מאמר שיטה

משפחת סירטואין במחקר תאי גזע מזנכימליים במח עצם: ניתוח ביבליומטרי עם Web of Science ו-R

DOI:

10.3791/68913

⸱

30 בדצמבר 2025

 ,  , 
1Department of Prosthodontics, Tianjin Stomatological Hospital, School of Medicine, Nankai University, 2Tianjin Key Laboratory of Oral and Maxillofacial Function Reconstruction, 3Department of Periodontics, Tianjin Stomatological Hospital, School of Medicine, Nankai University

במאמר זה

סיכום

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מחקר זה מספק פרוטוקול ביבליומטרי לזיהוי מגמות מחקר במשפחת סירטואין במחקרי תאי גזע מזנכימליים של מח עצם באמצעות Web of Science ו-R.

תקציר

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מחקר זה מציג פרוטוקול ביבליומטרי מקיף למיפוי שיטתי של מגמות מחקר ומבני ידע של משפחת Sirtuins (SIRTs) במחקר תאי גזע מזנכימליים של מח עצם. הפרוטוקול כולל שליפת ספרות מובנית מאוסף הליבה של Web of Science באמצעות מונחי חיפוש מוגדרים מראש, יישום קריטריונים מפורשים של הכללה והחרגה לסינון מאמרים וסקירות בשפה האנגלית וניתוח ביבליומטרי מעמיק דרך חבילת הביבליומטריס ב-R. השלבים המתודולוגיים המרכזיים כוללים שליפת נתונים וניקוי, ניתוח סטטיסטי תיאורי, הערכת הופעות משותפות של מילות מפתח, מיפוי רשתות שיתופי פעולה ויצירת נושאים אבולוציה ומפות מבנה קונספטואלי. הניתוח שלנו של 496 מאמרים זכאים (2009-2024) חשף עלייה ניכרת בפרסומים השנתיים, כאשר סין הפכה לתורמת המובילה. אוניברסיטת סוצ'או והמחבר LI Y זוהו כמוסד והסופר הפרודוקטיביים ביותר, בהתאמה. מילות מפתח בתדירות גבוהה כללו 'תאי גזע מזנכימליים', 'לחץ חמצוני' ו-'SIRT1', כאשר מיפוי נושאי הדגיש נושאים מוטוריים כמו הזדקנות ולחץ חמצוני. מסגרת מתודולוגית שקופה וניתנת לשחזור זו לא רק מגדירה מוקדי מחקר עכשוויים, אלא גם מספקת גישה קפדנית וניתנת להרחבה לסינתזה של ספרות רחבת היקף, התומכת בהערכות מדעיות עתידיות והערכות מגמות בתחום עם בהירות ושחזור משופרות.

מבוא

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

תאי גזע הם תאים לא ממויינים המסוגלים להתחדש עצמי ולהבדיל, ומציעים פוטנציאל טיפולי משמעותי. תאי גזע בוגרים, כגון תאי גזע מזנכימיים של מח עצם (BMSCs), נמצאים בשימוש נרחב בהתחדשות רקמות בשל נגישותם וחוסר בסוגיות אתיות בהשוואה לתאי גזע עובריים1. אלו תאים שאינם המטופואטיים ממח עצם הממסוגלים להתמיין לסוגי תאים שונים ומעורבים בתיקון רקמות וטיפול במחלות 2,3.

תאי גזע בוגרים נמצאים ברקמות שונות, כולל מח עצם, שומן ועור, והם נמנעים מהחששות האתיים הקשורים לתאי גזע עובריים4. תאים אלו שומרים על מאגר תאי הגזע ותומכים בהתחדשות רקמות באמצעות התמיינות 5,6. מח עצם בפרט מכיל תאי גזע מזנכימליים הנודדים לרקמות פגועות ותורמים להתחדשות 7,8. יישומים כוללים טיפול בסרטן, ניוון דיסק בין-חולייתי והפרעות חיסוניות 9,10.

משפחת סירטואין (SIRTs) מורכבת משבעה אנזימים התלויים ב-NAD+ (SIRT1-SIRT7) המווסתים פונקציות תאיות מגוונות, כולל ביטוי גנים ותיקון DNA וחילוף חומרים11. חשוב לציין כי פעילותם מוווסת על ידי מפעילים ספציפיים שונים (למשל, רזברטרול ל-SIRT1, NAD⁺קדם-מבנים) ומעכבים (למשל, ניקוטינמיד, EX-527 עבור SIRT1), שהם כלי מחקר חיוניים וסוכנים טיפוליים פוטנציאליים12. חלבונים אלו ממוקמים בתאים תת-תאיים שונים והיו מעורבים בתהליכים ביולוגיים קריטיים. מספר מחקרים הדגישו את חשיבות SIRTs בוויסות תגובת הלחץ החמצוני, ההזדקנות והבדילה האוסטאוגנית ב-BMSCs12,13. תאי גזע מזנכימיים של מח עצם הם תאי גזע לא המטופואטיים שמקורם במח עצם המסוגלים להתמיין לסוגי תאים שונים כגון אוסטאובלסטרים, כונדרוציטים ושומריטים, הממלאים תפקידים חיוניים בתיקון רקמות ובטיפול במחלות שונות, כולל ניוון דיסק בין-חולייתי, סרטן והפרעות חיסוניות 2,9,10.

למרות גוף הספרות ההולך וגדל על SIRTs ו-BMSCs, חסרה סינתזה מקיפה של מגמות מחקר ומבני ידע. למרות שסקירות נרטיביות ושיטתיות מסורתיות מציעות דיון מעמיק והערכה ביקורתית, הן יכולות להיות סובייקטיביות וגוזלות זמן, במיוחד בתחומים גדולים ומתפתחים במהירות. לעומת זאת, ניתוח ביבליומטרי מספק גישה כמותית אובייקטיבית לניתוח כמויות גדולות של נתוני פרסום, ומאפשר זיהוי מגמות מחקר, תורמים מרכזיים ומוקדי חום מתפתחיםבאמצעות ניתוח סטטיסטי ורשת. מיפוי ידע משפר זאת עוד יותר על ידי ייצוג חזותי של המבנה האינטלקטואלי וההתפתחויות הדינמיות בתחום המחקר, ומציע יתרון ייחודי במיפוי הנוף המושגי ובחשיפה של דפוסים נסתרים שעלולים להחמיץ בסקירות איכותניות 15,16,17.

מחקר זה עושה שימוש בגישה ביבליומטרית למיפוי מבנה הידע של SIRTs במחקר BMSC. חשוב לציין שהניתוח מבוסס אך ורק על מאמרים וסקירות באנגלית שנאספו מאוסף הליבה של Web of Science (WOS), אשר תוך שמירה על איכות ועקביות נתונים, עשויים להחריג מחקרים רלוונטיים שפורסמו בשפות אחרות או מאונדקסים במאגרי מידע אחרים. עם זאת, באמצעות שימוש בחבילת הביבליומטריקס ב-R, מחקר זה שואף לנתח באופן אובייקטיבי את הפיתוח, רשתות שיתוף הפעולה והמוקדים התמטיים בתחום זה, ובכך לספק תובנות חשובות ולהנחות את כיווני המחקר העתידיים.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מחקר זה השתמש רק בנתונים ביבליוגרפיים זמינים לציבור ולא כלל בני אדם או בעלי חיים. לכן, לא נדרש אישור ועדת אתיקה.

1. עיצוב מחקר

  1. בצע ניתוח ביבליומטרי רטרוספקטיבי של ספרות שפורסמה על משפחת SIRTs במחקר תאי גזע מזנכימליים במח עצם.
  2. לאסוף ספרות מ-WOS Core ולבצע שליפה מובנית, סינון, ניתוח כמותי והדמיה של נתונים ביבליוגרפיים.

2. שליפת ספרות

  1. פתח את ליבת ה-WOS ובחר את מסד הנתונים המורחב של SCI (כל קודי הפעולה ונקודות הבדיקה מוצגים בקובץ המשלים 1).
  2. השתמשו באסטרטגיית החיפוש הבאה: TS=('תאי גזע מזנכימיים*' או 'תא סטרומלי מזנכימלי*' או 'תא סטרומלי מזנכימלי*' או 'תא סטרומלי מזנכימלי רב-עוצמה' או 'תאי גזע מזנכימלי במח עצם*') AND TS=('sirt*' או 'sirtin' או 'sirt1' או 'sirt2' או 'sirt3' או 'sirt6')
  3. סנן את התוצאות כך שיכללו רק מאמרים בכתב עת באנגלית ומאמרי ביקורת.
  4. הגבל את מועד הפרסום ל-1 בנובמבר 2024.
  5. ייצא את ההפניות שנבחרו כקובץ טקסט פשוט עם רשומות מלאות ומקורות מצוטטים.

3. סינון ספרות

  1. השתמשו בקריטריוני ההכללה הבאים:
    1. סוג מחקר: מאמרי מחקר מקוריים ומאמרי סקירה
    2. שפה: מאמרים שפורסמו באנגלית
  2. השתמשו בקריטריוני ההחרגה הבאים:
    1. הסר פרסומים כפולים.
    2. החריגו מחקרים שאינם קשורים בעיקר ל-SIRTs ו-BMSCs (למשל, מחקרים המתמקדים במטרות SIRT אחרות, סוגי תאים אחרים או מחלות לא קשורות).
    3. החריגו סוגי מאמרים כגון תקצירי פגישות, פרוטוקולים של כנס, מאמרי מערכת, מכתבים, תיקונים, פרקי ספרים ופטנטים.
    4. החריגו מחקרים שהטקסט המלא שלהם אינו נגיש.

4. ניקוי נתונים

  1. פתח את קובץ הטקסט המיוצא ב-R באמצעות חבילת bibliometrix.
  2. המרו את קובץ הטקסט למסגרת נתונים באמצעות הפונקציה convert2df().
  3. החריגו מאמרים משוכפלים.
  4. סנן את הכותרות והתקצירים כדי להסיר ספרות לא רלוונטית.

5. ניתוח נתונים

  1. התקן את חבילות R, bibliometrix, ggplot2, igraph, factoextra ו-wordcloud, מרשת הארכיון המקיפה של R באמצעות פונקציית install.packages().
  2. נתחו את מספר הפרסומים השנתיים, פרודוקטיביות המחברים, התרומות למדינה, תפוקות מוסדיות ומדדי ציטוטים.
  3. זהה תדירות מילות מפתח ומגמות צמיחה באמצעות keywordGrowth().
  4. בניית רשתות שיתוף פעולה בין מדינות ומוסדות באמצעות networkPlot().
  5. העריך את התפלגות וההשפעה של כתב העת באמצעות פונקציות ניתוח מקור.

6. ויזואליזציה

  1. השתמש בפונקציות ThematicMap() ו-conceptualStructure() כדי ליצור מפות אבולוציה תמטית ומפות מבנה קונספטואלי.
  2. ייצוא גרפים בפורמטים ברזולוציה גבוהה (פורמט מסמך נייד [PDF] או פורמט קובץ תמונה מתויג [TIFF]) להצגת איורים.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

נתוני פרסום כלליים

בסך הכל נאספו 580 מאמרים מאוסף הליבה של WOS באמצעות אסטרטגיית החיפוש המפורטת. לאחר יישום קריטריוני הכללה והחרגה מוגדרים מראש להסרת 84 רשומות לא קשורות (למשל, מחקרים שאינם מתמקדים בעיקר ב-SIRTs ב-BMSCs או סוגי פרסומים לא רלוונטיים כמו תקצירי פגישות) או כפילויות, נכללו בניתוח הסופי 496 מאמרים זכאים. כל המאמרים שנכללו פורסמו באנגלית והתמקדו במשפחת SIRTs בהקשר של BMSCs.

מגמות שנתיות בנפח הפרסו...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

נכון להיום, קיימים מחקרים רבים על משפחת SIRTs ו-BMSCs, אך חסרה סינתזה מקיפה של מגמות מחקר. סירטואין 6 הוא חבר ייחודי במשפחת SIRTs הידועה ויש לו מגוון תפקידים במסלולים מולקולריים שונים הקשורים לתיקון DNA, גליקוליזה, גלוקונאוגנזה, גידולים, נוירודגנרציה והיפרטרופיה לבבית18,19. תפקידיו הרגולטוריים הרחבים מדגישים את הפוטנציאל התרגומי המשמעותי שלו במחלות הקשורות לגיל ובטיפול בסרטן. העברת גן SIRT6 ל-BMSCs הוכחה כמקלה על ההזדקנו...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

למחברים אין ניגודי עניינים לחשוף.

תודות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

אנו מודים לכל חברי קבוצת המחקר שלנו על תרומתם ומשוב במהלך הכנת כתב היד.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
מחשב שמריץ את מערכת ההפעלה Windows 11מיקרוסופט קורפוריישן, רדמונד, וושינגטון, ארה"ב)
Rגרסה 4.4.1, קרן R למחשוב סטטיסטי, וינה, אוסטריהחבילות Bibliometrix (גרסה 4.3.1), ggplot2, igraph, factoextra וחבילות WordCloud

מקורות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Henden, C., et al. NK cell cytotoxicity towards pluripotent stem cells and their neural progeny: impacts of activating and inhibitory receptors and KIR/HLA mismatch. Stem Cells. 42 (3), sxae083(2024).
  2. Zhang, Q., et al. Sodium ferulate attenuates ischaemic stroke by mediating the upregulation of thrombospondin-4 expression and combined treatment with bone marrow mesenchymal stem cells. Exp Neurol. 385 (1), 115124(2024).
  3. Kilic, K. C., et al. Therapeutic potential of adult stem cells-derived mitochondria transfer combined with curcumin administration into ARPE-19 cells in age-related macular degeneration model. Tissue Cell. 93 (1), 102687(2024).
  4. Kurani, H. P., Slingerland, J. M. DOT1L mediates stem cell maintenance and represents a therapeutic vulnerability in cancer. Cancer Res. 84 (5), Online ahead of print (2024).
  5. Ghoshal, D., et al. Multi-niche human bone marrow on-a-chip for studying the interactions of adoptive CAR-T cell therapies with multiple myeloma. Biomaterials. 316 (1), 123016(2024).
  6. Lee, Y. J., et al. Medium-sized rotator cuff tears repaired with transosseous-equivalent technique plus bone marrow stimulation yielded similar short-term outcomes regardless of whether complete or incomplete footprint coverage was achieved. Arthroscopy. 41 (7), 2262-2268 (2024).
  7. Hajivalili, M., et al. Traumatic brain injury: comprehensive overview from pathophysiology to mesenchymal stem cell-based therapies. Int Immunopharmacol. 146 (1), 113816(2024).
  8. Bartholomew, A., et al. Mesenchymal stem cells suppress lymphocyte proliferation in vitro and prolong skin graft survival in vivo. Exp Hematol. 30 (1), 42-48 (2002).
  9. Di Nicola, M., et al. Human bone marrow stromal cells suppress T-lymphocyte proliferation induced by cellular or nonspecific mitogenic stimuli. Blood. 99 (10), 3838-3843 (2002).
  10. Liao, Z., et al. Engineering extracellular vesicles restore the impaired cellular uptake and attenuate intervertebral disc degeneration. ACS Nano. 15 (9), 14709-14724 (2021).
  11. Gao, J., et al. The dynamic in vivo distribution of bone marrow-derived mesenchymal stem cells after infusion. Cells Tissues Organs. 169 (1), 12-20 (2001).
  12. Sacconnay, L., Carrupt, P. A., Nurisso, A. Human sirtuins: structures and flexibility. J Struct Biol. 196 (3), 534-542 (2016).
  13. Rajabi, N., et al. Targeting sirtuins: substrate specificity and inhibitor design. Prog Mol Biol Transl Sci. 154 (1), 25-69 (2018).
  14. Qiu, J. The definition of bibliometrics and its research object. Lib Sci Newsl. 71 (1), (1986).
  15. Guo, Y., et al. Dynamic research on the development of low-carbon technology at home and abroad based on bibliometrics and knowledge map visualization methods. Inf Sci. 33 (1), 139-148 (2015).
  16. Liu, X., et al. Based on CiteSpace, the research status and trend visualization analysis of traditional Chinese medicine in the treatment of chloasma in the past 20 years were analyzed. Acta Chin Med. 35 (10), 2480-2486 (2020).
  17. Mo, J., et al. Research progress of traditional Chinese medicine injection in the treatment of chronic kidney disease based on CiteSpace analysis. J Tradit Chin Med Univ Hunan. 40 (12), 1389-1395 (2020).
  18. Frye, R. A. Phylogenetic classification of prokaryotic and eukaryotic Sir2-like proteins. Biochem Biophys Res Commun. 273 (3), 793-798 (2000).
  19. Whitaker, R., et al. Increased expression of Drosophila Sir2 extends life span in a dose-dependent manner. Aging (Albany NY). 5 (9), 682-691 (2013).
  20. Sun, H., et al. SIRT6 regulates osteogenic differentiation of rat bone marrow mesenchymal stem cells partially via suppressing the nuclear factor-kappaB signaling pathway. Stem Cells. 32 (7), 1943-1955 (2014).
  21. Zhang, P., et al. SIRT6 promotes osteogenic differentiation of mesenchymal stem cells through BMP signaling. Sci Rep. 7 (1), 10229(2017).
  22. Ding, Y., et al. Sirtuin 3 is required for osteogenic differentiation through maintenance of PGC-1α-SOD2-mediated regulation of mitochondrial function. Int J Biol Sci. 13 (2), 254-264 (2017).
  23. Gao, J., et al. SIRT3/SOD2 maintains osteoblast differentiation and bone formation by regulating mitochondrial stress. Cell Death Differ. 25 (2), 229-240 (2018).
  24. Wang, H., et al. Sirt1 promotes osteogenic differentiation and increases alveolar bone mass via bmil activation in mice. J Bone Miner Res. 34 (6), 1169-1181 (2019).
  25. Sun, W., et al. Overexpression of Sirt1 in mesenchymal stem cells protects against bone loss in mice by FOXO3a deacetylation and oxidative stress inhibition. Metabolism. 88 (1), 61-71 (2018).
  26. Wang, Y., et al. Upregulation of Sirt1 by kartogenin enhances antioxidant functions and promotes osteogenesis in human mesenchymal stem cells. Oxid Med Cell Longev. 2018 (1), 1368142(2018).
  27. Lv, Y. J., et al. Resveratrol counteracts bone loss via mitofilin-mediated osteogenic improvement of mesenchymal stem cells in senescence-accelerated mice. Theranostics. 8 (9), 2387-2406 (2018).
  28. Chen, G., et al. Bibliometric analysis of oridonin research based on CNKI. Chin J Inf Tradit Chin Med. 26 (3), 104-109 (2019).
  29. Editorial Department of Chinese Journal of Minimally Invasive Neurosurgery. Standardization of keyword indexing. Chin J Minim Invasive Neurosurg. 26 (2), 89(2021).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה

בקש הרשאה

תגיות

RSIRT1

מאמרים קשורים