מאמר שיטה

מעגלים אימונומטבוליים בזיהום לקידום טיפולים מכווני מארח

DOI:

10.3791/66980

⸱

13 בספטמבר 2024

 , 
1Systems Medicine Laboratory, Biotechnology Research and Innovation Council - National Centre for Cell Science (BRIC-NCCS)

במאמר זה

סיכום

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

כאן מוצג פרוטוקול לתכנון, בנייה ואספקה של מעגל סינתטי מבוסס טטרציקלין מבוקר טטרציקלין. ניתן ללמוד את השפעת המעגלים הסינתטיים על סילוק טפילים וביטוי ציטוקינים על ידי תיעול הצינור המוצג. פרוטוקול זה רלוונטי לחוקרים החוקרים טיפולים מבוססי מעגלים סינתטיים במחלות זיהומיות.

תקציר

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

אימונומטבוליזם הוא גורם מכריע בהתקדמות הלישמניאזיס. גישה המבוססת על ביולוגיה סינתטית זכתה לתשומת לב משמעותית כצעד לקראת התערבות טיפולית המתמקדת בגורמים הקשורים למארח המניעים לישמניאזיס. ביולוגיה סינתטית כרוכה בהנדסה של רכיבים גנטיים באופן אורתוגונלי ומודולרי כדי לווסת במדויק מערכות ביולוגיות, תוך הקניית פונקציות חדשות לתאים. במחקר המוצג, הבהרה של צינור שיטתי לפיתוח מעגל סינתטי מבוסס טטרציקלין אינדוקטיבי (TetON) נועדה לספק דהידרוגנאז סוקצינאט כסוכן טיפולי כדי להקל על חיסול טפילי לישמניה תוך תאיים. הפרוטוקול המתואר מתאר את התכנון של מעגל סינתטי ואת האימות הבא שלו. האסטרטגיה המוצעת מתרכזת גם בשילוב מעגלים סינתטיים בעמוד השדרה של הפלסמיד כרכב משלוח. בנוסף, מכונות משלוח המשתמשות בננו-חלקיקים מבוססי פוליפלקסים להעברת מעגלים סינתטיים שימשו בקווי תאי מקרופאגים מורינים מבלי לפגוע במורפולוגיה התאית. נעשתה סטנדרטיזציה של השיטה לבחירת תאים נגועים וקביעת ריכוז אינדוקציה אופטימלי לביטוי מעגלים סינתטיים. תצפיות חושפות הפחתה מובהקת בעומס הטפיל התוך-תאי בתאים נגועים בהשוואה לתאים נגועים. ציטוקינים מעודדי דלקת באו לידי ביטוי לאחר ההדבקה בתאים סינתטיים שעברו זיהוק וגרמו להם כמנגנון לקידום סילוק טפילים. זה מדגיש את השיטה המבוססת על ביולוגיה סינתטית כגישה חזקה בלישמניאזיס על ידי התמקדות בגורמים מארחים הקשורים להתקדמות המחלה.

מבוא

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

התקדמות הרפואה ההוליסטית והאינטגרטיבית מהווה קשר משמעותי שזוהה בין שינויים מטבוליים בתאי מערכת החיסון לבין יכולתם לווסת את הפנוטיפ של תאי מערכת החיסון במחלות זיהומיות. מטבוליזם חיסוני מציע פרספקטיבות חדשות להבהרת הפתוגנזה של מחלות זיהומיות נפוצות בבני אדם. יתר על כן, הוא מספק טכניקות מבטיחות לפיתוח חיסונים ותרופות על ידי זיהוי מטרות חדשות להתערבות1. תכנות מחדש מטבולי של תאי מערכת החיסון מזוהה במחלות זיהומיות שונות, כולל לישמניאזיס. לישמניה spp. אחראי לגרימת לישמניאזיס, אשר לישמניה מז'ור (L. major) גורמת ללישמניאזיס עורי (CL). L. טפילים עיקריים גורמים להשפעה משמעותית על חילוף החומרים של תאים מארחים, במיוחד במקרופאגים, לצורך התרבות והישרדות כטפילים תוך-תאיים2. מקרופאגים יכולים בדרך כלל להתקוטב לתת-קבוצות המופעלות באופן קלאסי (M1) או לחילופין מופעלות (M2) שבהן תאי M1 מכילים הפרשת ציטוקינים פרו-דלקתית גבוהה וייצור של תחמוצת החנקן (NO) באמצעות חילוף החומרים של מיני חנקן. תאי M2 מפגינים רמות גבוהות של ציטוקינים אנטי דלקתיים ומפגינים פעילות ארגינאז גבוהה באמצעות מטבוליזם של חנקן3. לכן, שני הפנוטיפים לא רק נבדלים זה מזה בתגובה החיסונית שלהם, אלא גם במסלולים המטבוליים שלהם.

ביולוגיה מערכתית של לישמניאזיס שואפת לזהות מטרות מולקולריות לתכנון טיפולים חדשניים באמצעות תכנון ופיתוח תרופות. שחזור רשתות איתות ומסלולים מטבוליים מסייע בהבנת הלישמניאזיס כמודל הוליסטי ומפיק תובנות לזיהוי המרכיב העיקרי המניע את המצב החולה. מודלים מתמטיים הם אחת הגישות האנליטיות השימושיות המועדפות ביותר להבנת המורכבות של לישמניאזיס4. רשתות אימונומטבוליות ומודלים מתמטיים אפשרו זיהוי של סוקצינאט דהידרוגנאז (SDHA) כמרכיב מרכזי בפנוטיפ M1, המתבטא בחיסול הטפיל5. לביולוגיה סינתטית יש יישומים באבחון, פיתוח חיסונים וטיפולים בלישמניאזיס. מטבוליזם הממוקד באפנון תגובה חיסונית יכול להיות מושג באמצעות כלים ביולוגיים סינתטיים. עבור אפנון של סינתאז אינוזיטול פוספוריל סרמיד המווסת את חילוף החומרים של ספינגולפידים ומשנה את האיתות החיסוני של המאכסן, נעשה שימוש במעגל גנטי בעל התנהגות דו-יציבה כדי לכוונן באופן סינתטי את החוסן הפנימי של L. מודל זיהום מז'ורי 6,7. לפיכך, מערכות וביולוגיה סינתטית יכולות לספק פלטפורמה מבוססת מודל להנדסה גנטית לפיתוח רפואה מדויקת במערכת מודל לישמניה.

פנוטיפ M1 מסומן על ידי ביטוי של רשתות איתות אימונו-מטבוליות שבהן הייצור של ציטוקינים דלקתיים ומסלולים מטבוליים משפר באופן סינרגטי את חיסול הטפילים. קיטוב M1 מסמל ייצור של ציטוקינים מעודדי דלקת כגון אינטרלוקין-12 (IL-12), אינטרפרון-גמא (IFN-γ) וגורם נמק הגידול אלפא (TNF-α). מסלולים מטבוליים המועשרים מאוד בפנוטיפ M1 כוללים גליקוליזה, מסלול פנטוז פוספט ומחזור חומצה טריקרבוקסילית קטועה (מחזור TCA)5. מחזור TCA הקטוע מכוון את מכונות סילוק הטפילים באמצעות רמות סוקצינאט וציטראט מוגברות, המדריכות את הייצור של NO3. הצטברות של סוקצינאט על ידי SDHA מובילה להפעלה של גורם שעתוק גורם היפוקסיה-אינדוקציה 1-אלפא (HIF-1α), אשר גורם לייצור של IL-1β8. בפנוטיפ M2 נצפים חמצון חומצות שומן, עלייה בניצול גלוטמין וזרחן חמצוני משופר של גלוקוז יחד עם ייצור ציטוקינים אנטי דלקתיים כגון אינטרלוקין-10 (IL-10), התמרת גורם גדילה בטא (TGF-β), אינטרלוקין-4 (IL-4) ואינטרלוקין-13 (IL-13)3. M2 מציג מיטוכונדריה מוארכים כתכונה ייחודית, המובילה ליעילות משופרת בייצור אנרגיה. הם משתמשים בחומצות שומן, גלוקוז וגלוטמין כמצעים כדי לתדלק את מחזור TCA, ובכך מייצרים ATP באמצעות זרחן חמצוני בקצב גבוה יותר כדי לקדם צמיחה ושגשוג של טפילים9. אנזים SDHA האחראי להצטברות סוקצינאט באמצעות TCA קטוע יכול לא רק לקדם ייצור NO אלא גם ליזום צריכת חמצן תלוית סוקצינאט באמצעות הובלת אלקטרונים10. במקרופאגים נגועים בלישמניה, SDHA מווסת פי 2.17, מה שמצביע על כך שגם הנשימה האירובית עשויה להיות מופחתת11. על מנת להגביר את צריכת הסוקצינאט כדי לגרום לייצור NO בתיווך ציטוקינים מעודדי דלקת ולקדם סילוק טפילים, ביטוי של SDHA הוא חיוני.

המעגל הסינתטי מציע טיפולים מדויקים וממוקדים שעשויים לשנות את המערכת החולה כדי להשיג תנודה דו-יציבה שעשויה לשחזר פנוטיפ בריא ברמה המרחבית-טמפורלית. העברת המעגל הסינתטי והביטוי הופכים את המערכת לדינמית וחזקה. גורם מרכזי אחד התורם לקידום הביולוגיה הסינתטית טמון ביכולת להרכיב חלקים ואלמנטים גנטיים באופן מודולרי כדי לאפשר יצירת ארכיטקטורות מורכבות ופונקציות מותאמותאישית 12. אילוצים הקשורים לטכניקות ביטוי מסורתיות דרבנו את הופעתם של מעגלים סינתטיים אינדוקטיביים מבוססי אופרון טטרציקלין, ובכך אפשרו הערכה מהירה של פלסמיד והעברה קלה בין סוגי תאים שונים13. חלבון TetR, כאשר הוא קיים כדימר, מפגין זיקה חזקה לאופרון טט (TetO), ומדכא למעשה שעתוק. עם זאת, עם האינטראקציה של הליגנד שלו, דוקסיציקלין (dox), TetR עובר שינוי מבני, וכתוצאה מכך ניתוקו מ-TetO, וכתוצאה מכך מאפשר לשעתוק להתקדם ללא הפרעה. מעגל זה יכול להציג בקרת תרגום חלבונים14. לכן, באמצעות המתודולוגיה שהוגדרה, המעגל הסינתטי המתוכנן מבוסס אופרון טטרציקלין איפשר לבטא SDHA בווקטור pEGFP-N1. הערכת יעילות הטרנספורמציה של המעגל ותפוקתו סיפקה תובנות לגבי יכולת המסירה. באמצעות הגבלת העיכול של הווקטור, אושרה קביעת יעילות השיבוט. יתר על כן, קו תאי מקרופאג עכבר RAW264.7 נגוע שמקורו במקרופאגים פריטוניאליים של עכברי Balb/c נצפה עבור ביטוי חלבון פלואורסצנטי ירוק תלוי מינון דוקסיציקלין (GFP) בתאים נגועים. בנוסף, אפקט חיסול הטפיל בתאים נגועים אומת עם ביטוי של המעגל הסינתטי. יתר על כן, נצפו אינדוקציה וביטוי של ציטוקינים פרו דלקתיים, אשר כוונו באמצעות עלייה בנקודת הזמן של זיהום במעגל הסינתטי נגוע ומושרה תאים, אשר היה קשור ישירות עם תפקוד של המעגל הסינתטי.

פרוטוקול

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. תרבית תאים של תאי RAW264.7

הערה: השתמש במספרי מעברים נמוכים לניסויים. קו התאים RAW264.7 נרכש ממאגר התאים הלאומי של המועצה לחדשנות במחקר ביוטכנולוגי - המרכז הלאומי למדעי התא (BRIC-NCCS), פונה. מכיוון שקו התאים RAW264.7 הוא קו תאי מקרופאגים, הוא עשוי להתחיל להתמיין עם מעברים הולכים וגדלים. לאחר החייאת התאים להשתמש בקו התא עבור transfection לאחר 2 מעברים.

  1. זרע 5 x 105 תאים של קו התאים RAW264.7 בבקבוק25 ס"מ 2 בתוספת 5 מ"ל של מדיום הנשר המעובד של דולבקו (DMEM) עם 10% סרום בקר עוברי (FBS) ו 100 IU / מ"ל פניצילין כמדיום שלם.
  2. שמור תאים לצמיחה ושגשוג באינקובטור עם 5% CO2 ב 37 ° C עד 90% מפגש מושגת.
  3. יש להשליך את המדיה ולשטוף 3x עם 1x מלח חיץ פוספט (PBS). הוסף 1 מ"ל PBS לצלוחית, גרד את התאים באמצעות מגרד, ולאסוף את התאים בצינור 1.5 מ"ל.
  4. צנטריפוגה את התאים ב 300 x גרם במשך 5 דקות ב 24 ° C ולהשעות מחדש את הגלולה באמצעות פיפטה 1 מ"ל ב 1 מ"ל של מדיום DMEM מלא.
  5. ספרו את התאים בתא ספירת התאים באמצעות 0.5% טריפאן כחול כדי לזהות את אחוז התאים החיים.

2. תרבית תאים של הטפיל L. major

הערה: L. major promastigotes (MHOM/Su73/5ASKH) היה מתנה מ BRIC-NCCS. פרומסטיגוטים צריכים להיות בעלי מספר מעבר קטן מ-10. מספר המעבר הנמוך מבטיח שהטפיל בריא ויכולתו להדביק מקרופאגים גבוהה יותר.

  1. Grow L. major promastigotes (MHOM/Su73/5ASKH) ב-Roswell Park Memorial Institute Medium (RPMI) בתוספת 20% FBS כמדיום שלם.
  2. זרעים 1 x 106 promastigotes ב לא מאוורר 25 ס"מ2 בקבוק המכיל 5 מ"ל של מדיום שלם. לדגור את הבקבוק ב 27 ° C במשך 5 ימים ולצפות בשלב נייח promastigote L. טפיל גדול ב 20x במיקרוסקופ שדה בהיר.
    הערה: ניתן להשיג פרומסטיגוטות בשלב נייח תוך 4-7 ימים לאחר התרבית. הם מאופיינים במצבם המוארך והתנועתיות המופחתת.

3. תכנון מעגל סינטטי בפלסמיד כווקטור מסירה

  1. תכנון חלקים מהמעגל הסינטטי
    1. פתחו את תוכנת תא ה-Tinker והמשיכו לכרטיסייה חלקים. בחר את רכיב המקדם מהספרייה ומקם אותו על בד הציור כדי לסמל את מקדם Cytomegalovirus (CMV) בתוך המעגל הסינתטי. אחזר את אתר כריכת המדחק, המקביל ל- TetO, מהכרטיסייה חלקים ומקם אותו בסמוך למקדם על בד הציור, תוך שילובו בצורה חלקה עם מקדם CMV.
    2. שלבו את אופרטור הטטרציקלין (TetO), את אתרי הכניסה הפנימיים של הריבוזום (IRES) ואת אזור הקידוד על ידי גרירה ושחרור של אתר קשירת מדכא, אתר קשירת ריבוזום (RBS) ואזור קידוד על הבד, ושילבם עם המרכיבים הגנטיים הקיימים.
    3. שנה את שם אזור הקידוד ל- TetR, המציין את המדכא המגיב לטטרציקלין, המתפקד כמווסת שלילי משוער בתוך המעגל הסינתטי. מיזוג אלמנטים גנטיים אלה כדי להקל על בניית החלקים הסינתטיים.
    4. שלבו על בד הציור אזור ספייסר (sd1), שתוכנן להיות ניתן לפיצול על ידי פרוטאזות תאיות כמו טסכו-וירוס חזירי-1 2A (P2A). הציגו אזור קידוד נוסף המייצג את הגן המעניין, תייגו אותו כ-SDHA למבנה הסינתטי ושלבו אותו עם שאר האלמנטים.
    5. בסמוך לאזור קידוד SDHA, שלבו אזור ספייסר נוסף (sd2), שיהיה ניתן לפיצול על ידי פרוטאז תאי P2A. הציגו אזור קידוד המייצג את גן המדווח ותייגו אותו כ-GFP לתוך המבנה.
      הערה: ביטוי GFP עשוי לספק הערכה לייצור SDHA ולהבטיח שלמעגל הסינתטי יש תפקוד לוגי13.
    6. לצד GFP, צרף מסיים (ter1) ואמת את החלקים שהורכבו על ידי בדיקה אם כל החלקים מחוברים. המעגל חייב להופיע באדום בעת לחיצה על חלק כלשהו. זה מאשר את היווצרות של מעגל גנטי פונקציונלי.
    7. מהכרטיסייה תגובה, הקצה שיעורי ויסות, הכוללים פרמטרים וערכים התחלתיים לייצור חלבונים, ל- TetR, SDHA ו- GFP כדי להגדיר את תגובת התרגום בתוך המעגל הסינתטי.
    8. הוסף מולקולה קטנה מהכרטיסייה חלקים, קרא לה דוקסיציקלין (dox), והקצה לה פונקציית גל על ידי בחירת קלט מהכרטיסייה חלקים וחיבור ולאחר מכן על ידי לחיצה על קלט גל.
    9. בלשונית רגולציה , לחץ על תגובת דיכוי. גרור ושחרר את קצב התגובה על בד ציור בין dox ו- TetR. הגדר את קינטיקה התגובה בין dox ו- TetR על ידי לחיצה כפולה על סמל פונקציית הגל ב- dox והתאמת Doxyxycline.sin.amplitude ל- 10.
    10. יישם את תגובת ויסות השעתוק בין חלבון TetR לבין אתר הקישור המדכא על ידי בחירת התגובה מהכרטיסייה רגולציה והצבתה על בד הציור בין TetR ו- TetO.
    11. על ידי לחיצה כפולה על כל רכיב ותגובה, הגדר ריכוז ופרמטר ראשוניים לסימולציה. לחץ על סימולציה, בחר דטרמיניסטי והדמיה את המעגל עבור 100 יחידות זמן. התאימו את גרף הסימולציה מלוח הבקרה, שמופיע עם הגרף, והתבוננו בתבנית הגרף של חלבוני SDHA ו-TetR.
  2. זיהוי רכיבים גנטיים מרישום חלקי iGEM
    1. פתח את הרישום של חלקים ביולוגיים סטנדרטיים (רשימת חומרים) ולחץ על חיפוש. הזן את שם הרכיב הגנטי, למשל, מקדם CMV.
      הערה: התהליך לחיפוש מזהה iGEM חייב להתבצע עבור כל המרכיבים הגנטיים של המעגל הסינתטי. השלבים לזיהוי מזהה iGEM של מקדם CMV מגויסים; לאחר מכן, יש לחזור על השלבים עבור רכיבים אחרים.
    2. כדי לקבל את רצף הנוקלאוטידים של מקדם CMV, לחץ על קבל רצף חלקים אפשרות ושמור את הקובץ כקובץ טקסט.
      הערה: חשוב לציין כי מלאי של כל החלקים הגנטיים זמין.
    3. חזור על שלב 3.2.1 ושלב 3.2.2 עבור כל החלקים הגנטיים (אופרטור טטרציקלין, רצף קוזאק, TetR, P2A ו- GFP) למעט SDHA.
    4. כדי לקבל רצף קידוד חלבונים של SDHA, פתח את NCBI ובחר נוקלאוטיד מהתפריט הנפתח לצד חלון החיפוש. הקלד Succinate dehydrogenase ו - Mus musculus וחפש רצף נוקלאוטידים.
    5. לחץ על CDS אפשרות כדי לקבל את רצף הקידוד של SDHA ולשמור את הרצף בקובץ טקסט.
    6. מיזוג רצף הנוקלאוטידים של כל חלקי הבקרה הגנטית בקובץ אחד ברצף. הוסף קודון התחלה (ATG) מיד לאחר רצף קוזאק והסר קודוני עצירה פנימיים כדי למנוע היווצרות של פוליפפטידים מתהווים.
    7. פתח את אתר ExPASy15 והדבק את רצף הנוקלאוטידים. לחץ על תרגם את רצף אופציה. בחר 5'3' מסגרת 1 והסר את קודוני העצירה, אשר יודגשו באדום בסעיף התוצאות.
      הערה: כדי לזהות אם רצף הנוקלאוטידים מתורגם ביעילות לרצף הפוליפפטיד הרצוי, ניתן להשתמש בכלי תרגום כגון ExPASy. זה מבטיח מניעה של פוליפפטידים מתהווים לא רצויים. הבחירה בווקטור pEGFP-N1 לביטוי המעגל הסינתטי היא אופטימלית, בהתחשב בכך שמקדם CMV וגן GFP היו קיימים מראש בתוך הווקטור. כל החלקים הגנטיים הורכבו באמצעות פרוטוקול שיבוט (שנעשה במיקור חוץ). אנזימי ההגבלה המשמשים לשיבוט התוספות הם NotI ו-XhoI. אתרי אנזימי הגבלה אלה ממוקמים בתוך אתר השיבוט המרובה של וקטור pEGFP-N1.

4. טרנספורמציה של המעגל הסינתטי בתאי Escherichia coli (E.coli) DH5α

  1. הכנת תאים מוכשרים E.coli DH5α
    הערה: מומלץ לבצע אוטוקלאבינג של הריאגנטים. ריאגנטים ניתן לאחסן ב 4 ° C עד השימוש.
    1. תרבית 1 מ"ל של inoculum טרי ב 50 מ"ל של מרק לוריא (LB) ב 37 ° C, 180 סל"ד. גדל את התאים במשך כשעתיים עד שתושג צפיפות אופטית (OD) של 0.4-0.6 ב- 600 ננומטר.
    2. צנטריפוגה את התאים ב 4,696 x גרם ב 4 ° C במשך 15 דקות. יש להשליך את הסופרנאטנט ידנית בבקבוק ההשלכה על ידי היפוך צינור הצנטריפוגה בנפח 50 מ"ל וקצירת כדורית התא.
    3. יש להשהות מחדש בעדינות את הגלולה ב-2 מ"ל מגנזיום כלוריד קר כקרח (MgCl2) באמצעות פיפטה של 1 מ"ל. לפצות את נפח עד 20 מ"ל עם קר כקרח MgCl2.
    4. צנטריפוגה את הצינור ב 4,696 x גרם במשך 10 דקות ב 4 ° C ו להשליך את supernatant. יש להשהות מחדש בעדינות את התאים באמצעות פיפטה של 1 מ"ל ב-1 מ"ל של סידן כלורי 0.1M קר כקרח (CaCl2) ולדגור על קרח למשך שעתיים. השתמש בתאים המוכשרים שזה עתה נוצרו לצורך טרנספורמציה.
  2. טרנספורמציה של תאים מוכשרים עם מבנה מעגל סינתטי
    1. למדוד 50 μL של תאים מוכשרים ולהוסיף את התאים בצינור 1.5 מ"ל. מניחים את הצינור על קרח. הוסיפו 10 ננוגרם של מבנה מעגל סינטטי לאליקוט ושמרו על קרח למשך 3 דקות.
    2. יש לחמם תאי הלם בטמפרטורה של 42°C למשך 3 דקות על בלוק חימום יבש. לאחר השלמת הדגירה על גוש החימום היבש, הניחו את התאים בחזרה על קרח למשך 3 דקות, הוסיפו 1 מ"ל LB לתאים, ודגרו בטמפרטורה של 37°C למשך שעה אחת ב-250 סל"ד.
    3. כאשר הדגירה הושלמה, צנטריפוגו את התאים בטמפרטורה של 4,696 x גרם בטמפרטורת החדר (RT) למשך 5 דקות והשליכו את הסופרנאטנט באמצעות פיפטה של 1 מ"ל. להשהות את התאים ב 100 μL של LB וצלחת אותו על LB אגר המכיל 50 מיקרוגרם / מ"ל kanamycin. הפוך את הצלחת ודגר ב 37 ° C במשך 24 שעות.

5. בידוד מבנה מעגל סינתטי

  1. בצינור צנטריפוגה של 50 מ"ל, קח 10 מ"ל של LB בינוני והוסף 50 מיקרוגרם / מ"ל של קנמיצין כמרק בחירה לתרבית תאים מותמרים לבידוד פלסמיד. הרימו מושבה שעברה טרנספורמציה בעזרת קצה של 200 מיקרוליטר והוסיפו אותה לציר הבחירה.
  2. באמצעות לולאת חיסון, בחרו מושבה בודדת נוספת, פזרו צלחת בטכניקה מחומשת, ודגרו בטמפרטורה של 37°C למשך 24 שעות על מנת לשמור על בידוד מושבה אחת.
  3. לגדל את התאים בן לילה ב 180 סל"ד ב 37 ° C. למחרת, צנטריפוגה את התרבית ב 4,696 x גרם במשך 20 דקות ב 24 °C (75 °F). לאחר הצנטריפוגה, יש להשליך את הסופרנאטנט על ידי היפוך הצינור ולהוסיף 1 מ"ל של חיץ תרחיף (50 mM Tris (hydroxymethyl) aminomethane hydrochloride (Tris-HCl), 10 mM Ethylenediamine tetraacetic acid (EDTA), 100 μg / mL RNase A (pH-8.0)) לגלולה ולהשהות מחדש את התאים על ידי pipetting בעדינות.
    הערה: למאגר ההשעיה יש להוסיף RNase A 5 דקות לפני הוספת התערובת לכדורית התא.
  4. דוגרים על התערובת במשך 5 דקות ב-RT. מוסיפים 1 מ"ל של חיץ ליזיס (0.2 N נתרן הידרוקסידי (NaOH), 1% נתרן דודציל סולפט (SDS)) לתאים ומערבבים על ידי היפוך הצינור למשך 2 דקות. לדגור על הצינור במשך 5 דקות ב- RT.
  5. הוסף 1 מ"ל של חיץ נטרול לתאים (3 M אשלגן אצטט (CH3CO2K)) וערבב על ידי היפוך הצינור מספר פעמים. צנטריפוגו את התאים במהירות של 4,696 x גרם למשך 20 דקות ב-RT ואספו את הסופרנאטנט בצינור של 1.5 מ"ל.
  6. מוסיפים 500 μL של איזופרופנול לסופרנאטנט ומערבבים היטב על ידי היפוך. לדגור את supernatant על קרח במשך 15 דקות ולאחר מכן צנטריפוגה ב 12,000 x גרם במשך 30 דקות ב 4 ° C.
    הערה: הדגירה יכולה לנוע בין 5 דקות לשעה. במהלך זה, מומלץ לערבב בעדינות את התוכן על ידי היפוך כל 5 דקות.
  7. יש להשליך את הסופרנטנט, להוסיף 1 מ"ל אתנול 70% אתנול (מקורר) לכדור, ולצנטריפוגה בטמפרטורה של 12000 x גרם למשך 5 דקות ב-4°C. חזור על שלב זה פעם נוספת.
  8. יבש באוויר את הגלולה והשהה מחדש את הפלסמיד המתקבל ב -20 מיקרוליטר של מים סטריליים ללא נוקלאז (NFW). למדוד את ריכוז הפלסמיד על ספקטרופוטומטר באורך גל של 260/280 ננומטר.
    הערה: הוסף NFW נוסף אם ריכוז הפלסמיד גבוה מאוד כדי להיות מוערך באמצעות nanodrop. תהליך דילול פלסמיד חייב להתבצע במכסה מנוע למינרי.

6. אלקטרופורזה ג'ל אגרוז (AGE) של מעגל סינתטי

  1. הכנת דגימת פלסמיד ל- AGE
    1. בצינור של 1.5 מ"ל, למדוד 20 μL של 1x Tris-אצטט-EDTA (TAE). מוסיפים 4 μL של מאגר העמסה 6x ומערבבים היטב על ידי פיפטינג.
    2. תן סיבוב מהיר לצינור, הוסף 1 מיקרוגרם של וקטור פלסמיד מעגל סינתטי ומערבבים היטב על ידי pipetting התערובת. ניתן להעמיס תערובת תגובה זו על ג'ל אגרוז.
      הערה: הימנעו מצנרת קפדנית מכיוון שהיא עלולה לפגוע במבנה הפלסמיד. במקום זאת, תן סיבוב מהיר לערבוב ריאגנטים.
  2. הגבלת העיכול של מעגל סינתטי
    1. בצינור של 1.5 מ"ל, הוסף 2 μL של 10x restriction buffer, 1 μL של NotI, ו- 1 μL של אנזים הגבלת XhoI, וערבב היטב על ידי מתן סיבוב מהיר לתוכן. הוסף 1 מיקרוגרם של וקטור פלסמיד מעגל סינתטי ותן לתוכן סיבוב מהיר.
    2. לפצות את נפח הצינור ל 20 μL על ידי הוספת NFW לתוכן ולתת לצינור סיבוב מהיר. לדגור על הצינור ב 37 ° C במשך 1 שעה.
    3. לאחר הדגירה, יש לשמור את הצינור בטמפרטורה של 70°C למשך 15 דקות בבלוק חימום יבש כדי להשבית אנזימי הגבלה. מצננים את תכולת הצינור ומוסיפים 6 μL של חיץ העמסה לתערובת התגובה. מערבבים את התוכן על ידי סיבוב מהיר של הצינור. ניתן להעמיס תערובת תגובה זו על ג'ל אגרוז.
    4. הגדר את ג'ל האגרוז והפעל את הג'ל באמצעות פרוטוקול16 שתואר קודם לכן. בקצרה, לטעון 20 μL דגימות לכל באר, לטעון 5 μL של 1 Kb DNA סולם, ולהפעיל את הג'ל ב 100V. נתק את ספק הכוח לאחר השלמת האלקטרופורזה, רכוש את הג'ל במצלמת ג'ל והפעל את אפשרות הפלואורסצנטיות כדי להציג את הפסים.

7. טרנספקציה של מבנה מעגל סינתטי בקו תאים RAW264.7

  1. הכנת דוגמאות
    1. הכינו דגימות כדי לקבוע את אפקט סילוק הטפילים על ידי מעגל סינתטי מושרה. הדגימה הראשונה היא תאי RAW264.7 לא נגועים (בקרה), השנייה היא תאי RAW264.7 הנגועים ב- L. major promastigotes במשך 6 שעות (6 שעות נגועים), הדגימה השלישית הייתה תאי RAW264.7 הנגועים במעגל סינתטי ומושרים בדוקס (IMT), דגימות נקודת הזמן של ההדבקה הן תאי RAW264.7 הנגועים במעגל סינתטי ומושרים בדוקס הנגוע ב- L. major promastigotes (IMTI) עבור נקודות זמן שונות 6 שעות (6 שעות IMTI), 12 שעות (12 שעות IMTI), 18 שעות (18 שעות IMTI) ו 24 שעות (24 שעות IMTI).
    2. כדי להכין את כל הדגימות, גרדו את תאי RAW264.7 מבקבוק25 ס"מ 2 וצנטריפוגה במהירות 300 x גרם למשך 5 דקות ב- RT.
    3. להשעות את הגלולה ב 1 מ"ל של DMEM בינוני מלא. קח 10 μL של תאים מרחפים בצינור 100 μL, להוסיף 10 μL של 0.5% טריפאן כחול לתאים ולערבב היטב.
    4. טען 10 μL של תערובת תאים וטריפאן כחול על תא ספירת התאים להחליק ולקחת ספירת תאים מ 4 תאים.
    5. תאי צלחת בתחתית מכסה 96 צלחות באר ב 2 x 104 תאים לכל באר לדגור את התאים במשך 24 שעות. מדגם זה הוא מדגם הבקרה. שלב זה נשאר קבוע להכנת דגימות אחרות.
      הערה: יש לחמם מראש את המדיה ב-37°C באמבט מים לפני השימוש.
    6. כדי להכין דגימה נגועה 6 שעות, צנטריפוגה 1 מ"ל של שלב נייח L. promastigotes ב 7,273 x גרם במשך 10 דקות. השהה מחדש את הגלולה ב 500 μL של DMEM להשלים בינוני ולקחת את ספירת התאים על תא ספירת תאים על ידי ביצוע שלבים 7.1.3-7.1.4.
    7. הוסף 2 x 105L. promastigotes גדולים לבאר לדגור אותם עם 5% CO2 ב 37 ° C במשך 6 שעות. לאחר הדגירה, לשטוף את התאים 3x עם PBS.
    8. כדי להכין את דוגמת IMT, זרע את התאים על-ידי ביצוע השלבים (7.1.2-7.1.5) ובצע את שלבי הטרנספקציה 7.2.1-7.2.6.
    9. כדי להכין דוגמאות של נקודות זמן של IMTI, בצע את השלבים 7.1.2-7.1.5 ובצע את שלבי הטרנספקציה 7.2.1-7.2.6. השליכו את המדיה המלאה של DMEM המכילה 500 מיקרוגרם/מ"ל גנטיקין (G418) ו-1 מיקרוגרם/מיקרוליטר דוקס ושטפו תאים 3x עם 1x PBS.
    10. הוסף 2 x 105L. promastigotes גדולים לבארות ולדגור אותם במשך 6 שעות, 12 שעות, 18 שעות ו 24 שעות. לאחר ההדבקה, להשליך את promastigotes המכילים DMEM מדיה מלאה ולשטוף בארות 3x עם 1x PBS. הוסף 200 μL של מדיה מלאה DMEM המכילה 500 מיקרוגרם / מ"ל גנטיקין (G418) ו 1 מיקרוגרם / μL dox לתאים ולדגור במשך 24 שעות.
  2. טרנספקציה של מעגל סינתטי
    1. בצינור של 1.5 מ"ל, הוסף 24 μL של מדיום סרום מופחת, שהוא מדיום חיוני מינימלי משופר. למדיה, הוסף 1 מיקרוגרם של וקטור pEGFP-N1 משובט עם פלסמיד מעגל סינתטי.
    2. בצינור טרי של 1.5 מ"ל, הוסף 24 μL של Minimal Essential Medium והוסף 1 μL של פוליאתילנימין (PEI; 1 מיקרוגרם / μL). מערבבים היטב על ידי זילוף התערובת לפחות פי 10 ודוגרים ב-RT במשך 5 דקות.
    3. העבר את תערובת PEI לצינור 1.5 מ"ל המכיל את תערובת ה- DNA. מערבבים היטב על ידי פיפטינג טיפה חכם לפחות פי 10. לדגור על הדנ"א: תערובת PEI ב-RT למשך 10 דקות.
    4. השליכו את המדיה מהבארות על לוחות הכיסוי התחתונים של 96 בארות ושטפו את התאים פי 3 עם PBS. בעזרת פיפטה, הוסיפו בעדינות את ה-DNA:PEI לתאים ונערו בעדינות את הצלחת. לדגור על התאים עם 5% CO2 ב 37 ° C במשך 3 שעות.
    5. לאחר הדגירה, יש להוסיף 200 μL של מדיום חיוני מינימלי טרי לתאים, לנער בעדינות את הצלחת ולדגור במשך 24 שעות עם 5% CO2 ב-37°C.
      הערה: PEI הוא ציטוטוקסי; לפיכך, מומלץ לא לדגור על תאים לאחר transfection במשך יותר מ 24 שעות.
    6. למחרת, השליכו את המדיה ושטפו תאים 2x עם PBS. הוסף מדיה מלאה DMEM המכילה 500 מיקרוגרם / מ"ל גנטיקין (G418) ו 1 מיקרוגרם / μL dox לתאים ולדגור במשך 24 שעות.
  3. תיקון הדגימות למיקרוסקופ קונפוקלי
    1. כדי לתקן את כל הדגימות, לשטוף את התאים עם 1x PBS 3x, להוסיף 100 μL של 4% paraformaldehyde לתאים, ולדגור ב RT במשך 10 דקות.
    2. שטפו את התאים עם PBS 3x. לאחר השלמת הכביסה, יש להוסיף 1 מיקרוגרם/מ"ל 4',6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) לתאים ולדגור ב-RT למשך 15 דקות בחושך.
    3. לאחר הדגירה, לשטוף את התאים 3x עם PBS. התבוננו בתאים תחת מיקרוסקופ קונפוקלי לביטוי GFP וצביעת DAPI.

8. רכישת תאים נגועים במיקרוסקופ קונפוקלי וכימות

  1. נקו את תחתית הכיסוי של הבארות באמצעות רקמה סופגת. הפעל את הפקדים של מיקרוסקופ סריקת לייזר קונפוקלי. לאחר מכן, הפעל את המדחס ואת מנורת כספית.
  2. כדי להפעיל את המכונה, יש להפעיל ברצף פקדי מיקרוסקופ, בקרת ראש סריקה, מפתח לייזר, מודול לייזר, מנורה, בקר מיקרוסקופ ומעבד.
  3. במחשב, פתח את התוכנה (רשימת חומרים) ולחץ על הפעל בקרת שלב XY. ייפתח פופ-אפ שיבקש ביצוע ניקוי עבור 7S3. לחץ על לא. סגור את הגרף החי וכוונן את מסכי ההגדרות.
  4. למטרה של 60x, הוסיפו טיפה של שמן טבילה, הניחו את הצלחת בעלת 96 הבארות על הבמה, והזיזו את הבמה במישור X-Y כדי להתאים את מיקום המטרה על הבאר. לחץ על העין ובחר ערוץ Alexa-488. לחץ על Shutter Off כדי למקד את התאים בעינית. כוונן את העינית לפי ליבה ומיקוד עדין.
  5. לחץ על Shutter On נוכח בתיבת הבקרה של המיקרוסקופ והזז את המטרה כדי להתאים את מיקומו ולמקד את אזור העניין כדי לצפות בתאים בניגודיות הפרעה דיפרנציאלית (DIC). עבור למצב EPI בתיבת הבקרה של המיקרוסקופ כדי לצפות בתאים במסנן אורך הגל Alexa-488 עבור ביטוי GFP. התאים אמורים להופיע בירוק.
  6. לחץ על Shutter Off, עבור אל הדמיית LSM ובחר את הרזולוציה עבור התמונה כ- 1,024 x 1,024. לחץ על הוסף שלב וגרור כדי להוסיף ערוץ ירוק כשלב.
  7. בתוכנית אולימפוס לחץ על LSM ולחץ נוסף על כפתור חי כדי לצפות בתאים בניגודיות פאזה ובערוץ Alexa 488nm. הקש Control וגלול כדי למקד את התאים מהתוכנה ללכידת תמונות.
  8. כוונן את הרווח וההיסט כדי להתאים את עוצמת הפלואורסצנטיות שנלכדה על ידי הגלאי. לחץ על לכידה, תן שם לתמונות ולחץ על שמור.
  9. בתוכנת הדמיה, לחץ על קובץ, בחר את כל התמונות עם הסיומת .oir, ולחץ על פתח.
  10. לחץ על תצוגת אריחים כדי להמחיש תמונות בכל הערוצים. כדי להוסיף סרגל קנה מידה לתמונות, לחץ על תצוגה ולאחר מכן בחר באפשרות סרגל קנה מידה .
  11. לשמירת תמונות מערוצים בודדים בגווני אפור של 16 סיביות, לחצו על 'קובץ' ובחרו 'יצא תמונה'. בחר את התמונה ובדוק את סימוני השנתות בכל הערוצים. בכרטיסיה בחירת מסגרת באפשרות התצוגה המפוצלת, בחר כן. בכרטיסייה 'פלט', בחרו בצבע RGB של 24 סיביות עם אפשרות פרטי הצריבה ובחרו tiff כסוג הקובץ של התמונה. בייצוא לתיקייה, בחר את מיקום הקובץ המתאים לשמירת התמונות ולאחר מכן לחץ על אישור.
  12. כדי לשמור תמונות ממוזגות, בצע את אותם השלבים, למעט, באפשרות התצוגה המפוצלת, בחר לא, ובכרטיסייה פלט, בחר ערוצים ממוזגים עם מידע צריבה.
  13. כדי לנתח את הביטוי של GFP בתאים, פתח את פיג'י ב- Windows וייצא את קובץ tiff. בחר בצבע ירוק כדי לנתח ביטוי GFP.
  14. בחרו באזור התא בעזרת הכלי החופשי ולחצו על 'אנליזה' למדידת עוצמת הפלואורסצנטיות. חזור על התהליך עבור 3 תמונות.
  15. לייצא את הנתונים לתוכנת ניתוח ולבצע בדיקות סטטיסטיות על הנתונים המכומתים.

9. בדיקת עומס טפילים

  1. תוך כדי הדמיה של התאים במיקרוסקופ קונפוקלי, ספרו את המספר הכולל של הטפילים הקיימים במקרופאגים בודדים.
  2. בדקו באופן אקראי 100 מקרופאגים ושימו לב למספר הטפילים התוך-תאיים. בדיקה סטטיסטית Perfom בין נקודות זמן נגועות לנקודות זמן של דגימות IMTI כדי לבחון את ההשפעה של ביטוי SDHA על ספירת הטפילים.

10. כימות של IL-10 ו- IL-12 באמצעות בדיקת Immuno Sorbent Assay מקושרת אנזים (ELISA)

  1. הכינו דגימות לפי שלבים 7.1 ו-7.2 ואספו את המדיה בצינור של 1.5 מ"ל. שמור את המדיה על קרח או לאחסן אותה ב -20 ° C עד לשימוש חדש. בצע את ההוראות הידניות של ערכת המשתמש ובצע ELISA עבור IL-10 ו- IL-12.

11. פרופיל ציטוקינים באמצעות PCR כמותי בזמן אמת בשעתוק לאחור (qRT-PCR)

  1. הכינו את הדגימות לפי שלבים 7.1 ו-7.2. יש להשליך את הסופרנאטנט באמצעות פיפטה ולהוסיף 500 μL של מגיב TRIzol ולדגור על התאים למשך 2 דקות ב-RT.
    הערה: שלבי בידוד RNA יבוצעו בארון זרימה למינרית כאמצעי זהירות מפני זיהום RNase.
  2. לאסוף את הדגימות בצינור 1.5 מ"ל, להוסיף 100 μL של כלורופורם להם, ולערבב על ידי היפוך צינורות 5x-8x. לדגור על הדגימות במשך 15 דקות ב- RT. צנטריפוגה את הדגימות ב 12,000 x גרם במשך 15 דקות ב 4 ° C.
  3. שלוש שכבות ייצפו, לאסוף את השכבה העליונה מימית שקופה בצינור טרי 1.5 מ"ל. הוסף 500 μL של איזופרופנול לשכבה המימית, ערבב היטב על ידי היפוך 10x, ודגר על הדגימות במשך 15 דקות ב RT. לאחר כל 5 דקות מערבבים שוב את הדגימות על ידי היפוך הצינורות.
  4. צנטריפוגה הדגימות ב 12,000 x גרם במשך 15 דקות ב 4 ° C. יש להשליך את הסופרנאטנט ולשטוף את הגלולה 2x עם 75% אתנול המיוצר ב-0.1% Diethyl pyrocarbonate (DEPC) המכיל מים למשך 5 דקות וצנטריפוגה ב-8,000 x גרם ב-4°C.
    הערה: DEPC המכיל מים מפרק RNases, ולכן מומלץ להשתמש בו לבידוד RNA.
  5. לבסוף, יש לייבש את הגלולה באוויר למשך 5 דקות ב-RT, להמיס אותה ב-20 מיקרוליטר של DEPC המכיל מים, ולמדוד את ריכוז הרנ"א המבודד, יחס 260/280 ו-260/230, באמצעות ספקטרופוטומטר.
    הערה: יחס 260/280 צריך להיות בערך 2.0, אשר בדרך כלל מעיד על צורה טהורה של RNA, ואת היחס 260/230 צריך להיות בין 2.0-2.2 על מנת לשקול כי RNA מבודד הוא ללא תרכובות כימיות לא רצויות כגון TRIzole.
  6. להכנת 20 μL מכל דגימת cDNA, הפשירו את הריאגנטים על קרח ותנו להם סיבוב קצר במשך 15 שניות ב-RT. תנו סיבוב קצר לכל הריאגנטים ואפילו לדגימות הרנ"א לפני השימוש.
  7. בצינור אוטוקלאבי של 100 μL, קח 0.8 μL של 25x dNTP, 2 μL של 10x Primer, 2 μL של 10x buffer. הוסף ריכוז של 1 מיקרוגרם/μL של RNA והוסף 0.5 μL של אנזים שעתוק הפוך. לפצות את נפח עד 20 μL באמצעות DEPC המכיל מים.
  8. תן לדגימות cDNA סיבוב קצר למשך דקה אחת ב- RT. שמור את הדגימות על קרח.
  9. הפעל את המחזור התרמי, פתח את הבורג בלוח העליון כדי לשחרר את המחזיק, והנח את הדגימות על הבלוק. לאחר הנחת הדגימות, הבריגו את המכסה בחוזקה.
  10. לאחר הפעלת המערכת, לחץ על הפעל. בחר באפשרות Main ולאחר מכן היכנס לתפריט Programs ובחר באפשרות CDNA . הגדר את נפח הדגימה כ- 20 μL ולחץ על RUN. המחזור התרמי מפעיל את התוכנית בארבעה שלבים. הצעד הראשון הוא 25 ° C במשך 10 דקות, השני הוא 37 ° C במשך 2 שעות, השלישי הוא 85 ° C במשך 5 דקות, ואת השלב האחרון הוא 4 ° C לנצח.
  11. לאחר שהמחזור נכנס לשלב הרביעי, לחץ על Enter וסיים את המחזור. אסוף את הדגימות והמשך ל- qRT-PCR. אחסן דגימות RNA ב -80 ° C ודגימות cDNA ב -20 ° C.
  12. לזיהוי ציטוקינים, הפשירו את הריאגנטים הנדרשים 2x PCR Master mix, cDNA ובדיקות עבור TNF-α, IFN-γ, TGF-β ו-NFW על קרח.
    הערה: כל הריאגנטים, תערובות התגובה והדגימות חייבים להישמר על קרח.
  13. בצינור של 100 μL, הכינו דגימת cDNA על ידי הוספת 1 μL של cDNA ו-3.5 μL של NFW. כדי להכין את תערובת המאסטר, לקחת 5 μL של תערובת מאסטר ולהוסיף 0.5 μL של בדיקה בצינור 100 μL. מערבבים את התוכן על ידי סיבוב קצר. חישוב מספר הדגימות וגני המטרה והכן את תמהיל התגובה בהתאם.
    הערה: הוסף NFW ותערובת מאסטר לתחתית הצינור של 100 μL. הוסף cDNA ובדיקה לדופן צינור הצנטריפוגה כאמצעי זהירות כדי להבטיח את הוספת הנפח וכדי למנוע ערבוב צולב של מגיב כלשהו.
  14. מניחים את רצועות 8 הבארות במקרר PCR. מעבירים 5.5 מיקרוליטר של תערובת אב ובקבוקון המכיל בדיקה לתחתית כל באר ברצועות 8 הקידוחים. לפיכך, חזור על השלב עבור כל גני המטרה.
  15. מעבירים 4.5 μL של תערובת cDNA ו-NFW לדופן הבאר ברצועות של 8 בארות. לפיכך, חזור על השלב עבור כל הדגימות.
  16. אוטמים את הרצועות עם המכסים ונותנים סיבוב קצר של 10 שניות כדי לערבב את הגנים והדגימות בבאר. מקם את הרצועה בחריץ הדגימה qRT-PCR וסגור את החריץ.
  17. בשולחן העבודה, הפעל את התוכנה והתחבר כאורח. חלון קופץ יופיע על המסך. לחץ על המשך ללא חיבור.
  18. בתפריט Setup, לחץ על Advanced Setup. במאפייני ניסוי, כתוב את שם הניסוי בכרטיסיה שם ניסוי. באיזה סוג ניסוי ברצונך להגדיר אפשרות, בחר Quantitation-Comparative CT (ΔΔ CT).
  19. באיזו מהירות רמפה אתה רוצה להשתמש במכשיר? לחץ על מהיר (~ 40 דקות להשלמת ריצה). בתפריט הגדרת הלוחות, הגדר שמות גנים באפשרות Define Targets והקלד את שמות הדגימות ב- Define Samples.
  20. בכרטיסייה שיטת הפעלה, הקלד 10 μL בנפח התגובה לכל באר. ממש לפני החזקת הבמה לחץ על הוסף במה ובחר שלב החזקה. שנה את הטמפרטורה ל 50 ° C ואת הזמן ל 2 דקות. בשלב ההחזקה השני לא לבצע שינויים, אשר יהיה 95 ° C עבור 1 שניות.
  21. בשלב הרכיבה שלב 1, שנה את הטמפרטורה ל 95 ° C ואת הזמן ל 3 שניות. בשלב 2, שנה את הטמפרטורה ל 60 ° C ואת הזמן ל 30 שניות. לחץ על הפעל כדי להתחיל את מחזור qRT-PCR.

12. ניתוח סטטיסטי

הערה: עבור כל הנתונים, הממוצע מיוצג כעמודה, וסטיית התקן מייצגת את סרגל השגיאה בגרף עמודות (ערך p< 0.05 נחשב משמעותי).

  1. פתח את תוכנת ניתוח הנתונים והכנס את הנתונים המתקבלים מהניסוי הקונפוקלי.
  2. לניתוח מיקרוסקופיה קונפוקלית, החל ANOVA חד-כיווני רגיל עם מבחן התיקון של Tukey להשוואה בין קבוצות מרובות עבור ביטוי GFP. שקול את הנתונים עם p < 0.05 כמובהקים סטטיסטית. הכן ייצוג גרפי של הנתונים כאשר הממוצע מיוצג כסרגל וסטיית התקן מייצגת את סרגל השגיאה.
  3. לבדיקת עומס טפילים, צרו גיליון חדש והזינו את נתוני ספירת הטפילים עבור 100 מקרופאגים. החל ANOVA חד-כיווני רגיל עם תיקון של Tukey בין כל הדגימות. שקול את הנתונים עם ערך p< 0.05 כמובהקים סטטיסטית.
  4. עבור ELISA, בצע ANOVA דו-כיווני עם מבחן ההשוואות המרובות של Tukey. עבור qRT-PCR, בצע ANOVA בכיוון אחד עם בדיקת התיקון של Tukey.

תוצאות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

סידור החלקים הגנטיים המרכיבים את המעגל הסינתטי לביטוי המעגל הסינתטי מוצג באיור 1A. החלקים המתאימים שוכפלו בווקטור pEGFP-N1 בצורה אורתוגונלית ומודולרית, המיוצגת באיור 1B. הסימולציה של המעגל הסינתטי חשפה דינמיקה תנודתית הן ב-SDHA והן במדכא הטטרציקלין. תצפית זו מצביעה על דפוס ביטוי הדדי המאופיין בפונקציות גל מחזוריות. העלייה בריכוז SDHA עשויה להיות מיוחסת להשראת דוקסיציקלין, בעוד שהביטוי של TetR עשוי לנבוע מירידה ברמות של דוקסיציקלין (איור 1C). בהינתן הביטוי התנודתי המושרה של SDHA ו-TetR שנצפה בסיליקו, תוכננה ויושמה אסטרטגיה להעברת מעגל סינתטי באמצעות וקטור פלסמיד pEGFP-N1.

חלקי iGEM שזוהו במחקר כוללים BBa_K1493803 עבור TetO, BBa_K4344028 עבור רצף Kozak, BBa_C0040 עבור TetR ו-BBa_K1537016 עבור P2A, בהתאמה. מזהה ההצטרפות של NCBI עבור SDHA הוא NM_025848. רכיבים אלה הורכבו כדי לבנות מעגל סינתטי TetON המושרה על ידי דוקסיציקלין, המשתרע על פני סך של 1317 זוגות בסיסים (קובץ משלים 1). מכיוון ש-TetO מתפקד כאלמנט מווסת DNA, הרצף שלו לא תורגם. הרצף במורד הזרם של רצף קוזאק, המשתרע מ-5' TetR עד לקצה 3' של P2A, הממוקם במורד הזרם של SDHA, נבחר באימות סיליקו של תרגום. התצפית חשפה את היעדרם של קודוני עצירה פנימיים, מה שהבטיח תרגום רצוף לכל אורך הרצף (קובץ משלים 2). החלקים הרגולטוריים של מעגל סינתטי בהיקף של 1317 bp הוכנסו בין אתרי הגבלה NotI ו-XhoI, שנמצאים 5' במעלה הזרם של EGFP (איור 1B). תוצאות הרצף מדגישות שרצף ההוספה שוכפל בפלסמיד (קובץ משלים 3).

הכנסת מעגל חיסוני-מטבולי לזן E. coli DH5α הובילה לצמיחתן של מושבות מותמרות המציגות עמידות לקנמיצין, האנטיביוטיקה המשמשת כסמן סלקטיבי במהלך טרנספורמציה חיידקית. הנוכחות השופעת של מושבות שעברו טרנספורמציה על לוח הבחירה הייתה גבוהה יותר, מה שמרמז על כך שהתאים המוכשרים הציגו פוטנציאל גבוה לטרנספורמציה, מה שמעיד על יעילות פרוטוקול הטרנספורמציה שנעשה בו שימוש (איור 1D).

מושבה אחת בודדה ונזרעה ב 10 מ"ל של LB בתוספת קנמיצין לבידוד פלסמיד. תפוקת הפלסמיד הנגזרת מתרבית של 10 מ"ל מפורטת בטבלה 1. שיטה סטנדרטית לבידוד פלסמיד הופעלה עבור הליך זה. תמיסות החיץ הוכנו יום לפני בידוד הפלסמיד, ותנאי הדגירה הותאמו כדי למקסם את תפוקת הפלסמיד. ריכוז הפלסמיד שהתקבל עלה על 1 מיקרוגרם / μL, עם יחסים של 260/280 ו- 260/230 העולים על 1.8 ו- 2.0, בהתאמה. ממצאים אלה מצביעים על כך שהפלסמידים שבודדו היו בעלי טוהר גבוה וללא מזהמים כגון חלבונים, EDTA, פחמימות ופנול.

שינוי הניידות האלקטרופורטית עבור המעגל הסינתטי המבודד הוערך. עיכול ההגבלה בוצע באמצעות אנזימי הגבלה NotI ו- XhoI, שכן אלה היו אתרי ההגבלה שבהם הוכנס המעגל הסינתטי. שתי רצועות נצפו על ג'ל אגרוז 1%, רצועה אחת ליד 1500 bp ואחת בין 4 kb ל 5 kb. בהתחשב בכך שגודל ההוספה הוא 1317 bp, סביר להניח שהפס ב- 1500 bp מתאים ל- insert. לווקטור pEGFP-N1 יש גודל של 4.7 קילובייט. לפיכך, הרצועה ליד 5 kb היא בהנחה להיות וקטור pEGFP-N1. כתוצאה מכך, הוסק כי מעגל סינתטי שלם ושלם נמצא בתוך וקטור המסירה. נוסף על כך, זוהה פס של כ-6 קילו-בתים עבור המעגל הסינתטי השלם והלא מעוכל, מה שמצביע על כך שווקטור pEGFP-N1 מכיל תוספת של כמעט 1.3 קילו-בתים בתוך וקטור הפלסמיד (איור 1E).

figure-results-1
איור 1: תכנון ותיקוף של מעגל סינתטי. (A) ייצוג מעגלים סינתטיים על ידי הרכבה של חלקים גנטיים ורכיבים רגולטוריים. (B) גרף סימולציה דטרמיניסטי המראה ביטוי מחזורי של SDHA ו-TetR ביחידות זמן של 100. (C) מושבות סינתטיות של E. coli DH5α עמידות בפני קנמיצין. היחידה היא יחידה בת 100 זמן מכיוון שהיא סימולציה דטרמיניסטית. (D) אלקטרופורזה של ג'ל אגרוז של מעגל סינתטי שלם ומעוכל הגבלה באמצעות אנזימי הגבלה NotI ו- XhoI. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.

ריכוז פלסמיד (מק"ג/מ"ל)260/280260/230
1248.51.952.45
1123.11.892.43
1155.81.872.41
1056.81.942.47

טבלה 1: תפוקת מבנה מעגל סינתטי המתקבל לאחר בידוד פלסמיד. הטבלה מציגה את ריכוז הפלסמיד במק"ג/מ"ל, ביחס של 260/280 ו-260/230.

בתאי הבקרה ובתאים הנגועים, עוצמת הפלואורסצנטיות שנצפתה הייתה נמוכה עבור GFP. עם זאת, טרנספקציה של המעגל הסינתטי עם יחס של 1:1 של פלסמיד ו- PEI עם 500 מיקרוגרם / מ"ל G418 ואינדוקציה עם 1 מיקרוגרם / μL dox נצפתה כגורמת לביטוי GFP גבוה בתאי IMT. בתאי IMTI של 6 שעות, ביטוי GFP היה גם גבוה יותר באופן משמעותי, אם כי ביטוי GFP היה נמוך יותר מאשר במדגם IMT (איור 2A,B). יתר על כן, נצפתה עלייה בביטוי GFP בדגימות IMTI של 12 שעות, 18 שעות IMTI ו- 24 שעות IMTI. עלייה זו עשויה לנבוע מעלייה בזמן ההדבקה, אשר עשויה הייתה לגרום לשינויים מטבוליים גבוהים יותר במקרופאגים על ידי טפיל מגורים17. רמות SDHA תוך תאיות עשויות להיות מושפעות עקב עלייה בזמן ההדבקה18. כאשר דוקס נוסף לדגימות IMTI אלה, רמות SDHA באמצעות מעגלים סינתטיים עשויות היו לעלות, ובכך להוביל לעלייה בביטוי של SDHA.

צביעת DAPI נעשתה כדי לזהות את מספר הטפילים החיים במקרופאגים. במקרופאגים נגועים עיקריים של 6 שעות , המספר שנצפה של טפילים תוך-תאיים היה 6 תאים לכל מקרופאג, שהוא גבוה יותר בהשוואה למדגם IMTI של 6 שעות, שבו היו 1-2 טפילים תוך-תאיים לכל מקרופאג. לאחר טרנספקציה והשראת דוקס, נצפתה ירידה משמעותית בעומס הטפילים התוך-תאיים בנקודות זמן שונות של הדבקה (איור 2C). תצפיות הראו כי מעגלים סינתטיים עשויים לגרום להשפעות מסלקות טפילים על ידי גירוי ביטוי SDHA.

figure-results-2
איור 2: מיקרוסקופ סריקת לייזר קונפוקלי. תמונות של דגימות 'בקרה', 'נגוע', 'IMT' ו'IMTI'. (A) ניתוח ביטוי של GFP בכל דגימות הניסוי עם סרגל קנה מידה של 50 מיקרומטר לביקורת, 6 שעות נגועות ו-IMT, 20 מיקרומטר ל-6 שעות IMTI, 10 מיקרומטר ל-12 שעות IMTI, 18 שעות IMTI, 24 שעות IMTI בהתאמה. הערוצים בהם נעשה שימוש היו DIC, DAPI, GFP ותמונות ממוזגות של כל הערוצים. (B) ANOVA חד-כיווני עם מבחן תיקון של Tukey של כל דגימות הניסוי (n=3) עבור ביטוי GFP (p < 0.05 נחשב משמעותי) קווי שגיאה מייצגים סטיית תקן. (C) בוצע ניתוח ANOVA חד-כיווני עם בדיקת תיקון של Tukey של עומס הטפילים ב-100 תאי מקרופאגים עבור דגימות מ-(A) (n=3) (p <-0.05 נחשב משמעותי). קווי שגיאה מייצגים סטיית תקן. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.

זיהוי רמות IL-10 ו- IL-12 במדיה של כל הדגימות גילה כי ריכוז IL-10 ו- IL-12 היה הגבוה ביותר לאחר 6 שעות לאחר ההדבקה עם ירידה ברמות הציטוקינים לאחר זיהום 24 שעות. לא היה הבדל משמעותי ברמות IL-10 ו- IL-12 לאחר טרנספקציה ואינדוקציה של מעגלים סינתטיים. כמו כן, היה הבדל לא משמעותי ברמות IL-10 ו- IL-12 בדגימות נקודות זמן IMTI (איור 3). הדגימה הנגועה של 6 שעות כבר דווחה כמראה ביטוי של IL-10 ו- IL-1219,20, התבוננות בהבדל לא משמעותי ב- IL-10 ו- IL-12 גרמה לנו לחקור את ההשפעה של מעגל סינתטי על ציטוקינים אחרים.

figure-results-3
איור 3: ELISA של IL-10 ו-IL-12 כדי לזהות את רמות ההפרשה שלהם במדיה של דגימות שונות. דגימות (n = 2) כוללות בקרה, 6 שעות נגועות, 24 שעות נגועות, IMT, 6 שעות IMTI, 12 שעות IMTI, 18 שעות IMTI, 24 שעות IMTI. בוצע ניתוח ANOVA דו-כיווני עם בדיקת התיקון של טוקי (עמ' <.05 נחשב משמעותי). קווי שגיאה מייצגים סטיית תקן. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.

זיהוי רמות תעתיק של TNF-α, IFN-γ ו-TGF-β בדגימות IMTI נגועות של 6 שעות, IMT ו-24 שעות גילה כי נצפתה עלייה משמעותית ב-TNF-α פי 2.5 בדגימת IMTI של 24 שעות בהשוואה לדגימות זיהום ו-IMT (איור 4). במדגם IMTI של 24 שעות, נצפתה עלייה של פי 35 ברמות IFN-γ בהשוואה לדגימות זיהום ו- IMT. רמות TGF-β, למרות שהן הראו עלייה משמעותית פי 1.5 במדגם IMTI של 24 שעות, שינוי הקיפול היחסי היה נמוך יותר בהשוואה ל- TNF-α ו- IFN-γ, דבר המצביע על כך שציטוקינים מעודדי דלקת מווסתים באופן משמעותי בדגימת IMTI של 24 שעות.

figure-results-4
איור 4: ניתוח qRT-PCR של ציטוקינים. (A) TNF-α, (B) IFN-γ ו-(C) TGF-β עבור 6 שעות דגימות IMTI נגועות של 6 שעות (n=2). בוצע ANOVA חד כיווני עם מבחן התיקון של טוקי (p < 0.05 נחשב משמעותי). קווי שגיאה מייצגים סטיית תקן. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.

קובץ משלים 1: רצף נוקלאוטידים של חלקים גנטיים שהורכבו ליצירת המעגל הסינתטי. אנא לחץ כאן כדי להוריד קובץ זה.

קובץ משלים 2: רצף מתורגם של מעגל סינתטי המבטא TetR, P2A ו-SDHA. אנא לחץ כאן כדי להוריד קובץ זה.

קובץ משלים 3: תוצאת ריצוף של המעגל הסינתטי המשובט בפלסמיד pEGFP-N1. אנא לחץ כאן כדי להוריד קובץ זה.

דיון

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

התוצאות המתקבלות מדגישות את היעילות של הצינור, אשר כבר מתועל לתכנון ויישום של מעגל סינתטי. בניית המעגל הסינתטי הזה הייתה צעד לקראת פיתוח רפואה מדויקת למחלות זיהומיות כמו לישמניאזיס. באמצעות הרכבה בסיליקו של חלקים גנטיים וסימולציה דטרמיניסטית, נוטרה ההשפעה המודולרית הייחודית של מערכת Teton. השפעת המעגל, יש לציין, עשויה הייתה להוביל לביטוי דו-יציב הדדי של TetR ו-SDHA/GFP. הביטוי של SDHA היה מחזורי, מה שעשוי להצביע על כך שרק בנוכחות דוקסיציקלין הביטוי שלו גדל. כדי לצפות בשינויים אפשריים בדפוסי ביטוי לאורך תקופה, נבחרה יחידת זמן של 100. התוצאות מצביעות על כך שהמעגל הסינתטי הראה התנהגות מחזורית עבור TetR ו-SDHA/GFP, שככל הנראה מיוחסת לאופיו האורתוגונלי21. הרכבת חלקים גנטיים מרישום החלקים של iGEM מילאה תפקיד מרכזי, שכן היא סיפקה רכיבים גנטיים הדרושים לבניית מעגלים סינתטיים22. סידור מודולרי של חלקים גנטיים הוא חיוני מכיוון שהתרגום והתפקוד של המעגל עלולים להיפגע, מה שעלול להוביל לביטוי לא יעיל ולאפקט מודולרי בתאים23.

גודל ההוספה של המעגל הסינתטי היה בערך 1.3 קילובייט כדי להבטיח שגודל הווקטור לא יהיה גדול מדי, מה שעלול להפחית את יעילות הטרנספורמציה24. בחירת וקטור מתאים היא שלב קריטי מכיוון שהוא חייב להיות בעל חלקים גנטיים, החיוניים להגדלת מספר העותקים במערכת החיידקים ולהניב העתק פלסמיד גבוה, ומנגנון הביטוי שלו חייב להסתגל היטב במערכת היונקים25. וקטור pEGFP-N1 מאופיין היטב בקו התאים RAW264.7 ובעל מבנה פלסמיד קומפקטי עם אתר שיבוט מרובה26. פתרונות חיץ מתוקננים במעבדה שימשו לבידוד פלסמיד כדי להבטיח ייצור של פלסמיד מרוכז וטהור מאוד, אשר אומת באמצעות הערכה ספקטרופוטומטרית ו- AGE. החדרת המעגל הסינתטי לווקטור pEGFP-N1 אומתה באמצעות עיכול הגבלה, והדגימות נותחו על AGE וריצוף. תוצאות AGE ייצגו רצועת הוספה של 1.3 קילו-בתים, רצועת 4.7 קילו-בתים של וקטור pEGFP-N1 ורצועת 6 קילו-בתים של המעגל הסינתטי כולו.

טרנספקציה באמצעות יחס של 1:1, 1:2 ו-2:1 של DNA: בוצעה יחסי PEI, כאשר היחס שנצפה של 1:1 עבד בצורה הטובה ביותר מבלי לשבש את המורפולוגיה של התא (הנתונים לא מוצגים). מומלץ להשתמש בריכוז 400 מיקרוגרם/מ"ל - 1000 מק"ג/מ"ל של G418 לבחירת תאים נגועים27. 500 מיקרוגרם / מ"ל של G418 שימש לבחירת תאים נגועים מכיוון שהוא דיכא ביעילות את הצמיחה של תאים שאינם נגועים מבלי לפגוע בצמיחת תאים או במורפולוגיה של תאים נגועים (הנתונים אינם מוצגים). בהתחשב בחשיבותו של פנוטיפ התא ביעילות הטרנספקציה, במיוחד בקווי תאי מקרופאגים, שיכולים לעבור התמיינות ולהפוך למאתגרים לטרנספקציה, מספר מעבר נמוך של קו התאים RAW264.7 שימש להתמרה28. מספרי מעבר תאים עשויים גם להיות גורם קריטי ביעילות הטרנספקציה. מספר מעבר גבוה עלול להוביל להעברה לא יעילה29. Dox הוא הגורם המועדף למערכת ההשראות Tet-ON בגלל יעילות הקישור הגבוהה שלו ל-TetR, פיזור רקמות חיובי, רעילות נמוכה וזמן מחצית חיים של 24 שעותו-30. לאחר הטרנספקציה, תאים הושרו עם dox במשך 24 שעות, והם נצפו עבור ביטוי GFP. עבור תאי RAW264.7, ריכוז הדוקס המשמש להשראת מעגל סינתטי היה 1 מיקרוגרם/מ"ל אשר נופל בטווח המומלץ של 1-2 מיקרוגרם/מ"ל31 (הנתונים אינם מוצגים). עם זאת, הרגולציה של ריכוז SDHA לאחר האינדוקציה לא נקבעה. באופן כללי, הקביעה והסטנדרטיזציה של מספר מעבר התא, DNA: ריכוז PEI, ריכוז סמן בחירת טרנספקציה של יונקים וריכוז השראת דוקסיציקלין הם גורמים מכריעים בתהליך הטרנספקציה.

בעקבות השראת המעגל הסינתטי לאחר ההדבקה בנקודות זמן שונות, נצפתה ירידה משמעותית בעומס הטפיל התוך-תאי. השוואה של עומסי הטפילים בין דגימות נגועות לדגימות IMTI חשפה עומס נמוך יותר בתאים המושרים עם המעגל הסינתטי, ככל הנראה מיוחס לביטוי SDHA. מכיוון שביטוי SDHA קשור לייצור NO, תאי IMTI נצפו כבעלי צורה מורפולוגית לא סדירה ומחוספסת, המתרחשת בקו התאים RAW264.7 כאשר NO מיוצר32. רמות IL-10 ו- IL-12 לאחר זיהום של 6 שעות היו הגבוהות ביותר מכיוון שדווח כי שני הציטוקינים מווסתים בנקודת זמן זו, אשר עוברת שינוי פנוטיפי נוסף כדי לייצר IL-10 יותר מאשר IL-1219. מכיוון שרמות IL-10 ו- IL-12 לא שינו באופן משמעותי לאחר הטרנספקציה, ובדגימות IMTI בוצע פרופיל ציטוקינים כדי לזהות תגובות ציטוקינים מעודדות ואנטי דלקתיות.

רמות ביטוי של TNF-α, IFN-γ ו- TGF-β זוהו בדגימות IMTI של 6 שעות, IMT ו- 24 שעות. כדי לחסל טפילים תוך-תאיים, TNF-α ו-IFN-γ חיוניים בעיקר מכיוון שהם גורמים להתפרצויות חמצון באמצעות ייצור NO. מקרופאגים מקוטבים M2 מבטאים TGF-β, אשר מוריד ציטוקינים מעודדי דלקת33. דגימת IMTI של 24 שעות הראתה ביטוי מוגבר של TNF-α ו- IFN-γ מאשר TGF-β, מה שמרמז על כך שהמקרופאגים, לאחר העברה וזיהום עם L. major, עשויים היו מקוטבים לפנוטיפ מבטא ציטוקינים פרו-דלקתיים. המחקר, אם כן, מספק תובנה לגבי השינויים הפנוטיפיים הנגרמים על טרנספקציה עם מעגל סינתטי ומדגיש את דינמיקת הזיהום. ניתן לחקור את ההשפעה של המעגלים הסינתטיים כטיפוליים, שכן האינדוקציה שלהם הגדילה את ביטוי הציטוקינים הפרו-דלקתיים באופן משמעותי בהשוואה לציטוקין אנטי דלקתי. לפיכך, המחקר לא רק ביסס את צנרת הבנייה וההולכה של מעגלים סינתטיים, אלא גם הוכיח את הפוטנציאל הטיפולי שלו במודל לישמניאזיס באמצעות הגברת הרגולציה של ציטוקינים פרו-דלקתיים בתאים מארחים מאותגרי לישמניה.

גילויים

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

למחברים אין מה לחשוף.

תודות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

המחברים רוצים להודות למנהל המועצה למחקר וחדשנות ביוטכנולוגיה - המרכז הלאומי למדעי התא (BRIC-NCCS), פונה על התמיכה במחקר שלנו ובמתקן הביואינפורמטיקה BRIC-NCCS.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
10 μ טיפים LTarson521050
10X מאגר הגבלהBioLabsR0146Sהגבלת עיכול
1 מ"ל טיפיםTarson521016
1 מ"ל צינורEppendorf30121023
200 μ L טיפיםTarson521010
25cm2 בקבוקקורנינג430639לתרבית תאים
4',6-diamidino-2-phenylindoleThermoFischer ScientificD1306מכתים גרעיניים
50 מ"ל צינורCorning352070
60 מ"מ לוחותFalcon353002
6X TrackIt מאגרטעינה ציאן/כתוםThermoFischer Scientific10488085טעינת דגימות עבור AGE
96 באר כיסוי צלחת תחתונהThermoFischer Scientific160376להדמיה קונפוקלית וטרנספקציה
96 באר מיקרו צלחת בדיקה שטוחה Tarson941196
AgaroseSigmaA9539עבור AGE
Agarose ג'ל אלקטרופורזהמכלול GeNei93עבור AGE
זרימה למינרית חיידקיתESCO Lifesciences2120765לטרנספורמציה
סידן כלוריMerckC4901הכנת חוצץ / מגיב
תרבית תאים זרימת אוויר למינריתThermoFischer Scientific1323TSלתרבית תאים
מגרד תאיםGenetix90020לתרבית
תאים מפזר תאיםפישר 12822775
מדעית לצינורות 1.5 מ"לEP5404000537אפנדורף
לבז 50 מ"לThermoFischer Scientific75004210
כלורופרומיפישר סיינטיפיק67-66-3לחממת CO2 לבידוד RNA
ThermoFischer Scientific3110לתרבית תאים
CuvetteEppendorf6138000018אומדן ריכוז הפלסמיד
CYTIVA IQ 500 מצלמת ג'לCytiva29655893עבור AGE
DEPC מטופל H2O 1000 מ"לThermoFischer Scientific750023לבידוד RNA
דוקסיציקליןMerck33429לאינדוקציה של תאים מועברים
, בלוק חימום יבשLabnetלטרנספורמציה והשבתה של אנזימי הגבלה
Dulbecco's Modified Eagle Mediumהמרכז הלאומי למדעילתרבית תאים
אתנולסיגמא-אולדריץ'1.00983הכנת חוצץ / ריאגנט
אתידיום ברומידסיגמאE7637עבור AGE
אתילנדיאמין חומצה טטראצטיתFischer Scientific12635Buffer / הכנת ריאגנטים
מיקרוסקופ Evos brightfieldThermoFischer ScientificAMEX1000
ExPasyhttps://web.expasy.org/translate/לבניית מעגל סינטטי
סרום בקר עובריGibco16000-044לתרבית תאים
תוכנת FV31S-SWOlypmusרכישת תמונה
GeneticinGibco1563411לטרנספקציה
שיטת הרכבה גיבסון לשיבוטBIOMATIKבניית מעגל סינטטי
Graphpad פריזמהGraphpadניתוח סטטיסטי
ערכת שעתוק הפוך cDNA בקיבולת גבוההThermoFischer Scientific4368814לסינתזת cDNA
איזופרופנולפישר סיינטיפיק13825הכנת חוצץ/ריאגנט
KanamycinSigma60615לטרנספורמציה ובחירת מושבה
מרק לוריא ברתיניHimediaM1245לתרבית E.coli
מגנזיום כלורידFischer ScientificBP214הכנת חוצץ/ריאגנט
מיקרו פילט מיקרופילט זרימת אוויר למינרית אנכיתמיקרופילט
MicroAmp מהיר 8 צינורות רצועה, 0.1 מ"לThermoFischer 4358293 מדעיעבור qRT-PCR
מיקרו אמפר אופטי 8-כובע רצועותThermoFischer Scientific4323032עבור qRT-PCR
מיקרוגלתנור LGMC-7649DWעבור AGE
Mm00434228_m1 (IFN-γ)ThermoFischer Scientific4331182Taqman בדיקות
Mm00443258_m1 (TNF)ThermoFischer Scientific4331182Taqman בדיקות
Mm01321739_m1(TGFB)ThermoFischer Scientific4331182Taqman בדיקות
עכבר ELISA Kit IL-10ThermoFischer ScientificBMS614עבור ELISA
עכבר ELISA Kit IL-12ThermoFischer ScientificBMS616עבור ELISA
Multiskan Sky עם מסך מגע + μ צלחת טיפהThermoFischer Scientific51119600DPעבור ELISA
MX-M מיקסרים מיקרופלייט 96 בארות תרבית תאים מיקסר צלחת מתכוונן 0-1500 סל"ד מעבדה שייקר מערבלDIAB
המרכז הלאומי לביוטכנולוגיה מידעhttps://www.ncbi.nlm.nih.govלבניית מעגל סינטטי
תא נויבאוארמרינפלד מעולה640010לספירת תאים
לא מאוורר 25 ס"מ2 בקבוקקורנינג353014לטיפוח טפיל
NotIBioLabsR3189Mאנזים הגבלה
ללא נוקלאזBiodesign1QIAהכנת ריאגנטים
תא אולימפוס סנס מימד שולחן עבודה 2.3 תוכנתOlypmusעיבוד תמונה
אולימפוס FV 3000אולימפוסלהדמיה קונפוקלית
מדיה OPTI-MEMGibco31985070מדיה לטרנספקציה
וקטור pEGFP-N1 משובט עם מעגל סינטטיBiomatik
פניציליןThermoFischerScientific 15070063לתרבית תאים
פוליאתילנימיןMERCK764965לטרנספקציה
אשלגן אצטטפישר ScientificYBP364500 הכנת מאגר / ריאגנט
אשלגן כלוריפישר ScientificBP366הכנת מאגר / ריאגנט
אשלגן פוספט מונו-בסיסיסיגמאP5655הכנת מאגר / ריאגנט
חבילת אספקת חשמלBIORAD1645070לרישום AGE
של חלקים ביולוגיים סטנדרטייםhttps://parts.igem.org/Main_Pageלבניית מעגל סינטטי
RNAiso PlusTakara38220090לבידוד
RNA RNase AThermoFischer Scientific12091021 Buffer / Reagent
Institute Roswell Park Memorial Institute MediumNational Center for Cell Science לטיפוח
חממת שייקרטפילים REMICIS 24 plusלתרבית E.coli
נתרן כלוריQualigensQ27605הכנת מאגר / ריאגנט
נתרן דודציל סולפטסיגמא-אולדריץ' L3771הכנת חוצץ / ריאגנט
נתרן הידרוקסידפישר סיינטיפיק15895הכנת מאגר / מגיב
נתרן פוספט דו-בסיסיסיגמאS5136מאגר / מגיב הכנה
ספקטרופוטומטראפנדורףאומדן ריכוז פלסמיד
ספין וויןטרסון1020
StepOne פלוס מערכת PCR בזמן אמתטכנולוגיות חיים272006777עבור qRT-PCR
תוכנת StepOne גרסה 2.3טכנולוגיותחיים עבור qRT-PCR
TaqMan מהיר אוניברסלי PCR מאסטר מיקס (2X), ללא AmpErase UNGThermoFischer Scientific4366072
תאבנייה וסימולציה של מעגלים סינתטיים
TrackIt 1 Kb Plus סולם DNAThermoFischer Scientific10488085עבור AGE
Tris (הידרוקסימתיל) אמינומתאן הידרוכלורידHimediaMB029הכנת מאגר / ריאגנט
Tris-acetate-EDTASERVA42549.1הכנת חוצץ / ריאגנט
טריפן כחולסיגמאT8154לספירת תאים
XhoIBioLabsR0146Sאנזים הגבלה
צנטריפוגה צנטריפוגה התא מים טינקר

מקורות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Chen, J. Y., Zhou, J. K., Pan, W. Immunometabolism: Towards a better understanding the mechanism of parasitic infection and Immunity. Front Immunol. 12, 661241(2021).
  2. Ferreira, C., Estaquier, J., Silvestre, R. Immune-metabolic interactions between Leishmania and macrophage host. Curr Opin Microbiol. 63, 231-237 (2021).
  3. Ty, M. C., Loke, P., Alberola, J., Rodriguez, A., Rodriguez-Cortes, A. Immuno-metabolic profile of human macrophages after Leishmania and Trypanosoma cruzi infection. PloS one. 14 (12), e0225588(2019).
  4. Horácio, E. C. A., Hickson, J., Murta, S. M. F., Ruiz, J. C., Nahum, L. A. Perspectives From systems biology to improve knowledge of Leishmania drug resistance. Front Cell Infection Microbiol. 11, 653670(2021).
  5. Khandibharad, S., Singh, S. Immuno-metabolic signaling in leishmaniasis: insights gained from mathematical modeling. Bioinfo Adv. 3 (1), vbad125(2023).
  6. Mandlik, V., Limbachiya, D., Shinde, S., Mol, M., Singh, S. Synthetic circuit of inositol phosphorylceramide synthase in Leishmania a chemical biology approach. J Chem Biol. 6 (2), 51-62 (2013).
  7. Khandibharad, S., Singh, S. Synthetic biology for combating leishmaniasis. Front Microbiol. 15, 1338749(2024).
  8. Volpedo, G., et al. The history of live attenuated centrin gene-deleted Leishmania vaccine candidates. Pathogens. 11 (4), 431(2022).
  9. Almeida, F. S., et al. Leishmaniasis: Immune cells crosstalk in macrophage polarization. Trop Med Infect Dis. 8 (5), 276(2023).
  10. Duarte, M., et al. Leishmania type II dehydrogenase is essential for parasite viability irrespective of the presence of an active complex I. Proc Natl Acad Sci U S A. 118 (42), e2103803118(2021).
  11. Verma, A., et al. Transcriptome profiling identifies genes/pathways associated with experimental resistance to paromomycin in Leishmania donovani. Int J Parasitol Drugs Drug Resist. 7 (3), 370-377 (2017).
  12. Bolintineanu, D. S., et al. Investigation of changes in tetracycline repressor binding upon mutations in the tetracycline operator. J Chem Eng Data. 59 (10), 3167-3176 (2014).
  13. Yang, J., et al. A synthetic circuit for buffering gene dosage variation between individual mammalian cells. Nat Comm. 12 (1), 4132(2021).
  14. Verbič, A., Praznik, A., Jerala, R. A guide to the design of synthetic gene networks in mammalian cells. FEBS J. 288 (18), 5265-5288 (2021).
  15. Gasteiger, E., et al. ExPASy: The proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis. Nuc Acid Res. 31 (13), 3784-3788 (2003).
  16. Lee, P. Y., Costumbrado, J., Hsu, C. Y., Kim, Y. H. Agarose gel electrophoresis for the separation of DNA fragments. J Vis Exp. (62), (2012).
  17. Rabhi, I., et al. Transcriptomic signature of Leishmania infected mice macrophages: a metabolic point of view. PLoS Negl Trop Dis. 6 (8), e1763(2012).
  18. Renkema, G. H., et al. SDHA mutations causing a multisystem mitochondrial disease: novel mutations and genetic overlap with hereditary tumors. Eur J Human Gene. 23 (2), 202-209 (2015).
  19. Khandibharad, S., Singh, S. Artificial intelligence channelizing protein-peptide interactions pipeline for host-parasite paradigm in IL-10 and IL-12 reciprocity by SHP-1. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 1868 (10), 166466(2022).
  20. Khandibharad, S., Singh, S. Single-cell ATAC sequencing identifies sleepy macrophages during reciprocity of cytokines in L. major infection. Microbiol Spectr. 12 (3), e0347823(2024).
  21. Costello, A., Badran, A. H. Synthetic biological circuits within an orthogonal central dogma. Trend Biotechnol. 39 (1), 59-71 (2021).
  22. Cooling, M. T., et al. Standard virtual biological parts: a repository of modular modeling components for synthetic biology. Bioinformatics. 26 (7), 925-931 (2010).
  23. Brophy, J. A. N., Voigt, C. A. Principles of genetic circuit design. Nat Meth. 11 (5), 508-520 (2014).
  24. Chan, V. W., Dreolini, L. F., Flintoff, K. A., Lloyd, S. J., Mattenley, A. A. The effect of increasing plasmid size on transformation efficiency in Escherichia coli. , (2002).
  25. Rouches, M. V., Xu, Y., Cortes, L. B. G., Lambert, G. A plasmid system with tunable copy number. Nat Comm. 13 (1), 3908(2022).
  26. Li, P., He, Y., Zhang, J., Fang, C. Zinc-dependent metalloprotease 1 promotes apoptosis of RAW264.7 macrophages. Chinese J Cell Mol Immunol. 31 (12), 1585-1587 (2015).
  27. Stein, S. C., Falck-Pedersen, E. Sensing adenovirus infection: activation of interferon regulatory factor 3 in RAW 264.7 cells. J Virol. 86 (8), 4527-4537 (2012).
  28. Cheung, S. T., Shakibakho, S., So, E. Y., Mui, A. L. F. Transfecting RAW264.7 cells with a luciferase reporter gene. J Vis Exp. (100), (2015).
  29. Fus-Kujawa, A., et al. An overview of methods and tools for transfection of eukaryotic cells in vitro. Front Bioeng Biotechnol. 9, 701031(2021).
  30. Das, A. T., Tenenbaum, L., Berkhout, B. Tet-On systems for doxycycline-inducible gene expression. Curr Gene Ther. 16 (3), 156-167 (2016).
  31. De Boeck, J., Verfaillie, C. Doxycycline inducible overexpression systems: how to induce your gene of interest without inducing misinterpretations. Mol Biol Cell. 32 (17), 1517-1522 (2021).
  32. Wu, L., et al. 5-Methoxyl Aesculetin abrogates lipopolysaccharide-induced inflammation by suppressing MAPK and AP-1 pathways in RAW 264.7 Cells. Int J Mol Sci. 17 (3), 315(2016).
  33. Tomiotto-Pellissier, F., et al. Macrophage polarization in Leishmaniasis: Broadening horizons. Front Immunol. 9, 2529(2018).

הדפסות חוזרות והרשאות

בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה

בקש הרשאה

תגיות

Leishmania

מאמרים קשורים