary

פרוטוקול זה נועד לספק שיקולים לאיסוף, עיבוד ואחסון דגימות שתן למחקרי סמנים ביולוגיים של זיהום בדרכי השתן.

Abstract

ישנם מספר חלבוני שתן המראים הבטחה כסמנים חדשים לדלקות בדרכי השתן. לזיהוי של סמן ביולוגי חדש בעל דיוק ניבוי גדול יותר בהשוואה לשיטות האבחון הנוכחיות יש פוטנציאל לשפר מאוד את היכולת לנהל חולים עם דלקות בדרכי השתן. עם זאת, איסוף דגימות, עיבוד ואחסון יכולים להשפיע על תוצאות מחקר הסמנים הביולוגיים. הבנת ההשפעות של כל אחד מהשלבים הללו על מחקרי סמנים ביולוגיים נחוצה כדי ליידע מחקר עתידי ואיכותי בתחום זה, כמו גם כדי לסקור באופן ביקורתי מחקרים אחרים בתחום זה. כאן, המחקר סוקר את הספרות לגבי ההשפעות של כל שלב בעיבוד דגימות השתן ומדווח על ההשפעות של מצבים שונים על חלבוני השתן. הפרוטוקול יתמקד בטכניקות איסוף, זמן וטמפרטורת האחסון, טכניקות עיבוד, שימוש בריאגנטים והקפאה ארוכת טווח על יציבות הסמנים הביולוגיים. הוא יתמקד בחלבונים אך ידון בקצרה בחומרים אחרים שעשויים לשמש במחקר סמנים ביולוגיים. בכך, פרוטוקול זה יספק מדריך לחוקרים עתידיים שיסייעו בתכנון מחקרי סמנים ביולוגיים בשתן.

Introduction

דלקות בדרכי השתן (UTI) הן אחד הזיהומים החיידקיים הנפוצים ביותר בקרב ילדים ומבוגרים^כאחד. בעוד שהאבחנה של דלקת בדרכי השתן באוכלוסיות מסוימות יכולה להיות לא מסובכת, היא יכולה להיות מורכבת יותר אצל אחרות, כמו אלה עם שלפוחית נוירופתית². היכולת לאבחן במדויק דלקות בדרכי השתן תסייע בשיפור מאמצי הפיקוח על האנטיביוטיקה על ידי הפחתת השימוש באנטיביוטיקה מיותרת ועשויה לסייע באבחון מוקדם יותר של דלקות בדרכי השתן, ובכך להפחית את הסיכון לתחלואה. בהתחשב בשכיחות של דלקות בדרכי השתן, יש עניין משמעותי בשיפור הטיפול בזיהום שכיח זה.

יש מספר הולך וגדל של סמנים ביולוגיים חדשים בספרות....

Protocol

פרוטוקול זה עוקב אחר הנחיות ועדת האתיקה של המחקר האנושי של המוסד. ודא שהאישור מתקבל מוועדת הביקורת המוסדית (IRB) לפני איסוף וניצול דגימות ביולוגיות למחקר.

1. איסוף

1. השג דגימת שתן בכוס דגימה סטרילית. החליטו על סוג דגימת השתן, כמו גם קריטריונים ספציפיים להכללה ואי הכללה, על סמך תכנון המחקר הספציפי. עבור מחקרי UTI, השתמש בשיטת התפיסה הנקייה או בצנתור כדי למנוע זיהום פרינאלי.
2. כדי לקבל דגימת שתן נקייה, הנחו את המשתתפים לנגב את האזור הפרי-שופכה עם מגבון, לרוקן כמות קטנה לתוך האסלה ולאחר מכן להשתין לתוך כוס הדגימה.
3. הנחו נשים להשתמש באצבעותיהן כדי לפזר את השפתיים ולגברים למשוך את העור....

Results

לצנטריפוגה הייתה השפעה קטנה על רמות ה-NGAL. בדגימות צנטריפוגות המאוחסנות בטמפרטורה של -80 מעלות צלזיוס היו רמות נמוכות יותר של NGAL מאשר בדגימות שאינן צנטריפוגות (2.17 ננוגרם/מ"ל ±-0.32 ננוגרם/מ"ל, 2.77 ננוגרם/מ"ל ±-0.21 ננוגרם/מ"ל). למחזורי ההקפאה הייתה השפעה גם על רמות ה-NGAL לאחר מחזור ההקפאה-הפשרה השלישי. (איור 2). מבין התנאים שנחקרו (צנטריפוגה, מחזורי הקפאה-הפשרה וטמפרטורת אחסון), לטמפרטורת האחסון הייתה ההשפעה הגדולה ביותר על רמות ה-NGAL. אחסון בטמפרטורה של -80 מעלות צלזיוס מיד לאחר איס.......

Discussion

החשיבות של הפקת תוצאות עקביות וניתנות לשחזור אינה מוגבלת להצלחת מחקרים בודדים אלא גם תאפשר השוואה טובה יותר של תוצאות בתוך הספרות⁹. שונות בין מחקרים בשלבים פרוצדורליים מרכזיים יכולה להציג הטיה בלתי הפיכה שעלולה להשפיע על אותות הסמנים הביולוגיים ועל פרשנותם, מה שעשוי להיות אחראי לאי התאמות בין מספר מחקרים¹⁰. זה מדגים את הצורך לבסס גישה סטנדרטית יותר לעיבוד דגימות שתן למחקרי סמנים ביולוגיים.

תכנון המחקר של רוב מחקר.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
חומצה בורית	סיגמא-אולדריץ'	B6768	יש לשקול דגימות שלא ניתן לעבד ולהקפיא
במהירות קופסאות מקפיא	פישר סיינטיפיק	03-395-464
צינורות מיקרוצנטריפוגה	תומאס סיינטיפיק	1149X93
NGAL ELISA Kit	R& D Systems	DLCN20	משמש ליצירת תוצאות מייצגות
פיפטה וטיפים	תלוי בגודל הפיפטה ובנפח הנוזל.
נתרן אזיד	Sigma-Aldrich	S2002	יש לשקול עבור דגימות שלא ניתן לעבד ולהקפיא במהירות
כוסות איסוף שתן	Thermo Scientific	3122B03ORG	כוסות סטריליות אינן נדרשות אלא אם כן יש צורך במחקרים אחרים