Method Article

זיהוי מיקרוביאלי ישיר באמצעות מערכת זיהוי מיקרוביאלית אוטומטית כדי להקל על שיטת EUCAST RAST ללא ספקטרומטריית מסות

DOI:

10.3791/66588

⸱

May 24th, 2024

 ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Microbiology, All India Institute of Medical Sciences, Bhopal, 2Department of Microbiology, All India Institute of Medical Sciences, Bhubaneswar

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

EUCAST פיתחה פרוטוקול בדיקת רגישות מיקרוביאלית ישירה (AST) עבור תרביות דם אוטומטיות. עם זאת, ניתן לייתר את תלותו בזיהוי מיקרוביאלי מבוסס ספקטרומטריית מסות על ידי שימוש בפרוטוקול הכנת חיסון ישיר במערכת זיהוי מיקרוביאלית אוטומטית. גישה זו יכולה לספק דוחות AST תוך 24 שעות מאיסוף הדגימות.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

אלח דם גראם-שלילי (GN) הוא מצב חירום רפואי שבו ניהול בסביבות מוגבלות במשאבים מסתמך על טכניקות תרבית מיקרוביולוגיות קונבנציונליות המספקות תוצאות תוך 3-4 ימים. מתוך הכרה בעיכוב זה בזמן האספקה (TAT), הן EUCAST והן CLSI פיתחו פרוטוקולים לקביעת תוצאות AST ישירות מבקבוקי תרבית דם אוטומטיים המסומנים באופן חיובי (+aBCs). פרוטוקול EUCAST rapid AST (RAST) הוצג לראשונה בשנת 2018, שם ניתן לדווח על נקודות שבירה בקוטר אזור עבור ארבעה סוכנים אטיולוגיים נפוצים של אלח דם GN, כלומר, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, וקומפלקס Acinetobacter baumannii . עם זאת, אותן מעבדות קליניות שיישמו שיטה זו בזרימת העבודה השגרתית שלהן מסתמכות על זיהוי מיקרוביאלי מבוסס ספקטרומטריית מסות, שאינו זמין בקלות, ובכך מונעות את יישומה בסביבות מוגבלות במשאבים. כדי לעקוף אותו, הערכנו פרוטוקול חיסון ישיר (DIP) באמצעות מערכת מסחרית אוטומטית לזיהוי מיקרוביאלי ובדיקת רגישות מיקרוביאלית (aMIAST) כדי לאפשר זיהוי מיקרוביאלי מוקדם תוך 8 שעות מסימון חיובי של aBC. הערכנו פרוטוקול זה מינואר עד אוקטובר 2023 כדי לזהות את ארבעת GN (RR-GN) RAST הניתנים לדיווח ב- aBC המסומן באופן חיובי. תוצאות הזיהוי המיקרוביאלי ב-DIP הושוו לפרוטוקול הכנת האינוקולום הסטנדרטי (SIP) ב-aMIAST. מתוך 204 +aBCs עם GN מונומורפי (+naBC), אחד מ-4 RR-GN זוהה ב-105 +naBCs על ידי SIP (E. coli: 50, K. pneumoniae: 20, P. aeruginosa: 9 ו-A. baumannii complex: 26). מתוכם, 94% (98/105) זוהו נכון על ידי מח"ש ואילו טעויות גדולות וטעויות גדולות מאוד היו 6% (7/105) ו-1.7% (4/240), בהתאמה. כאשר DIP לזיהוי מיקרוביאלי נעשה בשיטת EUCAST RAST, ניתן לספק דוחות קליניים זמניים תוך 24 שעות מקבלת הדגימה. לגישה זו יש פוטנציאל להפחית באופן משמעותי את ה- TAT, ולאפשר מוסד מוקדם של טיפול אנטי מיקרוביאלי מתאים.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

אלח דם, בעיה בריאותית עולמית חשובה, מוגדר כתפקוד לקוי של איברים מסכני חיים עקב תגובת מארח לא מווסתת לזיהום. מחקר נטל המחלות העולמי העריך כי היו 48.9 מיליון מקרים של אלח דם ו -11 מיליון מקרי מוות הקשורים לאלח דם ברחבי העולם בשנת 2017, אשר היוו כמעט 20% מכלל מקרי המוות העולמיים1. בסביבות 2/3rd של זיהומים בזרם הדם (BSI) הגורמים לתמותה נובעים מפתוגנים חיידקיים שליליים גרם2. הגורמים המובילים לתמותה בקרב גראם שליליים (GN) הם Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, ו - Acinetobacter baumannii, המהווים כ -40% מהמקרים בקרב 33 פתוגנים חיידקיים2.

תרביות דם הן עדיין תקן הזהב לאבחון BSI, וזיהוי מיקרוביאלי מהיר יחד עם תוצאות בדיקות רגישות מיקרוביאליות (AST) הוא המפתח לניהול. ההערכה היא כי יש עלייה של 9% בסיכויים לתמותה עם עיכוב של כל שעה בהחדרת אנטי מיקרוביאלים מתאימים באלח דם3. זמן התפנית (TAT) של דוחות תרבית דם מיקרוביולוגית חיובית עם תוצאות AST הוא סביב 48-72 שעות עם הכלים המיקרוביולוגיים הזמינים בסביבות מוגבלות במשאבים, אפילו עם מערכות אוטומטיות. כתוצאה מתת-ה-TAT הזה, נעשה שימוש אמפירי באנטי-מיקרוביאלים רחבי-טווח, מה שתורם לבעיה המתפתחת של עמידות אנטי-מיקרוביאלית (AMR). מתוך הכרה בצורך הנואש הזה להפחית את ה-TAT עבור טכניקות תרבית מיקרוביולוגיות לאלח דם, EUCAST ו-CLSI מתקדמים לקראת ביצוע AST ישירות מבקבוקי תרבית דם עם סימון חיובי (+aBC)4,5.

בשנת 2018, EUCAST הציגה לראשונה את שיטת AST מהיר (RAST) לקביעת AST על ידי שיטת דיפוזיית דיסק קירבי-באואר בזמני דגירה קצרים, כלומר, 4 שעות, 6 שעות ו -8 שעות, ישירות מ +aBC 6,7. השיטה מאומתת כיום לקביעת AST עבור +aBCs המכילים אחד מ-8 הגורמים השכיחים ביותר ל-BSI, כלומר E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, ו-A. baumannii complex בקרב גראם-שליליים וסטפילוקוקוס אאורוס, Enterococcus faecalis, E. faecium ו-Streptococcus pneumoniae בקרב גראם חיוביים8. נקודות השבירה לקביעת AST בפרקי זמן שונים מסופקות בהתאם למינים מיקרוביאליים המפורטים לעיל. לפיכך, לפני פרשנות קטגורית של תוצאות AST, זיהוי מיקרוביאלי הוא הכרחי. עם זאת, תקן RAST אינו מציין את השיטה המאפשרת זיהוי מיקרוביאלי במסגרת זמן זו.

רוב המחקרים שהעריכו את שיטת EUCAST RAST בסביבתם השתמשו בזיהוי מיקרוביאלי מבוסס ספקטרומטריית מסות לאחר דגירה קצרה על מדיה מצופה כדי לזהות מיקרואורגניזמים 9,10,11,12,13,14,15,16,17 . עם זאת, מכשירי ספקטרומטריית מסות אינם זמינים באופן נרחב, במיוחד במדינות בעלות הכנסה נמוכה עד בינונית (LMICs), מה שמגביל מאוד את התועלת הפוטנציאלית של שיטה זו. מחקרים מעטים דיווחו על יישום שיטה זו במרכזים שלהם ללא שימוש בספקטרומטריית מסות 18,19,20. Tayşi et al.18 דיווחו על סיווג רחב של GN בין Enterobacterales, Pseudomonas, ו Acinetobacter spp. בהתבסס על מורפולוגיית כתם גרם ובדיקת אוקסידאז לפני פירוש תוצאות AST. במחקרים אחרים ממרכז זה, על ידי Gupta et al.19 ו- Siddiqui et al.20, זיהוי מיקרוביאלי ברמת המין נעשה על ידי הכנת גלולה חיידקית מתערובת מרק הדם המסומנת באופן חיובי וחיסונם בבדיקות הביוכימיות הקונבנציונליות. בעוד Tayşi et al.18 לא העירו על הדיוק של זיהוי מיקרוביאלי עם הגישה שלהם, Gupta et al.19 דיווחו כי עם הגישה שלהם ב 165/176 (94%) מקרים, RAST דיווח גרם שלילי (RR-GN), כלומר, אחד של E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, ו A. baumannii מורכב. עם זאת, בגישה השנייה, קריאת תוצאות RAST נעשתה בדיעבד באמצעות נקודות שבירה בקוטר אזור של 8 שעות רק לאחר הדגירה המלאה של תוצאות ביוכימיות קונבנציונליות, כלומר 18-24 שעות לאחר החיסון, והזמן הממוצע לדיווח היה בסביבות יומיים.

כדי להפחית עוד יותר את ה- TAT של דיווחים קליניים, אנו מציעים מתודולוגיה חלופית שתאפשר זיהוי מוקדם של GN הקיים ב- +aBCs באמצעות aMIAST. לפני כניסתן של מערכות זיהוי מיקרוביאליות מבוססות ספקטרומטריית מסות, מערכות זיהוי אוטומטיות אלה נחשבו לסטנדרט הטיפול בזיהוי מיקרוביאלי, כאשר הזיהוי התאפשר על ידי שינויים קולורימטריים ו / או פלואורומטריים הנגרמים על ידי חיידקי הבדיקה כאשר חוסנו בבדיקות ביוכימיות ממוזערות המאוחסנות בקלטת והתאמת התוצאות למסד הנתונים המבודד שלהם. הזמן הממוצע לזיהוי במערכות אלה הוא בין 4 שעות ל-8 שעות, אולם הן מוגבלות על ידי העובדה שהיצרנים ממליצים על גידול לילי של חיידקים לפני שניתן יהיה לחסן את תעודות הזהות שלהם. דרישה זו מגבילה מאוד את התועלת שלהם בצמצום זמן הדיווח.

מחקרים מעטים העריכו שיטות לזיהוי ישיר של מיקרובים מ- +aBCs באמצעות מערכות אוטומטיות אלה 21,22,23,24,25,26,27. במקרה של +aBCs המכילים GN מונומורפי, רוב המחקרים הראו התאמה מצוינת בין חיסון ישיר מכדורית חיידקית העשויה מתערובת מרק דם חיובית לבין דגירה סטנדרטית של מושבה. עם זאת, במקרה של גראם-חיוביים, שיעורי הקונקורדנציה היו תת-אופטימליים. מכיוון שהזמן הממוצע לחיוביות של +aBCs הוא בין 8 שעות ל -16 שעות וזיהוי של GN לוקח ~ 4 שעות עד 8 שעות במערכת זיהוי מיקרוביאלית אוטומטית, אנו משערים כי על ידי שימוש בפרוטוקול חיסון ישיר בזיהוי מיקרוביאלי אוטומטי, אנו יכולים להשלים את הדיווח הקליני של +aBCs כאשר ל- GN יש RR-GN תוך 24 שעות מקבלת הדגימה.

הגדרה למחקר
המחקר הנוכחי נערך במעבדה לבקטריולוגיה קלינית של מכון אקדמי בעל חשיבות לאומית (INI) במרכז הודו בין ינואר לאוקטובר 2023. המעבדה מצוידת במערכת ניטור תרבית דם רציפה (CBCMS) ו-aMIAST. המעבדה לבקטריולוגיה פועלת מסביב לשעון עם זמינות של טכנאים ומיקרוביולוגים לעיבוד ודיווח על כל בקבוק תרבית דם המסומן באופן חיובי (+aBCs).

שיטות מיקרוביאליות המשמשות כאן
זרימת העבודה של המחקר מוצגת באיור 1. +aBCs המציגים GNs מונומורפיים (+naBC) עובדו על ידי חיסון ישיר של כרטיסי זיהוי מתאימים כדי לאפשר זיהוי ו- AST באמצעות פרוטוקול EUCAST RAST. תוצאות אלה הושוו לשיטת הטיפול הסטנדרטי (SoC) עבור +aBCs, כלומר, תת-תרבית על מדיה מצופה קונבנציונלית באמצעות אגר דם כבשים (SBA), אגר שוקולד (CA) ואגר מקונקי (MA), מודגר באופן אירובי במשך 16 שעות עד 24 שעות ולאחר מכן כרטיסי זיהוי ו- AST הניתנים על ידי aMIAST כאשר מושבות מבודדות מופיעות. תרביות דם שהראו קוקוס גראם-חיובי, בצילוס גראם-חיובי, תאי שמרים ניצנים ו-≥2 מיקרואורגניזמים שונים על צביעת גרם ראשונית או מצע מצופה לא נכללו במחקר.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

המחקר, שמומן על ידי מענק מחקר פנימי שניתן לד"ר איוש גופטה על ידי AIIMS Bhopal, אושר על ידי ועדת האתיקה האנושית המוסדית (IHEC) vide letter no: IHEC- LOP/2022/IL072.

הערה: נפח דגימה של 5 מ"ל שימש בהתבסס על מחקרים שנעשו על ידי Quesada et al.25 ו Munoz-Davila et al.27.

1. פרוטוקול חיסונים סטנדרטי (SIP) לזיהוי חיידקים באמצעות aMIAST

  1. יש ללבוש כפפות נקיות, ובתוך ארון בטיחות ביולוגית Class IIa (BSC), לחטא את המחיצה של +naBC עם מטוש המכיל 70% אלכוהול איזופרופיל.
  2. צייר כ 1 מ"ל של תערובת מרק דם באמצעות מזרק סטרילי עם מחט 21 גרם.
  3. מוציאים טיפה אחת גדולה של תערובת מרק הדם מהמחט על פני השטח של המדיה המצופה, כלומר SBA, CA ו- MA. פזרו את הצלחות ודגרו על צלחות התרבית באינקובטור ב 37 ° C ± 2 ° C בתנאים אירוביים במשך 18-24 שעות.
  4. לאחר הדגירה, לבחון את הלוחות עבור המראה של מושבות מבודדות BSC ולהמשיך הלאה לזיהוי AST על ידי aMIAST.
  5. עבור כל מבודד, הניחו צינור פוליסטירן aMIAST במעמד צינור aMIAST והוסיפו לתוכו 3 מ"ל מלח סטרילי באמצעות מתקן המחובר לבקבוק המלח.
  6. געו בשלוש עד חמש מושבות דומות מורפולוגית בעזרת חוט חיסון סטרילי ישר והעבירו את החיסון החיידקי לצינור הראשון.
  7. התאימו את העכירות באמצעות מי מלח סטריליים בצינור המחוסן בין 0.47-0.63 מקפרלנד באמצעות מד צפיפות.
  8. מניחים את החיבור הנימי של כרטיס זיהוי aMIAST גרם שלילי בצינור הראשון.
  9. מקם את הקלפים שנבחרו במיקום מתאים על הקלטת. החיסון בקלטת מוכן ומגיע ל- aMIAST בקטע מילוי.
    אזהרה: גיל ההשעיה לא יעלה על 30 דקות לפני חיסון הכרטיסים.
  10. טען את הקלטת למיקומה בתא המילוי כשברקוד לדוגמה פונה פנימה.
  11. סגור את הדלת ולחץ על מילוי במסך ממשק המשתמש. מילוי הוא מחזור של 70 שניות. בסיום המחזור, נורית החיווי הכחולה במערכת תהבהב. הכנסת הקלפים למערכת aMIAST מפזרת את החיסון בתוך התאים הקטנים של הקלפים על ידי המכונה.
  12. מוציאים את הגרירה מתא המילוי, סוגרים את הדלת ומניחים בתא הטעינה. ברקודים נסרקים ונבדקים באופן אוטומטי מול רשימת עבודה אלקטרונית של קלטות וירטואליות. הקשיות נאטמות אוטומטית, והכרטיסים נטענים אוטומטית לקרוסלה. חץ כחול מהבהב ב- aMIAST מציין שהטעינה הסתיימה.
  13. הסר פסולת קלטות בסיום. ראה נוהל סילוק פסולת בספרות המוצר או פעל בהתאם לנהלים סטנדרטיים אחרים. השתמש בשארית המתלים בצינורות לתת-תרבית על אגר CLED לבדיקת טוהר המבודדים.
  14. קרא את התוצאות לאחר שהמכשיר משלים את הניתוח.

2. פרוטוקול חיסון ישיר (DIP) לזיהוי חיידקים באמצעות aMIAST

  1. ללבוש כפפות סטריליות, ובתוך ארון בטיחות ביולוגית, לנקות את המחיצה של +naBC עם מטוש המכיל 70% אלכוהול איזופרופיל.
  2. בעזרת מזרק סטרילי עם מחט של 21 גרם, קחו 5 מ"ל של אליקוט מתערובת מרק הדם של +naBC והעבירו אותו לצינור מפריד בסרום (SST) לאחר חיטוי מחיצת הגומי עם 70% אלכוהול איזופרופיל (איור 2A).
  3. צנטריפוגה זה aliquot במשך 10 דקות ב 160 x גרם כדי ליישב את תאי הדם בתערובת מרק הדם. לאחר הצנטריפוגה הראשונה, התבוננו בסופרנאטנט שבו תאי הדם יתיישבו.
  4. פתחו את פקק הבקבוקון בתוך ארון בטיחות ביולוגית, ובעזרת קצה סטרילי ופיפטה הסירו בזהירות את הסופרנאטנט והעבירו אותו לבקבוקון איסוף דם רגיל חדש (חלק עליון אדום) על ידי הסרת החלק העליון שלו.
  5. מניחים את הפקק על הבקבוקון וצנטריפוגות אותו שוב למשך 10 דקות ב 2000 x גרם. לאחר הצנטריפוגה השנייה, תיווצר גלולה חיידקית בתחתית.
  6. שאפו את הסופרנאטנט והשליכו אותו בעזרת פיפטה סטרילית וקצה. גלולת החיידק תישאר בתחתית הצינור ותשמש לחיסון תעודת הזהות של aMIAST.
    הערה: צינור מפריד סרום שימש בצנטריפוגה הראשונה ב 160 x גרם. זה התבסס על מחקרים שנעשו על ידי Quesada et al.25 ו Munoz-Davila et al.27, שבו צעד הצנטריפוגה הראשון נעשה בערך ב 30 x g ו 60 x g, בהתאמה. תערובת מרק הדם מ- +aBC צנטריפוגה תחילה במהירות נמוכה ב- SST כדי לפלוט את תאי הדם.
  7. מניחים צינור פוליסטירן aMIAST במעמד צינור aMIAST ומוסיפים לתוכו 3 מ"ל מלח סטרילי באמצעות מתקן המחובר לבקבוק המלח.
  8. באמצעות לולאת חיסון סטרילית, לוקחים את גלולת החיידקים מתחתית הבקבוקון ומחסנים אותה בצינור aMIAST
  9. חזור על שלבים 1.7-1.14.

3. AST לפי פרוטוקול EUCAST RAST4

  1. יש לשמור צלחות אגר מולר-הינטון עגולות (MHA) בקוטר 90 מ"מ לא מחוסנות מוכנות בארון הבטיחות הביולוגית.
  2. ללבוש כפפות סטריליות, ובתוך ארון בטיחות ביולוגית, לנקות את המחיצה של +naBC עם מטוש המכיל 70% אלכוהול איזופרופיל.
  3. בעזרת מזרק סטרילי, שואפים 125 μL ± 25 μL של תערובת מרק דם לא מדולל מ +naBC ומוסיפים לכל צלחת MHA במרכז.
  4. מורחים את המרק בעדינות על הצלחות בעזרת צמר גפן סטרילי לשלושה כיוונים ומורחים ≤ 6 דיסקים אנטי-מיקרוביאליים על כל צלחת.
  5. לדגור את הצלחות באינקובטור אירובי ב 35 °C (75 °F± 1 °C (75 °F) במשך 8 שעות. לאחר השלמת הדגירה, יש להקפיד על טוהר הבידוד.
  6. קרא את אזורי העיכוב ב- 8 שעות ± 5 דקות. פענח את התוצאות באמצעות טבלת נקודות השבירה של RAST עבור דגירה קצרה לאחר בדיקת תוצאות זיהוי החיידקים ב- aMIAST.
  7. דווח על תוצאות AST רק אם המבודד מזוהה כאחד מלוחות RR-GN ולוחות MHA ו- CLED מגדלים מורפוטיפ יחיד.

4. בקרת איכות

  1. בצע בקרת איכות פנימית עבור פרוטוקול SIP של aMIAST בהתאם להוראות היצרן באמצעות זני ייחוס מומלצים.
  2. בצע בקרת איכות פנימית של שיטת RAST מדי שבוע באמצעות זן הייחוס המומלץ של E. coli כמתואר להלן.
    1. סדרו 4 צינורות זכוכית סטריליים במעמד צינור. יש להוציא 3 מ"ל של מי מלח סטריליים בצינור הראשון ו-990 מיקרוליטר של מי מלח סטריליים בכל אחד מהצינורות השני, השלישי והרביעי.
    2. בצע השעיה של 0.5 מקפרלנד של זן QC מהמושבות המבודדות של תרבות לילה על מדיה מצופה.
    3. באמצעות פיפטה סטרילית וקצה, להעביר 10 μL של השעיה מן הצינור הראשון אל הצינור השני.
    4. לאחר הערבוב, להעביר 10 μL של השעיה מן הצינור השני לצינור השלישי ולאחר מכן לאחר מכן אל הצינור האחרון.
    5. מן הצינור האחרון, לקחת 1 מ"ל של inoculum באמצעות מזרק סטרילי עם מחט ולהוסיף אותו aBC לא מחוסן.
    6. בו זמנית להוסיף 5 מ"ל של דם כבשים סטרילי ב aBC באמצעות מזרק סטרילי עם מחט לדגור אותו CBCMS עד שהוא מסמן חיובי עקב שינוי בצבע של חיישן תחליב נוזלי בבסיס aBC.
    7. חזור על שלבים כמוסבר בשלבים 1-3 לצורך זיהוי על-ידי SIP, DIP ו-RAST, בהתאמה. התוצאות הצפויות הן כי זן QC צריך להיות מזוהה כראוי על ידי שני פרוטוקולי זיהוי של aMIAST ואת קוטר האזור בלוחות RAST צריך להיות בטווח שצוין28.

5. ניתוח סטטיסטי

  1. שקול זיהוי מיקרוביאלי באמצעות SIP כתקן זהב ואם אותו זיהוי מתקבל על ידי DIP, שקול אותו כקונקורדנציה.
  2. אם RR-GN, כלומר אחד מקומפלקס E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, ו- A. baumannii המזוהה באמצעות SIP הוא צורם ב- DIP, שקול זאת כשגיאה גדולה (ME) ואילו שקול את ההפך כשגיאה גדולה מאוד (VME) מכיוון שיש לו פוטנציאל להנפקת דוח עם זיהוי שגוי.
  3. חשב את שיעור הקונקורדנציה עבור RR-GN כיחס בין המספר הכולל של RR-GN לבין המספר הכולל של RR-GN המזוהה על ידי SIP כפול 100.
  4. חשב את שיעור ME כיחס בין מספר +naBCs המזוהים כבעלי non-RR-GN למספר הכולל של +naBCs עם RR-GN המזוהה על ידי SIP כפול 100.
  5. חשב את קצב VME כיחס בין מספר +naBCs שזוהו בטעות כבעלי RR-GN ב- DIP לבין המספר הכולל. של +naBCs שנבדקו על ידי DIP כפול 100.
  6. חשב את הזמן לזיהוי בידוד (TTI) כזמן שלקח לזהות את המבודד על ידי שני הפרוטוקולים מרגע סימון תרבית הדם על ידי CBCMS.
  7. חשב את ההפרשים בין DIP ו- SIP כהפחתה ב- TTI. חשב זאת רק עבור +naBCs קונקורדנטים בעלי RR-GN. שים לב לנקודות הזמן המתאימות מהשעונים של CBCMS ו- aMIAST.
  8. נהל נתונים ונתח באמצעות גיליון אלקטרוני. השתמש במבחן Mann-Whitney U עבור משתנים רציפים, בהתחשב בערך p דו-צדדי של ≤ 0.05 כמובהק סטטיסטית.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

תוצאות כלליות
במהלך תקופת המחקר, 240+naBCs עברו זיהוי על ידי aMIAST באמצעות DIP ו- SIP. מתוכם, 15% (36/240) +naBCs נמצאו פולימיקרוביאליים לאחר דגירה לילית על המצע המצופה (plated media). מתוך 204 +naBCs, שיעור RR-GN שזוהה על ידי SIP היה 51.5% (105/204). ביניהם, 47.6% (50/105) היו E. coli, 19% (20/105) K. pneumoniae, 8.6% (9/105) P. aeruginosa ו 24.8% (26/105) A. baumannii complex. תיאור מפורט של כל תוצאות הזיהוי על ידי SIP מופיע בטבלה 1.

דיוק אבחוני בזיהוי מיקרוביאלי
מתוך 105 RR-GN, 98 (93.3%) ו-99 (94.2%) היו תואמים ל-DIP, עד לזיהוי ברמת המין והסוג, בהתאמה. שיעורי הקונקורדנציה מבחינת אורגניזם היו 94% (47/50) עבור E. coli, 90% (18/20) עבור K. pneumoniae, 100% (9/9) עבור P. aeruginosa ו-92.3% (24/26) עבור A. baumannii complex, כפי שמוצג בטבלה 1. ב-7+naBCs, התוצאות היו צורמות עד לזיהוי ברמת המין באמצעות DIP, כאשר aMIAST נתן לא מזוהה (3) או זיהה Non-RR-GN (4), כפי שמוצג בטבלה 2. מכיוון שתוצאות אלה לא יאלצו את המיקרוביולוג הקליני לדווח, הן נחשבו לטעויות גדולות (ME). שיעור ME במחקר שלנו היה 6.7% (7/105) עד לזיהוי ברמת המינים. חלקם של לא-RR-GN ב-aMIAST על ידי SIP היה 48.5% (99/204). מתוכם, 60 (60.6%) היו תואמים על ידי מח"ש עד לזיהוי ברמת המין. בקרב 99 אנשים שאינם RR-GNs, RR-GN זוהה באמצעות DIP ב-4+naBCs, כפי שמוצג בטבלה 2. חוסר התאמה כזה יכול היה להוביל לשגיאת דיווח ונחשב לשגיאה גדולה מאוד (VME). שיעור ה-VME הכולל באמצעות מח"ש היה 1.7% (4/240). תיאור מלא של תוצאות הזיהוי והטעויות של כל הגראם-שליליים מוצג בטבלה משלימה 1.

קיצור הזמן לבידוד זיהוי (TTI)
ה-TTI של +naBCs תואמים ב-DIP היה נמוך משמעותית מה-TTI ב-SIP (חציון (IQR): 507.5 דקות (685-404) לעומת 2171 דקות (2532-1855), P2 לעומת P1, p<0.00001 (מבחן מאן-ויטני)). ההבדל החציוני ב-TTI בין שני הפרוטוקולים היה 1635 דקות (IQR: 1964-1299).

figure-results-1
איור 1: זרימת העבודה של המחקר: תיאור זרימת העבודה במחקר עבור בקבוק תרבית דם מסומן באופן חיובי עם גראם שלילי מונומורפי המעובד הן על ידי פרוטוקול חיסון סטנדרטי והן על ידי פרוטוקול חיסון ישיר. קיצורים: +aBC = בקבוק תרבית דם מסומן באופן חיובי, +naBC = מסומן באופן חיובי בקבוק תרבית דם עם גרם שלילי מונומורפי, DIP = פרוטוקול חיסון ישיר, SIP = פרוטוקול חיסון סטנדרטי, SBA = אגר דם כבשים, CA = אגר שוקולד, MA = אגר MacConkey, RR-GN = RAST דיווח גרם שלילי, TAT = זמן סיבוב אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.

figure-results-2
איור 2: פרוטוקול חיסון ישיר לזיהוי חיידקים: הצגת תמונות של בקבוקונים במהלך ביצוע פרוטוקול חיסון ישיר. קיצורים: +naBC = בקבוק תרבית דם מסומן באופן חיובי עם גרם שלילי אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.

RAST Reportable Gram-negativeנבדק מבודד (n)קונקורדנציהזיהוי שגויאין זיהוי
n (%)n (%)n (%)
סך10598 (93.3%)4 (3.8%)3 (2.8%)
Escherichia coli5047 (94%)12
קלבסיאלה דלקת ריאות2018 (90%)11
קומפלקס Acinetobacter baumannii2624 (92.3%)2#0
Pseudomonas aeruginosa99 (100%)00
# מבודד אחד זוהה נכון לרמת הסוג, אך לא לרמת המין (Acinetobacter baumannii complex מזוהה כ- A. haemolyticus)

טבלה 1: תוצאות זיהוי חיידקים בפרוטוקול חיסון ישיר. התוצאות הן רק עבור RAST דווח Gram-negatives. קיצורים: n = מונה, % = אחוזים.

גראם-נגטיביםסה"כ מבודדים שנבדקושגיאה חמורהשגיאה גדולה מאוד, n (%)
מספרזיהוי שגויללא תעודה מזהה(מזוהה כ)
n (%)nn
Escherichia coli503 (6%)1 (A. haemolyticus)20
קלבסיאלה דלקת ריאות202 (10%)1 (Ralstonia pickettii)10
קומפלקס Acinetobacter baumannii262 (7.7%)2 (A. hemolyticus, Cupriaviadus pauculus)-0
סלמונלה spp.10נה1 (10%)
(אי קולי)
קומפלקס Enterobacter cloacae8נה1 (12.5%)
(אי קולי)
Acinetobacter lwoffi14נה1 (7.1%)
(א. תסביך באומני)
Sphingomonas paucimobilis9נה1 (11.1%)
(ק. דלקת ריאות)
קיצורים- n: נומרטור, %: אחוזים, מזהה: זיהוי, NA: לא ישים,
A: Acinetobacter, E : Escherichia, K: Klebsiella

טבלה 2: פירוט טעויות גדולות וגדולות מאוד בפרוטוקול חיסון ישיר. קיצורים: n = נומרטור, % = אחוזים, ID = זיהוי, NA = לא ישים, A = Acinetobacter, E = Escherichia, K = Klebsiella.

טבלה משלימה 1: תוצאות מפורטות של זיהוי אורגניזמים בשני הפרוטוקולים יחד עם תוצאות של טעויות בפרוטוקול החיסון הישיר. אנא לחץ כאן כדי להוריד קובץ זה.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

באמצעות DIP, זיהינו בהצלחה את RR-GNs עם דיוק אבחוני ניכר. ממוצע ה- TTI לאחר סימון חיובי של aBC היה רק 507 דקות (~ 8.5 שעות). לכן, כאשר נעשה בשילוב עם שיטת EUCAST RAST לקביעת AST, זה יכול לתת זיהוי בידוד ב 8 שעות AST זמן קריאה. לגישה זו יש פוטנציאל ליישם את שיטת EUCAST RAST המייתרת את הצורך בזיהוי מבוסס ספקטרומטריית מסות. זוהי ברכה עבור הגדרות דלות משאבים המעוניינים ליישם את שיטת EUCAST RAST בזרימת העבודה השגרתית שלהם כדי להפחית את זמן הדיווח הקליני ולעקוף את המכשולים העיקריים ליישומה.

לפני הצגת שיטת EUCAST RAST, מחברים רבים העריכו את הדיוק של בדיקות ישירות מ +aBC עבור מערכות aMIAST שונות 21,22,23,24,25,26,27,29,30,31. במחקרים אלה, פרוטוקולי הבדיקה הישירה נבדלו זה מזה בעקבות שלב צנטריפוגה אחת 29,30,31,32 או שלב צנטריפוגה כפולה 21,22,24,25,26,27 להכנת הגלולה החיידקית. בשיטה החד-שלבית, תערובת מרק הדם מ-+aBC עברה צנטריפוגה במהירות גבוהה בצינור מפריד בסרום (SST) כדי לגרש את החיידקים מעל שכבת ג'ל הסיליקון. הגלולה שימשה להכנת החיסון לחיסון תעודות זהות. בשיטת הצנטריפוגה הכפולה, תערובת מרק הדם מ +aBC צנטריפוגה תחילה במהירות נמוכה ב- SST כדי להוציא את תאי הדם. מצינור זה הוצא הסופרנאטנט שהכיל חיידקים והועבר לצינור חדש ועבר צנטריפוגה מהירה. מצינור זה הושלך הסופרנאטנט, והגלולה שימשה לחיסון תעודות הזהות המתאימות. במחקרים אלה, שיעור הקונקורדנציה נע בין 62% ל-100%, אך באופן כללי, הדיוק היה גבוה יותר בשיטת הצנטריפוגה הכפולה.

מצאנו כי השיטה פשוטה לביצוע ובוצעה במעבדת אבחון שגרתית עם כוח אדם של >10 טכנאי מעבדה בסבב, מה שמוכיח את איתנות השיטה. ב~94% (98/105) +naBCs המכילים אחד מה-RR-GN, ה-DIP זיהה נכון את המיקרואורגניזם. שיעור הקונקורדנציה עבור קטגוריות שונות של אורגניזמים היה דומה גם הוא זה לזה מכיוון שהם היו 94%, 90%, 100% ו- 92.3%, בהתאמה עבור E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa ו- A. baumannii complex. מצאנו גם ששיעור הקונקורדנציה הכולל עבור כל גרם שלילי היה תת-אופטימלי, ~77% (157/204). עם זאת, רוב הזיהויים השגויים הללו היו עם גראם-שליליים שאינם מותססים כגון Acinetobacter spp. מלבד קומפלקס baumannii, Pseudomonas spp. מלבד aeruginosa, Moraxella spp. ו- Sphingomonas paucimobilis הנחשבים בדרך כלל למזהמים נפוצים של העור. זיהוי שגוי עם גראם-שלילי לא מותסס צוין גם על ידי מחברים אחרים21,23, וזה כנראה בגלל התגובתיות הנמוכה של חיידקים אלה בכרטיסי הזיהוי aMIAST.

מצאנו ירידה משמעותית ב-TTI של חיידקים בתוך +naBCs באמצעות DIP. חציון ה-TTI של DIP היה נמוך בערך פי 4 מהחציון TTI של SIP (507 דקות לעומת 2171 דקות) כאשר נעשה במעבדה לאבחנה קלינית שגרתית. TTI זה של ~ 8.5 שעות כלל גם את המרווח בין סימון חיובי של aBC לבין הביצועים של חיסון כרטיס aMIAST, שכן הזמן הממוצע לבידוד ניתוח על ידי aMIAST היה רק 5.45 שעות ± 1.6 שעות. הוספת הזמן הממוצע לחיוביות של 728 דקות ± 301 דקות (~ 12 שעות) עבור קונקורדנטים + naBCs במחקר שלנו, גישה זו של זיהוי חיידקים יש פוטנציאל לתת דיווח באותו יום לאחר קבלת aBC במעבדה אבחון שגרתית.

יש גם מגבלות מסוימות, עם מח"ש. ראשית, מכיוון שמדובר בשימוש מחוץ להתוויה של הכנת חיסונים, התוצאות צריכות להיחשב ראשוניות וכך גם תוצאות AST על ידי EUCAST RAST. עם זאת, הוא משרת את המטרה העיקרית של זיהוי רק RR-GNs עם דיוק אבחון ניכר בזמן. שנית, קיימת אפשרות מעשית של בזבוז משאבי בדיקה כמו בסביבות 60% + naBCs; לא היינו יכולים לדווח בגלל זיהומים רב-מיקרוביאליים או זיהוי של נוזל שאינו RRGN. בזבוז משאבים זה חל על כל אחת משיטות AST הישירות האוטומטיות החדשות יותר עבור תרביות דם. שלישית, שיעור הזיהומים הרב-מיקרוביאליים וזיהוי מזהמי העור הנפוצים היה גבוה יותר במחקר זה בשל שיטות איסוף דגימות לקויות. רביעית, לא אישרנו את זהות המבודדים שנבדקו באמצעות ספקטרומטריית מסות, שהיא תקן הזהב הנוכחי לזיהוי חיידקים.

מחקר זה מצליח לקבוע כי גם עם בדיקות פנוטיפיות, ניתן לבצע דיווח באותו יום של תרביות דם חיוביות, במיוחד בחיידקים גראם-שליליים. יש לכך פוטנציאל להפחית במידה ניכרת את משך התחלת הטיפול האנטי-מיקרוביאלי המתאים ב-LMICs שבהם האבחון המיקרוביולוגי לזיהוי חיידקים ו-AST מסתמך במידה רבה על בדיקות פנוטיפיות קונבנציונליות. גישה זו צריכה להיות מאומתת על ידי ביצוע מחקר רב-מרכזי, והשפעתה הפוטנציאלית על תוצאות המטופלים, וככלי ניהול אנטי-מיקרוביאלי צריכה להיות המוקד לניסויים קליניים עתידיים ב- LMICs.

לסיכום, DIP עבור aMIAST משלים את שיטת EUCAST RAST כדי לאפשר זיהוי מוקדם של RR-GNs. זה מייתר את הצורך להסתמך על זיהוי מיקרוביאלי מתקדם וטכניקות AST כמו הזמן לדווח עם גישות אלה דומה עם גישה זו. במקרים של חיידקים גראם-שליליים, דיווח באותו יום ניתן להשגה באמצעות שיטות פנוטיפיות קונבנציונליות, אם הן אופטימליות באופן מקסימלי. יש לכך פוטנציאל להפחית את משך הטיפול האנטי-מיקרוביאלי רחב הטווח ולהקל על ניהול אנטי-מיקרוביאלי בסביבות מוגבלות במשאבים.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

למחברים אין מה לחשוף.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

המחקר מומן על ידי מענק מחקר פנימי שניתן לד"ר איוש גופטה על ידי AIIMS Bhopal. אנו מכירים בתרומתם של טכנאי המעבדה והרופאים המתמחים שביצעו וקראו את הבדיקות בשקידה בשעות השגרה והחירום.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
<דיסקים חזקים>אנטי-מיקרוביאליים
דיסק אמיקאצין 30 ומיקרו; gHimedia, מומבאי, הודוSD035-1VLבדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית 
דיסק אמוקסיקלאב (20/10 ומיקרו; ז)הימדיה, מומבאי, הודוSD063-1VLבדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית 
Cefotaxime דיסק 5 ומיקרו; gHimedia, מומבאי, הודוSD295E-1VLבדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית 
דיסק Ceftazidime 10 ומיקרו; gHimedia, מומבאי, הודוSD062A-1VLבדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית 
דיסק ציפרופלוקסצין (5 ומיקרו; ז)הימדיה, מומבאי, הודוSD060-1VLבדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית 
דיסק קו-טרימוקסזול (23.75/1.25 ומיקרו; ז)הימדיה, מומבאי, הודוSD010-1VLבדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית 
דיסק Gentamicin 10 ומיקרו; gHimedia, מומבאי, הודוSD016-1VLבדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית 
דיסק Imipenem 10 ומיקרו; gHimedia, מומבאי, הודוSD073-1VLבדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית 
Levofloxacin דיסק 5 ומיקרו; gHimedia, מומבאי, הודוSD216-1VLבדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית 
דיסק מרופנם 10 ומיקרו; ז Himedia, מומבאי, הודוSD727-1VLבדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית 
דיסק Piperacillin-tazobactam (30/6 ומיקרו; ז)הימדיה, מומבאי, הודוSD292E-1VLבדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית 
דיסק טוברמיצין 10 ומיקרו; gHimedia, מומבאי, הודוSD044-1VLבדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית 
ATCC Escherichia coli 25922Microbiologics, מינסוטה ארה"ב0335Aזן חיידקי גרם שלילי מומלץ לבקרת איכות ב-RAST
BacT-Alert 3D 480bioMerieux, Marcy d' Etoille, צרפת412CM8423מערכת תרבית דם אוטומטית רציפה
ארון בטיחות ביולוגית II סוג A2Dyna Filters Pvt. Limited, פונה, הודוDFP-2/21-22/149להגנה מפני גורמים מסוכנים וזיהומיים ולשמירה על בקרת איכות
בסיס אגר דם מס' 2Himedia, מומבאי, הודוM834-500Gהכנת אגר דם ואגר שוקולד
דגם צנטריפוגה קלינית SP-8BLLaby Instruments, אמבלה, הודוHLL/2021-22/021צנטריפוגה במהירות נמוכה וגבוהה להפרדת מתקן בקבוק
מתכוונן אנלוגי SBrandTech, אסקס CT, אנגליהV1200חלוקת כמות מדויקת של מי מלח
MacConkey agar Himedia, מומבאי, הודוM008-500Gמדיה דיפרנציאלית עבור תסיסות לקטוז / לא מתסיסות בצילי גרם שלילי
Micropipette (100-1000 ומיקרו; L)Axiflow Biotech Private Limited, דלהי, הודוNJ478162העברת סופרנטנט לאחר צנטריפוגה ראשונה, השלכת סופרנטנט לאחר צנטריפוגה שנייה
קצות מיקרופיפטה (200-1000 ומיקרו; L)‎ Tarsons Products Pvt. Ltd., קולקטה, הודו521020העברת סופרנטנט לאחר צנטריפוגה ראשונה, השלכת סופרנטנט לאחר צנטריפוגה שנייה
אגר מולר-הינטון Himedia, מומבאי, הודוM173-500Gבדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית בשיטת קירבי-באואר לדיפוזיה של דיסק
לולאת Nichrome D-4Himedia, מומבאי, הודוLA019לפסים על מדיית תרבות
Nichrome חוט ישרHimedia, מומבאי, הודוLA022לחיסון
דקירה Nulife כפפות סטריליותMRK healthcare Pvt Limited, מומבאי, הודולבטיחות אמצעי זהירות
בקבוקון רגיל (בקבוקון עם חלק עליון אדום), שואב אבק BD מתקדםבקטון-דיקינסון, קוקיוויל, מרילנד, ארה"ב367815השגת גלולה לאחר צנטריפוגה שנייה
דם כבשיםLabline Trading Co., היידראבאד, הודו70014הכנת אגר דם ושוקולד אגר
צינור SST II, שואב אבק BD מתקדםבקטון-דיקינסון, קוקיזוויל, מרילנד, ארה"ב367954הפרדת סופרנטנט בצנטריפוגה ראשונה
צמר גפן סטרילי (עם מקל עץ)הימדיה, מומבאי, הודוPW005-1X500NOתרבית דשא של מרק תרבית דם לבדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית
מזרק היפודרמי סטרילי לשימוש חד פעמי 5 מ"ל/סמ"קNihal Healthcare, סולן, הודו2213805NB2הכנת ציטוטים מתוך +aBC
VITEK DensiCHEK McFarland ערכתהתייחסותbioMerieux, מרסי ד' Etoille, צרפת422219מד צפיפות לבדיקת העכירות של תמיסת
מלח VITEK (0.45% NaCl)bioMerieux, Marcy d' Etoille, צרפתV1204התאמת מעמד צינור VITEK עכירות סטנדרטי של McFarland
 bioMerieux, מרסי ד' Etoille, צרפת533306-4 מעמד REVלמיקום נכון של צינורות לפני חיסון תעודת זהות
צינורות VITEKbioMerieux, Marcy d' Etoille, צרפתצינורות להכנת חיסון
VITEK-2 Compact 60bioMerieux, Marcy d' Etoille, צרפתVKC15144מערכת זיהוי ו-AST אוטומטית
VITEK-2 GN cardbioMerieux, Marcy d' Etoille, צרפת21341זיהוי של בצילי גרם שליליים

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. regional, and national sepsis incidence and mortality, 1990–2017: analysis for the Global Burden of Disease Study. Lancet. 395 (10219), 200-211 (2020).">Rudd, K. E., et al. regional, and national sepsis incidence and mortality, 1990–2017: analysis for the Global Burden of Disease Study. Lancet. 395 (10219), 200-211 (2020).
  2. Global mortality associated with 33 bacterial pathogens in 2019: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2019. Lancet. 400 (10369), 2221-2248 (2022).">Ikuta, K. S., et al. Global mortality associated with 33 bacterial pathogens in 2019: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2019. Lancet. 400 (10369), 2221-2248 (2022).
  3. The timing of early antibiotics and hospital mortality in sepsis. Am J Resp Crit Care Med. 196 (7), 856-863 (2017).">Liu, V. X., et al. The timing of early antibiotics and hospital mortality in sepsis. Am J Resp Crit Care Med. 196 (7), 856-863 (2017).
  4. Methodology-EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from positive blood culture bottles. Version 4.0. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , Basel. (2023).">European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. Methodology-EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from positive blood culture bottles. Version 4.0. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , Basel. (2023).
  5. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing. 33rd ed. CLSI. Clinical and Laboratory Standards Institute. , Wayne, PA. CLSI supplement M100 (2023).">Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing. 33rd ed. CLSI. Clinical and Laboratory Standards Institute. , Wayne, PA. CLSI supplement M100 (2023).
  6. Methodology-EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from positive blood culture bottles. Version 1.0. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , Basel. (2018).">European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. Methodology-EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from positive blood culture bottles. Version 1.0. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , Basel. (2018).
  7. Zone diameter breakpoints for rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from positive blood culture bottles. Version 1.0. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , Basel. (2018).">European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. Zone diameter breakpoints for rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from positive blood culture bottles. Version 1.0. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , Basel. (2018).
  8. Zone diameter breakpoints for rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from positive blood culture bottles. Version 6.1. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , Basel. (2023).">European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. Zone diameter breakpoints for rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from positive blood culture bottles. Version 6.1. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , Basel. (2023).
  9. Evaluation of EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from blood culture bottles. Euro J Clin Microbiol Infect Dis. 39 (5), 993-998 (2020).">Soo, Y. T., Waled, S. N. M. B., Ng, S., Peh, Y. H., Chew, K. L. Evaluation of EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) directly from blood culture bottles. Euro J Clin Microbiol Infect Dis. 39 (5), 993-998 (2020).
  10. EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST): Analytical performance and impact on patient management. J Antimicrob Chemother. 76 (5), 1332-1338 (2021).">Berinson, B., et al. EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST): Analytical performance and impact on patient management. J Antimicrob Chemother. 76 (5), 1332-1338 (2021).
  11. EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) compared to conventional susceptibility testing: implementation and potential added value in a tertiary hospital in Belgium. Acta Clinica Belgica: Int J Clin Lab Med. 78 (5), 385-391 (2023).">Strubbe, G., Messiaen, A. S., Vandendriessche, S., Verhasselt, B., Boelens, J. EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) compared to conventional susceptibility testing: implementation and potential added value in a tertiary hospital in Belgium. Acta Clinica Belgica: Int J Clin Lab Med. 78 (5), 385-391 (2023).
  12. Evaluation of EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) for positive blood cultures in clinical practice using a total lab automation. Euro J Clin Microbiol Infect Dis. 39 (7), 1305-1313 (2020).">Jasuja, J. K., Zimmermann, S., Burckhardt, I. Evaluation of EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST) for positive blood cultures in clinical practice using a total lab automation. Euro J Clin Microbiol Infect Dis. 39 (7), 1305-1313 (2020).
  13. Rapid antimicrobial susceptibility of Enterobacteriaceae by disk diffusion directly from blood culture bottles using the EUCAST RAST breakpoints. J Glob Antimicrob Resist. 22, 637-642 (2020).">Martins, A., et al. Rapid antimicrobial susceptibility of Enterobacteriaceae by disk diffusion directly from blood culture bottles using the EUCAST RAST breakpoints. J Glob Antimicrob Resist. 22, 637-642 (2020).
  14. Analytical performance and potential clinical utility of EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing in blood cultures after four hours of incubation. Microbiol Spectr. 11 (2), e500122(2023).">Ekwall-Larson, A., Fröding, I., Mert, B., Åkerlund, A., Özenci, V. Analytical performance and potential clinical utility of EUCAST rapid antimicrobial susceptibility testing in blood cultures after four hours of incubation. Microbiol Spectr. 11 (2), e500122(2023).
  15. Usefulness of EUCAST rapid antibiotic susceptibility breakpoints and screening cut-off values directly from blood cultures for the inference of β-lactam resistance mechanisms in Enterobacterales. JAC-Antimicrob Resist. 5 (1), 017(2023).">Cerrudo, V., et al. Usefulness of EUCAST rapid antibiotic susceptibility breakpoints and screening cut-off values directly from blood cultures for the inference of β-lactam resistance mechanisms in Enterobacterales. JAC-Antimicrob Resist. 5 (1), 017(2023).
  16. Evaluation of the EUCAST rapid antimicrobial susceptibility test for enterobacterales-containing blood cultures in China. J Clin Microbiol. 60 (4), e0255921(2022).">Shan, Y., et al. Evaluation of the EUCAST rapid antimicrobial susceptibility test for enterobacterales-containing blood cultures in China. J Clin Microbiol. 60 (4), e0255921(2022).
  17. The EUCAST rapid disc diffusion method for antimicrobial susceptibility testing directly from positive blood culture bottles. J Antimicrob Chemother. 75 (4), 968-978 (2020).">Jonasson, E., Matuschek, E., Kahlmeter, G. The EUCAST rapid disc diffusion method for antimicrobial susceptibility testing directly from positive blood culture bottles. J Antimicrob Chemother. 75 (4), 968-978 (2020).
  18. Implementation of the EUCAST rapid antimicrobial susceptibility test (RAST) directly from positive blood culture bottles without the advanced identification systems. J Antimicrobial Chemotherapy. 77 (4), 1020-1026 (2022).">Tayşi, M. R., et al. Implementation of the EUCAST rapid antimicrobial susceptibility test (RAST) directly from positive blood culture bottles without the advanced identification systems. J Antimicrobial Chemotherapy. 77 (4), 1020-1026 (2022).
  19. A prospective study evaluating the effect of a ‘Diagnostic Stewardship Care-Bundle’ for automated blood culture diagnostics. J Glob Antimicrob Resist. 34, 119-126 (2023).">Gupta, A., et al. A prospective study evaluating the effect of a ‘Diagnostic Stewardship Care-Bundle’ for automated blood culture diagnostics. J Glob Antimicrob Resist. 34, 119-126 (2023).
  20. A prospective study to reduce turnaround time of microbiologically positive blood cultures in patients with sepsis in intensive care unit. Indian J Med Microbiol. 40 (4), 541-546 (2022).">Siddiqui, F., Gupta, A., Purwar, S., Saigal, S., Sharma, J. P. A prospective study to reduce turnaround time of microbiologically positive blood cultures in patients with sepsis in intensive care unit. Indian J Med Microbiol. 40 (4), 541-546 (2022).
  21. Comparative evaluation of the Vitek-2 Compact and Phoenix systems for rapid identification and antibiotic susceptibility testing directly from blood cultures of Gram-negative and Gram-positive isolates. Diagnostic Microbiol Infect Dis. 72 (1), 20-31 (2012).">Gherardi, G., et al. Comparative evaluation of the Vitek-2 Compact and Phoenix systems for rapid identification and antibiotic susceptibility testing directly from blood cultures of Gram-negative and Gram-positive isolates. Diagnostic Microbiol Infect Dis. 72 (1), 20-31 (2012).
  22. Is it possible to perform bacterial identification and antimicrobial susceptibility testing with a positive blood culture bottle for quick diagnosis of bloodstream infections. Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical. 51 (2), 215-218 (2018).">Lemos, T. C., Cogo, L. L., Maestri, A. C., Hadad, M., Nogueira, K. daS. Is it possible to perform bacterial identification and antimicrobial susceptibility testing with a positive blood culture bottle for quick diagnosis of bloodstream infections. Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical. 51 (2), 215-218 (2018).
  23. Use of the BD PHOENIX automated microbiology system for direct identification and susceptibility testing of gram-negative rods from positive blood cultures in a three-phase trial. J Clin Microbiol. 42 (4), 1466-1470 (2004).">Funke, G., Funke-Kissling, P. Use of the BD PHOENIX automated microbiology system for direct identification and susceptibility testing of gram-negative rods from positive blood cultures in a three-phase trial. J Clin Microbiol. 42 (4), 1466-1470 (2004).
  24. Accuracy of the VITEK 2 system for a rapid and direct identification and susceptibility testing of Gram negative rods and Gram-positive cocci in blood samples. East Mediterr Health J. 22 (3), 193-200 (2016).">Nimer, N. A., Al-Saa’da, R. J., Abuelaish, O. Accuracy of the VITEK 2 system for a rapid and direct identification and susceptibility testing of Gram negative rods and Gram-positive cocci in blood samples. East Mediterr Health J. 22 (3), 193-200 (2016).
  25. Performance of VITEK-2 Compact and overnight MicroScan panels for direct identification and susceptibility testing of Gram-negative bacilli from positive FAN BacT/ALERT blood culture bottles. Clin Microbiol Infect. 16 (2), 137-140 (2010).">Quesada, M. D., et al. Performance of VITEK-2 Compact and overnight MicroScan panels for direct identification and susceptibility testing of Gram-negative bacilli from positive FAN BacT/ALERT blood culture bottles. Clin Microbiol Infect. 16 (2), 137-140 (2010).
  26. Use of positive blood cultures for direct identification and susceptibility testing with the Vitek 2 system. J Clin Microbiol. 42 (8), 3734-3738 (2004).">De Cueto, M., Ceballos, E., Martinez-Martinez, L., Perea, E. J., Pascual, A. Use of positive blood cultures for direct identification and susceptibility testing with the Vitek 2 system. J Clin Microbiol. 42 (8), 3734-3738 (2004).
  27. Comparative evaluation of Vitek 2 identification and susceptibility testing of Gram-negative rods directly and isolated from BacT/ALERT-positive blood culture bottles. Euro J Clin Microbiol Infect Dis. 31 (5), 663-669 (2012).">Munoz-Dávila, M. J., Yagüe, G., Albert, M., García-Lucas, T. Comparative evaluation of Vitek 2 identification and susceptibility testing of Gram-negative rods directly and isolated from BacT/ALERT-positive blood culture bottles. Euro J Clin Microbiol Infect Dis. 31 (5), 663-669 (2012).
  28. Quality control criteria for the implementation of the RAST method. Version 6.0. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , Basel. (2023).">European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. Quality control criteria for the implementation of the RAST method. Version 6.0. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility testing. , Basel. (2023).
  29. Rapid identification and susceptibility testing using the VITEK 2 system using culture fluids from positive BacT/ALERT blood cultures. J Microbiol, Immunol Infect. 41 (3), 259-264 (2008).">Chen, J. R., Lee, S. Y., Yang, B. H., Lu, J. J. Rapid identification and susceptibility testing using the VITEK 2 system using culture fluids from positive BacT/ALERT blood cultures. J Microbiol, Immunol Infect. 41 (3), 259-264 (2008).
  30. Identification and susceptibility testing of Enterobacteriaceae and Pseudomonas aeruginosa by direct inoculation from positive BACTEC blood culture bottles into Vitek 2. J Clin Microbiol. 42 (1), 7-11 (2004).">Bruins, M. J., Bloembergen, P., Ruijs, G. J. H. M., Wolfhagen, M. J. H. M. Identification and susceptibility testing of Enterobacteriaceae and Pseudomonas aeruginosa by direct inoculation from positive BACTEC blood culture bottles into Vitek 2. J Clin Microbiol. 42 (1), 7-11 (2004).
  31. Rapid identification and antimicrobial susceptibility testing of Gram-positive cocci in blood cultures by direct inoculation into the BD Phoenix system. Clin Microbiol Infect. 16 (7), 986-991 (2010).">Lupetti, A., Barnini, S., Castagna, B., Nibbering, P. H., Campa, M. Rapid identification and antimicrobial susceptibility testing of Gram-positive cocci in blood cultures by direct inoculation into the BD Phoenix system. Clin Microbiol Infect. 16 (7), 986-991 (2010).
  32. Rapid identification and susceptibility testing of Gram-positive cocci in BacT/ALERT blood cultures by direct inoculation into the Vitek 2 system. Rev Esp Quimioter. 24 (3), 131-135 (2011).">Barreales, A., Lara, M., Hernández, I., Díez, O. Rapid identification and susceptibility testing of Gram-positive cocci in BacT/ALERT blood cultures by direct inoculation into the Vitek 2 system. Rev Esp Quimioter. 24 (3), 131-135 (2011).

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Automated Microbial IdentificationEUCAST RAST MethodDirect Inoculum ProtocolGram Negative SepsisAntimicrobial Susceptibility TestingBlood Culture BottlesKirby Bauer Disc DiffusionRapid AST ProtocolBacterial IdentificationAntimicrobial Therapy

Related Articles