פרוטוקול זה מתאר הליך שונה לבידוד מהיר של ביציות נקיות בשלב I בדגי זברה נטולות תאי גרנולוסה, ובכך מספק שיטה נוחה למחקר ספציפי לביציות.
מאמר שיטה
פרוטוקול זה מתאר הליך שונה לבידוד מהיר של ביציות נקיות בשלב I בדגי זברה נטולות תאי גרנולוסה, ובכך מספק שיטה נוחה למחקר ספציפי לביציות.
לחקר התפתחות הביציות השלכות משמעותיות בביולוגיה התפתחותית. דג הזברה (Danio rerio) נמצא בשימוש נרחב כאורגניזם מודל לחקר תהליכים התפתחותיים מוקדמים מביצית לעובר. בדגי זברה, הביציות מוקפות בשכבה אחת של תאי גרנולוזה סומטיים. עם זאת, הפרדת תאי גרנולוזה מביציות מציבה אתגר, שכן השגת ביציות טהורות חיונית לניתוח מדויק. למרות שהוצעו שיטות שונות לבידוד ביציות דגי זברה בשלבים התפתחותיים שונים, הטכניקות הנוכחיות אינן מצליחות להסיר תאי גרנולוזה לחלוטין, ומגבילות את הדיוק של ניתוח גנום המתמקד בביציות בלבד. במחקר זה פיתחנו בהצלחה תהליך מהיר ויעיל לבידוד ביציות טהורות בשלב I בדגי זברה תוך סילוק זיהום תאי גרנולוזה. טכניקה זו מאפשרת אנליזה ביוכימית ומולקולרית, במיוחד בחקר היבטים אפיגנטיים ומבנה גנומי ספציפיים לביציות. יש לציין כי השיטה ידידותית למשתמש, ממזערת את נזקי הביציות ומספקת פתרון מעשי למחקר וניתוח בהמשך.
דג הזברה הוא בין מערכות המודל החשובות ביותר בביולוגיה התפתחותית. בשנים האחרונות, מחקרים רבים השתמשו בדגי הזברה כמודל לחקר אירועים ביולוגיים חשובים ותהליכי בקרה מביצית לעובר. אלה כוללים את התהליכים המורכבים של התפתחות והבשלת ביציות1, הפונקציונליות של גנים אימהיים2, ויסות מעברים אימהיים-זיגוטיים3, וניתוחי אומיקס נרחבים4.
תאי גרנולוסה, התאים הסומטיים העוטפים ומזינים את הביצית המתפתחת בתוך זקיק השחלה 5,6, ממלאים תפקיד מרכזי בתהליך התפתחותי זה. כאשר תאי נבט קדמוניים (PGC) מתפתחים לאוגוניה, הם מוקפים בשכבה אחת של תאי גרנולוזה7. יחד עם תאי התא החיצוניים, הביצית ותאי הגרנולוזה הסובבים אותה מהווים זקיק בוגר8. בהתחשב בהבחנה הבסיסית בין תאי נבט לתאים סומטיים, השגת דגימת ביצית טהורה היא הכרחית, במיוחד עבור ניתוחים הקשורים לגנום.
בתוך המבנה הפוליקולרי של דגי זברה, תאי גרנולוזה מציגים בדרך כלל קוטר של מיקרון בודד8, מה שמדגיש את הקשר האינטימי בין תאי גרנולוזה לביציות9. קשר הדוק זה מציב אתגר בהשגת הפרדה מלאה בשל ההבדל הניכר הן במספר תאי גרנולוזה והן בנפחם לעומת הביציות (מאות תאי גרנולוזה לעומת ביצית בודדת)10,11. אפילו זיהום מינימלי עם תא גרנולוזה יחיד יכול לעכב ניתוחים במורד הזרם המתמקדים במיוחד בביציות. לכן, עבור מחקרים המתמקדים במאפיינים גנומיים ואפיגנטיים, חיסול תאי גרנולוזה הוא חיוני.
בעזרת קריטריונים מורפולוגיים מאופיינים היטב, ניתן להבחין בין ביציות בכל שלב על פי קוטר11. תהליך האוגנזה בדגי זברה מסווג לחמישה שלבים על פי מורפולוגיה וקריוטיפ11. ביציות שלב I (בקוטר 7-140 מיקרומטר) מקיפות ביציות מתחילת המיוזה ועד לשלב המוקדם של המיוזה I. באופן מכריע, הביציות האלה שקופות, ומאפשרות תצפית על הגרעין המרכזי באמצעות אור מועבר (איור 1Ai). ביציות שלב II (קוטר 140-340 מיקרומטר) הופכות בהדרגה מוקצפות ושקופות. עם הגדלת הזקיקים והתפשטות הנאדיות בקליפת המוח, קשה להבחין בין שלפוחיות הנבט במרכז12 (איור 1Aii). ביציות שלב III (קוטר 340-690 מיקרומטר) צוברות בהדרגה ויטלוגנין, וזקיקים טריים נעשים אטומים יותר ויותר (איור 1Aiii). מיוזה ממשיכה בשלב IV של הביציות (קוטר 690-730 מיקרומטר) כאשר הכרומוזומים נכנסים לאמצע המיוזה II, שם הם קופאים (איור 1Aiv). ביציות שלב V (קוטר 730-750 מיקרומטר) הבשילו והן מוכנות לביוץ 7,11 (איור 1Av).
בהתבסס על המאפיינים הייחודיים של כל אחד מהשלבים הנ"ל, הוצעה שיטה לבודד ביציות משלבים I עד III על ידי עיכול שחלות דגי זברה באמצעות תמיסת עיכול המכילה collagenase I, collagenase II והיאלורונידאז, ולאחר מכן סינון באמצעות מסננת תאים בגודל ספציפי13. עם זאת, בעוד שיטה זו מאפשרת קבלת ביציות בשלבים התפתחותיים שונים, היא אינה מצליחה להפריד לחלוטין ביציות ותאי גרנולוזה. חוקרים אחרים הציעו גם שיטות להפרדת תאי גרנולוזה מביציות. עם זאת, שיטות אלה מסתמכות בעיקר על גישות מכניות, אשר יכולות לגרום נזק לביציות, הן גוזלות זמן, ואינן מספיקות להשגת מספר משמעותי של ביציות לניתוח14,15.
בהתחשב במגבלות השיטות הקיימות ודרישות המחקר הספציפיות, מחקר זה שואף לבסס הליך להפרדה יסודית של ביציות ותאי גרנולוזה ולהשיג מספר מספיק של ביציות נקיות בשלב I לניתוח. בהמשך לשיטה13, אנו משתמשים בחיץ עיכול משופר (ראו טבלת חומרים) שהוא עדין יותר ומקל על פיזור הביציות ודיסוציאציה של תאי גרנולוזה. לאחר מכן, הביציות מועברות דרך מסננת תאים, ולאחר מכן שטיפה וברירה מיקרוסקופית נוספת, המאפשרת רכישת מספר רב של ביציות נקיות בשלב I.
כל דגי הזברה טופלו בהתאם להנחיות מחמירות לטיפול בבעלי חיים שהותוו על ידי הגופים הלאומיים ו/או המקומיים הרלוונטיים לרווחת בעלי חיים. התחזוקה והטיפול בדגים קיבלו אישור הן מהרשויות המקומיות והן מוועדת האתיקה של בעלי חיים בבית החולים מערב סין באוניברסיטת סצ'ואן (אישור מס' 20220422003). שחלות דגי זברה מכילות תערובת של ביציות רב-שלביות, כאשר כל שלב התפתחותי קיים בשחלות של דגי זברה בוגרים. עם זאת, דגי זברה צעירים נבחרו למחקר זה בשל הדומיננטיות של ביציות בשלב מאוחר (שלב II-III) בשחלות של דגים בוגרים, שהם גדולים ואטומים. לעומת זאת, לצעירים יש שחלות שטוחות ומוארכות המורכבות בעיקר מביציות בשלב I (איור 1B) (איור 1B). מחקרים קודמים הוכיחו כי המאפיינים המורפולוגיים של אוגנזה מוקדמת בדגי זברה בוגרים וצעירים עקביים ביותר, ותומכים בהיתכנות השימוש בדגי זברה צעירים13. ההליכים המתוארים להלן, המתוארים באיור 2, מספקים תיאור מפורט של תהליך הבידוד, החל מדיסקציה ועד לקבלת ביציות נקיות בשלב I. לעיון נוסף, הריאגנטים, המאגרים והציוד שנעשה בהם שימוש במחקר מפורטים בטבלת החומרים.
1. דיסקציה של השחלה
2. עיכול
3. סינון
4. כביסה
5. בחירה לבקרת איכות
6. אישור על ידי צביעה גרעינית
הערה: לצורך חידוד נוסף של הביציות המבודדות, נעשה שימוש בצביעה עם Hoechst 33342 כדי לזהות ולהסיר ביציות בודדות שהודבקו בתאי גרנולוזה שאולי הוחמצו בשלב הקודם.
איור 1 מדגים את המורפולוגיה השחלתית שנצפתה גם בדגי זברה בוגרים וגם בדגי זברה צעירים, ומציג ביציות בשלבי התפתחות שונים כדי לשמש כנקודת התייחסות. איור 1A מספק ייצוג גרפי של המורפולוגיה והגודל של הביצית בכל שלב התפתחותי, החל משלב הגדילה הראשוני (שלב I) וכלה בשלב הביצית המבייצת (שלב V). איורים 1Ai-v ממחישים את הקטרים המתאימים לשלבים I עד V של הביציות. איור 1B (פאנל שמאלי) מציג תמונות שחלות בדגים צעירים (6 wpf עם SL = 1.5 ס"מ). יש לציין כי השחלה הצעירה מציגה מראה לובולרי מובהק, המאופיין בעיקר בשפע של ביציות שקופות בשלב I, המלוות באוכלוסייה קטנה יותר של ביציות שלב II. שכיחות זו של הביציות בשלב I מקלה מאוד על ההתבוננות והשאיבה שלהן. הפאנל הימני מתאר את המורפולוגיה של שחלה הדג הבוגר (6 חודשים), שם ניתן לצפות בביציות בשלבי התפתחות שונים. עם זאת, ביציות אטומות בשלב מאוחר (שלב II-III) הן הדומיננטיות בשחלה.
איור 2 מדגים את התהליכים המייצגים משלב הדיסקציה ועד לקבלת ביציות נקיות בשלב I. איור 3 מציג ביציות שלב I שהתקבלו גם בשיטת הייחוס וגם בשיטה שעברה שינוי. בעקבות צביעת הוכסט, גרעיני הביצית ותאי הגרנולוזה הציגו פלואורסצנטיות כחולה תחת אור UV. בתמונות שהתקבלו בשיטת הייחוס (איור 3A), פני השטח של הביציות היו מוקפים בצפיפות בגרעיני תאי גרנולוזה מוכתמים רבים. לעומת זאת, ביציות שלב I המופרדות בשיטה המותאמת (איור 3B) מציגות חשיפה וניקיון מלאים, ללא צביעת גרעיני תאי גרנולוזה.
הממצאים הדגימו את יעילות השיטה המוצעת לבידוד ביציות שלב I. תהליך ההתפתחות של ביציות בדגי טלאוסט מציג מספר מאפיינים משותפים7. כדי להעריך את תחולתו בין המינים, נערכו ניתוחים נוספים על מיני דגים אחרים. נקבות בריכות נרכשו משוק מקומי, וביציות בשלב מוקדם (קוטר <100 מיקרומטר) בודדו באותו הליך. ההרכב השחלתי של לוך הבריכה הציג גם תערובת של ביציות בשלבים התפתחותיים מרובים, המאופיינים בדמיון בולט במורפולוגיה ובגודל הביציות לזה של דגי הזברה באותו שלב. כפי שמודגם באיור 4A, השחלות של נקבות בריכה בוגרות נשלטו על-ידי ביציות מאוחרות אטומות ששולבו בביציות מוקדמות שקופות. שכבה אחת ברורה של תאי גרנולוזה נצפתה על פני השטח של הביציות. בהתאם לתצפיות שלנו בדגי זברה, ביציות הלואץ' בקוטר של פחות מ-100 מיקרומטר התאימו לשלב שלפני שלב הדיפלוטן. איור 4B מתאר את הביציות הנקיות של הבריכה (Misgurnus anguillicaudatus) שהתקבלו בשיטה שעברה שינוי. בהשוואה לשחלות דגי זברה, שחלות לוך הבריכה מאתגרות יותר לניתוק. לאחר 6-7 שעות של עיכול, יותר ביציות בשלב מוקדם להתנתק. עם זאת, גישה מותאמת זו הניבה את הביציות הנקיות והעירומות הרצויות. דגי זברה שייכים למשפחת Cyprinidae, בעוד שדגי בריכה מסווגים במשפחת Cobitidae. שתי משפחות אלה מציגות קשר טקסונומי מרוחק, אך שלב התפתחות השחלות והמורפולוגיה שלהן דומים להפליא, מה שמצביע על כך שניתן להשתמש בשיטה זו בדרך כלל לניתוח ביציות של מיני דגים שונים.

איור 1: תמונות מייצגות של שחלות וביציות של דגי זברה בשלבים שונים. (A) מורפולוגיה וגודל הביציות בכל שלב התפתחותי (St). i-v מייצג את התמונות והקוטר של הביציות משלב I עד V. סרגל קנה מידה = 200 מיקרומטר. (B) מורפולוגיה שחלתית של דגי זברה בוגרים וצעירים. פסי קנה מידה = 500 מיקרומטר. לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.

איור 2: תמונות מייצגות של הליך הבידוד, מדיסקציה ועד רכישת ביציות נקיות בשלב I. לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.

איור 3: ביציות שלב I שהושגו בשתי השיטות. (A) ביציות שלב (St) I שבודדו בשיטה הנזכרת. (B) ביציות שלב I שבודדו בשיטה שעברה שינוי. גרעיני הביצית ותאי הגרנולוזה הוכתמו ב-Hoechst והתרגשו מאור UV. פסי קנה מידה = 100 מיקרומטר. BF = שדה בהיר. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.

איור 4: ביציות בשלב מוקדם מלואץ' בריכות שהתקבלו בשיטה שעברה שינוי. (A) תמונות מייצגות של שחלות וביציות של שחלות וביציות של שחלות בריכה. i, ii מייצג את השחלות של לואש בריכות תחת הגדלות שונות, ו- III-IV מייצג את הביציות בשלב מוקדם של לואש בריכות. מוטות קנה מידה: i (500 מיקרומטר); II (200 מיקרומטר); III, IV (100 מיקרומטר). (B) ביציות בשלב מוקדם שבודדו מלואץ' בריכות. הביציות וגרעיני תאי הגרנולוזה הוכתמו ב-Hoechst ועוררו באור UV. פסי קנה מידה = 100 מיקרומטר. BF = שדה בהיר. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.
במחקר זה פיתחנו שיטה לבידוד ביציות טהורות ונקיות בשלב I, למעט תאי גרנולוסה, לצורך אנליזה במורד הזרם (במיוחד אנליזות גנומיות). בהשוואה בין שיטה שונה זו לשיטה13 הנזכרת, הביציות בשלב I המתקבלות בשיטה זו שלמות מורפולוגית, מספיקות במספרן וללא זיהום עם תאים סומטיים אחרים, מה שהופך אותן מתאימות למחקרים וניתוחים שונים לאחר מכן. יתר על כן, בהשוואה לשיטות הפרדה מכניות אחרות14,15, השיטה המשופרת פשוטה יותר לתפעול, מאפשרת רכישת מספר גדול יותר של ביציות ומונעת נזק לביציות.
יתר על כן, בנוסף לבידוד יעיל של ביציות דגי זברה שלב I, שיטה זו יכולה להיות מיושמת גם על לוקים בריכות, מה שמצביע על תחולתה הרחבה בקרב מגוון מיני דגים. כדי לחקור את ההשפעה של זיהום תאי גרנולוזה על ביטוי גנים וניתוח אפיגנטי, ערכנו ריצוף RNA (RNA-seq) וניתוח CUT&Tag על ביציות שהתקבלו בשיטות הייחוס והשינוי. למרות שכמה גנים בעלי ביטוי דיפרנציאלי זוהו על ידי RNA-seq, כמה גנים שהתבטאו באופן ספציפי בתאי גרנולוזה עדיין זוהו (הנתונים לא מוצגים). הניתוח גילה גם הבדלים משמעותיים בשינויים בהיסטון בין ביציות שבודדו בשיטות שונות (הנתונים לא הוצגו). תוצאות אלה מדגישות את חשיבותה של שיטה זו בהפרדה מוחלטת של ביציות ותאי גרנולוזה לצורך ביטוי גנים מדויק וניתוח אפיגנטי.
מספר היבטים דורשים תשומת לב בעת יישום השיטה המוצעת: (1) בחירת הגודל המתאים של דגי זברה היא קריטית. זה מבטיח כי מספיק ביציות מתקבלות ומפחית את שלבי הכביסה הבאים. השחלות של דגי זברה עם SL <10 מ"מ אינן מספקות מספיק ביציות, ולכן דורשות מספר גדול יותר של דגים כדי לעמוד בדרישות הדגימה ולחץ רבייה גובר. לעומת זאת, דגי זברה עם SL גדול מ -15 מ"מ מציגים היווצרות הדרגתית של ביציות שלב II-III, שהקרומים שלהם נשברים בקלות במהלך תגובת העיכול. (2) כאשר משתמשים בדגים גדולים יותר, דליפה של תוכן תאים כתוצאה מביציות פגומות עלולה להוביל לזיהום, ובכך לעכב את תגובת העיכול במידה מסוימת. במקרים כאלה, מומלץ להסיר את חיץ העיכול הישן, לשטוף אותו עם L-15, ולאחר מכן להוסיף פתרון חדש של דיסוציאציה של תאי קינגר להמשך העיכול. (3) אם קיים ציוד מתאים, טלטול במהלך העיכול יכול להגביר את ההפרדה.
בשלב 3.1, תאי גרנולוזה קטנים יותר עשויים ללוות ביציות דרך מסננת התא. עם זאת, תצפיות מעשיות מצביעות על כך שדגימת הביצית הסופית שנאספה אינה מכילה תאי גרנולוסה. למעט במקרים בהם עיכול לא שלם הביא לנוכחות של שאריות תאי גרנולוזה בחלק מהביציות, לא זוהו במערכת תאי גרנולוזה אחרים המסומנים על ידי Hoechst. כאן, שיערנו כי תאי גרנולוזה, בהיותם קטנים וקלים יותר, עשויים להישאר תלויים בתווך התרבית ולאחר מכן הוסרו במהלך שלבי השטיפה המרובים. יעילות הבידוד כומתה גם על ידי חישוב שיעור הביציות עם חיבור תאי גרנולוזה וביציות נקיות לאחר צביעת הוכסט. שיעורי ביציות נקיות של עד 98% נצפו בדגימות המכילות 1000 ביציות.
למרות יתרונותיה הרבים, לגישה המוצעת היו גם כמה מגבלות ראויות לציון. ראשית, שיטה זו אומתה לצורך מיצוי DNA או RNA, ריצוף וזיהוי מיידי של תאים חיים שלמים, אך ההיתכנות והאמינות של התרחבות לאזורי בדיקה אחרים טרם אומתו. מגבלה נוספת היא שניתן ליישם את השיטה המוצעת רק לבידוד ביציות שלב I, שכן יעילות הבידוד לשלבים אחרים אינה מספקת. לפיכך, נדרשים מאמצים נוספים לשיפור היעילות והישימות של השיטה המוצעת. בנוסף, מחקרים עתידיים צריכים להתמקד בבחינה האם ניתן ליישם את השיטה המוצעת כדי לבודד ביעילות ביציות משלבים אחרים, ובכך להרחיב את תחולתה.
למחברים אין מה לחשוף.
עבודה זו נתמכה על ידי הקרן הלאומית למדעי הטבע של סין (32170813 ו- 31871449) ומחלקת המדע והטכנולוגיה של סצ'ואן (2024NSFSC0651), ופרויקט 1.3·5 לדיסציפלינות של מצוינות - קרן מחקר קליני, בית החולים מערב סין, אוניברסיטת סצ'ואן (2024HXFH035). המחברים רוצים להודות לג'או וואנג וליאנצ'יו גאו מהמעבדה לכירורגיית ילדים על גידול דגי זברה הקשורים לעבודה זו. המחברים מבקשים להודות גם לכל הסוקרים שהשתתפו בסקירה, כמו גם ל-MJEditor (www.mjeditor.com) על מתן שירותי עריכה באנגלית במהלך הכנת כתב היד.
| שם | חברה | מספר קטלוג | הערות |
|---|---|---|---|
| תמיסת דיסוציאציה של תאים של קינגר | PlantChemMed | PC-33689 | ניתן לאחסן ביציבות ב-20 מעלות; C לאחר האריזה וניתן להשתמש בו לאחר הפשרה בטמפרטורה נמוכה (4 ° C). ניתן להשתמש בו ישירות לניתוק שחלות דג הזברה. הטמפרטורה האופטימלית היא 28.5 מעלות; C, למשך כ 2-3 שעות. ניתן להתאים את משך הזמן בהתאם לתנאי הדיסוציאציה הספציפיים, מקוצרים או מורחבים (https://www.plantchemmed.com/chanpin?productNo=PC-33689). |
| מסנני תאים (100 μ m ) | Falcon | 352360 | |
| מיקרוסקופ פלואורסצנטי | Zeiss | Axio Zoom.V16 | |
| מלקחיים | Dumont | #5 | |
| מחט נימית מזכוכית | / | קהה על ידי צריבה עם מצית | |
| Hoechst | Yesen | 40732ES03 | |
| קצות פיפטה ספיחה נמוכה (10 μ l ) | Labsellect | T-0010-LR-R-S | |
| Leibovitz' s L-15 בינוני בינוני (עם L-גלוטמין) | Hyclone | SH30525.01 | |
| דלי קרח | / | / | מים קרים כקרח משמשים להמתת חסד של דג זברה |
| אינקובטור | WIGGENS | WH-01 | |
| דג צעיר/ | / | 5– 6 שבועות לאחר ההפריה, אורך סטנדרטי [SL] של 10– צלחת פלסטיק 15 מ"מ | |
| (35 מ"מ | SORFA | 230101 | |
| סטריאומיקרוסקופ | מוטי | SMZ-161 | |
| צלחת תרבית רקמות (6 בארות) | SORFA | 0110006 | |
| Vannas מספריים קפיציים | מדע עדין | Toosl#15000-00 |
בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה
בקש הרשאה