מאמר שיטה

זיהוי איdel בעקבות MUtagenesis CRISPR/Cas9 באמצעות ניתוח נמס ברזולוציה גבוהה aedes aegypti יתוש

DOI:

10.3791/63008

⸱

10 בספטמבר 2021

 ,  ,  ,  , 
1Department of Entomology and Agrilife Research, Texas A&M University

במאמר זה

סיכום

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מאמר זה מפרט פרוטוקול לזיהוי מהיר של indels המושרה על ידי CRISPR / Cas9 ובחירה של קווים מוטנטיים יתוש Aedes aegypti באמצעות ניתוח נמס ברזולוציה גבוהה.

תקציר

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

עריכת גנים יתושים הפכה לשגרה במספר מעבדות עם הקמת מערכות כגון גרעיני אפקט דמוי מפעיל תמלול (TALENs), גרעינים אצבע אבץ (ZFNs), ו אנדונקולאזים ביות (HEs). לאחרונה, טכנולוגיית החלבון 9 (Cas9) הקשורה באופן קבוע לסירוגין משולבת באופן קבוע (CRISPR)/CRISPR מציעה חלופה קלה וזולה יותר להנדסת גנום מדויקת. בעקבות פעולת נוקלאז, נתיבי תיקון DNA יתקנו את קצות ה- DNA השבורים, ולעתים קרובות יציגו indels. מוטציות מחוץ למסגרת אלה משמשות להבנת תפקוד הגנים באורגניזמי היעד. החיסרון, עם זאת, הוא כי אנשים מוטנטיים לשאת שום סמן דומיננטי, מה שהופך זיהוי ומעקב של אללים מוטנטיים מאתגרים, במיוחד בקנה מידה הדרוש לניסויים רבים.

ניתוח המסה ברזולוציה גבוהה (HRMA) היא שיטה פשוטה לזיהוי וריאציות ברצפי חומצות גרעין ומשתמשת בעקומות התכה של PCR כדי לזהות וריאציות כאלה. שיטת ניתוח זו לאחר PCR משתמשת בצבעי כריכת DNA כפולים נטושים פלואורסצנטיים עם מכשור בעל יכולת לכידת נתונים של בקרת טמפרטורה והוא מוגדל בקלות לפורמטים של לוחות של 96 באר. מתואר כאן הוא זרימת עבודה פשוטה באמצעות HRMA לגילוי מהיר של INDELs המושרה CRISPR / Cas9 והקמת קווים מוטנטיים יתוש Ae. aegypti. באופן קריטי, כל השלבים יכולים להתבצע עם כמות קטנה של רקמת רגל ואינם דורשים הקרבת האורגניזם, המאפשר צלבים גנטיים או בדיקות פנוטיפינג להתבצע לאחר genotyping.

מבוא

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

כמו וקטורים של פתוגנים כגון דנגי1, זיקה2, ו chikungunya3 וירוסים, כמו גם טפילים מלריה4, יתושים מהווים איום משמעותי על בריאות הציבור על בני אדם. עבור כל המחלות האלה, יש מיקוד משמעותי של התערבות שידור על השליטה של וקטורים יתושים. חקר הגנים החשובים, למשל, מתירניות לפתוגנים, כושר יתושים, הישרדות, רבייה ועמידות לחומרי הדברה הוא המפתח לפיתוח אסטרטגיות חדשות לבקרת יתושים. למטרות כאלה, עריכת גנום יתושים הופכת למנהג נפוץ, במיוחד עם פיתוח טכנולוגיות כגון HEs, ZFNs, TALENs, ולאחרונה, CRISPR עם Cas9. הקמת זנים בעריכת גנים כרוכה בדרך כלל באנשים הנושאים את המוטציות הרצויות במשך כמה דורות כדי למזער את ההשפעות מחוץ למטרה ומייסד (צוואר בקבוק), ואחריו לחצות אנשים הטרוזיגוס כדי ליצור קווי הומוזיגוס או טרנס-הטרוזיגוס. בהיעדר סמן דומיננטי, genotyping מולקולרי הוא הכרחי בתהליך זה, כי במקרים רבים, אין תכונות פנוטיפיות ברורות ניתן לזהות עבור מוטציות heterozygous.

למרות רצף הוא תקן הזהב לאפיון גנוטיפי, ביצוע זה על פני מאות, או אולי אלפי אנשים, מהווה עלויות משמעותיות, עבודה, וזמן הנדרש כדי להשיג תוצאות, וזה קריטי במיוחד עבור אורגניזמים עם תוחלת חיים קצרה כגון יתושים. חלופות נפוצות הן Surveyor nuclease assay5 (SNA), T7E1 assay6 וניתוח נמס ברזולוציה גבוהה (HRMA, שנסקר ב7). הן SNA והן T7E1 משתמשות באידונוקלאזים המבקעים רק בסיסים לא תואמים. כאשר מוגבר אזור מוטציה של הגנום המוטנטי ההטרוזיגוסיגוס, רסיסי DNA מאללים מוטנטיים ופראיים מחושלים כדי ליצור דנ"א דו-גדילי לא תואם (dsDNA). SNA מזהה את הנוכחות של אי התאמות באמצעות עיכול עם אנדונוקלאז ספציפי לאי התאמה ואלקטרופורזה ג'ל אגרוז פשוט. לחלופין, HRMA משתמש בתכונות התרמודינמיות של dsDNA שזוהו על ידי צבעים פלואורסצנטיים מחייבים DSDNA, עם טמפרטורת הניתוק של הצבע המשתנה בהתבסס על נוכחות וסוג המוטציה. HRMA שימש לגילוי פולימורפיזם חד-נוקלאוטיד (SNPs)8, גנוטיפינג מוטנטי של דגי זברה9, יישומים מיקרוביולוגיים10, ומחקר גנטי צמח11, בין היתר.

מאמר זה מתאר HRMA, שיטה פשוטה של genotyping מולקולרי עבור יתושים מוטנטיים שנוצר על ידי טכנולוגיית CRISPR / Cas9. היתרונות של HRMA על פני טכניקות חלופיות כוללים 1) גמישות, כפי שהוא הוכח שימושי עבור גנים שונים, מגוון רחב של גדלים indel, כמו גם את ההבחנה בין גדלים indel שונים heterozygous, הומוזיגוס, ו trans-heterozygous בידול12,13,14, 2) עלות, כפי שהוא מבוסס על ריאגנטים PCR נפוץ, ו 3) חיסכון בזמן, כפי שהוא יכול להתבצע רק כמה שעות. בנוסף, הפרוטוקול משתמש בחלק גוף קטן (רגל) כמקור לדנ"א, ומאפשר ליתושים לשרוד את תהליך הגנוטיפינג, ומאפשר הקמה ותחזוקה של קווים מוטנטיים.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. סריקה לאיתור פולימורפיזם נוקלאוטיד יחיד (SNPs), עיצוב פריימר HRMA ואימות פריימר

  1. זיהוי SNP יתושי מושבת מעבדה מסוג בר
    1. בחר את אקסון היעד כדי לשבש תרגום פוליפפטיד מתאים.
      הערה: היעד צריך להיות קרוב לקודון ההתחלה או בין שאריות מפתח הנדרשות לתפקוד החלבון. ככל שהאקסון קצר יותר (למשל, ≤200 בסיסים), כך קשה יותר למקד ולנתח אותו. הימנע עריכה קרוב לגבולות של אקסון, כמו זה מכריח את אחד פריימרים HRMA לחצות אינטרון או להיות intron. זה לא רצוי כי שיעורי SNP נוטים להיות הרבה יותר גדול באזורים אלה.
    2. עיצוב פריימר
      1. עבור אל NCBI Blast - אתר האינטרנט של Primer Blast15, העתק והדבק את האקסון הנבחר בתיבה בחלק העליון של הדף | בחר את גודל המוצר PCR (ודא שהוא מקיף את רוב האקסון) | בחר את האורגניזם.
      2. לחץ על פרמטרים מתקדמים | בחר (עבור Tm מוצר PCR) ולהוסיף 60 (לטמפרטורה אופטימלית של 60 °C (60 °F) | קבל פריימרים. שמור את הפרמטרים האחרים כברירת מחדל.
    3. להשיג DNA גנומי (gDNA) ממושבת המעבדה מסוג בר. מניחים בצד 10 יתושים, מרדים אותם עם CO2, ומניחים אותם בצלחת פטרי על קרח כדי לשמור אותם לא פעילים. הגדר 10 צינורות המכילים 0.5 μL של ריאגנט לשחרור DNA מרקמה ו 20 μL של חוצץ דילול, שניהם מסופקים בערכת שחרור ה- DNA המוצעת בטבלת החומרים.
    4. הסר רגל אחת מיתוש יחיד באמצעות מלקחיים והצב אותה בצינור מתאים של פתרון מדולל של ריאגנט שחרור DNA (ממשלב 1.1.3), שקוע לחלוטין את הרגל בתמיסה. חזור על שלב זה עם היתושים הנותרים, ניגוב המלקחיים עם 70% אתנול לפני שתמשיך לשלב הבא.
    5. לדגור על הפתרון המכיל את הרגל בטמפרטורת החדר במשך 2-5 דקות, ולאחר מכן ב 98 °C (70 °F) במשך 2 דקות, ולאפשר לו להתקרר תוך הגדרת תגובת PCR.
      הערה: לוחות המכילים את gDNA ששוחרר ניתן לאחסן ב -20 °C (70 °F), ואת הפרוטוקול ניתן להשהות בשלב זה.
    6. הכן 10 צינורות המכילים 10 μL של 2x PCR מאסטר מיקס, פריימרים לריכוז סופי של 0.5 מיקרומטר, ומים בדרגה מולקולרית לנפח סופי של 20 μL, ולהעביר 1 μL של המדגם המדולל לכל צינור. בצע PCR בעקבות פרמטרים אלה רכיבה על אופניים: 98 °C 5 דקות, 40 מחזורים של 98 °C (5 s, 60 °C 30 s, 72 °C 20 s לק kb; הארכה סופית של 72 °C (72 °F) למשך דקה אחת.
    7. טהרו את מוצרי ה-PCR בעזרת אנזים כדי לבזות את שאריות הפריימרים של PCR ולפרק את ה-dNTPs העודפים או כל ערכת ניקוי טורים. המשך ברצף הדגימות.
    8. נתח כל אלקטרופרוגרמה לנוכחות של פסגות כפולות/בסיסים מעורפלים, והתאם את קריאות הבסיס באופן ידני בכל רצף באמצעות קוד הבסיס המנוון המתאים.
      הערה: שלב זה חייב להתבצע לפני יישור רצף מרובים כפי שהוא נפוץ עבור תוכנת שיחות הבסיס לבחור את הפסגה הבולטת יותר כמו שיחת הבסיס "האמיתי", נותן את הרושם השגוי של היעדר SNPs.
    9. בצע יישור רצף מרובה באמצעות תוכנת היישור, SeqMan Pro, המפורטת בטבלת החומרים או בתוכנות יישור קוד פתוח אחרות, כגון ClustalW16 או T-Coffee17.
      1. פתיחת תוכנת היישור | לחץ על הוספת רצפים | בחר את הרצפים הרצויים ולחץ על הוסף | לאחר בחירת כל הרצפים, לחץ על סיום.
      2. לחץ על הרכב כדי לבצע את היישור. כדי לפתוח את היישור, לחץ על Contig 1 וניתח את היישור וזיהה את ה- SNPs (איור 1).
        הערה: כחלופה לשלבים 1.1.3-1.1.6, ניתן לבצע PCR מדנ"א גנומי מבודד המתקבל מדגימות בתפזורת (נגזר מ- >10 אנשים). אמפליקונים רציפים ניתן לנתח ישירות עבור נוכחות של SNPs המופיעים כמו פסגות כפולות ב electropherogram, אם כי SNPs נדיר יהיה קשה יותר לזהות.
    10. עצב 3-5 RNAs של מדריך יחיד (sgRNAs), הימנעות מאזורים המכילים כל SNP שזוהה לעיל, בעקבות הפרוטוקול המתואר ב- 18.
  2. עיצוב פריימר HRMA
    1. בדוק את רצף האקסון להיווצרות אפשרית של מבנים משניים במהלך PCR באמצעות mFold19.
      1. עבור אל שרת האינטרנט של UNAFold | לחץ על mFold | בתפריט הנפתח, לחץ על יישומים | צורת קיפול דנ"א.
      2. הזן את שם הרצף בתיבה והדבק את האקסון.
      3. לשנות את טמפרטורת הקיפול ל 60 °C (60 °F); בתנאים היוניים, לשנות [Mg++] ל 1.5 ועל יחידות לעבור mM; לחץ על Fold DNA.
      4. בפלט, מתחת למבנה 1, לחץ על PDF כדי לפתוח את התוויות המבנה המעגלי.
    2. עבור אל NCBI Blast - פריימר Blast15 לעיצוב פריימר.
    3. העתק והדבק את רצף האקסון שנבחר שנקבע על-ידי רצף בשלב 1.1 (הרצף המכיל את המספר הנמוך ביותר של SNPs או ללא SNPs) בתיבה בחלק העליון של הדף.
    4. השתמש בסימן < > כדי לסמן ולא לכלול רצפים המכילים SNPs, אתר היעד ואזורים עם היווצרות אפשרית של מבנה משני.
    5. בחר את גודל המוצר PCR להיות בין 80 ל 150 bp ולבחור את האורגניזם.
      הערה: ניתן להשתמש בהצלחה בגדלי קטעים גדולים יותר (כ- 300 bp). עם זאת, אמפליקולים ארוכים יותר עשויים להפחית את הרגישות בין רצפים שונים בזוג בסיס אחד או רק כמה.
    6. לחץ על קבל פריימרים. בחר 2-3 זוגות פריימרים לבדיקה (באופן אידיאלי, אתרי פריימר נמצאים במרחק של ≥20-50 bp מאתרי יעד CRISPR).
  3. אימות פריימר
    1. ביצוע PCR הדרגתי באמצעות gDNA מאדם יחיד.
      1. הכן תערובת ראשית והסר דוגמה אחת עבור הפקד שאינו תבנית (NTC) בצינור נפרד. מוסיפים את התבנית לתערובת האב הנותרת ואת aliquot לצלחת 96-well.
      2. בצע את הפרמטרים רכיבה על אופניים: 98 °C 30 s, 34 מחזורים של 98 °C (50 °F) עבור 10 s, 55-65 °C (30 °F), 72 °C (72 °F) 15 s; הארכה סופית של 72 °C (72 °F) למשך 10 דקות.
      3. צור פרופילי התכה תרמית בעקבות הפרמטרים: שלב denaturation 95 °C במשך 1 דקות, חישול 60 °C (5 °F) במשך 1 דקות, להמיס זיהוי עקומת בין 75 °C (75 °F) ב 0.2 °C (55 °F) במרווחים של 0.2 °C ,עם זמן אחיזה של 10 מעלות צלזיוס בכל טמפרטורה.
        הערה: יש להשתמש רק בטמפרטורות חישול עם פרופיל המסה תרמית יחיד.
  4. המשך ליצור את הקווים המוטנטיים עם זריקות עובר כמתואר ב -12.

2. הכנת דנ"א גנומי מרגלי יתושים

  1. הפרד את יתושי G1 על ידי סקס בשלב הגפיים, כך שהם לא להזדווג לפני genotyping, ולוודא כי גיל מותאם, סוג בר שליטה יתושים יהיה זמין לשמש עבור הפניות backcrosses. סקס להפריד אותם גם כן.
  2. אסוף את החומרים הדרושים (איור 2A) והכן צלחת PCR 96 היטב עם 0.5 μL של ריאגנט שחרור DNA ו 20 μL של חוצץ דילול (מערכת שחרור gDNA) לאדם להיות genotyped (איור 2B) ולהשאיר אותו על קרח. שמור שתי תגובות עבור NTC.
  3. סמן מגש לבקבוקוני יתושים (בקבוקוני Drosophila ) כך שכל באר על הצלחת 96 תואמת את בקבוקון היתושים המתאים במגש.
  4. יש להעשיר את יתושי ה-G1 עם CO2 ולהניח אותם בצלחת פטרי מזכוכית כדי לשמור עליהם מסוממים (איור 2C, D). יש למרדים ולהניח 8 יתושים פראיים בצלחת פטרי שנייה.
  5. נגב זוג פינצטה עם 70% אתנול והסר את אחת מרגלי היתוש האחוריות (איור 2E,F).
  6. שקועים ברגל בתמיסת ריאגנט לשחרור דנ"א, מניחים את היתוש בחתינה המתאימה וסוגבים אותו עם ספוג (איור 2G,H).
  7. לנגב את פינצטה שוב עם 70% אתנול ולהמשיך עם הסרת הרגל מן היתוש הבא. חזור על שלבים 2.5-2.7 עד להשלמת הצלחת 96-well.
    הערה: חשוב לנגב את פינצטה עם 70% אתנול. זה ממזער זיהום חוצה דנ"א.
  8. אטמו את הצלחת עם חותם צלחת PCR אופטי (איור 2I) ודגרו את הצלחת 96-well המכילה את הרגליים בטמפרטורת החדר (RT) במשך 2-5 דקות ולאחר מכן ב 98 °C (2 דקות). אפשר לצלחת להתקרר ל- RT תוך כדי הכנת תערובת ה- PCR.
    הערה: התהליך כולו בדרך כלל לוקח 3-4 שעות. אם היתושים חייבים להישמר בבקבוקונים במשך זמן רב יותר מהמשך הצפוי (במיוחד ≥ יום אחד), מניחים חתיכה קטנה של צימוקים (או מקור סוכר ומים) עם כל יתוש כדי להבטיח את הישרדות היתושים במהלך הדגירה המורחבת.

3. ח"ם

  1. בצע פי.סי.אר.
    1. הכן תערובת אב המכילה את הרכיבים הבאים לכל תגובה: 10 μL של חיץ 2x (מערכת שחרור gDNA), 0.5 μM של כל פריימר, 1 μL של צבע EvaGreen, 0.4 μL של פולימראז (מערכת שחרור gDNA), להשלים עד 19 μL עם מים ברמה מולקולרית.
    2. באמצעות pipet רב ערוצי, להעביר 19 μL של תערובת האב לתוך כל באר. העבר 1 μL של פתרון שחרור DNA המכיל DNA יתושים מוכן בסעיף 2 לצלחת (איור 3A). אוטמים את הצלחת עם אטם לוחית PCR אופטי.
    3. בצע את PCR בעקבות הפרמטרים רכיבה על אופניים: 98 °C (5 דקות), 39 מחזורים של 98 °C (78 °F) עבור 10 מעלות צלזיוס, טמפרטורת החישול הנבחרת (72 °C (72 °F) עבור 30 מעלות צלזיוס; הארכה סופית 72 °C (72 °F) למשך 2 דקות.
  2. צור פרופילי התכה תרמית בעקבות הפרמטרים: שלב denaturation 95 °C במשך 1 דקות, חישול 60 °C (5 °F) במשך 1 דקות, להמיס זיהוי עקומת בין 75 °C (75 °F) ב 0.2 °C (55 °F) במרווחים של 0.2 °C ,עם זמן אחיזה של 10 מעלות צלזיוס בכל טמפרטורה. עיין בחומר המשלים ובאיור המשלים S1-S5 לקבלת תיאור מפורט של הגדרת התוכנה עבור HRMA לפעול באמצעות מערכת CFX96 בזמן אמת.
  3. בדקו את פרופילי ההיתוך (איור 3B). הקצה פקד מסוג פראי לאשכול ההפניות.
    הערה: התוכנה (ראה טבלת החומרים) מנרמלת באופן אוטומטי את הנתונים ומייעדת אשכולות עם צבעים לעקומות נמסות שונות.
  4. סמן את האשכולות השונים בצבעים המתאימים בתבנית 96-well (איור 3C).
  5. בחרו את האנשים בעלי העקומות העניין, הסירו אותם מהצינורות ואת ה-backcross (איור 3D). להאכיל בדם את הנקבות המזדווגות ולאסוף ביצי G2 .

4. אימות רצף על ידי רצף סנגר

  1. לטהר את מוצר PCR מן בארות עם יתושים נבחרים (מן הצלחת מוכנה בסעיף 3.1), באמצעות אנזים כדי לבזות את פריימרים PCR שיורית, dephosphorylate עודף dNTPs. לחלופין, השתמש בכל ערכת ניקוי עמודות והמשיך ברצף הדגימות.
    הערה: רצף ישיר עשוי להיות מאתגר יותר כאשר גודל המוצר PCR קטן (≤200 bp). במקרים כאלה, פריימרים עיצוב כדי להגביר שברים גדולים יותר המקיפים את אתר היעד (≥250 bp) ולהגביר על ידי PCR באמצעות ה- DNA בלוח 96-well (שלב 2.2).
  2. נתח וזיהה את ההדלות באמצעות תוכנת מציג המעקב (איור 4). לחלופין, פולי שיא מנתח software20 יכול לעזור לזהות את המוטציה אצל אנשים הטרוזיגוס.
    1. עבור אל אתר האינטרנט של Poly Peak Parser, בחר את הרצף מהאנשים המוטנטיים בתפריט עיון והעתק והדבק את רצף ההפניות בתיבה.
      הערה: היישור בין אלל חלופי להפניה יופיע באופן אוטומטי בצד ימין של המסך.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

יתושים המכילים מוטציות בגנים AaeZIP11 (משגר ברזל פואטי21) ומיו-פאם (גן מיוסין מוטה נקבה הקשור לשרירי הטיסה13) הושגו באמצעות טכנולוגיית CRISPR/Cas9, genotyped באמצעות HRMA, ומאומת רצף (איור 5). איור 5A ואיור 5C מראים את עוצמת הפלואורסצנטיות המנורמלת מעקומות ה-HRM מדגימות מוטציות של AaeZIP11 ומיו-פאם , בהתאמה, יחד עם פקדים מסוג בר.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ניתוח נמס ברזולוציה גבוהה מציע פתרון פשוט ומהיר לזיהוי של indels שנוצר על ידי טכנולוגיית CRISPR / Cas9 יתוש וקטור Ae. aegypti. הוא מספק גמישות, ומאפשר גנוטיפינג של יתושים שעברו מוטציה למגוון רחב של גנים משריר הטיסה ועד חילוף החומרים של הברזל ועוד 13,14. HRMA יכול להתבצע רק כמה שעות מאוסף מדגם כדי הניתוחים הסופיים. נדרש זמן נוסף לעיצוב פריימר ויהיה תלוי גם בזמן לקבלת כל תוצאות הרצף הדרושות (לזיהוי SNPs), ניתוחי רצף והזמנה פריימר.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

למחברים אין ניגודי אינטרסים להצהיר עליהם.

תודות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

כל הדמויות נוצרו עם Biorender.com תחת רישיון לאוניברסיטת טקסס A&M. עבודה זו נתמכה על ידי כספים מהמכון הלאומי לאלרגיה ומחלות זיהומיות (AI137112 ו- AI115138 ל- Z.N.A.), מחקר טקסס A&M AgriLife במסגרת תוכנית המענקים למחלות וקטוריות חרקים, והמכון הלאומי למזון וחקלאות של משרד החקלאות האמריקאי, פרויקט האץ ' 1018401.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
70% אתנול70% תמיסת אתנול במים
96 בארות PCR וצלחות PCR בזמן אמתVWR82006-636להשגת DNA גנומי (מרגל היתוש)
תבניותמודפסות תוצרת בית, להקלטת גנוטיפ
מכונת Bio Rad CFX96Bio RadPCR עם יכולות
שיפוע ו-HRMAמאגרי ריאגנטים ביוטכנולוגיים מגווניםVWR490006-896
Exo-CIP ערכת ניקוי PCR מהירהאינגלנד BiolabsE1050S
צלחת פטרי זכוכיתVWR89001-246150 מ"מ x 20 מ"מ
מעטפת קשיחה דופן דקה 96 לוחות PCR עם חצאיתהיטב Bio-radHSP9665עבור
פיפטור רב ערוצי HRMA (P10)Integra Biosciences4721
פיפטור רב ערוצי (P300)Integra Biosciences4723
Nunc Polyolefin Acrylate סרט איטום, Thermo ScientificVWR37000-548לשימוש עם 96-well  לוחות PCR להשגת DNA גנומי
סרט איטום אופטיBio-rad2239444לשימוש עם לוחות PCR עם 96 בארות עבור ערכת
PCR ישירה של רקמות בעלי חיים HRMA Phire (ללא כלי דגימה)Thermo FisherF140WHלהשגת DNA גנומי וביצוע
מחלקי בקבוקון זבוב פלסטיקGenesee59-128W
תוכנת ניתוח נמס מדויקBio Rad1845025משמש לגנוטיפ של דגימות ה- DNA של היתושים ולניתוח תכונות הדנטורציה התרמית של DNA דו-גדילי (ראה פרוטוקול שלב 3.3)
SeqMan ProDNAstar Lasergeneליישור רצפים
מרובים פיפטור חד ערוץגילסון
פינצטה דומונט #5 11 ס"מWPI14098
פקקי קצף לבניםVWR60882-189
בקבוקוני דרוזופילה רחבים, פוליסטירןGenesee32-117
מגש בקבוקון זבוב רחב, כחולGenesee59-164B
צלחות 96 בארות ניו PCR תוכנת

מקורות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. WHO. Dengue Guidelines for diagnosis, treatment, prevention and control. WHO. , Report No. 978 160(2009).
  2. WHO. Zika epidemiology update. WHO. , 1-13 (2019).
  3. WHO. Guidelines for prevention and control of Chikungunya fever. WHO. , (2009).
  4. WHO. World malaria report 2020: 20 years of global progress and challenges. World Health Organization. , Available from: https://www.who.int/publications/i/item/9789240015791 (2020).
  5. Qiu, P., et al. Mutation detection using Surveyor nuclease. Biotechniques. 36 (4), 702-707 (2004).
  6. Babon, J. J., McKenzie, M., Cotton, R. G. The use of resolvases T4 endonuclease VII and T7 endonuclease I in mutation detection. Molecular Biotechnology. 23 (1), 73-81 (2003).
  7. Erali, M., Voelkerding, K. V., Wittwer, C. T. High resolution melting applications for clinical laboratory medicine. Experimental and Molecular Pathology. 85 (1), 50-58 (2008).
  8. Reed, G. H., Wittwer, C. T. Sensitivity and specificity of single-nucleotide polymorphism scanning by high-resolution melting analysis. Clinical Chemistry. 50 (10), 1748-1754 (2004).
  9. Parant, J. M., George, S. A., Pryor, R., Wittwer, C. T., Yost, H. J. A rapid and efficient method of genotyping zebrafish mutants. Developmental Dynamics. 238 (12), 3168-3174 (2009).
  10. Tong, S. Y., Giffard, P. M. Microbiological applications of high-resolution melting analysis. Journal of Clinical Microbiology. 50 (11), 3418-3421 (2012).
  11. Simko, I. High-resolution DNA melting analysis in plant research. Trends in Plant Science. 21 (6), 528-537 (2016).
  12. Basu, S., et al. Silencing of end-joining repair for efficient site-specific gene insertion after TALEN/CRISPR mutagenesis in Aedes aegypti. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 112 (13), 4038-4043 (2015).
  13. O'Leary, S., Adelman, Z. N. CRISPR/Cas9 knockout of female-biased genes AeAct-4 or myo-fem in Ae. aegypti results in a flightless phenotype in female, but not male mosquitoes. PLoS Neglected Tropical Diseases. 14 (12), 0008971(2020).
  14. Kojin, B. B., et al. Aedes aegypti SGS1 is critical for Plasmodium gallinaceum infection of both the mosquito midgut and salivary glands. Malaria Journal. 20 (1), 11(2021).
  15. Ye, J., et al. Primer-BLAST: a tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction. BMC Bioinformatics. 13, 134(2012).
  16. Larkin, M. A., et al. Clustal W and Clustal X version 2.0. Bioinformatics. 23 (21), 2947-2948 (2007).
  17. Notredame, C., Higgins, D. G., Heringa, J. T-Coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment. Journal of Molecular Biology. 302 (1), 205-217 (2000).
  18. Bassett, A. R., Tibbit, C., Ponting, C. P., Liu, J. L. Highly efficient targeted mutagenesis of Drosophila with the CRISPR/Cas9 system. Cell Reports. 6 (6), 1178-1179 (2014).
  19. Zuker, M. Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction. Nucleic Acids Research. 31 (13), 3406-3415 (2003).
  20. Hill, J. T., et al. Poly peak parser: Method and software for identification of unknown indels using sanger sequencing of polymerase chain reaction products. Developmental Dynamics. 243 (12), 1632-1636 (2014).
  21. Tsujimoto, H., Anderson, M. A. E., Myles, K. M., Adelman, Z. N. Identification of candidate iron transporters from the ZIP/ZnT gene families in the mosquito Aedes aegypti. Frontiers in Physiology. 9, 380(2018).
  22. Slomka, M., Sobalska-Kwapis, M., Wachulec, M., Bartosz, G., Strapagiel, D. High resolution melting (HRM) for high-throughput genotyping-limitations and caveats in practical case studies. International Journal of Molecular Sciences. 18 (11), 2316(2017).
  23. Vouillot, L., Thelie, A., Pollet, N. Comparison of T7E1 and surveyor mismatch cleavage assays to detect mutations triggered by engineered nucleases. G3. 5 (3), 407-415 (2015).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה

בקש הרשאה

תגיות

PCRDNA96

מאמרים קשורים