מאמר מחקר

זיהוי מהיר של סטפילוקוקוס זהוב וסטפילוקוקוס זהוב עמיד למתיצילין על ידי Multiplex Real-Time Fluorescent PCR

DOI:

10.3791/69004

19 בספטמבר 2025

* These authors contributed equally

במאמר זה

סיכום

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

פרוטוקול זה משתמש ב-PCR בזמן אמת מרובה עם פריימרים/בדיקות המכוונים לגנים nuc ו-MRSA mecA ספציפיים ל-SA. הוא מאפשר זיהוי מהיר (<1 שעות) של חומצות גרעין SA/MRSA בדגימות ליחה אנושיות, תוך התגברות על מגבלות של שיטות מבוססות תרבית.

תקציר

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

סטפילוקוקוס זהוב (S.aureus) הוא פתוגן אנושי גרם חיובי נפוץ הגורם לזיהומים נרכשים בקהילה וזיהומים נוסוקומיאליים, עם ביטויים קליניים מגוונים החל מנגעים שטחיים מקומיים והרעלת מזון ועד לזיהומים מערכתיים קטלניים. גילוי האנטיביוטיקה הפחית משמעותית את שיעור התמותה, אך בעיית העמידות לתרופות הפכה מאז לבולטת יותר ויותר. מאז הזיהוי הראשון של MRSA ב-1960, זן זה התגלה כאיום עולמי על בריאות הציבור. MRSA הוא פתוגן עיקרי של זיהומים נוסוקומיאליים, המסוגל לגרום למחלות קשות שונות כגון אנדוקרדיטיס, אוסטאומיאליטיס כרונית, דלקת ריאות, דלקת מפרקים פיוגנית ובקטרמיה. לכן, זיהוי מהיר ומדויק של S. aureus ועמידותו לתרופות הוא חיוני להנחיית הטיפול הקליני.

לשיטות הזיהוי השגרתיות הנוכחיות עבור S.aureus ו-MRSA יש מגבלות משמעותיות. שיטת תרבית החיידקים המסורתית, המשמשת כ"תקן הזהב" במשך עשרות שנים, יכולה לספק תוצאות סופיות לזיהוי מינים ורגישות לתרופות, אך התהליך גוזל זמן ולוקח 48 עד 72 שעות. יתר על כן, שיטה זו רגישה לזיהום ומסתמכת על מתקני מעבדה מיוחדים וטכנאים מיומנים. בדיקה סרולוגית משיגה אבחנה לא פולשנית על ידי זיהוי נוגדנים ל-S.aureus בסרום המטופל, אך היא אינה יכולה להבחין בין זיהומים פעילים לזיהומים קודמים, ואינה יכולה לזהות זנים עמידים לתרופות (כגון MRSA).

מחקר זה מתמקד בפיתוח שיטת זיהוי PCR פלואורסצנטית בזמן אמת חדשה כדי להתגבר על המגבלות שהוזכרו לעיל. שיטה זו מתכננת פריימרים ספציפיים ובדיקות פלואורסצנטיות של TaqMan המכוונות לגן ה-nuc הספציפי למין של S.aureus ולגן mecA המתווך עמידות למתיצילין, מה שמאפשר הגברה וזיהוי בו-זמנית של S.aureus ו-MRSA במערכת תגובה אחת. טכנולוגיה זו מפחיתה מאוד את זמן הזיהוי, ומספקת פתרון מהיר, מדויק וחסכוני לזיהוי S.aureus ו-MRSA. גישה חדשנית זו משפרת מאוד את יעילות האבחון הקליני ומאפשרת יישום מוקדם של טיפול אנטיביוטי ממוקד, מה שתורם תרומה חשובה לשליטה בזיהומים חיידקיים עמידים לתרופות.

מבוא

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

S. aureus הוא פתוגן מותנה גרם חיובי נפוץ המתיישב ברירית האף של אנשים בריאים 1,2. כאשר חסינות המארח נפגעת, היא עלולה לגרום לזיהומי עור מקומיים, פלישה לרקמות עמוקות או מחלות מערכתיות (למשל, דלקת ריאות, אנדוקרדיטיס, אוסטאומיאליטיס ובקטרמיה)3. מתיצילין, פניצילין סינתטי למחצה, נמרח קלינית לזיהומי S. aureus ב-1959, ושנתיים לאחר מכן, MRSA הופיע בבריטניה, והתפשט במהירות למדינות אירופה כולל דנמרק, צרפת ושווייץ. עמידות MRSA לאנטיביוטיקה β-לקטם לא רק מסבכת את הניהול הקליני אלא גם מעלה משמעותית את סיכוני הזיהום5. גורמים מרובים - כולל קולוניזציה/התפשטות בלתי נשלטת, עלויות מניעה גבוהות ושימוש יתר באנטיביוטיקה - העלו ביחד את שיעורי הזיהום ב-MRSA6. בשל ההדבקה המהירה ומנגנוני העמידות המורכבים שלה, זיהומי MRSA קשורים לשיעורי תמותה גבוהים, עם כמעט 150,000 מקרים מדווחים ו->7,000 מקרי מוות מדי שנהבמדינות האיחוד האירופי. על פי נתוני המעקב של CHINET, שיעורי ההדבקה ב-MRSA בסין נותרו מעל 30% בחמשהשנים האחרונות. הסיכון הגבוה לזיהום צולב נוסוקומיאלי מגביר עוד יותר את הנטל על בריאות הציבור ומכביד על מערכות הבריאות 9,10. לכן, פיתוח טכנולוגיות יעילות ומדויקות לזיהוי מהיר של MRSA הוא דחוף מבחינה קלינית להשגת אבחון מוקדם, טיפול מותאם אישית, הפחתת תמותה והפרעה לשרשראות ההדבקה.

טכנולוגיות הזיהוי הנוכחיות עבור S.aureus ו-MRSA משתרעות על פני מספר תחומים, כולל זיהוי פנוטיפי, זיהוי גנומי, זיהוי טרנסקריפטומי, זיהוי פרוטאומי, טכנולוגיית ספקטרומטריית מסה וניתוחים מבוססי ביואינפורמטיקה11.

שיטות זיהוי פנוטיפיות, כגון שיטת דיפוזיה של דיסק (שיטת KB) ושיטת ריכוז מעכב מינימלי (שיטת MIC), מומלצות כ"תקני זהב" על ידי המכון לתקנים קליניים ומעבדתיים (CLSI) והוועדה האירופית לבדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית (EUCAST). לשיטות אלו יש את היתרונות של היעדר צורך במכשירים מיוחדים, הנמצאים בשימוש נרחב למעקב אחר ספקטרום ההתנגדות וחקירה אפידמיולוגית. עם זאת, החסרונות שלהם ניכרים גם הם: תקופות תרבית ארוכות (מעל 24 שעות), ותוצאות שיטת KB עבור כמה אנטיביוטיקות חדשות דורשות אימות על ידי ערכי MIC, כאשר התוצאות עבור זני נקודת שבירה רגישים לגורמים אנושיים12,13.

מבין שיטות הגילוי ברמה הגנומית, ל-PCR קונבנציונלי יש מאפיינים של רגישות גבוהה וסגוליות חזקה, המאפשרים שיפוט ראשוני של עמידות וקיצור זמן הניסוי, בעלות נמוכה ויעילות גבוהה. אך מגבלותיו נעוצות ביכולת לזהות רק גנים עמידים ידועים ולהסתמך על מכשירים מיוחדים14. מנגנון העמידות המיקרוביאלית הוא מורכב ביותר, ולכן חיוני לפתח שיטות טכניות שיכולות לכסות פנוטיפים עמידים לא ידועים ולאפשר זיהוי מהיר. טכנולוגיית GoPhAST-R המתפתחת (AST גנוטיפ ופנוטיפי משולב באמצעות זיהוי RNA) קובעת פנוטיפים של עמידות על ידי זיהוי רמות ביטוי mRNA, המאפשרת זיהוי בו זמנית של גנים שונים הקשורים לעמידות על פני פתוגנים מרובים, קיצור זמן האספקה הניסויי והשגת דיוק של 94-99% בשילוב עם למידת מכונה15.

מבין שיטות הזיהוי ברמה הפרוטאומית, שיטת אגלוטינציה לטקס PBP2a מבוססת על קשירה ספציפית של אנטיגן-נוגדנים, עם פעולה פשוטה ותוצאות מהירות, בעלת סגוליות ורגישות גבוהה ל-MRSA. עם זאת, הוא אינו יכול להבדיל בין מינים שונים של סטפילוקוקים, ורגישות הזיהוי של ערכות מסחריות פחתה במידה מסוימת, ודורשת בדיקה חוזרת לאחר אינדוקציה עם אוקסצילין8.

שיטות זיהוי מבוססות MALDI-TOF MS, כגון שיטת DOT-MGA (DNA Oligonucleotide Tag-Microarray Detection of Genomic Amplification), משיגות ביצועים אנליטיים אופטימליים ב-6-8 שעות דגירה, עם שיעור זיהוי גבוה של 96.4%, וגם הרגישות והספציפיות הן 100%. אבל העלות גבוהה, והמיקומים המוגבלים על לוחית המטרה מקשים על איתור בו זמנית של מאות דגימות16,17.

בין טכנולוגיות ניתוח ביואינפורמטיקה בשילוב עם נתוני אומיקס לחיזוי עמידות, טכנולוגיית ריצוף גנום שלם בולטת ברזולוציה הגבוהה וביכולות ניתוח המידע המקיפות שלה. בשילוב עם מאגרי מידע לניתוח גנים של עמידות כמו Resfinder, הוא יכול לנתח אם זנים נושאים גנים עמידים ספציפיים, לחזות פוטנציאל עמידות, לזהות פולימורפיזמים של נוקלאוטידים בודדים (SNPs) ומוטציות גנים הקשורות לעמידות, תוך תמיכה באחסון וניתוח מחדש של נתוני גנום שלם18. עם זאת, שיטה זו דורשת הפעלה על ידי אנשי מקצוע בעלי רקע ביואינפורמטי, משמשת לעתים רחוקות בבדיקות יומיומיות, ומשמשת בדרך כלל לניתוח אפידמיולוגי או מעקב מולקולרי אחר פתוגנים19.

המתודולוגיות הנ"ל הן בעלות גבוהה, גוזלות זמן או עדיין בשלב המחקר והפיתוח. מבחינה קלינית, יש צורך דחוף בפתרון המאזן בין "מיידיות" ו"דיוק "- טכנולוגיית PCR פלואורסצנטית חדשה ממלאת את הפער הזה על ידי הגברה בו-זמנית של גנים nuc/mecA בצינור יחיד, ודחיסת מחזור הזיהוי לשעה אחת. זה מגשר במדויק על פער חלון הזמן בתהליך המסורתי של "סינון חירום - הקלדת התנגדות", ומספק כלי אבחון מולקולרי יעיל יותר בזמן למניעה ובקרה של זיהומים נוסוקומיאליים. בדיקת PCR ספציפית זו משמשת בעיקר לאיתור דגימות נשימה, עם דגימות כיח כדוגמה אופיינית. הוא מפגין רגישות של 500 עותקים/מ"ל וסגוליות גבוהה, תוך שהוא אינו מושפע מחומרים אנטיבקטריאליים. בשל מאפייני הביצועים החיוביים הללו, בדיקת PCR זו מחזיקה בערך יישום משמעותי לאבחון זיהומים בדרכי הנשימה ולמעקב אחר זיהומים נוסוקומיאליים הנגרמים על ידי MRSA.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מחקר זה אושר על ידי ועדת האתיקה של בית החולים העממי של מחוז גואנגדונג (מס' אתיקה: KY2025-510-01). מידע מפורט לגבי החומרים המשמשים במחקר זה (ריאגנטים, כימיקלים, ציוד ותוכנה) ניתן למצוא בטבלת החומרים.

1. פרוטוקול איסוף ושימור דגימות

  1. קריטריונים להכללה: למעט חומרי בקרת איכות, זהה את כל הדגימות שנאספו כדגימות חיוביות בשיטת תקן הזהב (בדיקה מבוססת תרבית).
  2. איסוף ליחה אנושית
    1. אסוף 1-3 מ"ל של ליחה עם שיעול עמוק מדרכי הנשימה התחתונות של נבדקים באמצעות צינורות דגימה סטריליים. אטום צינורות מיד והובלה לניתוח. עבד את הדגימות מיד לבדיקה.
  3. אחסון דגימות:
    1. נתח את הדגימות שנאספו בשיטה לעיל באופן מיידי. אחסון לטווח קצר מותר בתנאים הבאים:
      2-8 מעלות צלזיוס: ≤7 ימים
      -20 מעלות צלזיוס ± 5 מעלות צלזיוס: ≤6 חודשים
      -70 מעלות צלזיוס ± 5 מעלות צלזיוס: ≤24 חודשים
      הערה: במחקר זה, דגימות ליחה לא טופלו בחומרים משמרים (כגון מרק BHI + גליצרול וכו'). לאחר האיסוף הם אוחסנו בתנאים שתוארו לעיל, ונמנעו לחלוטין מהקפאה והפשרה חוזרות ונשנות. הימנע ממחזורי הקפאה-הפשרה חוזרים ונשנים. מחזורי הקפאה-הפשרה מקסימליים מותרים: ≤3.

2. מיצוי חומצות גרעין

הערה: השלם את כל ההליכים בתוך ארון בטיחות ביולוגית כדי למנוע זיהום.

  1. לטיפול מקדים בדגימת כיח, מערבבים את הדגימה עם תמיסת NaOH של 4% ביחס של 1:4 (דגימת כיח: תמיסת 4% NaOH) כדי להנזיל דגימות כיח צמיגות ולסלק זיהומים מפריעים, ולאחר מכן מערבולת היטב (30 שניות) ודוגרים בטמפרטורת החדר (22-25 מעלות צלזיוס) למשך 30 דקות כדי להשיג נזילות.
  2. הכנת ריאגנטים למיצוי חומצות גרעין
    1. הוצא את צלחת 96 הבארות הארוזה מראש מהערכה. העבירו קלות את צלחת 96 הבארות כדי לרכז את הריאגנטים והחרוזים המגנטיים לתחתית צלחת 96 הבארות.
    2. קרע בזהירות את סרט האיטום של נייר האלומיניום, הימנע מרטט הצלחת בת 96 הבארות כדי למנוע התזת נוזלים החוצה.
    3. בתמיסות של עמודה 1 ועמודה 7 של צלחת 96 הבארות: ראשית, הוסף 20 מיקרוליטר פרוטאינאז K, ולאחר מכן הוסף דגימה של 200-300 מיקרוליטר לחילוץ.
  3. מיצוי אוטומטי של חומצות גרעין (שיטה מבוססת חרוזים מגנטיים)
    1. הנח את צלחת 96 הבארות הארוזה מראש עם דגימות נוספות לתוך החריץ המתאים של מכשיר מיצוי חומצות הגרעין האוטומטי.
    2. עקוב אחר תהליך מיצוי חומצות הגרעין כמתואר להלן.
      1. בעזרת מקל המגנט בתא המעבדה, העבירו את החרוזים המגנטיים הנספגים בחומצת גרעין לחורי ריאגנטים שונים.
      2. השתמש בערכת הערבוב כדי לערבב את הנוזל במהירות ושוב ושוב, כך שהנוזל והחרוזים המגנטיים יתערבבו באופן אחיד.
      3. כאשר החרוזים הנוזליים והמגנטיים משתלבים בהרמוניה, מכונת מיצוי חומצות הגרעין האוטומטית מתקדמת בשלבים הרצופים של ליזיס תאים, ספיחת חומצות גרעין (70 מעלות צלזיוס, 15 דקות, 3 פעמים ספיחה מגנטית), כביסה (3 פעמים, מערבבים במשך 2 דקות בכל פעם, ואז מבצעים ספיחה מגנטית פעמיים (15 שניות כל אחת), ופליטה (פעמיים, מערבבים במשך 5 דקות בכל פעם, פי 3 של ספיחה מגנטית), בסופו של דבר, הוא מקבל חומצת גרעין בטוהר גבוה.
      4. אמת את ריכוז חומצות הגרעין והטוהר באמצעות ספקטרופוטומטר. נפח דגימת חומצת הגרעין היה 50 מיקרוליטר, כאשר הריכוז נע בין 50 ל-100 ננוגרם/מיקרוליטר, ויחס A260/A280 היה 1.8 ±-0.2.
    3. לאחר סיום התוכנית, יש לשאוב ישירות את תמיסת הפליטה המכילה חומצת גרעין מעמודה 6 ועמודה 12 לבדיקה הבאה. במידת הצורך, אחסן את דגימות חומצות הגרעין הנותרות שחולצו בטמפרטורה של -20 מעלות צלזיוס לשימור ארוך טווח ושימוש עתידי.

3. זיהוי qPCR של חומצות גרעין S. aureus וחומצות גרעין MRSA

  1. הכנת ריאגנטים להגברה
    1. הוצא את תמיסת תגובת ההגברה של חומצות הגרעין ואת תמיסת התגובה nuc/mecA מהערכה (פריימרים/בדיקה ספציפיים לגן nuc עבור S. aureus, ו-mecA עבור MRSA). לאחר ההפשרה ב-22-25 מעלות צלזיוס, יש להתנודד במלואו ולערבב באופן אחיד, ולאחר מכן לבצע צנטריפוגה מיידית (~6000 גרם, 15 שניות, 22-25 מעלות צלזיוס).
    2. על פי מספר הדגימות שייבדקו, N, הכינו ריאגנטים על סמך הכמות הכוללת של N+2 (N הוא מספר הדגימות, ו-2 הם בקרות האיכות השליליות והחיוביות). השלבים הספציפיים הם כדלקמן:
      1. הכן את תערובת מערכת התגובה (תמיסת תגובה להגברת חומצות גרעין של 16 מיקרוליטר (Buffer, dNTPs, DNA Polymerase, UDG Enzyme) + תמיסת תגובה של 4 μL nuc/mecA (פריימרים ובדיקות עבור הגנים לזיהוי המטרה nuc, mecA וההתייחסות הפנימית של GAPDH).
      2. הוסף אותו לצינור צנטריפוגה בגודל מתאים, התנודד במלואו וערבב באופן שווה, ובצע צנטריפוגה מיידית (~6000 גרם, 15 שניות, 22 °C-25 °C). לאחר מכן הוצא 20 מיקרוליטר לכל צינור לצינורות תגובת PCR.
  2. הוסף דוגמאות של חומצת גרעין ובקרת איכות:
    1. לתוך צינורות תגובת ה-PCR שהוכנו לעיל (20 מיקרוליטר), בהתאמה, הוסף 5 מיקרוליטר של חומצת גרעין מהדגימות שנבדקו, בקרה חיובית ובקרה שלילית, והשיג נפח סופי של 25 מיקרוליטר לשפופרת.
    2. מכסה היטב את הצינורות ובצע צנטריפוגה מיידית (~6000 × גרם, 15 שניות, 22-25 מעלות צלזיוס) ולאחר מכן הנח את הצינורות למכשיר ה-PCR.
  3. הגברת PCR:
    1. הגדר את תוכנית הרכיבה באופן הבא: טרום דנטורציה: 97 מעלות צלזיוס, 90 שניות, מחזור אחד; 2 השלבים הבאים למשך 42 מחזורים: דנטורציה של 97 מעלות צלזיוס למשך 2 שניות וחישול של 55 מעלות צלזיוס למשך 15 שניות.
    2. הגדר את פרמטרי זיהוי אותות הקרינה כדלקמן: השתמש בתיוג פלואורסצנטי FAM של גנים nuc ; תיוג פלואורסצנטי VIC של גנים mecA ; ותיוג פלואורסצנטי CY5 של גן GAPDH כבקרה הפנימית של הערכה. אסוף נתונים בטמפרטורה של 55 מעלות צלזיוס. עם השלמת התגובה, ודא שהנתונים נשמרים לניתוח עתידי.
    3. נתח נתונים באמצעות תוכנה ספציפית ל-qPCR (SLAN 96P):
      1. מידע לדוגמא: בתרשים פריסת לוחית הבאר של התוכנה, סמן את סוגי הדגימות (למשל, בקרה חיובית, בקרה שלילית, דגימה לא ידועה, גן ייחוס פנימי וכו') המתאימים לעמדות טעינת הדגימה.
      2. הנחת צינורות התגובה: פתח את המכסה של מודול החימום של המכשיר, הנח את לוחית/צינורות ה-PCR האטומים בהתמדה בפנים, ודא שהם מתאימים היטב למודול החימום וסגור היטב את מכסה המודול (כדי למנוע אי אחידות בטמפרטורה)
      3. התחלת התגובה: לאחר אישור שהגדרות התוכנית בתוכנה נכונות, לחץ על התחל הפעלה והקלט את מזהה הניסוי לעיון עתידי.
      4. עצירת הריצה והסרת צינורות: לאחר סיום התוכנית לפעול, המתן עד שהטמפרטורה של מודול החימום תרד מתחת ל-50 מעלות צלזיוס, ולאחר מכן פתח את המכסה כדי להסיר את צלחת/צינורות ה-PCR, וטפל בדגימות כראוי.
  4. ניתוח נתונים
    1. לפני ניתוח הנתונים, אשר שלוש תוצאות חזותיות: 1) עקומות הגברה של כל הדגימות (כולל בקרה פנימית) מציגות צורת S טיפוסית, ללא עקומות עלייה שטוחות או מעוכבות באופן חריג; 2) קו סף הקרינה חוצה את השלב האקספוננציאלי של העקומות, וערכי Ct של הבקרה הפנימית (למשל, GAPDH) נמצאים בטווח של ≤ 38 מחזורים (מקדם השונות < 5%); 3) בקרות שליליות/חיוביות כלולות לאורך כל הניסוי כדי לנטר את האפשרות לזיהום.
      1. אם הניסוי יצא משליטה, בדוק שוב את כל האצווה. אם דגימה מציגה הגברה חריגה (כגון עקומת S לא טיפוסית או ערך Ct בטווח הקריטי), בדוק שוב את הדגימה הספציפית הזו.
    2. קרא לנתוני הניסוי בתוכנה, הגדר את הסף וקו הבסיס וחשב את ערכי ה-Ct באופן אוטומטי או ידני, מכיוון שהמכשיר בוחר אוטומטית את סף הבסיס. הגדר את ערך הקביעה החיובי הסופי ב- Ct ≤ 36; טווח הייחוס של גן הייחוס הפנימי דורש Ct ≤ 38. ודא שעקומות ההגברה שלהם מציגות פרופילים אופייניים בצורת S.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

זיהוי S . aureus ו-MRSA באמצעות qPCR
בהתבסס על גן ה-nuc הספציפי למין של S. aureus וגן העמידות לתרופות mecA של MRSA, עיצבנו פריימרים ובדיקות המסומנים בפלואורופורים מובהקים לזיהוי qPCR. כל תוצאות בקרת האיכות במהלך ניסויי qPCR נפלו באופן עקבי בתוך הסף המומלץ, מה שמאשר את מהימנות תוצאות הזיהוי (איור 1).

במחקר זה, אימתנו את הרגישות (גבול הזיהוי), הדיוק ושיעור ההתאמה החיובי/שלילי של ערכת הבדיקה.

...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

זיהוי מדויק ומוקדם של עמידות למתיצילין הוא קריטי לפרוגנוזה של זיהומים הנגרמים על ידי S. aureus. זיהוי מוקדם של S. aureus ו-MRSA יכול להפחית את השימוש לרעה באנטיביוטיקה רחבת טווח ולהפחית את הלחץ הסלקטיבי המוביל להופעה והתפשטות של עמידות חיידקית.

שיטות זיהוי פנוטיפיות מסורתיות, כגון דיפוזיה של דיסק צפוקסיטין, דורשות תקופת טיפוח של 18-24 שעות ומציגות שיעורי שלילי כוזב גבוהים עבור זנים עמידים להטרו, מה שמקשה על מתן מענה לצרכי האבחון המהיר לזיהומי...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

המחברים מצהירים שאין להם אינטרסים מתחרים.

תודות

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

מחקר זה מומן על ידי קרן המחקר הרפואי של גואנגדונג (A2025034). עבודה זו נתמכה על ידי Shanghai BioGerm Medical Technology Co., Ltd. למממנים לא היה כל תפקיד בתכנון המחקר, באיסוף הנתונים ובניתוחם, בהחלטה לפרסם או בהכנת כתב היד.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שםחברהמספר קטלוגהערות
מחלץ חומצות גרעין אוטומטידאןסמארט 32למיצוי DNA
BSC-1500IIA2-XביובייסSEDA 20143222263ארון בטיחות ביולוגית
צנטריפוגה אלקטרוניתוולטקצנטריפוגה את הנוזל הנותר מדופן הצינור
ערכת זיהוי גנים עמידים לתרופות Staphylococcus aureus עמיד למתיציליןבוג'יZC-HX-38-2איתור גנים עמידים לסטפילוקוקוס זהוב למתיצילין
ערכת מיצוי חומצות גרעיןבוג'יTQ-BG-001-96Bחלץ חומצת גרעין
SLAN מערכת ניתוח PCR רפואית אוטומטית לחלוטיןהונגשיניתוח נתונים
מכונת PCR בזמן אמת SLAN-96SהונגשיSLAN-96Sהגברת PCR כמותית פלואורסצנטית
תרמו סיינטיפיק NanoDropתרמו סיינטיפיקננו-דרופ אחדניתוח כמותי של DNA, RNA וחלבונים
מקפיאים בטמפרטורה נמוכה במיוחד (DW-YL450)מלינגSEDA 20172220091-20 מעלות; C לאחסון ריאגנטים
מערבולת-5קיילין-בללערבוב מגיב

מקורות

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Gherardi, G. Staphylococcus aureus infection: pathogenesis and antimicrobial resistance. Int J Mol Sci. 24 (9), Int J Mol Sci(2023).
  2. Linz, M. S., Mattappallil, A., Finkel, D., Parker, D. Clinical impact of Staphylococcus aureus skin and soft tissue infections. Antibiotics. 12 (3), 557(2023).
  3. Gao, Y., Chen, Y., Cao, Y., Mo, A., Peng, Q. Potentials of nanotechnology in treatment of methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Eur J Med Chem. 213, 113056(2021).
  4. Barber, M. Methicillin-resistant staphylococci. J Clin Pathol. 14 (4), 385-393 (1961).
  5. Arêde, P., Milheiriço, C., de Lencastre, H., Oliveira, D. C. The anti-repressor MecR2 promotes the proteolysis of the mecA repressor and enables optimal expression of β-lactam resistance in MRSA. PLoS Pathog. 8 (7), e1002816(2012).
  6. Ayliffe, G. A. The progressive intercontinental spread of methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Clin Infect Dis. 24 (Suppl 1), S74-S79 (1997).
  7. Borg, M. A., Camilleri, L. What is driving the epidemiology of methicillin-resistant Staphylococcus aureus infections in Europe. Microb Drug Resist. 27 (7), 889-984 (2021).
  8. Wang, B., et al. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus in China: a multicentre longitudinal study and whole-genome sequencing. Emerg Microbes Infect. 11 (1), 532-542 (2022).
  9. Wang, X., et al. Phylogenetic analysis and virulence characteristics of methicillin-resistant Staphylococcus aureus ST45 in China: a hyper-virulent clone associated with bloodstream infections. mSystems. 8 (2), e0002923(2023).
  10. Tong, S. Y., et al. Genome sequencing defines phylogeny and spread of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a high transmission setting. Genome Res. 25 (1), 111-118 (2015).
  11. Sanchini, A. Recent developments in phenotypic and molecular diagnostic methods for antimicrobial resistance detection in Staphylococcus aureus: a narrative review. Diagnostics. 12 (1), 208(2022).
  12. Humphries, R. M., et al. The continued value of disk diffusion for assessing antimicrobial susceptibility in clinical laboratories: report from the Clinical and Laboratory Standards Institute Methods Development and Standardization Working Group. J Clin Microbiol. 56 (8), e00437-e00518 (2018).
  13. Schön, T., et al. Multicentre testing of the EUCAST broth microdilution reference method for MIC determination on Mycobacterium tuberculosis. Clin Microbiol Infect. 27 (2), 288.e1-288.e1 (2021).
  14. Pancholi, P., et al. Multicenter evaluation of the Accelerate PhenoTest BC kit for rapid identification and phenotypic antimicrobial susceptibility testing using morphokinetic cellular analysis. J Clin Microbiol. 56 (4), e01329-e01417 (2018).
  15. Martinsen, M. A., Jaramillo Cartagena, A., Bhattacharyya, R. P. Core antibiotic-induced transcriptional signatures reflect susceptibility to all members of an antibiotic class. Antimicrob Agents Chemother. 65 (6), e02296-e02320 (2021).
  16. Josten, M., et al. Identification of agr-positive methicillin-resistant Staphylococcus aureus harbouring the class A mec complex by MALDI-TOF mass spectrometry. Int J Med Microbiol. 304 (8), 1018-1023 (2014).
  17. Nix, I. D., et al. Detection of methicillin resistance in Staphylococcus aureus from agar cultures and directly from positive blood cultures using MALDI-TOF mass spectrometry-based direct-on-target microdroplet growth assay. Front Microbiol. 11, 232(2020).
  18. Bortolaia, V., et al. ResFinder 4.0 for predictions of phenotypes from genotypes. J Antimicrob Chemother. 75 (12), 3491-3500 (2020).
  19. Cunningham, S. A., Jeraldo, P. R., Schuetz, A. N., Heitman, A. A., Patel, R. Staphylococcus aureus whole genome sequence-based susceptibility and resistance prediction using a clinically amenable workflow. Diagn Microbiol Infect Dis. 97 (3), 115060(2020).
  20. Skov, R., et al. Phenotypic detection of methicillin resistance in Staphylococcus aureus by disk diffusion testing and Etest on Mueller-Hinton agar. J Clin Microbiol. 44 (12), 4395-4399 (2006).
  21. Bhowmik, D., Das, B. J., Pandey, P., Chetri, S., Chanda, D. D., Bhattacharjee, A. An array of multiplex PCR assays for detection of staphylococcal chromosomal cassette mec (SCCmec) types among staphylococcal isolates. J Microbiol Methods. 166, 105733(2019).
  22. Pereira, E. M., et al. Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis and Staphylococcus haemolyticus: methicillin-resistant isolates are detected directly in blood cultures by multiplex PCR. Microbiol Res. 165 (3), 243-249 (2010).
  23. Vandenbussche, F., Vandemeulebroucke, E., De Clercq, K. Simultaneous detection of bluetongue virus RNA, internal control GAPDH mRNA, and external control synthetic RNA by multiplex real-time PCR. Methods Mol Biol. 630, 97-108 (2010).
  24. Cui, C., Ba, X., Holmes, M. A. Prevalence and characterization of mecC MRSA in bovine bulk tank milk in Great Britain, 2017–18. JAC Antimicrob Resist. 3 (1), dlaa125(2021).

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

הדפסות חוזרות והרשאות

בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה

בקש הרשאה

תגיות

Staphylococcus AureusMethicillin Resistant StaphylococcusMRSA DetectionMultiplex Real Time PCRFluorescent PCRBacterial Drug ResistanceRapid Pathogen DetectionmecA Genenuc GeneNosocomial Infections

מאמרים קשורים