רוב הפתוגנים החיידקיים חייבים להיתקל במטריצה החוץ-תאית (ECM) של המארח במהלך פלישה והתפשטות לאיברי מטרה במהלך פתוגנזה. קולגן מהווה את המרכיב העיקרי ב-ECM של רקמות בעלי חיים1. ג'לטינזות הן קבוצה של פרוטאזות הפועלות על קולגן וצורתו ההידרוליזה, ג'לטין. פירוק ה-ECM מבוצע בעיקר על ידי קבוצה של פרוטאזות, הכוללת קולגנאזות וג'לטינאזות 2,3. פתוגנים חיידקיים משתמשים בקולגנאזות וג'לטינאזות כדי לעצב מחדש או לפרק את ה-ECM המארח לנוחיותם בפלישה ופתוגנזה 4,5. אנזימים מפרקי ECM חיידקיים הם מועמדים פוטנציאליים למיקוד חיסונים ותרופות5.
פרוטאזות חיידקיות נמצאות בצורות הפרשה וקשורות לממברנה 6,7,8,9. שיטות רבות למיצוי אנזימים תאיים אינן יעילות לבידוד ג'לטינזות חיידקיות וקולגנאזות הקשורות לממברנה, מכיוון שתהליכים אלה עשויים שלא לשמר ביעילות את הצורה המקורית של חלבונים הקשורים לממברנה. באופן דומה, ישנן שיטות ספציפיות לממברנה שמחלצות רק פרוטאזות וג'לטינאזות קשורות לממברנה. שיטות מיצוי קונבנציונליות עבור חלבונים כוללים, כולל חלבוני ממברנה, כוללות לרוב חומרי ניקוי ויונים כאוטרופיים, שיכולים להשפיע על הפעילות האנזימטית. הליך מיצוי השומר על פעילות האנזים ומסיסותו חיוני להפרדה אלקטרופורטית ומאפשר פיתוח זימוגרפיה לאיתור פעילות פרוטאז.
נתרן דאוקסיכולאט, חומר ניקוי יוני שיכול ליזוק תאים על ידי שיבוש קרום התא, מאפשר שחרור של תכולת התא וחלבון הממברנה. החומצה 6-אמינוקפרואית יכולה להמיס את חלבון הממברנה המשוחרר בצורתו המקורית. למסיסות על ידי חומצה 6-אמינוקפרואית יש יתרון בכך שהיא אינה משפיעה על אלקטרופורזה. כאן, אנו מדגימים מיצוי של חלבונים חיידקיים תאיים וממברנים באמצעות נתרן דאוקסיכולט וחומצה 6-אמינוקפרואית, ומייצבים אותם בצורתם המסיסה המקורית 10,11,12. שיטה זו מסיסה ביעילות חלבונים מהתא ומהממברנה שניתן להשתמש בהם ישירות מבלי להפריע לאלקטרופורזה13,14. ניתן לבצע אפיונים אנזימטיים שונים על ידי החלפת מעכבי הפרוטאז ויוני המתכת המשמשים במאגר ההפעלה, בהתאם ליישום.