פרוטוקול חיזוי זה של מידול הומולוגיה של נוגדנים מלווה בעגינה של Pyrx לקולטן נוגדנים וסימולציה דינמית מולקולרית. שלוש השיטות העיקריות הללו משמשות להמחשת אזורי הקישור המדויקים של קולטני נוגדנים ויציבות הקישור של המבנה הסופי.
הרשמה ל-JoVE נדרשת לצפייה בתוכן זה. התחברו או התחילו בגרסת ניסיון בחינם.
מאמר שיטה
פרוטוקול חיזוי זה של מידול הומולוגיה של נוגדנים מלווה בעגינה של Pyrx לקולטן נוגדנים וסימולציה דינמית מולקולרית. שלוש השיטות העיקריות הללו משמשות להמחשת אזורי הקישור המדויקים של קולטני נוגדנים ויציבות הקישור של המבנה הסופי.
נוגדנים משתנים של שרשרת אחת (scFv) נבנו בעבר משרשראות קלות וכבדות משתנות שאליהן הצטרף מקשר (Gly4-Ser) 3. המקשר נוצר באמצעות תוכנת מידול מולקולרי כמבנה לולאה. כאן, אנו מציגים פרוטוקול לניתוחבסיליקו של נוגדן scFv שלם המקיים אינטראקציה עם קולטן גורם הגדילה האפידרמלי (EGFR). המודלים ההומולוגיה, עם Pyrx של עגינת חלבון-חלבון וסימולציה דינמית מולקולרית של נוגדן scFv האינטראקציה ו-EGFR ראשית, המחברים השתמשו בתוכנית מידול מבנה חלבון וב-Python למידול הומולוגיה, ומבנה הנוגדן scFv עוצב להומולוגיה. החוקרים הורידו את תוכנת Pyrx כפלטפורמה במחקר העגינה. הסימולציה הדינמית המולקולרית הופעלה באמצעות תוכנת מידול. התוצאות מראות שכאשר סימולציית MD הייתה נתונה למזעור אנרגיה, למודל החלבון הייתה אנרגיית הקישור הנמוכה ביותר (-5.4 קק"ל/מ'). בנוסף, סימולציית MD במחקר זה הראתה כי נוגדן EGFR-scFv המעוגן היה יציב במשך 20-75 ns כאשר תנועת המבנה גדלה בחדות ל-7.2 Å. לסיכום, בוצע ניתוח בסיליקו, וסימולציות העגינה המולקולרית והדינמיקה המולקולרית של נוגדן scFv הוכיחו את יעילותה של התרופה הטיפולית-חיסונית המתוכננת scFv כטיפול תרופתי ספציפי ל-EGFR.
שינויים קונפורמטיביים בחלבון (ליגנד וקולטן) מתרחשים תמיד על סמך פונקציות מבוססות מבנה. חקר חריצי הקישור האפשריים של החלבון וחיזוי אינטראקציית הקישור היציבה היא שיטה מתקדמת להכנת תרופות לשימוש טוב יותר בגוף האדם. מידול הומולוגיה ואחריו עגינה וסימולציה דינמית מולקולרית היא שיטה פשוטה לחיזוי מדויק של אינטראקציות יציבות של קשירה בין שאריות של קולטנים ונוגדנים בנויים המשמשים כרפואה מותאמת אישית ספציפית 1,2. מבנה המודל החזוי יכול להראות שינויים קונפורמטיביים וסידורים מחדש באתרי קשירת ליגנד-קולטן, במיוחד בממשק הנוגדן-קולטן. ישנן סיבות רבות לשינויים אלה, כגון סיבוב של שרשראות צד, טרנס....
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
1. חיזוי מבנה משני של חלבון משתנה שבר שרשרת בודד (scFv)
2. בחירת תבניות וחיזוי מבנה תלת מימד scFv ו-EGFR ומידול הומולוגיה
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
באמצעות טכנולוגיית תצוגת פאג'ים, הגן scFv anti-EGFR נוצר מקו ההיברידומה של תאי B של העכבר C3A820,21. דגמי המבנה המשתנה של שבר שרשרת בודד (scFv) של מבני VH ו-VL נבנו בנפרד, על פי Chua et al.22. לאחר מכן, הדגמים נראו כסרטים שיוצרו באמצעות RasMol. לאחר מכן, באמצעות תוכנת מידול מולקולרי, נעשה שימוש בפפטיד סינתטי [Gly4Ser)3 כדי לחבר את מבני ה-VH וה-VL שמודלו בנפרד. אינטראקציית הליגנד עם הקולטן מופעלת כמבנה מקומי המשנה את אתרי הקישור הנקראים קצו.......
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
EGFR הוא קולטן המטרה העיקרי של סרטן השד. ביטוי יתר של EGFR מגדיל את מקרי סרטן השד ברחבי העולם. בינתיים, נוגדנים ספציפיים כגון משתני שבר שרשרת בודד הם נוגדנים הנעים בקלות במחזור הדם ובעלי קצב פינוי מהיר בגוף. נוגדנים הם פתרון נבון ותרופה אימונותרפית יעילה37. לכן, תכנון תרופות מבוסס מבנה חייב לזהות תרופות מעכבות, כגון נוגדנים scFv, הפועלות באופן ספציפי נגד קולטן מטרה (EGFR). בהתבסס על תכנון תרופות בסיליקו , החוקר במחקר זה עבד על ניסויים ביציבות של נוגדן scF.......
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
למחברים אין מה לחשוף.
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| תוכנת Autodock | המרכז לביולוגיה | AutoDock (scripps.edu) | |
| תוכנת Desmond Maestro 19.4 | שרדינגר | www.schrodinger.com | |
| הורד את Discovery Studio 2021 | דאסו מערכות | https://discover.3ds.com/discovery-studio-visualizer-download. | |
| גרסת המודלים 9.24[17] | אוניברסיטת קליפורניה | https://salilab.org/modeller/9.24/release.html | |
| מסד נתונים ציורי של מבנים תלת מימדיים (pdbsum) | EMBL-EBI | www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum/ | |
| תוכנת PyMOL | שרדינגר | PyMOL | pymol.org | |
| תוכנת Pyrx | Sourceforge | הורדהה PyRx - כלי סינון וירטואלי (sourceforge.net) | |
| מעטפת סקריפט Python 3.7.9 מהחלון (64) | Python | Python שחרור Python 3.7.9 | Python.org | |
| תוכנת SPDBV | אקספאסי | http://spdbv.vital-it.ch/disclaim.html |
הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.
מאמר זה פורסם
הסרטון יגיע בקרוב