מאמר שיטה

ניתוח פרמקולוגי ברשת של נוסחאות TCM בהתבסס על אונטולוגיה של תסמונת ופלטפורמת מחשוב אסוציאציות כמותית רב-ממדית

622 צפיות

⸱

DOI:

10.3791/68026

⸱

22 באוגוסט 2025

 ,  ,  ,  ,  ,  ,  , 
1West China Second Hospital, Sichuan University, 2Key Laboratory of Birth Defects and Related Diseases of Women and Children (Sichuan University), Ministry of Education, 3West China School of Clinical Medicine, Sichuan University, 4Guangdong Pharmaceutical University, 5The first affiliated hospital of Guangdong Pharmaceutical University, 6Panyu Hospital of Chinese Medicine

* These authors contributed equally

במאמר זה

סיכום

אנו מציעים שיטת בניית רשת "נוסחה-מרכיב-מטרה-מסלול-תסמונת-מחלה" המבוססת על פלטפורמת SoFDA, פרמקולוגיה של רשת ורפואה סינית מסורתית (TCM). בהשוואה לשיטות הפרמקולוגיה הפופולריות כיום, רשת זו משלבת את האלמנט הקריטי של התסמונת, המגלם את העיקרון הבסיסי של התמיינות תסמונת ברפואה הסינית המסורתית.

תקציר

שיטות פרמקולוגיה של הרשת הנוכחית לנוסחאות TCM חוזות חומרים פעילים פוטנציאליים ומנגנוני פעולה למחלות ספציפיות על ידי בניית רשת נוסחה-מרכיב-מטרה-מסלול-מחלה.

התמיינות וטיפול בתסמונת, עקרון ליבה של הרפואה הסינית המסורתית, מגלמת את הגישה ההוליסטית והדינמית שלה, תוך שימת דגש על שונות אינדיבידואלית והתקדמות המחלה. על ידי שילוב מאפייני התסמונת ברשת זו, החוקרים יכולים לפתח תרופות מרובות מטרות המותאמות לכל שלב במחלה, המאפשרות טיפול מדויק ומותאם אישית. האונטולוגיה של תסמונת הרפואה הסינית המסורתית ופלטפורמת המחשוב הכמותית הרב-ממדית (SoFDA) מאפשרות שילוב של תסמונות TCM בניתוח פרמקולוגיה ברשת.

במחקר זה, השתמשנו במרתח Lingguizhugan (פורמולה) כדוגמה כדי להדגים את יישומו בטיפול בהשמנת יתר עם תסמונת מחסור ביאנג ותסמונת רטיבות-ליחה (תסמונות). זיהינו תחילה את המרכיבים הפעילים העיקריים ממסד הנתונים של TCMSP. לאחר מכן בנינו רשת המקשרת בין מחלות, תסמונות, גנים ומסלולי איתות באמצעות SoFDA. לבסוף, שילבנו את הנתונים הללו כדי לבנות רשת נוסחה-מרכיב-מטרה-מסלול-תסמונת-מחלה.

מבוא

על ידי שילוב הרעיון של טיפול דיאלקטי ברפואה הסינית ושימוש בפלטפורמת SoFDA 1,2, חקרנו גישה חדשה של פרמקולוגיה רשתית, כלומר, פרמקולוגיה אינטגרטיבית, לבניית דיאגרמת רשת של נוסחה-תרופה-מטרה-מסלול-תסמונת-מחלה של פורמולציות הרפואה הסינית.

בהשוואה לשיטות הפרמקולוגיה הפופולריות ברשת בשנים האחרונות, שיטה זו משלבת את אלמנט התסמונת ברפואה הסינית המסורתית. ראיות, או תסמונת, הוא אחד המושגים הייחודיים של הרפואה הסינית המסורתית, והוא הכללה של התכונות הפתולוגיות של מחלה בשלב מסוים בהתפתחותה.

תסמונת היא דרך האבחון והטיפול הבסיסית ברפואה הסינית. ישנן מספר תסמונות למחלה, וככל שהמחלה מתרחשת, מתפתחת ונרפאת, התסמונת תשתנה בהתאם.

מטפלים ברפואה סינית מסורתית ישתמשו בנוסחאות שונות כדי לטפל בתסמונות שונות. לכן, שילוב התסמונת בפרמקולוגיה של הרשת הוא צעד חשוב במחקר התיאורטי המקורי ובשיפור המתודולוגי של הרפואה הסיניתהמסורתית 3,4.

פלטפורמת המחשוב של תסמונת TCM אונטולוגיה וכמותית רב-ממדית (SoFDA) היא פלטפורמת קוד פתוח שפותחה על ידי האקדמיה הסינית לרפואה סינית מסורתית 1,2. זהו האוסף הזמין הראשון של אונטולוגיה של תסמונת הרפואה הסינית המסורתית (TCM), כלי סיווג התסמונת, וקשרי התכונות הקשורים למחלות ומרשמים לחקירת הקשרים הפתולוגיים והמנגנונים הטיפוליים.

הוא מעריך את רמות האסוציאציה של תסמונת-תסמונת, תסמונת-מחלה, תסמונת-נוסחה ותסמונת-מחלה-נוסחה, באמצעות חישוב הסימפטום, גן המטרה, פריט האונטולוגיה של הגן המועשר, המסלול והדמיון המבוסס על מודול הרשת וצפיפות הרשת, ומשתמש עוד יותר במגוון סוגי הדמיה, כגון מפת חום, רשת רב-שכבתית ותצוגה מופרכת, כדי להמחיש את תוצאות חישוב האסוציאציה.

המסלול הבסיסי הנוכחי לניתוח פרמקולוגי ברשת הוא בערך כדלקמן: הצעד הראשון הוא אחזור מסדי נתונים של TCM/צמחי מרפא, מסדי נתונים של מטרות מחלות ומאגרי יעדי מחלות כדי לאסוף נוסחאות TCM/מרכיבי צמחים/כימיקלים, מטרות של כימיקלים ומחלות. מסד הנתונים של אינטראקציות חלבון משמש לאחר מכן להרחבה וניתוח של אינטראקציה בין חלבון לחלבון (PPI). התוצאות מאומתות לבסוף במבחנה, in vivo או in silico.

תוצאות הסייברפרמקולוגיה מוצגות כתרופות צמחיות/פורמולציה-גן-מסלול-מרכיב-מחלה מודרנית, ומטרתה הסופית היא לחזות את הבסיס ומנגנון הפעולה של פורמולות הרפואה הסינית המסורתית. על מנת לחשוף עוד יותר את הבסיס החומרי, מנגנון הפעולה ותיאוריית התכונות הרפואיות של הרפואה הסינית המסורתית, בחרנו להכניס את פלטפורמת ה-SoFDA לסייברפרמקולוגיה. אנו קוראים לשיטת ניתוח פרמקולוגית ממוחשבת זו, המביאה למרשם-תרופה-מטרה-מסלול-תסמונת-מחלה, פרמקולוגיה משולבת 1,2.

השמנת יתר כמחלת כבד כרונית נפוצה ברחבי העולם, מטילה נטל כלכלי עצום על החברה העולמית.

בתפיסת הרפואה הסינית המסורתית, השמנת יתר היא מחלה מורכבת עם תסמונות של מחסור ביאנג, תסמונת ליחה-ליחה, טחול וקיבה
תסמונת המחסור, ותסמונת קיפאון הדם וכו' 5,6. לכן ראוי לאמץ את הטיפול של חיזוק היאנג צ'י, פתרון ליחה ורטיבות וויסות האיברים הקרדינליים7.

מרתח לינגוויז'וגן (Fuling, Guizhi, Baizhu, Gancao, יחס מסה 4:3:3:2) נגזר מהיסודות של תא הזהב, והוא יעיל בטיפול בהשמנת יתר באמצעות פרקטיקה קלינית. זה נקרא גם FU LING GUI ZHI BAI ZHU GAN CAO TANG בסינית.

בפרוטוקול הבא, נדגים את השימוש בניתוח פרמקולוגי מרושת חדשני מבוסס SoFDA של פורמולות צמחים סיניות (פרמקולוגיה משולבת) במרתח Lingguizhugan לטיפול בתסמונת חסר יאנג ותסמונת רטיבות-ליחה בהשמנת יתר. נדגים את המתודולוגיה על ידי ביצוע ניתוח רשת של מרכיבים, מטרות ומסלולים של מרתח לינגוויז'וגן לטיפול בתסמונת מחסור ביאנג שומני לא אלכוהולי ותסמונת רטיבות-ליחה.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

אם ניקח כדוגמה מרתח Lingguizhugan לטיפול ב"תסמונת חסר יאנג" ו"תסמונת רטיבות-ליחה" של השמנת יתר בטנית. מרתח Lingguizhugan מורכב מ-4 עשבי תיבול: Poria cocos (Fuling), Cinnamomi ramulus (Guizhi), Rhizoma Atractylodis macrocephalae (Baizhu), Glycyrrhizae radix et Rhizoma (Gancao). אתר האינטרנט של פלטפורמת SoFDA הוא http://www.tcmip.cn/Syndrome/front/#/. אתר האינטרנט של מאגר הפרמקולוגיה של מערכות הרפואה הסינית המסורתית (TCMSP) הוא https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php

1. סינון החומרים הפעילים של הפורמולה

  1. גישה למסד הנתונים של פלטפורמת הפרמקולוגיה של מערכות הרפואה הסינית המסורתית (TCMSP)8 .
  2. הזן Fuling, Guizhi, Baizhu ו- Gancao, בהתאמה, תחת העמודה שם עשב ולאחר מכן לחץ על חיפוש.
  3. לחץ על הלחצן לצד OB, בחר גדול או שווה ל תחת הצג פריטים עם ערך זה:, והזן 30.00 בעמודת המספר שלהלן.
  4. לחץ על לחצן הסינון של DL, בחר גדול או שווה ל- תחת הצג פריטים עם ערך זה:, והזן 0.18 בעמודת המספר שלהלן.
    הערה: סקר זמינות ביולוגית דרך הפה (OB) ≥ 30% ותכונות דמויות תרופה (DL) ≥ 0.18 מרכיבים כימיים של 4 צמחי המרפא 2,8 בהתאם לספיגה, פיזור, חילוף חומרים והפרשה (ADME)9,10.
  5. העתק את השמות המולקולריים של המרכיבים הכימיים המוקרנים של ארבעת צמחי המרפא פולינג, גווי-ג'י, באיז'ו וגנקאו, ברצף, והדבק אותם בגיליון אלקטרוני כדי לסכם אותם בטבלה.

2. סינון מטרות של הפורמולה, התסמונות והמחלות

  1. היכנס לפלטפורמת SoFDA, בחר איגוד מחלה-תסמונת-נוסחה בעמודה הערכת אסוציאציה .
    הערה: המונח רמת אסוציאציה מקיף חמש קטגוריות: שונה לחלוטין, נמוך, בינוני, גבוה וזהה. בחירה בזהה, גבוה ובינוני מצביעה על רמה גבוהה ובינונית של מתאם בין פריט האסוציאציה לבין המחלה או פורמולת הצמחים, בהתאמה. ככל שהמתאם של פריט האסוציאציה עם המחלה או הפורמולה הצמחית גדול יותר, כך תוצאות הניתוח יהיו מדויקות יותר. לכן יש לבחור זהה, גבוה ובינוני.
  2. בתת-הקבוצה של מחלה-תסמונת-נוסחה עם אותה מחלה, בחר השמנת יתר כמחלה. בחר תסמונת חסר יאנג ותסמונת רטיבות-ליחה לתסמונת. בחר תסמין ראשי ומשני עבור סימפטום.
  3. בחר בפריט גנים הקשורים לתסמינים עבור שיוך. בחר זהה, גבוה ובינוני עבור רמת שיוך. בחר FU LING GUI ZHI BAI ZHU GAN CAO TANG / נוסחה 134 עבור הנוסחה.
    הערה: על ידי הזנת השמנת יתר בטנית בסרגל החיפוש של המחלה בפלטפורמת SoFDA, מתקבלות שתי תוצאות: השמנת יתר בטנית-תסמונת מטבולית 1/ABD014 והשמנת יתר בטנית-תסמונת מטבולית 3/ABD013. שני סוגי ההשמנה מאופיינים בהשמנת יתר בטנית, אך הם נבדלים זה מזה במתחמי הסימפטומים שלהם. תסמונת 3 קשורה לתסמינים: אוטם שריר הלב, השמנת יתר טרונקלית, היפרכולסטרולמיה, היצרות עורקים כליליים, השמנת יתר בטנית, תורשה אוטוזומלית דומיננטית, יתר לחץ דם, שבץ מוחי, ואילו תסמונת 1 קשורה ל: תורשה אוטוזומלית דומיננטית, יתר לחץ דם, השמנת יתר בטנית. לכן, תסמונת 1 נבחרה לניתוח עוקב.
  4. לחץ על שלח ולאחר מכן קבל את קבוצת הגנים הקשורים לתסמונת חסר יאנג, תסמונת רטיבות-ליחה, השמנת יתר בטנית ופורמולה.
  5. לחץ על תסמונת מחסור ביאנג ותסמונת רטיבות-ליחה, בהתאמה, העתק את הגנים הקשורים לתסמינים ראשוניים ומשניים של שתי התסמונות ושמור אותם בקבצים.
  6. גש לאתר המקוון של STRING, לחץ על קטע החלבונים המרובים בצד שמאל, והזן את הגנים המתקבלים משתי התסמונות בשלב 2.2 בתיבת החיפוש. בחר הומו ספיינס עבור האורגניזמים, ולאחר מכן לחץ על חיפוש-המשך כדי לקבל את דיאגרמת הרשת אינטראקציה בין חלבון לחלבון (PPI). בקטע ההגדרות, בחר את ליבת ציון הביטחון הגבוה (0.700), ולבסוף ייצא את קבצי ה-TSV בנפרד 11,12.
  7. הפעל את תוכנת Cytoscape, לחץ על קובץ > ייבא רשת > מקובץ כדי לפתוח את קובץ ה- TSV שהושג בשלב הקודם בתוך Cytoscape. לאחר מכן, תחת סגנון הכרטיסייה של התוכנה, התאם אישית את הגדרות הצבע והפריסה עבור רשת PPI. לבסוף, לחץ על קובץ > ייצוא > ייצוא לתמונה כדי לקבל את דיאגרמת הרשת הסופית של PPI.

3. חיזוי פונקציונלי

  1. עבור לסעיף העשרה תפקודית של גנים נפוצים/מודול רשת בקרב תסמונות נלוות-מחלות-נוסחאות בפלטפורמת SoFDA.
  2. בחר תהליך ביולוגי, מרכיב תאי, תפקוד מולקולרי ומסלול ראקטום תחת סוג העשרה.
  3. לחץ על שלח כדי לקבל את התוצאות.
  4. לחץ על כפתור ↓ בפינה השמאלית התחתונה של התמונה כדי להוריד את קבצי הגיליון האלקטרוני הקשורים לתהליך ביולוגי, רכיב סלולרי, תפקוד מולקולרי ומסלול reactome.
  5. לאחר סיום הבחירה, לחץ על שלח כדי לראות את מודול ההעשרה התפקודית של גנים נפוצים/רשת בין מודול תסמונות-מחלות-נוסחאות קשורות, הנתונים של גרף התהליך הביולוגי (BP), הרכיב התאי (CC), תיאור התפקוד המולקולרי (MF) ומסלול ה-reactome מורדים כולם.
  6. פתח את האתר המקוון של Wei Sheng Xin (https://www.bioinformatics.com.cn/), בחר את הסרגל עם עמודת שיפוע הצבע , ולאחר מכן ייבא את נתוני המסלול BP, CC, MF ו-reactome שהתקבלו לאתר זה כדי לקבל את תרשים העמודות עם שיפוע צבע.

4. בניית רשת נוסחה-מטרה-מסלול-תסמונת-מחלה

  1. לאחר שלב 2.1, לאחר השלמת הבחירה, לחץ על עבור לרשת בתחתית העמוד הראשון והיכנס לעמוד השני.
  2. בחר תסמונת מחסור ביאנג ותסמונת רטיבות-ליחה לתסמונת. בחר סימפטום ראשוני ומשני לסימפטום ובחר השמנת יתר בטנית למחלה. בחר FU LING GUI ZHI BAI ZHU GAN CAO TANG / פורמולה 134 עבור הנוסחה. לאחר מכן, תחת הצג, בחר את כל מסלול המחלה, התסמונת, הנוסחה, הסימפטום והריקטום.
  3. לאחר מכן לחץ על שלח וקבל את דיאגרמת הרשת של נוסחה-יעד-מסלול-תסמונת-מחלה.

5. בניית רשת נוסחה-מרכיב-מטרה-מסלול-תסמונת-מחלה

הערה: בפלטפורמה של SoFDA, חיפוש אחר הנוסחה פוריה (פו לינג), זרד קינמון (Gui Zhi), מרתח Atractylodes Macrocephala (Bai Zhu) וליקוריץ (Gan Cao) אינו מניב את הרכיבים הפעילים העיקריים. לכן, מומלץ לאחזר רק את החומרים הפעילים העיקריים של פוריה, זרד קינמון, אטרקטילודים מקרוצפלה וליקוריץ ממאגר TCMSP. בצע את השלבים 1.1.3-1.1.4 כדי להשיג את החומרים הפעילים העיקריים של פוריה (פו לינג), זרד קינמון (גוי ג'י), אטרקטילודס מקרוצפלה (באי ג'ו) וליקוריץ (גן קאו). לאחר מכן, ייבא אותם לרשת הנוסחה-מטרה-מסלול-תסמונת-מחלה כדי ליצור את דיאגרמת הרשת פורמולה-מרכיב-מטרה-מסלול-תסמונת-מחלה . כתוצאה מכך, אין הטרוגניות נתונים בין מזהי גנים ומסלולים ב-SoFDA ו-TCMSP.

  1. הורד את נתוני הרשת של נוסחה-מטרה-מסלול-תסמונת-מחלה מפלטפורמת SoFDA שנוצרה על ידי סעיף 4 והכניס אותם לגיליון אלקטרוני.
  2. לאחר מכן, הוסף את החומרים הפעילים של מרתח Lingguizhugan המוקרן בסעיף 2 לגיליון אלקטרוני זה, ושנה את שם הגיליון האלקטרוני לרשת. צור גיליון אלקטרוני חדש נוסף בשם סוג כדי לשמור את הסוגים של כל צומת המיוצר בסעיף 4.
  3. פתח את תוכנת Cytoscape (סוג 3.9.1), לחץ על ייבוא רשת מקובץ כדי לייבא את קובץ הרשת ולחץ על ייבוא טבלה מקובץ כדי לייבא את קובץ הסוג . לאחר מכן, לחץ על כפתור הסגנון כדי להתאים ולשנות את רשת הנוסחה-מרכיב-מטרה-מסלול-תסמונת-מחלה 13.
  4. לחץ על יצא עם קובץ תמונה כפתור כדי לקבל את רשת הנוסחה-מרכיב-מטרה-מסלול-תסמונת-מחלה .

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

בחרנו 103 מרכיבים פעילים של ארבעה צמחי מרפא סיניים במרתח Lingguizhugan לפי קריטריונים של זמינות ביולוגית ≥30% ופרמקופור ≥0.18%. החומרים הפעילים העיקריים היו קוורצטין, קמפפרול, נרינגנין, β-סיטוסטרול, איסורהמנטין. זה עולה בקנה אחד עם מרכיבי המיצוי וההקרנה במעבדה של ג'יאנג ואחרים.14.

עבור תסמונת רטיבות-ליחה ותסמונת מחסור ביאנג של מרתח לינגוויז'וגן (איור 1), הושגו 328 מטרות עבור השמנת יתר בטנית עם תסמונת מחסור ...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

SoFDA הוא מסד הנתונים האונטולוגי הראשון בקוד פתוח לתסמונות TCM, עם הנתונים ותוצאות הניתוח שלו נגישים באופן מלא לציבור. אופי הקוד הפתוח הזה מספק לחוקרים גמישות רבה יותר. הפלטפורמה משתמשת במערכת הערכת אסוציאציות מבוססת דמיון, המשתמשת במדדי דמיון של ג'קארד או קוסינוס כדי להעריך כמותית את הקשרים בין אסוציאציות של תסמונת מחלה ותסמונת פורמולה. יכולת מידול דינמית זו מאפשרת ל-SoFDA לדמות טוב יותר את השינויים הדינמיים במחלות ותסמונות, בעוד ששיטות פרמקולוגיה מסורתיות של רשת מציעות בדרך כלל רק תוצא...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

לכל המחברים אין ניגודי אינטרסים.

תודות

מחקר זה נתמך על ידי מענקים מתוכנית המדע והטכנולוגיה של מחוז סצ'ואן (2024YFFK0158), הקרן הלאומית למדעי הטבע של סין (82104716), פרויקט תוכנית החדשנות לחינוך לתארים מתקדמים במחוז גואנגדונג (2022SFKC073) ופרויקט קרן מדעי הטבע של גואנגדונג (2023A1515220146).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
Cytoscape (סוג 3.9.1)המכון הלאומי לחקר הגנום האנושי (NHGRI) https://cytoscape.org/
מאגר הידע של אונטולוגיה גנטית (GO)משאבי ליבה ביולוגיים גלובלייםhttps://www.geneontology.org/
KEGG: אנציקלופדיית קיוטו לגנים וגנומיםמעבדות Kanehisahttps://www.genome.jp/kegg/
פלטפורמת SoFDAהאקדמיה הסינית למדעי הרפואה הסיניתhttp://www.tcmip.cn/Syndrome/front/#/
אתר STRING12.0קואליציית ביודאטה גלובלית? אליקסירhttps://cn.string-db.org/
פלטפורמת TCMSPג'ה-ג'יאנג Jiuwei בריאות ושות', בע"מhttps://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php
אתר האינטרנט המקוון של Wei Sheng Xinניוקורhttps://www.bioinformatics.com.cn/

מקורות

  1. Zhang, Y., et al. SoFDA: an integrated web platform from syndrome ontology to network-based evaluation of disease-syndrome-formula associations for precision medicine. Sci Bull. 67, 1097-1101 (2022).
  2. Liu, Y., et al. Ontology characterization, enrichment analysis, and similarity calculation-based evaluation of disease-syndrome-formula associations by applying SoFDA. iMeta. 2, e80(2023).
  3. Zhang, P., et al. Network pharmacology: towards the artificial intelligence-based precision traditional Chinese medicine. Brief Bioinform. 25 (1), bbad518(2023).
  4. Yue, W., et al. SDPR: Prescription recommendation with syndrome differentiation in traditional Chinese medicine. IEEE J Biomed Health Inform. 29 (5), 3736-3749 (2025).
  5. Zhang, C. H., et al. Mechanism and Basis of Traditional Chinese Medicine Against Obesity: Prevention and Treatment Strategies. Front. Pharmacol. 12, 615895(2021).
  6. Chen, Y. K., Liu, T. T., Teia, F. K. F., Xie, M. Z. Exploring the underlying mechanisms of obesity and diabetes and the potential of Traditional Chinese Medicine: an overview of the literature. Front Endocrinol. (Lausanne). 14, 1218880(2023).
  7. Luo, J., Shen, S., Xia, J., Wang, J., Gu, Z. Mitochondria as the Essence of Yang Qi in the Human Body. Phenomics. 2 (5), 336-348 (2022).
  8. Zhou, G., Feng, X., Tao, A. Explore the Lipid-Lowering and Weight-Reducing Mechanism of Lotus Leaf Based on Network Pharmacology and Molecular Docking. Evid. Based Complement. Alternat. Med. 2021, 1464027(2021).
  9. Dai, L., et al. Lingguizhugan Decoction, a Chinese herbal formula, improves insulin resistance in overweight/obese subjects with nonalcoholic fatty liver disease: a translational approach. Front Med. 16 (5), 745-759 (2022).
  10. Nie, W., et al. Comparison of pharmacokinetic profiles of seven major bioactive components in normal and nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) rats after oral administration of Ling-Gui-Zhu-Gan decoction by UPLC-MS/MS. Front Pharmacol. 14, 1174742(2023).
  11. Chen, L. P., et al. decoction ameliorates nonalcoholic fatty liver disease via modulating the gut microbiota. Microbiol Spectr. 12 (6), e0197923(2024).
  12. Liu, K., Yang, X., Zhang, G., Xiang, Z. Therapeutic effect and mechanism prediction of Fuzi-Gancao herb couple on nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) based on network pharmacology and molecular docking. Comb Chem High Throughput Screen. 27 (5), 773-785 (2024).
  13. Nogales, C., et al. Network pharmacology: curing causal mechanisms instead of treating symptoms. Trends Pharmacol Sci. 43 (2), 136-150 (2022).
  14. Tan, O. J., Loo, H. L., Thiagarajah, G., Palanisamy, U. D., Sundralingam, U. Improving oral bioavailability of medicinal herbal compounds through lipid-based formulations - A scoping review. Phytomedicine. 90, 153651(2021).
  15. Szklarczyk, D., et al. The STRING database in 2023: protein-protein association networks and functional enrichment analyses for any sequenced genome of interest. Nucleic Acids Res. 51, D638-D646 (2023).
  16. Xu, J., et al. Pharmacological mechanisms underlying the neuroprotective effects of Alpinia oxyphylla Miq. on Alzheimer's disease. Int J Mol Sci. 21, 2071(2020).
  17. Doncheva, N. T., et al. Cytoscape stringApp 2.0: Analysis and visualization of heterogeneous biological networks. J Proteome Res. 22 (2), 637-646 (2023).
  18. Chen, X. Y., Huang, C. F. Network pharmacology analysis of "Ling Gui Zhu Gan Decoction" in the treatment of obesity-associated non-alcoholic fatty liver disease. Pak J Pharm Sci. 38 (3), 1011-1021 (2025).
  19. Udhaya Kumar, S., et al. Involvement of Essential Signaling Cascades and Analysis of Gene Networks in Diabesity. Genes. (Basel). 11 (11), 1256(2020).
  20. Martínez-Reyes, I., Chandel, N. S. Mitochondrial TCA cycle metabolites control physiology and disease. Nat Commun. 11, 102(2020).
  21. Zhao, L., et al. Network pharmacology, a promising approach to reveal the pharmacology mechanism of Chinese medicine formula. J Ethnopharmacol. 309, 116306(2023).
  22. Li, M., Wang, L., Wu, Q., Zhu, J., Zhang, M. Diagnosis knowledge constrained network based on first-order logic for syndrome differentiation. Artif Intell Med. 147, 102739(2024).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה

בקש הרשאה

תגיות

LingguizhuganYang
הסרטון יגיע בקרוב

מאמרים קשורים